BIOMOLCULAS

AMINOCIDOS y PPTIDOS
PROTENAS y ENZIMAS
AMINOCIDOS
ASPECTOS GENERALES DE LOS AMINOCIDOS
Desde el punto de vista qumico, los aminocidos (AA) son cidos orgnicos con
un grupo amino en posicin alfa. Segn esta definicin, los cuatro sustituyentes
del carbono alfa (C) en un aminocido son:
el grupo carboxilo
un grupo amino
un tomo de hidrgeno
una cadena lateral R, que es caracterstica de cada AA
Constituye una excepcin el AA prolina, con un anillo pirrolidnico, que puede
considerarse como un -aminocido que est N-sustitudo por su propia cadena
lateral (Figura de la izquierda).
En todos los AA proteicos, excepto en la glicina (Gly), el carbono es asimtrico y por lo tanto, son
pticamente activos. Esto indica que existen dos enantimeros (ismeros pticos), uno de la serie D y otro de la
serie L. Los AA proteicos son invariablemente de la serie L. En algunos casos muy concretos se pueden
encontrar AA de la serie D: en los peptidoglicanos de la pared celular, en ciertos pptidos con accin antibitica
y en pptidos opioides de anfibios y reptiles.
Glicina

D-Alanina

L-Alanina

PROPIEDADES DE LOS AMINOCIDOS

Como ya se vi en el captulo dedicado a los amortiguadores, los AA son excelentes amortiguadores, gracias a
la capacidad de disociacin del grupo carboxilo, del grupo amino y de otros grupos ionizables de sus cadenas
laterales (carboxilo, amino, imidazol, fenol, guanidino, etc).
Equilibrios de ionizacin de los grupos ionizables de un AA

Valores de pKa de los aminocidos

Los grupos cido-base dbiles presentan una capacidad tamponadora mxima en la zona prxima al pKa. La
tabla de la derecha muestra los pKa de los 20 AA proteicos. Hay que destacar el hecho de que estos valores de pKa
calculados para los AA en disolucin pueden verse ligeramente modificados en el entorno proteico. Se observa
que el nico grupo lateral con un pKa prximo al pH fisiolgico es la cadena lateral de la histidina. Por ello, las
protenas ricas en este AA se comportarn como excelentes amortiguadores fisiolgicos.
El comportamiento cido-base de los AA es el que va a determinar las propiedades electrolticas de las
protenas, y de ellas dependen, en gran medida, sus propiedades biolgicas. En el modelo de interaccin
protena-ligando, la carga elctrica de una y otro juegan un papel fundamental. Por este motivo, la funcin de las
protenas es extraordinariamente sensible al pH:
1

A pH bajo, la mayor parte de los grupos disociables

estarn protonados, y por lo tanto habr un gran nmero de
cargas positivas en la protena
A pH elevado, los grupos disociables no estarn protonados,
con lo cual habr mayor nmero de cargas negativas

Cambios en el pH se traducen en cambios en el nmero de cargas de la

protena, y estos cambios pueden inhibir la interaccin de la protena con
un ligando determinado. Por este motivo, muchas protenas (enzimas,
sobre todo) slo pueden funcionar en un margen relativamente estrecho de
pH. Aqu radica la importancia del mantenimiento de valores contantes de
pH en el medio interno del organismo (Para activar la animacin de la
Figura de la derecha hay que pulsar la opcin "Recargar" del navegador).
CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS
Aunque la mayora de los AA presentes en la Naturaleza se encuentran formando parte de las protenas, hay
algunos que pueden desempear otras funciones. Hay, por tanto, dos grupos de AA:
aminocidos proteicos
aminocidos no proteicos
AMINOCIDOS PROTEICOS
Los AA proteicos se dividen, a su vez, en dos grupos:
amincidos codificables o universales, que permanecen como tal en las protenas
amincidos modificados o particulares, que son el resultado de diversas modificaciones qumicas
posteriores a la sntesis de protenas
AMINOCIDOS PROTEICOS CODIFICABLES
Los AA proteicos codificables son 20:
Alanina (Ala, A)
Cistena (Cys, C)

Asprtico (Asp, D)

Glutmico (Glu, E)

Fenilalanina (Phe, F)

Glicina (Gly, G)

Histidina (His, H)

Isoleucina (Ile, I)

Lisina (Lys, K)

Leucina (Leu, L)

Metionina (Met, M)

Asparragina (Asn, N)

Prolina (Pro, P)

Glutamina (Gln, Q)

Arginina (Arg, R)

Serina (Ser, S)

Treonina (Thr, T)

Valina (Val, V)

Triptfano (Trp, W)

Tirosina (Tyr, Y)

De estos 20 AA, la mitad pueden ser sintetizados por el hombre, pero el resto no, y por lo tanto deben ser
suministrados en la dieta: son los AA esenciales. Son AA esenciales: Val, Leu, Ile, Phe, Trp, Tyr, Thr, Cis, Met y
Lys. Adems, en recin nacidos el AA His es esencial porque su organismo todava no ha madurado lo suficiente
como para poder sintetizarlo.
Los AA proteicos se pueden clasificar en funcin de:
la naturaleza y propiedades de la cadena lateral R
la polaridad de la cadena lateral R
CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS EN FUNCIN DE LA NATURALEZA DE SU CADENA
LATERAL
Segn este criterio, se distinguen los siguientes grupos:
1.- NEUTROS O ALIFTICOS: En ellos la cadena lateral es un hidrocarburo aliftico. Son muy poco
reactivos, y fuertemente hidrofbicos (excepto la Gly, cuya cadena lateral es un tomo de hidrgeno). Estos AA
2

hidrofbicos tienden a ocupar la parte central de las protenas globulares, de modo que minimizan su interaccin
con el disolvente. Pertenecen a este grupo: G, A, V, L e I.
Glicina, Gly, G

Alanina, Ala, A

Valina, Val, V

Leucina, Leu, L

Isoleucina, Ile, I

2.- AROMTICOS: La cadena lateral es un grupo aromtico: benceno en el caso de la F, fenol en el caso de la Y
e indol en el caso del W. Estos AA, adems de formar parte de las protenas son precursores de otras
biomolculas de inters: hormonas tiroideas, pigmentos o neurotransmisores.
3.- HIDROXIMINOACIDOS: Poseen un grupo alcohlico en su cadena lateral. Son la T y S.
Fenilalanina, Phe, F Tirosina, Tyr, Y

Triptfano, Trp, W Treonina, Thr, T

Serina, Ser, S

4.- TIOAMINOCIDOS: Contienen azufre. Son C y M. La cistena (C) tiene gran importancia estructural en las
protenas porque puede reaccionar con el grupo SH de otra C para formar un puente disulfuro (-S-S-), permitiendo
el plegamiento de la protena. Por este motivo, en algunos hidrolizados proteicos se obtiene el AA cistina, que
est formado por dos cistenas unidas por un puente disulfuro.
5.- IMINOCIDOS: Tienen el grupo -amino sustitudo por la propia cadena lateral, formando un anillo
pirrolidnico. Es el caso de la P.
Cistena, Cys, C

Metionina, Met, M

Prolina, Pro, P

6.- DICARBOXLICOS Y SUS AMIDAS: Son el cido asprtico (D) y el cido glutmico (E). Sus amidas
correspondientes son la asparragina (N) y la glutamina (Q).
Asprtico, Asp, D

Glutmico, Glu, E

Asparragina, Asn, N

Glutamina, Gln, Q

7.- DIBSICOS: La cadena lateral contiene grupos bsicos. El grupo bsico puede ser un grupo amino (K), un
grupo guanidino (R) o un grupo imidazol (H).
Lisina, Lys, K

Arginina, Arg, R

Histidina, His, H

CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS EN FUNCIN DE LA POLARIDAD DE SU CADENA

LATERAL
Segn este criterio se distinguen cuatro grupos de aminocidos:
APOLARES

POLARES SIN CARGA

CATINICOS

ANINICOS

AMINOCIDOS PROTEICOS MODIFICADOS

Una vez que los AA codificables han sido incorporados a las protenas, pueden sufrir ciertas transformaciones que
dan lugar a los AA modificados o particulares. Entre las modificaciones ms frecuentes destacan:
1. HIDROXILACIN: Ejemplos tpicos son la 4-hidroxiprolina o la 5-hidroxilisina, que se encuentran en
proporcin importante en el colgeno. Estos AA se incorporan a la protena como P o como K, y son
posteriormente hidroxilados.
2. CARBOXILACIN: El E, por carboxilacin post-sinttica se convierte en cido -carboxiglutmico
4-hidroxiprolina

5-hidroxilisina

-carboxiglutmico

3. ADICIN DE IODO: En la tiroglobulina (una protena del tiroides), la Y sufre diversas reacciones de
iodacin y condensacin que originan AA como la monoiodotirosina, diiodotirosina, la triiodotirosina
o la liotirosina.
4. CONDENSACIN: La cistina es el resultado de la unin de dos C por medio de un puente disulfuro (S-S-).
cistena + cistena =cistina

AMINOCIDOS NO PROTEICOS
Se conocen ms de un centenar, sobre todo en plantas superiores, aunque su funcin no siempre es conocida. Se
pueden dividir en tres grupos:
1.- D-AMINOCIDOS: La D-Ala y el D-Glu forman parte del peptidoglicano de la pared celular de las
bacterias. La gramicidina S es un pptido con accin antibitica que contiene D-Phe. En ciertos pptidos opioides
de anfibios y reptiles tambin aparecen D-aminocidos.
D-Ala
D-Glu
D-Phe
2.- -AMINOCIDOS NO PROTEICOS: La L-ornitina y la L-citrulina son importantes intermediarios en el
metabolismo de la eliminacin del nitrgeno y la creatina (un derivado de la G) juega un papel importante como
reserva de energa metablica. Tambin pertenecen a este grupo la homoserina y la homocistena.
L-ornitina

L-citrulina

creatina

L-homoserina

L-homocistena

PPTIDOS
PPTIDOS: ASPECTOS GENERALES La unin de dos o ms aminocidos (AA) mediante enlaces amida
origina los pptidos. En los pptidos y en las protenas, estos enlaces amida reciben el nombre de enlaces
peptdicos y son el resultado de la reaccin del grupo carboxilo de un AA con el grupo amino de otro, con
eliminacin de una molcula de agua. Este proceso aparece ilustrado en el recuadro inferior.
Formacin de un enlace peptdico

Cuando son pocos los AA que forman el pptido (menos

de 10) se trata de un oligopptido (dipptido, tripptido,
etc.). Cuando el nmero de AA est comprendido entre
10 y 100 se trata de un polipptido y si el nmero de AA
es mayor de 100, se habla de protenas.

Polipptido y protena no siempre son equivalentes,

puesto que algunas protenas estn formadas por ms de
una cadena polipeptdica. Es el caso de la hemoglobina
(Figura de la izquierda). En este caso:
cada polipeptdo no se considera como una protena,
sino como una subunidad de una protena, y est
representado de un color distinto en la figura
el trmino protena se refiere a la asociacin
funcional de las 4 subunidades

EL ENLACE PEPTDICO
El enlace peptdico (-CO-NH-) se representa normalmente como un enlace sencillo. Sin embargo, posee una serie
de caractersticas que lo aproximan ms a un doble enlace. Los tomos de C, N y O que participan en el enlace
amida presentan una hibridacin sp2, de forma que los 5 orbitales enlazantes de tipo adoptan una disposicin
triangular plana (Figura inferior).

Los electrones de los tomos de C, N y O no implicados en el enlace pueden formar orbitales hbridos .
Como el N es menos electronegativo que el O, el enlace C-O tiene un 60% de carcter de doble enlace mientras
que el enlace C-N tiene un 40%. Por lo tanto, se puede considerar que los enlaces C-O y N-C que participan en el
enlace peptdico tienen estructuras intermedias entre el enlace sencillo y el enlace doble. Esta teora se confirma
por el hecho de que las distancias interatmicas medidas en el enlace C-O y en el enlace C-N son intermedias
entre el enlace sencillo y el doble enlace. Esta disposicin atmica est estabilizada por resonancia (Figura
izquierda, abajo), de forma que los seis tomos implicados en la formacin del enlace peptdico estn
contenidos en el mismo plano (Figura inferior izquierda).
En la Figura inferior central hay una estructura con dos enlaces peptdicos. Grala de forma que quede igual que la
Figura inferior derecha (que no se puede mover) donde los tomos que participan en un enlace peptdicose
representan con el mismo color (el tomo de color azul participa en los dos).
Dipptido
Ala-Ser (un
enlace
peptdico)

Estructura con
dos
enlaces
Los 6 tomos de un enlace peptdico son coplanares
peptdicos
consecutivos

El carcter parcial de doble enlace impide la libre rotacin de los tomos de C y N, al ser ste un enlace rgido.
Por lo tanto, las posibilidades conformacionales de los pptidos son limitadas. Los pptidos slo podrn
cambiar de conformacin por giro de los C tetradricos (con hibridacin sp3), pero no por rotacin de los tomos
con hibridacin sp2 (Figuras inferiores).

El C2 (C) de cada AA implicado

puede establecer dos ngulos de torsin
con los planos de los enlaces peptdicos
contiguos: los llamados ngulos (phi)
y (psi) (Figura de la derecha). El
ngulo phi () es la rotacin del enlace
N-C, y el ngulo psi () la del enlace
C-C. En la estructura de un pptido o
de una protena, cada AA presenta un
valor de y otro de determinados.
Como estos son los nicos grados de
libertad que presenta la estructura, la
conformacin de la cadena polipptdica
queda completamente determinada
cuando se conocen los valores de y de
para cada AA.
En un extremo de la cadena polipeptdica queda
un grupo amino libre (extremo amino o extremo
N-terminal) y en el extremo opuesto queda un
carboxilo libre (extremo carboxilo o extremo C
terminal). Por convencin, los pptidos se
nombran leyendo secuencialmente los radicales
de los AA que lo integran a partir del extremo N
(Figura de la derecha). Se denomina secuencia de
un pptido al orden de los AA que lo integran.
La secuencia est determinada por dos factores:
1.- el nmero de AA que forman el pptido
2.- el orden en que estn ensamblados
PROPIEDADES DE LOS PPTIDOS
Los pptidos son estructuras intermedias entre los AA y las
protenas. Sus propiedades fsicas y qumicas suelen reflejar en
mayor o menor medida las de los AA que lo componen. Sin
embargo, al enmascararse mutuamente los grupos hidroflicos
(carboxilo y amina) que forman parte de los enlaces peptdicos, el
carcter polar o apolar de los pptidos depende de la naturaleza de
los grupos de las cadenas laterales de los AA que lo integran
(Figura de la derecha). Anlogamente, los valores de pK de los
grupos ionizables a menudo se ven alterados por la proximidad de
otros grupos polares.
Los pptidos presentan a menudo ciertas peculiaridades estructurales que no aparecen en las protenas. Los
grupos NH2 y COOH terminales pueden encontrarse bloqueados. As, es frecuente encontrar grupos amino
terminales que estn acetilados o en forma de cido piroglutmico (un residuo de Glu N-sustitudo por su propia
cadena lateral) y grupos carboxilo terminales en forma de amidas. Este bloqueo de los grupos terminales confiere
al pptido resistencia frente a exopeptidasas. Un ejemplo de pptido que presenta estas modificaciones es la
hormona liberadora de tirotropina (TRH): piroglutamil-histidil-prolinamida (Figura de la izquierda).
7

En hongos y bacterias pueden encontrarse pptidos cclicos, en los que pueden aparecer algunos AA de la serie
D, como es el caso del antibitico gramicidina S (Figura de la derecha) cuya secuencia es:
--[L-Val - L-Orn - L-Leu - D-Phe - L-Pro]2--

FUNCIONES DE LOS PPTIDOS

En los animales superiores llama la atencin el hecho de cmo unos pocos AA que no presentan actividad alguna
en forma aislada son capaces de desencadenar respuestas biolgicas tan intensas. Los pptidos se producen
generalmente mediante la hidrlisis de protenas precursoras, aunque en hongos y bacterias existen sistemas de
sntesis peptdica no ribosmica, en los cuales los AA son activados a travs de una va diferente.
Entre las funciones biolgicas ms importantes que realizan los pptidos podemos destacar las siguientes:
AGENTES VASOACTIVOS
HORMONAS
NEUROTRANSMISORES
ANTIBITICOS
COFACTORES ENZIMTICOS
AGENTES VASOACTIVOS
El agente hipertensor ms potente que se conoce es la angiotensina II, un octapptido que se origina mediante la
hidrlisis de una protena precursora que se llama angiotensingeno, y que no tiene actividad vasopresora. Otros
pptidos son agentes hipotensores (tienen actividad vasodilatadora). Uno de los mejor conocidos es la
bradiquinina, un nonapptido que se origina mediante la hidrlisis de una protena precursora que se llama
quiningeno. En la figura inferior se omiten los dobles enlaces de la bradiquinina.
Angiotensina II

bradiquinina

HORMONAS Las hormonas son seales qumicas que ejercen su accin sobre rganos y tejidos situados lejos
del lugar donde se han sintetizado. Muchas hormonas tienen estructura peptdica, como por ejemplo la oxitocina
(nonapptido que provoca la contraccin uterina y la secrecin de leche por la glndula mamaria), la vasopresina
(nonapptido que induce la reabsorcin de agua en el rin), la somatostatina (tetradecapptido que inhibe la
liberacin de la hormona del crecimiento).
8

La insulina y el glucagn son protenas producidas por el pncreas y que regulan el metabolismo de los azcares.
En la Figura inferior se observa cmo la insulina est formada por dos cadenas polipeptdicas unidas entre s
mediante tres puentes disulfuro (en amarillo). En la representacin de la oxitocina no aparecen los tomos de
hidrgeno ni los dobles enlaces.
Oxitocina

Insulina

Glucagn

Vasopresina

NEUROTRANSMISORES Los neurotransmisores son seales qumicas producidas en un terminal nervioso

presinptico, y que a travs de un receptor especfico ejercen su accin sobre la neurona postsinptica (figura de la derecha). Son neurotransmisores peptdicos las encefalinas
(pentapptido), las endorfinas (pentapptido)y la sustancia P (undecapptido). En la Tabla
siguiente se representan algunos ejemplos.
Leucn-Encefalina (YGGFL)

Metionn-Encefalina (YGGFM)

Sustancia P (RPKPQQFFGLM)

ANTIBITICOS La valinomicina y la gramicidina son dos pptidos cclicos con accin antibitica. Los dos
contienen aminocidos de la serie D, adems de otros aminocidos no proteicos. La valinomicina es un ionforo:
es capaz de transportar iones potasio (en color verde en la figura) a travs de las membrana biolgicas.
Valinomicina unida al ion potasio

Transporte de K+ por la valinomicina

Gramicidina

COFACTORES ENZIMTICOS
El glutation (H--Glu-Cys-Gly-OH)es un tripptido que acta como cofactor en algunas reacciones redox.
Glutatin oxidado (forma un puente disulfuro) Glutation reducido (-SH)
CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS
Las protenas son polmeros lineales de -aminocidos con amplia variabilidad estructural y funciones biolgicas
muy diversas. La variedad de protenas es elevadsima, y para su clasificacin se suele recurrir a:
criterios fsicos
criterios qumicos
9

criterios estructurales
criterios funcionales
Es difcil hacer una clasificacin ms descriptiva o conceptual. Sin embargo, los criterios que hemos descrito son
muy tiles desde el punto de vista prctico, y nos permiten definir al colgeno como una protena simple, fibrosa
y oligomrica, y al citocromo c como una protena conjugada, globular y monomrica.
CRITERIO FSICO El criterio fsico ms utilizado es la solubilidad. As se distinguen
1. albminas: protenas que son solubles en agua o en disoluciones salinas diludas
2. globulinas: requieren concentraciones salinas ms elevadas para permanecer en disolucin
3. prolaminas: solubles en alcohol
4. glutelinas: slo se disuelven en disoluciones cidas o bsicas
5. escleroprotenas: son insolubles en la gran mayora de los disolventes
CRITERIO QUMICO
Desde un punto de vista qumico, existen dos grandes grupos de protenas:
protenas simples: formadas exclusivamente por -aminocidos, como es el caso de la ubiquitina, una
proteasa intracelular formada por 53 AA.
protenas conjugadas: que contienen adems de la cadena polipeptdica un componente no aminoacdico
llamado grupo prosttico, que puede ser un azcar, un lpido, un cido nucleico o simplemente un in
inorgnico. La protena en ausencia de su grupo prosttico no es funcional, y se llama apoprotena. La
protena unida a su grupo prosttico es funcional, y se llama holoprotena (holoprotena = apoprotena +
grupo prosttico). Son protenas conjugadas la hemoglobina, la mioglobina, los citocromos, etc. En la figura
inferior derecha se representa el citocromo c, donde el grupo prosttico (representado en color verde) es el
grupo hemo.
Protena simple: ubiquitina
Protena conjugada: citocromo c
CRITERIO DE FORMA
En cuanto a su forma molecular, podemos distinguir:
protenas globulares: la cadena polipeptdica aparece enrollada sobre s misma dando lugar a una estructura
ms o menos esfrica y compacta.
protenas fibrosas: si hay una dimensin que predomina sobre las dems, se dice que la protena es fibrosa.
Las protenas fibrosas, por lo general, tienen funciones estructurales.
Protena globular: triosafosfato isomerasa Protena fibrosa: colgeno
CRITERIO FUNCIONAL
Desde un punto de vista funcional se distinguen:
protenas monomricas: constan de una sola cadena polipeptdica, como la mioglobina.
protenas oligomricas: constan de varias cadenas polipeptdicas. Las distintas cadenas polipeptdicas que
componen una protena oligomrica se llaman subunidades, y pueden ser iguales o distintas entre s. Un
ejemplo es la hemoglobina, formada por 4 subunidades, cada una representada de distinto color en la figura
inferior.
Protena monomrica: mioglobina
Protena oligomrica: hemoglobina
PROPIEDADES DE LAS PROTENAS
Desde el punto de vista bioqumico, las propiedades de las protenas son:
precipitacin selectiva
capacidad amortiguadora
PRECIPITACIN SELECTIVA DE LAS PROTENAS

10

El agua es el disolvente biolgico

por excelencia. En disolucin
acuosa, los residuos hidrofbicos
de las protenas se acumulan en el
interior de la estructura, mientras
que en la superficie aparecen
diversos grupos con carga
elctrica, en funcin del pH del
medio (Figura de la izquierda). En
torno a los grupos cargados, los
dipolos del agua se orientan
conforme a la carga elctrica de
cada grupo, de tal manera que la
protena presenta una capa de
solvatacin formada por el agua
de hidratacin, que es el agua
retenida por las cargas elctricas de la
superficie de las protenas (En
color rojo en la Figura superior
derecha). Los AA polares sin
carga tambin se disponen en la superficie, donde interaccionan con el agua mediante puentes de hidrgeno
(Figura superior izquierda).
Cualquier factor que modifique la interaccin de la protena con el disolvente disminuir su estabilidad en
disolucin y provocar la precipitacin. As, la desaparicin total o parcial de la envoltura acuosa, la
neutralizacin de las cargas elctricas de tipo repulsivo o la ruptura de los puentes de hidrgeno facilitar la
agregacin intermolecular y provocar la precipitacin. La precipitacin suele ser consecuencia del fenmeno
llamado desnaturalizacin.
Se llama desnaturalizacin de las protenas a la prdida de las estructuras de orden superior (secundaria,
terciaria y cuaternaria), quedando la cadena polipeptdica reducida a un polmero estadstico sin ninguna
estructura tridimensional fija (Figura inferior).
Estado nativo
Estado desnaturalizado

Cuando la protena no ha sufrido ningn cambio en su interaccin con el disolvente, se dice que presenta una
estructura nativa. Cualquier alteracin de la estructura nativa que modifique su interaccin con el disolvente y
que provoque su precipitacin dar lugar a una estructura desnaturalizada. En una protena cualquiera, la
estructura nativa y la desnaturalizada tan slo tienen en comn la estructura primaria, es decir, la secuencia
de AA que la componen. Los dems niveles de organizacin estructural desaparecen en la estructura
desnaturalizada.
La desnaturalizacin provoca diversos efectos en la protena:
1. cambios en las propiedades hidrodinmicas de la protena: aumenta la viscosidad y disminuye el
coeficiente de difusin
2. una drstica disminucin de su solubilidad, ya que los residuos hidrofbicos del interior aparecen en
la superficie
3. prdida de las propiedades biolgicas
11

Una protena desnaturalizada cuenta nicamente

con su estructura primaria. Por este motivo, en
muchos casos, la desnaturalizacin es
reversible. El proceso mediante el cual la
protena desnaturalizada recupera su estructura
nativa se llama renaturalizacin. estructura
primaria la que contiene la informacin necesaria
y suficiente para adoptar niveles superiores de
estructuracin. Esta propiedad es de gran utilidad
durante los procesos de aislamiento y
purificacin de protenas, ya que no todas la
protenas reaccionan de igual forma ante un
cambio en el medio donde se encuentra disuelta.
En algunos casos, la desnaturalizacin conduce a
la prdida total de la solubilidad, con lo que la
protena precipita. La formacin de agregados
fuertemente
hidrofbicos
impide
su
renaturalizacin, y hacen que el proceso sea
irreversible.
Los agentes que provocan la desnaturalizacin de una protena se llaman agentes desnaturalizantes. Se
distinguen agentes fsicos (calor) y qumicos (detergentes, disolventes orgnicos, pH, fuerza inica). Como en
algunos casos el fenmeno de la desnaturalizacin es reversible, es posible precipitar protenas de manera
selectiva mediante cambios en:
(1) la polaridad del disolvente
(2) la fuerza inica
(3) el pH
(4) la temperatura
EFECTO DE LA POLARIDAD DEL DISOLVENTE SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
La polaridad del disolvente disminuye cuando se le aaden sustancias menos polares que el agua como el etanol
o la acetona. Con ello disminuye el grado de hidratacin de los grupos inicos superficiales de la molcula
proteica, provocando la agregacin y precipitacin. Los disolventes orgnicos interaccionan con el interior
hidrofbico de las protenas y desorganizan la estructura terciaria, provocando su desnaturalizacin y
precipitacin. La accin de los detergentes es similar a la de los disolventes orgnicos.
EFECTO DE LA FUERZA INICA SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
Un aumento de la fuerza inica del medio (por adicin de sulfato amnico, urea o hidrocloruro de guanidinio, por
ejemplo) tambin provoca una disminucin en el grado de hidratacin de los grupos inicos superficiales de la
protena, ya que estos solutos (1) compiten por el agua y (2) rompen los puentes de hidrgeno o las interacciones
electrostticas, de forma que las molculas proteicas se agregan y precipitan. En muchos casos, la precipitacin
provocada por el aumento de la fuerza inica es reversible. Mediante una simple dilisis se puede eliminar el
exceso de soluto y recuperar tanto la estructura como la funcin original. A veces es una disminucin en la fuerza
inica la que provoca la precipitacin. As, las protenas que se disuelven en medios salinos pueden
desnaturalizarse al dializarlas frente a agua destilada, y se renaturalizan cuando se restaura la fuerza inica
original.
EFECTO DEL pH SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
Los iones H+ y OH- del agua provocan efectos parecidos, pero adems de afectar a la envoltura acuosa de las
protenas tambin afectan a la carga elctrica de los grupos cidos y bsicos de las cadenas laterales de los
aminocidos. Esta alteracin de la carga superficial de las protenas elimina las interacciones electrostticas que
estabilizan la estructura terciaria y a menudo provoca su precipitacin. La solubilidad de una protena es mnima
12

en su punto isoelctrico, ya que su carga neta es cero y desaparece cualquier fuerza de repulsin electrosttica que
pudiera dificultar la formacin de agregados.
EFECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE LA ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
Cuando la temperatura es elevada aumenta la energa cintica de las molculas con lo que se desorganiza la
envoltura acuosa de las protenas, y se desnaturalizan. Asmismo, un aumento de la temperatura destruye las
interacciones dbiles y desorganiza la estructura de la protena, de forma que el interior hidrofbico interacciona
con el medio acuoso y se produce la agregacin y precipitacin de la protena desnaturalizada.
CAPACIDAD AMORTIGUADORA DE LAS PROTENAS
Esta propiedad se debe a la existencia de:
Grupos ionizables de las cadenas laterales de los aminocidos Asp, Glu, Lys, Arg, His, Tyr, Cys.
Grupos COOH y NH2 terminales (Tabla de la derecha).
Por este motivo, las protenas poseen un considerable poder amortiguador en una amplia zona de pH. Aunque
cada AA tiene unos grupos ionizables con unas constantes de ionizacin (pKa) caractersticas, el valor de dichas
constantes puede verse ligeramente modificado por el entorno proteico. El grupo imidazol del AA histidina es
el principal responsable del poder amortiguador de las protenas a pH fisiolgico, ya que su pKa est prximo a 7.

Valores de los pK de los grupos ionizables de las protenas

Grupo
ionizable

Equilibrio de disociacin

Carboxilo
terminal
cidos
asprtico
glutmico

pK
tpico*
3.1

4.4

Histidina

6.5

Amino
terminal

8.0

Cistena

8.5

Tirosina

10.0

Lisina

10.0

Arginina

12.0

Los valores de pK dependen de la temperatura, de la fuerza inica

y del microentorno del grupo ionizable

13

Cuando el pH es bajo, los grupos

ionizables estn protonados, y la carga neta
pH bajo: carga de la protena es de signo positivo. Cuando
el pH es alto, los grupos ionizables estn
neta positiva
desprotonados, y la carga neta es de signo
negativo. Entre ambas zonas, habr un pH
en el cual la carga neta de la protena es
nula. Es el pH isoelctrico o punto
isoelctrico, y es caracterstico de cada
pI: carga neta protena (Tabla de la izquierda).
A valores de pH por debajo del pH
nula
isoelctrico la carga neta de la protena es
positiva, y a valores de pH por encima del
pH isoelctrico, la carga neta de la protena
es negativa. La mayora de las protenas
intracelulares tienen carga negativa, ya que
pH alto: carga su pH isoelctrico es menor que el pH
neta negativa
fisiolgico (que est proximo a 7). Se llaman
protenas cidas a aquellas que tienen un
punto isoelctrico bajo (como la pepsina), y
protenas bsicas a las que tienen un punto
isoelctrico alto (como las histonas).
PROPIEDADES OSMTICAS DE LAS PROTENAS
Como todo soluto molecular o inico, las
protenas ejercen un efecto osmtico cuando
existen barreras que limitan su libre difusin,
como puede ser una membrana semipermeable
(Figura de la izquierda), que permite el paso del
agua, pero no de los solutos. Si tenemos dos
compartimentos acuosos separados por una
membrana semipermeable y uno de ellos contiene
protenas, stas tienden a captar agua del
compartimento vecino (Figura de la derecha). Este
efecto osmtico es proporcional al nmero de partculas dispersas. El valor de la
presin osmtica se puede calcular mediante la frmula de Van't Hoff: = cRT, donde
es la presin osmtica, c es la concentracin, R es la constante de los gases y T es la
temperatura absoluta.

En el caso de las protenas, el efecto

osmtico se ve amplificado por otros dos
factores.
Por un lado, el agua de hidratacin que
forma la envoltura acuosa de las
protenas tambin contribuye a la presin
osmtica (Figura de la derecha).

14

Por otro lado, las protenas se comportan como polianiones, cuyas cargas estn neutralizadas por iones Na+ o K+
(Figura inferior izquierda). Las membranas biolgicas son permeables a estos iones y a sus contraiones, con lo cual
su concentracin a ambos lados de la membrana se equilibra. Sin embargo, la existencia de protenas en slo uno de
los compartimentos provoca la retencin permanente de iones difusibles en ese lado de la membrana (efecto
Donnan), lo que incrementa el efecto osmtico (Figura inferior derecha).
EfectoDonnan: Situacin inicial Efecto Donnan: En el equilibrio

Se denomina presin coloidosmtica o presin onctica al efecto osmtico conjunto de las protenas, que es el
resultado de:
la presin osmtica (que slo depende del nmero de partculas)
la presin provocada por el agua de hidratacin
(3) la presin provocada por el exceso de iones debido al efecto Donan
La mayor parte del agua en el sistema circulatorio est retenida por el efecto osmtico de las
protenas del plasma. Cuando por cualquier circunstancia patolgica disminuye la
concentracin de protenas en el plasma, el agua puede fluir libremente hacia los tejidos,
provocando un edema (Figura de la derecha).

FUNCIONES BIOLGICAS DE LAS PROTENAS

As como los polisacridos se reducen a ser sustancias de reserva o molculas estructurales,
las protenas asumen funciones muy variadas gracias a su gran hetereogeneidad estructural.
Describir las funciones de las protenas equivale a describir en trminos moleculares todos
los fenmenos biolgicos. Podemos destacar las siguientes:
funcin enzimtica
funcin hormonal
funcin de reconocimiento de seales
funcin de transporte
funcin estructural
funcin de defensa
funcin de movimiento
funcin de reserva
transduccin de seales
funcin reguladora
Muchas protenas ejercen a la vez ms de una de las funciones enumeradas: Las protenas de
membrana tienen tanto funcin estructural como enzimtica; la ferritina es una protena que transporta y, a la
vez, almacena el hierro; la miosina interviene en la contraccin muscular, pero tambin funciona como un enzima
capaz de hidrolizar el ATP, y as se podran poner muchos ejemplos ms.

15

FUNCIN ENZIMTICA La gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar gracias a la presencia de
un catalizador de naturaleza proteica
especfico para cada reaccin. Estos
biocatalizadores reciben el nombre de enzimas.
La gran mayora de las protenas son enzimas.

FUNCIN HORMONAL
Las hormonas son sustancias producidas por una clula y que una vez secretadas ejercen su accin sobre otras
clulas dotadas de un receptor adecuado. Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el
glucagn (que regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipfisis como la
hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el metabolismo del calcio).
Accin hormonal en clulas adyacentes

Accin hormonal en clulas lejanas

RECONOCIMIENTO DE SEALES QUMICAS

La superficie celular alberga un gran nmero de protenas
encargadas del reconocimiento de seales qumicas de
muy diverso tipo (figura de la izquierda). Existen
receptores hormonales, de neurotransmisores, de
anticuerpos, de virus, de bacterias, etc. En muchos casos,
los ligandos que reconoce el receptor ( hormonas y
neurotransmisores) son, a su vez, de naturaleza proteica

16

FUNCIN DE TRANSPORTE En los seres vivos son esenciales los fenmenos de transporte, bien para llevar
una molcula hidrofbica a travs de un medio acuoso (transporte de oxgeno o lpidos a travs de la sangre) o
bien para transportar molculas polares a travs de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la membrana
plasmtica). Los transportadores biolgicos son siempre protenas. Para activar la animacin del transporte a
travs de membranas, ejecutar el comando "recargar" apretando el botn derecho del ratn. .
transporte a travs de membranas
(cotransporte)

Transporte de oxgeno (de

color celeste) al msculo: transporte de protones a
mioglobina
travs de membranas

FUNCIN ESTRUCTURAL
Las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que constituye un armazn alrededor del cual se
organizan todos sus componentes, y que dirige fenmenos tan importantes como el transporte intracelular o la
divisin celular. En los tejidos de sostn (conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de
colgeno forman parte importante de la matriz extracelular (de color claro en la Figura) y son las encargadas de
conferir resistencia mecnica tanto a la traccin como a la compresin.
Componentes del citoesqueleto
Matriz extracelular

FUNCIN DE DEFENSA
La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es la de
discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, una serie de
protenas llamadas endonucleasas de restriccin se encargan de
identificar y destruir aquellas molculas de DNA que no identifica
como propias (en color blanco en la figura de la derecha).
En el recuadro inferior se muestra el enzima BamH1 (de Bacillus
amyloli) unida al DNA. Este enlace lleva a una excelente pgina
que describe con sumo detalle esta interaccin.
En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas sse encargan
de reconocer molculas u organismos extraos y se unen a ellos
17

para facilitar su destruccin por las clulas del sistema inmunitario (Figuras inferiores).
Inmunoglobulina G
La respuesta inmune

Inmunoglobulina G

FUNCIN DE MOVIMIENTO
Todas las funciones de motilidad de los seres vivos estn relacionadas
con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la
interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina.

El movimiento de la clula mediante cilios (foto de la izquierda) y flagelos (figura de la

derecha) est relacionado con las protenas que forman los
microtbulos.
FUNCIN DE RESERVA
La ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina de la leche, la gliadina
del grano de trigo y la hordena de la cebada, constituyen una reserva de
aminocidos para el futuro desarrollo del embrin.

TRANSDUCCIN DE SEALES
18

Los fenmenos de transduccin (cambio en la naturaleza fsico-qumica de seales) estn mediados por protenas.
As, durante el proceso de la visin, la rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un fotn
luminoso (una seal fsica) en un impulso nervioso (una seal elctrica), y un receptor hormonal convierte una
seal qumica (una hormona) en una serie de modificaciones en el estado funcional de la clula.
Rodopsina
Accin hormonal mediada por receptor

FUNCIN REGULADORA
Muchas protenas se unen al DNA y de esta forma controlan la transcripcin gnica (Figura de la izquierda). De
esta forma el organismo se asegura de que la clula, en todo momento, tenga todas las protenas necesarias para
desempear normalmente sus funciones.
Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un complejo mecanismo de regulacin desempeado por
protenas como la ciclina.
ESTRUCTURA DE LAS PROTENAS
A primera vista podra pensarse en las protenas como polmeros lineales de AA unidos entre s por medio de
enlaces peptdicos. Sin embargo, la secuencia lineal de AA puede adoptar mltiples conformaciones en el espacio.
La estructura primaria viene determinada por la secuencia de AA en la cadena proteica, es decir, el nmero de
AA presentes y el orden en que estn enlazados. La conformacin espacial de una protena se analiza en
trminos de estructura secundaria y estructura terciaria. La asociacin de varias cadenas polipeptdicas
origina un nivel superior de organizacin, la llamada estructura cuaternaria. Por ltimo, la asociacin de
protenas con otros tipos de biomolculas para formar asociaciones supramoleculares con carcter permanente da
lugar a la estructura quinaria.
Por tanto, podemos distinguir cinco niveles de estructuracin en las protenas:
estructura primaria
estructura secundaria
estructura terciaria
estructura cuaternaria
estructura quinaria (asociaciones supramoleculares)
Los enlaces que determinan la estructura primaria son covalentes (enlace amida o enlace peptdico), mientras que
la mayora de los enlaces que determinan la
conformacin (estructuras secundaria y terciaria) y
la asociacin (estructura cuaternaria y quinaria)
son de tipo no covalente.
ESTRUCTURA
PRIMARIA
DE
LAS
PROTENAS
La estructura primaria viene determinada por la
secuencia de AA en la cadena proteica, es decir, el
19

nmero de AA presentes y el orden en que estn enlazados (Figura de la derecha). Las posibilidades de
estructuracin a nivel primario son prcticamente ilimitadas. Como en casi todas las protenas existen 20 AA
diferentes, el nmero de estructuras posibles viene dado por las variaciones con repeticin de 20 elementos
tomados de n en n, siendo n el nmero de AA que componen la molcula proteica.
Generalmente, el nmero de AA que forman una protena oscila entre 80 y 300.
Los enlaces que participan en la estructura primaria de una protena son
covalentes: son los enlaces peptdicos. El enlace peptdico (Figura de la
izquierda) es un enlace amida que se forma entre el grupo carboxilo de una AA
con el grupo amino de otro, con eliminacin de una molcula de agua.
Independientemente de la longitud de la cadena polipeptdica, siempre hay un
extremo amino terminal y un extremo carboxilo terminal que permanecen intactos. Por convencin, la secuencia
de una protena se lee siempre a partir de su extremo amino (Figura superior).
Como consecuencia del establecimiento de enlaces peptdicos entre los
distintos AA que forman la protena se origina una cadena principal o
"esqueleto" a partir del cual emergen las cadenas laterales de los AA
(tomos sombreados en la Figura de la derecha).Los tomos que
componen la cadena principal de la protena son el N del grupo amino
(condensado con el AA precedente), el C (a partir del cual emerge la
cadena lateral) y el C del grupo carboxilo (que se condensa con el AA
siguiente). Por lo tanto, la unidad repetitiva bsica que aparece en la
cadena principal de una protena es: (-NH-C-CO-)

Como la estructura primaria es la que determina los niveles superiores de

organizacin, el conocimiento de la secuencia de AA es del mayor inters
para el estudio de la estructura y funcin de una protena. Clsicamente,
la secuenciacin de una protena se realiza mediante mtodos qumicos.
El mtodo ms utilizado es el de Edman, que utiliza el fenilisotiocianato
para marcar la protena (representado en la Figura de la izquierda como
un tringulo) e iniciar una serie de reacciones cclicas que permiten
identificar cada AA de la secuencia empezando por el extremo amino.
Hoy en da esta serie de reacciones las realiza de forma automtica un
aparato llamado secuenciador de AA.

20

Los avances de la Biologa Molecular permiten conocer la secuenc

ia de un gen mucho antes de que se haya podido purificar la protena
que codifica. El anlisis de la secuencia del DNA permite secuenciar
una protena sin que se haya purificado previamente, ya que cada
grupo de tres bases de la secuencia del DNA especifica un aminocido.
El Cdigo Gentico establece para cada grupo de tres nucletidos C
(codn) el AA que codifica. En la Tabla de la derecha, la letra sobre
fondo rosceo corresponde a la primera base del codn, la letra sobre
fondo morado a la segunda, y la letra sobre fondo amarillo a la tercera.
El Cdigo Gentico es de validez universal, ya que es el mismo para
todos los seres vivos.
A
La comparacin de la estructura primaria de una misma protena en
especies diversas tiene un enorme inters desde los puntos de vista
funcional y filogentico. Cuanto ms alejadas estn las especies
analizadas en el rbol filogentico, ms diferencias se podrn observar
en la estructura primaria de protenas anlogas. As, si comparamos las G
secuencias del citocromo c de diversas especies, y determinamos
cuntos AA son distintos entre cada pareja, se puede construir una
matriz como la de la Figura inferior, a partir de la cual se podr
establecer el rbol filogentico que nos indica para el caso de la
protena citocromo c, cmo ha ido evolucionando a medida que
aparecen nuevas especies.

Phe

Ser

Tyr

Cys

Phe

Ser

Tyr

Cys

Leu

Ser

STOP STOP A

Leu

Ser

STOP Trp

Leu

Pro

His

Arg

Leu

Pro

His

Arg

Leu

Pro

Gln

Arg

Leu

Pro

Gln

Arg

Ile

Thr Asn

Ser

Ile

Thr Asn

Ser

Ile

Thr Lys

Arg

Met Thr Lys

Arg

Val

Ala

Asp

Gly

Val

Ala

Asp

Gly

Val

Ala

Glu

Gly

Val

Ala

Glu

Gly

Nmero de AA distintos en las molculas de citocromo c rbol filogentico del citocromo c

de cada pareja estudiada

Sin embargo, a menudo se encuentra que el mismo aminocido aparece siempre en idntica posicin en todas las
especies estudiadas. Estos AA reciben el nombre de AA invariantes o AA conservados, y suelen ser
indispensables para la funcin y estructura correcta de la protena. Cualquier mutacin en estas posiciones es letal
para el organismo, y por tanto hay una fortsima seleccin en contra. En la Figura inferior se muestra la
comparacin de las secuencias de los primeros 50AA de la protena Troponina C. Los AA conservados estn
sombreados en negro.

21

ESTRUCTURA SECUNDARIA DE LAS PROTENAS

La estructura secundaria es el plegamiento que la cadena polipeptdica adopta gracias a la formacin de puentes
de hidrgeno entre los tomos que forman el enlace peptdico. Los puentes de hidrgeno (en color verde en la
figura inferior) se establecen entre los grupos -CO- y -NH- del enlace peptdico (el primero como aceptor de H, y
el segundo como donador de H). De esta forma, la cadena polipeptdica es capaz de adoptar conformaciones de
menor energa libre, y por tanto, ms estables.
Se pueden distinguir varios tipos de conformaciones que determinan la estructura secundaria de una protena:
(1) CONFORMACIN AL AZAR
(2) HLICE
(3) HOJA
(4) GIROS
(5) CONFORMACIN DEL COLGENO
(6) ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
CONFORMACIN AL AZAR
En algunas protenas, o en ciertas regiones de la misma, no existen interacciones de suficiente consideracin
como para que se pueda distinguir un nivel de organizacin superior a la estructura primaria. En estos casos se
habla de conformacin al azar.
La figura de la derecha representa el motivo estructural denominado dedo de zinc, muy comn en protenas que
interaccionan con el DNA.
HLICE
Cuando la cadena principal o esqueleto de un polipptido se pliega en el espacio en forma de helicoide
dextrgiro se adopta una conformacin denominada hlice (Figura de la izquierda, en verde). Esta estructura es
peridica y en ella cada enlace peptdico puede establecer dos puentes de hidrgeno (Figura de la derecha,
lneas punteadas). Un puente de hidrgeno se forma entre el grupo -NH- del enlace peptdico del AA en posicin
n y el grupo -CO- del enlace peptdico del AA situado en posicin n-4. El otro puente de hidrgeno se forma
entre el grupo -CO- del enlace peptdico del AA en posicin n y el grupo -NH- del enlace peptdico del AA
situado en posicin n+4. Cada vuelta de la hlice implica 3,6 AA, con una translacin media por residuo de 0,15
nm, lo que indica que la hlice tiene un paso de rosca de 0,54 nm. Dicho con otras palabras, una vuelta completa
de la hlice representa una distancia de 0,54 nm y contiene 3,6 residuos de AA.
Las cadenas laterales de los AA se sitan en la parte externa del helicoide, lo que evita problemas de
impedimentos estricos (Figura de la izquierda). En consecuencia, esta estructura puede albergar a cualquier AA,
a excepcin de la prolina, cuyo C no tiene libertad de giro, por estar integrado en un heterociclo. Por este
motivo, la prolina suele determinar una interrupcin en la conformacin en hlice (Figura de la derecha). Los
AA muy polares (Lys, Glu) tambin desestabilizan la hlice porque los enlaces de hidrgeno pierden
importancia frente a las interacciones electrostticas de atraccin o repulsin. Por este motivo, la estructura en
hlice es la que predomina a valores de pH en los que los grupos ionizables no estn cargados. En caso
contrario, adoptan la conformacin al azar.

22

HOJA
Cuando la cadena principal de un polipptido (de color verde en la figura de la izquierda) se estira al mximo que
permiten sus enlaces covalentes se adopta una configuracin espacial denominada estructura (Figura de la
izquierda), que suele representarse como una flecha (Activar la opcin de CHIME "display cartoon" con el botn
derecho del ratn sobre la molcula de la izquierda). En esta estructura las cadenas laterales de los aminocidos se
sitan de forma alternante a la derecha y a la izquierda del esqueleto de la cadena polipeptdica. Las estructuras
de distintas cadenas polipeptdicas o bien las estructuras de distintas zonas de una misma cadena polipeptdica
pueden interaccionar entre s mediante puentes de hidrgeno, dando lugar a estructuras laminares llamadas
por su forma hojas plegadas u hojas (Figura de la derecha, con los puentes de hidrgeno representados de
color verde).

23

Cuando las estructuras tienen el mismo sentido N

C, la hoja resultante es paralela (Figura izquierda de la
tabla adyacente), y si las estructuras tienen sentidos opuestos, la hoja plegada resultante es antiparalela (Figura
derecha de la tabla
adyacente).
hoja paralela

hoja antiparalela
Esta conformacin es tpica de protenas fibrosas como la fibrona de la seda (Figura de la izquierda), donde
numerosas estructuras antiparalelas dan lugar a varias hojas , pero tambin aparece en protenas globlulares
como las inmunoglobulinas.
GIROS Secuencias de la cadena polipeptdica con estructura
o a menudo estn conectadas entre s por medio de los
llamados giros (Figura de la derecha, en color blanco). Son
secuencias cortas, con una conformacin caracterstica que
impone un brusco giro de 180o a la cadena principal de un
polipptido.

AA como Asn, Gly y Pro (que

se acomodan mal en estructuras
de tipo o ) aparecen con frecuencia en este tipo de estructura (Figura de la
derecha).
La conformacin de los giros est estabilizada generalmente por medio de un
puente de hidrgeno entre los residuos 1 y 4 del giro (En color verde en las
Figuras derecha e izquierda). En la Figura de la derecha no se representan los
tomos de hidrgeno.

CONFORMACIN DEL COLGENO

El colgeno (Figura de la derecha) es una importante protena fibrosa, con funcin estructural. Presenta una
secuencia tpica compuesta por la repeticin peridica de grupos de tres AA. El primer AA de cada grupo es
Gly, y los otros dos son Pro (o hidroxiprolina) y un AA cualquiera: -(G-P-X)-.
24

La frecuencia peridica de la Prolina condiciona el

enrollamiento peculiar del colgeno en forma de hlice
levgira. La glicina, sin cadena lateral, permite la
aproximacin entre distintas hlices, de forma que tres
hlices levgiras se asocian para formar un helicoide
dextrgiro (Figura de la izquierda y modelo 3D).
ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
En protenas con estructura terciaria globular es frecuente
encontrar combinaciones de estructuras al azar, y ,
con una disposicin caracterstica que se repite en distintos
tipos de protenas. Son los llamados motivos
estructurales o estructuras supersecundarias.
Algunos estn formados por -hlices, otros por estructuras , y otros por combinaciones de las dos. De entre las
ms abundantes, podemos destacar:
-hlice

hlice-giro-hlice

coiled-coil

Mano EF

4 hlices

estructura

Horquilla

Meandro

Barril

Hlice

Rossmann

Hlice-giro-Hlice
Formada por dos -hlices cortas, conectadas entre s mediante un tramo sin
estructura secundaria (o a veces un giro ). Es caracterstico de protenas que
interaccionan con el DNA.

Coiled-coil
Es un motivo estructural formado por dos -hlices yuxtapuestas (Figura
de la izquierda). A menudo, estas dos hlices interaccionan entre s
mediante cadenas laterales de leucina (Figura de la derecha, en color
azul), originando una estructura llamada "cremallera de leucina" que
aparece frecuentemente en protenas que interaccionan con el DNA.

Mano E-F

25

Formada por dos -hlices conectadas entre s por un giro. Est presente en protenas que se unen a calcio como
la calmodulina o la troponina-C. La unin al Ca++ (tomo de color verde en la Figura inferior izquierda y de color
naranja en la Figura inferior derecha) se lleva a cabo gracias a las tres cadenas laterales de Asp localizadas en la
secuencia que conecta las dos hlices (en color claro en la Figura inferior izquierda y en color azul en la Figura
inferior derecha).
4 hlices empaquetadas En este motivo, cuatro -hlices se asocian a lo largo de su eje longitudinal. Los
Mano EF

Mano EF

residuos hidrofbicos se apian en el interior de una forma tan compacta que

el agua queda totalmente excluda. El centro activo de protenas como el
citocromo b562 o la miohemeritrina est localizado uno de los extremos de la
zona hidrofbica de esta estructura supersecundaria. Los residuos hidroflicos
se localizan en la superficie.
Horquilla
Es un motivo estructural muy sencillo en el cual dos estructuras adyacentes
se orientan de forma antiparalela (en color rojo en la Figura), y estn
conectadas por medio de un segmento con estructura al azar (en color blanco).
Se encuentra con mucha frecuencia en las protenas y no se le relaciona con
ninguna funcin concreta.
Meandro
Formado por varias hojas antiparalelas conectadas por segmentos con
conformacin al azar.
Barril En esta estructura supersecundaria, numerosas estructuras
orientadas de forma antiparalela se entrecruzan entre s dando lugar a una
especie de canasta o barril, donde los residuos hidrofbicos se acumulan
en el interior. Este motivo estructural aparece en la protena que une
retinol, donde 8 estructuras adoptan esta configuracin y la molcula
de retinol se acomoda en el interior, dejando fuera nicamente su grupo
OH
Hlice
Este es un motivo estructural poco frecuente, que aparece en la protena

26

UDP N-Acetilglucosamina O-Aciltransferasa de E. coli. Se puede apreciar una hlice levgira formada por el
enrollamiento de varias estructuras orientadas de forma paralela. En el interior de la -hlice se acumulan
las cadenas laterales hidrofbicas, lo que da estabilidad a la estructura.

Motivo estructural mediante el cual dos estructuras se orientan de forma paralela (en rojo en
la figura) mediante un segmento que contiene una hlice (en color verde) y dos segmentos
con estructura al azar (de color blanco).

Estructura de Rossmann Consta de hlices y hojas en disposicin paralela y alternante. Es frecuente en

protenas que se unen a nucletidos.
ESTRUCTURA TERCIARIA DE LAS PROTENAS
Se llama estructura terciaria a la disposicin tridimensional de todos los tomos que componen la protena,
concepto equiparable al de conformacin absoluta en otras molculas. La estructura terciaria de una protena es la
responsable directa de sus propiedades biolgicas, ya que la disposicin espacial de los distintos grupos
funcionales determina su interaccin con los diversos ligandos. Para las protenas que constan de una sola cadena
polipeptdica (carecen de estructura cuaternaria), la estructura terciaria es la mxima informacin estructural que
se puede obtener. La Figura de la derecha corresponde a la protena triosafosfato isomerasa. La estructura
terciaria es una disposicin precisa y nica en el espacio, y surge a medida que se sintetiza la protena. En otras
palabras,
la estructura terciaria est determinada por la secuencia de AA (estructura primaria).
Se distinguen dos tipos de estructura terciaria:
Protenas con estructura terciaria de tipo fibroso en las que una de las dimensiones es mucho mayor que
las otras dos. Son ejemplos el colgeno (Figura inferior izquierda), la queratina del cabello o la fibrona
de la seda), En este caso, los elementos de estructura secundaria (hlices u hojas ) pueden mantener su
ordenamiento sin recurrir a grandes modificaciones, tan slo introduciendo ligeras torsiones
longitudinales, como en las hebras de una cuerda.
Protenas con estructura terciaria de tipo globular, ms frecuentes, en las que no existe una dimensin que
predomine sobre las dems, y su forma es aproximadamente esfrica. En este tipo de estructuras se
suceden regiones con estructuras al azar, hlice hoja , acodamientos y estructuras supersecundarias. La
figura inferior de la derecha corresponde a la mioglobina.
Protena fibrosa: colgeno
Protena globular: mioglobina
Las fuerzas que estabilizan la estructura terciaria de una protena se establecen entre las distintas cadenas
laterales de los AA que la componen. Los enlaces propios de la estructura terciaria pueden ser de dos tipos:
covalentes y no covalentes.
Los enlaces covalentes pueden deberse a (1) la formacin de un puente disulfuro entre dos cadenas laterales de
Cys, o a (2) la formacin de un enlace amida (-CO-NH-) entre las cadenas laterales de la Lys y un AA
dicarboxlico (Glu o Asp).
Los enlaces no covalentes pueden ser de cuatro tipos: (1) fuerzas electrostticas entre cadenas laterales
ionizadas, con cargas de signo opuesto, (2) puentes de hidrgeno, entre las cadenas laterales de AA polares (3)
27

interacciones hidrofbicas entre cadenas laterales apolares y (4) fuerzas de polaridad debidas a interacciones
dipolo-dipolo
Como resultado de estas interacciones, en las protenas con estructura terciaria globular:
las cadenas laterales con carcter apolar se orientan hacia el interior de la molcula evitando las interacciones
con el disolvente, y forman un ncleo compacto con carcter hidrofbico (en color azul en la figura de la
derecha).
las cadenas laterales de los aminocidos polares se localizan en la superficie de la molcula, interaccionando
con el agua y permitiendo que la protena permanezca en
disolucin (en color blanco en la figura de la derecha).
No todas estas interacciones contribuyen por igual al
mantenimiento de la estructura terciaria. Obviamente, el
enlace que aporta ms estabilidad es el de tipo covalente, y
entre los no covalentes, las interacciones ms importantes
son las de tipo hidrofbico, ya que exigen una gran
proximidad entre los grupo apolares de los AA.
Existen regiones diferenciadas dentro de la estructura
terciaria de las protenas que actan como unidades
autnomas de plegamiento y/o desnaturalizacin de las
protenas. Estas regiones constituyen un nivel estructural
intermedio entre las estructuras secundaria y terciaria
reciben el nombre de dominios. Los dominios se pliegan por
separado a medida que se sintetiza la cadena polipeptdica.
Es la asociacin de los distintos dominios la que origina la
estructura terciaria. La Figura de la derecha corresponde a la protena piruvato quinasa, que consta de 4
dominios, cada uno representado de un color. La prdida total o parcial de los niveles de estructuracin superiores
al primario recibe el nombre de desnaturalizacin, que puede ser reversible o irreversible.
ESTRUCTURA CUATERNARIA DE LAS PROTENAS
Cuando una protena consta de ms de una cadena polipeptdica,
es decir, cuando se trata de una protena oligomrica, decimos que
tiene estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria debe
considerar: (1) el nmero y la naturaleza de las distintas
subunidades o monmeros que integran el oligmero y (2) la
forma en que se asocian en el espacio para dar lugar al oligmero.
La figura de la derecha corresponde a la hemoglobina.
En protenas con estructura terciaria de tipo fibroso, la estructura
cuaternaria resulta de la asociacin de varias hebras para formar
una fibra o soga. La miosina o la tropomiosina constan de dos
hebras con estructura de hlice enrolladas en una fibra levgira.
La -queratina del cabello y el fibringeno de la sangre
presentan tres hebras en cada fibra levgira. El colgeno consta de
tres hebras helicoidales levgiras que forman una fibra dextrgira.
La fibrona de la seda presenta varias hebras con estructura de
hoja orientadas de forma antiparalela.
colgeno

fibrona de la seda

Cuando varias protenas con estructura terciaria de tipo globular se asocian para formar una estructura de tipo
cuaternario, los monmeros pueden ser:
Exactamente iguales, como en el caso de la fosfoglucoisomerasa o de la hexoquinasa.
28

Muy parecidos, como en el caso de la lactato deshidrogenasa.

Con estructura distinta pero con una misma funcin, como en el caso de la hemoglobina.
Estructural y funcionalmente distintos, que una vez asociados forman una unidad funcional,como en el
caso de la aspartato transcarbamilasa, un enzima alostrico con seis subunidades con actividad cataltica y
seis con actividad reguladora.
hemoglobina

aspartato transcarbamilasa

La estructura cuaternaria modula la actividad biolgica de la protena y la separacin de las subunidades a

menudo conduce a la prdida de funcionalidad. Las fuerzas que mantienen unidas las distintas cadenas
polipeptdicas son, en lneas generales, las mismas que estabilizan la estructura terciaria. Las ms abundantes son
las interacciones dbiles (hidrofbicas, polares, electrostticas y puentes de hidrgeno), aunque en algunos casos,
como en las inmunoglobulinas, la estructura cuaternaria se mantiene mediante puentes disulfuro. El ensamblaje
de los monmeros se realiza de forma espontnea, lo que indica que el oligmero presenta un mnimo de energa
libre con respecto a los monmeros.
ASOCIACIONES SUPRAMOLECULARES
En muchos casos, las protenas se agrupan bien entre s, bien con otros grupos de biomolculas para formar
estructuras supramoleculares de orden superior y que tienen un carcter permanente. Este nivel de
asociacin recibe el nombre de estructura quinaria:
ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS
ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y OTRAS BIOMOLCULAS
ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS
Las protenas y -tubulina (en color azul y verde en la figura inferior) forman unos dmeros que se ensamblan
formando
filamentos
huecos
enormemente
largos
llamados
microtbulos, cuya funcin es
fundamentalmente estructural, ya que
forman parte del citoesqueleto de las
clulas (que contribuyen a dar forma a
las clulas), del centriolo (que
participa en la mitosis), y de los cilios
y flagelos (que participan en la
motilidad celular).

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La fibrina es otra protena que forma una asociacin supramolecular. Los monmeros de fibrina se unen
mediante enlaces covalentes para formar la malla tridimensional caracterstica del trombo o cogulo sanguneo.
Polimerizacin de la fibrina

Cogulo sanguneo

ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y OTRAS BIOMOLCULAS

Las protenas se pueden asociar:
Con azcares
Con lpidos
Con cidos nucleicos
ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y AZCARES
Cuando las protenas se asocian con azcares pueden originar asociaciones supramoleculares como los
proteoglicanos o los peptidoglicanos.
Proteoglicano de tipo muy grande
Peptidoglicano de la pared celular bacteriana

ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y LPIDOS

Cuando las protenas se asocian con lpidos pueden originar asociaciones supramoleculares como las
lipoprotenas del plasma sanguneo y las membranas biolgicas.
Lipoprotena del plasma sanguneo

Membrana biolgica

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ASOCIACIONES ENTRE PROTENAS Y CIDOS NUCLEICOS

Ribosomas
Nucleosoma
Virus HIV (SIDA)

ENZIMAS
Los enzimas son protenas que catalizan reacciones qumicas en los seres vivos.
Los enzimas son catalizadores, es decir, sustancias que, sin consumirse en una
reaccin, aumentan notablemente su velocidad. No hacen factibles las reacciones
imposibles, sino que slamente aceleran las que espontneamente podran
producirse. Ello hace posible que en condiciones fisiolgicas tengan lugar
reacciones que sin catalizador requeriran condiciones extremas de presin,
temperatura o pH.
Aspectos generales sobre los enzimas
Propiedades de los enzimas
ASPECTOS GENERALES SOBRE LOS ENZIMAS
Prcticamente todas las reacciones qumicas que tienen lugar en los seres vivos estn catalizadas por enzimas. Los
enzimas son catalizadores especficos: cada enzima cataliza un solo tipo de reaccin, y casi siempre acta sobre
un nico sustrato o sobre un grupo muy reducido de ellos. En una reaccin catalizada por un enzima:
1. La sustancia sobre la que acta el enzima se llama sustrato.
2. El sustrato se une a una regin concreta del enzima, llamada centro activo. El centro activo comprende (1) un
sitio de unin formado por los aminocidos que estn en contacto directo con el sustrato y (2) un sitio
cataltico, formado por los aminocidos directamente implicados en el mecanismo de la reaccin
Una vez formados los productos el enzima puede comenzar un nuevo ciclo de reaccin
1.- El enzima y su 2.- Unin al centro 3.Formacin
de
sustrato
activo
productos
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Los enzimas, a diferencia de los catalizadores inorgnicos catalizan reacciones especficas. Sin embargo hay
distintos grados de especificidad. El enzima sacarasa es muy especfico: rompe el enlace -glucosdico de la
sacarosa o de compuestos muy similares. As, para el enzima sacarasa, la sacarosa es su sustrato natural,
mientras que la maltosa y la isomaltosa son sustratos anlogos. El enzima acta con mxima eficacia sobre el
sustrato natural y con menor eficacia sobre los sustratos anlogos. Entre los enzimas poco especficos estn las
proteasas digestivas como la quimotripsina, que rompe los enlaces amida de protenas y pptidos de muy diverso
tipo.
PROPIEDADES DE LOS ENZIMAS
Las propiedades de los enzimas derivan del hecho de ser protenas y de actuar como catalizadores. Como
protenas, poseen una conformacin natural ms estable que las dems conformaciones posibles. As, cambios en
la conformacin suelen ir asociados en cambios en la actividad cataltica. Los factores que influyen de manera
ms directa sobre la actividad de un enzima son:
pH
temperatura
cofactores

EFECTO DEL pH SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

Los enzimas poseen grupos qumicos ionizables (carboxilos -COOH;
amino -NH2; tiol -SH; imidazol, etc.) en las cadenas laterales de sus
aminocidos. Segn el pH del medio, estos grupos pueden tener carga
elctrica positiva, negativa o neutra. Como la conformacin de las
protenas depende, en parte, de sus cargas elctricas, habr un pH en el
cual la conformacin ser la ms adecuada para la actividad cataltica.
Este es el llamado pH ptimo. (Para activar la animacin de la Figura de
la derecha, pulsar la opcin "Recargar" del navegador).
La mayora de los enzimas son muy sensibles a los cambios de
pH. Desviaciones de pocas dcimas por encima o por debajo del
pH ptimo pueden afectar drsticamente su actividad. As, la
pepsina gstrica tiene un pH ptimo de 2, la ureasa lo tiene a pH
7 y la arginasa lo tiene a pH 10 (Figura de la izquierda). Como
ligeros cambios del pH pueden provocar la desnaturalizacin de
la protena, los seres vivos han desarrollado sistemas ms o
menos complejos para mantener estable el pH intracelular: Los
amortiguadores fisiolgicos.
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EFECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA

En general, los aumentos de temperatura aceleran las reacciones
qumicas: por cada 10C de incremento, la velocidad de reaccin
se duplica. Las reacciones catalizadas por enzimas siguen esta ley
general. Sin embargo, al ser protenas, a partir de cierta
temperatura, se empiezan a desnaturalizar por el calor. La
temperatura a la cual la actividad cataltica es mxima se llama
temperatura ptima (Figura de la derecha). Por encima de esta
temperatura, el aumento de velocidad de la reaccin debido a la
temperatura es contrarrestado por la prdida de actividad cataltica
debida a la desnaturalizacin trmica, y la actividad enzimtica
decrece rpidamente hasta anularse.
EFECTO DE LOS COFACTORES SOBRE LA ACTIVIDAD
ENZIMTICA
A veces, un enzima requiere para su funcin la presencia de sustancias no proteicas que colaboran en la catlisis:
los cofactores. Los cofactores pueden ser iones inorgnicos como el Fe++, Mg++, Mn++, Zn++ etc. Casi un tercio de
los enzimas conocidos requieren cofactores. Cuando el cofactor es una molcula orgnica se llama coenzima.
Muchos de estos coenzimas se sintetizan a partir de vitaminas. En la figura inferior podemos observar una
molcula de hemoglobina (protena que transporta oxgeno) y su coenzima (el grupo hemo). Cuando los
cofactores y las coenzimas se encuentran unidos covalentemente al enzima se llaman grupos prostticos. La
forma catalticamente activa del enzima, es decir, el enzima unida a su grupo prosttico, se llama holoenzima. La
parte proteica de un holoenzima (inactiva) se llama apoenzima, de forma que:

apoenzima + grupo prosttico= holoenzima

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