Principio Hardy-Weinberg y Deriva gentica

Introduccin

La gentica de poblaciones es una rama de la biologa que estudia los cambios genticos
en las poblaciones a travs del tiempo. El teorema de Hardy-Weinberg (H-W) es un
modelo nulo que postula que en ausencia de fuerzas externas, las frecuencias allicas de
una poblacin no cambiarn de una generacin a otra. Los supuestos del modelo son que:
la poblacin es infinitamente grande, los individuos se reproducen con igual probabilidad
(azarosamente), no hay migracin de individuos entre poblaciones (poblacin cerrada),
no hay seleccin natural y no hay mutacin.

Si las frecuencias allicas en una poblacin que estamos estudiando no se encuentran
bajo equilibrio H-W, entonces es posible que algn mecanismo evolutivo est actuando
sobre ellas, sea deriva gentica, seleccin natural, migracin o mutacin. Cuando deriva
gentica es la fuerza evolutiva que est causando el cambio en las frecuencias allicas en
el tiempo generacional, una muestra aleatoria no representativa de la poblacin es la que
est aportando los alelos a las siguientes generaciones. Cuando las poblaciones son
pequeas, el efecto de deriva gentica es ms fuerte y es ms probable que se fije o se
pierda un alelo (es decir que todos los individuos de la poblacin tengan ese alelo,
frecuencia=1, o que desaparezca, frecuencia=0) (Zimmer & Emlen 2012).

Objetivos

1. Conocer y entender los efectos de la deriva gentica en poblaciones de diferentes
tamaos.
2. Entender el concepto de fijacin de un alelo y cmo ocurre bajo el mecanismo de
deriva gentica.
3. Familiarizarse con el concepto de estocasticidad en deriva gentica.
4. Familiarizarse con el principio de Hardy-Weinberg, aplicarlo y aprender a
interpretarlo.

Procedimiento

En esta parte de la prctica vamos a estudiar el efecto de la deriva gentica sobre
diferentes poblaciones a travs del tiempo (generacional), haciendo simulaciones en el
Software R. Para ponerlos en contexto, el siguiente ejemplo les dar una idea de lo que
vamos a hacer posteriormente.

Supongan que tenemos una poblacin con alelos rojos y azules. Deriva gentica es el
mecanismo evolutivo que est cambiando las frecuencias allicas en cada generacin. En
un caso hipottico (Figura 1), el alelo rojo se fija por azar en la tercera generacin. Sin
embrago, dado que deriva gentica es un proceso azaroso, los resultados podran ser
diferentes. Para esto hicimos 5 simulaciones diferentes y obtuvimos los resultados en la
Figura 2. Independientemente de las frecuencias allicas iniciales, los alelos se fijan de
manera azarosa, pues en tres casos se fija el alelo rojo y en dos el alelo azul. Es
importante tener en cuenta que cada simulacin es un evento independiente.





Ahora ustedes van a hacer simulaciones de este tipo siguiendo los siguientes pasos. Es
importante que entiendan lo que estn haciendo en cada paso, por lo que hemos incluido
una explicacin sobre lo que estn haciendo. Lo primero es abrir el Software R y seguir
las siguientes instrucciones:

## Simulacin de Deriva Gentica (usando el modelo evolutivo Wright-
Fisher: tamao poblacional finito)

# vamos a utilizar algunos paquetes en R.

#Para instalarlos utilizamos el siguiente comando

install.packages("ggplot2",dep=T)

#dep es un parmetro que indica dependencias, es decir otros paquetes
que se pueden necesitar con el paquete que ustedes estn instalando y T
hace referencia a TRUE (verdadero). Entonces lo que le estamos pidiendo
es que incluya todas las dependencias para el paquete ggplot2.

# cuando les pregunte dnde van a instalar, pongan la ciudad ms
cercana a la que se encuentran (en este caso Bogot)

install.packages("plyr",dep=T)

# Estos son otros programas que necesitamos instalar antes de comenzar.

install.packages("reshape",dep=T)

# Ya instalamos los paquetes, ahora para utilizarlos los invocamos con
el comando library.

library(ggplot2)

# ggplot2 es un paquete para hacer graficas

library(plyr)

library(reshape)

# Antes de utilizar estos paquetes vamos a generar la simulacin de
deriva gentica en una poblacin con un tamao poblacional finito

# Necesitamos indicar cules son los parmetros que vamos a utilizar
para nuestra simulacin. Son los siguientes:

# N: nmero de individuos diploides, es decir el tamao de nuestra
poblacin.
# N.chrom: numero total de copias del gen
# p, q :frecuencias allicas
# N.gen: este es el numero de generaciones que queremos ver en nuestra
simulacin. Podemos verlo como una medida de tiempo evolutivo.
# N.sim: este parmetro es el nmero de simulaciones que queremos hacer
para que podamos ver si existe un patrn que se repite o si los cambios
genotpicos en nuestra poblacin se dan por estocasticidad.

# comencemos con los siguientes valores para nuestros parmetros y
despus ustedes van a modificarlos para hacer ms simulaciones y para
que puedan comparar los patrones al cambiar, por ejemplo, el tamao
poblacional (pequeo vs grande).

N = 50
N.chrom = 2*N
p = .5; q = 1-p
N.gen = 100
N.sim = 5

# la simulacin
# para comenzar:

X = array(0, dim=c(N.gen,N.sim))

# array organiza los datos en forma de tabla y dim indica las
dimensiones. Veamos como queda:

X

X[1,] = rep(N.chrom*p,N.sim)

# ahora estamos dando un valor de comienzo en la primera generacin del
alelo con frecuencia p. Veamos como queda

X

# El siguiente paso es la simulacin, en donde:

for(j in 1:N.sim){
for(i in 2:N.gen){
X[i,j] = rbinom(1,N.chrom,prob=X[i-1,j]/N.chrom)
}
}

# rbinom es un comando que genera nmeros al azar a partir de la
distribucin binomial

# vamos a crear una tabla con los datos

X = data.frame(X/N.chrom)

# Ahora utilizaremos los programas que instalamos. Primero vamos a
organizarlos y luego vamos a graficar los resultados de las
simulaciones:

sim_data <- melt(X)

sim_data

grafica <- ggplot(sim_data, aes(x = rep(c(1:N.gen), N.sim), y = value,
colour = variable)) + geom_line()

grafica + labs(title = "Simulaciones de Deriva Genetica") +
xlab("Generacion") + ylab("Frecuencia alelica")+ ylim(0,1) +
labs(colour = "Simulaciones")

# el comando anterior es para construir la grfica con los resultados,
por esto le ponemos cada especificacin como lab (lables o nombres)
para los ejes, colores, lmites de los ejes, tipo de lnea que queremos
usar y el ttulo de la grfica

# ahora ustedes deben cambiar los valores de los parmetros para que
vean el efecto del tamao poblacional, las generaciones, las
simulaciones y las frecuencias allicas

#Pero antes:

# Contemos el nmero de simulaciones en las que se pierde el alelo de
la poblacin (frecuencia=0), en las que fija (frecuencia=1) y en las
que se mantienen los dos alelos durante las generaciones que dura la
simulacin. A1 es el numero de casos en los que se fijo un alelo, A2 el
otro y No es que ninguno se fijo.

Fijados <- c()
for (i in 1:N.sim) {
if (X[N.gen,i]==0){Fijados[i]="A2"}
else {if (X[N.gen,i]==1){Fijados[i]="A1"}
else {Fijados[i]="No"}}
}

cuentas <- table(Fijados)
print (cuentas)

Evaluacin:

Para el informe ustedes deben entregar:

I. Tres casos en donde hagan para cada uno, simulaciones del efecto de deriva gentica
variando el tamao poblacional. Es importante mencionar que tambin pueden variar el
tiempo generacional, algo que ustedes pueden discutir en su informe. Incluyan las
grficas y los valores de los casos en los que ocurri fijacin, perdida o que se mantienen
los alelos para cada caso.

II. Cuatro casos adicionales en los que varen entre parmetros, los que ustedes quieran,
de los siguientes: nmero de simulaciones, frecuencias allicas iniciales, tamao
poblacional y numero de generaciones. Incluyan las grficas y los valores de los casos
en los que ocurri fijacin o prdida de alelos, as como casos en que stos se mantienen.
Deben discutir sus resultados brevemente.

III. Un caso en el que simulen una aproximacin al equilibrio Hardy Weinberg.

Finalmente, responda las siguientes preguntas:

1. Qu es ms probable y por qu: la fijacin de un alelo en 100 aos de una poblacin
de moscas o en 100 aos de una poblacin de elefantes?

2. Si un alelo tiene una frecuencia inicial de 0.9, es ms probable que se fije que uno que
comienza con una frecuencia de 0.5? Por qu y de qu dependera? (recomendacin:
haga las simulaciones con estos valores para comparar con su respuesta y vare los
parmetros).

3. Con base al ejemplo ilustrado en la Figura 3, asumiendo que la poblacin se encuentra
en equilibrio Hardy Weinberg, estime y grafique las frecuencias genotpicas en la
generacin inicial, en la generacin nmero 25 y en la generacin nmero 50.

Figura 3. Simulacin de deriva gentica en una poblacin de tamao constante, 50 individuos, con
frecuencia allica inicial p= 0.5.

4.Qu cambiaran de la simulacin si quisieran ver el efecto de un cuello de botella?

Referencias

Zimmer, C. & D.J. Emlen. 2012. Evolution: Making Sense of Life. Roberts & Company
Publishers.