Fue hijo de Friedrich Ernst Uhle y Anna Kunigunde Lorenz.
Al terminar sus estudios escolares,
ingres en 1875 a la Universidad de Leipzig. Tras hacer su servicio militar, curs un ao en la Universidad de Gottingen para volver luego a Leipzig, donde estudi filologa y se gradu de doctor en 1880 con una tesis sobre la antigua gramtica china. Pas luego al Museo de Etnologa de su ciudad natal como asistente del director, donde labor de 1881 a 1888. Pas a desempear igual funcin en el Museo de Etnologa de Berln, dirigido a la sazn por Adolf Bastian y que se estaba convirtiendo por esos aos en un centro de estudios americanistas. Actu como secretario asistente en el VII Congreso Internacional de Americanistas, efectuado en Berln en 1888. Por esos aos empez su inters por el pasado arqueolgico de Sudamrica. Este inters naci al apreciar en los museos alemanes las variadas muestras de arte peruano precolombino. Por entonces, muchos coleccionistas peruanos haban vendido sus valiosas colecciones de antigedades en Europa, para librarlas de la rapia de los chilenos durante la guerra del Pacfico. Un amigo cercano, Alphons Stbel, que en 1875 haba excavado en la necrpolis precolombina de Ancn, en la costa peruana, orient definitivamente a Uhle hacia la arqueologa precolombina. Auspiciado por el Museo Etnolgico de Berln y el gobierno alemn, en 1892 viaj a Sudamrica para estudiar el rea de difusin de la cultura quechua en dicho continente. Desde la Argentina pas a Bolivia, interesado en las ruinas deTiahuanaco o Tiwanaku, aunque no logr la autorizacin necesaria para excavar all. En ese mismo ao public Las ruinas de Tiahuanaco en las tierras altas del Antiguo Per, con el fotgrafo e ingeniero B. von Grumbkow. Esta extensa obra es considerada la primera de carcter cientfico sobre dicho sitio arqueolgico. Aprovech tambin para estudiar a los uros, de las riberas del lago Titicaca. Pas luego al Per, llegando al Cuzco. Como fruto de esta labor public aos despus el trabajo La esfera de influencia del pas de los Incas. Se traslad a Filadelfia, Estados Unidos, contratado por la Universidad de Pennsylvania, donde trabaj durante varios aos. All se cas con Charlotte Grosse. Patrocinado por la Sociedad de Exploracin Americana en Filadelfia prepar un nuevo viaje al Per. Tambin disfrut del patrocinio de la seora Phoebe Hearst, la madre de William Randolph Hearst. En 1896arrib a Lima, la capital del Per. Su primera tarea fue remitir una relacin acerca de su viaje a Bolivia y Per, acompaando, adems, un informe sobre el idioma de los uros (Bolivia), el cual fue publicado en el peridico Globus de Braunschweig, Alemania.