20 20

Capitulo 3: resultados y discusin

Capitulo 3
Resultados y discusin
n este captulo se presenta la SEP con los sustratos
aislados en fase gas realizada a nivel semiemprico PM3 y
su posterior refnamiento con el mtodo DFT a nivel !
3"##$%d&p'( Tam)in se presenta el resultado de los ndices de
reactividades correspondientes a las funciones de Fu*ui para el
iluro con el anillo pirimidnico en la forma +P y +P,-& para la
molcula de piruvato y para el estado de transici.n( +dem/s& se
presentan los valores del cam)io de la energa li)re en
condiciones est/ndar o)tenido del an/lisis termodin/mico
realizado para la reacci.n acido )ase entre el residuo altamente
conservado $01"32 y +P!3luro(
E

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21 21
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22 22
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3.1 !ploracin de la "# con los sustratos
aislados.
3.1.1 "# a nivel semiemprico #$3.
0a e4ploraci.n de la SEP a nivel semiemprico con el
5amiltoniano PM3& fguras "" y "6& muestran 7ue el mecanismo
de reacci.n para la formaci.n del 0!T5DP presenta la formaci.n
de un intermediario y la presencia de dos estados de transici.n(
0a primera etapa del mecanismo consiste en el desplazamiento
de la molcula de piruvato 5acia el cofactor T5DP& promoviendo
el ata7ue nucleoflico por parte del car)ono 86 5acia el car)ono
car)onlico 869 de la molcula de piruvato& alcanzando de esta
forma el primer estado de transici.n ET"( Este estado de
transici.n est/ caracterizado con solo una frecuencia imaginaria
de :;<= cm>? y 7ue corresponde al stretching de la coordenada
86!869( 0a )arrera de activaci.n o)servada& calculada a nivel
PM3& es apro4imadamente de 62 @calAmol( Durante esta etapa no
se o)serva transferencia prot.nica( + continuaci.n& el ata7ue
nucleoflico se completa formando el intermediario 3& con una
longitud de enlace 86!869 de apro4imadamente "(BB C& 7ue
corresponde a la longitud promedio de un enlace simple car)ono!
car)ono( 0uego& una vez formado este intermediario& se produce
la transferencia prot.nica desde el grupo ;D!E,6 al o4geno
car)onilico F69& formando fnalmente el producto 0!T5DP& va el
estado de transici.n ET6( Este estado de transici.n tam)in esta
caracterizado con una sola frecuencia imaginaria igual a :6<<;
cm>?& correspondiente al stretching ,;D!F69( 0a )arrera de
activaci.n o)servada& calculada a nivel PM3& para esta Gltima
etapa es apro4imadamente de B @calAmol(
8a)e destacar 7ue estas )arreras de activaci.n se o)tuvieron a
partir de las estructuras de los puntos crticos de la reacci.n 7ue
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23 23
Capitulo 3: resultados y discusin
fueron optimizadas en fase gas sin restricciones& una vez
construida la SEP( Ha 7ue no corresponden a las estructuras con
las 7ue se construyo la superfcie& las cuales fueron restringidas
en algunas varia)les tales como longitudes de enlaces& /ngulos
de enlaces y /ngulos diedros( Estas nuevas optimizaciones se
realizaron utilizando el 5amiltoniano PM3 en MFP+8 6<<2(
%i&ura 11. Iepresentaci.n 3D de la SEP a nivel semiempirico PM3(
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2' 2'
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%i&ura 12. Iepresentaci.n )idimensional de la SEP a nivel
semiempirico PM3.
0os valores de las coordenadas de reacci.n I"& I6 y de los
/ngulos diedros Jp y JT para los diferentes puntos crticos de la
SEP optimizados sin restricci.n de varia)les se presentan en la
ta)la 3( Para la regi.n de los reactantes& del intermediario y del
producto se tomaron las estructuras de menor energa
encontradas en la SEP( Mientras 7ue para los estados de
transici.n se tomaron las estructuras encontradas en las zonas
de puntos de silla de la superfcie(
En la fgura "3 se muestran los resultados de las estructuras
optimizadas en fase gas de los puntos crticos de esta SEP(
+dem/s& para resaltar los cam)ios estructurales ocurridos
durante el transcurso de la reacci.n& en la ta)la 33 se presentan
los valores de algunas longitudes y /ngulos de enlace&
pertenecientes principalmente a la molcula de piruvato y al
grupo imino del anillo pirimidnico( Por otro lado en la ta)la 333& se
presentan las cargas at.micas o)tenidas del an/lisis po)lacional
de Mulli*en %MP+'KKDLL para los /tomos m/s relevantes
involucrados en el ata7ue nucleoflico y en la transferencia
prot.nica( En esta Gltima ta)la y con el fn de comparar la
variaci.n de la carga so)re los nitr.genos E;D& fgura ";& tam)in
se presentan las cargas at.micas del nitr.geno E3(

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2( 2(
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%i&ura 13. Estructuras de los puntos crticos de la SEP a nivel PM3
optimizados en fase gasM %+' reactantes& %N' estado de transici.n ET"&
%8' intermediario 3& %D' estado de transici.n ET6& %E' producto 0!T5DP(
%i&ura 1'. Estructura rotulada del cofactor T5DP& correspondiente al
intermediario 3(
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2) 2)
Capitulo 3: resultados y discusin
En el sistema de reactantes la molcula de piruvato presenta una
geometra trigonal plana& con valores de algunos de enlaces
cercanos a los "6<O( En esta regi.n de la SEP& el piruvato se
encuentra a una distancia de ;(<B C del intermediario iluro&
orientando su grupo car)onilo 5acia el grupo imino cuaternario
del anillo pirimidnico( Por su parte el nitr.geno E;D en esta
regi.n registra la mayor densidad de carga positiva& en
comparaci.n a los dem/s puntos crticos de la SEP& ya 7ue a
medida 7ue avanza la reacci.n la carga at.mica del nitr.geno
E;D adopta valores negativos& especfcamente en el segundo
estado de transici.n y en el producto( +dem/s& el enlace E;D!8;D
muestra una longitud de enlace de "(33 C& la cual es menor 7ue
el valor de longitud de enlace promedio para un enlace do)le
car)ono!nitr.geno& correspondiente a "(3P CLQ( +s& el anillo
pirimidnico se encuentra )aRo la forma de +P,-& acorde a lo
postulado en literaturaST para otras enzimas T5DP dependientes(
+ medida 7ue la reacci.n avanza y se sitGa en la regi.n del
primer estado de transici.n ET"& los valores de los /ngulos de
enlaces de la molcula de piruvato comienzan a sufrir
modifcaciones( 8laro eRemplo de esto es la disminuci.n del valor
del /ngulo de enlace 8"!869!F69 desde "66O a "";O( Esto da
cuenta del cam)io de geometra 7ue sufre el piruvato& pasando
de una geometra trigonal plana a una geometra tetradrica&
producto del ata7ue nucleoflico realizado por el car)ono 86(
+dem/s como consecuencia de lo ocurrido en esta etapa de la
reacci.n& la densidad de carga negativa so)re el car)ono 869
disminuye& produciendo una variaci.n en la carga at.mica de
<(66< a <(3B2 desde los reactantes 5asta el intermediario 3( En
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2* 2*
Capitulo 3: resultados y discusin
tanto la longitud del enlace 869!F69 aumenta de "(6" C a "(3;
C& aumentando tam)in la carga negativa so)re el o4geno F69(
1na vez en la regi.n del intermediario 3& la molcula de piruvato
se encuentra enlazada al cofactor T5DP& adoptando una
geometra tetradrica con /ngulos de enlace cercanos a los "<2O(
Sin em)rago la orientaci.n del o4geno car)onilico F69 de la
molcula de piruvato no 5a sufrido modifcaciones con respecto a
la 7ue presenta)a en el sistema de reactantes( Esto se de)e
principalmente a 7ue el cofactor T5DP no 5a perdido su
conformaci.n tipo U& la cual se mantiene durante todo el
transcurso de la reacci.n& al igual 7ue el /ngulo de enlace ,;D!
E;D!8;D( 8omo consecuencia& la transferencia prot.nica desde el
grupo imino cuaternario del anillo pirimidnico 5acia el o4geno
car)onilico F69 se encuentra favorecida& 7uedando el o4geno
F69 a una distancia de "(P C con respecto al 5idr.geno ,;D(
Finalmente& el aumento de la densidad de carga negativa so)re
el nitr.geno E;D al atravesar la zona del segundo estado de
transici.n ET6 y posteriormente al llegar a la formaci.n del
intermediario 0!T5DP& indica 7ue el anillo pirimidnico 7ueda )aRo
la forma de 3P& acorde a los postulado en )i)liografa para otras
enzimas T5DP dependientesSVDS?( 8on un valor de "(3" C para la
longitud del enlace E;D!8;D y una carga at.mica so)re el
nitr.geno E;D de !<(6=(
En lo 7ue respecta al anillo pirimidnico& tanto los valores de las
longitudes de enlace& ta)la 3U& como los valores de los .rdenes
de enlace& ta)la U& am)os o)tenidos por MP+& muestran 7ue
desde el sistema de reactantes y 5asta la zona del intermediario
3& los enlace W del anillo se encuentran deslocalizados(
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2+ 2+
Capitulo 3: resultados y discusin
+ medida 7ue la reacci.n avanza y pasa desde el intermediario 3
5asta la formaci.n del producto 0!T5DP& las longitudes de los
enlaces 8;D!8BD y 8;D!E3D aumentan& disminuyendo sus ordenes
de enlace y formando enlaces simple car)ono!car)ono y
car)ono!nitr.geno& respectivamente( Esto provoca 7ue la
densidad de carga negativa so)re el car)ono 8;D disminuya&
ta)la U3( 0o mismo ocurre con los enlaces 8D!E"D y E"D!86D& los
cuales tam)in sufren un aumento en sus longitudes de enlaces
en estas etapas de la reacci.n& disminuyendo sus ordenes de
enlace y provocando un aumento en la densidad de carga
negativa so)re el nitr.geno E"D %ta)la 333'( + pesar de esto& el
nitr.geno E"D se mantiene con una carga parcial positiva durante
toda la reacci.n( En cuanto a los enlaces 8BD!8D y 86D!E3D& estos
mantienen sus ordenes de enlaces constantes durante toda la
reacci.n& con valores correspondientes a .rdenes de enlaces
intermedios entre un enlace simple y un enlace do)le(
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2, 2,
Capitulo 3: resultados y discusin
De acuerdo a los resultados o)tenidos de la e4ploraci.n de la SEP
utilizando el 5amiltoniano PM3& se propone el siguiente
mecanismo para la formaci.n de intermediario 0!T5DP& fgura "B(

%i&ura 1(. Mecanismo de reacci.n propuesto para la formaci.n del
intermediario 0!T5DP mediante c/lculos a nivel PM3(
0os resultados de este estudio se resumen en el diagrama de
energa 7ue se muestra en la fgura "( 0a )arrera de activaci.n&
en trminos de energa electr.nica& para este mecanismo de
reacci.n es de 36(B @calAmol& considerando la )arrera
energtica del estado de transici.n ET6 con respecto al sistema
de reactantes& de)ido a 7ue la etapa limitante de la reacci.n
corresponde a la segunda etapa del mecanismoLX(
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30 30
Capitulo 3: resultados y discusin
%i&ura 1). Diagrama de energa para SEP a nivel semiemprico PM3(
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31 31
Capitulo 3: resultados y discusin
3.1.2 Correccin -%. de la "# a nivel
/3L0#1)-312234d5p6.
0a correcci.n DFT de la SEP fue necesaria de)ido a las conocidas
limitaciones del mtodo PM3& a causa de las simplifcaciones en
la descripci.n electr.nica de este mtodo& como por eRemplo
considerar solo a los electrones de valencia y la utilizaci.n de un
mnimo de funciones )ases( Estas simplifcaciones traen como
consecuencia valores err.neos de las cargas so)re los /tomos de
nitr.geno y una so)re estimaci.n de las )arreras de
activaci.nSYDKKDKQ( Sin em)argo& los mtodos semiempricos siguen
siendo una )uena alternativa para una e4ploraci.n preliminar de
la superfcie de energa potencial para un posterior refnamiento
a nivel DFT QV(
%i&ura 1*. Iepresentaci.n 3D de la superfcie de energa potencial a
nivel DFT(
0a correcci.n de la SEP se llev. a ca)o de acuerdo a la
metodologa descrita en la secci.n 6("( 0os resultados de esta
correcci.n se muestran en las fguras "= y "P( Esta nueva
superfcie de energa potencial muestra diferencias importantes
en su topologa con respecto a a7uella o)tenida a nivel PM3( 0a
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32 32
Capitulo 3: resultados y discusin
zona correspondiente al intermediario 3& ya no presenta la
esta)ilidad energtica descrita por el mtodo PM3( 8omo
consecuencia& las zonas de los puntos de silla correspondientes a
los estados de transici.n ET" y ET6 5an desaparecido( +5ora en
esta nueva SEP& es posi)le o)servar 7ue la reacci.n ocurre
mediante un mecanismo concertado& va un estado de transici.n
asncronoLT& donde la coordenada de reacci.n I"&
correspondiente al ata7ue nucleoflico del car)ono 86 so)re el
car)ono car)onilico 869& se adelanta a la coordenada de
reacci.n I6( De esta manera& se o)serva 7ue a medida 7ue se
acerca la molcula de piruvato 5acia el cofactor T5DP& se
comienza a producir el ata7ue nucleoflico( Mientras esto ocurre&
la distancia entre el o4geno F69 y el 5idr.geno ,;D disminuye
paulatinamente( Ha en la zona del estado de transici.n ET y 5asta
la formaci.n del producto 0!T5DP& se lleva a ca)o la transferencia
prot.nica& rompindose el enlace entre el 5idr.geno ,;D y el
nitr.geno E;D y form/ndose el enlace F69!,;D& mientras el
ata7ue nucleoflico se completa(
%i&ura 1+. Iepresentaci.n 6D de la superfcie de energa potencial a
nivel DFT(
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33 33
Capitulo 3: resultados y discusin
De)ido a 7ue la metodologa implementada para corregir la SEP
a nivel DFT solo consisti. en realizar c/lculos single points so)re
estructuras optimizadas a nivel PM3& fue necesario realizar
optimizaciones al nivel N30HPA!3"##$%d&p' para los puntos
crticos de la SEP DFT( Para las regiones correspondientes al
sistema de reactantes y al producto 0!T5DP& se tomaron las
estructuras de menor energa encontradas en la superfcie( En
tanto& para la identifcaci.n del estado de transici.n ET se
tomaron varias estructuras apro4imadas& pertenecientes a la
regi.n de punto de silla de la SEP( + todas las estructuras
optimizadas se les realizaron c/lculos de frecuencia& para
cuantifcar la )arrera energtica del mecanismo en trminos del
cam)io de energa li)re(
3.1.3 7ptimi8acin de los puntos crticos de
"# -%. al nivel /3L0#1)-312234d5p6.
0os valores de las coordenadas de reacci.n I"& I6 y de los
/ngulos diedros Jp y JT para los diferentes puntos crticos de la
SEP DFT& optimizados al nivel N30HPA!3"##$%d&p'& se presentan
en la ta)la U33( +dem/s& en la fgura "2 se muestran los
resultados de las estructuras optimizadas de los puntos crticos
de la SEP(
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3' 3'
Capitulo 3: resultados y discusin
%i&ura 1,. Estructuras de los puntos crticos de la SEP a nivel DFT
optimizados en fase gasM %+' reactantes& %N' estado de transici.n ET&
%8' producto 0!T5DP(
En las ta)las U333 y 3Z& se presentan los valores de algunas
longitudes y /ngulos de enlace de los puntos crticos&
pertenecientes principalmente a las molculas de piruvato& acido
actico y al grupo imino del anillo pirimidnico& fgura 6<( En
tanto& en la ta)la Z se muestran algunos .rdenes de enlace&
o)tenidos del c/lculo ENF %Eatural Nond Fr)ital'( 8/lculo 7ue
realiza un an/lisis de los .rdenes de enlaces y de las
5i)ridaciones )asado en la po)laci.n electr.nica o)tenida del
an/lisis EP+ %Eatural Population +nalysis'& an/lisis incorporado
en el c/lculo ENFL[DLY(
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3( 3(
Capitulo 3: resultados y discusin
%i&ura 20. Estructura rotulada del sistema de reactantes a nivel DFT(
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3) 3)
Capitulo 3: resultados y discusin
0a optimizaci.n y caracterizaci.n del estado de transici.n
calculado al nivel N30HPA!3"##$%d&p' mostr. como resultado
una Gnica frecuencia imaginaria de !666 cm>?& correspondiente
al stretching simultaneo de las coordenadas de reacci.n 86!869
y ,;D!F69& como se muestra en la fgura 6"(
%i&ura 21. Estructura del estado de transici.n ET con el stretching
simult/neo de las coordenadas de reacci.n 86!869 y ,;D!F69(
8on la fnalidad de corro)orar 7ue el estado de transici.n
encontrado corresponde a la reacci.n de inters& se llev. a ca)o
un c/lculo 3I8( El resultado conduRo al producto y al sistema de
los reactantes previamente optimizados& tal como se muestra en
la fgura 66(
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3* 3*
Capitulo 3: resultados y discusin
%i&ura 22. Es7uema de los c/lculos 3I8 aplicados al estado de
transici.n ET(
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3+ 3+
C H
3
O
O
H
N
N R
1
NH
2
C H
3
C H
3
O
O
H
N
N
-
R
1
NH
2
+
C H
3
1.(* 9
:
.. ..
:
1.33 9
..
Capitulo 3: resultados y discusin
De acuerdo a los resultados& se o)serva 7ue en la zona de los
reactantes el piruvato se encuentra a ;(2 C de distancia de la
molcula iluro y a 3(B" C de distancia con respecto a la
coordenada de reacci.n I6& orientando su grupo car)o4lato
5acia el grupo ;D!E,6( + medida 7ue la molcula de piruvato se
acerca al car)ono 86 del iluro& sta cam)ia su orientaci.n y es el
o4igeno F69 7uien 7ueda m/s pr.4imo al grupo ;D!E,6&
otorgando la confguraci.n tipo S presente en el 0!T5DP( 1na vez
7ue la reacci.n cruza la zona del estado de transici.n y 5asta la
formaci.n del 0!T5DP& la longitud de enlace entre el car)ono 8;D
del anillo pirimidnico y el nitr.geno E;D del grupo imino
disminuye& de)ido a la transferencia prot.nica desde el grupo ;D!
E,6 5acia el o4igeno F69( 8omo consecuencia& la densidad de
carga negativa so)re el E;D aumenta en la formaci.n del 0!T5DP&
ta)la Z3( De igual forma& la distancia del enlace de 5idr.geno
formado entre el residuo y el nitr.geno E"D& disminuye desde
"(B= C a "(;3 C& sin producirse transferencia prot.nica& 7uedando
el anillo de pirimidnico en la forma de ;D!iminopirimidina(
+dem/s& estructuralmente se o)serva 7ue durante toda la
reacci.n el sitio preferencial de protonaci.n del anillo de
pirimidina& correspondiente al nitr.geno E"D& se encuentra
desprotonado& fgura 63& al igual 7ue en la estructura cristalina
de la +,+SXV( Mostrando 7ue el grupo imino cuaternario puede
formarse de)ido a la esta)ilizaci.n de la carga negativa so)re el
nitr.geno E"D por parte del enlace de 5idr.geno formado con el
residuo& el cual esta a una distancia de "(B= C del nitr.geno E"D
en la zona de los reactantes y en el estado de transici.n ET(
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3, 3,
Capitulo 3: resultados y discusin

%i&ura 23. Esta)ilizaci.n por enlace de 5idrogeno del sitio preferencial
de protonaci.n del anillo de aminopirimidina en la forma +P con I?
igual a B!%6!\5idro4idifosfato]etil'!;!metil!"&3!tiazol!3!io(
+dicionalmente& el anillo pirimidnico durante la reacci.n se
encuentra con sus enlace W deslocalizados& segGn las longitudes
y .rdenes de enlace 7ue muestra el anillo& ta)las Z33 y Z333&
respectivamente( En tanto& las cargas parciales para los /tomos
de anillo pirimidnico& o)tenidas del an/lisis ENF& se presentan
en la Z3U(

+s& las principales diferencias 7ue 5a otorgado el refnamiento
de la SEP a nivel N30HPA!3"##$%d&p' en comparaci.n a la
construida con el mtodo PM3& recaen principalmente en 7ue el
mecanismo de reacci.n ocurre de manera concertada y no por
etapas y 7ue para la formaci.n del grupo imino del anillo
pirimidnico no necesaria la protonaci.n del nitr.geno E"D( De
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'0 '0
Capitulo 3: resultados y discusin
esta manera& segGn los resultados o)tenidos es posi)le 7ue el
anillo pirimidnico no se encuentre )aRo la forma de +P,- al
momento de realizar tanto el ata7ue nucleoflico so)re el
car)ono car)onlico 869& como la transferencia prot.nica 5acia el
o4igeno car)onilico F69(

En virtud de los resultados o)tenidos de la SEP corregida a nivel
DFT& se propone el siguiente mecanismo& fgura 6;& para la
formaci.n del intermediario 0!T5DP(
%i&ura 2'. Mecanismo de reacci.n propuesto para la formaci.n del
intermediario 0!T5DP mediante c/lculos a nivel N30HPA!3"##$%d&p'(
0os resultados de este estudio se resumen en el diagrama de
energa 7ue se muestra en la fgura 6B( 0a )arrera de activaci.n
o)servada para la formaci.n del intermediario 0!T5DP es de
apro4imadamente 6" @calAmol( El valor de esta )arrera de
activaci.n est/ por de)aRo de la )arrera de activaci.n te.rica
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'1 '1
Capitulo 3: resultados y discusin
informada en otros estudios& la cual tiene un valor de 3B(P3
@calAmol segGn c/lculos realizados en fase gas y con los
sustratos aislados a nivel DFTSQ( 0a )arrera de activaci.n
e4perimental es de "(6" @calAmol SS(
%i&ura 2(. Diagrama de energa para la SEP a nivel N30HPA!3"#
#g%d&p'(
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'2 '2
Capitulo 3: resultados y discusin
3.2 studio de reactividad.
8on el fn de complementar los resultados anteriores se realiz.
un estudio de reactividad en trminos de las funciones de Fu*ui
y

de las diferentes especies participantes en la reacci.n( 0as
funciones y se calcularon de acuerdo a la metodologa
implementada en ^aguar =(=QQDQL y los resultados se muestran en
la fgura 6& en la cual las funciones se visualizan como
isosuperfcies( Para las molculas de +P!3luro& +P,-!3luro y para el
estado de transici.n ET o)tenido de la SEP DFT se calcul. la
funci.n ( En tanto& para la molcula de piruvato se calcularon
las funciones y ( 0as zonas azules de la funci.n
corresponden a regiones 7ue pierden densidad electr.nica&
cuando la molcula se somete a un ata7ue electroflico o cuando
la molcula actGa como un nucle.flo( Por otro lado& las zonas
roRas de la funci.n corresponden a regiones 7ue ganan
densidad electr.nica cuando la molcula sufre un ata7ue
nucleoflico o cuando la molcula actGa como un electr.floQS(
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f
+
f

f
+
f

f
+
f

f
+
'3 '3
Capitulo 3: resultados y discusin
%i&ura 2). Funciones de Fu*ui para el %+' +P,-!3luro& %N' +P!3luro&
%8' estado de transici.n ET y %D' piruvato( Funci.n de Fu*ui para %E'
piruvato(
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f

f
+
'' ''
Capitulo 3: resultados y discusin
0os /tomos 7ue no poseen regiones coloreadas no presentan
reactividad( En este sentido& en la estructura del iluro en la forma
+P,- se puede apreciar 7ue los centros nucleoflicos m/s
importantes corresponden a los o4genos car)o4licos del residuo&
en cam)io el car/cter nucleoflico del car)ono 86 del anillo de
tiazolio es muy )aRo( Sin em)argo& en el caso del iluro )aRo la
forma +P se o)serva 7ue el /tomo con mayor car/cter
nucleoflico corresponde al car)ono 86& como es de esperar para
7ue se produzca el ata7ue nucleoflico a la molcula de piruvato(
Por otro lado& los ndices at.micos de Fu*ui QTDQ[ calculados
so)re el car)ono 86& resultan ser <(3; y <(<< para las formas +P
y +P,-& respectivamente& fgura 6=( Estos resultados sugieren
7ue el ata7ue nucleoflico del iluro so)re el piruvato re7uiere al
iluro en su forma +P %+P!3luro'(

%i&ura 2*. _ndices at.micos de Fu*ui para +P!3luro y +P,-!3luro(
8on I"` 8,68,6F,(
En lo 7ue respecta al sustrato& la molcula de piruvato& muestra
un importante car/cter nucleoflico so)re todos los /tomos de
o4genos y el car)ono 869 muestra caractersticas de electr.flo(
0os ndices de Fu*ui at.micos para el car)ono 869 y el o4igeno
car)onilico son ` <(B" y el oo ` <(6;& fgura 6P( Estas
caractersticas complementarias entre +P!3luro y el piruvato
sugieren 7ue la reacci.n de formaci.n del 0!T5DP ocurra
mediante el mecanismo postulado a nivel DFT(
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2 C
f

2 C
f

+
2 O
f

'( '(
Capitulo 3: resultados y discusin
%i&ura 2+. _ndices at.micos de Fu*ui %+' y %N' para la molcula
de piruvato(
En el estado de transici.n ET se puede o)servar 7ue las
funciones de Fu*ui antes mencionadas se mantienen y los
l.)ulos est/n dirigidos en la orientaci.n correcta( Es decir el
l.)ulo del /tomo 86 est/ orientado 5acia el car)ono 869 y el
l.)ulo del o4igeno car)onilico est/ orientado 5acia el 5idr.geno
del grupo ;D!E,6( En este estado de transici.n postulado& el
ndice local de Fu*ui so)re el o4igeno car)onilico de la molcula
de piruvato alcanza el valor m/4imo de <(6=& fgura 62& 7ue
comparado con su respectivo valor en la molcula de piruvato
aislada de <(6;& indica el aumento en el car/cter nucleoflico de
este o4igeno como consecuencia del ata7ue del iluro so)re el
car)ono 869(
%i&ura 2,. _ndices at.micos de Fu*ui y & en parntesis& para el
estado de transici.n ET de la SEP DFT( 8on I"` 8,68,6F,(
En la fgura 62& la funci.n condensada de Fu*ui se muestra
entre parntesis( +7u se o)serva 7ue otra de las variaciones
presentes en el estado de transici.n ET& es la disminuci.n de los
ndices de Fu*ui para los nitr.genos E"D& E;D y para el car)ono
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f

f
+
f

f
+
f

f
+
f
+
') ')
Capitulo 3: resultados y discusin
86( 0a funci.n condensada de Fu*ui para el car)ono 869
tam)in disminuye en esta etapa de la reacci.n(
En defnitiva& estos resultados complementan el mecanismo de
reacci.n postulado a nivel DFT( 0a nula reactividad del car)anion
86 cuando el anillo pirimidnico se encuentra )aRo la forma del
+P,- deRa en evidencia 7ue al momento del ata7ue nucleoflico
el anillo pirimidnico se encuentra con la forma de +P(
3.3 :n;lisis termodin;mico.
0os resultados de la e4ploraci.n de la SEP y de la optimizaci.n
del estado de transici.n a nivel DFT sugieren 7ue durante el
ata7ue nucleoflico del iluro& a la molcula de piruvato& el anillo
pirimidnico se encuentra con el nitr.geno E"D desprotonado y el
nitr.geno E;D en su forma imino( +dem/s& los c/lculos 3I8
indican 7ue el producto 0!T5DP se encuentra tam)in con el
nitr.geno E"D desprotonado y el nitr.geno E;D se encuentra en
su forma imino& a diferencia de lo reportado para enzimas T5DP
dependientesSVDST(
8on la fnalidad de corro)orar estos resultados y determinar el
estado de protonaci.n del nitr.geno E"D del anillo pirimidnico
durante la reacci.n& desde el punto de vista termodin/mico se 5a
estudiado el e7uili)rio acido )ase entre el residuo altamente
conservado $01"32& simulado con una molcula de acido actico
y las formas +P y +P,- del iluro& fgura 3<& considerando medios
de diferente constante dielctrica( En la ta)la ZU& se presentan
los valores de los a$O para cada uno de los medios y en la fgura
3< se muestran algunas longitudes de enlace %C' y cargas
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'* '*
Capitulo 3: resultados y discusin
parciales del tipo ENF para algunos de los /tomos m/s
relevantes de la reacci.n(

%i&ura 30. E7uili)rio termodin/mico entre +P!3luro y +P,-!3luro( 8on
I"` 8,68,6F,(
En este sentido& el e7uili)rio involucra directamente la
esta)ilidad de las )ases conRugadas formadas& contrastando la
facti)ilidad de la protonaci.n del nitr.geno E"D del anillo
pirimidnico por parte del residuo $01"32( 0os resultados 7ue se
muestran en la ta)la ZU indican 7ue en los tres medios
considerados la especie termodin/micamente favorecida es el
iluro con el nitr.geno E"D desprotonado& la forma +P!3luro( Este
resultado est/ en concordancia con los resultados descritos en
las secciones anteriores& es decir& durante el ata7ue nucleoflico
el anillo pirimidnico se encuentra con el nitr.geno E"D
desprotonado al igual 7ue el producto 0!T5DP formado( 1na
mayor esta)ilizaci.n de la )ase conRugada de la forma +P,-
de)ido a la deslocalizaci.n de la carga negativa del nitr.geno E"D
en el anillo pirimidnico& permite 7ue la forma +P sea
energticamente m/s esta)le( En comparaci.n& la )ase
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'+ '+
Capitulo 3: resultados y discusin
conRugada del acido actico posee una menor cantidad de
estructuras resonantes capaces de esta)ilizar la carga negativa
so)re el o4igeno F"D( Estos resultados adem/s& presentan una
concordancia con el estado de protonaci.n del residuo $01"32
encontrado en las diferentes estructuras cristalinas o)tenidas de
la +,+S?QD?TDXV y con los c/lculos de los p@a e4perimentales del
nitr.geno E"D y del grupo car)o4lato del residuo $01"32& 7ue
tiene valores de =(< y 2("& respectivamente& donde el rango de
p, de mayor actividad cataltica 7ue presenta la +,+S es de =(B&
apro4imadamenteS?( Sin em)argo& tam)in se o)serva una fuerte
dependencia del valor de $O con el medio& lo 7ue sugiere la
posi)ilidad 7ue en el sitio activo de la enzima la forma +P,-
pueda e4istir de)ido a esta)ilizaciones producidas por los
residuos aminoacdicos y 7ue por ende es posi)le 7ue la forma
+P,- pueda participar en otras etapas del ciclo cataltico de la
+,+S(
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