PSI en VBM

Qu es la comisura anterior del cerebro?

Siguiendo a Snell (2007), las fibras comisulares conectan regiones correspondientes
de los dos hemisferios cerebrales y la comisura anterior:
es un pequeo haz de fibras nerviosas que cruza la lnea media en la
lmina terminal. Por su trayectoria lateral un haz ms pequeo o anterior se
curva hacia adelante a cada lado hacia la sustancia perforada anterior y el
tracto olfatorio. Un haz ms grande se curva hacia atrs a cada lado y surca
la cara inferior del ncleo lenticular para alcanzar los lbulos temporales. (p.
282)
No utilices los tres puntos suspensivos
No es necesario que cites la pgina; en caso de que sea una cita textual
utiliz comillas
Qu significa reorientar una imagen?
Las imgenes estructurales del cerebro, formato tipo Niftii, con las que se opera en
VBM, estn representando un volumen, por eso, contamos para cada una de ella con
tres ejes: x, y, z, donde podremos ubicar un punto cualquiera (El Mapeo Estadstico
Paramtrico del Cerebro, n.d.). Para aplicar anlisis estadsticos sobre un grupo de
imgenes estructurales es necesario que las mismas estn normalizadas a una
plantilla. As ser factible realizar la comparacin entre un punto cualquiera (x, y, z) de
una imagen y otro de iguales coordenadas, pero de una imagen distinta. El primer
paso de dicha normalizacin es el realineamiento de la imagen estructural sobre la
imagen canonical (Marino, 2011).
Reorientar una imagen significa modificar su punto de origen, coordenadas 0 0 0, de
modo tal que todas las imgenes a procesar, se aproximen lo mximo posible al
mismo. Para ello se asimila el punto de origen de una imagen estructural al punto de
origen de la imagen canonical. Este punto se encuentra en la comisura anterior. A
travs de SPM y con el uso de las herramientas Check Reg y Display podremos lograr
la reorientacin deseada (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.)
No ests usando bien Mendeley, n.d. te est informando que no tiene datos
eso no debe ocurrir seguir el pipeline Andaluca
La imagen se denomina cannica, si utilizs el anglicismo hazlo en cursiva
Cuntas imgenes cannicas hay en el mundo?
La imagen cannica es aquella en la que se basa la plantilla normalizadora que se
mencion con anterioridad. La ms utilizada es la creada Montreal Neurological

Institute- MNI (E. a Hirshorn & Thompson-Schill, 2006; Poldrack, 2006 citados en
Marino, 2011). Esta imagen de referencia trata de parecerse a la cannica de
Talairach y Tournoux, de los aos ochenta (El Mapeo Estadstico Paramtrico del
Cerebro, n.d.). En el mundo, existen otras imgenes cannicas que son creadas en
funcin de las necesidades de los grupos poblacionales. (Marino, 2011)
Ver como citar en Mendeley, n.d. no debe aparecer
Investigar cules son las imgenes cannicas ms utilizadas en el mundo
aparte de MNI
Mediante qu paso uno se asegura que los cambios que ha hecho han
quedado definitivamente guardados en el cerebro nativo? Qu botones hay
que presionar?
Para asegurarnos que los cambios hayan quedado guardados debemos hacer el
control a travs del botn DISPLAY de la ventana de herramientas del SPM

Luego de clickear en l, elegimos el archivo a controlar en el directorio, y

seleccionamos DONE.
Como resultado se abre la siguiente ventana:

En el lugar indicado en el grfico anterior, debemos escribir las coordenadas 0 0 0,

para verificar que crosshair quede situado en el punto que habamos elegido.
De esta manera chequeamos haber procedido correctamente al momento de guardar
los cambios sobre el cerebro nativo, al momento de haber reorientado su punto de
origen.
PASO 1: Reorientar Imgenes
1-Agregar SPM a MATLAB
En la ventana Current folder Buscar el directorio que corresponde a la carpeta SPM8:

Ej: D:\soledad\documents\SPM8

Click derecho sobre la carpeta SPM8

Click sobre add to pad select folders and subfolders

2-Iniciar SPM
En la ventana Command Window tipear:

>> spm fmri

3-Pasar los archivos DICOM a NIFTII DICOM import

160 cortes en formato DICOM sern transformados en un archivo NIFTII
En el Men del SPM8 ir a:

DICOM Import: 1 click, se abre la ventana dicom files

En DICOM Files, buscamos los 160 archivos con los que vamos a trabajar, para eso:

En DRIVE seleccionar el disco donde estn los casos (Ej. D)

Buscar el directorio abajo a la izquierda

(Ej. D:\soledad\documents\CASOS SPM8) ah estn los casos
Seleccionar una carpeta ej. AGUILERA LORENA: 1 click
CLICK EN SER00501: en el cuadro de la derecha aparecen los 160

archivos

En el cuadro de la derecha SELECCIONAR TODO CON SHIFT: en el cuadro de

abajo aparecen los 160 archivos

CLICK EN DONE

Aparece la ventana output director para guardar el NIFTII que vamos a

crear, elegir nuevamente la carpeta de AGUILERA LORENA, o en PREV, nos
sale el ltimo directorio utilizado.

Ej PREV: click en AGUILERA LORENA\SER00501

CLICK EN SER00501: se va a la ventana derecha
CLICK EN SER00501: se va a la ventana de abajo

DONE

Usando DISPLAY podemos ver la imagen Cerebral del NIFTII que creamos DISPLAY
Volvemos a la primera ventana del paso 3

DISPLAY
PREV: click en AGUILERA LORENA\SER00501

A la derecha aparece ese archivo largo que volvemos a seleccionar abajo y le damos
DONE de la misma forma en que lo venimos haciendo

mm: 0 0 0 y podemos ver el punto cero de esta imagen

4- Comparar el punto 0 0 0 de la imagen cannica con el de la imagen

estructural a reorientar CHECK REG
La distancia entre los puntos 0 0 0 debe ser menor a 5 cm entre ambas imgenes
(PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.)
Volvemos a la primera ventana del paso 3
Abrir los dos archivos juntos: Imagen CANONICAL y nuestro caso (Imagen estructural):

DRIVE (Ej. D:\soledad\documents\SPM8\spm8\spm8\canonical*)

Aadirla a la ventana de abajo con un click
PREV: click en AGUILERA LORENA\SER00501
Aadirla a la ventana de abajo con un click

DONE
*La imagen CANONICAL tiene el siguiente formato:
Avg: significa promedio
152: significa cantidad de personas que participaron
T1: se refiere al tipo de tejido
Trabajamos siempre con esta

Se centra crosshair (que es el cruce entre las lneas azules) en COMISURA

ANTEIOR anterior de la imagen cannica y se observa el ajuste de las T1 a
procesar.

CORTE
CORONAL

CORTE
SAGITAL

CORTE
AXIAL

5- Modificar el punto cero de la imagen estructural posicionndolo en la

COMISURA ANTERIOR DISPLAY
Primero rotamos la imagen si es necesario para ajustarla a la posicin de la
CANONICAL
Es una medida en radianes (mucho ms sensible que el mm, voy probando con 0.01)

PITCH (observamos una rotacin en el plano sagital)

ROLL (observamos una rotacin en el plano coronal)

YAW (observamos una rotacin en el plano axial)

Luego posicionamos crosshair en la comisura anterior

As obtenemos un resultado en las coordenadas del crosshair, por ej: -1.1 / 43.7 / 76.6
Para llevar el cero a ese punto, tenemos que colocar los valores indicados pero en
signo invertido, por ej:

RIGHT = 1.1

FORWARD = -43.7

UP = -76.6

Y luego hacer click en la barra indicada en el grfico anterior colocar 0 0 0 en mm

Podemos seguir haciendo todos los ajustes que sean necesarios para que el punto
cero quede lo ms cerca posible de la comisura anterior
Ej. Pruebo, -3. Luego si falta un punto ms, pongo -4 (porque no es que a tres le sumo
uno, sino que vuelvo al origen, de -3 y luego -4, significa que qued en -4 NO en -7, no
se suman los nmeros)
Cuando estemos en el lugar deseado reorientamos el cero

Reorient Images (indicado en la imagen anterior)

PREV: seleccionar el NIFTII del caso
DONE

6- Controlar el resultado de la reorientacin CHECK REG

Haciendo nuevamente CHECK REG (Paso 4) al posicionar crosshair en la comisura
anterior de la imagen canonical debera coincidir con el mismo punto en la imagen
estructural de abajo.

Si hubiera diferencias pueden hacerse nuevos reajustes repitiendo el paso 5

PASO 2: Estimate and Write

En el men SPM seleccionamos la opcin BATCH

Y seleccionamos VBM8: Estimate & Write como indica el grfico de abajo

En current modules, seleccionamos la opcin Volumes y agregamos los

volmenes que necesitamos procesar (los que ya fueron alineados a la
imagen cannica). Respecto a la cantidad de volmenes que seleccionemos
para procesar, debemos tener en cuenta la capacidad del ordenador que
utilicemos, ya que es un proceso que insume muchos recursos.

En este paso se ingresan las imgenes estructurales, tienen que pertenecer a una
misma secuencia (por ej. T1). No se pueden incluir imgenes T1 y T2 mezcladas. Se
calculan los mapas de los tres tejidos principales: p1 (sustancia gris), p2 (sustancia
blanca) y p3 (lquido cefalorraqudeo) (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.)
Antes de pasar al procesamiento podemos guardar los parmetros del Batch en caso
de que hubiramos hecho modificaciones del mismo (Kurth, Luders, & Gaser, n.d.),
para eso:

FILE

Save Batch (aqu guardamos el modelo que luego vamos a correr)

Luego procedemos a correr el Batch

Run Batch

Cuando se termina de procesar cada imagen estructural obtenemos el siguiente

resultado:

En cada grupo de tres cuadros, correspondiente a los cortes sagital, coronal y axial,
puede visualizarse los mapas de los tejidos procesados, sustancia blanca, gris y lquido
cfalo raqudeo.
En la carpeta de cada caso procesado quedarn guardados los archivos que se
generaron (Kurth et al., n.d.)

Siguiendo el trabajo Pipeline Bariloche (n.d.):

La herramienta new segment de SPM8 obtiene 3 tejidos ms: crneo,
tejidos blandos y aire. En este paso, que suele demorar horas, se utiliza la
normalizacin de alta dimensionalidad DARTEL, que es un algoritmo creado
por John Ashburne para deformar sobre una plantilla
La normalizacin se realiza de dos formas, excluyentes: o se hace una
normalizacin SPM default, de baja dimensionalidad, o una normalizacin
DARTEL, que cuenta con las probabilidades a priori de los seis tejidos
mencionados.
Paso 3: Display one slice for all images
En este paso podemos hacer un control de calidad (PIPELINE BARILOCHE VBM, n.d.)
de las segmentaciones que hicimos en el apartado anterior
Para ello volvemos a acceder a la misma ventana que en el paso 2:

Accedemos a la herramienta display one slice for all images

En nuestro caso, al utilizar secuencias T1 se debe seleccionar yes en proportional
scaling:

Run Batch

Y obtendremos la imagen para hacer el control correspondiente

Siguiendo nuevamente nuestro artculo de referencia (PIPELINE BARILOCHE VBM,

n.d.):
Los archivos se van generando con los siguientes cdigos:
m0: significa que se realiz una deformacin no lineal, modulada (DARTEL)
wr: que ha sido normalizada
pX: codifica el tejido correspondiente (X es el nmero- cdigo del tejido)

Referencias
El Mapeo Estadstico Paramtrico del Cerebro. (n.d.).

Kurth, F., Luders, E., & Gaser, C. (n.d.). VBM8-Toolbox Manual.

Marino, J. (2011). Cuantificacin de Imgenes Cerebrales obtenidas por Resonancia
Magntica Estructural (T1): Morfometra Basada en Voxels para predecir el
rendimiento en la prueba neuropsicolgica de Fluidez de Acciones.
PIPELINE BARILOCHE VBM. (n.d.).
Snell, R. S. (2007). NEUROANATOMA CLNICA. (Panamericana, Ed.) (6o ed., p. 612).
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