Estructura de RNA Estructura de RNA

Daro Canales
Ignacio Salas
Oscar Yaez
RNA RNA
Est presente tanto en
las clulas procariotas como en las eucariotas.
Pares de bases cannicas
A/U
G/C
G/U (par inestable) G/U (par inestable)
Algunas funciones:
Dirige la parte intermedia
de la sntesis de protenas
Catlisis
Regulan la expresin gentica
Estructura Estructura secundaria del RNA secundaria del RNA
Se puede ver como un paso intermedio
hacia una estructura en 3D
Doble cadena de RNA formada por el
plegamiento de una molcula simple plegamiento de una molcula simple
Estructura terciaria del RNA Estructura terciaria del RNA
Hace referencia a la organizacin que
tienen los elementos de la estructura
secundaria en el espacio.
Es el resultado del apilamiento de bases y Es el resultado del apilamiento de bases y
de los enlaces por puente de
hidrgeno entre diferentes partes de la
molcula.
Prediccin de la estructura del RNA Prediccin de la estructura del RNA
El modelado de la estructura de RNA en
2D sirve para la construccin de bases
de datos de molculas de RNA
Formas similares, roles similares Formas similares, roles similares
Muchos mtodos usan programacin
dinmica
La molcula se pliega sobre si misma
Prediccin de la estructura de RNA Prediccin de la estructura de RNA
Se buscan palndromos
Estructuras energticamente estables
Algoritmo de Nussinov
Hallar las estructura secundaria que maximice el numero de
bases pareadas.
Encuentra la mejor estructura para los inputs i,j intentando una de
las siguientes 4 posibilidades:
Algoritmo
Recursivo
Objetivo
- Agregar el par i, j sobre la mejor estructura i+1,j-1
- Agregar i sin aparear a la mejor estructura i+1,j - Agregar i sin aparear a la mejor estructura i+1,j
- Agregar j sin aparear a la mejor estructura i,j-1
- Combinar las dos estructuras optimas i,k y k+1,j
i+1 i-1
j i+1
par i,j i no pareada
j-1 i
j no pareada
i
k k+1
k
bifurcacin
Algoritmo de Nussinov
Sea S una secuencia de RNA de tamao L.
Se define una matriz L x L de folding correspondiente a la secuencia S.
Se establece una funcin (xi, xj) = 1, si xi y xj se pueden parear y (xi, xj) = 0, en
caso contrario.
Inicializacin:
(i, i-1) = 0, i= 2...L
(i, i) = 0, i= 1...L (i, i) = 0, i= 1...L
Llenado:
For i=1...L-1, j=i+1...L
Traceback
Inicializacin: Push (1,L) en el stack
Recursin: Repetir hasta que el stack este vaco
pop(i,j)
if i > j continuar
else if (i+1, j) = (i, j) push (i+1, j)
else if (i, j-1) = (i, j) push (i, j-1)
else if (i+1, j-1)+ ij = (i, j): else if (i+1, j-1)+ ij = (i, j):
registrar i, j como apareamiento
push (i+1, j-1)
else for k= i+1 to j-1: if (i,k)+ (k+1,j)= (i,j):
push (k+1,j)
push (i,k)
break
G G G A A A U C C
G
Ejemplo
Inicializacin:
(i, i-1) = 0, i= 2...L
(i, i) = 0, i= 1...L
G G G A A A U C C
G 0
i
j
G
G
G
A
A
A
U
C
C
G 0
G 0 0
G 0 0
A 0 0
A 0 0
A 0 0
U 0 0
C 0 0
C 0 0
j
Ejemplo
Llenado: For i=1...L-1, j=i+1...L
G G G A A A U C C
G 0
G G G A A A U C C
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
i
j
G 0
G 0 0
G 0 0
A 0 0
A 0 0
A 0 0
U 0 0
C 0 0
C 0 0
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
G 0 0 0 0 0 1 2 2
A 0 0 0 0 1 1 1
A 0 0 0 1 1 1
A 0 0 1 1 1
U 0 0 0 0
C 0 0 0
C 0 0
j
Ejemplo
Traceback:
G G G A A A U C C
G 0
G G G A A A U C C
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
pop(i,j)
if i > j continuar
else if (i+1, j) = (i, j) push (i+1, j)
else if (i, j-1) = (i, j) push (i, j-1)
else if (i+1, j-1)+ ij = (i, j):
registrar i, j como apareamiento
push (i+1, j-1)
else for k= i+1 to j-1: if (i,k)+ (k+1,j)= (i,j):
push (k+1,j)
push (i,k); break
G G G A A A U C C
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
i
j
G 0
G 0 0
G 0 0
A 0 0
A 0 0
A 0 0
U 0 0
C 0 0
C 0 0
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
G 0 0 0 0 0 1 2 2
A 0 0 0 0 1 1 1
A 0 0 0 1 1 1
A 0 0 1 1 1
U 0 0 0 0
C 0 0 0
C 0 0
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
G 0 0 0 0 0 0 1 2 3
G 0 0 0 0 0 1 2 2
A 0 0 0 0 1 1 1
A 0 0 0 1 1 1
A 0 0 1 1 1
U 0 0 0 0
C 0 0 0
C 0 0
j
G C
G C
A U
A A
G
Desventajas de Desventajas de Nussinov Nussinov
Este mtodo asume que la mejor estructura es la que
contiene una mayor cantidad de bases pareadas.
No necesariamente entrega la estructura ms estable.
Hay muchas combinaciones posibles de apareamiento, Hay muchas combinaciones posibles de apareamiento,
pero Nussinov detecta generalmente slo una
variante.
No se considera apilamiento de bases pareadas =>
Diferencias en estructura y estabilidad de hlices.
No se considera tamao de loops internos.
Solucin: Minimizar energa libre Solucin: Minimizar energa libre
Por Ley de la termodinmica, slo una estructura secundaria
es estable, normalmente, la que optimice la energa libre.
Energa libre
G = H - TS
Entalpa: por apareamiento de bases
Entropa: desorden en regiones no apareadas
G = H - TS
G: Energa Libre
H: Entalpa (energa que puede generar trabajo)
T: Temperatura Absoluta (Kelvin)
S: Entropa (medida de desorden)
Solucin: Minimizar energa libre Solucin: Minimizar energa libre
Usualmente, se mide la diferencia
Lo que se mide energa en loops,
G = H - TS
Lo que se mide energa en loops,
stacks y otros elementos de estructura
secundaria ms pequeos
Energa libre total = sumatoria
Algoritmo de Algoritmo de Zuker Zuker: Definiciones : Definiciones
Tipos de ciclos Tipos de ciclos
H - Hairpin Loop
I Interior Loop
B Bulge
M Multiple Loop
o Multiloop
Stacking
Multiloop
Algoritmo de Algoritmo de Zuker Zuker: Definiciones : Definiciones
Contribuciones de energa Contribuciones de energa
Cada tipo de estructura (ciclo) tiene una
contribucin de energa diferente.
El clculo de la contribucin del multiloop es muy
costoso.
Se usa una versin simplificada de la contribucin, que
considera contribucin del cierre del loop, nmero de
hlices y nmero de bases no pareadas dentro del loop.
Ejemplo Ejemplo
Problema de minimizacin de Problema de minimizacin de
energa libre de energa libre de Zuker Zuker
INPUT: secuencia S de RNA
OUTPUT: estructura secundaria RNA de S
de mnima energa libre
Hace una comparacin entre las posibles estructuras
secundarias obtenidas.
Solucin eficiente Programacin Dinmica
mediante ecuaciones recursivas
Problema de minimizacin de Problema de minimizacin de
energa libre de energa libre de Zuker Zuker
Se determina la energa asociada
dividiendo la estructura resultante.
Matriz W Matriz W
W(i + 1,j) y W(i,j - 1) cuando i y j no W(i + 1,j) y W(i,j - 1) cuando i y j no
estn pareados
V(i,j) cuando i y j estn pareados
El ltimo, estn preados pero no
necesariamente entre si
Matriz V Matriz V
eh: energa de la horquilla eh: energa de la horquilla
es: energa del stack
VBI: energa del bucle interno
VM: energa del multiloop
Matriz VBI Matriz VBI
Se ven todas las combinaciones que
pueden producir un bucle interno para un
i y j que este entre i y j i y j que este entre i y j
Matriz VM Matriz VM
Se ven las diferentes formas de separar un
multiloop en dos partes, agregando un
valor a de cierre del loop valor a de cierre del loop
Algoritmo de Algoritmo de Zuker Zuker
El tiempo de Zuker esta en
Si se quisiera hacer con estructuras
terciarias, sera un problema de
programacin dinmica multidimensional programacin dinmica multidimensional
y con 3 matrices
Impracticable
El traceback es como Nussinov
Tarea Tarea
Que significa que los mtodos de
prediccin de estructuras de RNA
busquen palndromos, como la
minimizacin de energa libre afecta estos minimizacin de energa libre afecta estos
resultados?
Enviar a personaje.ts@gmail.com