Transcripcin protenas 7

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Morfologa
Existen conceptos fundamentales que describen los dominios de las protenas:
Forma de la cadena principal
Las interacciones no covalentes (Puentes de Hidrogeno)
El interior hidrofbico (Dominio de la protena)

1. Forma de la cadena principal
Como podemos notar, cada tres enlaces en una
cadena se puede encontrar el mismo grupo, lo que
muestra que por tamao de los grupos y por tipo de
enlace se generar una estructura tridimensional, La
que est determinado por la torsin del ngulo
diedro que forma que cada nuevo enlace central
generado por estos tres enlaces consecutivos.

Se puede observar por los dobles enlaces y nubes electrnicas mediante el
mtodo de proyecciones de Newman, que muestra la orientacin de los grupos extremos
(mismo grupo)
Entre los tipos de torsin, existen:




















Ej: Carbono
Siempre generar una proyeccin
de 180 entre C

por el enlace
peptidico entre el carbonilo y el
amino, que es fijo y por ser doble
enlace parcial es rgido y no rota.
La rotacin Psi determina la
orientacin de los grupos amino
Son libres de rotar
La rotacin Phi permite ver la
orientacin relativa entre los
grupos carbonilo
Son libres de rotar
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Las interacciones y la rotacin estn restringidas por el tamao del grupo carbonilo y del grupo
radical (R).
Es ms probable que el grupo radical est impedido estricamente por el grupo carbonilo,
por el tamao de ambos, no as con el grupo amino, porque este grupo es ms pequeo.

Lo anterior se puede expresar en un Plot de Ramachandran. Como cada C tiene rotacin del
enlace anterior y posterior se puede observar en dos puntos que:

Punto 1:
























Punto 2:
La concentracin observada en cada espacio de torsin muestra el tipo de estructura
secundaria, puesto que se determina la regularidad del giro, respecto al C, lo que indica si es
-hlice o sabana-.

El nitrgeno tiene mayor
movilidad, puesto que tiene
mayor representacin tanto
en posiciones positivas
como negativas
Como el Carbonilo tiene ms representacin a un lado
de la grafica, se reafirma que este grupo tiene menor
grado de libertad de rotacin
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Por lo tanto, en general se puede observar que, respecto al C, si fuesen -hlices se pueden
encontrar en mayor cantidad de torsiones dextrgiras que levgiras por el impedimento estrico
que otorga el carbonilo con el grupo R.
Un ejemplo que se libera de esto es Glicina, porque el R es muy pequeo, por lo tanto no es
impedido estricamente con el grupo Co

2. Sector hidrofbico de la protena (Dominio)

Adems de la rotacin de enlaces tambin hay una formacin de cadenas.
Por la necesidad entrpica de poder estar con menor contacto entre las cadenas
hidrofbicas y el H
2
O





















Es ms estable la forma plegada, puesto que, la entropa del agua es mucho menor en
comparacin a la protena en su forma libre, por la cantidad de molculas, el agua es primordial.


Por lo tanto es el efecto que resulta de la dinmica de
formacin y ruptura de puentes de hidrogeno entre la cadena y el
agua: efecto entrpico
No es la atraccin ni la repulsin entre estas.
De esta manera solo se pueden formar -hlice y sabana-







En forma libre est
muy tensa la
conformacin,
puesto que debe
haber mucho
solvente en
contacto con una
molcula
hidrofbico .
La cantidad de molculas en
interaccin es menor, por lo tanto
el agua tiene mayor libertad
Recordar :
Entropa no es orden,
es el n de estados
posibles de una
molcula
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Mapa de Contacto: indica entre que interiores hidrofbicos quedaron en contacto a causa del
efecto entrpico


Siempre existir un interior hidrofbico y aunque la protena
evolucione la red de contactos establecida entre las molculas
hidrofbicas, se mantiene lo que indica que la morfologa de la
protena no cambia.


3. Puentes de Hidrogeno

Segn la rotacin de electrones que se genera entre un carbonilo y un amino, por la
diferencia de cargas es posible generar puentes de hidrogeno entre aminocidos.
En un ambiente hidrofbico la conformacin en que los centros estn aislados es muy
inestable, por lo tanto para disminuir esa inestabilidad se generan puentes de hidrogeno
dador-aceptor

Esto est favorecido por la formacin de -hlice y sabana- que toman en l estructura
donde quedan los grupos carbonilo y amino con gran cercana (entre 3-4) Lo que significa que la
formacin de puentes de hidrogeno es obligatoria.

En resumen:
La morfologa de una protena viene dada por el tipo de rotacin que pueda tomar cada
enlace y del tipo de grupo aminoacdico del que est formado, esto favorece que los centros
hidrofbicos se junten y as se pliegue la protena (favoreciendo la entropa del agua como
solvente y como compuesto mayoritario) Para poder estabilizar esta estructura es que se
establecen interacciones entre los aminocidos de la cadena, Puentes de hidrogeno, estas
interacciones son obligatorias, puesto que la forma de la protena lo requiere.

Las torsiones de la cadena principal permiten tres posibilidades:





Co
1
NH
3

Hlice 3-10 o hlice i+3

Generalmente aparece
en extremos de -hlice
Co
1
NH
5

Hlice- o hlice i+5
Solo es parte de la hebra con esta
forma, indica dobles en esta
(15% de las protenas las tiene)
Co
1
NH
4

-Helice o hlice i+4

Por esto se debe tener
un giro cada 3,6 grupos
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En laminas- se puede observar hebras paralelas y anti
paralelas, la mejor manera de verlos es con el diagrama de cartoons.
Una sabana- es un conjunto de hebras, esta estructura tampoco es
plana, ya que tambin tiene torsiones, dependiendo de esto puede
llegar a tomar forma de barril u otras.
Al haber una conexin entre sabanas- y -hlices se
prefieren giros dextrgiros ms que levgiros (95%)


Clasificacin de dominios
Se clasifican de forma diferente a las protenas:

Composicin (C): Tipo de estructura secundaria







Empaquetamiento (A): Forma de la estructura







Conectividad (T): Entre los elementos en la cadena


Adems influye la superposicin de los compuestos y las semejanzas entre las secuencias
(Homologa)

Esta jerarqua que agrupa a las 94000 protenas se denomina Protein-Chart y que los separa por
esta clasificacin, es un smil de la tabla peridica pero de protenas
El Protein-Chart tambin muestra funciones de las protenas, si bien no es completa en cuanto al
n de protenas que alberga si tiene las bases de estas.
Definen morfologa del dominio
Puede tener misma arquitectura
pero la conectividad distinta
define las diferencias
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Est formada por columnas y filas, las columnas estn definidas por el tipo de arquitectura que
presenta y las filas por la composicin. A medida que avanza en las filas la estructura se va
haciendo ms compleja (tanto por tamao como por estructura)

Cada recuadro describe las variantes funcionales y prioridades de esta:














-Relacin estructura-volumen
Dependiendo de la estructura y el volumen la
funcin que tiene la protena se ve ms restringida,
es decir que mientras ms se avanza en una
columna, ms especfica se vuelve una protena

-Nivel de representacin de las estructuras en el
Protein-Chart
Segn la imagen de al lado, se puede obtener que,
aproximadamente un 50% de las protenas tienen
ambas estructuras, sabanas- y -hlices, un 75%
solo tiene laminas- y un 75% del total de protenas
tiene solo -hlices.
Cdigo PDB
N promedio de
residuos que tiene la
protena
Taxonoma: reino al
que pertenece
Nombre de la
protena
Cdigo CATH
C: Composicin
A: Arquitectura
T: Conectividad
H: homologa

El octgono alrededor de la
protena muestra las prioridades
funcionales de la protena.
1.-Union
2.- Unin de acido nucleico
3.- Catlisis
4.- protena de transporte
5.- enzimtica
6.- Protena estructural
7.- Traduccin de seales
8.- Actividad motora
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Mas el nivel de variabilidad morfolgica que tienen las protenas (Se observa en el crculo de
radio ms pequeo) se va determinando por el grado de especializacin o duplicacin que ha
tenido la protena, es decir, la Evolucin

Evolucin de protenas (Homologa)

Consiste bsicamente en la generacin de variantes a partir de un estado inicial

















Duplicacin gnica, Genera genes Paralogos (La historia de los genes sigue siendo la
misma dentro del organismo)

Originalmente el gen A (segn la imagen anterior) exista en una clula y debido a
transmutaciones y/o otros eventos fue posible que apareciera poco a poco los genes A
2
y A.
Como A
2
y A estn dentro de la misma clula y ejercen la misma funcin, se genera una
redundancia funcional.

Por lo tanto, para que esto no ocurra, una de ellas queda con la funcin original y la otra puede
recibir ms mutaciones , por lo que al final puede morir ( porque no resiste ms mutaciones) o
cambiar de funcin al resistirla.

Tipos de mutaciones
Hebra original:


Mutacin silente: muta solo el tercer par de base





Ocurre porque se
produjo una
mutacin en algn
sector del genoma
Dos causantes de la
variacin
-Especiacin
-Duplicacin
gnica
No influye en el cambio
de secuencia de la
protena.
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Mutacin puntual: muta solo el primer par de base


Dos tipos de cambio:
-Sinonimo: Donde los aminoacidos que cambiaron mantienen la funcion de la proteina
-No sinonimo: Las propiedades fisicoquimicas de la proteina cambian

Mutacin sin sentido:


Mutacin por delecin


Especiacin: Genera genes ortlogos (La historia entre los genes no tiene relacin)
Un solo gen que se separa de la lnea por algn cambio, no existe posibilidad de redundancia
funcional, puesto que existe un cambio en la estructura.


Existe un cambio en la
secuencia proteica
Cambio por codn de
trmino
Cambia la secuencia
proteica por la eliminacin
de un nucletido

Existe una identidad de secuencias, solo
cambia el sustrato y la funcin se
modifica (genes paralogos), pero el
mecanismo se conservaEvoluciono
Analoga v/s Homologa
Existe un parecido en funcin y forma,
pero no tienen historia en comn