Introdução À Redes Complexas e Visualização de Dados Com Gephi

I NTRODUO
REDES COMPLEXAS E
VISUALIZAO DE DADOS
com gephi
Newton Calegari, TIDD PUC-SP
Maio 2014
quarta-feira, 21 de maio de 2014
REDES COMPLEXAS
2
sistemas complexos
3
Inte
ra
o
e
ntre
e
le
m
e
nto
s
P
r
o
p
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i
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T
G
S
,

R
e
d
e
s
,
C
i
b
e
r
n
t
i
c
a
...
comportamento
emergente da relao
entre elem.
- Organismos vivos
- Crebro humano
- Mercado de aes
A
u
t
o
-
o
r
g
a
n
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a
o
,
E
v
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o
,
A
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s
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r

m
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p
e
a
d
o
s
p
o
r

r
e
d
e
s
para cada sistema
complexo h uma rede
que define as interaes
entre os componentes
sistema complexo
4
rede
para cada
existe uma
que mostra as relaes dos elementos
REDES
5
usamos
para estudar o comportamento dos
SISTEMAS COMPLEXOS
Universality: the architecture of
networks emergin in various
domains of science, nature, and
technology are more similar to each
other than one would have expected.
We will never undertand complex system unless we map
out and understand the networks behind them.
6
grafos e redes
7
Grafos e Redes
Euler, 1735
7 pontes de Knigsberg
Vrtice
Aresta
8
Grafos e Redes
rede
N (node)
Link
Rede (network)
Refere-se aos sistemas
reais (redes sociais,
neurnios...)
grafo
Vrtice
Aresta
Grafo
um modelo, uma
representao
matemtica
9
Grafos e Redes
Grafo
G = (V, E)
V: conjunto de vrtices
E: conjunto de pares de V, arestas
Arestas no direcionadas Grafo
Arestas direcionadas Digrafo (grafo orientado)
[1: https://pt.wikipedia.org/wiki/Ficheiro:6n-graf.svg]
[1]
10
Grafos e Redes
conceitos de redes
Node degree nmero de links conectados ao n
in-degree
out-degree
nmero links de entrada ou sada
de um n em grafos orientados
a soma de in e out resulta no grau
do n
Average degree L (links), N (nodes)
no-orientado <k> = 2LN
orientado <k> = LN
11
Grafos e Redes
conceitos de redes
in-degree 4
out-degree 2
Node degree 6
in-degree 4
out-degree 2
Node degree 6
in-degree 4
out-degree 2
Node degree 6
12
Grafos e Redes
conceitos de redes
Average degree 2.2
N: 10 L: 22
13
Grafos e Redes
Grafo completo
vrtices
arestas
Average degree
5
n(n-1)2
n-1
"um grafo e dito denso quando possui muitas arestas para
um determinada quantidade de vertice. Se, ao contrario, o
grafo possuir poucas arestas para uma determinada
quantidade de vertices, ele e chamado de grafo esparso."
As redes reais geralmente so
esparsas!
14
Grafos e Redes
representao
Lista de arestas
{(1, 2), (1, 3), (1, 4) (2, 3), (3, 4)}
Lista de adjacncias 1: 2, 3, 4
2: 1, 3
3: 1, 2, 4
4: 1, 3
Matriz de adjacncias
0 1 1 1
1 0 1 0
1 1 0 1
1 0 1 0
1
2
4
3
15
Grafos e Redes
grafo e digrafo
0 1 1 1
1 0 1 0
1 1 0 1
1 0 1 0
1
2
4
3
matriz
simtrica
0 0 1 1
1 0 0 0
0 1 0 1
0 0 0 0
1
2
4 3
matriz
no simtrica
16
Grafos e Redes
grafo e digrafo
0 0 2 4
3 0 0 0
0 2 0 1
0 0 0 0
1
2
4 3
Peso nas
arestas
3
2
2
1
4
17
Grafos e Redes
caminhos
A distncia entre dois vrtices definida pelo nmero de arestas do
menor caminho que os conecta
A
B
D
C
E
I
F
G
H
Qual a distncia entre os vrtices A e I?
18
Grafos e Redes
caminhos
D
E
G
H
A
B
C I
F
A, B, C, F, I 4 arestas
19
Grafos e Redes
caminhos
A
B
D
C
E
I
F
G
H
A, B, E, G, H, F, I 6 arestas
20
Grafos e Redes
caminhos
A
B
D
C
E
I
F
G
H
A, D, C, F, I 4 arestas
21
Grafos e Redes
caminhos
A
B
D
C
E
I
F
G
H
A, D, C, F, I 4 arestas
A, C, F, I 3 arestas
22
Grafos e Redes
caminhos
!
Caminho (path)
!
Distncia (shortest path)
!
Dimetro do grafo (maior
distncia no grafo)
!
Distncia mdia (average
path length)
!
Ciclo (N incio = N fim)
!
Caminho euleriano (cada
aresta uma vez)
!
Caminho hamiltoniano
(cada vrtice uma vez)
23
Grafos e Redes
conectividade dos grafos
!
Grafo no orientado
!
connected dois vrtices quaisquer so alcanveis por um
caminho
!
disconnected formado por dois ou mais componentes no
conectados entre si
24
Grafos e Redes
conectividade dos grafos
!
Grafo orientado
!
strongly connected cada vrtice qualquer possui um
caminho para outro vrtice (e vice-versa)
Ex, A->B e B->A.
!
weakly connected conectado se no considerarmos a
direo das arestas
25
Grafos e Redes
componentes Conectados
!
strongly connected components
B, C, D, E
A
F
G, H
!
weakly connected components
A B C D E
G H F
26
Grafos e Redes
componentes Conectados
!
giant component componente que, geralmente, ocupa a maior
frao da rede
redes
27
28
cincia das redes
Erds e Renyi, 1959
Modelo de Redes Randmicas
Adicionando links de maneira aleatria,
quase todos os ns tero graus prximos
29
cincia das redes
Stanley Milgran, 1967
Six degrees
Os seis graus de separao
30
cincia das redes
Mark Granovetter, 1973
Clusters
Pequenos grupos fortemente conectados
Vnculos fortes e vnculos fracos
Vivemos em pequenos clusters, grupo de
amigos prximos onde todos esto
conectados por exemplo, com vnculos
fortes. Cada cluster se conecta com outro por
meio de vnculo(s) fracos que ligam de um
grupo a outro. Vnculos fracos so os que
nos permitem comunicar com o mundo
exterior (os outros pequenos mundos,
clusters).
31
cincia das redes
Watts e Strogatz
Coeficiente de clusterizao
Hubs
32
redes randmicas
{ ... }
rede livre sem escala
cincia das redes
33
redes randmicas
Modelo de Erds-Renyi
Rede democrtica
(probabilidade de conexo igual
para todos os ns)
Randmica
Esttica
cincia das redes
34
Modelo de Barabsi
Exponencial
Lei de Pareto (80-20)
Permite crescimento dinmico
Muitos ns so conectados rede por

ligaes com ns que possuem muitos links,
os hubs
cincia das redes
35
!A rede se expande com a adio de novos
ns com m links
!Novos ns adicionados rede preferem se
conectar com outros ns altamente
conectados
!Hubs se originam do crescimento e da
conexo preferencial
cincia das redes
36
modelo de rede randmica
Modelo de Erds-Renyi
cincia das redes
37
80 ns
162 arestas
Grafo no-orientado
cincia das redes
38
cincia das redes
39
modelo de rede livre sem escala
Modelo de Barabsi
cincia das redes
40
80 ns
79 arestas
Grafo no-orientado
cincia das redes
41
cincia das redes
42
Hubs
Ns que concentram
grande nmero de
conexes
cincia das redes
43
aplicaes
Identificao de Comunidades
Organizaes: encontrar grupos e comunidades
Biologia: locating funciontal modules
(Ex: Se na anlise de uma rede molecular h determinados hubs,
possivelmente esses hubs so mdulos que podem at
desempenhar papel de maior importncia no organismo,
requerem maior ateno)
cincia das redes
44
aplicaes
Localizao de Caminho timo
Organizaes: networking, logstica, encontrando
vnculos sociais (redes sociais)
Biologia: diseases pathway
cincia das redes
45
aplicaes
Viral (Viral Process)
Organizaes: marketing viral, buzz
Computao/Epidemiologia: erradicando vrus,
identificando como vrus se espalham
cincia das redes
visualizao
de dados
46
47
Visualizao de dados
Visualizao das redes
48
Visualizao de dados
49
Visualizao de dados
50
Visualizao de dados
51
gephi
www.gephi.org
52
introduo ao gephi
53
introduo ao gephi
54
introduo ao gephi
55
Tamanho do n
Cor
Centralizar grafo na tela
Mostrar/Esconder
texto do n
Mostrar/Esconder
arestas
introduo ao gephi
56
introduo ao gephi
57
Detectando comunidades na rede
introduo ao gephi
58
Plugins
introduo ao gephi
59
Plugins
introduo ao gephi
[https://marketplace.gephi.org/]
60
Layouts
introduo ao gephi
ARF
61
Layouts
introduo ao gephi
Circular Layout
62
Layouts
introduo ao gephi
Concentric Layout
63
Layouts
introduo ao gephi
Dual Circle Layout
64
Layouts
introduo ao gephi
Fruchterman-Reingold
65
Layouts
introduo ao gephi
Radial Axis Layout
66
Principais formatos de arquivos suportados
GEFX (XML; mais recursos; surgiu em 2007 com o Gephi)
GraphML (XML; utilizado no NodeXL, Sonivus, NetworkX, Sonivus)
PajekNET (Arquivo texto; um elemento por linha; reconhecido no

Pajek, NodeXL, NetworkX)
GDF (Parecido com tabela de BD ou arquivo CSV, possui definio

de tipo; usado no GUESS)
GML (Graph Modeling Language; Graphlet, Pajek, yEd, LEDA,

NetworkX)
CSV (Simples, pode ser usado com , ; | espao; Ideal para raw
data, dados exportados de BD e Excel)
introduo ao gephi
67
[https://gephi.org/users/supported-graph-formats/]
introduo ao gephi
Principais formatos de arquivos suportados
68
Datasets
"Stanford Large Network Dataset Collection
http://snap.stanford.edu/data/
"Gephi Wiki - Datasets
http://wiki.gephi.org/index.php/Datasets
introduo ao gephi

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Lei de Pareto (80-20)

Permite crescimento dinmico

Muitos ns so conectados rede por

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GraphML (XML; utilizado no NodeXL, Sonivus, NetworkX, Sonivus)

PajekNET (Arquivo texto; um elemento por linha; reconhecido no

GDF (Parecido com tabela de BD ou arquivo CSV, possui definio

GML (Graph Modeling Language; Graphlet, Pajek, yEd, LEDA,

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