AISLADORES CROMATINA: MECANISMOS DE REGULACIN Y LA HERENCIA

EPIGENTICA
Resumen
Aisladores potenciador de bloqueo son elementos de ADN que interrumpen la comunicacin
entre una secuencia reguladora, tal como un potenciador o un silenciador, y un
promotor. Aislantes participan tanto en la regulacin transcripcional y la organizacin nuclear
mundial, dos caractersticas de la cromatina que se cree que se mantendr de una
generacin a otra a travs de los mecanismos epigenticos. Por otra parte, hay muchos
mecanismos de regulacin en el lugar que potencian o dificultan la actividad aislante. Estos
modos de regulacin pueden ser utilizados para establecer aislante actividad especfica de
tipo celular que se epigenetically heredado a lo largo de una clula y / o el linaje del
organismo. Esta revisin se discutir la evidencia de la herencia y la regulacin de la funcin
aislante epigentica.
Palabras clave: aisladores, epigentica herencia, la cromatina, la organizacin Nuclear
Introduccin
Organizacin de la cromatina en las clulas eucariotas est regulada tanto a nivel local y
global por un sistema muy complejo de elementos de ADN y las protenas y ARN que
interactan con ellos. Los aislantes son elementos de ADN reguladores que crean lmites en
la cromatina, que delinean las gamas ms que otras influencias reguladoras tengan
efecto. Hay dos tipos de aisladores: aisladores potenciador de bloqueo, que impiden la
comunicacin entre los elementos de la secuencia discretas (tpicamente potenciadores y
promotores) cuando se encuentra entre ellos, y los aisladores de barrera, que impiden la
propagacin de heterocromatina (Gaszner y Felsenfeld, 2006). Esta revisin se centrar en
los aisladores de potenciador de bloqueo.
En Drosophila melanogaster hay mltiples aisladores conocidos definidos por sus protenas
de unin, supresor de Hairy Wing [Su (Hw)], Factores Boundary Element asociados (Beaf-
32A y 32B) Beaf-, Zeste-blanco 5 (ZW5), GAGA Encuadernacin Factor (GAF), y la ms
recientemente identificada, Drosophila CTCF (dCTCF).Sin embargo, en los vertebrados la
nica protena aislante conocido es-CCCTC de unin al factor (CTCF) (Valenzuela y
Kamakaka, 2006 ; Wallace y Felsenfeld, 2007 ). Se desconoce si la CTCF vertebrados
cumple las funciones de todas las protenas de aisladores que se encuentran en Drosophila ,
o si otras protenas de aisladores de vertebrados an no se han descubierto.
Aunque el trabajo previo se centr principalmente en descifrar los mecanismos por los que
los aislantes bloquean la comunicacin entre un promotor y un promotor, el campo se ha
desplazado recientemente a una visin ms global de los aisladores. Aqu hablamos de lo
que se conoce acerca de la herencia y la regulacin de la informacin aislante, reas que
deben entenderse a fin de colocar los aisladores en el contexto de un sistema de desarrollo
epigentico.
Un papel para aisladores en la organizacin nuclear
Hay varios modelos de cmo aisladores potenciador de bloqueo de interrumpir la
comunicacin entre potenciadores y promotores. Nos referiremos a ellos como el modelo
promotor seuelo, el modelo de barrera fsica, y el modelo de dominio de bucle. Los modelos
no son necesariamente excluyentes entre s, por lo que potencialmente cualquier aislador
podra emplear uno o una combinacin de mecanismos para poder funcionar
correctamente. Segn el modelo de seuelo promotor, potenciador de un aislador de bloqueo
recluta componentes de la maquinaria de transcripcin que hacer que se asemejan a un
promotor en el nivel molecular. Este parecido le permite competir con los promotores de
buena fe para la interaccin con los potenciadores (Geyer, 1997 ). Este modelo es
consistente con el hecho de que el ADN y el ADN promotor de aislante se ha observado que
colocalize ( Yoon et al, 2007. ; Zhu et al, 2007. ). Sin embargo, la interaccin entre los
aisladores y promotores a s mismos tambin se ha observado ( Yoon et al., 2007 ), que
podra indicar que un mecanismo alternativo es responsable de ambas
observaciones. Adems, es poco probable que sea el nico mecanismo que subyace a la
funcin de bloqueo de potenciador de promotor de seuelo, principalmente porque no explica
la naturaleza direccional del efecto potenciador de bloqueo - es decir, por qu un promotor de
quedara atrapado por un aislante situado en la misma direccin como el promotor, y no por
un aislante a la misma distancia, pero en la otra direccin. El modelo de la funcin de barrera
fsica aislante propone que una seal molecular procedente del potenciador, tal como un
complejo de ARN polimerasa de transcripcin ( Kong et al, 1997. ; Tuan et al, 1992. ),
simplemente "se encuentra con" el complejo aislante y est incapaz de seguir avanzando. De
acuerdo con este mecanismo es la observacin de que la insercin de un terminador de la
transcripcin, el complejo Laco / R, entre un potenciador y un promotor reduce la funcin de
potenciador ( Ling et al., 2004 ). Adems, cuando se colocaron las -globina de pollo 5 'HS4
(cHS4) aislante entre el potenciador HS2 humana y su gen de globina de destino, la ARN
polimerasa II cantidades acumuladas en el aislador y la reduccin en el promotor del gen, lo
que sugiere que la progresin de la polimerasa bloques aislantes desde el potenciador del
promotor ( Zhao y Dean, 2004 ). Sin embargo, esto podra no ser un mecanismo universal de
aislamiento, como aislantes situadas dentro de intrones pueden silenciar potenciadores de
aguas abajo sin truncar el producto del gen, lo que implica que, al menos en algunos casos,
los complejos de transcripcin pueden pasar a travs de aisladores funcionales ( Geyer y
Corces, 1992 ) . La premisa bsica del modelo de dominio de bucle es que los sitios de
aisladores interactan entre s y / o con otras estructuras nucleares para formar bucles de
cromatina. Esta idea es sencilla y bien soportado, y se discutir en detalle a continuacin. Sin
embargo, la cuestin de la formacin de bucle con precisin cmo interfiere con la funcin
potenciador sigue siendo un rea activa de estudio.
Una gran cantidad de evidencia indica que los aisladores forman bucles de cromatina. El
emparejamiento de los sitios especficos de aisladores para formar bucles individuales se ha
demostrado, incluyendo el SCS / SCS par aislante 'que flanquea el soplo de choque 87A7
calor en Drosophila polytene cromosomas. El scs aislador est obligado por la protena ZW5,
mientras que los scs aislante 'est obligado por Beaf. Captura de conformacin Cromosoma
(3C) experimentos mostraron que los dos sitios colocalize, y los ensayos de
coimmunoprecipitation demonstrasted que las dos protenas interactan, proporcionando as
un mecanismo para el anclaje del bucle (Blanton et al., 2003 ). Del mismo modo, en lneas de
vuelo con dos inserciones de la gitana retrotransposn, que contiene un Su (Hw) aislante, los
sitios de insercin cromosmica colocalize en el ncleo en un Su (Hw) de manera
dependiente de frecuencia significativamente mayor que en las lneas de moscas que
carecen de uno o ambos de las inserciones ( Gerasimova et al., 2000 ). Por otra parte, los
bucles anclados por Su (Hw) aisladores se han visualizado directamente en los ncleos de
sal extrada mediante hibridacin in situ fluorescente ( Byrd y Corces, 2003 ). Evidencia
funcional que soporta la idea de que Aisladores de formar bucles es proporcionada por un
estudio que demuestra que un bucle puede actuar como un aislante ( Ameres et al.,
2005 ). Las clulas HeLa fueron transfectadas con un plsmido que contiene un potenciador
y un promotor. El potenciador estaba flanqueado por matrices de tet operadores, y las clulas
tambin fueron transfectadas con un plsmido que expresa una protena que se une primero
los teto matrices y luego se dimeriza. Presumiblemente, este proceso debe conducir a la
interaccin entre los teto matrices y bucles del potenciador. De hecho, se observ
silenciamiento de la expresin potenciador de guiado, pero el efecto podra ser revertido por
las condiciones que causaron la protena de dimerizacin de disociarse de
los teto arrays. Adems, un ejemplo endgena de formacin de bucle funcional se ha
encontrado en la regin de control de impresin H19 (ICR) en ratones, que se une CTCF de
una manera especfica de alelo ( Kurukuti et al, 2006. ; Murrell et al, 2004. ; Yoon et . al,
2007 ).Yoon et al. sugieren que la ICR CTCF unida interacta con elementos potenciadores y
promotores, mientras que Kurukuti et al. sugieren que el ICR CTCF unida interacta con
otros elementos reguladores de ADN de la regin, una regin de unin de matriz (MAR3) y
una regin diferencialmente metilado (DMR1). Aunque estos estudios no estn de acuerdo
en las interacciones especficas que son necesarias para la funcin aislante, tanto a la
conclusin de que el ICR CTCF unido participa en la formacin de bucle que es necesario
para evitar la comunicacin con el potenciador de Igf2 promotor.
Adems de formar bucles mediante la interaccin con otros, aisladores pueden formar bucles
por la inmovilizacin de la cromatina a diversas estructuras nucleares. En clulas de
mamferos, CTCF interacta con la nucleofosmina, una protena que se enriquece en el
nucleolo. Tambin, loci transgnicos con sitios de unin CTCF intacta localizar al nuclolo
ms a menudo que los transgenes albergan sitios de unin CTCF mutados. Juntos, estos
resultados sugieren que los aisladores CTCF forman bucles de cromatina por la
inmovilizacin de la cromatina a la superficie del nucleolo ( Yusufzai et al., 2004 ). Estudios
como ste, junto con la observacin de que hay numerosos sitios de aisladores endgenos
repartidos por los genomas de varias especies, implican que los aislantes podran
desempear un papel importante en la organizacin nuclear global. Esta idea se ve apoyada
por observaciones enDrosophila clulas diploides. En este modelo de sistema, hay miles de
Su (Hw) sitios de unin distribuidos en todo el genoma, pero no el patrn difuso espera de
localizacin, anlisis de inmunofluorescencia detectar un nmero mucho menor de focos
distintos, que van desde menos de diez a unas pocas docenas ( Gerasimova y Corces,
1998 ). Este hallazgo ha sido interpretado en el sentido de que los sitios se agrupan, la
organizacin de toda la masa de la cromatina en estructuras rosetones. Por otra parte, la
mayora de estos grupos estn ubicados en la periferia nuclear ( Gerasimova et al., 2000 ),
donde hay indicios de que pudieran interactuar con la lmina nuclear ( Capelson y Corces,
2005 ). Esta opinin se ve reforzada por un nuevo estudio en fibroblastos humanos, lo que
demuestra que CTCF se encuentra en los lmites de muchos dominios Lamin-asociados en
todo el genoma ( Guelen et al., 2008 ). Como perifrica versus cambio de posicin central de
los genes en el ncleo, generalmente parece ser aleatoria, un nuevo nivel de organizacin
nuclear podra ser orquestada por aislantes. Recientemente, dCTCF se encontr en los
mismos grupos como Su (Hw) en clulas diploides. Curiosamente, en los cromosomas
politnicos, Su (Hw) y dCTCF no parecen colocalize. Sin embargo, ambas protenas
colocalize con una tercera protena, CP190, que es necesaria tanto para Su (Hw) y la funcin
aislante dCTCF, sugiriendo as la cooperacin entre diversas clases de Drosophila aisladores
( Gerasimova et al, 2007. ; . Mohan et al, 2007 ) . Si diferentes tipos de aisladores tienen
variaciones en sus propiedades, a continuacin, las interacciones entre estos elementos
podran permitir un nivel an ms fino de control sobre el genoma.
El papel de los aisladores en herencia epigentica
La informacin epigentica no est contenida en la secuencia de ADN, pero sin embargo se
hereda de una generacin celular a la siguiente, y en algunos casos de una generacin a la
siguiente del organismo. Un sistema epigentico tiene dos componentes: la seal que
desencadena un cambio epigentico, y la marca que mantiene el cambio a travs de las
divisiones celulares, ms o menos estable, a menos que y hasta que surja otra seal derogar
l. Si la organizacin nuclear, segn lo establecido por los aisladores, contiene toda la
informacin intrnseca, en cualquier momento durante el desarrollo, en lugar de simplemente
responder a la informacin codificada en otro lugar, a continuacin, aisladores deben tener
alguna conexin con un sistema epigentico.Aunque esta rea de investigacin an no ha
sido ampliamente investigado, la creciente evidencia sugiere que los aislantes pueden actuar
como una marca epigentica y una seal epigentica.
Los primeros estudios de Mod (ODM 4), un miembro del Su (Hw) complejo aislante,
mostraron un efecto paternal fuerte el efecto de posicin variegacin (PEV) ( Dorn et al.,
1993 ). PEV se ensay usando el En (1) w
m4h
reordenamiento en el que el blanco gen se
coloca en estrecha proximidad a la heterocromatina, dando lugar a un fenotipo de ojo variado
debido a cantidades variables de propagacin de heterocromatina, y, por lo tanto, cantidades
variables de blanco expresin gnica. En este sistema, las mutaciones que mejoran la
formacin de heterocromatina conducen a un fenotipo de ojo blanco ms fuerte, mientras que
las mutaciones que perturban la formacin de heterocromatina conducen a un fenotipo de ojo
rojo fuerte. Las mutaciones en el mod (ODM 4)acto gen como potenciadores del
PEV. Curiosamente, la progenie masculina, a partir de la maana od (ODM 4)
neo129
padre
heterocigotos, que alberga dos copias de tipo salvaje de la mod (ODM 4) gen muestran
mayor PEV. Este efecto se mantiene a travs de al menos once generaciones de progenie
de tipo salvaje macho, pero no se observa en la descendencia de am OD (ODM
4)
neo129
madre heterocigotos. Este efecto paterna tambin se observa en otros ocho mod
(ODM4) mutaciones ( Buchner et al., 2000 ). Estos hallazgos sugieren que Mod (ODM 4) es
necesario transmitir la informacin epigentica, en este caso, probablemente en el
cromosoma Y. Sin embargo, tales estudios no pueden determinar si Mod (ODM 4) est
implicado en la seal epigentica que establece una marca epigentica en el cromosoma Y,
que luego afecta PEV, o si Mod (ODM 4) est directamente involucrado en el mantenimiento
de la marca epigentica que si perdi en una mosca es ineficiente restableci generacin.
Al considerar mod (ODM4) mutaciones, es importante sealar que este gen codifica al menos
27 isoformas diferentes generadas por splicing alternativo, y slo uno de ellos, llamado Mod
(ODM4) 2.2 o MOD (67,2 ODM4), se sabe que es involucrado en la funcin aislante. Las
mutaciones analizados en el estudio PEV mencionados anteriormente estn ubicados dentro
de la regin comn de estas isoformas, y, por lo tanto, Mod (ODM 4) 2.2 funcin no puede
ser aislado. Sin embargo, el mod (ODM 4)
u1
alelo, que afecta especficamente a la regin C-
terminal de Mod (ODM 4) 2.2, tambin ha sido implicado en la herencia epigentica. Esta
mutacin inhibe la funcin aislante cuando se coloca un Su (Hw) aislante entre un
potenciador y el amarillo promotor del gen ( Gerasimova et al., 1995 ). Un pequeo
porcentaje de hijos varones heterocigotos de un mod (ODM 4)
u1
madre homocigotos y un
espectculo de padre de tipo salvaje interrumpe la funcin aislante, mientras que la cruz
inversa, entre una madre de tipo salvaje y mod (ODM 4)
u1
padre homocigotos, conduce a la
salvaje funcin de tipo aislante ( Gerasimova y Corces, 1998 ). Por lo tanto, hay un efecto
materno que se retiene en la mosca adulta, lo que indica que la protena es necesaria desde
el principio en el desarrollo para establecer un estado que se conserva a travs de muchas
divisiones celulares. Dado que la funcin aislante en s es la lectura de salida en esta
situacin, el aislante debe ser parte de la marca epigentica. La presencia de la protena ms
tarde en el desarrollo, despus de la iniciacin de la transcripcin cigticos, no es suficiente
para restaurar la funcin normal del aislador, lo que sugiere que Mod (ODM 4) 2.2 est
involucrado en el establecimiento de una marca epigentica embrionario temprano.
Para algo para que acte como una marca epigentica, debe tener algn medio de retener
su contenido de informacin a pesar de todas las interrupciones de la cromatina. Tales
interrupciones incluyen la transcripcin, la replicacin del ADN, y la compactacin de la
cromatina / descompactacin durante la mitosis. Aunque gran parte de esta rea de
investigacin an no est claro, la evidencia est comenzando a emerger lo que indica que
los aisladores cumplen estos tres criterios. La funcin apropiada de la Drosophila Su (Hw)
aislante es compatible con la transcripcin a travs del sitio aislante, como la insercin de Su
(Hw) sitios de unin en un intrn de losamarillos resultados de genes en el silenciamiento de
potenciadores aguas abajo sin interrupcin del producto gnico ( Geyer y Corces, 1992 ). De
hecho, la maquinaria transcripcional podra pasar a travs de Su (HW) complejos de
aisladores muy a menudo como do (HW) sitios de consenso se encuentran con frecuencia
dentro de intrones ( Ramos et al., 2006 ), aunque si todos estos sitios son aislantes activos
queda por la determinado.Adems, el mapeo de Drosophila CTCF y sitios a travs de
inmunoprecipitacin de la cromatina de unin CTCF humano muestra que un nmero de
sitios se encuentran dentro de intrones ( Barski et al, 2007. ; Holohan et al, 2007. ; Kim et al,
2007. ), lo que sugiere que la coexistencia con la transcripcin podra ser una propiedad
comn de los aislantes, aunque tambin es posible que estos sitios CTCF juegan un papel
diferente en la transcripcin.
Hay indicios de que los aislantes tambin son funcionales durante la replicacin del
ADN. La Drosophila gen corion loci se amplifican aproximadamente 80 veces durante la
ovognesis, pero cuando se inserta aleatoriamente en otros sitios genmicos, el nivel de
amplificacin disminuye drsticamente. Flanqueando el locus amplificado con Su (Hw) los
aisladores protege contra esta variegacin por efecto de posicin ( Lu y Torre, 1997 ),
mientras que la insercin de un aislante entre dos elementos reguladores necesarios suprime
la amplificacin ( Lu et al., 2001 ).Estos resultados sugieren que los aislantes podran
interactuar con los mecanismos de control de duplicacin de una manera similar a aquella
por la que interactan con los mecanismos de control de la transcripcin. Es plausible, por
tanto, que los aislantes podran estar involucrados en la delimitacin de los dominios de
replicacin por separado con el tiempo de replicacin distinto y regulacin, un papel que
presumiblemente implicara el mantenimiento de la funcin de aislante en toda la fase S. No
queda claro, sin embargo, precisamente lo que ocurre cuando el propio sitio de aislante se
replica.
Durante la mitosis, sin embargo, hay evidencia ms directa de que las protenas de
aisladores pueden ayudar a mantener la informacin epigentica. Por ejemplo,
la Drosophila protena aislante Beaf permanece en los cromosomas durante la mitosis ( Hart
et al., 1999 ), pero no parece ser necesario para la mecnica de la mitosis, lo que sugiere
que podra actuar como un marcador de posicin para retener la memoria molecular de
activa sitios de aisladores ( Gilbert et al., 2006 ). Adems, en clulas HeLa, CTCF se ha
observado en los cromosomas mitticos; un examen de un subconjunto de sitios de unin en
interfase conocido CTCF revel que los mismos sitios tambin estn obligados durante la
mitosis ( Burke et al., 2005 ). Otro estudio comprob este hallazgo en una lnea celular
diferente ( Rubio et al., 2008 ). Por el contrario, otros dos estudios informaron el hallazgo
opuesto que CTCF no permanece unido a la cromatina durante la mitosis ( Komura et al,
2007. ; Wendt et al, 2008. ). El mantenimiento de la unin es fundamental si CTCF realmente
acta como una marca epigentica; Sin embargo, esta idea sigue siendo controvertida en el
campo.
Una pista ms sutil que sugiere que los aislantes podran estar involucrados en el
mantenimiento de los estados epigenticos proviene de estudios sobre la relacin entre
CTCF y la protena relacionada con BORIS (Hermano del Regulador de Sitios
Imprinted). BORIS contiene un dominio de dedo de zinc con la secuencia casi idntica a la de
CTCF, y se une al mismo loci, pero que slo se expresa normalmente en la lnea germinal
masculina en la etapa de desarrollo en la que se borran las marcas de metilacin del ADN,
una etapa en la que la expresin de CTCF es downregulated drsticamente ( Loukinov et al.,
2002 ). Aunque indirecta, este hallazgo podra indicar que si la ausencia de CTCF es
importante para las marcas epigenticas sean restablecimiento, a continuacin, su presencia
podra jugar un papel en su mantenimiento.
Para profundizar en los mecanismos mediante los cuales la funcin de aislante se mantiene
epigenetically, podemos mirar a otras protenas que estn involucradas en la herencia
epigentica. Protenas trxG y PcG se sabe que estn implicados en la memoria celular de los
estados de la cromatina ( Grimaud et al., 2006 ). Las mutaciones en mod (ODM
4) mejorar trxG mutaciones y suprimen PcG mutaciones, y trxG mutaciones aumentan la mod
(ODM 4)efecto paternal descrito anteriormente. Ms importante, el efecto materno de la mod
(ODM 4)
u1
mutacin tambin se ve reforzada por trxG mutaciones y suprimida por
un PcG mutacin, lo que indica que la herencia epigentica de aislante actividad se ve
afectada por las protenas celulares (memoria Gerasimova y Corces, 1998). Por lo tanto, las
protenas trxG y PcG y protenas de aisladores son interdependientes unos de otros para su
correcto funcionamiento. Aunque no hay evidencia de una interaccin directa entre estos
grupos de protenas, todos ellos son cree que participan en la organizacin nuclear a gran
escala. Esto implica que parte de la informacin que se epigenetically retenido de una
generacin a la siguiente es la organizacin fsica de la cromatina en el ncleo, y cada una
de estas protenas debe ser funcional para este proceso se produzca correctamente.
Aislantes modulan tipo de clula organizacin nuclear especfica
Si la organizacin nuclear contiene informacin epigentica, a continuacin, se puede inferir
que es especfica de clulas de linaje. Adems, la organizacin nuclear y la regulacin
transcripcional son conocidos por ser ntimamente relacionados. El hecho de que los
patrones de expresin de genes definen la identidad celular tambin implica que la
organizacin nuclear es de tipo celular especfico. Por lo tanto, los elementos, tales como
aislantes, que estn involucrados en el establecimiento de la organizacin nuclear y la
regulacin transcripcional deben regularse entre tipos de clulas.
Aqu nos centramos en lo que se conoce acerca del tipo de clula de informacin aislante
especfica de todo el genoma. Sin embargo, la funcin de los aisladores especficos que son
conocidos por ser regulada entre diferentes tipos de clulas, tales como el aislante CTCF en
el ICR en los vertebrados y los aisladores se encuentran en laDrosophila Abd-B regin
reguladora, se discutir en mayor detalle en una tarde seccin. Mirando el mundo, los sitios
de unin CTCF en el genoma humano fueron asignadas recientemente utilizando
inmunoprecipitacin de la cromatina seguido por el anlisis de microarrays ( Barski et al,
2007. ; . Kim et al, 2007 ). El anlisis de los dos tipos de clulas diferentes revel diferencias
en una pequea pero reproducible porcentaje de estos sitios, lo que indica que CTCF de
unin al ADN es parcialmente del tipo de clula especfico. Sin embargo, cuando se
analizaron un pequeo nmero de do (HW) sitios de unin en diferentes Drosophila se
observ tejidos poca o ninguna variacin ( Adryan et al, 2007. ; . Parnell et al, 2006 ). Esta
diferencia podra indicar que el aislamiento de Su (HW) es slo participar en la arquitectura
nuclear esttica, aunque otros Drosophila aisladores pueden dictar organizacin especfica
de tipo celular. Alternativamente, puede haber cambios especficos de tipo celular en Su (Hw)
de unin a ADN que no pudieron resolverse cuando se comparan tejidos enteros que
contienen muchos tipos de clulas diferentes. Una tercera posibilidad es que Su (Hw) la
regulacin de la organizacin nuclear aislante se produce a travs de la regulacin de las
interacciones entre las protenas implicadas en la formacin de aisladores de bucle y no a
nivel de la unin al ADN. En apoyo de esta tercera posibilidad, durante el golpe de calor, que
hace que los genes de choque trmico que se activen y la transcripcin en el resto del
genoma que ser apagado, Su (HW) cuerpos de aisladores se disocian, pero las protenas
aislantes mantienen unido al ADN (Gerasimova et al., 2000 ). Por lo tanto, el cambio masivo
en los patrones de expresin de genes que sigue de choque trmico se acompaa de
reorganizacin de las interacciones protena-protena entre las protenas de aisladores que
indican que la regulacin especfica del tipo de clula de Su (HW) aisladores podra ocurrir
en gran medida en el nivel de agrupacin aislante.
La lmina nuclear est involucrado en clulas de tipo organizacin nuclear especfica y la
expresin gnica enDrosophila . A medida que el Su (Hw) aislante interacta con la lmina
nuclear, una interaccin que es necesaria para la funcin aislante adecuado, aisladores
podran estar involucrados en este proceso de clulas de tipo nuclear organizacin especfica
( Capelson y Corces, 2005 ; . Gerasimova et al, 2000 ). In vitro la diferenciacin solicita un
pequeo nmero de genes para alterar su asociacin con la lmina nuclear, y estos
reordenamientos nucleares son acompaados por cambios en la expresin gnica
( Pickersgill et al., 2006 ). Aunque no se ha examinado el papel de aisladores en este
contexto, la activacin o inactivacin de los aislantes podran causar la cromatina a asociar
con o disociar de la lmina nuclear, que conduce a los cambios observados en la disposicin
nuclear y la expresin gnica. Recientemente, los dominios de la lmina asociada fueron
asignadas a lo largo de todo el genoma humano, que revel un fuerte enriquecimiento para
sitios CTCF 5-10kb dentro de estos dominios (Guelen et al., 2008 ). Aunque este anlisis se
limit a un tipo de clula y por lo tanto no proporciona informacin sobre el papel de la lmina
nuclear o CTCF en clulas de tipo organizacin nuclear especfica, sugiere la conservacin
de la interaccin funcional entre lmina nuclear y las protenas de aisladores en los
vertebrados. Se requiere ms anlisis exhaustivo para determinar si los aisladores son de
hecho involucrado en clulas de tipo especfico de organizacin nuclear.
La regulacin de la actividad aislante
Dado que las secuencias de ADN a las que se unen las protenas de aisladores estn
presentes en todas las clulas, pero que la funcionalidad de los sitios de aisladores
especficas en tipos celulares especficos exhibe cierta variabilidad, se deduce que debe
haber algn medio para regular el comportamiento de protenas aislante. Esta regulacin
podra tener lugar una vez en un linaje como parte de un evento de diferenciacin, con el
efecto de ser mantenido de forma estable por mecanismos epigenticos como se discuti
anteriormente, o como parte de un sistema continuo de control que se volvi a imponer
continuamente (o se permite la caducidad) en cada generacin celular. Existe evidencia para
una variedad de mecanismos moleculares que afectan al comportamiento aislante de la
protena en mltiples etapas involucradas en la funcin aislante
Un requisito bsico para cualquier tipo de complejo proteico aislante funcional es la actividad
de unin al ADN.Un mtodo de modulacin de la actividad de unin a ADN es la modificacin
covalente del ADN en el sitio de unin. El ejemplo clsico de este tipo de regulacin es
diferencial metilacin del sitio de unin CTCF entre el H19y Igf2 genes ( Bell y Felsenfeld,
2000 ; Hark et al, 2000. ). En este caso, cuando CTCF est unido y el aislador es funcional,
slo H19 se expresa; esto ocurre en el cromosoma materno. En el cromosoma paterno, el
sitio de unin es metilado y CTCF es incapaz de unirse, lo que hace el aislador
inactiva; slo Igf2 se expresa. Se impone Esta marca metilacin durante el desarrollo de las
clulas germinales masculinas y mantiene de manera estable a partir de entonces. Otra
forma de regulacin es la modificacin covalente de las protenas implicadas. Parece que la
ubiquitinacin podra desempear un papel aqu, como los dTopors ubiquitina E3 ligase
pueden afectar el aislador Su (Hw) en Drosophila ( Capelson y Corces, 2005 ). Las
mutaciones en este gen reducen la funcin aislante, mientras que dTopors sobreexpresin
puede rescatar fenotipos de aisladores que ya han reducido la funcin y deficientes ADN
vinculante. Un punto de mutacin que suprime la actividad de ubiquitina ligasa tambin
suprime el efecto rescate, lo que sugiere que la actividad enzimtica es importante; sin
embargo, la identidad de la diana de la enzima en este proceso sigue siendo
desconocido. Una tercera estrategia para la regulacin de la competencia de unin a ADN es
protena-protena. La relacin entre Beaf y el regulador transcripcional DREF es un candidato
probable para este tipo de regulacin ( Hart et al., 1999 ). Ambas protenas se unen el mismo
motivo de ADN, pero no interactan entre s, y los ensayos de cambio de movilidad
electrofortica muestran que slo uno a la vez puede unirse a un sitio especfico. En polytene
cromosomas, parecen solaparse en muchos puntos, lo que sugiere que algunas copias del
cromosoma pueden ser obligados por Beaf mientras que otros estn obligados por DREF. La
importancia funcional de esta relacin, si la hay, no se ha determinado.
Dado que los modelos predominantes de la funcin aislante sugieren que los sitios de
aisladores interactan uno con el otro para formar bucles de cromatina, regulacin de la
actividad aislante en el nivel de las interacciones protena-protena requeridas para formar
estos bucles es tambin probable que sea importante. Un ejemplo probable de este tipo de
regulacin es la modificacin de CTCF por poli (ADP-ribosil) acin, o PARlation ( Yu et al.,
2004 ). Experimentos de inmunoprecipitacin de la cromatina en las clulas murinas indican
que la marca PAR y CTCF se superponen en numerosos puntos en el genoma, y in
vitro ensayos de cambio de movilidad demuestran que PARlated CTCF conserva su
capacidad de unin al ADN. En conjunto, estos resultados sugieren que una gran fraccin de
los sitios de unin endgenas CTCF contiene protena PARlated. En este caso, hay indicios
de que la modificacin es un regulador positivo de la funcin aislante, como el tratamiento
con 3-aminobenzamida, un inhibidor de PARlation, resulta en prdida de aislamiento. La idea
de que PARlation regula aislamiento CTCF mediante la promocin de las interacciones entre
los sitios de aisladores no se ha demostrado de forma concluyente, pero parece probable,
como PARlation parece promover las interacciones protena-protena en otros contextos
( Reale et al., 2000 ). Otro caso de la regulacin del aislador por la modulacin de la
interaccin protena-protena es la modificacin de la MOD (ODM 4) 2.2 y CP190 en la
Drosophila Su (Hw) complejo aislante mediante la adicin de SUMO (Small ubiquitina-como
modificador) ( Capelson y Corces, 2006) . Como es el caso de PAR, SUMO colocaliza con
las protenas de aisladores en un nmero de sitios en todo el genoma, como se demuestra a
travs de la inmunotincin de cromosomas politnicos. Sin embargo, a diferencia de PAR,
SUMO parece ser un regulador negativo de la actividad aislante, como mutaciones en el
resultado va Sumoylation en funcin aislante reforzado. Por otra parte, la sobreexpresin de
componentes de maquinaria Sumoylation altera la apariencia de los cuerpos aislantes
puntiformes en ncleos diploides de larvas de tercer estadio. Este hallazgo sugiere
fuertemente que regula la actividad Sumoylation aislante al interferir con la capacidad de los
sitios de aisladores en diferentes lugares para interactuar uno con el otro. La maquinaria de
RNAi tambin parece desempear un papel en la regulacin de las interacciones entre las
protenas aislante ( Lei y Corces, 2006). Este papel no parece ser un sencillo, sin embargo,
como diferentes componentes de la maquinaria afectan a la funcin aislante de maneras
opuestas. Sobre la base de la prdida de funcin y los estudios de sobreexpresin, la
helicasa Rm62 se opone, mientras que las protenas Argonaute facilitan, la actividad
aislante. La interaccin de las protenas de aisladores con la cromatina parece estar afectada
en alguna de estas condiciones, indicando de nuevo que la regulacin se produce a nivel de
la interaccin entre los sitios de aisladores, en lugar de ADN de las protenas de unin en
cada sitio. La interaccin entre Rm62 y CP190 es dependiente de ARN, lo que nos lleva a
una interesante posibilidad. Adems de determinar simplemente si o no un sitio aislante
especial participa en las interacciones con otros aislantes, tambin se puede imaginar que
puede haber modos de regulacin que especifiquen el conjunto de sitios de aisladores que
participan en cada grupo. Potencialmente, la especificidad de secuencia proporcionada por la
inclusin de ARN en un complejo aislante puede proporcionar un medio de lograr este
objetivo.
Adems de los mecanismos de regulacin descritos anteriormente, hay otros factores que
afectan la actividad aislante para los que los detalles funcionales son todava
desconocidos. Un ejemplo es el de la Drosophila Abdominal-B ( Abd-B locus). El Abd-
B regin de control consta de una serie de desarrollo regulados potenciadores, silenciadores
y aislantes. Cmo el potenciador correcta se dirige a la Abd-B de genes en un tipo de clula
dada es un rea de gran inters. Curiosamente, uno de los aisladores en esta regin, Fab-7,
se compone de mltiples sub-elementos que ejercen su funcin aislante, ya sea en diferentes
puntos durante el desarrollo o con diferentes combinaciones de potenciador-promotor
( Schweinsberg et al., 2004 ). Este hallazgo revela el potencial para la actividad especificada
aislante que podran dilucidar algunas de la expresin del gen regulado por el desarrollo en
este locus. Adems, se ha demostrado mltiples aislantes dentro de la regin de control Abd-
B para exhibir derivacin aislante, lo que significa que la actividad aislante se suprime
cuando dos aisladores se colocan cerca uno de otro debido a aislante de emparejamiento
( Gruzdeva et al, 2005. ; . Kyrchanova et al, 2007 ; . Kyrchanova et al, 2008 ; Rodin et al,
2007. ). Aunque derivacin aislante no se ha demostrado en el locus endgeno, es posible
que este mecanismo desempea un papel en la seleccin de elementos potenciadores
especficos para el promotor en el tipo de clula correcta en el punto de tiempo de desarrollo
correcto. Otra parte de la explicacin de la expresin gnica regulada por el desarrollo de
la Abd-B gen proviene de Promotor secuencias dirigidas (PTS) que se han encontrado 3 'a
dos de los aisladores, Fab-7 y Fab-8, y permitir que los potenciadores para superar
tanto Drosophila CTCF y Su (Hw) potenciador actividad bloqueante en ensayos de
transgenes ( Chen et al., 2005 ; Zhou y Levine, 1999 ). Estos se dirigen a un promotor de
STP a uno, y slo uno, promotor en un linaje celular dado, lo que sugiere que estas
secuencias se estabilizan los complejos potenciador-promotor ( Lin et al., 2003 ). Tal vez
estos complejos potenciador-promotor interfieren con la formacin de bucle aislante y de esta
manera anulan la actividad aislante.
Otro ejemplo de secuencias cercanas que afectan a la actividad aislante es elementos de
respuesta a la hormona tiroidea (TREs), que a menudo se encuentran en estrecha
proximidad a los sitios de unin CTCF en los vertebrados ( Arnold et al, 1996. ; Awad et al,
1999. ; Prez-Juste et al ., 2000 ). Anlisis de la relacin entre estos dos elementos sugiere
que la actividad de bloqueo de potenciador de CTCF se reduce por tanto la TRE encuentra
aguas arriba de la gallina lisozima de genes y la TRE encuentra aguas arriba de la
humano c-myc gen en presencia de la hormona tiroidea ( Lutz et al ., 2003 ). CTCF
permanece unido al ADN en presencia de la hormona, indicando que Tres debe inactivar
CTCF.
Modulacin adicional de la actividad CTCF proviene de varias parejas de interaccin
( Wallace y Felsenfeld, 2007 ). Mientras Kaiso se cree que regulan negativamente CTCF
potenciador de la actividad-bloqueo, CHD8 mejora esta funcin ( Defossez et al, 2005. ; .
Ishihara et al, 2006 ). Estudios recientes indican que cohesin tambin interacta con
CTCF. Estos informes demuestran que CTCF recluta cohesin a la cromatina y que es
necesaria para la funcin aislante adecuado en ambos loci transgnicos y endgenos
( Parelho et al, 2008. ; . Rubio et al, 2008 ; Stedman et al, 2008. ; Wendt et al. ,
2008 ). Aunque el efecto de la cohesin en la asociacin CTCF con el ADN no est claro
debido a datos contradictorios a partir de estos estudios, Kaiso y CHD8 no se cree que tienen
un efecto. Por lo tanto, por lo menos algunos CTCF interactuando socios deben afectar
aislante actividad a travs de un mecanismo alternativo, tales como promover u obstaculizar
la formacin de bucle.
El gran nmero de mecanismos de regulacin que existen para modular la funcin de
aislante implica que la actividad aislante es dinmica. Mecanismos independientes se han
identificado para la regulacin de la protena de unin a ADN aislante y protena-protena
interacciones que conducen a la formacin de bucle. Estas estrategias podran ser utilizadas
para diferentes niveles de regulacin. La interferencia en el nivel de unin al ADN podra ser
una forma ms permanente de la regulacin, mientras que la interferencia en el nivel de
formacin de bucle puede ser ms transitoria como las protenas podran permanecer
presentes y preparadas para la activacin. As, por ejemplo, una clula podra responder
rpidamente a los cambios en sus necesidades metablicas inmediatas y su entorno
mediante la alteracin de su organizacin de bucle, mientras que todava conserva su
identidad diferenciada a travs de los patrones de unin al ADN. Sin embargo, se necesita
ms trabajo para entender cundo y cmo la clula utiliza estas formas de regulacin
aislante.
Conclusiones
Por lo menos algunos aisladores potenciador de bloqueo parecen participar en la herencia
epigentica, y muchos regulacin exhibicin de la actividad aislante. Cada sitio aislante
contiene el potencial para la regulacin en muchos niveles, incluyendo las protenas de unin
al ADN aislante, modificaciones de estas protenas, o elementos cercanos actividad de los
complejos de aisladores de modulacin. Como aisladores potenciador de bloqueo se
encuentran en toda la Drosophila y los genomas de vertebrados, una gran cantidad de
potencial de tipo celular existe informacin especfica que se puede mantener a lo largo de
una clula y / o el linaje del organismo. Todava se desconoce, sin embargo, cmo
ampliamente estas formas de regulacin se utilizan por una clula, y, por tanto, no est claro
qu cantidad de la actividad aislante en un genoma dado es de tipo celular especfico.
Aunque mucho se ha trabajado para entender la funcin aislante, los mecanismos a travs
de los cuales funcionan todava no son bien entendidas. Tampoco est claro si la funcin
principal de los aisladores es actuar a nivel local a travs de potenciador de bloqueo, si su
funcin en cis Regulacin de la transcripcin, simplemente refleja su papel en la organizacin
nuclear global, o si aisladores juegan un papel activo en la regulacin transcripcional y
nuclear organizacin. Si su papel en la organizacin nuclear es funcional, es posible que la
organizacin nuclear aislante-dependiente de la cromatina contiene informacin epigentica
que es importante para la diferenciacin celular. La regulacin de esta organizacin por el
control de la actividad aislante en ubicaciones especficas del genoma podra por lo tanto ser
un mecanismo importante para el establecimiento y mantenimiento de las clulas destinos
especficos durante el desarrollo en eucariotas superiores.