VESTRUCTURA DE LOS

AMINOACIDOS
METODOS INSTRUMENTALES/ INTRODUCCIÓN A LAS PROTEINAS / FRANCISCO NOÉ HERNÁNDEZ J.

Los aminoácidos son los monómeros de las

proteínas, la estructura general de estos se
establece por la presencia de un carbono central
(alfa) unido a un grupo carboxilo (-COOH), un
grupo amino (-NH2), un hidrogeno (-H) y un cuarto
grupo variable denominada por (-R). estos
grupos funcionales poseen (H) en sus estructuras
químicas por lo tanto son susceptibles a los
cambios de pH, Los aminoácidos a pH ácido se
encuentran en su forma de catión y a pH básico
se encuentran en su forma de ión Sin embargo,
existe un pH específico para cada aminoácido,
donde la carga positiva y la carga negativa se
encuentran en equilibrio, y el conjunto de la
molécula es eléctricamente neutro. En éste
estado se dice que el aminoácido se encuentra en
su forma de zuitterion.

Los aminoácidos
que necesitan
ser ingeridos por
el cuerpo para
obtenerlos se les
conoce como
esenciales en
tanto que a los
que pueden ser
sintetizados por el cuerpo se les conoce como No esenciales.

AMINOACIDOS ESENCIALES AMINOACIDOS NO ESENCIALES

• Valina (Val) • Alanina (Ala)

• Leucina (Leu) • Prolina (Pro)
• Metionina (Met) • Glicina (Gly)
• Triptófano (Trp) • Serina (Ser)
• Histidina (His) • Cisteína (Cys)
• Asparagina (Asn)
• Glutamina (Gln)
• Tirosina (Tyr)

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 • Ácido aspártico (Asp)
• Ácido glutámico (Glu)

TABLA DE LOS AMINOACIDOS.

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La gran cantidad de proteínas que se conocen están formadas únicamente por 20

aminoacidos diferentes

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UNIONES PEPTIDICAS.
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Los aminoácidos se encuentran unidos linealmente por medio de uniones peptídicas. Estas
uniones se forman por la reacción de síntesis (vía deshidratación) entre el grupo carboxilo
del primer aminoácido con el grupo amino del segundo aminoácido (fig.3) La formación del
enlace peptídico entre dos aminoácidos es un ejemplo de una reacción de condensación en
la que dos moléculas, se combinan para dar un único producto acompañado de la formación
de una molécula de agua.

Figura 3

Cuando se unen dos aminoácidos se forma un dipeptido, la unión de tres aminoacidos forma
un tripeptido asi hasta llegar a los Polipéptido que es el nombre utilizado para designar un
péptido de tamaño de más de 10 aminoácidos. Cuando el polipéptido es suficientemente
grande y en particular, cuando tiene una estructura tridimensional única y estable, se habla
de una proteína.

PROTEINAS.
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Químicamente son macromoléculas, polímeros de aminoácidos (más de 100) A primera vista

podría pensarse en las proteínas como polímeros lineales de aminoácidos unidos entre sí
por medio de enlaces peptídicos. Sin embargo, la secuencia lineal de aminoácidos puede
adoptar múltiples conformaciones en el espacio. esta estructura de las proteínas depende

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de la secuencia de aminoácidos, las características físicas de su entorno y la presencia de
compuestos, simples o complejos que las estabilicen y/o conduzcan a un plegamiento
específico. Dicha estructura puede organizarse en una serie de niveles interdependientes
(estructuras) La estructura primaria viene determinada por la secuencia de aminoácidos en
la cadena proteica, es decir, el número de aminoácidos presentes y el orden en que están
enlazados. La conformación espacial de una proteína se analiza en términos de estructura
secundaria y estructura terciaria. La asociación de varias cadenas polipeptídicas origina un
nivel superior de organización, la llamada estructura cuaternaria.

ESTRUCTURA DE PROTEINAS.
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ESTRUCTURA PRIMARIA
La estructura primaria de las
proteínas se refiere a la
secuencia de aminoácidos, es
decir, la combinación lineal de
los aminoácidos mediante el
enlace peptídico. La estructura
lineal del péptido definirá en
gran medida las propiedades de
niveles de organización
superiores de la proteína. Este
orden es consecuencia de la
información del material
genético. Cuando se produce la
traducción del RNA se obtiene el
orden de aminoácidos que van a
dar lugar a la proteína. Se puede
decir, por tanto, que la
estructura primaria de las
proteínas no es más que el
orden de aminoácidos que la
conforman (fig4)
Figura 4
ESTRUCTURA SECUNDARIA: es la que adopta espacialmente. Consiste en el enrollamiento
de la cadena peptídica sobre su propio eje para formar una estructura tridimensional
específica. Existen dos tipos: hélice alfa y lámina beta.

Alfa Helice: se caracteriza por formar una estructura geométrica

en espiral, muy uniforme, en la que cada vuelta está constituida
por 3,6 aminoácidos. La hélice se mantiene mediante puentes de
hidrógeno entre el hidrógeno del grupo amino del enlace
peptídico de un aminoácido y el grupo carboxilo del enlace
peptídico de otro de el mismo polipeptido.

Lamina Beta ó hoja beta plegada:

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es de forma aplanada y extendida, además posee un máximo de enlaces de hidrógeno entre
los enlaces peptídicos. Esta estructura consta de varias cadenas peptídicas que permanecen
enfrentadas y se mantienen juntas con enlaces de hidrógeno en un arreglo a manera de zig-
zag. La estructura laminar formada le confiere flexibilidad más no elasticidad. La forma
habitual de representar este tipo de estructura secundaria es con una flecha que indica la
dirección de la cadena, y el sentido desde el extremo amino hasta el carboxilo terminal, Un
ejemplo de estas proteínas es la fibroína de la seda.

ESTRUCTURA DE PROTEINAS.
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Estructura terciaria: describe la conformación definitiva y específica de la proteína se

realiza de manera que los aminoácidos no polares se sitúan hacia el interior y los polares
hacia el exterior en medios acuosos. Esto provoca una estabilización por interacciones
hidrofóbicas, de fuerzas de van der Waals y de puentes disulfuro [] (entre aminoácidos de
cisteína ) y mediante enlaces iónicos

Dominios: cabe destacar la presencia de regiones compactas estables semiindependientes

denominadas dominios, que se caracterizan por poseer una geometría casi esférica
específica con un interior hidrofóbico y un exterior polar. El carácter independiente del
dominio es evidente cuando al separlo de la cadena, su estructura primaria es capaz de
plegarse sobre sí misma para adoptar la conformación nativa.

Una proteína puede presentar más de un dominio, a menudo interconectados por un

segmento polipeptídico carente de estructura secundaria regular y alternativamente estar
separados por una hendidura o una región menos densa en la estructura terciaria de la
proteína. Los diferentes dominios de una proteína pueden gozar de movimiento relativo que
está asociado con una función

Funciones de los Dominios:

A menudo un dominio realiza una funcion especifica

para la proteina: Enlaza a un pequenho ligando
“Atravezar” la membrana plasmatica (proteinas
transmembrana), Contiene el sitio catalitico (enzimas)
Enlazar al DNA (en factores de transcripcion) Provee
una superficie para enlazarse especificamente a otra
proteina. En algunos casos, cada dominio de una
proteina es codificado por un exon separado en el gen
que codifica a la proteina.

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 ESTRUCTURA CUATERNARIA

Muchas proteínas consisten de una sola cadena

polipeptídica, debido a esto se les denomina
monómeros muchas otras pueden constar de mas de
una cadena de polipeptido (oligomeros) y por lo
tanto presentar estructura cuaternaria esto es el
nivel que afecta a la disposición de varias cadenas
polipeptídicas en el espacio

SINTESIS DE
PROTEINAS.
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TRANSCRIPCIÓN

Cuando una parte de la información contenida en la molécula de ADN que esta en el nucleo
debe ser utilizada en el citoplasma de la célula para la construcción de las proteínas, ella es
transcrita bajo la forma de una pequeña cadena de ácido ribonucléico: el ARN mensajero
(ARNm) utilizando las mismas correspondencias de base que el ADN, pero la timina es
reemplazada por uracilo. Uno a uno se van añadiendo los ribonucleótidos trifosfato en la
dirección 5´a 3´, usando de molde sólo una de las ramas de la cadena de ADN y a la ARN
polimerasa como catalizador. Este proceso no puede tener lugar salvo que dos secuencias
particulares estén presentes en el ADN: la promotora al comienzo de la secuencia, y la de
corte propiamente conocida como cola de poli A (compuesto de hasta 200 nucleótidos de
adenina.

TRADUCCIÓN DEL ARN Ó SINTESIS DE PROTEINAS

La información genética llevada por el ARNm deberá ser traducida en el citoplasma por una
fábrica de proteínas: el ribosoma, la traducción inicia el triplete de iniciación del RNAm el
AUG. (Fig.9) Este triplete va precedido de la secuencia AGGAGG (secuencia de Shine-
Dalgarno ) que es la zona de unión con el ribosoma. el ribosoma abarca dos codones
(paquetes de tres letras) del ARNm que pasan a ser ocupados por el ARN de transferencia
(ARNt) con sus respectivos aminoácidos (fig. 10)

Fig 9 fig. 10 fig.10a

Una enzima del ribosoma cataliza la unión del enlaze entre los aminoácidos (fig. 11) y a
medida que la cadena de ARNm avanza se van añadiendo aminoácidos a la cadena
peptidica (Fig.12), el proceso se repite tantas veces como tripletes forma el ARNm. Hasta la

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aparición del triplete de terminación UGA, la cadena polipeptidica se separa del ARNt
terminal y queda libre en el citoplasma.(fig.13)

Fig.11 fig.12 fig. 13

PURIFICACIÓN DE
PROTEINAS/CROMATOGRAFÍA
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La cromatografía tiene como objetivo separar los componentes de una mezcla con el
objetivo de describir y cuantificar dicho componentes, dos partes principales constituyen la
técnica de cromatografía; una fase móvil que arrastra la muestra que se desea separar a
través de una fase estacionaria que impide el paso de la muestra. Es importante señalar que
existen diversos tipos de cromatografía por mencionar algunos:

Cromatografía en papel: La fase estacionaria es una tira de papel. La muestra se deposita

en un extremo colocando pequeñas gotas de la solución y evaporando el solvente. Luego el
disolvente empleado como fase móvil se hace ascender por capilaridad.

Cromatografía en capa fina: La cromatografía en capa fina se basa en la preparación de

una capa, uniforme, de un adsorbente mantenido sobre una placa de vidrio u otro soporte

Cromatografía de intercambio iónico: permite la separación de iones y moléculas

polares basandose en las propiedades de carga de las moléculas

Cromatografía de afinidad: permite la separación de mezclas proteicas por su afinidad o

capacidad de unión a un determinado ligando. En este caso, las proteínas que se retienen
en la columna son aquellas que se unen específicamente a un ligando que previamente se
ha unido covalentemente a la columna. Después de que las proteínas que no se unen al
ligando son lavadas o eluidas a través de la columna, la proteína de interés que ha quedado
retenida en la columna se eluye o libera mediante el empleo de una solución que contiene
bien ligando libre u otro compuesto que rompa la interacción entre el ligando y la proteína.

Cromatografía Liquida de alta eficiencia (HPLC): Es una Cromatografía de alta presión

es decir se aplica el flujo a presión (entre 1500 a 2200 psi). El tamaño de partícula esta
entre 3 y 10 micras, la longitud de la columna esta entre 5 y 25 cm. Y se pueden analizar
muestras proteicas. El sistema HPLC requiere una mezcladora de solventes, un inyector, y
una bomba que inyecte el líquido a la columna.

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 Se muestra en la imagen dos tipos de
cromatografía ascendente y descendente
donde la fase estacioanaria se representa
por el papel y la fase móvil por el
disolvente.

PURIFICACIÓN DE

PROTEINAS/ELECTROFORESIS
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La electroforesis es una técnica para la separación de moléculas según la movilidad

de estas en un campo eléctrico. La separación puede realizarse sobre la superficie
hidratada de un soporte (papel), a través de una matriz porosa (electroforesis en
gel), o bien en disolución (electroforesis libre). Dependiendo de la técnica que se
use, la separación obedece en distinta medida a la carga eléctrica de las moléculas
y a su masa. A continuación se describe a detalle un tipo de electroforesis conocido
como electroforesis en gel de poliacrilamida- SDS (E-SDS)

La (E-SDS) es una poderosa herramienta para

separar proteínas de acuerdo a con masas
moleculares por que las proteínas son diferentes en
tamaño carga y peso.

Las proteínas son tratadas con el detergente SDS

anionico que se asocia a elevada concentración al
esqueleto de la cadena polipeptidica.

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 Cuando la muestra es calentada las moléculas de
SDS desnaturalizan a la proteína completamente
por lo que todas las cadenas polipetidicas
adquieren una conformación similar y carga
negativa.

PURIFICACIÓN DE
PROTEINAS/ELECTROFORESIS
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Los componentes de la proteína son

desplegados y separados en polipeptidos
individuales y el SDS asociado enmascara las
cargas debidas a los aminoácidos del polipeptido
con esto la densidad de carga se iguala para
todos los componentes de la muestra

La mezcla SDS-proteinas es transferida al gel de

poliacrilamida donde se genera un campo eléctrico
mediante una fuente de poder

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Los polipeptidos que están cargados positivamente migran hacia el polo positivo pero la red
de poliacrilamida obstruye su paso

Los polipeptidos mas pequeños viajan mas rápido y fácil que los
polipeptidos mas grandes y dado que las cargas son iguales la
distancia que recorren depende de su masa y estarán separados en
función de la misma.

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