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Origem da
variao
Professor Fabrcio R Santos
fsantos@icb.ufmg.br
Departamento de Biologia Geral, UFMG
2012
Variao gentica
Variao fenotpica hereditria Variao fenotpica causada pelo ambiente
Conceitos importantes
Variao gentica: variantes allicos
originados por mutao e/ou recombinao

Diversidade ou variabilidade gentica:
medida da variabilidade existente dentro ou
entre populaes e/ou espcies.

Mutao: o evento na meiose (de organismos
sexuados) que gera variantes allicos.
Diversidade Gentica
Necessria para a continuidade evolutiva;
Fundamento de toda Biodiversidade;
A variao gentica originada por mutao e
intensificada por mecanismos recombinatrios e
sexuais;
Manifestada no nvel genotpico e fenotpico
(minoria);
Pode ser neutra (dinmica influenciada apenas
pela Deriva) ou adaptativa (dinmica
influenciada pela Deriva e Seleo Natural).
2
Variao gentica e Evoluo
No h evoluo (seleo, deriva, etc) sem variao gentica
pr-existente.
a matria-prima para as mudanas evolutivas e adaptativas,
originada por mutao e recombinao.
necessria para as populaes serem capazes de lidar com
mudanas ambientais. Assim, a perda da diversidade gentica
est, muitas vezes, associada com a reduo do valor
adaptativo populacional.
A diversidade pode ser medida a partir de variantes fenotpicas
(morfologia, protenas etc) e genotpicas (DNA).
Deriva
Seleo
Mutao
Migrao
A diversidade gentica est relacionada com o
tamanho populacional e o potencial evolutivo
Efeitos da deriva gentica na
diversidade intrapopulacional
Quanto menor o tamanho populacional (N),
maior a perda de diversidade gentica por
processos estocsticos (deriva e endogamia).
Depresso endogmica
%

m
o
r
t
a
l
i
d
a
d
e

e
m

e
x
o
g
a
m
i
a

%

m
o
r
t
a
l
i
d
a
d
e

e
m

e
x
o
g
a
m
i
a

% mortalidade em endogamia
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Seleo natural e diversidade Diversificao geogrfica e seleo natural
Origem da Variao
Gentica:

mutao e
recombinao
Macromutao
genmica

Poliploidizao est
envolvida na
especiao
instantnea*

*Rara na biodiversidade, mas comum
em algumas famlias de plantas
Variao gentica no DNA
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Transies so mais comuns que transverses porque as enzimas
de reparo do DNA podem reconhecer mais facilmente um erro de
replicao devido a transverses.
Como medir a taxa de mutao no DNA?
Sequenciamento genmico de C. elegans

Acmulo de mutaes nas linhagens

Denver et al. 2004
. . .
. . .
Gerao 280: 29.561 pb em 72 linhagens
Gerao 353: 14.550 pb em 68 linhagens
Gerao 396: 18.718 pb em 58 linhagens

Detectadas: 30 mutaes (17/30 indels)
Transies >> Transverses 1,6 : 1

Taxa de mutao: 2,1 x 10
-8
/stio/gerao
400 geraes
= ~ 1 mutao/gameta ou 2/zigoto
Estudos de sequenciamento revelaram uma enorme diversidade
gentica no locus da Fibrose Cstica (CFTR) em humanos
Diversidade no gene CCR5 em vrias populaes humanas
D32 alelo que confere resistncia AIDS
Delees espontneas durante a replicao do DNA
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Exemplos de mutaes de ponto
Mutaes de ponto em xons
Recombinao
Genes No Ligados Genes Ligados
Segregao cromossmica Crossing-over
Crossing-over desigual
pode gerar segmentos
duplicados redundantes
(parlogos) que podem acumular
mutaes independentemente e
resultar em genes com funes
diferentes.
Inverses
Recombinao e rearranjos genmicos
Alm de outras: Translocao, transposio de elementos
Tipos de mutaes e impacto na evoluo
Fuso de cromossomos
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Caritipos de duas espcies prximas de Muntiac
Origem de novos loci e funes por duplicao gnica
Vrios genes parlogos se originaram e diversificaram funcionalmente
por este mecanismo de recombinao desigual que duplica diferentes
segmentos genmicos.
muito importante a duplicao gnica para a Evoluo Genmica
Duplicaes gnicas so fontes de
novidades evolutivas
DNA Ribossomal
Globinas
Genes Homeobox
b globinas
Diferentes genomas apresentam estruturas duplicadas de
genes das globinas herdados dos ancestrais comuns
P Parlogos- loci duplicados que podem ser divergentes
O Ortlogos - loci que so homlogos e podem ser divergentes
P
O
P
a e b globinas
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Os loci das globinas
sofreram vrios eventos
de duplicao gnica e
divergncia funcional
das cpias parlogas
Globinas de homindeos
Hemoglobina embrionria:
Hemoglobina fetal:
Hemoglobina adulta:
Divergncia funcional e adaptao
Os mamferos eutrios (placentrios) possuem trs tipos de
hemoglobinas com diferentes afinidades pelo Oxignio, responsveis
pelos trocas de O
2
nas diferentes fases do desenvolvimento.
Cronologia da expresso diferente entre genes das globinas a e b
Hemoglobinas humanas
Marcadores moleculares

Marcadores proticos: Alozimas

Cerca de 30% das mudanas de bases no DNA levam a
mudanas nas cargas das protenas.

O sistema de eletroforese em gel usado para detectar
mudanas na carga das protenas polimrficas.
_
+
- - -
- -
- - - - -
_
+
- - -
- -
- - - - -
+
- - -
- -
- - -
- -
- - - - -
Marcadores Moleculares de DNA
Muitos tipos diferentes:
Sequncias de DNAmt (mitocndria)
Sequncias de DNAcp (cloroplasto)
Sequncias de DNA nuclear (autossmicos e sexuais)
SNPs (polimorfismos de stios nicos)
Indels (inseres e delees)
Microssatlites
Minissatlites
AFLP (amplified fragment length polymorphisms)
RAPD (random amplified polymorphic DNA)

Cada marcador detecta variantes no nvel do DNA.
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RAPD (Randomly Amplified Polymorphism DNA)
Padro de bandas gerados com iniciadores aleatrios que apresentam
dominncia, fentipo no mendeliano, difcil de reproduzir, interpretar e
publicar estes dados atualmente.
Dados de seqncias
Sequenciamento de DNA

12S
RNA
RNA
16S
COIII
ND3
ND4L
ND4
DNAmt

DNA Mitocondrial

Genes de dois rRNAs, 22 tRNAs, 13 protenas, uma regio controle

A
C
A/C
A/C
SNPs (mutaes de ponto)
homozigotos
heterozigotos
SNPs
SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms)
Polimorfismos de stios nicos.

GTGGACGTGCTT[G/C]TCGATTTACCTAG

O tipo mais simples e comum de polimorfismo.
Abundantes, 1 a cada 200/1000 bases no genoma
humano.
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Hapltipo
Mltiplos loci no mesmo cromossomo cujos alelos so
herdados juntos, pela ausncia de recombinao;
Geralmente um conjunto de SNPs ligados.
alelos
locus
hapltipos
Poucas geraes Centenas de geraes
meioses
meioses
Formao de blocos haplotpicos
Microssatlites
Caractersticas:
Codominantes
Alta taxa de mutao (indicado para estudos populacionais)
Variao em Microssatlites
Regio de microssatlite amplificada
pela PCR
AAAGCATTTTGAATAC TGGGTGCTCCATGGCA
fragmento amplificado
94C 94C
50C
72C
Cromatograma: dados de Microssatlites
170
160
170
176
176
160
164
164
145
129
129
131
131
Locus/Alel0 Freq
Black - 129 0.50
- 131 0.50
Blue - 145 1.00
Green - 160 0.50
- 164 0.50
Red - 160 0.17
- 170 0.33
- 176 0.50
Medidas de Diversidade Gentica
Populaes naturais podem ter sua diversidade
gentica medida de diferentes formas a partir dos
marcadores moleculares:
Nmero de alelos ou hapltipos,
Nmero de stios ou loci polimrficos ou segregantes,
Nvel de polimorfismo,
Heterozigozidade,
Fst ou equivalentes (Gst, Rst, fst),
Varincia,
Diversidade haplotpica,
Diversidade nucleotdica,
Valores q etc.
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Alelos (ou variantes)
Formas alternativas de um
gene ou sequncia qualquer
do DNA em um posio
cromossmica especfica
(locus)
Em cada locus diplide um
indivduo possui dois alelos
(de cada parental), e isto
constitui um gentipo.
combinao de alelos
ligados em uma regio sem
recombinao, chamamos
hapltipo.
Locus 1 2 3

Alelo M A G G
Alelo P T C G
Os nveis hierrquicos da variabilidade

Indivduo: quantos alelos possui e quantos loci so
polimrficos?

Famlia: quem contribuiu quais alelos para os gentipos do
filho na gerao seguinte? (estudos de parentesco)

Populao: quais as frequncias allicas dos loci polimrficos
e o nmero mdio e efetivo de alelos por locus?

Espcie: como a variabilidade gentica total da espcie est
repartida entre suas populaes?

Nmero de alelos
Mdia do nmero de alelos (A) ou nmero efetivo (A
e
) por locus
usada para caracterizar a extenso da diversidade gentica
em uma populao.

Nmero mdio de alelos (A)
A = alelos/NL

Nmero efetivo de alelos (A
e
):
A
e
= 1 / x
i
2

Frequncia de cada alelo
Nmero de loci
Locus de microssatlite em Chimpanzs
Locus com 5 alelos com
frequncias:
A=0,026
B=0,316
C=0,026
D=0,079
E=0,553

Ae = 1 / (0,026
2
+ 0,316
2
+ 0,026
2
+ 0,079
2
+ 0,553
2
) = 2,42
Diversidade gnica ou allica
a variedade de alelos e gentipos presentes em populaes,
espcies ou grupos de espcies

Pode ser medida de vrias maneiras:

Quantos heterozigotos a populao tem (H
o
)/deveria ter(H
e
), em
funo das freqncias gnicas? (heterozigosidade observada e
esperada / diversidade haplotpica)

Se levarmos em conta tambm a diferena molecular entre os
hapltipos chamamos de diversidade nucleotdica (p).
Medidas de heterozigosidade ou
diversidade gnica
A composio gentica de uma populao
representada em termos de freqncias allicas,
nmero de alelos e heterozigosidades.
Heterozigosidade observada x esperada:

A diversidade gentica em um locus caracterizada pela heterozigosidade
observada H
o
, esperada H
e
e a diversidade allica


H
e
= 2pq ou 1-p
i
2
i=1
H
o
= freq. heterozigotos

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A medida mais comum para a variabilidade de freqncia
a heterozigosidade (H), ou diversidade haplotpica (h) em
casos de regies ligadas ou haplides.

A variabilidade de seqncias pode ser medida pelo
nmero de stios polimrficos (NP) e pela distncia
molecular entre seqncia (p).

A diversidade nucleotdica (p) entre sequncias incorpora
alm da frequncia de cada sequncia tambm a diferena
molecular entre elas.
Vertebrados
Invertebrados
Plantas
F
r
e
q
u

n
c
i
a

d
e

e
s
p

c
i
e
s

c
o
m

e
s
t
e

v
a
l
o
r

d
e

d
i
v
e
r
s
i
d
a
d
e

g
e
n

t
i
c
a

Heterozigosidades em
diferentes txons
Diversidade gentica em lobos da
Etipia
A Ho He Ae N
amostral
Lobo da
Etipia
Sanetti Plateu 2,0 0,150 0,138 0,121 16
Web Valley 2,8 0,313 0,271 1,37 23
Co 6,4 0,516 0,679 3,11 35
Lobo cinza 4,5 0,620 2,63 18
Coiote 5,9 0,675 3,08 17
Resultados:
-A, H
o
, H
e
e A
e
so menores no lobo da Etipia do que nas espcies no-ameaadas,
portanto tem menor potencial evolutivo.
- A He da populao de Sanetti foi menor que a de Web => hibridizao com ces em
Web (presena de alelos de ces).
Ho heterozigosidade
observada
He heterozigosidade
esperada
Ae Alelos efetivos