Pptidos y protenas

Asignatura Bioqumica
Carrera QYF-UV
Magdalena Corts, MSc .
1. Prueba
2. Entregar GAA-aa
3. Clases
4. Taller protenas (libro abierto)
enlace
amida
Mathews, 3ed.2004
El trmino residuo refleja la prdida del
agua cuando un aminocido se une a otro.
Los pptidos son cadenas de
aminocidos
Corts, MP. 2014
serilgliciltirosilalanilleucina
Los pptidos pueden distinguirse por su
comportamiento de ionizacin
Corts, MP. 2014
o NutraSweet
Sintetizado comercialmente
Pptidos biolgicamente activos
Pptidos de origen no protenicos
1. hormonas
Oxitocina (9 aa, secretada
hipfisis posterior, +
contracciones uterinas)
Vasoprecina
Bradiquinina (9aa; Presin sang,
(-) inflamacin tejidos)
Fact.l iberador tiroropina (3 aa,
sint. Hipotlamo; (+) lib. H.
tirotropina)
2. Venenos de setas: Amanitina
3. Antibiticos
Corts, MP. 2014
Polipptidos pequeos
y oligopptidos
HORMONAS
Glucagn: 29 aa
Corticotropina: 39 aa
Corts, MP. 2014
Qu longitud tienen las cadenas
polipeptdicas de las protenas?
Dalton: unidad de masa casi igual a la del tomo de hidrgeno. Nombrada
as en honor de John Dalton (1766-1844) que desarroll la teora atmica de
la materia.
Corts, MP. 2014
Los polipptidos tienen una composicin
de aa caracterstica
Corts, MP. 2014
Algunas protenas contienen grupos
qumicos diferentes a los aminocidos
Protenas simples: Ribonucleaasa, quimiotripsingeno, albmina
Nivel de organizacin de las
protenas
Caracterstica enlace peptdico
Corts, MP. 2014
1930, Linus Pauling y Robert Corey, E.E.U.U.:
Dedujeron enlace peptdico
imponen lmites
conformaciones de un polipptido.
40%
Imino, no tiene tendencia
a ionizarse o captar
H+ en el rango de pH
1 a 14
Por convencin,
ngulos de giro de
los enlaces:
(fi) = N-C
(psi)=C-C
-180 a 180
6 t mismo plano y rgido
Caractersticas del enlace peptdico
Corts, MP. 2014
C= negro,
H = blanco
O = rojo
N azul
R=verde
Caracterstica enlace peptdico
Corts, MP. 2014
menor impedimento esterico, y
menor repulsin
datos
Glu: pK1=2,2 pK2=9,7 pKR=4,2
Gly: pK1=2,3 pK2= 9,6
Ala: pK1=2,3 pK2=9,7
Lys:pK1=2,2 pK2=9,0 pKR=10,5
pK2=9,7
pKR=4,2
Lys: pK1=2,2
pKR=10,5
pH (pKa) 2,2 4,2 9,7 10,5
Mathews, 3ed.2004
Los pptidos pueden distinguirse por
su comportamiento de ionizacin
Ejemplo:
1.- calcular la carga neta del tetrapptido Glu-Gly-Ala-Lys a pH 12
2.- Calcular pI
Corts, MP. 2014
pK10,5
pK=2,2
pK4,2
pK9,7
pH << pK
todo protonado
Mathews, 3ed.2004
Los pptidos poseen curvas de titulacin
caractersticas
Corts, MP. 2014
ESTRUCTURA 2 DE LAS PROTENAS
Corts, MP. 2014
La hlice es una estructura habitual en
protenas
Nivel de organizacin de las protenas
Corts, MP. 2014
E.2ria: Es la manera como se pueden
organizar espacialmente los aa unidos por el
enlace peptdico, considerando las restricciones
que ste impone.
funcin enlace H?
1. Organizacin ordenada
2. Estabiliza
3. flexibilidad
imino aa
1
y -CO- aa
4,
aa2 --aa5.
Estructura 2ria: Hlice
Mayora de las
protenas es
DEXTRGIRA
Cmo distinguir
dextrgiro de levogiro
Factores que afectan la estabilidad
de una hlice :
1. repulsin electrosttica entre
aa cargados
2. Impedimento estrico
3. Desestabiliza: Pro
4. Interaccin entre cadenas
laterales de aminocidos
separadas de 3 a 4 residuos
En qu rango de pH poliglutmico forma
hlice-alfa?
pK1
-
COOH
pK2
-
NH3
pKR pI
Gly 2,34 9,6 5,97
GlyGly 3,06 8,13 5,59
GlyGlyGly 3,25 7,91 5,58
Puesto que -COOH-term y -NH3-term
ms separadas entre s en pptidos.
acciones electrostticas decrecen,
por lo tanto pK se modifican.
Corts, MP. 2014
Aminocidos formadores y
desestabilizadores de hlice
+
(pK=9,2) H3N-Lys-Lys-Lys-Lys-COOH (pK=2,2)
l l l l
NH3 NH3 NH3 NH3 (pK=10,5)
+ + + +
pH 10,6
ESTRUCTURA 2 DE LAS PROTENAS
Corts, MP. 2014
Conformacin organiza las cadenas
polipeptdicas en forma de hoja
hebra
HOJA o LMINA
H
intercatenarios
1. casi completamente extendidas. Distancia entre aa adyascentes: =3,5
A; hlice =1,5 A
2. puentes H entre grupos imino y carbonilo--- otorgan estabilidad
estructura
3. R estn sobre o bajo el plano zigzagueante
(estabilidad)
La conformacin organiza las cadenas
polipeptdicas en forma de hoja
Pro y gli abundan en los giros
giro inverso giro en
horquilla
Puentes H
Pro, gly
Corts, MP. 2014
Tetrmero (monmeros)
Doble heterodmero
Multmero homotpicas
Estructura terciaria y cuaternaria
Puentes H
Enlaces inicos
Interacciones hidrfobas
Interacciones
Corts, MP. 2014
FIBROSA GLOBULAR
Cadenas
polipeptdicas
Dispuestas en largas hebras
u hojas
Plegadas en forma
globulares o
esfricas
E. 2ria Mayora un solo tipo Varios
Funcin Estructural: forma, soporte Enzimas,protena s
reguladoras, etc
Solubilidad
agua
insoluble soluble
Corts, MP. 2014
Entonces, .
1. La estructura 3D de una protena est determinada por su
secuencia aa
2. La funcin de una protena depende de su estructura 3D
3. Cada protena posee una nica estructura 3D.
4. Las fuerzas ms imp que estabilizan una protena: fuerzas
no covalente
Corts, MP. 2014
Protenas Fibrosas
-queratinas
cuernos
pico aves
escamas
pezuas
Pelo, uas
Piel, lana
lana
QUERATINAS
cuernos, uas,
pico aves,
escamas, pezuas:
duras y quebradizas
(cys 22%)
pelo,
piel,
lana:
blandas y flexibles
(10%cys)
queratinas:
1. Lminas paralela: gly, ala, ser.
2. Flexibles
3. Se encuentra en las aves (plumas) y los
reptiles (escamas)
4. No se estiran por cambio temperatura o
humedad
-queratinas
aves (plumas)
reptiles (escamas)
fibras hiladas por araas
Gusanos de seda,
Escamas garras,
picos de pjaros.
-queratina:
Estructura del cabello
Filamento intermedio = 4 protobibrilla= 32
1 cabello = muchos filamentos
Corts, MP. 2014
Dextrgira (300 aa)
NH3-term mismo lado.
Levgiro. C/4 aa hay 1 hidrfobo no polar: anclaje
Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe
Enfriamiento
Calor hmedo
Qu cambio estructural en la queratina
induce el calor hmedo
la periodicidad 0,55 0,7 nm
La ondulacin permanente es un
ejemplo de ingeniera bioqumica
Corts, MP. 2014
Calor hmedo
rompe enlace
H,: desenrolla
Lavar y enfriar:
cabello revierte
hlice
liso
Protena Fibrosa
Colgeno
Colgeno
Unidad bsica de la fibra
del colgeno
TROPOCOLGENO
E2ria
nica, Levgiras
3 aa x vuelta
.
Un paso de rosca: 0,31 nm.
1tropocolgeno
largo: 300 nm
Dimetro: 1,5 nm.
c/hebra: 1000 residuos
E3ria
E4ria
superhlice dextrgira
enlace hidrgeno
1.- Estructura del colgeno
E.1ria
Gly-X-Pro,
Gly-X-4Hyp
El producto alimentario gelatina
deriva de colgeno
n Naturaleza proteica
n Poco valor alimenticio, carece de aa
esenciales en la dieta humana
Voet, Bioqumica
1.- Estructura del colgeno:
modificaciones postraduccionales de prolina (hyp)
1
2
3
3-
Agente reductor
estabilidad, enlace H
inter e intra
Lisil Hidroxilasa
(vit C , agente
reductor.)
1.- Estructura del colgeno. modificaciones
postraduccionales de lisina (hyl)
Lys + O2
+ NH3 + H2O
1.- Estructura del colgeno. modificaciones
postraduccionales de lisina (hyl)
1.- Estructura del colgeno. modificaciones
postraduccionales de lisina (hyl)
Mathews, 3ed.2004
2.Biosntesis
del colgeno
Fibroblastos
Osteoblastos
Condroblastos (cartlago)
peptidasas
2.- Biosntesis del colgeno
Champe, PC, Harvey, RA, Ferreir, DR.
Bioqumica. 4ed.2007
Champe, PC, Harvey, RA,
Ferreir, DR.
Bioqumica. 4ed.2007
Champe, PC, Harvey, RA,
Ferreir, DR.
Bioqumica. 4ed.2007
I, Soporte gran fuerza
III,Tejidos distendibles
Huesos quebradizos, deformacin del
esqueleto (nios de cristal)
Escorbuto
1. Carencia VitC
2. Degeneracin tejido conjuntivo,
Hematomas extremedidades, lesiones
cutneas, hemorragias
Colagenopatas
La estructura 3D protenas se almacenan en: Protein Data Bank o PDB
www.rcsb.org/pdb
Para visualizar amgenes: instalar Chime www.whfreeman.com/lehninger
Protenas globulares
Pte clara huevo
4 S-S-
Bactericida
Las protenas globulares
tienen E3ria diversas
Secretada por pncreas al intestino.
4 S-S-
Giros Puentes H
Interacciones
inicas
El anlisis de numerosas protenas
globulares revelan patrones estructurales
comunes
ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIA, tb
denominada MOTIVOS o PLEGAMIENTOS:
son patrones de plegamiento estables de
combinaciones E2ria y las conexiones entre ellos
cilindro beta paralelo o
denominada /
cilindro
antiparalelo
Dmero, sndwich
lmina beta enrollada
Cubierta del virus
Principales patrones de plegado
DOMINIO:
unidades funcionales y
estructurales 3D- plegarse
manera estable e
independiente.
Corts, MP. 2014
Interaccin Qumica:
1. cidos y Bases
2. Metales
3. Disolventes orgnicos:
alcoholes
4. Detergente (SDS)
5. reductores (mercaptoetanol
6. polares neutros (urea)
7. Sales a elevada concentracin
Tratamientos
Fsicos:
1. T
2. Radiacin
3. mecnica
Agentes desnaturalizantes
Interacciones
hidrofbicas
Estructura 3ria: Interacciones que
estabilizan la estructura
Corts, MP. 2014
Plegamiento de las protenas
campo de golf de Levinthal.
Superficies energticas para visualizar
las conformaciones proteicas:
N, conformacin nativa
D, desnaturalizado
A y B, caminos alternativos
Paradoja Levinthal, Cyrus Levinthal
1968.
Una cadena ribonucleasa (124
residuos) 10
50
conformaciones.
S intentar una nueva conformacin
cada 10
-13
s: 10
30
aos.
0,1-0,2s para recuperar forma
nativa dp de desnaturalizacin
Cmo lo logra?
69
Chaperoninas
Corts, MP. 2014
Stanley Prusiner, 1997
premio nobel fisiologa
Encefalopata espongiforme transmisible (EET)
Enf. Creutzfeldt-Jakob (neurodegenerativa humanos)
Champe, PC y Harvey RA.
Bioqumica.2007
Plegamiento anmalo:
prionosis
Resistente degradacin proteolitica
Agregados insolublede fibrillas
Presente en superficie neuronas y clulas
glia
8) Averige sobre la enfermedad de Creutzfeldt-jakob y scrapie. En
qu se parecen y en qu se diferencian? (1 similitud y 1 diferencia)
X
PrPc
Enf. Creutzfeldt-jakob scrapie
Neurodegenerativas ser humano ovejas, cabras
Etiologa congnita/adquirida
Aparicin sntomas 1-10 aos 1-4 aos
Encefalopata espongiforme transmisible (EET)
Corts, MP. 2014
Referencia
n Nelson, D.L, Cox. M.M. Lehninger Principios de Bioqumica. 4ed. Edicin.
Ed. Omega, S. A. pg. 75-85, 2005.
n Mathews, C.K.,Van Holde, K.E, Ahem, KG. Bioqumica. 3 ed. Ed. Addison
Wesley/ Pearson Education. Madrid. 2004.
n Devlin, TM.Bioqumica. Un texto con aplicaciones clnicas. 4 ed. Ed.
Reverte.2004.