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Biomdica 2006;26:562-84
REVISIN DE TEMA
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Biomdica 2006;26:562-84
Agrupamiento familiar
El primer paso para establecer si una enfermedad
tiene un componente gentico consiste en evaluar
Correspondencia:
Juan-Manuel Anaya, Corporacin para Investigaciones
Biolgicas, Carrera 72A No 78B-141, Medelln, Colombia.
Telfono (+57-4) 4410855, fax (+57-4) 4415514.
janaya@cib.org.co
Recibido: 28/05/06; aceptado: 22/09/06
Agregacin familiar
A diferencia del sentido clnico propio del
agrupamiento familiar, la agregacin familiar es
una medida epidemiolgica estimada por el riesgo
recurrente R (donde R representa el tipo de
familiares de los casos afectados en los cuales
se calcula la prevalencia de la enfermedad y luego
se divide por la prevalencia en los familiares de
los individuos sin el rasgo). Para la artritis
reumatoide, la agregacin familiar en hermanos
de los afectados (S hermanos) vara entre 2 y 17%,
dependiendo de la prevalencia de la enfermedad
en la poblacin con la que se compare, lo que
subraya la importancia de realizar este tipo de
estudios en grandes cohortes compuestas por
familias y pares de hermanos afectados (3). Por
otro lado, tambin se ha demostrado aumento de
la frecuencia de otras enfermedades autoinmunes
en familiares de pacientes con artritis reumatoide
(7), as como agregacin familiar de artritis
reumatoide en familiares de pacientes con otras
enfermedades autoinmunes tales como lupus
eritematoso sistmico (8,9) y sndrome de Sjgren
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Heredabilidad
Para estimar de forma ms precisa hasta dnde
la agregacin familiar es causada por factores
genticos, se requiere un modelo biolgico
racional que especifique cmo el fenotipo de
inters puede ser modulado por el efecto de uno
o ms genes. Un modelo de componentes de
varianza permite estimar la fraccin de la
variabilidad total (2T) atribuible a los efectos
genticos (2G), tanto aditivos ( 2 A ) como no
aditivos (2E), denominndola heredabilidad (13).
A partir de estudios en gemelos, se estima que la
heredabilidad de la artritis reumatoide es
aproximadamente del 60%, independientemente
de la prevalencia, sexo, edad de inicio o gravedad
de la enfermedad (14). El poder estadstico de
los estudios de identificacin de genes es
directamente proporcional a la heredabilidad del
rasgo de inters.
Existe un gen con un efecto suficiente que
justifique los estudios para identificarlo?
Anlisis de segregacin
A partir de la evidencia de agregacin familiar, el
anlisis de segregacin investiga si la enfermedad
puede explicarse por el efecto de uno o varios
genes principales y busca un modelo probable de
transmisin dentro de las familias. Se han
postulado varios modelos de herencia para las
enfermedades autoinmunes como la artritis
reumatoide que incluyen un patrn monognico
autosmico recesivo (15), autosmico dominante
(16, 17), de dos loci (18) y polignico (19). El
modelo ms aceptado propone que la artritis
reumatoide y las enfermedades autoinmunes,
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Anlisis de ligamento
La incorporacin de la biologa de la
gametognesis y la recombinacin meitica a un
modelo matemtico permite mapear el genoma
en busca de loci de susceptibilidad para una
enfermedad partiendo de la tipificacin de
marcadores genticos y el anlisis de su
cosegregacin con el rasgo de inters en
individuos relacionados (20). En una enfermedad
compleja como la artritis reumatoide se utilizan
mtodos no paramtricos, es decir, que no
requieren la especificacin de un modelo de
herencia, y en los cuales se asume que entre pares
de hermanos afectados (ASP) existe un exceso
de haplotipos idnticos por descendencia (IBD)
en las regiones donde se ubican los genes
causantes de la enfermedad (21).
A la fecha, se han realizado varios mapeos
genticos para artritis reumatoide en poblacin
japonesa (22,23), inglesa (24,25), europea (26,27)
y norteamericana (28-30). Todos estos estudios,
menos uno (22), identifican a la regin HLA como
la nica que tiene evidencia significativa de
ligamiento (LOD score > 3,6 o p < 2 x 10-5)(21)
(cuadro 1). El locus HLA de clase II se reconoce
de forma consistente como el principal factor de
riesgo gentico para la artritis reumatoide en
diversas poblaciones, as su fraccin etiolgica
corresponda slo a un tercio de la susceptibilidad
gentica de la enfermedad (31). Esto indica que
genes diferentes al HLA tambin estn implicados.
Sin embargo, la mayora de los resultados de los
estudios que han investigado loci no-HLA en artritis
reumatoide no han sido replicados.
La inconsistencia de los resultados es explicable
en gran parte por el bajo poder estadstico que
poseen los estudios de ligamiento para detectar
genes con efectos individuales moderados o
bajos, poder que adems se ve afectado por el
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Cuadro 1. Mapeos genticos para artritis reumatoide publicadas de 1999 a mayo de 2006.
Autor, ao
Cornelis,
1998 (26)
Shiozawa,
1998 (22)
Jawaheer,
2001 (28)
MacKay,
2002 (24)
Jawaheer,
2003 (29)
Eyre,
2004 (32)
Osorio,
2004 (27)
John,
2004 (25)
Tamiya,
2005 (23)
Amos,
2006 (30)
Poblacin
de estudio
Europea
Japonesa
EUA
Inglesa
EUA
Inglesa
Europea
Inglesa
Japonesa II
EUA
No. familias
90
41
257
182
512
377
88
157
940 casos
642
No. ASP
98
45
301
208
333
425
105
217
y controles
1371
Tipo de
marcador
STR
STR
STR
STR
STR
STR
STR
SNP
STR + S
SNP
No.
marcadores
totales
309 no-HLA
c/12cM.
17 HLA
c/47cM
358
c/10,8cM
379 c/10cM
365 c/10cM
379 c/10cM
91*
1,088 c/3,3
cM
11245 c/0,8
cM
27039 STR
c/100kb,
165 tSNP,
69 AIM.
5850
Anlisis de
datos
SIBPALNA
SIBPAIR
GeneHunter
SIB-ADONE
SIBPAL
LODPAL
MAPMARKER/
SIBS
MERLIN
Mtodo
Pritchard.
MCFishman.
SPSS. Right.
PEDSTATS
SNPLINK
Merlin
Ligamento
significativo
LOD > 3,6
P < 2x10-5
6p21 (HLA)
1p36.31
6p21 (HLA)
6p21.3
(HLA-DRB1)
6p21.31-22.1
(HLA-DRB1)
6p21.3
6p21
Ligamento
sugestivo
LOD > 2,2
P < 0,001
3q13
18q22-23
Xq27.1
11q13.4,
10p13,
14q23.1
2q33, 11p12,
4q25, 5p12,
10q21
Evidencia
nominal
P < 0,05
1p36, 2p13,
2q33-37,
5q32-33,
6q21-23,
12p13-q24,
13q32-qter,
16p12,
18q12,
22q11, Xq27
8q22.3-23.1
SIBPAL
MAPMARKER/ ALLEGRO
ASPEX
SIBS
GENIBD
GeneHunter
ETD
(SAGE)Plus
MAPMARKER/
SIBS
LODPAL
6p21.3 HLA
6q16-21
(HLA-DRB1)
(P <0,005)
1q43-44,
4q22,
12q21.2,
16q24.1,
17q22
1q42-44,
14q11-12,
14q22
(P <0,005)
1p13, 1q43,
6q21, 10q21,
12q12,
17p13,
18q21
Ninguno
6p12.3-22.3
(HLA-DRB1)
Ninguno
20p13
13q34
Ninguno
(P <0,01)
18q21.32,
1p36.21,
2q13, 5q34,
12q23.1,
3q21.1
6q11.1-12.3,
6q16.3-21,
13q22.331.1,
14q24.331.1,
21q22.1,
Xp21.1
1q41-42,
7q31, 12p12,
16q12,
18q21,
20p13
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Anlisis de asociacin
El objetivo general de los estudios de asociacin
gentica es detectar si existe relacin
epidemiolgica entre una o ms variantes
genticas y un rasgo a partir de cmo difieran las
frecuencias de estas variantes entre un grupo de
casos y otro de controles (cuadro 3). Sin embargo,
desde el punto de vista biolgico, la asociacin
tiene tres interpretaciones diferentes: (i) el
Cuadro 2. Paralelo entre marcadores genticos de tipo microsatlite (STR) y polimorfismos de un solo nucletido (SNP).
STR
Polimorfismo
Heterocigosidad
Nmero requerido para cartografiar el genoma
Error de los mtodos de tipificacin del genotipo
Informatividad
Intervalo de desequilibrio de ligamiento con otros loci
Tasa de mutacin ()
Estabilidad gentica
Costo
Estrategia costo-efectiva
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Multiallicos
~70%
300-400
Elevado
Alta, por ser polimrficos
~100 kb
= 10-3 por sitio/generacin
Inestables por alta
Alto, inherente a los mtodos
de tipificacin
Anlisis multi-etapas
SNP
Biallicos
~20%
200,000-1000,000
Bajo (<2%)
Ms precisa
~30 kb
= 10-8 por sitio/generacin.
Consistentes por baja
Alto, dado el elevado nmero
de ensayos
Sistema de alto
rendimiento (microarreglos)
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Asociacin indirecta
Existen al menos dos maneras de cubrir el genoma
entero con SNP; una de ellas est basada en la
asociacin indirecta de los genes de susceptibilidad con SNP altamente informativos (tSNP)
distribuidos regularmente a lo largo del genoma
(42). El nmero de tSNP necesario para representar
las variaciones genticas ms comunes est entre
200.000 y 1000.000 (43), lo cual resulta
demasiado costoso para la mayora de los grupos
de investigacin en enfermedades complejas,
tales como la artritis reumatoide. Alternativamente, los investigadores del NARAC, as como
Begovich et al., han identificado y desarrollado la
tipificacin de una serie de 12.000 SNP
potencialmente funcionales dada su localizacin
en regiones gnicas codificantes o reguladoras
(44). La dificultad de esta aproximacin reside en
el mayor tamao de la muestra requerido para
detectar ligamento con polimorfismos codificantes,
Estudios de asociacin
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Genes candidatos
La importancia de encontrar genes asociados con
la artritis reumatoide es su contribucin a la
comprensin de los mecanismos patognicos de
la enfermedad, su posible aplicacin clnica como
marcadores de riesgo, diagnstico, pronstico e,
incluso, blanco teraputico (43).
La seleccin de los genes candidatos puede tener
una justificacin posicional (generador de
hiptesis), as como funcional (probador de
hiptesis). La primera asume que los genes de
susceptibilidad con mayor efecto estn ubicados
en las regiones de ligamento; por lo tanto, es
acertado examinarlas en detalle en busca de genes
con plausibilidad biolgica. La segunda parte de
la alteracin en la funcin o niveles de expresin
de la protena codificada y su papel en la
fisiopatologa de la enfermedad. En la artritis
reumatoide, virtualmente cualquier gen que
codifique para una molcula involucrada en
proliferacin o adhesin celular, inflamacin,
sealizacin intracelular, angiognesis o
degradacin de matriz extracelular puede ser
razonablemente postulado como gen candidato.
Ms de 180 genes han sido estudiados en la artritis
reumatoide, la mayora de ellos con funciones en
el reconocimiento inmunolgico (HLA, TLRll),
quimiotaxis, citocinas (TNF, IL6, MIF), factores
de crecimiento, ligandos celulares, molculas de
adhesin ( ICAM1 ), sealizacin intracelular
(PTPN22, NFKBIL1) y factores de transcripcin
(RUNX1), entre otros (46). Sin embargo, con
excepcin del HLA, la mayora de asociaciones
publicadas no han sido reproducidas en
poblaciones diferentes a las que se reportan, lo
que subraya la necesidad de revisar
cuidadosamente el diseo experimental de los
estudios de asociacin, con especial atencin en
la seleccin de las variantes genticas, la
poblacin de estudio, la seleccin de controles,
el anlisis estadstico y la replicacin de los
resultados (43) (cuadro 3). Al analizar polimorfismos de genes candidatos, el tamao de la
muestra es otro de los factores importantes a
considerar, ya que la magnitud de la mayora de
asociaciones dada por la razn de disparidad
(odds ratio [OR]) es baja. Los principales estudios
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Cuadro 5. Aminocidos de la cadena de las molculas HLA de clase II codificadas por los alelos HLA-DRB1 asociados
con artritis reumatoide.
Residuos ms afectados con el cambio del aminocido ocupante
Alelo
DRB1
11
12
13
14 26
28
29
30
37
38 47
61
70
71 72
73
74 78
80
81 83
DRB1*0103
DRB1*0402
DRB1*1301
DRB1*0415
DRB1*0701
DRB1*0801
DRB1*1201
DRB1*1403
Y
Y
DRB1*1412
DRB1*1425
DRB1*1601
DRB1*1602
DRB1*0401
DRB1*0409
DRB1*0413
DRB1*0416
DRB1*0421
DRB1*0101
DRB1*0102
DRB1*0104
DRB1*0404
DRB1*0405
DRB1*0408
DRB1*0410
DRB1*0419
DRB1*1402
DRB1*1406
DRB1*1001
Y
Y
*Aminocidos que presentan la mayor perturbacin del potencial electrosttico del bolsillo producida por el efecto del
aminocido ocupante sobre los residuos con los que interacta.
Aminocidos que conforman el cuarto bolsillo de unin (Pocket 4).
El recuadro de lnea discontinua resalta la secuencia 70DERAA74.
El recuadro de lnea gruesa resalta la ubicacin del eptope compartido 70(Q/R)(R/K)RA74.
Secuencias de aminocidos obtenidas de IMGT/HLA Database (102).
G: glicina; P: prolina; A: alanina; V: valina; L: leucina; I: isoleucina; M: metionina; C: cistena; F: fenilalanina; Y: tirosina; W:
triptfano; H: histidina; K: lisina; R: arginina; Q: glutamina; N: asparagina; E: cido glutmico; D: cido asprtico; S: serina;
T: treonina.
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Comentario
Mimetismo molecular
Motivo funcional
1301
1101
Posicin
0404
0301
0403
1501
0802
0101
del aa 0401 0405 1001
1402 0302
0406
1601
0701
0803
0102
en DRb
0408
1302
1104
1201 1303 1309 0402 0103 1304
1106
1109
0407
1503
0804
1102
1305
0805
13
70
71
74
78
RSP*
Carga
Tipo
H
Q
K
A
Y
A
++
SE
H
Q
R
A
Y
A
++
SE
F
R
R
A
Y
A
++
SE
F
Q
R
A
Y
A
+
SE
S
S
H
F
S
R
Q
Q
Q
R
R
Q
R
K
R
R
R
A
A
R
E
E
E
A
Y
Y
Y
V
Y
Y
A
R
E
E
E
a
+
++
+
+
+
+
SE XP4p XP4p XP4p XP4p XP4p
1103
R
Y
G
S
G
S
S
H
F
S
D
D
D
D
D
D
Q
D
D
D
R
R
R
R
R
K
A
E
E
E
A
Q
L
A
A
A
A
A
A
A
Y
V
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Y
Dr
Q
Dr
Dr
Dr
Dr
a
De
De
De
+
N
N
N
N
N
N
XP4p XP4n XP4n XP4n XP4n XP4n XP4n XP4n XP4n XP4n
*Patrones de supertipo DR-restrictivo (RSP) designados por los residuos polimrficos 70, 71 y 74: A(Q/RR/KA), De(DE/TA), Dr (DR/
KA/L), E(Q/RRE), Q(DRQ), R(QKR/Q) y a(QAA).
Tipos de alelos HLA-DRB1*X de acuerdo a la carga elctrica del bolsillo P4: DRB1*X P4 positivo (XP4p) y DRB1*X P4 negativo o neutral
(XP4n). N: neutral; SE: eptope compartido.
Ver cdigo de aminocidos en el pie del cuadro 6.
Los datos del cuadro se adaptaron de las referencias (104, 112).
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Tamao de la muestra
Casos:controles
Mxico
Mxico
32:100*
83:175
Mxico
Chile
Argentina
Per
Per
Colombia
54:99
129:97
140:202
79:65
52:81
83:90
Principales resultados
Referencia
123
116
117
124
125
81
126
122
La asociacin con el DRB1*1402 no fue significativa. El DBR1*0401 tuvo escasa prevalencia y no se combin con el
DBR1 *0404 en ningn caso. El alelo *1402 y *0404 tienen el mismo eptope compartido (QRRAA).
gen o los genes que contribuyen a la susceptibilidad gentica de la artritis reumatoide de forma
independiente a los genes HLA.
Al examinar los genes con plausibilidad biolgica
se debe destacar el TNF (que codifica para el
factor de necrosis tumoral alfa [TNF]) por dos
razones principales. En primer lugar, por la
evidencia de que el TNF es una citocina proinflamatoria crtica en la fisiopatologa de la artritis
reumatoide: se produce en el tejido sinovial de
pacientes con artritis reumatoide por macrfagos
y clulas T, existen niveles elevados de la citocina
en el suero y lquido sinovial, y los anticuerpos
anti-TNF tienen efecto teraputico benfico
sobre la enfermedad (1). Segundo, el TNF es un
gen altamente polimrfico, con cinco microsatlites y numerosos SNP en su promotor,
algunos de los cuales podran regular la expresin
gnica (133).
En poblacin peruana, el alelo correspondiente al
microsatlite TNF 6 se asoci con la enfermedad
independiente del HLA-DRB1 (81). Similares
resultados han sido observados en poblacin
antioquea (Gmez LM et al ., sometido a
publicacin). En cuanto a los SNP del TNF, existen
dos transiciones A>G en las posiciones 238 y
308. Ambas variantes fueron asociadas con
artritis reumatoide en poblacin mexicana, y para
los alelos TNF -238GG y TNF -308A en
enfermedad grave (82). En poblacin colombiana
observamos una asociacin opuesta del TNF en
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Plausibilidad biolgica
Farmacologa
Modelos animales
Genes causales de
enfermedades monognicas
Informacin posicional
Asociacin previa
Seleccin de la variante
Seleccin de la muestra
Marcadores genticos:
Generador de hiptesis.
Grupo de marcadores cuyos
alelos capturan variaciones
comunes en regiones
genmicas por desequilibrio
del ligamento
Variantes potencialmente
funcionales:
Prueba de hiptesis.
Ubicadas dentro de genes.
Estudio de Cohortes
Codificantes (exones)
Reguladoras (intrones, promotor, UTR, TFBS)
Control de calidad:
Informar en la publicacin
las mediciones usadas y la
reproducibilidad de los replicados.
Anlisis e Interpretacin
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arthritis in a dose-dependent manner but not with HLASE status. Genes Immun 2005;6:129-33.
51. Gmez LM, Anaya JM, Gonzlez CI, Pineda-Tamayo
R, Otero W, Arango A, et al. PTPN22 C1858T
polymorphism in Colombian patients with autoimmune
diseases. Genes Immun 2005;6:628-31.
52. Orozco G, Sanchez E, Gonzalez-Gay MA, LopezNevot MA, Torres B, Caliz R, et al. Association of a
functional single-nucleotide polymorphism of PTPN22,
encoding lymphoid protein phosphatase, with
rheumatoid arthritis and systemic lupus erythematosus.
Arthritis Rheum 2005;52:219-24.
581
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583
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1p13.3p13.1
1p36.13
PTPN22
PADI4
Descripcin de
la variante
Tipo*
Valor P
Poblacin
Casos
Controles Observaciones
Ref.
Protein Tyrosine
Phosphatase nonreceptor, type 22
C-NS
0,00066
5,6 x 10 -8
1,8 x 10-8
1,3 x 10 -9
Norteamericana
Norteamericana
Norteamericana
Caucsica
475
840
886
1413
475
926
595
1401
(47)
(48)
(49)
(50)
NS
0,001
Colombiana
Espaola
298
826
308
1036
0,000008
0,02
Japonesa
Norteamericana
830
2370
736
1757
NS
Francesa
NS
Inglesa
100
Familias
839
0,0017
Francesa
0,048
NS
NS
5P
(-1082 G/A)
(-2849 A/G)
Peptidyl arginine
deiminase, type IV
Haplotipo de SNP:
padi4_89, padi4_90,
padi4_92 y padi4_104,
(G55S, V82A, G112A y L117L)
Asociacin selectiva
para artritis reumatoide
seropositiva OR=1,75 (1,462,1)
Homocigosidad 620W
tiene efecto de dosis
gnica OR=4,57 (2,358,89).
Independiente de HLA
(51)
(52)
(53)
(54)
(55)
481
(56)
100 UPC
(57)
Japonesa
Caucsica
Francesa
88
de ASP,
100 de TDT
588
181
102
308
(58)
(59)
(60)
0,017
Japonesa
382
303
0,01
0.02
Espaola
Holandesa
5P
NS
Holandesa
117
91
mujeres
283
142
5P
410C-(A) -(CA)
11
13-20
1362T
5P
0,019
Espaola
213
242
CyP
0,009
Espaola
138
305
NS
Japonesa
461
150
NS
328
240
C
3UTR
NS
0,02
Inglesa y
Espaola
Inglesa
Espaola
421
141
452
194
0,028
Inglesa
123
349
CT60 A/G
5 tSNP (-1722 T/C, -1661
A/G, -658 C/T, -319 C/T,
+49 A/G), CT60 y rs1863800
3UTR
H
NS
NS
Espaola
Inglesa
433
759
398
755
0,028 y
0,007
0,001
China
326
250
CT60 A/G
Cy
3UTR
3UTR
Norteamericana
2370
1757
TNFRSF1B
Tumor necrosis
factor receptor
superfamily
member 1B
1q23
FCGR3A
Fc fragment of IgG,
low affinity IIIa,
receptor(CD16a)
1q32.1
IL10
Interleukin 10
1q41-q42
PARP1
2q33
CTLA4
Poly (ADP-ribose)
polymerase family,
member 1
Cytotoxic Tlymphocyteassociated protein 4
M196R
1220
7-32
2q37.3
PDCD1
Programmed cell
death 1
(+872 C/T)
0,0001
Taiwan
84
135
5q31.1
SLC22A4
slc2F2 T/C
0,000034
Japonesa
830
658
6p21.3
MICA
Major histocompatibility
complex class I
polypeptide-related
sequence A
MICA 6.0
0,0005
Espaola
211
200
6p21.3
TNF
Tumor necrosis
factor
5P
NS
NS
Canadiense
Japonesa
90
545
85
265
5P
0,0001
Colombiana
165
430
TNFc1 y TNFb3
5P
Espaola
149
175
TNF a6
5P
TNFc1
(P =0,001 y b3
(P =0,044)
0,0076
Peruana
79
65
(-238 G/A)
5P
0,007
Mexicana
139
167
(-308 A/G)
5P
0,05
Chilena
92
42
0,006
Canadiense
0,001
China
100
99
6p21.3
TAP2
Transporter 2, ATP
-binding cassette,
sub-family B (MDR/TAP)
(-1031T/-863C/-857T)
(-1693 G/A)
(61)
(62)
(63)
(64)
(65)
Incremento de los
heterocigotos A/G en
pacientes HLA-DR3
positivos. No asociacin
para el SNP -318 C>T
Alelo 49G fue asociado
en pacientes HLA-DRB1*
0405 (P=0,014)
(66)
(67)
(68)
(69)
Asociacin de los alelos
largos (AT)
>16
Mayor asociacin
se atribuy a
pacientes con
endocrinopatas
autoinmunes coexistentes
(ATD o T1D) P=0,005,
OR=2,50( 1,29-4,84)
No hubo asociacin
en TDT (122 familias)
ni en el estudio
de casos y controles
(70)
(71)
(72)
(73)
La asociacin fue
mayor en pacientes
seropositivos para
anti-CCP (P =0,0006).
Alelo T fue asociado con
artritis reumatoide
pero no con LES
El SNP altera la
afinidad de
la unin de RUNX1,
afectando la eficiencia de
la transcripcin
TDT en 54 familias
confirm asociacin
protectora del aleo
MICA 6.0 (P =0,007),
(54)
(74)
(75)
(76)
(77)
La asociacin de este haplotipo (78)
TNF alfa-U02 no fue
independiente de DRB1*0405
Haplotipo 308A238G es
(79)
factor de proteccin frente
a tuberculosis, pero factor
de susceptibilidad para AR,
LES y SSp.
Asociacin independiente
(80)
de HLA-DRB1*04
Asociado particularmente
(81)
con enfermedad erosiva
Alelo -308 A se asoci con
(82)
la severidad de la enfermedad
(p c=0,011)
No se encontr correlacin
(83)
entre -308A TNF y los niveles
sricos ni la actividad citotxica
de la citocina
Alelo -1693 A demostr
(84)
asociacin con HLA-DR4
(r = 0,45, P < 0,0003)
Asociacin del alelo -1693 A
(85)
fue independiente de
HLA-DRB1*04
(86)
Altera el sitio de unin
al represor transcripcional
delta-EF1, alterando
la expresin de IkBL
(87)
Anlisis basado en ASP y TDT (88)
6p21.3
NFKBIL1
(-62 T/A)
NS
0,0062
Espaola
Japonesa
339
116
382
100
12p13
TNFRSF1A
0,008
Francesa
A2M
alpha2m
In/del
0,59
Espaola
88 de
ASP, 100
de TDT
160
100 UPC
12p13.3p12.3
500
(89)
16p13
MHC2TA
Major histocompatibility
complex class II
transactivator
(-168 A/G)
5P
0,008
Sueca
1288
709
(CCCTT)n
5P
0,021
Espaola
200
251
NS
Espaola
152
199
0,000035
Japonesa
830
658
5P
0,02
Norteamericana
184
159
5P
MIF-173*C
(P =1,8 x 10-4).
CATT
(7)
(P =0,02)
0,0005
Inglesa
438
343
Inglesa
116
172
17q11.2-q12 NOS2A
21q22.3
RUNX1
Runt-related
transcription factor 1
runx1 C/G
22q11.23
MIF
Macrophage migration
inhibitory factor
(-794 CATT)
5-8
(CATT -MIF-173*C)
7
*Tipo de variante: C: codificante; C-NS: codificante no sinnima; 5P: promotor 5'; P: promotor; 3UTR: regin no traducible 3' ( untranslated region); I: intrnica. ASP: pares de hermanos afectados; TDT: test de
desequilibrio de transmisin.