ANALISIS DE

SECUENCIAS
INGENIERA DE PROTENAS

Ariel Orlando Sotelo Gallegos

A00756881
M.C. Jos Alfredo Soto

1
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Primera Secuencia (Proteina Urinaria Mayor 3, Mus musculous)

Secuencia de aminocidos:
MKLLLPLLLLLCLELTLVCIHAEESSSMERNFNVEQISGYWFSIAEASYEREKIEEHGSMRAFVENITV
LENSLVFKFHLIVNEECTEMTAIGEQTEKAGIYYMNYDGFNTFSILKTDYDNYIMIHLINKKDGKTFQ
LMELYGREPDLSLDIKEKFAKLCEEHGIIRENIIDLTNVNRCLEARE

Estructura Secundaria (GOR4)

MKLLLPLLLLLCLELTLVCIHAEESSSMERNFNVEQISGYWFSIAEASYEREKIEEHGSMRAFVENITVL
ccccchhhhhhhhhhhhhhhccccccchhhhcceeeeccchhhhhhhhhhhhhhhhhcchhhhhhhhhhh
ENSLVFKFHLIVNEECTEMTAIGEQTEKAGIYYMNYDGFNTFSILKTDYDNYIMIHLINKKDGKTFQLME
hhhhhhhhhhhhccccchhhhhhchhhhcceeeecccccceeeeeeccccceeeeeeeccccccceeehh
LYGREPDLSLDIKEKFAKLCEEHGIIRENIIDLTNVNRCLEARE
Hhcccccchhhhhhhhhhhhhhccccceeeeeeeccccccceec
Alpha helix
310 helix
Pi helix
Beta bridge
Extended strand
Beta turn
Bend region
Random coil
Ambigous states
Other states

(Hh)
(Gg)
(Ii)
(Bb)
(Ee)
(Tt)
(Ss)
(Cc)
(?)

:
:
:
:
:
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:
:

87
0
0
0
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is
is
is
is
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is
is
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is

47.28%
0.00%
0.00%
0.00%
17.93%
0.00%
0.00%
34.78%
0.00%
0.00%

Parmetros Fisicoqumicos (Protparam)

Numero de Aminocidos 184

Peso Molecular 21464.6
Punto isoelctrico terico 4.77
Nmero total de cargas negativas de los residuos (Asp + Glu) 32
Nmero total de cargas positas de los residuos (Arg + Lys) 18
Formula: C959H1504N242O291S12
Vida Media en mamferos 30 h

Dominio (CDD)

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Ext. coefficient 17670 (M-1 cm-1, at 280 nm measured in water)

Lipocalina: Son protenas que transporte pequea molculas hidrfobas tales como
esteroides, retinoides, y lpidos comparten regiones limitadas de homologa de secuencia y
una estructura terciaria arquitectura comn. Esta es una -barril antiparalelo de ocho hebras
con una topologa repetida + 1 que encierra un sitio de unin a ligando interna. Se ha
propuesto el nombre de 'lipocalina' para esta familia de protenas.
Bibliografa
Las protenas urinarias mayores (Mups), tambin conocidas con el nombre de 2uglobulinas, son una subfamilia de protenas que se encuentran en abundancia en la orina y
otras secreciones de muchos animales. Pertenecen a la familia de las lipocalinas. Las Mups
estn codificadas por un grupo de genes adyacentes en un nico tramo de cido
desoxirribonucleico. Las protenas MUP tienen una forma caracterstica de lmina beta con
una hlice alfa en los extremos y cambian su conformacin segn el modelo de Koshland
para estabilizar el enlace protena-sustrato. Estas protenas fueron descubiertas en roedores
en 1932 por Thomas Addis, mientras estudiaba la causa de la proteinuria.
Las protenas urinarias mayores pertenecen a la amplia familia de protenas de bajo peso
molecular (19 kDa) conocidas como lipocalinas. Tienen una estructura caracterstica de 8
lminas beta organizadas en una estructura en forma de barril abierto por una cara, con una
estructura de alfa hlice en ambos extremos. Como consecuencia, integran una estructura
en forma de guante caracterstica, que permite a la protena unirse a pequeas molculas
orgnicas con alta afinidad. Algunos ejemplos de Mups seran 2-sec-butil-4,5-dihidrotiazol
(abreviado como SBT o DHT), 6-hidroxi-6-metil-3-heptanona (HMH) y 2,3-dihidro-exobrevicomina (DHB), todas sintetizadas por ratones. Para todas estas uMups se ha
demostrado que actan como feromonas que desencadenan una respuesta innata en otro
individuo de la misma especie. Tambin se ha demostrado que las Mups de ratn funcionan
como estabilizadores de feromonas, proporcionando un mecanismo lento de liberacin que
aumenta la potencia de feromonas voltiles en las marcas de olor de los machos. Dado la
diversidad de Mups en roedores, inicialmente se crea que las diferentes Mups podan tener
diferente conformacin y, por tanto, presentar especificidad para diferentes feromonas. Se
ha visto que todas las Mups presentan una parte constante y una parte variable. Sin
embargo, estudios ms detallados han demostrado que estas regiones, que varan segn la
MUP, estn localizadas en la superficie de la protena y tendran una baja importancia en la
unin del ligando. Las Mups de las ratas se unen a pequeas sustancias qumicas. El
ligando ms comn es el 1-Chlorodecano, seguido del 2-metil-N-fenil-2-propenamida,
hexadecano y el 2,6,11-trimetil decano con menos importancia. Las Mups de las ratas

Pgina

tambin se unen al limoneno-1,2-epoxi, dando lugar a una enfermedad que afecta al rin
del husped llamada nefropata de gota hialina que puede derivar en cncer. Otras especies
no desarrollan este trastorno porque sus Mups no se unen a esta partcula. Por consiguiente,
cuando se modificaron ratones genticamente para sintetizar las Mups caractersticas de las
ratas, sus riones desarrollaron la enfermedad.
Dominos y Motivos (InterProScan 5)

Segunda Secuencia (ASR4, Solarum Chilense)

Secuencia de aminocidos:
NKYGEKTSYGEKASYGGGDDNKYGEKTSYGNEEGGYGGGVGAYSSETTTKYEENDDSETKTSEDY
KEEKKHHKHLEELGGLGAVAAGAFALHEKHKAEKDPEHAHKHKIEEEIAAVAAVGAGGFAFHEHHQ
KKEAKEEEEEAEGKKKHHFF

Estructura Secundaria (GOR4)

NKYGEKTSYGEKASYGGGDDNKYGEKTSYGNEEGGYGGGVGAYSSETTTKYEENDDSETKTSEDYKEEKK
ccccccccccceeeecccccccccceeecccccccccceeeeeccccceeeeccccccccchhhhhhhhh
HHKHLEELGGLGAVAAGAFALHEKHKAEKDPEHAHKHKIEEEIAAVAAVGAGGFAFHEHHQKKEAKEEEE
hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhccchhhhhhhhhhhhhhhhhhhccchhhhhhhhhhhhhhhhh
EAEGKKKHHFF
hhhhhhcceec

:
:
:
:
:
:
:
:
:
:

(Hh)
(Gg)
(Ii)
(Bb)
(Ee)
(Tt)
(Ss)
(Cc)
(?)

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Alpha helix
310 helix
Pi helix
Beta bridge
Extended strand
Beta turn
Bend region
Random coil
Ambigous states
Other states

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0
0
0
18
0
0
54
0
0

is
is
is
is
is
is
is
is
is
is

52.32%
0.00%
0.00%
0.00%
11.92%
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35.76%
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0.00%

Parmetros Fisicoqumicos (Protparam)

Numero de aminocidos 151

Peso Molecular 16611.7
Punto Isoelctrico terico 5.52
Nmero total de cargas negativas de los residuos (Asp + Glu) 34
Nmero total de cargas positas de los residuos (Arg + Lys) 22
Formula C724H1082N204O248
Vida Media en Mamferos 1.4 h
Ext. coefficient 13410 (M-1 cm-1, at 280 nm measured in water)

Dominio (CDD)
WDS/ABA:Esta es una familia de protenas de plantas inducidas por el estrs dficit
hdrico (WDS), o el cido abscsico (ABA), el estrs y la maduracin. El clon de ADNc de
Ip3 se expresa en altos niveles en las races, y es inducida por ABA en WDS.

Bibliografa
La familia de genes Asr est muy extendida en las plantas superiores. La mayora de los
genes Asr estn regulados bajo diferentes condiciones de estrs ambiental y durante la
maduracin del fruto. Protenas ASR se localizan en el ncleo y su funcin es probable que
la regulacin transcripcional. En el tomate cultivada, hemos identificado un nuevo miembro
de la familia cuarto, llamado Asr4, que mapea cerca de sus genes de hermanos ASR1-Asr2Asr3 y muestra una regin de codificacin no compartido para un dominio que contiene
una repeticin de 13 aminocidos. En este trabajo hemos podido ampliar nuestro anlisis
anterior para Asr2 e investigamos las regiones codificantes de los cuatro genes paralogous
Asr conocidos en siete especies de tomate de diferentes ubicaciones geogrficas. Adems,
se realiz un anlisis filogentico de las protenas ASR. La primera conclusin que se

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desprende de este trabajo es que las protenas ASR tomate se agrupan en el rbol. Esta
observacin puede explicarse por un escenario de evolucin concertada o el nacimiento y la
muerte de los genes. En segundo lugar, nuestro estudio mostr que ASR1 est altamente
conservado en tanto la sustitucin y sitios sinnimos dentro del gnero Lycopersicon. ASR1
conservacin secuencia de la protena podra estar asociado con sus mltiples funciones en
diferentes tejidos, mientras que la baja tasa de sustituciones sinnimo sugiere que la
variacin en silencio en ASR1 est limitado de forma selectiva, lo que probablemente est
relacionado con sus altos niveles de expresin. Finalmente, encontramos que la activacin
ASR1 bajo estrs hdrico no se conserva entre las especies Lycopersicon.
Dominos y Motivos (InterProScan 5)

Tercera Secuencia (Factor de crecimiento/diferenciacin 11, Homo sapien)

Secuencia de aminocidos:
MVLAAPLLLGFLLLALELRPRGEAAEGPAAAAAAAAAAAAAGVGGERSSRPAPSVAPEPDGCPVCV
WRQHSRELRLESIKSQILSKLRLKEAPNISREVVKQLLPKAPPLQQILDLHDFQGDALQPEDFLEEDEY
HATTETVISMAQETDPAVQTDGSPLCCHFHFSPKVMFTKVLKAQLWVYLRPVPRPATVYLQILRLKPL
TGEGTAGGGGGGRRHIRIRSLKIELHSRSGHWQSIDFKQVLHSWFRQPQSNWGIEINAFDPSGTDLAV
TSLGPGAEGLHPFMELRVLENTKRSRRNLGLDCDEHSSESRCCRYPLTVDFEAFGWDWIIAPKRYKA
NYCSGQCEYMFMQKYPHTHLVQQANPRGSAGPCCTPTKMSPINMLYFNDKQQIIYGKIPGMVVDRC
GCS

Estructura Secundaria (GOR4)

MVLAAPLLLGFLLLALELRPRGEAAEGPAAAAAAAAAAAAAGVGGERSSRPAPSVAPEPDGCPVCVWRQH
cccccchhhhhhhhhhhhcchhhhhhchhhhhhhhhhhhhhcccccccccccceecccccccceeeeccc
SRELRLESIKSQILSKLRLKEAPNISREVVKQLLPKAPPLQQILDLHDFQGDALQPEDFLEEDEYHATTE
ccchhhhhhhhhhhhhhhhhccccchhhhhhhhccccccchhhhhhhhcccccccccchhhhhhhccchh
TVISMAQETDPAVQTDGSPLCCHFHFSPKVMFTKVLKAQLWVYLRPVPRPATVYLQILRLKPLTGEGTAG
hhhhhhhcccccccccccccceeecccccceeeeeeeeeeeeeecccccccchhhhhhhccccccccccc
GGGGGRRHIRIRSLKIELHSRSGHWQSIDFKQVLHSWFRQPQSNWGIEINAFDPSGTDLAVTSLGPGAEG
cccccceeeeeeeeeeeeeccccccceeeeeeeeeeeeeccccccceeeecccccccceeeeeccccccc
LHPFMELRVLENTKRSRRNLGLDCDEHSSESRCCRYPLTVDFEAFGWDWIIAPKRYKANYCSGQCEYMFM
cchhhhhhhhhhhhhhhhcccccccccccccccccccceeeeecccccccccccccccceeeccceeeee

Alpha helix
310 helix
Pi helix
Beta bridge
Extended strand
Beta turn
Bend region
Random coil
Ambigous states
Other states

Pgina

QKYPHTHLVQQANPRGSAGPCCTPTKMSPINMLYFNDKQQIIYGKIPGMVVDRCGCS
ceecceeeeecccccccccccccccccccceeeecccceeeeeeccceeeeeeeeec
(Hh)
(Gg)
(Ii)
(Bb)
(Ee)
(Tt)
(Ss)
(Cc)
(?)

:
:
:
:
:
:
:
:
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:

104
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0
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25.55%
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0.00%
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23.83%
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50.61%
0.00%
0.00%

Parmetros Fisicoqumicos (Protparam)

Numero de aminoacidos 407

Peso Molecular 45090.7
Punto Isoelectrico teorico 8.18
Nmero total de cargas negativas de los residuos (Asp + Glu) 42
Nmero total de cargas positas de los residuos (Arg + Lys) 45
Formula C2002H3145N569O575S22
Vida media estimada en mamiferos 30 h
Ext. coefficient 54150 (M-1 cm-1, at 280 nm measured in water)

Dominio (CDD)
Familia TGF-beta: Factor de crecimiento transformante- (TGF-) es un pptido
multifuncional que controla la proliferacin, diferenciacin y otras funciones en muchos
tipos celulares. TGF--1 es un pptido de 112 residuos de aminocidos derivados por
escisin proteoltica de la C-terminal de una protena precursora. Un nmero de protenas
se sabe que estn relacionadas con TGF--1.

Bibliografa

Pgina

La protena codificada es un miembro de la familia de protenas morfogenticas seas

(BMP) y la superfamilia TGF-beta. Este grupo de protenas se caracteriza por un sitio de
procesamiento proteoltico polibsico que se escinde para producir una protena madura
que contiene siete residuos de cistena conservados. Los miembros de esta familia son
reguladores de crecimiento y diferenciacin celular en ambos tejidos embrionarios y
adultos. Los estudios en ratones y Xenopus sugieren que esta protena est implicada en la
formacin del mesodermo y la neurognesis durante el desarrollo embrionario

Dominos y Motivos (InterProScan 5)