Instruc(vo

para realizar un rbol

logen(co.

Bioinform)ca
Tecnologa Mdica, Universidad Santo Toms

Profesor
Alejandro Cuevas Villegas T.M. PhD(c)

Paso 1: obtener las secuencias de nucle)dos o de protenas de la base de datos

Nucleo(de de NCBI. Estas secuencias deben ser homlogas entre las especies a
comparar (genes con similar funcin y/o estructura)
Paso 2: realizar un alineamiento ml)ple u)lizando ClustalW u otro programa similar
(MUSCLE, T-coee, 3D-coee, Probcons).
Paso 3: hacer anlisis con alguno de los modelos logen)cos conocidos. Puede
u)lizar soRware como PhyML (basado en Phylip), BioNJ, TNT, MrBayes, entre otros.

Paso 4: Dibujar el rbol logen)co con los datos generados con los programas
anteriormente mencionados. Puede u)lizar visores como TreeDyn, Drawgram,
Drawtree o cualquier otro diseado para realizar diseo de rboles logen)cos.

PASO 1

Ejemplo: Para estudiar como han evolucionado dis)ntos organismos se podra usar el
mRNA del gen de la Lactato deshidrogenasa (DNA es demasiado extenso. Podra
u)lizarse tambin la secuencia de aminocidos) , comn entre organismos eucariontes
y procariontes.
Gen comn entre

muchas especies

PASO 1

1.- Abra un
registro y
visualcelo en
formato
FASTA

2.- Luego seleccione y copie todo lo que est

dentro del cuadro rojo, desde >gi|2915
hasta la l(ma base. Pguelo en un archivo
de texto o directamente en ClustalW
(online).

3.- Repita el procedimiento para cada una
de las especies incluidas en el estudio.

Paso 1: obtener las secuencias de nucle)dos o de protenas de la base de datos

Nucleo(de de NCBI. Estas secuencias deben ser homlogas entre las especies a
comparar (genes con similar funcin y/o estructura)
Paso 2: realizar un alineamiento ml)ple u)lizando ClustalW u otro programa similar
(MUSCLE, T-coee, 3D-coee, Probcons).
Paso 3: hacer anlisis con alguno de los modelos logen)cos conocidos. Puede
u)lizar soRware como PhyML (basado en Phylip), BioNJ, TNT, MrBayes, entre otros.

Paso 4: Dibujar el rbol logen)co con los datos generados con los programas
anteriormente mencionados. Puede u)lizar visores como TreeDyn, Drawgram,
Drawtree o cualquier otro diseado para realizar diseo de rboles logen)cos.

Ingrese a www.phylogeny.fr

Si)o donde podr construir un rbol logen)co, slo u)lizando herramientas online.

PASO 2

1.- Click en online

programs

2.- Abrir
ClustalW

Al abrir CLUSTALW ver la siguiente pgina:

PASO 2

1.- Pegar secuencia

del mRNA en formato
FASTA dentro del
cuadro.

2.- Saltarse un
espacio y pegar la
siguiente secuencia
inmediatamente
despus.
3.- Repe(r
procedimiento para
todas las secuencias

4.- Click en SUBMIT

NOTA: el smbolo > es necesario para que CLUSTALW

reconozca que comenz una nueva secuencia.

Al terminar el alineamiento ver el siguiente cuadro.

PASO 2

En la misma ventana,
mas abajo, ver este
men.

Con el botn derecho del mouse,

haga click sobre alignment Phylip
format y descargue el archivo.

Ese archivo lo usar en la
siguiente etapa.

Paso 1: obtener las secuencias de nucle)dos o de protenas de la base de datos

Nucleo(de de NCBI. Estas secuencias deben ser homlogas entre las especies a
comparar (genes con similar funcin y/o estructura)
Paso 2: realizar un alineamiento ml)ple u)lizando ClustalW u otro programa similar
(MUSCLE, T-coee, 3D-coee, Probcons).
Paso 3: hacer anlisis con alguno de los modelos logen)cos conocidos. Puede
u)lizar soRware como PhyML (basado en Phylip), BioNJ, TNT, MrBayes, entre otros.

Paso 4: Dibujar el rbol logen)co con los datos generados con los programas
anteriormente mencionados. Puede u)lizar visores como TreeDyn, Drawgram,
Drawtree o cualquier otro diseado para realizar diseo de rboles logen)cos.

PASO 3

1.- click en online

programs

2.- abrir:
PhyML, para analizar segn el mtodo
de Mxima Verosimilitud (Maximun
likelihood).
BioNJ, para analizar segn el mtodo
de unin de vecinos (Neighbor-Joining)
MrBayes, para usar un mtodo
bayesiano.
Independiente del mtodo a elegir, debe
usar el archivo descargado en el paso 2.

Si usa PhyML

PASO 3

1.- Haga click en examinar y busque el

archivo descargado en el paso 2.

2.- Selecciona un (po de inferencia

estads(ca para dar fuerza a la
deduccin de brazos en el rbol.

En este ejemplo usaremos un test estads)co y no

una simulacin (bootstrapping), por el )empo que
demora la l)ma opcin.

3.- Seleccione un modelo de subs(tucin

4. Presione SUBMIT y espere.

Si usa BioNJ

PASO 3

1.- Haga click en examinar y busque el

archivo descargado en el paso 2.

2.- Seleccione un modelo de subs(tucin

3. Presione SUBMIT y espere.

PASO 3

Independiente del mtodo, al terminar

el anlisis aparecer el siguiente cuadro.

En la misma ventana, ms abajo,

encontrar el siguiente men.

Haciendo click con el botn derecho sobre
Tree in Newick format, descargue el
archivo.

Paso 1: obtener las secuencias de nucle)dos o de protenas de la base de datos

Nucleo(de de NCBI. Estas secuencias deben ser homlogas entre las especies a
comparar (genes con similar funcin y/o estructura)
Paso 2: realizar un alineamiento ml)ple u)lizando ClustalW u otro programa similar
(MUSCLE, T-coee, 3D-coee, Probcons).
Paso 3: hacer anlisis con alguno de los modelos logen)cos conocidos. Puede
u)lizar soRware como PhyML (basado en Phylip), BioNJ, TNT, MrBayes, entre otros.

Paso 4: Dibujar el rbol logen)co con los datos generados con los programas
anteriormente mencionados. Puede u)lizar visores como TreeDyn, Drawgram,
Drawtree o cualquier otro diseado para realizar diseo de rboles logen)cos.

PASO 4

Abra un visor de rboles. En este ejemplo

usaremos TreeDyn.

PASO 4

1.- Haga click en examinar

y busque el archivo
descargado en el paso 3.

2. Presione SUBMIT y espere.

TreeDyn generar logramas similares a los que se muestran a

con(nuacin:

PASO 4

Filograma
BioNJ

Filograma
PhyML

Adems, usted puede congurar la visualizacin de los rboles

de acuerdo a las opciones que aparecen ms abajo en la
misma ventana.
Click en estos cuadros (y
posteriormente el
lograma) para ac)var
opcin.

Exportar el lograma a otros

formatos (como PNG y PDF)

PASO 4

Cambiar los nmeros de acceso (gi|) por los nombres de

los organismos que vienen en el encabezado de la secuencia.

opciones varias: cambiar colores,

reordenar grupos, agregar notas
Poner nombres personalizados a
cada organismo o taxn.

cambiar )po de rbol.

mostrar u ocultar valores calculados

para cada brazo.
cambiar tamao de la imagen.

Y nalmente
Filograma a par(r de anlisis BioNJ
humanos y primates
Caballo comparte ancestro con primates y mamferos
acu)cos, pero no forma un clado con ninguna otra especie.

PASO 4

Mamferos acu)cos
Ratn comparte un ancestro comn mas lejano con otros
mamferos.
Aves
Peces
anbios

Note que mamferos fueron bien agrupados, incluso formando clados de acuerdo a sus caracters)cas. Por otro lado, se observa que
aves, peces y anbios )enen un ancestro en comn que los diferencia de los mamferos, estando los peces mas cercanos a los
anbios que a las aves. Finalmente, las bacterias estn totalmente apartadas del resto y, evolu)vamente hablando, con una
distancia considerablemente mayor.

PASO 4

Filograma a par(r de anlisis PhyML

Observe que el lograma realizado por el mtodo de mxima verosimilitud (ML) muestra algunas diferencias
notables respecto al lograma anterior.

Con mayor claridad lo podremos observar en un CLADOGRAMA (ver diaposi)va siguiente)

PASO 4

Cladograma a par(r de anlisis PhyML

El cladograma muestra la misma agrupacin que el lograma, pero no considera representar en el largo de los brazos la distancia
entre las especies evaluadas, lo que nos ayuda a visualizar de forma mas ordenada las agrupaciones.
Aqu podemos obsevar que la Orca (Orcinus orca) y el delfn (Tursiops truntatus) estn mas distanciados evolu)vamente del resto de
los mamferos que la bacteria Bacillus thuringiensis (lo que a priori no )ene sen)do alguno). Adems, el mamfero acu)co manai
(Trichechus manatus) no fue agrupado en el mismo clado del resto de los mamferos acu)cos y junto con el ratn (Mus musculus)
fueron evolu)vamente mas cercanos a aves, peces y anbios que a otros mamferos.

Existen otras representaciones de la misma informacin.

PASO 4

rbol radial a par(r de anlisis

BioNJ

En esta representacin se observa de forma mas clara la

distancia evolu)va entre las dis)ntas especies evaluadas.

Existen otras representaciones de la misma informacin.

PASO 4

rbol circular a par(r de anlisis

Otorga la misma ventaja que el rbol radial, con la par)cularidad de

que se puede obtener un diagrama en un espacio mas reducido..

 Recuerde que lo que representa este ejemplo es la evolucin del gen de la LDH, el
que se us como algo representa)vo de la evolucin de las especies.
La seleccin de la secuencia que vamos a u)lizar es clave para poder hacer una
inferencia correcta y debe depender de los obje)vos que se persiguen.
Siempre los anlisis estn sujetos a errores. Se pudo observar que para el mismo
set de datos, se encontr mas de una forma de agrupar las especies. Hay que
seleccionar el anlisis mas apropiado para el )po de hiptesis que tenemos.

Ahora le toca a UD