Bioqumica de las Macromolculas

Evolucin de estructura y funcin

proteica
Romina Hidalgo
proto prefijo del gr. prtos, que significa primero.
proteico, ca adj. Que cambia con frecuencia de forma, por
alusin a Proteo; dios marino que habiendo recibido de su
padre Neptuno el don de la profeca, para librarse de los que
lo acosaban con sus preguntas cambiaba de forma cuando
quera.
1
Evolucin de estructura y funcin proteica
Introduccin:
Todos los organismos vivos son similares a nivel molecular, 20 aminocidos ismero ! y los
mismos nucletidos con la "#ri$osa% Esto est de acuerdo con la teora de que todos poseen un
ancestro com&n que 'a$a adquirido esas caractersticas% (e asume que la diversidad a niveles
mas altos de organi)acin es el resultado de la evolucin divergente, y los procesos $ioqumicos
ms $sicos 'an sido conservados, porque una alteracin 'u$iera sido letal%
!a comparacin de las secuencias de *"+ y de protenas es la manera mas aceptada para la
reconstruccin de los procesos de evolucin% Esto es porque la informacin contenida en esas
secuencias es muy amplia%
Una cadena de slo 1000 nucletidos (como para codificar una protena promedio) puede
existir como cualquiera de 4
1000
(10
600
) secuencias diferentes.
!as variaciones evolutivas de una protena, aportan muc'a informacin so$re la protena en
s misma% !a evolucin divergente 'acia distintas especies resulta en variaciones de la misma
protena, con esencialmente la misma funcin $iolgica pero diferente secuencia% !as diferencias
y similitudes en la secuencia refle,an la estricte) necesaria para estructura y funcin para esa
protena%
!as relaciones evolutivas nos dan indicios del rol $iolgico de protenas no caracteri)adas%
-rotenas que son muy similares en estructura y secuencia pueden llevar a ca$o funciones
distintas, y protenas con estructuras distintas pueden tener funciones idnticas% (e sa$e que la
funcin y la estructura tridimensional estn ntimamente relacionadas%
Entender la evolucin de la funcin puede aportar datos para el dise.o de protenas con
funciones nuevas%
Mutaciones y estructura proteica
!as consecuencias de las mutaciones so$re la estructura, depende de la u$icacin de los
nucletidos afectados en el gen, incluso puede ser inocua% !as mutaciones pueden cortar el
polipptido, o reempla)ar un aminocido por otro% !a importancia de este cam$io tendr relacin
con la similitud qumica de los aminocidos, y ser muc'o mayor si afecta a modificaciones post
traduccionales, como el cliva,e proteoltico% /nserciones y deleciones, afectan el marco de lectura,
y este tipo de mutaciones produce una cadena peptdica irreconoci$le% Mutaciones en regiones
no codificantes puede alterar la cantidad de protena sinteti)ada, e incluso el splicing, afectando
dramticamente a la protena%
!uego de la e0istencia de material gentico funcional, su comple,idad 'a$ra aumentado mas
fcilmente de$ido a la duplicacin de genes e0istentes que por generacin de nuevo material
gentico% 1on dos copias de cada gen disponi$les, una copia puede proveer la funcin original
necesaria, y la otra acumular las mutaciones que alteran esa funcin% (i esta copia alterada
eventualmente sirve para una nueva funcin, pro$a$lemente quede retenida en el genoma y
pasado a las siguientes generaciones%
!os genes que ocupan el mismo locus en diferentes especies, y las protenas producto de
esos genes, se llaman ortlogos, mientras que genes de diferentes loci, pero relacionados por
duplicacin de genes son designados parlogos% !a filogenia de las especies puede reconstruirse
solo comparando los genes ortlogos% las diferencias entre genes parlogos de diferentes
especies no est relacionada con el tiempo desde la divergencia, sino con el tiempo desde la
duplicacin de los genes%
2
Bioqumica de las Macromolculas
"efiniciones
Trmino "efinicin
2omlogo (urgieron de una protena ancestral en com&n, y su relacin
evolutiva es evidente por similitudes en la secuencia, la estructura y3o
en la funcin
*nlogo (on similares de alguna forma, pero no 'ay evidencias de ancestro
com&n% *nlogos estructurales comparten el mismo plegamiento, y
anlogos funcionales la misma funcin%
4rtlogos (on genes equivalentes en diferentes especies que surgieron de un
ancestro com&n por especiacin%
-arlogos (urgieron por duplicacin de genes dentro de un genoma, y tienen
funciones diferentes, pero generalmente relacionadas%
5esiduos funcionales /ncluyen residuos de unin, en contacto con sustrato y cofactor, y
residuos catalticos que intervienen en el mecanismo en)imtico%
Elongacin proteica por duplicacin intragnica
-arte o toda la secuencia de aminocidos es duplicada si se mantiene el marco de lectura%
!as porciones duplicadas pueden acumular cam$ios por mutaciones y divergir% (e o$serva este
fenmeno en protenas con dos mitades de secuencia muy similares, y en la estructura
tridimensional, dos dominios gemelos 6como el caso de las ferredo0inas, al$&mina, fi$ringeno y
colgeno7%
Fusin de genes
"ado que e0isten un n&mero limitado de plegamientos, y una cantidad inmensura$le de
actividades requeridas para la vida, la construccin modular 'a sido un importante mecanismo
para originar funciones nuevas%
!a fusin de genes ocurre mas frecuentemente en eucariotas que en procariotas,
pro$a$lemente porque las dos regiones codificantes de *"+ tienen que estar unidas
e0actamente con el mismo marco de lectura si ocurre en intrones% "os regiones codificantes
pueden ser eficientemente fusionadas por recom$inacin gentica con un intrn entre ellas que
puede e0cisionarse fcilmente% !a e0istencia de intrones en el genoma pareciera facilitar la
fusin, duplicacin y rearreglo de segmentos de genes% 2ay evidencias que indican que las
protenas mosaico surgieron a partir del s'uffling de intrones y e0ones%
!a fusin de genes no est restringida a los eucariotas, y tam$in ocurre en procariotas,
donde como no 'ay intrones, la fusin de$e ser precisa% -or e,emplo, en la $iosntesis del
triptofano se requieren cinco reacciones que son catali)adas por cinco actividades en)imticas
diferentes, las cuales en alguna $acterias ocurren en cinco en)imas diferentes, codificadas por
diferentes genes% En otras $acterias, como Esc'eric'ia coli, dos pares de estos genes estn
fusionados para producir dos polipptidos $ifuncionales% En cada polipptido $ifuncional, las dos
actividades en)imticas estn dirigidas por regiones separadas de la cadena polipeptdica, que
son 'omlogas a las correspondientes protenas de otras $acterias%
El mtodo 8mi0 and matc'9 pro$a$lemente sea la ruta ms rpida para nuevas funciones
genticas% !a fusin de genes puede generar funciones totalmente nuevas, como en las que el
sitio activo se u$ica entre dos o ms sitios distintos% !a fusin gentica no necesariamente
modifica la funcin proteica, y la multiplicidad de dominios puede ser refle,o de la organi)acin
del genoma%
El algunos sistemas de protenas, sin em$argo, la e0istencia de dos o ms centros catalticos
dentro de una sola cadena es $eneficioso ya que facilita la canali)acin de los intermediarios o
sustratos en pasos sucesivos en el meta$olismo%
:
Evolucin de estructura y funcin proteica
Reclutamiento de genes
(e refiere a la adquisicin de nuevas funciones por un gen e0istente% (eg&n el reclutamiento,
genes multifuncionales son su,eto de dos o ms presiones de seleccin, resultando en
limitaciones en la adaptacin%
Estas presiones pueden llevar a uno de tres cam$ios;
mutaciones locales para aumentar una funcin sin comprometer la otra%
separacin de la funcin 6por duplicacin y especiali)acin7%
reversin del reclutamiento%
Protein Data Bank (PDB)
1omo la estructura est muc'o ms conservada que la secuencia, estos datos facilitan la
identificacin de relaciones evolutivas que estn ocultas a nivel de la secuencia% estos estudios
sostienen que el mnimo n&mero de familias proteicas es finito con un mnimo estimado en 1000
diferentes plegamientos%
2ay dos puntos de vista para clasificar estructura;
filogentico con un r$ol filogentico, relacionando las distintas familias de acuerdo a su
relacin evolutiva% tericamente 'ay un &nico resultado 8correcto9%
fenotpico descripcin de la estructura 6clase, arquitectura y tipo de plegamiento7% Esta
descripcin no es a$soluta, pero muy &til%
Dominios
!as protenas mas grandes tienen dominios
reconoci$les, pensados como unidades
evolutivas, unidades estructurales compactas%
'ay evidencia de que se pueden plegar
independientemente% pueden formar protenas
multimodulares e incluso, un dominio insertarse
en otro%
Todos los esquemas de clasificacin de
protenas apuntan a dividirlas seg&n los
dominios, pero la informacin estructural es
muy incompleta 6a la mayora de las protenas
no se les 'a determinado la estructura7%
lasificacin de dominios proteicos
1*T2; !os dominios son asignados por herencia 6para protenas con secuencia muy similar a otra
que ya est en la $ase de datos7 o por consenso 6si en tres algoritmos diferentes se deduce la
misma estructura7 o manualmente 6si los algoritmos no aportan la misma respuesta7%
(14-; !as asignaciones son 'ec'as manualmente y las protenas pertenecen a un dominio slo
si uno de los dominios e0iste independiente en la $ase de datos%6!a sern proteinasa es 2 $arriles
en 1*T2 y un solo dominio en (14-7%
"*!/ y <*(T; (on totalmente automati)ados% !as protenas se consideran de la misma familia de
'omlogas si cumplen una de estas condiciones;
evidencia de similitud de secuencia significativa%
evidencia de similitud de estructura significativa%
evidencia de similitud funcional, u$icacin y configuracin del sitio activo%
=

Bioqumica de las Macromolculas
Relaciones Estructura/ Funcin enzimtica
lase y funcin
En cuanto al contenido de estructura
secundaria 6el amplio nivel de estructura7,
se 'a encontrado dominancia de 3 en
en)imas en comparacin con no en)imas%
esto refle,a la importancia de dominios de
unin a nucletidos en la funcin celular, y
puede sugerir m&ltiples eventos de
duplicacin para el uso meta$lico% !a
clase donde predomina no es a$undante
en en)imas, y esto se puede de$er a la
in'a$ilidad de los grupos polares dentro
de la 'lice a estar involucrados en unin
o catlisis, ya que sus puentes de
'idrgeno estn satisfec'os 6en los $ordes
de las 'o,as los grupos para formar
puentes de 'idrgeno estn accesi$les7%
El primer n&mero E1 define el tipo de
en)ima 6o0idorreductasa, transferasa, etc%7% +o se encontr una relacin clara entre este n&mero
y la clase% (in em$argo, para varios ligandos comunes 6'emo, "+*, car$o'idratos, nucletidos7
se encontr una nota$le tendencia ciertas clases de protenas definidas por requerimientos
estereoqumicos para unin de ligando% !a actividad en)imtica dependera del arreglo especfico
de unos pocos residuos en el sitio activo%
Plegamiento y funcin
2ay evidencias para creer que e0iste un
n&mero limitado de plegamientos en la
naturale)a, pro$a$lemente de$ido a las
limitaciones fisicoqumicos del plegamiento
proteico% 1onsecuentemente, familias de
en)imas diferentes evolutivamente con
funciones no relacionadas pueden compartir
una estructura com&n, y la similitud
estructural no necesariamente implica una
relacin evolutiva% !a mayora de los
plegamientos tienen una familia 'omloga
relacionada, y puede ser considerado
esencialmente como un plegamiento
funcional%
!os plegamientos ms comunes son;
5ossman> 3> del tipo inmunoglo$ulina>
$arril 3 6T/M7> y el no#$undle represor de "+*% El $arril T/M e,emplifica la versatilidad
funcional de algunas estructuras, asociado a por lo menos seis funciones catalticas% Esta
versatilidad se de$e pro$a$lemente a que los residuos del sitio activo se locali)an
invaria$lemente en el e0tremo car$o0ilo de las 'e$ras o en los loops siguientes, por lo que el
sitio activo puede estar en uno de los oc'o motivos 3%
?
Evolucin de estructura y funcin proteica
Familias !omlogas y funcin
!a funcin descri$e el
rol de una protena como
un todo, y no siempre es
posi$le identificar cada
su$funcin con cada
dominio constituyente% En
algunas en)imas el sitio
activo se puede asignar a
un dominio
inequvocamente, pero en
otras, varios dominios
cumplen el rol de la
actividad cataltica%
!a aplicacin de un
plegamiento en diversas
funciones celulares de$e
'a$er simplificado los
procesos meta$licos
durante la evolucin%
1omo es de esperarse,
familias en las que la
funcin en)imtica no est
conservada, su estructura
tiene una diversidad
muc'o mayor%
"n#logos funcionales
En el otro e0tremo, es com&n encontrar en)imas con la misma actividad con estructura
diferente% -ro$a$lemente estos anlogos funcionales 'ayan surgido de la duplicacin de sitios
activos e0istentes que asumen nuevos roles catalticos de$ido a peque.as modificaciones% Esta
'iptesis se refuer)a cuando se encuentra una en)ima en un n&mero reducido de especies, y la
familia de donde proviene ampliamente distri$uida%
!a identificacin de anlogos en)imticos provee muc'a informacin so$re la evolucin de
rutas meta$licas, y la diversidad $ioqumica de los grandes genomas, que contiene mayor
rique)a en parlogos y anlogos% +ota$lemente, ninguna de las en)imas involucradas en la
replicacin del "+* tiene un ortlogo com&n en *rc'aea, acteria y !u"ar#a, por lo que se cree
que el ancestro com&n a los tres dominios ms antiguo puede no 'a$er tenido genoma de "+*%
!os anlogos funcionales son e,emplos de la convergencia funcional y tam$in del mecanismo
de convergencia, tipificado por las sern#proteasas% (u actividad cataltica est dada de la
orientacin espacial de unos pocos aminocidos, y no es raro que esta misma conformacin del
sitio activo se encuentre en diferentes conte0tos estructurales% /ncluso se cree que las
com$inaciones catalticas sean un n&mero limitado que se repite durante la evolucin%
@
Bioqumica de las Macromolculas
Mecanismos de la evolucin funcional
!a secuencia gentica cam$ia, cam$iando la estructura tridimensional, y por lo tanto la
funcin% -osi$les caminos a nuevas funciones;
+ueva funcin proteica
nuevo gen A nueva protena A nueva funcin
moonlig'ting; el mismo producto gnico puede
tener distintas funciones en distintos am$ientes, la
funcin es dependiente del p2, locali)acin celular,
ligandos disponi$les, etc%
mutaciones; mutaciones locales que llevan a una
actividad distinta, pero relacionada con la original%
oligomeri)acin; nuevas funciones con oligmeros
idnticos, relacionados, o muy diferentes entre s%
duplicacin; nuevo producto gnico con nueva
funcin%
construccin modular 6mi0 and matc'7, nuevas
actividades al unirse dos genes%
"ctividad catal$tica y especificidad de sustrato
!a actividad cataltica y la especificidad por el sustrato caracteri)an las propiedades
funcionales de las en)imas% (us determinantes estructurales pueden ser independientes, esto le
confiere una venta,a evolutiva a la en)ima, ya que la actividad puede ser modificada sin
comprometer la especificidad por el sustrato, y viceversa% !as en)imas primitivas pro$a$lemente
tuvieron un amplio rango de actividades y3o especificidad por el sustrato, y se fueron
especiali)ando al incorporar en la evolucin grupos funcionales adicionales%
Especificidad de sustrato
Est directamente determinada por la naturale)a de los residuos de unin, aprovec'ndose
las propiedades de los 20 aminocidos% /ncluso la especificidad puede ser redise.ada en
la$oratorio por mutaciones puntuales%
!os loops superficiales generalmente contienen los determinantes estructurales para la
especificidad de sustrato, y esto facilita la rpida divergencia evolutiva y la adaptacin, ya que
puede variar la estructura del loop sin afectar el plegamiento glo$al de la protena%
!a naturale)a qumica de los residuos involucrados en la interaccin no es necesariamente el
&nico determinante de la especificidad% se 'an encontrado que la mutacin de algunos residuos
le,anos le dan forma al sitio activo para la complementariedad del sustrato%
%ecanismo catal$tico
*lgunas familias en)imticas presentan gran divergencia en sus actividad cataltica, como
tam$in en su especificidad por el sustrato% El estudio detallado de su estructura y sus
caractersticas $ioqumicas revelaron que las diferentes actividades y sus reacciones asociadas
compartan cofactor, nuclefilo o mecanismo de reaccin% 1on el descu$rimiento de protenas
'omlogas que catali)an un paso $ioqumico com&n en los conte0tos de diferentes reacciones
glo$ales, se vi que los residuos esenciales para dic'a actividad se conservan durante la
B
Evolucin de estructura y funcin proteica
evolucin, mientras que los grupos funcionales adicionales determinan el destino del
intermediario de reaccin, como la especificidad por el sustrato%
Evolucin de rutas meta&licas
+o se conoce cuntas protenas ancestrales diferentes 'u$o originalmente, pero puede que
'aya sido una sola% !as 'omologas distantes se notan mas en la estructura tridimensional 6muy
conservada7 que en la estructura primaria% /ndicadores de 'omologa entre protenas que
divergieron 'ace muc'o tiempo, sugiere que la mayora de las protenas catali)an 'oy las vas
meta$licas pueden 'a$er surgido de la duplicacin de unos pocos genes%
2ay una teora que dice que las en)imas de las rutas $iosintticas surgieron en el orden
opuesto en el que estn en la ruta por un proceso de duplicacin de genes% !a protena que 'oy
es &ltima en la ruta $iosinttica tiene un sitio de unin para el sustrato presente en la 8sopa9
original% si el gen para esta protena fuese duplicado, la protena del segundo gen podra
mantener el sitio de unin para el mismo sustrato y desarrollar la capacidad de producirlo como
un producto de otros componentes de la sopa primordial% 2ay muc'os casos donde en)imas de
distintas rutas meta$licas con funcin cataltica similar pero afinidad por diferentes sustratos
presentan 'omologas% En este &ltimo caso, la evolucin de las duplicadas alter la especificidad
por el sustrato, pero mantuvo el mecanismo cataltico%
'ecuencias naturales separadas por grandes distancias
En)imas termoflicas
comparten slo 20#:0C de su
secuencia aminoacdica con una
de am$ientes ms fros% -ara
sa$er cules aminocidos son
importantes en la adaptacin se
determinaran por sustitucin
de cada uno, lo cual, por las
com$inaciones posi$les, sera
imposi$le%
4tra dificultad es identificar
qu propiedades son de$idas a
las presiones evolutivas, cmo
era la en)ima primitiva%
*dems algunos organismos estn su,etos a comple,as com$inaciones de presiones de seleccin%
+o todas las diferencias entre las propiedades en)imticas son refle,o de la adaptacin, las
mutaciones neutrales son neutrales con respecto al fitness pero no necesariamente a todos los
comportamientos en)imticos%
Relevancia &iolgica vs( fisico)u$mica
!as en)imas son productos evolutivos y si $ien estn
su,etos a las leyes fsicas y qumicas, el proceso
evolutivo tiene mayores limitaciones% la evolucin
selecciona las funciones en)imticas $iolgicas
relevantes%
D
Bioqumica de las Macromolculas
Evolucin en la&oratorio
Es una 'erramienta reciente para estudiar la funcin y adaptacin en)imtica, que nos
permite o$servar adaptacin $a,o condiciones controladas%
1omo se pueden definir las presiones evolutivas, se pueden e0plorar funciones no naturales,
y distinguir lo $iolgicamente relevante de lo fsicamente posi$le%
pasos;
generar diversidad 6mutagnesis al a)ar y3o recom$inacin in vitro7
identificar variantes me,oradas
El gen que codifica
para la protena se altera
y se determina el efecto
so$re el organismo, por lo
que se estudia su funcin
in vivo% *lteraciones
genticas de la estructura
de la protena tiene la
venta,a de ser
e0tremadamente
especficas% 1uando la
protena est $ien
caracteri)ada
genticamente, lo ideal es
'acer mutagnesis sitio
dirigida% *lternativamente,
cuando se conoce poco de
la protena o del gen, se
pueden seleccionar el
efecto fisiolgico deseado
luego de mutagnesis al
a)ar%
4tra alternativa es interrumpir el gen de inters con una secuencia de insercin%
!uego de 'a$er generado distintas mutaciones del mismo gen, se eligen aquellas que alteran
la estructura y3o la funcin de la protena% +o 'ay procedimientos generales para esta seleccin
porque el procedimiento a utili)ar es necesariamente especfico para cada gen y protena y
tam$in depende del organismo% (in em$argo, las mutaciones que alteran la funcin de la
protena normal usualmente son seleccionados inicialmente% (i la mutacin es letal para el
organismo, pero que act&en slo $a,o ciertas condiciones, como las mutaciones 8letal
condicional9> las ms usadas son las que dan sensi$ilidad a temperatura% !uego de la primer
eleccin, los genes mutados que revierten el efecto de la primer mutacin pueden ser
seleccionados> unas pocas revierten la primer mutacin, pero otras son mutaciones en otros
lugares, y se puede aislar la protena%
Mutaciones que afectan una funcin en particular, se puede de$er a una alteracin de
residuos especficos, o indirectamente, in'i$iendo la sntesis de la protena o destruyendo su
estructura terciaria%
!a naturale)a de las mutaciones que son seleccionadas por este procedimiento, como
tam$in las que producen protenas suficientemente normales para evitar el proceso de
seleccin, es muy importante para estudiar la estructura y funcin proteica%
E
Evolucin de estructura y funcin proteica
Bibliografa:
Finc' !+, Gris'in, +<% Evolution of protein structures and functions( $urr %pin &truct iol
2002, 12;=00#=0D%
T'ornton HM, 4rengo 1* , Todd *E, -earl IMG% Protein folds* functions and evolution( '
(ol iol 1EEE, 2E:;:::#:=2%
Todd *E, 4rengo 1*, T'ornton HM% Evolution of protein function* from a structural
perpective( $urr %pin $hem iol 1EEE, :;?=D#??@%
Jood T1, -earson J5% Evolution of protein secuences and structures% H Mol Biol 1EEE,
2E1;EBB#EE?%
*rnold I2, Jintrode -!, Miya)aKi F, Gers'enson *% Ho+ en,ymes adapt- lessons from
directed evolution( )rends iochem &ciences 2001, 2@;100#10?%
10