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Tutorial Chemsketch
O Chemsketch um software de desenvolvimento de Qumica Avanada. Foi projetado para
ser usado separadamente ou integrado com outras aplicaes. O Chemsketch usado para
desenhar estruturas qumicas, reaes e diagramas esquemticos. Tambm pode ser usado para
projees de molculas em 3D.
O Chemsketch tem os seguintes mdulos e ferramentas:
- Modo Estrutura para desenhar estruturas qumicas e calcular as suas propriedades;
- Modo Desenho para texto e processos grficos;
- Clculos de propriedades moleculares, tais como: massa, frmula centesimal,
volume molar, ndice de refrao, tenso superficial, constante dieltrica, densidade, etc.
- Nomenclatura Oficial da IUPAC (em ingls)
O software da ACDLabs trabalha com barramento 32-bits sendo aplicvel aos PCs com Sistemas
Operacionais Microsoft Windows 95/98/NT/ME/2000.
6.1 - instalao
A instalao muito simples, voc deve preencher os campos obrigatrios de cadastro, e efetuar o
download. Vale lembrar que este tutorial feito da verso mais antiga do programa (8.0), mais salvo
algumas alteraes estticas e de funcionalidade (muito poucas) a parte operacional padro
continua a mesma e aps aprender a usar todos estes recursos descobrir os novos ser bem mais
simples e fcil.
Veremos agora aps voc t-lo baixado o procedimento, simples, necessrio para instal-lo em seu
computador:
Essa a primeira tela que aparecer aps a execuo do aplicativo de instalao. Para seguir a
instalao, clique no boto: Next.
Com o cursor role at o final da licena. Marque a opo I accept ... e clique em Next.
Tutorial CHEMSKETCH
Esta tela mostra em que diretrio o programa ser instalado. Por padro, utiliza-se o seguinte
diretrio: C:\ACDFREE8. Todas as caixas de seleo correspondentes aos componentes que sero
instalados j esto marcadas, e como faremos uso de todos esses componentes no desmarcaremos
nenhuma caixa. Pressione o boto Next.
Clique em Next.
Tutorial CHEMSKETCH
Clique em Install para iniciar a instalao do ChemSketch 8.0. Se desejar trocar alguma
especificao determinada anteriormente, clique em Back e faa a alterao. Para no realizar a
instalao, clique em Cancel.
Esta opo informa que os programas foram instalados com sucesso. Basta ento, pressionar o
boto Finish.
Tutorial CHEMSKETCH
Tutorial CHEMSKETCH
Barra de ChemBasic: Localizada abaixo da Barra Geral uma barra opcional e contm diversas
outras aplicaes muito teis para o trabalho no modo estrutura. Porm, essa barra de ferramenta s ir
aparecer caso o mdulo ChemBasic tenha sido instalado.
Barra estrutura: A barra contm ferramentas para desenhar e manipular estruturas qumicas.
Barra de tomos: Exibida verticalmente esquerda da tela, contm botes que representam
tomos, como tambm ferramentas para propriedades variveis de tomos (valncia, radicais, etc.).
Barra de Radicais: Colocada direita da janela, contm a relao de radicais j utilizados alm do
boto para acessar a tabela de radicais.
rea de Trabalho: Grande rea branca localizada no meio da tela, local onde as estruturas so
desenhadas.
Paleta de Cores: Permitem colorir tomos e ligaes rapidamente.
Barra de Status: Esta barra contm informaes que podem ser teis para o momento atual: nome
do arquivo SK2 que voc est trabalhando, nmero de pgina no arquivo de SK2, nmero de fragmentos na
rea de trabalho e frmula molecular das estruturas selecionadas.
6.2.2 - Desenho
O modo desenho permite ao usurio trabalhar com as diversas ferramentas de desenho para
auxiliar nos diagramas e reaes que se deseja fazer com o Chemsketch.
Abaixo, analisamos as barras que compem o modo desenho.
Barra de Desenhos: Localizada a esquerda da tela, possui diversas ferramentas para desenho,
desde crculos, quadrados, setas, alm de diversas outras possibilidades.
Barra de Edio: A barra de Edio permite manipular e alterar os desenhos no que diz respeito
posio, tamanho, ordem, etc.
6.3 - Manipulando arquivos
6.3.1 - Salvando Arquivos
Para guardarmos os trabalhos feitos devemos salvar o arquivo em alguma unidade de gravao
na barra geral ou clique no menu
(disquete ou disco rgido). Para salvar um arquivo: utilize o boto
File e aps na opo Save as... ou Save ou tecle F2.
No campo Salvar em determine o local onde o arquivo ser gravado, em Nome do arquivo digite
um nome para o arquivo. Aps isso, pressione o boto Salvar.
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Obs: O formato padro do ChemSketch sk2. Para salvar o arquivo em outro formato, devemos
proceder com uma exportao de arquivo.
Tutorial CHEMSKETCH
O ChemSketch possui uma interface com outros programas como ISISDraw, MDL entre outros.
Essa caracterstica permite que sejam abertos arquivos gerados com formatos de outros programas. Para
isso devemos clicar no menu File e aps na opo Import....
Os formatos que o ChemSketch suporta importar so: imagens: wmf e formatos de outros
programas: .mol, .skc, .chm, .rxn, .cdx, .mst e .rpt.
H
O
H
Para abrir um arquivo do ChemSketch j salvo em alguma unidade de disco, utilize o boto
na barra geral, ou pressione a tecla de atalho F3 ou utilize o menu File e em seguida Open.... Na caixa
de dilogo Open Document procure o arquivo a ser aberto.
O ChemSketch abre somente arquivos no formato .sk2, arquivos de formatos diferentes devem
ser importados.
6.3.6 Criando um Arquivo Novo
Tutorial CHEMSKETCH
Caso voc deseja criar um arquivo novo no ChemSketch, siga os passos abaixo: utilize o boto
na barra geral ou clique no menu File e aps na opo New ou utilize as teclas de atalhos do teclado
<Ctrl>+F3.
6.3.7 Imprimindo um Arquivo
Para imprimir um arquivo no ChemSketch, siga os passos abaixo: utilize o boto
na barra
geral ou clique no menu File e aps na opo Print... ou utilize as teclas de atalhos do teclado <Ctrl>+P.
Na caixa de dilogo Imprimir, mude para as opes desejadas e pressione o boto Ok.
Obs: Antes de imprimir um arquivo, verifique as configuraes da pgina, para isso, clique no menu
File e aps na opo Page Setup.
6. 4 - Desenhando Molculas
6.4.1 - Barra Estrutura
1 Select/Move:
Este boto permite selecionar ou mover qualquer objeto presente na rea de
trabalho. Clique em um ponto e arraste o mouse sobre o que se quer selecionar.
2 Select/Rotate/Resize:
: Este boto permite a rotao de 360 do objeto se lecionado em 2D.
Clique em Edit e Select All para selecionar a molcula ou use uma das ferramentas de seleo (botes 1
e 4 dessa barra).
O objeto ser rotacionado em torno do crculo vermelho que aparece ao ser posicionado o mouse
sobre um dos quadrados pretos (note que o crculo aparece na extremidade oposta do quadrado
selecionado).
Tambm temos o recurso de aumentar ou diminuir o tamanho da molcula, em nosso exemplo,
aumentamos o tamanho da molcula em 31;08% (compare com a molcula acima).
CH3
H3C
3 3D Rotation:
Este boto permite dar rotao em um ambiente 3D.(x, y, z). Clique em Edit e
Select All para selecionar a molcula ou use uma das ferramentas de seleo (botes 1 e 4 dessa barra).
A seguir vemos uma mesma molcula rotacionada em vrias direes.
OH
HO
CH3
H3C
H3C
CH3
H3C
H3C
HO
CH3
HO
CH3
Tutorial CHEMSKETCH
4 Lasso On/Off:
ou
Este boto permite a seleo especfica de algo na rea de trabalho
laando o objeto desenhando-se ao redor do mesmo. Para alternar as formas do boto clique sobre o
mesmo.
5 Draw Normal:
abaixo:
Este boto permite o desenho de uma estrutura orgnica simples como o exemplo
CH3
H3C
Obs: no esquea que antes de desenhar a molcula voc deve selecionar um tomo na barra de
tomos.
7 Draw Chains:
Este boto permite o desenho de uma estrutura orgnica contnua, de modo que
os tomos assumem uma posio em relao ao outro em forma de v (cadeia em zigue-zague), conforme
o exemplo abaixo:
Obs: Esse boto muito til para cadeias muito extensas. Para saber o nmero de tomos de
carbono na cadeia basta olhar o nmero logo acima do ponteiro do mouse. Este nmero s visvel
enquanto o mouse estiver pressionado.
8 Up Stereo Bonds:
Este boto permite que seja aplicada ligao entre tomos uma
representao que significa que o tomo que possui a ponta mais grossa da cunha cheia est para fora do
plano da rea de trabalho. Veja o exemplo abaixo:
Obs: Uma forma de desfazer a aplicao deste tipo de propriedade clicando no meu Edit e aps
na opo Undo Change Bond ou ento pressionar as teclas de atalho <alt> + <backspace> ou clicar no
boto Undo
da barra geral.
Este boto permite que seja aplicada a ligao entre tomos uma
9 Down Stereo Bonds:
representao que o tomo que possui a ponta mais grossa da cunha tracejada estaria para dentro do
plano da rea de trabalho. Veja o exemplo abaixo:
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Tutorial CHEMSKETCH
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Obs: Uma forma de desfazer a aplicao deste tipo de propriedade clicando no meu Edit e aps
na opo Undo Change Bond ou ento pressionar as teclas de atalho <alt> + <backspace> ou clicar no
boto Undo
da barra geral.
10 Coordinating Bonds:
Este boto permite que se consiga representar uma ligao coordenada
ou dativa. Veja o exemplo abaixo:
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do boto permite a escolha dentre as
diversas formas de setas.
CH3
H3C
CH3
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do boto permite a escolha dentre as
diversas formas.
Tutorial CHEMSKETCH
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Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do boto permite a escolha entre as
formas contnua e pontilhada.
13 Markush Bond:
Este boto permite utilizar a representao para estruturas Markush. A
representao indica que o radical metila pode ocupar as posies orto, meta e para em relao hidroxila
ou seja cada um desses compostos est representado pela estrutura abaixo.
OH
CH3
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do boto permite a escolha entre as
formas abaixo.
Este boto permite a insero do sinal de mais (+) muito comum em reaes
14 Reaction Plus:
orgnicas. Veja exemplo abaixo:
15 Reaction Arrow:
Este boto permite escolher dentre as diversas setas que as reaes possam
a necessitar.
Obs: O triangulo branco localizado no canto inferior direito do boto permite a escolha dentre as
diversas formas de setas.
16 Atom-Atom Map:
Este boto permite fazer a correspondncia manual
entre tomos de reagentes e produtos.
ou automtica
12
Tutorial CHEMSKETCH
18 Polymers:
Este boto permite aplicar a representao de polmeros. Desenhe a estrutura da
molcula e clique no boto Polymers, selecione na caixa de dilogo Polymer as opes desejadas e
finalmente clique no ponto onde deseje introduzir o colchete e arraste com o mouse at o ponto final de
insero e solte o mouse.
Tutorial CHEMSKETCH
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19 Chance Position:
Este boto permite mudar a posio dos tomos ligados ao tomo principal.
Veja o exemplo com o gs metano.
H4
CH4
H4C
C
C
H4
forma 1
forma 3
forma 2
forma 4
CH3
H3C
CH3
H3C
CH3
H3C
CH3
antes
depois
antes
depois
antes
depois
antes
depois
22 Flip on bond:
Este boto permite giramos a molcula a partir de uma ligao. Clique sobre o
boto e em seguida clique sobre a ligao que servir de referncia. Veja exemplo abaixo:
Br
CH3
Cl
OH
antes
OH
Cl
CH3
Br
depois
Tutorial CHEMSKETCH
14
Br
Cl
CH3
OH
antes
25 Instant Template:
Br
H3C
Cl
OH
depois
26 Clean Structure:
Este boto permite que a estrutura desenhada possua uma melhor
proporcionalidade entre as ligaes. Veja o exemplo abaixo:
Tutorial CHEMSKETCH
15
Obs: Clicando no boto Replace podemos substituir a estrutura analisada pelo tautmero indicado.
Obs: Com o boto Rotao 3D (boto 3 desta barra) voc pode girar a molcula e comprovar que
ela est na conformao correta dos tomos pelo efeito da repulso de cargas.
6.4.2 - Barra de tomos
Tutorial CHEMSKETCH
16
Alm dos dados mostrados na janela inferior, temos os dados de RMN (clique no boto NMR) e as
massas dos istopos com suas propores (clique no boto Mass).
02 Any Atom:
Tutorial CHEMSKETCH
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(Any Atom without Hydrogen) indicao de que pode ser qualquer tomo, exceto o hidrognio.
(Atom from List) cria uma lista de tomos permitidos.
(Atom Not in List) cria uma lista de tomos no permitidos.
03 Any Bond:
(Any Bond) indica que pode ser qualquer tipo de ligao (simples, dupla, tripla ou aromtica).
(Aromatic Bond) indica que somente pode possuir ligaes aromticas.
(Single or Double Bond) indica que somente pode possuir ligaes simples e duplas.
(Ring Bond) indica que a ligao faz parte de um anel.
(Chain Bond) indica que a ligao faz parte de uma cadeia aberta.
04 Atoms: Estes botes so colocados automaticamente em funo do seu uso. Os mais usados
permanecem listados.
06 Pseudo Atom:
Permite substituir um tomo ou criar um tomo com o rtulo de radical. O
pseudo atom elimina o smbolo do tomo deixando apenas a ligao. Observe o exemplo a seguir.
pseudo tomo
R1
R2
R3
Tutorial CHEMSKETCH
18
Cl
H2C
CH3
H3C
OH2
H3C
CH3
Exemplo:
13
+(III)
NH4
09 Manual Numbering:
Permite a numerao manual dos carbonos ou de qualquer tomo. Para
aplicar marcao (numerao, designio alfabtica, etc.) clique no boto Manual Numbering, preencha a
caixa de dilogo Manual Numbering (pode-se adicionar texto antes ou depois da numerao), clique em
OK e finalmente clique sobre os tomos a serem numerados.
Exemplo:
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Cl
H3C
3
4
CH3
8 isotopo 14
01 Table of Radicals
Permite a insero de radicais ou pedaos de molculas especficas na
molcula que est sendo construda. Clique no boto Table of Radicals, escolha o radical a ser inserido,
clique sobre o radical escolhido e finalmente clique sobre o tomo ao qual o radical ser ligado.
Ao passar com o mouse sobre um radical a sua estrutura ser mostrada no quadro ao centro da
tabela.
Tutorial CHEMSKETCH
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01 Modo::
02 New Page:
03 Open File:
extenso .sk2).
04 Save File:
Salva um arquivo, em disco rgido ou disquete, com a extenso .sk2. Para
salvar com outra extenso, use o recurso de exportar arquivos.
05 Print:
06 Export to PDF:
pelo programa Acrobat Reader.
07 Undo Delete:
O boto undo quando pressionado, volta uma ao realizada no
ChemSketch. Outra opo para usa-lo, clicar em Edit e em Undo Draw.
09 Delete:
O boto delete permite voc apagar tomos ou conjunto de tomos especficos
nas molculas. Clique no boto Delete e em seguida clique sobre o tomo que se deseja apagar.
CH3
antes
depois
10 Cut:
O boto Cut permite remover um ou um grupo de tomos selecionados. Este
boto usado quando desejamos remover algum objeto da rea de trabalho do ChemSketch para a rea
de Transferncia, de modo que esteja disponvel para ser colado onde for desejado.
11 Copy:
O boto Copy permite fazer cpias de um ou um grupo de tomos selecionados
na rea de trabalho do ChemSketch para a rea de Transferncia, de modo que esteja disponvel para ser
colado onde for desejado.
Tutorial CHEMSKETCH
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12 Paste:
recortados anteriormente.
14 Zoom Out:
trabalho.
15 Zoom:
Permite o ajuste manual do tamanho da rea de trabalho (bastando para
isso digitarmos o tamanho desejado na janela), bem como o acesso s opes: Full Page (a pgina inteira
exibida na rea de trabalho 29,5% de resoluo), Page Width (a largura total da pgina exibida na
tela da rea de trabalho 86% de resoluo), Fit Selected (exibe a molcula selecionada em toda a rea
de trabalho exibida na tela), Fit All (exibe todas as molculas selecionadas na rea de trabalho exibida na
tela),
16 Actual Size:
17 Full Page:
18 Fit All:
na tela.
19 Fit Selected:
exibida na tela.
Tutorial CHEMSKETCH
22
5 - Mova o cursor at o local da rea de trabalho onde se deseja colar a estrutura e clique
uma vez.
Tutorial CHEMSKETCH
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NH2
N
N
N
N
H
adenine
23 3D Viewer:
Permite observar a molcula em 3D. Maiores detalhes no tpico 4.6
Molculas em 3D desta apostila.
Tutorial CHEMSKETCH
24
Menu Pages pode ser utilizado quando o documento (arquivo) possuir mais de uma pgina.
Menu Tools
H3C
CH3
CH3
CH3
15.0235 Da 15.0235 Da
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Tutorial CHEMSKETCH
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H
H3C
CH3
H
H
H
H
antes
H
H
H
H
H
depois
H
H
Tutorial CHEMSKETCH
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H3C
7
OH
6 8
2
3
H3C
OH
1-methylcyclohexa-2,5-dien-1-ol
Stereo Descriptors mostra os centros quirais: Z ou E e S ou R.
SMILES Notation descreve a molcula utilizando o sistema SMILES (Simplified Molecular Input
Line Entry Specification).
OH
H3C
CH3
CC[C@H](O)CCC
Structure from SMILES monta a estrutura a partir do sistema SMILES.
HO
CH3
Cc1ccccc1O
antes
depois
Tutorial CHEMSKETCH
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Todas esses clculos podem ser copiados para a rea de trabalho, clicando-se em Copy to Editor.
Menu Templates
Tutorial CHEMSKETCH
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- Template Window ...: Abre a caixa de dilogo Template Window (pgina 109).
- Template Organizer ...: Utilizando-se esta caixa de dilogo podemos remover ou introduzir uma
nova categoria. Para se introduzir uma nova categoria necessrio criar-se um arquivo com extenso .sk2
e coloc-lo no diretrio c:\acdfree8\template.
Menu Options
Tutorial CHEMSKETCH
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Tutorial CHEMSKETCH
30
Tutorial CHEMSKETCH
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H3C
CH3
posio normal
outra posio
- Apply Structure Drawing Style: Se acionado faz com que o tamanho das ligaes desenhadas
se ajustem a um padro predeterminado.
Menu Documents
Menu I-Lab
Servio com base de dados de Qumica e programas de predio de propriedades. Voc pode
utilizar o I-Lab Pblico (grtis) e a Edio INTRANET I-Lab (comercial).
Menu ACD/Labs
- 3D Viewer: possibilita uma viso tridimensional da molcula (ver tpico 6.6 Molculas em 3D).
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Tutorial CHEMSKETCH
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Menu Help
ou
Clique no 2 boto (para uma cadeia melhor desenhada) e clique sobre o tomo de carbono
esquerda da tela. Clique sobre a rea de trabalho e arraste o mouse at o comprimento de cadeia desejado.
Solte o mouse.
H3C
CH3
antes
H3C
CH2
depois
III - Ramificaes
Para inserir uma ramificao, clique sobre o tomo de carbono da cadeia principal onde dever
estar a ramificao e arraste o mouse. Para uma ramificao com 2 ou mais tomos de carbono, clique no
boto
Tutorial CHEMSKETCH
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H3C
H3C
CH3
H3C
CH3
CH3
antes
depois
IV - Heterotomos
Clique sobre o tomo a ser inserido (lado esquerdo da tela). Se o tomo no constar dessa lista,
abra a tabela peridica, clicando no boto
carbono e clique sobre o heterotomo.
H3C
CH3
H3C
antes
NH
CH3
depois
V Grupos funcionais
Para grupos menores (Cl, OH, etc.), clique sobre o tomo (lado esquerdo da tela), clique sobre o
tomo de carbono e arraste o mouse. Para grupos maiores (COOH, NO2, etc.) use a tabela de radicais.
Cl
H3C
CH3
H3C
O
HO
HO
antes
depois
VI Deletando tomos
Para deletar um nico tomo, clique no boto
Clique no boto
, clique no local onde deseja inserir o texto e aparecer a caixa de dilogo
Edit Label. Utilize uma das opes preestabelecidas ou digite um texto (uma nica linha) na janela
correspondente. Para texto maiores podemos utilizar o recurso de copiar e colar.
Tutorial CHEMSKETCH
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CH3
H3C
Para a insero exclusiva de arquivos bitmap (extenso .bmp ou .dib), no modo Draw podemos
utilizar o boto Insert Bitmap
IX Deslocalizando cargas
O ChemSketch possibilita a deslocalizao de cargas.
1 - Desenhe a molcula.
Br
H3C
CH3
Br
H3C
+
CH3
4 - Clique no boto
colocao da carga positiva.
e em seguida no boto
Br
H3C
CH3
+
Tutorial CHEMSKETCH
35
X Alterando Propriedades
Para alterarmos qualquer formato (cor, tamanho, etc.) poderemos utilizar a opo propriedades das
estruturas.
Clique no menu Tools e na opo Structure Properties e ser aberta a caixa de dilogo
Properties com as guias COMMON, ATOM e BOND.
Outra maneira de abrir essa caixa de dilogo selecionar a entidade qumica e dar um clique duplo
sobre a mesma.
Guia Common
A opo All, se marcada, escreve o smbolo de todos os tomos de carbono da cadeia, juntamente
com os tomos de hidrognio.
A opo Terminal, se marcada, escreve apenas o smbolo dos tomos de carbono e hidrognio
terminais.
A opo Hide Zero Charge, se marcada, no permite a visualizao de carga zero; se
desmarcada, permite essa visualizao em todos os tomos.
A opo Cross Out Invalid Atom, se marcada, risca com uma cruz qualquer invlido, isto , com
um nmero de ligaes no permitido, se desmarcada, possibilita que um tomo tenha um nmero de
ligaes diferente da sua valncia.
Veja os exemplos abaixo:
H3C
terminal (marcada)
all (marcada)
0
H3C
0CH3
0CH2
0CH2
CH
CH2
CH2
2
hide (desmarcada)
CH3
H3C
CH3
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2
H3C
H3C
CH3
CH3
CH3
cross (marcada)
H3C
H3C
CH3
CH3
CH3
Cross (desmarcada)
Tutorial CHEMSKETCH
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A opo Atom Symbol Size permite determinarmos o tamanho da fonte que ser usada para
desenhar os tomos.
A opo Bond Length permite determinarmos o comprimento da ligao qumica entre os tomos.
Obs: Deixando a opo Auto marcada, deixamos por conta do programa calcular a proporo do
comprimento da ligao em funo da fonte utilizada.
CH 3
CH 3
CH 3
CH 3
CH 3
tamanho 16
CH 3
tamanho 10
tamanho 16
opo auto marcada
A opo Atom Style permite determinarmos a fonte utilizada, a sua cor e os efeitos de negrito e
itlico.
A opo Bond Style permite determinarmos a largura e a cor das ligaes entre os tomos.
CH 3
H 2C
CH
H
CH 2
H 2C
fonte arial
H 2C
H 2C
CH
fonte holiday
CH 2
CH 2
CH 3
H 2C
H 2C
CH
CH 3
CH 3
CH 3
CH 3
ligao mais larga
O boto Apply aplica as alteraes feitas em alguma entidade qumica previamente selecionada.
O boto Set Default grava as alteraes feitas de modo que as modificaes sejam aplicadas nas
prximas entidades qumicas a serem desenhadas.
O boto Update From permite copiar a formatao de uma entidade qumica e aplica-la em outra.
O boto Restore Default restaura as configuraes padro do ChemSketch.
Guia Atom
Tutorial CHEMSKETCH
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Utilizando a barra
podemos fazer a seleo individual de diversos elementos
e/ou dados, podendo-se em cada um deles formatar a fonte, o tamanho, a cor e os efeitos de negrito e
itlico.
pode-se escolher o tomo principal de sua entidade qumica. A seleo padro
Clicando-se em
o tomo de carbono e o seu acionamento seleciona somente os tomos de carbono.
Clicando-se em
Clicando-se em
determina-se a posio, na vertical, que ficar o nmero que indica a
quantidade de hidrognios na entidade qumica.
Clicando-se em
na vertical.
Clicando-se em
vertical.
Clicando-se em
permite explicitar qual istopo estamos usando na entidade qumica, bem
como a sua posio, na vertical.
Clicando-se em
permite determinar a numerao dos tomos de carbono e sua posio nos
eixos X e Y da entidade qumica selecionada.
Guia Bond
Tutorial CHEMSKETCH
38
Utilizando a barra
cada ligao.
Clicando-se em
Clicando-se em
Clicando-se em
Clicando-se em
plano (tela).
Clicando-se em
do plano (tela).
Clicando-se em
coordenada.
Clicando-se em
Iremos a partir de agora ver as ferramentas de desenho que o ChemSketch proporciona mo mdulo Draw.
Tutorial CHEMSKETCH
39
1 Line:
2 Arc:
3 Curve:
Este boto permite criar uma linha utilizando curvas, no formato especificado no
boto.
4 Polyline:
Se voc apenas clicar sobre um ponto obter sempre uma linha reta (2 e 3 exemplos), se voc
clicar e arrastar o mouse obter linhas curvas (1 e 4 exemplos).
5 Draw Arrow:
Este boto permite o desenho de setas com varias configuraes. Ao clicar,
pela primeira vez, na ferramenta Draw Arrow, abre-se automaticamente a caixa de dilogo Arrow. Use o
boto
Tutorial CHEMSKETCH
40
A janela Arrow body style permite determinar a distncia entre as 2 linhas da seta dupla.
A ferramenta Arrowhead size permite definirmos a largura (width) e a altura (height) da ponta da
seta. Estes parmetros podem ser especificados em pontos pela simples alterao nas caixas de formulrio
correspondentes ou ento manualmente.
6 Rectangle:
Este boto permite desenhar formar retangulares ou quadradas. Para
desenhar um quadrado, ao desenhar o objeto deixe pressionada a tecla shift do seu teclado.
7 Rounded Rectangle:
Este boto permite o desenho de retngulo com os cantos
arredondados. Para desenhar um quadrado com cantos arredondados, ao desenhar o objeto deixe
pressionada a tecla shift do seu teclado.
8 Elipse:
Permite desenharmos uma elipse na rea de trabalho. Para fazermos um crculo,
ao desenhar o objeto, deixe pressionada a tecla shift do seu teclado.
9 Polygon:
Se voc apenas clicar sobre um ponto obter sempre uma linha reta, se voc clicar e arrastar o mouse obter
linhas curvas.
OBS: Um clique duplo sobre qualquer objeto desenhado com os botes 1 a 9 permite definir a
formatao, abrindo a caixa de dilogo Objects Panel com as guias Pen e Arrows.
Guia Pen
Tutorial CHEMSKETCH
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A janela Body style permite escolher o tipo de linha (simples, dupla, etc), bem como a distncia
entre as linhas duplas..
As janelas Arrowheads shape permitem definir as configuraes de cada ponta da linha,
transformando-a em setas por exemplo.
As janelas Arrowheads size permitem definirmos a densidade das pontas das setas.
10 Insert Bitmap:
(pgina 120).
11 Text:
ou Artistic Text:
Estes botes permitem a adio de texto na rea de
trabalho. Para formatao do texto, observe os botes abaixo adicionados a barra de edio (acima da rea
de trabalho) quando esta ferramenta selecionada.
O boto Strikeout
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Tutorial CHEMSKETCH
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O boto Superscript
O boto Subscript
Obs: Com um clique duplo sobre o texto j escrito abriremos a caixa de dilogo Objects Panel
Text.
Energia
Energia
A guia Attr permite a rotao do texto em qualquer ngulo, especialmente til para a utilizao em
grficos (giro de 90).
O acionamento do boto Table adiciona na barra de edio (acima da rea de trabalho) os seguintes
botes para a formatao da tabela.
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Tutorial CHEMSKETCH
43
13 Brackets:
Este boto permite escolhermos os seguintes smbolos: chaves, parnteses,
colchetes, simples ou duplos.
14 Rounded Callout:
texto.
15 Report Template:
Este boto permite a abertura de janelas de dados criadas , de por
exemplo, 1D RMN, 2D RMN, MASS, UV, IV, etc.
6.5.2 - Barra de Edio
A barra de edio permite manipularmos os objetos j desenhados na rea de desenho.
Abaixo,veremos as funes de cada boto.
Tutorial CHEMSKETCH
44
1 Select/Move/Resize:
objeto na rea de trabalho.
2 Select/Move/Rotate:
Este boto, alm das funes de seleo e movimentao dos
objetos, tem como outra funo a rotao em 2D. Para mover passe o mouse sobre um dos quadrados,
clique e arraste.
3 Edit Nodes:
4 Edit Text:
Este boto habilita a opo de editarmos alguma caixa de texto (para criar uma
caixa de texto veja pgina 127) presente na rea de trabalho.
5 Bring to front:
Este boto faz com que o objeto selecionado fique na frente dos demais
6 Send to back:
Este boto faz com que o objeto selecionado fique atrs dos demais
objetos.
objetos.
7 Group:
s objeto.
10 Rotate 90:
11 a 13 Horizontally:
Estes botes permitem alinhar o objeto a esquerda, centro
ou direita da pgina, respectivamente, na mesma altura de pgina em que o objeto estiver desenhado.
Estes botes permitem alinhar o objeto na parte superior,
14 a 16 Vertically:
central ou inferior da pgina, respectivamente, na mesma distncia de margem em que o objeto estiver
desenhado.
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Tutorial CHEMSKETCH
45
6.5.3 Editando ns
O boto Edit Nodes
permite a manipulao de qualquer figura desenhada atravs da barra
de desenho.(exceto circunferncias ou elipses). Os ns de cada uma das figuras abaixo esto
representados por pequenos quadrados, sendo que cada quadrado corresponde a um n.
Barra Node
O acionamento do boto Edit Nodes adiciona na barra de edio (acima da rea de trabalho) os seguintes
botes para a formatao dos ns.
1 Connect Vertices:
extremidade, fechando a curva.
2 Disconnect Vertices:
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Tutorial CHEMSKETCH
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Para selecionar os dois ns, clique no primeiro e mantendo pressionada a tecla Shift clique sobre
o segundo n. Para desconectar clique sobre o boto.
3 Add Node:
4 Delete Nodes:
Este boto permite a eliminao de um n. Clique sobre o n a ser
eliminado e em seguida clique sobre este boto.
5 Convert to Line:
selecionados.
Este boto converte uma linha curva em linha reta, entre dois ns
6 Convert to Curve:
Este boto converte uma linha reta em linha curva, entre dois ns
selecionados. Para converter uma reta em curva, clique no boto Edit Nodes e selecione os dois ns.
Clique no boto Convert to Curve e em seguida clique sobre um dos ns selecionados que aparecero os
pontos de controle. Mova os pontos de controle para fazer a curva e clique em qualquer ponto da rea de
trabalho.
7 Smooth:
na curva.
Tutorial CHEMSKETCH
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8 Symmet:
Este boto faz com que a distncia entre os pontos de controle e o n seja
a mesma para os dois pontos, com a conseqente modificao na curva.
e setas (Arrow)
: A edio dos ns permite a inclinao das retas e/ou
1 - Sobre retas (Line)
setas em qualquer ngulo, bem como a modificao do tamanho.
e (Rounded Rectangle)
e (Polygon)
: A edio arredonda,
: Pode-se modificar
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Tutorial CHEMSKETCH
49
Tutorial CHEMSKETCH
Menu Tools
- Pen Style Panel: define o estilo (inteira ou pontilhada), a espessura e a cor da linha de contorno
dos objetos.
- Fill Style Panel: define a cor e a forma do preenchimento do interior dos desenhos, podendo ser
de cor uniforme, riscado ou dgrad.
Tutorial CHEMSKETCH
50
- Arrow Style Panel: define as configuraes de setas, conforme j visto na pgina 125.
- Font Panel: define as configuraes de texto com os mesmos recursos j vistos na pgina 127.
- Paragraph Panel: define as configuraes para a formatao de pargrafos.
- Table Panel: define as configuraes de tabela com os mesmos recursos j vistos na pgina 128.
- Update Object Style Panel: alm de conter as mesmas definies vista anteriormente em Pen
Style Panel e Fill Style Panel, com ela pode-se definir efeitos de sombreamento em objetos na guia
Shadow.
- Style Organizer Panel: mostra todos os estilos de pen, fit, arrowfont, paragraph e table
disponveis, podendo serem criados novos estilos.
- Group at Align Vertically: apresentam correspondncia com os botes da barra de edio vistos
na pgina 129.
- Fit Horizontally: ao ser acionado faz com que o desenho ocupe toda a largura da pgina.
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Tutorial CHEMSKETCH
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antes
depois
- Fit Vertically: ao ser acionado faz com que o desenho ocupe toda a altura da pgina.
- Convert to Polyline: converte qualquer figura fechada para polyline.
- Connect Lines: ao ser acionado conecta as linhas selecionadas.
antes
depois
25 C
benzeno
+
( esquerda da tela) ou em Draw Normal
(na
3 - Insira o benzeno e clique em Carbon
barra Estrutura). Clique sobre a ligao dupla que ela se transformar em tripla, formando o ciclohexa-3,5dien-1-ino.
Tutorial CHEMSKETCH
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25 C
benzeno
ou em
Clique no benzeno, posicionando a seta conforme a figura abaixo e d um clique para a introduo
de mais um ncleo aromtico.
Tutorial CHEMSKETCH
53
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
H
Tutorial CHEMSKETCH
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Tutorial CHEMSKETCH
55
ou com um clique duplo no texto abra a caixa de dilogo Objects Panel Text e na guia Attr
registre a rotao de 90.
56
Tutorial CHEMSKETCH
Tutorial CHEMSKETCH
57
Clique em Copy to Editor e o texto ser transferido para a rea de trabalho do ChemSketch.
Composition
= C(91.25%) H(8.75%)
3
Molar Volume = 105.7 3.0 cm
3
Density
= 0.871 0.06 g/cm
Recorte o texto acima. cole-o no programa Paint e faa as alteraes necessrias (utilizando o
boto Artistic Text tambm pode-se digitar o texto no prprio ChemSketch, porm teramos dificuldade em
reproduzir o sinal de mais ou menos; por isso optamos pelo programa Paint onde podemos digitar apenas
os nomes das propriedades, aproveitando os valores calculados).
Recorte o texto alterado e cole-o na rea de trabalho do ChemSketch.
Repita as operaes para os outros compostos.
para enviar a grade da tabela para trs. Posicionando o mouse sobre a linha, ele tomar a
58
Tutorial CHEMSKETCH
Para preencher as clulas superiores destacando-as, selecione-as, clicando sobre cada clula com
a tecla Shift pressionada. No modo Draw, clique em Tools e em Fill Style Panel que se abrir a caixa
de dilogo Fill.
Nessa caixa selecione o tipo de preenchimento: None (nenhum), Solid (cor slida), Pattern (riscado)
e Shade (dgrad) e a cor para esse preenchimento. Feito isto clique em Apply.
A tabela est pronta.
6.6 - Molculas em 3D
Alm de toda parte de estrutura plana, o ChemSketch possui um mdulo de gerao e visualizao
de molculas em 3D. Para criar uma visualizao em 3D a partir de uma estrutura plana criada na rea de
trabalho, siga os passos abaixo:
1) Desenhe a estrutura plana da molcula a qual deseja-se obter a visualizao em 3D.
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Tutorial CHEMSKETCH
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3 3D Rotate:
Permite a rotao da molcula sobre qualquer eixo. Clique sobre o boto e
faa a rotao arrastando o mouse em qualquer direo.
4 Rotate:
5 Move:
Permite a movimentao da molcula para qualquer local a rea de trabalho
com um simples arrastar do mouse, sem que a molcula efetue qualquer tipo de rotao.
6 Resize:
Permite aumentar ou diminuir o tamanho da molcula com um arrastar de
mouse. Para aumentar o tamanho arraste o mouse para fora da molcula e para diminuir arraste o mouse
para dentro da molcula.
Tutorial CHEMSKETCH
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7 Wireframe:
Estrutura plana
8 Sticks:
Estrutura plana
Estrutura plana
Este modelo tem o recurso de se aumentar ou diminuir o tamanho das bolas (botes 14 e 15).
10 Spacefill:
preenchidos.
Tutorial CHEMSKETCH
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Estrutura plana
11 Dots only:
representao anterior.
Estrutura plana
12 Disks:
Este tipo de representao em 3D mostra os tomos na forma de discos,
muito semelhante a forma Spacefill, porm sem o efeito 3D.
Estrutura plana
13 With Dots:
Este boto mostra os pontos externos do modelo preenchido
sobrepostos uma das seguintes representaes em 3D j vistas: boto 7 Wireframe (modo de linhas),
boto 8 - Sticks (modo de bastes), boto 9 - Balls and Sticks (modo de paus e bolas) e boto 12 Disks (modo de discos).
Tutorial CHEMSKETCH
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Estrutura plana
Tutorial CHEMSKETCH
63
A distncia tambm informada na barra de status da tela (na parte inferior da tela)
, permanecendo mesmo depois da caixa de dilogo Internuclear Distance
ser fechada.
17 Angle:
Permite determinarmos o ngulo entre trs tomos, em graus. Para
determinar o ngulo de uma ligao, clique primeiramente no boto Angle e aps isso selecione os trs
tomos, clicando sobre eles. Os tomos selecionados para a avaliao ficam, por padro, de colorao
verde. Ser aberta automaticamente a caixa de dilogo Bond Angle.
O ngulo tambm informado na barra de status da tela (na parte inferior da tela)
, permanecendo mesmo depois da caixa de dilogo ser fechada.
18 Torsion Angle:
Permite determinarmos o ngulo de toro entre tomos, em graus.
Para determinar o ngulo torsional, clique primeiramente no boto Torsion Angle e aps isso selecione os
tomos, clicando sobre eles. Os tomos selecionados para a avaliao ficam, por padro, de colorao
verde. Ser aberta automaticamente a caixa de dilogo Torsion Angle.
O ngulo tambm informado na barra de status da tela (na parte inferior da tela)
, permanecendo mesmo depois da caixa de dilogo ser
fechada.
64
19 Mirror:
em um espelho.
Tutorial CHEMSKETCH
20 Invert Center:
Este boto permite a converso de um ismero R em ismero S. Para
inverter um centro, clique sobre o boto Invert Center, d um clique sobre o tomo de carbono quiral para
marca-lo (ele ficar verde) e d um segundo clique para inverter o centro quiral.
21 Set Colors:
Este boto permite definirmos as cores tanto dos tomos e ligaes,
como tambm do tomo selecionado e do plano de fundo.
22 Auto Rotate:
direes..
Tutorial CHEMSKETCH
65
24 3D Optimization:
Tutorial CHEMSKETCH
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1 Insert Page:
2 Clone Page:
documento.
3 Move/Copy Page:
4 Reorder Pages:
5 Delete Pages:
Tutorial CHEMSKETCH
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6 Rename Pages:
8 Annotate Document:
Nomeia as pginas com o texto inicial de cada uma. Para saber o nome
de cada pgina clique sobre a palavra Page na linha de status logo abaixo da rea de trabalho.
9 Document Browser:
Tutorial CHEMSKETCH
68
10 Create HTML:
11 Sketch-to-VRML Converter:
12 SDF-to-Sketch Converter:
13 Sketch-to-SDF Converter:
o MDLs SDfile.
14 Table Wizard:
Ordena todos os textos e/ou desenhos e/ou molculas da pgina em colunas e
fileiras, com a opo de se utilizar ou no as linhas.
15 Replace Element:
outro elemento.
Tutorial CHEMSKETCH
69
17 Solution Calculator:
Calcula a massa, em gramas, do composto da pgina ativa necessria
para prepararmos uma soluo de concentrao e volume determinados.
18 Label Printer:
O programa disponibiliza 45 tipos de tabelas pr-definidas nas quais pode-se
encaixar o composto desenhado.
19 Peptide Builder:
aminocidos.
Tutorial CHEMSKETCH
70
Pode-se escolher qualquer seqncia de aminocidos dentre os disponveis na base de dados, para isso
devemos digitar a seqncia desejada na janela Enter short-hand.
20 Carbohydrate Builder:
nomes abreviados de acares.
H
O
H
H
O
H
H
H
H
O
H
O H
O H
OH
H
H
O
O
H N
H
H H
H
H
H
H
O
Pode-se escolher qualquer seqncia de acares dentre os disponveis na base de dados, para isso
devemos digitar a seqncia desejada na janela Enter short-hand.
71
Tutorial CHEMSKETCH
Pode-se escolher qualquer seqncia de bases dentre as disponveis na base de dados, para isso devemos
digitar a seqncia desejada na janela Enter base sequence of short-hand, utilizando os cdigos
relacionados na janela acima.
Tutorial CHEMSKETCH
72
5-ACTGGG-3
3-TGACCC-5
HO
OH
P
H
O
O
N
N
H
H
O
H
OH
O
H
O
N
O
O
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O
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NH H
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NH
OH
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N
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O
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O
H3C
N
NH H
HO
NH
H
N
O
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NH H
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O
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CH3
O
P
OH
H
N
H
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HO
O
N
O
H
O
P
HO
OH
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Espero que este tutorial tenha se prestado til, dvidas, crticas e sugestes escrever para:
quimicanatural@gmail.com
Bons Estudos!