Oral Microbiology and Immunology

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Oral Microbiology and Immunology

Gunnar Dahln
Nils-Erik Fiehn
Ingar Olsen
Ulf Dahlgren (contributor)

MUNKSGAARD DANMARK

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Oral Microbiology and Immunology

1st e-book edition, 2014
Munksgaard Danmark and the authors, Copenhagen 2012
ISBN: 978-87-628-1371-7
Publishing editor: Britta stergaard
Copy editor: Daniel Robert Andersen
forlaget@munksgaard.dk
munksgaard.dk
Linguistic revision: James Robinson
Typesetting: Grafisk SIGNS
Illustrations: Birgitte Lerche
Cover design: Imperiet
e-book production: Marketsquare A/S
Printed edition:
1. edition, 1. print run 2012
Printing: Ednas
Printed in Slovenia
ISBN: 978-87-628-1089-1

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of Education.

Contents

Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
1

Basic microbiology. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
Domains of life . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
General bacteriology. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Cell size of bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Cell forms of bacteria. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Interrelationships between bacterial cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Cell components of bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Transfer of genes between bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
Breakdown of sugars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Breakdown of proteins. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Growth of bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Cell architecture. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Bacterial taxonomy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
16S rRNA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
16S rRNA, cloning and sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Pyrosequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
Whole genome sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Quantitative PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
DNA-DNA hybridization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Microarray . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Metagenomics, proteomics and metabolomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
The human oral microbiome . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
Phenotypic methods for taxonomy of cultivable bacteria. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Bacteriology in practice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
General virology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
General mycology. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

The immune system. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
The innate immune system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
The complement system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Acute-phase proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
Macrophages and granulocytes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
NK cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

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The adaptive immune system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62

Development of leukocytes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Myeloid cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
Lymphoid cells. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
Transplantation molecules. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
Genetics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
Class I molecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
Class II molecules. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
T lymphocyte development and the thymus. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
The T cell receptor (TCR). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Genetic recombination
and creation of different TCR specificities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
Positive selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Negative selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
Mature T cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
Autoreactive T cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
B cell development . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
Somatic mutations. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
Recognition of intact antigen. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
LeuKocyte circulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Lymph nodes and spleen. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
B lymphocytes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
T lymphocytes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
Activation of CD4+ and CD8+ T lymphocytes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
CD4+ T helper cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
CD8+ cytotoxic T lymphocytes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Immunoglobulins and antibodies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
The antigen binding sites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
- and -light chains . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
Immunoglobulin isotypes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
Immunoglobulin isotypes in humans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
IgG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
IgM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
IgA. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
IgE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
IgD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Allergy and autoimmune diseases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Regulatory cells and tolerance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
Immunological adverse type reactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
Autoimmune diseases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Allergy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
HLA dependencies of diseases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
Infection and the immune system. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
The innate defence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Complement and acute-phase proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Engagement of the adaptive immune system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Protection against virus infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Vaccination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95

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Types of vaccines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
Contemporary vaccines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
Passive vaccination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Oral immunology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
Mucosa associated lymphoid tissue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Migration of cells from the intestine to other mucosal membranes
and exocrine glands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
Leukocytes in the oral mucosa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
Periodontal tissue. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Caries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
The pulp tissue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102

Host-microbial relationships . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
The human resident microflora . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
The host defence general considerations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
Microbial pathogenesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
Bacterial pathogenesis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
Colonisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Multiplication and invasion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
Activation and evasion of the immune response . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
Cell and tissue destruction toxins and enzymes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
Bacterial evolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
Bacteria living in biofilm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Viral pathogenesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
Adhesion and penetration of viruses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Replication and local spread of viruses. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Dissemination of viruses to end (target) organs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
Evasion of host defences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
Negative effects on end organs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
Fungal pathogenesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133

The oral microbiota and oral ecosystems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
General concepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
The resident oral microbiota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
The indigenous oral microbiota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
The supplemental oral microbiota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
The transient oral microbiota. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
Host defence in the oral cavity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
The oral microbiota . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
The physical-chemical barrier (The oral mucosa) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
The immune system of the oral cavity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
Microbial homeostasis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
Ecosystems in the oral cavity. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143

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Saliva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Buccal mucosal surfaces. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
Dorsum of the tongue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
Tooth surface (Dental plaque formation) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
The gingival/periodontal pocket . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
The dental biofilm. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
Calculus. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Regulation of the microbiota and the oral ecosystems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
Adhesion and mechanical retention. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
Nutrients and energy supply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
pH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
Oxygen metabolism and the redox-potential . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Nitrogen metabolism. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162
Sulphur metabolism. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
Inhibiting factors on the bacterial metabolism . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
Individual factors and variation in oral microflora between individuals . . . . . . . . . . . . 165
Age . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165
Gender and race . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
Food/diet and habits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
Medicine and general diseases. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
Population (geographical/cultural/socio-economic factors) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
Animals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
Destruction of the dental plaque/biofilm homeostasis dental diseases . . . . . . . . . . . 169
Etiology of dental diseases plaque hypotheses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172

Anaerobic bacteria and anaerobic infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
Sampling and cultivation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
Most important anaerobic genera in the clinic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
Sources of anaerobes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Predisposing factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177
Spore formation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Toxins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Most affected tissues and sites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Clinical signs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Therapy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
Prophylaxis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
Laboratory characteristics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180

Dental Caries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181
Bacterial groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
Streptococci. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183

Oral_Microbiology_and_Immunology_mat_0101.indd 8

7/12/12 11:21 AM

Lactobacilli. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
Actinomyces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
Dental caries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
Enamel and root caries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
Dentinal caries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
Caries-promoting characteristics of bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
Physico-/chemical events . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
Caries vaccine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
Antiseptics for caries prevention . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
Other substances with possible anticarious effects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Prevention of caries. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Diagnostic tests based on caries microbiota and saliva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194

Gingivitis, periodontitis, and peri-implantitis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197
Selected disease associated microorganisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198
Porphyromonas gingivalis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
Prevotella intermedia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
Aggregatibacter actinomycetemcomitans. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
Tannerella forsythia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Fusobacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Motile bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Other microorganisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200
Viruses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Periodontal diseases in brief . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Gingivitis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
Periodontitis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
Plaque complexes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
Chronic and aggressive periodontitis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
General aspects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
Selected studies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206
Transmission of microorganisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208
Genetic aspects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
Life style . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
Bacterial virulence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210
Diagnostic methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
Sampling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
Bacterial identification and clinical diagnostics. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 213
Treatment, antimicrobial agents and risk assessment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
Microbial treatment goals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
Chlorhexidine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
Use of antibiotics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
Risk assessment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
Peri-implantitis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219

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7/12/12 11:21 AM

Endodontic infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221
Microbiology in teeth with vital pulps. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
Microbiology in teeth with necrotic pulps. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225
The acute infection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
The chronic infection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227
Treatment aspects on the root canal infection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232
Persisting infections at root-filled teeth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 235
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236

Oral mucosal infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
The microbial ecosystem of the mucosal surface. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238
Dorsum of the tongue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238
Buccal mucosa. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241
Palatal mucosa. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241
Gingiva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Lips and angle of the mouth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Destruction of the microbial homeostasis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Microbial colonisation versus infection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Systemic factors. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Local factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 244
Clinical manifestations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
Bacterial infections of the oral mucosa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248
General aspects of mucosal bacterial infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248
Laboratory diagnosis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248
Specific bacteriology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249
Oral fungal infections (mycoses) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252
Oral candidosis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252
Oral virus infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255
Herpes virus infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255
Oral parasitic infections. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 258
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260

10 Orofacial infections and deep infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261
Dento-alveolar abscess and phlegmon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262
Osteomyelitis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262
Actinomycosis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263
Pericoronitis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264
Dry socket . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265

11 Infectious diseases in the respiratory system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267

Oral_Microbiology_and_Immunology_mat_0101.indd 10

7/12/12 11:21 AM

Upper respiratory tract infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268

Pharyngeal infections and tonsillitis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
Nasal infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272
Sinusitis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272
Middle ear infection (Otitis media) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273
Infections of the lower respiratory system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273
Trachea and bronchial infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273
Pneumonia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275
Oral bacteria and lung infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 277

12 Systemic infections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 279

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 279
Bacteraemia . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 280
Sepsis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 282
Bacterial endocarditis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 282
Atherosclerosis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 284
Diabetes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 285
Preterm low birth-weight babies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286
Oral infections related to systemic disease . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288

13 Antimicrobial agents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290
Use of antibiotics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291
Main principles for the use of antibiotics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291
Bactericidal, bacteriostatic actions and therapeutic principles . . . . . . . . . . . . . . . . . 293
Prophylactic treatment principles. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294
Antibiotic policy. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294
Antimicrobial resistance and susceptibility testing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296
Antibiotic agents. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298
Mechanisms of action . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298
Inhibition of cell wall synthesis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 300
Inhibition of protein synthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 303
Inhibition of cytoplasmic membrane functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306
Inhibition of nucleic acid synthesis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306
Antifungal agents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307
Mechanisms of action . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307
Cytoplasmic membrane damaging agents. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308
Inhibition of cell wall synthesis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309
Nucleotide analogues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309
Antiviral agents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309
Mechanisms of actions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309
Agents against herpes viruses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310
Agents against HIV . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311

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Agents against influenza viruses. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 311

Agents against hepatitis viruses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312
Oral antiseptics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312
Chlorhexidine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 312
Listerine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313
Triclosan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313
Probiotics and prebiotics. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 315

14 Infection control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317

Pre-reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 317
Spread of infections in the practice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 318
Factors of importance for antimicrobial measures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320
Physical measures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320
Chemical agents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321
Intensity and concentration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321
Microbial factors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323
Other microbial factors important for the effectiveness of antimicrobial measures. . 326
The recycling process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326
Cleaning of equipment and instruments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326
Care of special equipments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 327
Personal protection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
Vaccination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330
Vaccination against tuberculosis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 331
Hepatitis B vaccine. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333

Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 333

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Preface
This textbook, Oral Microbiology and Immunology, is based on the curricula for dental students in the Nordic countries, and the authors teach the subject at three universities in
Denmark, Norway and Sweden. Although primarily for undergraduates, the book may
also appeal to Ph.D. students and general practitioners. In addition, dental assistants and
trainees may find it a useful source of reference.
The contents are based on general microbiology and immunology. Oral microbiology is given particular attention, with examples relevant to oral infectious diseases. Each
chapter opens with a relatively short pre-reading section, followed by a fact box containing most of the relevant basic definitions concerning the particular chapter. The body of
the text is supplemented with more fact boxes and the essentials of each section are summarised in main points.
Chapters 1, 2, 3 and 13 present general topics. In chapter 1, fundamentals of
bacteriology, virology and mycology are examined. Chapter 2 describes the immune system, and in chapter 3 both favourable and damaging relationships between microorganisms and the human body are discussed. In chapter 13 the main principles for the use
of antimicrobial agents are discussed, together with an examination of relevant drugs in
dental practice. Based on the general principles given in chapter 3, ecological interactions and the formation of oral biofilms are a focus in chapter 4.
In subsequent chapters on infectious diseases in the oral cavity, the interactions between the oral microorganisms and the oral tissues are major topics, starting with an
introduction to anaerobic bacteria and infections, which are of great importance in the
oral cavity (chapter 5). The descriptions in the following chapters, concerning the understanding of caries (chapter 6), periodontitis (chapter 7), endodontic infections (chapter
8), mucosal and orofacial infections (chapters 9 and 10), are all based upon ecological
changes in biofilms. As the dentist must have a thorough knowledge of general infectious diseases, particularly infections in the respiratory system and systemic infections of
importance for oral diseases, chapters 11 and 12 are reserved for these topics. Infections
may be spread in connection with dental treatment in the dental surgery, and therefore
chapter 14, concerning control of infection, is addressed to the whole dental team.
It has been the authors intention that each chapter should be read as a self contained unit. This has resulted in deliberate repetition and cross-reference within and between chapters.

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Special thanks are given to professor Ulf Dahlgren, Sahlgrenska Academy, Gothenburg University, for his valuable contribution of chapter 2 on the Immune system, written especially for our textbook. We are also grateful to James Robinson, Cornwall, for
being our English linguistic advisor. He applied energy and dedication in forming his
advice and piloted us through a maze of linguistic problems.
June 2012
Gunnar Dahlen, Nils-Erik Fiehn & Ingar Olsen

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7/12/12 11:21 AM

Chapter 1
Basic microbiology
Contents
Pre-reading. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15
Domains of life. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16
General bacteriology . . . . . . . . . . . . . . . .17
Cell size of bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Cell forms of bacteria. . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
Interrelationships between bacterial cells . . . 18
Cell components of bacteria . . . . . . . . . . . . 19
Transfer of genes between bacteria . . . . . . . 27
Breakdown of sugars . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
Breakdown of proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Growth of bacteria. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
Cell architecture. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
Bacterial taxonomy . . . . . . . . . . . . . . . . .36
16S rRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
16S rRNA, cloning and sequencing . . . . . . . 39

Pyrosequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Whole genome sequencing . . . . . . . . . . . . .
PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Quantitative PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
DNA-DNA hybridization. . . . . . . . . . . . . . . .
Microarray . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Metagenomics, proteomics
and metabolomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
The human oral microbiome . . . . . . . . . . . .
Phenotypic methods for taxonomy
of cultivable bacteria . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Bacteriology in practice . . . . . . . . . . . . . . . .

40
40
41
41
41
42
43
43
44
45

General virology. . . . . . . . . . . . . . . . . . . .47

General mycology . . . . . . . . . . . . . . . . . .48
Further reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .52

PRE-READING. Only 10% of our cells are our own. The rest is microorganisms. Actually,
there are thousands of different microorganisms living on us or in us and in our surroundings.
Despite this, relatively few cause human disease. Van Leeuwenhoek was probably the first to
get a visual impression of microorganisms by analysing dental plaque in his home made microscope. After that, oral microbiology has developed tremendously and with new molecular
methods we have started to perceive the complexity of microorganisms in the mouth, (see
Chapter 4-10). Astonishingly, we do not need to go to hot springs or deep seas to detect
new species. They are right there in our own mouth waiting to be discovered. It is necessary
to have a deep knowledge about basic microbiology to understand how microorganisms are
built to survive on or in our body without causing disease and, conversely, why it occasionally
is not so favourable to host them.

Basic microbiology 15

Oral_Microbiology_and_Immunology_mat_0101.indd 15

7/12/12 11:21 AM

Domains of life

otes possess a number of organelles and

Until 1970, the idea was that there were

subcellular structures such as mitochon-

only two main groups of living organ-

dria, Golgi apparatus and endoplasmatic

isms in life: prokaryotes and eukaryotes.

reticulum. These structures are lacking

This idea was challenged by Woese and

in prokaryotes (Fig.1.1). For simplicity,

Fox who claimed that there are two types

when we deal with bacteria in this text-

of prokaryotes Archaea and Bacteria in

book we mean organisms belonging to

addition to eukaryotes (Eucarya). Archaea

the Bacteria. Archaea can also be present

provide an evolutionary bridge in the

in the oral cavity but generally only in

evolution between prokaryotes and eu-

small numbers. A significant oral mem-

karyotes.

ber of eukaryotes is fungi. In the healthy

A characteristic feature of prokaryotes

mouth these organisms can also be pre-

is their lack of nuclear membrane, while

sent in small numbers, which increase

eukaryotes have one. In addition eukary-

during fungal infection. Also several spe-









 
















 









Fig.1.1. Major features of prokaryotes and eukaryotes. (Redrawn from Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller
MA. Medical Microbiology. Sixth edition. Mosby Elsevier 2009).

16 Basic microbiology

Oral_Microbiology_and_Immunology_mat_0101.indd 16

7/12/12 11:21 AM

cies of protozoa, which are quite complex

organisms, can be present orally in minor

General bacteriology

amounts together with intracellular vi-

Cell size of bacteria

ruses.

Most bacteria of medical/dental interest

are between 0.6-4 m in diameter. The
smallest bacteria (rickettsiae, chlamydiae

Main points

and mycoplasmas) have approximately

Living organisms can be divided into

the size of the largest virus (poxvirus)

prokaryotes (Bacteria, Archaea) and

(0.1-0.2 m in diameter). On the other

eukaryotes (Eukarya)

hand, the largest bacteria overlap the

Eukaryotes have a nuclear membrane

smallest eukaryotic cells in size (Fig.1.2).

and cytoplasmic organelles

A newly described bacterium is a hun-

Prokaryotes have neither nuclear

membrane nor cytoplasmic organelles and comprise both Bacteria
and Archaea

dred times larger than the average bacterial cell and can be seen with the naked
eye.








  




  







 




  




 








Fig.1.2. Relative sizes of DNA and RNA viruses and bacteria. (Redrawn from Murray PR, Rosenthal KS,
Pfaller MA. Medical Microbiology. Sixth edition. Mosby Elsevier 2009).

Basic microbiology 17

Oral_Microbiology_and_Immunology_mat_0101.indd 17

7/12/12 11:21 AM

like ends. Normally cells within a bacte-

Main points

Bacteria are so small (0.6-4 m) that

a microscope is needed to see them

Rickettsiae, chlamydiae and mycoplasmas (0.1-0.2 m) are the smallest

ones

rial colony are identical.

In anaerobic bacteria, however, cells in
the same colony can vary in morphology
between coccus- and rod-like forms (pleomorphism) (Fig.1.4).

Cell forms of bacteria

Main points

A number of different morphological

shaped straight, curved or spiral

forms of bacteria exist (Fig.1.3). Cocci are

round to oval, while rods are cylindrical.

Bacteria can be spherical, or rod

Pleomorphism exists in anaerobes

Some cocci are elongated (enterococci).

A cocco-bacillary rod (e.g. Aggregatibacter
between a coccus and a rod. Some rods

Interrelationships between
bacterial cells

are straight (e.g. Escherichia coli), others

The interrelationship between bacterial

are bent (Campylobacter) or spiral formed

cells in culture is caused by their mode

(spirochete, spirillum). Certain rods can

of division. Monoform: cells are single.

be branched (Actinomyces). Rods with

Diploform: cells are located in pairs. The

pointed ends can be fusiform (Fusobacte-

diploform is seen particularly in cocci,

rium). Corynebacteria are rods with club-

but also certain rods can appear in pairs,

actinomycetemcomitans) is an intermediate













Fig.1.4. Pleomorphism of the anaerobic bacterium



 

Fusobacterium mortiferum. (From Summanen P,

Fig.1.3. Morphology of bacterial cells. (Redrawn

Baron EB, Citron DM, Strong CA, Wexler HM,

from Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA. Medi-

Finegold SM. Wadsworth Anaerobic Bacteriology

cal Microbiology. Sixth edition. Mosby Elsevier

Manual. Fifth edition, p. 61, Star Publishing Com-

2009).

pany, Belmont, California 1993).

18 Basic microbiology

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