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Procesos biolgicos.

Trabajo final
Q.F.B Irais Velazquez Sacamo
Vanessa Ramrez Salas

Ciclo del cido ctrico (ciclo de Krebs).

El Ciclo del cido Ctrico es la va central de metabolismo aerbico; en esta va se


oxidan los compuestos de carbono que proviene de la degradacin de todos los
principios inmediatos y tambin se forman molculas precursoras para la sntesis de
muchos de ellos. Su nombre proviene del primer intermediario formado, el Citrato.
Tambin se conoce como Ciclo de los cidos Tricarboxlicos porque dos
intermediarios de la va son cidos de este tipo.
Desarrollo En 1920 Thumberg, Batelli y Stern descubrieron que cidos orgnicos
como Succinato, Fumarato, Malato y Citrato, son rpidamente oxidados,
estimulando en forma cataltica el consumo de Oxgeno y la produccin de Dixido
de Carbono. Posteriormente, descubrieron otros cidos tricarboxlicos como el
Isocitrato y el cis-Aconitato, que tienen el mismo efecto En 1935 Albert Szent-Grgyi
propone una secuencia para la oxidacin enzimtica del succinato:
Succinato -> Fumarato -> Malato -> Oxalacetato
Adems, descubre que la adicin de Oxalacetato produce un consumo de Oxgeno
mucho mayor que el tericamente necesario. Ese mismo ao, Martius y Knoop
determinan la secuencia enzimtica de oxidacin de Citrato:
Citrato -> -Cetoglutarato -> Succinato
En 1937 Hans Adolph Krebs descubre que en condiciones anaerbicas, la adicin de
Oxalacetato al medio provoca la acumulacin de Citrato. Tambin encuentra que la
inhibicin especfica de la enzima Succinato Deshidrogenasa (EC 1.3.99.1) con
Malonato, anula el efecto cataltico de todos los cidos, con acumulacin de
Succinato en forma proporcional a la cantidad aadida de cido. Tambin prob que
en estas condiciones, la adicin de Oxalacetato restablece el consumo de Piruvato,
pero en proporcin 1 a 1 y no en forma cataltica, como descubri Szent-Grgyi.
Con base en sus resultados, Krebs propuso el esquema general del ciclo (Figura 2) y
demostr la existencia de todas las enzimas involucradas. Por la importancia de su
contribucin, el Ciclo del cido Ctrico tambin se conoce como Ciclo de Krebs.
En 1945, Albert L. Lehninger y Eugene P. Kennedy, determinaron que el Ciclo de
Krebs se lleva a cabo en la Matriz Mitocondrial.

Los objetivos del Ciclo de Krebs son:

Oxidar acetil~CoA a CO2


Generar equivalentes de reduccin (NADH y FADH 2).
Suministrar intermediarios para la sntesis de otros compuestos
(Aminocidos, cidos grasos, Colesterol, Gluconeognesis, Porfirinas).
Vincular derivados de aminocidos al proceso terminal de oxidacin.

El catabolismo oxidativo de glcidos, cidos grasos y aminocidos puede dividirse


en tres etapas, de las cuales el ciclo de Krebs es la segunda. En la primera etapa,
que incluye a las vas catablicas de cidos grasos y a la gluclisis se genera acetilCoA (2C). Los aminocidos pueden dar indirectamente acetil CoA , o directamente
intermediarios del ciclo de Krebs. En la tercera etapa el poder reductor aportado por
el ciclo de Krebs es drenado hasta el oxgeno a travs de los transportadores de
cadena respiratoria (NADH.H, FADH2, CoQ y citocromos) y parte de la energa
liberada se emplea en la sntesis de ATP por fosforilacin oxidativa.
El ciclo de Krebs es una ruta anfiblica: participa en procesos catablicos y
anablicos. El ciclo proporciona -cetoglutarato y oxalacetato para la sntesis de
glutamato y aspartato respectivamente, entre otras molculas fundamentales para
la clula.
El piruvato genera la principal molcula abastecedora del ciclo: la acetil
coenzima A
La reaccin de oxidacin - decarboxilacin del piruvato es el nexo entre la
gluclisis y el ciclo de Krebs. Esta reaccin irreversible es catalizada por un
complejo enzimtico (piruvato deshidrogenasa) localizado en la matriz mitocondrial
de eucariotas, y en el citosol de procariotas (figura 2).
El piruvato pierde el grupo carboxilo como CO2, y los dos carbonos restantes
unidos a la CoA conforman la acetil-CoA (figura 2). En la reaccin se reduce un NAD
a NADH.H que a su vez cede los H a los otros transportadores de cadena
respiratoria, con la consecuente formacin de 3 ATP.
Una visin panormica del ciclo de Krebs
La acetil-CoA generada por los diferentes catabolismos se condensa con el
oxalacetato y genera citrato. A travs de 7 reacciones de oxidacin y
descarboxilacin sucesivas (de la 2 a la 8, figura 3) se regenera oxalacetato, capaz
de iniciar un nuevo ciclo.
En cuatro reacciones del ciclo ocurren oxidacin de intermediarios y reduccin de
coenzimas de cadena respiratoria: tres NAD y un FAD (figura 3). Esas molculas
reducidas que integran la cadena respiratoria se reoxidan, y parte de la energa
liberada se usa para fosforilar el ADP a ATP.
En el ciclo propiamente dicho se produce una fosforilacin a nivel de sustrato que
produce un GTP, que equivale energticamente a un ATP. El ciclo se puede resumir
en la siguiente ecuacin:
Acetil-CoA + 3NAD + FAD + GDP + Pi -> CoA-SH + 3 NADH.H + FADH2 + GTP + 2
CO2

Las reacciones del ciclo


Reaccin 1: condensacin del oxalacetato con la acetil CoA
La enzima citrato sintasa condensa a la acetil-CoA (2C) con el oxalacetato (4C) para
dar una molcula de citrato (6C). Como consecuencia de esta condensacin se
libera la coenzima A (HSCoA). La reaccin es fuertemente exergnica: es
irreversible.

Reaccin 2: isomerizacin del citrato a isocitrato

La isomerizacin del citrato en isocitrato ocurre por dos reacciones, que se resumen
en una.

Reaccin 3: oxidacin y decarboxilacin del isocitrato

El isocitrato es sustrato de la isocitrato deshidrogenasa, enzima que tiene como


cofactor un NAD, que forma parte de la cadena respiratoria. En la reaccin 3 se
resumen dos reacciones a partir de las cuales el isocitrato forma -cetoglutarato
(5C). Para lograr ese producto ocurre una decarboxilacin, es decir la liberacin de
una molcula de CO2, y la reduccin de un NAD que permite la formacin de 3 ATP.
Reaccin 4: el -cetoglutarato se transforma en succinil-CoA
Este paso implica la segunda decarboxilacin oxidativa, catalizada por la cetoglutarato deshidrogenasa, que lleva a la formacin de succinil-CoA (4C). El NAD
es la coenzima de la deshidrogenasa, de manera que se formarn 3 ATP como
consecuencia de la actividad de cadena respiratoria.
Reaccin 5: la succinil-CoA rinde succinato y GTP
La succinil-CoA, es un tioster de alta energa con un G de hidrlisis de -33.5
KJ.mol-1 aproximadamente. La energa liberada por la ruptura de ese enlace se
utiliza para generar un enlace fosfoanhidro entre un fosfato y un GDP para dar 1GTP
por fosforilacin a nivel de sustrato. En la reaccin se libera HSCoA. El GTP se puede
convertir en ATP segn la siguiente reaccin:
GTP + ADP GDP + ATP G = 0 KJ.mol- 1
Reaccin 6: el succinato se transforma en fumarato
El succinato es oxidado a fumarato por la succinado deshidrogenasa, enzima que
tiene como cofactor al FAD: se producen 2ATP en la cadena respiratoria. La enzima
usa FAD porque la energa asociada a la reaccin no es suficiente para reducir al
NAD. El complejo enzimtico de la succinato deshidrogenasa es el nico del ciclo
que est asociado a la membrana mitocondrial de eucariotas, y en la membrana
plasmtica de procariotas.

Reaccin 7: el fumarato se hidrata y genera malato

La fumarasa cataliza la adicin de agua, es decir la hidratacin del fumarato. El


producto de la reaccin es el malato.

Reaccin 8: el malato se oxida a oxalacetato


Dada la naturaleza cclica de la va, las reacciones en su conjunto conducen a la
regeneracin del oxalacetato. La malato deshidrogenasa cataliza la oxidacin del
malato a oxalacetato, con la reduccin de un NAD: se forman 3 ATP en la cadena
respiratoria.
Regulacin del Ciclo de Krebs
La regulacin del ciclo hace posible la produccin de molculas de acuerdo a las
necesidades celulares, y asegura que no ocurra sobre o sub produccin en un
momento dado. La regulacin del ciclo se da en diferentes puntos, porque puede
alimentarse o ser abastecido a travs de cualquiera de sus intermediarios. La
regulacin es compleja en comparacin con la de vas catablicas como la
gluclisis, y se considerarn situaciones de regulacin relacionadas al estado
energtico celular.

La regulacin de las enzimas es por modulacin alostrica, por modificacin


covalente y por acumulacin de productos. La lgica de la regulacin se rige
principalmente por la relacin ATP/ADP y NADH.H/NAD, as como por las
concentraciones de algunos intermediarios del ciclo.
Las relaciones entre ATP/ADP y NADH.H/NAD estn relacionadas entre s a travs
de la fosforilacin oxidativa que ocurre en la cadena respiratoria, y ambas son
seales del estado energtico de la clula.

Fosforilacion oxidativa.
La funcin principal de los procesos explicados hasta ahora es suministrar
el hidrgeno de la molcula de glucosa en formas oxidables. La oxidacin del
hidrgeno sucede a travs de una serie de reacciones que desdoblan cada tomo
de H en un protn y un electrn (H2 H+ + e-). Los electrones se combinarn con el
oxgeno disuelto con las molculas de agua y generar iones hidroxilo y, despus,
stos junto con el hidrgeno se combinan para formar agua. Durante esta secuencia
se liberan enormes cantidades de energa para formar ATP. Esta sntesis de ATP
recibe el nombre de fosforilacin oxidativa y se produce enteramente en las
mitocondrias, en la llamada cadena transportadora de electrones (CTE), que
esencialmente constituye la respiracin interna y tiene lugar en la membrana
interna mitocondrial, mediante un proceso muy especializado llamado mecanismo
quimiosmtico.
Bsicamente la CTE comprende 2 procesos: 1) los electrones son transportados a lo
largo de la membrana, de un complejo de protenas transportador a otro y 2) los
protones son translocados a travs de la membrana, lo que significa que son
pasados desde el interior o matriz mitocondrial hacia el espacio intermembrana
provocando un gradiente de protones. El oxgeno es el aceptor final del electrn,
combinndose con ellos y con el in H para producir agua.
El primer paso de la fosforilacin oxidativa es ionizar los tomos de hidrgeno
extrados hasta ese momento de los sustratos alimentarios. Se libera el otro tomo
de H unido al NAD y ste ltimo se reutiliza una y otra vez para captar H. Los
electrones extrados de los tomos de H para su ionizacin entran inmediatamente
en la CTE. La CTE est formada por 4 complejos proteicos con molculas
transportadoras y sus enzimas correspondientes (Complejo I, NADH
deshidrogenasa; Complejo II, Succinato-CoQ reductasa; Complejo III, citocromo C
reductasa; Complejo IV, citocromo oxidasa), 1 componente no proteico (ubiquinona
Q-) que est embebido en la membrana, y una pequea protena llamada
citocromo C, en el espacio intermembrana pero adosada a la membrana interna.

Cada electrn es lanzado desde uno de estos aceptores hasta el siguiente hasta que
se alcanza finalmente el citocromo-oxidasa, llamado as porque es capaz de ceder 2
electrones y de reducir el oxgeno elemental para formar oxgeno inico, que luego
se combina con los hidrogeniones dando agua.
El siguiente paso en la fosforilacin oxidativa consiste en convertir el ADP en ATP, a
lo cual contribuye una gran molcula proteica que sobresale por toda la membrana
mitocondrial interna. Se trata de una ATPasa llamada ATP sintetasa. La elevada
concentracin de hidrogeniones con carga positiva creado entre las dos membranas
mitocondriales y la gran diferencia de potencial a travs de la membrana interna
provoca que los hidrogeniones fluyan al interior de la matriz mitocondrial a travs
de la ATPasa. La energa liberada por este flujo de hidrogeniones es utilizada por la
sintetasa para fosforilar el ADP en ATP que es transferido al citoplasma. Por cada 2
electrones que se introducen en la cadena transportadora, provenientes de la
ionizacin de 2 tomos de H,
se sintetizan 3 molculas de
ATP.
Para hacernos una idea del
rendimiento energtico en la
formacin de ATP podemos
seguir lo que ocurre a partir
de 1 molcula de glucosa ,
cuyo balance energtico sera
el siguiente:
1. Glucolisis: 4 ATP, de ellos,
2 se consumen en su
fosforilacin inicial, ganando
finalmente 2 ATP.
2. Ciclo de Krebs: cada
vuelta genera 1 ATP, pero
como cada glucosa genera 2
cidos pirvicos, son dos vueltas al ciclo generando 2 ATP.

3.Cadena transportadora de electrones: de los 24 tomos de H generados hasta ese


momento, 20 se oxidan aqu generando hasta 3 ATP por cada 2 H
proporcionando 30 ATP.
4.Los 4 tomos de H restantes son oxidados por su deshidrogenasa generando 2
ATP por cada 2 tomos oxidados, lo que supone 4 ATP ms.

Por cada molcula de glucosa degradada a CO2 y agua se producen 38 ATP que
almacenan 456000 caloras, mientras que se han liberado 686000 caloras durante
la oxidacin completa de la glucosa. Esto supone una eficiencia mxima global de
transferencia de energa del 66%. El 34% restante se convierte en calor no
pudindose ser aprovechado por la clula.

Biosintesis de protenas y acidos nucleicos:


Proteinas
La sntesis de protenas se lleva a cabo en dos etapas: la primera etapa
(transcripcin) ocurre dentro del ncleo de las clulas eucariotas, aqu la secuencia
se transcribe en una molcula de ARN, el cual es denominado ARN mensajero
(ARNm) y la segunda etapa (traduccin - sntesis de protena propiamente dicha) el
ARNm pasa del ncleo al citoplasma donde el mensaje es traducido por los
ribosomas que arman una protena.
Transcripcin
Para formar la cadena de ARN a partir del ADN se debe tener en cuenta que cada
nucletido del ADN se ensambla con un determinado nucletido del ARN. La
molcula helicoidal de ADN se desenrolla y deja accesible la cadena a partir de la
cual se inicia la sntesis (armado) del ARN. La enzima (polimerasa del ARN) que
controla la reaccin detecta una regin de la secuencia del ADN, llamada promotor,
que marca el punto de inicio de la sntesis. Los nucletidos se aaden uno por uno
en orden complementario, de esta manera la adenina del ADN se combina con el
uracilo del ARN (A U), en el mismo orden, la timina se ensambla con la adenina (T
A), y la citosina se combina con la guanina y viceversa (C G, G C). Hay por lo
tanto complementariedad entre el ARN y el ADN de donde se copia. Al conservar la
informacin impresa en esta parte del genoma (dotacin gentica), el ARN se
constituye en portador de las instrucciones que determinan la secuencia de
aminocidos de una protena. Dichas instrucciones, en clave, se descifran leyendo
los nucletidos de tres en tres ("tripletes"), y cada triplete de nucletido, que
determina uno de los 20 aminocidos existentes, recibe el nombre de codn.
Durante la traduccin, a medida que se "leen" los codones, se van aadiendo los
aminocidos correspondientes a la protena que se est formando.

Traduccin
Queda claro que el ARNm es el que lleva la informacin que se decodificar en la
sntesis (armado) de protenas, determina el orden en que se unirn los
aminocidos. La sntesis de protenas o traduccin tiene lugar en los ribosomas del
citoplasma celular. Los aminocidos son transportados por el ARN de transferencia
(ARNt) especfico para cada uno de ellos, y son llevados hasta ARNm, dnde se
aparean el codn de ste y el anticodn del ARNt, por complementariedad de
bases, y de sta forma se sitan en la posicin que les corresponde. Una vez
finalizada la sntesis de una protena, el ARNm queda libre y puede ser ledo de
nuevo. De hecho, es muy frecuente que antes de que finalice una protena ya est
comenzando otra, con lo cual, una misma molcula de ARNm, est siendo utilizada
por varios ribosomas simultneamente, esta estructura se conoce con el nombre de
polirribosoma (polisoma).

El trabajo de los ARNt consiste en tomar del citosol a los aminocidos y conducirlos
al ribosoma en el orden marcado por los nucletidos del ARNm, que son los moldes
del sistema. La sntesis de las protenas comienza con la unin entre s de dos
aminocidos y contina por el agregado de nuevos aminocidos -de a uno por vezen uno extremos de la cadena.
Como se ha explicado, la clave de la traduccin reside en el cdigo gentico,
compuesto por combinaciones de tres nucletidos consecutivos -o tripletes- en el
ARNm. Los distintos tripletes se relacionan especficamente con tipos de
aminocidos usados en la sntesis de las protenas. Cada triplete constituye un
codn, existen en total 64 codones (cuatro nucletidos se combinan de a tres, as
que: 43 = 64), 61 de los cuales sirven para cifrar aminocidos y 3 para marcar el
cese de la traduccin.

cidos nucleicos
El ensamblaje en el orden correcto de las unidades bsicas del DNA o el RNA es
mucho ms sencillo que el de los aminocidos en las protenas. Las reglas que
gobiernan la sntesis de los cidos nuclecos (adems de las enunciadas al principio
del captulo) son:

Las cadenas o hebras de DNA o de RNA son producidas en las clulas por
copia de hebras pre-existentes de DNA, siguiendo las reglas de apareamiento
de bases complementarias. En la replicacin de un DNA de doble hlice, se
copian ambas cadenas. En algunos virus, el RNA es copiado a partir de un
RNA pre-existente y en los retrovirus, el DNA se produce copiando RNA.
Los cidos nuclicos crecen en una direccin: 3--> 5'
Enzimas especiales, llamadas polimerasas elongan las cadenas de RNA o
DNA. Las enzimas que copia DNA para hacer ms DNA son las DNApolimerasas y las que copian RNA de DNA,RNA-polimerasas. La copia de DNA
a RNA se llama, como hemos visto, transcripcin, y normalmente, slo una
cadena es copiada. Sin embargo, en las bacterias existen cadenas de DNA
doble llamadas plsmidos que son transcritas a RNA
Las RNA-polimerasas pueden iniciar una cadena de cido nucleico. Una RNApolimerasa puede encontrar en una cadena duplex de DNA un lugar de
iniciacin, separar ambas hebras y generar una cadena de RNA. Por el
contrario, las DNA-polimerasas no pueden iniciar un DNA de novo, sino que
requieren un primer para iniciar la reaccin.
Los cidos nucleicos estn formados por nucletidos Los cidos nucleicos, cido
desoxirribonucleico DNA y cido ribonucleico RNA, son macromolculas encargadas
de almacenar y transferir la informacin gentica. Ambos estn formados por
unidades llamadas nucletidos, cuya representacin aparece a continuacin.
Al analizar el producto de la hidrlisis total de un nucletido se obtienen siempre
tres componentes: una pentosa, una base nitrogenada y un fosfato. La unin de
estas tres molculas en relacin 1:1:1 constituye un nucletido, unidad bsica o
monmero de los cidos nucleicos.
La pentosa puede ser: ribosa o desoxirribosa. La diferencia entre ambas reside en
que el grupo hidroxilo (-OH) del carbono 2 de la ribosa es sustituido por un

hidrgeno en la desoxirribosa. Los nucletidos con ribosa (ribonucletidos) son los


constituyentes del RNA, mientras que aquellos que tienen desoxirribosa
(desoxirribonucletidos), constituyen el DNA. Los carbonos (C) de las pentosas se
representan como C1 , C2, etc., a diferencia de las bases nitrogenadas que se
designan como C1, C2, etc.
Las bases nitrogenadas, son una familia de molculas cclicas derivadas de dos
anillos bsicos: purina y pirimidina. El DNA contiene dos bases pricas, adenina (A)
y guanina (G) y dos bases pirimidnicas citosina (C) y timina (T). Las bases pricas
son las mismas en el RNA y DNA, sin embargo en el RNA las bases pirimidnias, son
la citosina y el uracilo (U)
Una base, una pentosa y un fosfato forman un nucletido.
En la formacin de un nucletido, la base nitrogenada se une al C 1 de la pentosa
mediante un enlace Nglucosdico mientras que el grupo fosfato se une al C 5 de la
pentosa mediante un enlace ster.
Los nucletidos pueden contener uno, dos o tres fosfatos, denominndose
respectivamente nucletido mono, di o tri-fosfato.
Los nucletidos se unen entre s para formar polinucletidos
Los cidos nucleicos, DNA y RNA, son cadenas de desoxirribonucetidos o
ribonucletidos respectivamente, unidos entre s por enlaces fosfodister entre los
C 5y 3 de las pentosas de nucletidos consecutivos.
De esta forma el extremo 5 de la cadena polinucleotdica tendr un grupo fosfato
libre y el extremo 3 un grupo hidroxilo libre.
La secuencia lineal de los nucletidos de un cido nucleico se abrevia con la letra
correspondiente a la abreviatura de cada base nitrogenada comenzando desde la
izquierda, por con el extremo 5de la cadena.
As, el extremo 5 hace referencia al primer nucletido de la cadena y el extremo 3
al ltimo. La secuencia de bases constituye lo que se denomina estructura primaria
y se lee en sentido 5-3de la cadena de nucletidos.

Degradacin de protenas y compuestos


nitrogenados.
Las protenas constituyen un grupo numeroso de compuestos nitrogenados
naturales. Comprenden, con ADN, ARN, polisacridos y lpidos, cinco clases de
complejas biomolculas que se encuentran en las clulas y en los tejidos. Son los
principales elementos de construccin (en forma de aminocidos) para msculos,
sangre, piel, pelo, uas y rganos internos, entran a formar parte de hormonas,
enzimas y anticuerpos, y sirven como fuente de calor y de energa.

Protenas
Recambio proteico
Casi todas las protenas del organismo estn en una constante dinmica de sntesis
(1-2% del total de protenas), a partir de aminocidos, y de degradacin a nuevos
aminocidos. Esta actividad ocasiona una prdida diaria neta de nitrgeno, en

forma de urea, que corresponde a unos 35-55 gramos de protena. Cuando la


ingesta diettica compensa a las prdidas se dice que el organismo est en
equilibrio nitrogenado.
El balance nitrogenado puede ser positivo o negativo. Es positivo cuando la ingesta
nitrogenada supera a las prdidas, como sucede en crecimiento, embarazo,
convalecencia de enfermedades. Es negativo si la ingesta de nitrgeno es inferior a
las prdidas, tal como ocurre en: desnutricin, anorexia prolongada,
postraumatismos, quemaduras, deficiencia de algn aminocido esencial.

Vas de degradacin de las protenas


Dos son las vas por la que son degradadas las protenas mediante proteasas
(catepsinas).
Va de la ubiquitina (pequea protena bsica). Fracciona protenas anormales y
citoslicas de vida corta. Es ATP dependiente y se localiza en el citosol celular.
Va lisosmica. Fracciona protenas de vida larga, de membrana, extracelulares y
organelas tales como mitrocondrias. Es ATP independiente y se localiza en los
lisosomas.

Eliminacin del nitrgeno proteico


El excedente de aminocidos del organismo tiene que ser degradado, y para ello el
organismo elimina el grupo amino, formando amonaco, que pasa a urea (ciclo de la
urea), eliminndose este elemento por la orina. Una pequea cantidad de amonaco
puede pasar a glutamina. El principal lugar de degradacin de aminocidos es el
hgado.
El amonaco es un compuesto muy txico, y por ello ello el organismo lo convierte
en uno no txico, urea. Las caractersticas de la urea favorecen su formacin: a)
molcula pequea, b) casi el 50% de su peso es nitrgeno, c) se necesita poca
energa para su sntesis.

Formacin de urea por el ciclo de la ornitina


En los hepatocitos se localizan las cinco reacciones que constituyen el ciclo.
1. Formacin de carbamil-fosfato, paso irreversible catalizado por la enzima
carbamil-fosfato-sintasa I.
2. Formacin de citrulina, mediante la ornitina-transcarbamilasa
3. Sntesis de argininosuccinato. La argininosuccinato-sintasa cataliza la
condensacin de citrulina con cido asprtico.
4. Escisin de argininosuccinato a fumarato y arginina mediante la
argininosuccinato-liasa.
5. Escisin de arginina a ornitina y urea mediante la arginasa

Aminocidos

Aminocidos esenciales y no esenciales


Los aminocidos existentes en el organismo son 20. De ellos, 9 son esenciales y los
otros 11 son no esenciales.
Aminocidos esenciales: histidina (His), valina (Val), leucina (Leu), isoleucina (Ile),
lisina, (Lys), metionina (Met), treonina (Thr), fenilalanina (Phe), triptfano (Trp).
Histidina y arginina se les considera esenciales durante perodos de rpido
crecimiento celular (lactancia e infancia)
Aminocidos no esenciales, y que pueden ser sintetizados por el organismo: tirosina
(Tyr), glicina (Gly), alanina (Ala), cistena (Cys), serina (Ser), cido asprtico (Asp),
asparaguina (Asn), cido glutmico (Glu), glutamina (Gln), arginina (Arg), prolina
(Pro).

Reacciones en el metabolismo de los aminocidos


Las dos reacciones principales en el metablismo de los aminocidos son:
transaminacin y deaminacin oxidativa

Transaminacin
Es este un proceso, realizado en el citosol y en las mitocondrias, por el que un
aminocido se convierte en otro. Se realiza por medio de transaminasas que
catalizan la transferencia del grupo alfa-amino (NH3+) de un aminocido a un alfacetocido, tal como piruvato, oxalacetato o ms frecuentemente alfa-cetoglutarato.
Consecuentemente se forma un nuevo aminocido y un nuevo cetocido.
Las transaminasas que ms habitualmente intervienen en la transaminacin son:
alanina-aminotransferasa (ALT) y asparto-aminotransferasa (AST). Requieren, como
cofactor, piridoxal-fosfato (PLP), un derivado de la vitamina B6.

Deaminacin oxidativa
Proceso, realizado en las mitocondrias, y en el que la enzima cido glutmicodeshidrogenasa elimina el grupo amino del cido glutmico. Se forma amonaco que
entra en el ciclo de la urea y los esqueletos carbonados vienen a ser productos
intermedios glucolticos y del ciclo de Krebs.
Los productos de deaminacin de los aminocidos son los siguientes:

Aminocido(s)
Ile, Leu, Lys
Tyr, Phe
Gln, Pro, Arg
His

Producto
Acetil-CoA
Acetoacetato
Glu y alfa-cetoglutarato
Glu y alfa-cetoglutarato

Thr, Met , Val


Tyr, Phe, Asp
Asp, Asn
Ser, Gly, Cys
Trp

Succinil-CoA
Fumarato
Oxaloacetato
Piruvato
Alanina y piruvato

Sntesis de aminocidos
La sntesis de los aminocidos, con excepcin de cistena y tirosina, est unida al
ciclo del cido tricarboxlico (TCA), bien por transaminacin o bien por fijacin de
amonio. El grupo alfa-amino es central a toda sntesis de aminocidos y deriva del
amonio de los grupos aminos del L-glutamato. De stos se sintetizan glutamina,
prolina y arginina. El cido glutmico es la principal fuente de los grupos amino para
la transaminacin.
La cistena se forma, en el citosol celular, a partir de serina y del aminocido
esencial metionina.
La tirosina se forma mediante hidroxilacin del aminocido esencial fenilalanina por
la fenilalanina hidroxilasa.

Sistemas abiertos y cerrados.


Un sistema termodinmico (tambin denominado sustancia de trabajo) se define
como la parte del universo objeto de estudio. Un sistema termodinmico puede ser
una clula, una persona, el vapor de una mquina de vapor, la mezcla de gasolina y
aire en un motor trmico, la atmsfera terrestre, etc.
El sistema termodinmico puede estar separado del resto del universo
(denominado alrededores del sistema) por paredes reales o imaginarias. En este
ltimo caso, el sistema objeto de estudio sera, por ejemplo, una parte de un
sistema ms grande. Las paredes que separan un sistema de sus alrededores
pueden ser aislantes (llamadas paredes adiabticas) o permitir el flujo de calor
(diatrmicas).
Los sistemas termodinmicos pueden ser aislados, cerrados o abiertos.

Sistema aislado: es aqul que no intercambia ni materia ni energa con los


alrededores.
Sistema cerrado: es aqul que intercambia energa (calor y trabajo) pero no materia
con los alrededores (su masa permanece constante).
Sistema abierto: es aqul que intercambia energa y materia con los alrededores.
En la siguiente figura se han representado los distintos tipos de sistemas
termodinmicos.

A lo largo de estas pginas trataremos los sistemas cerrados.


Cuando un sistema est aislado y se le deja evolucionar un tiempo suficiente, se
observa que las variables termodinmicas que describen su estado no varan. La
temperatura en todos los puntos del sistema es la misma, as como la presin. En
esta situacin se dice que el sistema est en equilibrio termodinmico.
Equilibrio termodinmico
En Termodinmica se dice que un sistema se encuentra en equilibrio termodinmico
cuando las variables intensivas que describen su estado no varan a lo largo del
tiempo.
Cuando un sistema no est aislado, el equilibrio termodinmico se define en
relacin con los alrededores del sistema. Para que un sistema est en equilibrio, los
valores de las variables que describen su estado deben tomar el mismo valor para
el sistema y para sus alrededores. Cuando un sistema cerrado est en equilibrio,
debe estar simultneamente en equilibrio trmico y mecnico.

Equilibrio trmico: la temperatura del sistema es la misma que la de los


alrededores.
Equilibrio mecnico: la presin del sistema es la misma que la de los
alrededores.

Leyes de la termodinmica.
La termodinamica puede definirse como el tema de la Fsica que estudia los
procesos en los que se transfiere energa como calor y como trabajo.
Sabemos que se efecta trabajo cuando la energa se transfiere de un cuerpo a otro
por medios mecnicos. El calor es una transferencia de energa de un cuerpo a un

segundo cuerpo que est a menor temperatura. O sea, el calor es muy semejante al
trabajo.
El calor se define como una transferencia de energa debida a una diferencia de
temperatura, mientras que el trabajo es una transferencia de energa que no se
debe a una diferencia de temperatura.
Al hablar de termodinamica, con frecuencia se usa el trmino "sistema". Por sistema
se entiende un objeto o conjunto de objetos que deseamos considerar. El resto, lo
dems en el Universo, que no pertenece al sistema, se conoce como su "ambiente".
Se consideran varios tipos de sistemas. En un sistema cerrado no entra ni sale
masa, contrariamente a los sistemas abiertos donde s puede entrar o salir masa.
Un sistema cerrado es aislado si no pasa energa en cualquiera de sus formas por
sus fronteras.
Previo a profundizar en este tema de la termodinamica, es imprescindible
establecer una clara distincin entre tres conceptos bsicos: temperatura, calor y
energa interna. Como ejemplo ilustrativo, es conveniente recurrir a la teora
cintica de los gases, en que stos sabemos estn constituidos por numerossimas
molculas en permanente choque entre s.
La temperatura es una medida de la energa cintica media de las molculas
individuales. El calor es una transferencia de energa, como energa trmica, de un
objeto a otro debida a una diferencia de temperatura.
La energa interna (o trmica) es la energa total de todas las molculas del objeto,
o sea incluye energa cintica de traslacin, rotacin y vibracin de las molculas,
energa potencial en molculas y energa potencial entre molculas. Para mayor
claridad, imaginemos dos barras calientes de un mismo material de igual masa y
temperatura. Entre las dos tienen el doble de la energa interna respecto de una
sola barra. Notemos que el flujo de calor entre dos objetos depende de sus
temperaturas y no de cunta energa trmica o interna tiene cada uno. El flujo de
calor es siempre desde el objeto a mayor temperatura hacia el objeto a menor
temperatura.

Primera Ley de la Termodinamica

Esta ley se expresa como:


Eint = Q - W
Cambio en la energa interna en el sistema = Calor agregado (Q) - Trabajo
efectuado por el sistema (W)
Notar que el signo menos en el lado derecho de la ecuacin se debe justamente a
que W se define como el trabajo efectuado por el sistema.
Para entender esta ley, es til imaginar un gas encerrado en un cilindro, una de
cuyas tapas es un mbolo mvil y que mediante un mechero podemos agregarle

calor. El cambio en la energa interna del gas estar dado por la diferencia entre el
calor agregado y el trabajo que el gas hace al levantar el mbolo contra la presin
atmosfrica.

Segunda Ley de la Termodinamica

La primera ley nos dice que la energa se conserva. Sin embargo, podemos imaginar
muchos procesos en que se conserve la energa, pero que realmente no ocurren en
la naturaleza. Si se acerca un objeto caliente a uno fro, el calor pasa del caliente al
fro y nunca al revs. Si pensamos que puede ser al revs, se seguira conservando
la energa y se cumplira la primera ley.
En la naturaleza hay procesos que suceden, pero cuyos procesos inversos no. Para
explicar esta falta de reversibilidad se formul la segunda ley de la termodinamica,
que tiene dos enunciados equivalentes:
Enunciado de Kelvin - Planck : Es imposible construir una mquina trmica que,
operando en un ciclo, no produzca otro efecto que la absorcin de energa desde un
depsito y la realizacin de una cantidad igual de trabajo.
Enunciado de Clausius: Es imposible construir una mquina cclica cuyo nico
efecto sea la transferencia continua de energa de un objeto a otro de mayor
temperatura sin la entrada de energa por trabajo.

Tercera Ley de la Termodinamica

Ley Cero de la Termodinmica (de Equilibrio):


"Si dos objetos A y B estn por separado en equilibrio trmico con un
tercer objeto C, entonces los objetos A y B estn en equilibrio trmico
entre s".
Como consecuencia de esta ley se puede afirmar que dos objetos en equilibrio
trmico entre s estn a la misma temperatura y que si tienen temperaturas
diferentes, no se encuentran en equilibrio trmico entre s.
La tercera ley tiene varios enunciados equivalentes:
"No se puede llegar al cero absoluto mediante una serie finita de
procesos"
Es el calor que entra desde el "mundo exterior" lo que impide que en los
experimentos se alcancen temperaturas ms bajas. El cero absoluto es la
temperatura terica ms baja posible y se caracteriza por la total ausencia de calor.
Es la temperatura a la cual cesa el movimiento de las partculas. El cero absoluto (0
K) corresponde aproximadamente a la temperatura de - 273,16C. Nunca se ha
alcanzado tal temperatura y la termodinmica asegura que es inalcanzable.
"La entropa de cualquier sustancia pura en equilibrio termodinmico
tiende a cero a medida que la temperatura tiende a cero".

"La primera y la segunda ley de la termodinmica se pueden aplicar hasta


el lmite del cero absoluto, siempre y cuando en este lmite las variaciones
de entropa sean nulas para todo proceso reversible".

Entropia.
La entropa, el desorden y el grado de organizacin.
Vamos a imaginar que tenemos una caja con tres divisiones; dentro de la caja y en
cada divisin se encuentran tres tipos diferentes de canicas: azules, amarillas y
rojas, respectivamente. Las divisiones son movibles as que me decido a quitar la
primera de ellas, la que separa a las canicas azules de las amarillas. Lo que estoy
haciendo dentro del punto de vista de la entropa es quitar un grado o ndice de
restriccin a mi sistema; antes de que yo quitara la primera divisin, las canicas se
encontraban separadas y ordenadas en colores: en la primera divisin las azules, en
la segunda las amarillas y en la tercera las rojas, estaban restringidas a un cierto
orden.
Al quitar la segunda divisin, estoy quitando tambin otro grado de restriccin. Las
canicas se han mezclados unas con otras de tal manera que ahora no las puedo
tener ordenas pues las barreras que les restringan han sido quitadas.
La entropa de este sistema ha aumentado al ir quitando las restricciones pues
inicialmente haba un orden establecido y al final del proceso (el proceso es en este
caso el quitar las divisiones de la caja) no existe orden alguno dentro de la caja.
La entropa es en este caso una medida del orden (o desorden) de un sistema o de
la falta de grados de restriccin; la manera de utilizarla es medirla en nuestro
sistema inicial, es decir, antes de remover alguna restriccin, y volverla a medir al
final del proceso que sufri el sistema.
Es importante sealar que la entropa no est definida como una cantidad absoluta
S (smbolo de la entropa), sino lo que se puede medir es la diferencia entre la
entropa inicial de un sistema Si y la entropa final del mismo Sf. No tiene sentido
hablar de entropa sino en trminos de un cambio en las condiciones de un sistema.
Entropia, procesos reversibles y procesos irreversibles.
Volviendo al ejemplo anterior de la caja con separaciones y canicas, vamos a
explicar qu es un proceso reversible y qu un proceso no reversible.
Llamamos proceso reversible al que se puede invertir y dejar a nuestro sistema en
las mismas condiciones iniciales. Teniendo en cuenta
nuestra caja ya sin las separaciones, tenemos a las canicas revueltas unas con
otras, es decir, sin un orden. Si el proceso que efectuamos de quitar las divisiones
fuera reversible, las canicas tendran que ordenarse espontneamente en azules,
amarillas y rojas, segn el orden de las divisiones. Esto no ocurrir.
El proceso que efectuamos con nuestra caja de canicas fue un proceso no
reversible, en donde una vez terminado, el orden que haba en las condiciones

iniciales del sistema ya nunca volver a establecerse. El estudio de este tipo de


procesos es importante porque en la naturaleza todos los procesos son irreversibles.
La entropa y la energa "gastada".
En el principio enunciado por Clausius que anteriormente citamos, podemos
encontrar la relacin con la entropa y la energa liberada en un proceso. Pensemos
en un motor. El motor necesita de una fuente de energa para poder convertirla en
trabajo. Si pensamos en un coche, la gasolina, junto con el sistema de chispa del
motor, proporciona la energa (qumica) de combustin, capaz de hacer que el auto
se mueva. qu tiene que ver la entropa aqu?
La energa que el coche "utiliz" para realizar trabajo y moverse, se "gast", es
decir, es energa liberada mediante un proceso qumico que ya no es utilizable para
que un motor produzca trabajo.
Este es uno de los conceptos ms difciles de entender de la entropa, pues requiere
un conocimiento un poco menos trivial del funcionamiento de motores, frigorficos y
el ciclo de Carnot. Pero para nuestros fines con esta explicacin es suficiente.
Para qu sirve la entropa?
La entropa, como medida del grado de restriccin o como medida del desorden de
un sistema, o bien en ingeniera, como concepto auxiliar en los problemas del
rendimiento energtico de las mquinas, es una de las variables termodinmicas
ms importantes. Su relacin con la teora del caos le abre un nuevo campo de
estudio e investigacin a este tan "manoseado" concepto.

Entalpia.
Cuando aplicamos el Primer Principio de la Termodinmica a estas reacciones,
surge una nueva funcin de estado, denominada entalpa que es un concepto
fundamental en termoqumica. Veremos a continuacin cmo aplicar dicho principio
a estas reacciones paso a paso hasta llegar a la deduccin de la entalpa y a su
relacin con la variacin de energa interna en una reaccin qumica a presin
constante.
La expresin matemtica del primer principio es:

En este caso, dado que es una reaccin que no se lleva a cabo en un recipiente
cerrado, consideraremos que s que hay una variacin de volumen apreciable que
ser:
V = Volumen productos (VP) Volumen reactivos (VR)
Como estamos considerando la transferencia de calor a presin constante,
esto se indica con una p subndice, es decir:
U = QP PV
Si despejamos este QP, pasando el trmino PV al otro lado sumando quedar:
QP = U + PV
Y como V = VP VR,
y U = UP UR, entonces:
QP = UP UR + P(VR VP)
QP = UP UR + PVP PVR
Ahora agrupamos los trminos referidos a productos y los referidos a reactivos.
Queda:
QP = UP + P VP (UR + PVR)
El producto PV tiene unidades de energa, que sumada a la energa interior U, nos
da una nueva medida de energa que llamamos ENTALPA, representada por H, y
que es una funcin de estado (depende de los estados final e inicial del sistema):
H = U + PV
QP = UP + PVP (UR + PVR)
HP = UP + PVP
HR = (UR + PVR)
QP = UP+ PVP (UR +PVR)

QP = H
Como vemos, el calor absorbido o desprendido en una reaccin qumica
realizada a presin constante es igual a la variacin de entalpa del
sistema, siendo H, por tanto, otra forma ms de medir la energa de un sistema.
Dado que la entalpa es una funcin de estado, como ocurre con la energa interna,
U, no se puede conocer su valor absoluto, nicamente se puede medir su variacin
durante una reaccin qumica.

Energia de Gibbs y energa libre estndar.


El cambio en la energa libre de Gibbs asociado con una reaccin qumica, es un
indicador til de si la reaccin se producir espontneamente. Dado que el cambio
en la energa libre es igual al trabajo til mximo que se puede lograr por la
reaccin

entonces, un G negativo asociado con una reaccin, indica que esta puede ocurrir
de forma espontnea. Esto es coherente con la convencin qumica habitual del
tratamiento del trabajo realizado por el sistema como un trabajo negativo. Las
reacciones ms comunes pueden ser evaluadas para su espontaneidad bajo
condiciones normales, buscando las cantidades termodinmicas asociadas a cada
uno de los reactivos y los productos. Para condiciones no estndares se puede
hacer uso de la expresin del G en trminos de los otros potenciales
termodinmicos

El cambio en la energa libre G de una reaccin, se puede expresar en trminos de


las concentraciones de equilibrio de los reactivos y productos. Es conveniente
expresar G para cualquier reaccin, en trminos de su valor bajo condiciones
estndares en las que se han tabulado los valores. Para una reaccin representada
como
A+BC+D
el cambio en la energa libre se puede expresar como

Donde G0' es la variacin de energa libre estndar y se presume a la temperatura


de 25C = 298K.

Cambio de Energa Libre Estndar

En las reacciones bioqumicas, es conveniente hacer referencia al cambio en la


energa libre de Gibbs G en algn conjunto de condiciones estndares. Las

condiciones elegidas por lo general se enumeran en la tabla. El valor estndar


G0' se determina a partir de datos experimentales y permite la evaluacin de G
para otras condiciones experimentales.
Relacin entre G0' y K'eq
Condiciones Estndares
K'eq

G0'
kcal/mol

106

-8,2

104

-5,5

102

-2,7

101

-1,4

100

0,0

10-1

1,4

La notacin G0' se usa para pH=7,0 porque 10-2


G0 se usa para condiciones de pH = 0,0 o 1
10-4
M H+.

2,7

10-6

8,2

T = 25C = 298K

P = 1 atm

[C]=1 M, todos los reactivos

Agua 55,6M

H+ conc = 10-7M (pH=7.0)

5,5

Energa de Activacin.
El acontecimiento de una reaccin qumica est obligatoriamente relacionado con el
contacto entre molculas reactivas y a una energa mnima necesaria. Esta energa
mnima para el acontecimiento de la reaccin es llamada como energa de
activacin.

La formacin de los productos a partir de los reactivos es un proceso gradual en que


los enlaces de los reactivos son rotos en paralelo con la formacin de los enlaces de
los productos. Este estado intermedio en que algunos enlaces estn semi-rotos y
otros semi-formados es conocido como complejo activado.
Otra exigencia para la formacin del complejo activado es que las molculas
reactivan colisiones con orientacin favorable a la formacin del mismo
Colisiones con energa y orientaciones adecuadas a la formacin del complejo
activado, son llamadas como colisiones efectivas. Estos son los principios bsicos
de la Teora de Colisin.
Dada la siguiente reaccin:
H2 + I2 -> 2 HI
Verifiquemos en la tabla a continuacin, en la primer lnea una orientacin que lleva
a una colisin no efectiva y en la segunda lnea una que lleva a una colisin efectiva
No todas las colisiones son efectivas, en tanto, todas en que el complejo activado es
alcanzado llevan a la formacin de los productos.
Complejo activado es una estructura intermedia entre los reactivos y los productos,
con enlaces intermediarios entre los dos reactivos y los dos productos.
La energa de activacin de la reaccin corresponde a la energa necesaria para que
la reaccin se efecte con menos energa de los reactivos. Cuanto ms baja fuese la
energa de activacin de una reaccin, ms elevada ser la velocidad de la misma.
Una reaccin se llama exotrmica cuando provee para el medio una energa ms
alta que la necesaria para alcanzar el complejo activado.
Cuando una reaccin es endotrmica, ella provee para el medio una energa ms
baja que la necesaria para alcanzar el complejo activado.

Catalizadores son sustancias que disminuyen la energa de activacin para una


dada reaccin, sin alterar el H de la misma. Los catalizadores no se alteran
durante las reacciones.
En la autocatlisis, uno de los productos de la reaccin acta como catalizador, al
inicio de la reaccin es lenta con la formacin de este la velocidad va aumentando
gradualmente.
En la catlisis homognea, catalizador y reactivos se encuentran en la misma fase.
En la catlisis heterogenea, catalizador y reactivos se encuentran en fases
diferentes.
Las enzimas son catalizadores que actan en reacciones biolgicas y generalmente
son bastante especficas y presentan temperatura ptima de actuacin en el
entorno de los 37.

Bibliografia:

Ciclo de Krebs:
o http://www.bioquimica.dogsleep.net/Teoria/archivos/Unidad62.pdf
o https://alumnosmedicinaunahvs.files.wordpress.com/2012/03/113_ciclo-dekrebs.pdf
o http://www.fagro.edu.uy/~bioquimica/docencia/material%20nivelacion/CICLO
%20DE%20KREBS.pdf
Fosforilacion oxidativa:
o http://ocw.unican.es/ciencias-de-la-salud/fisiologia-general/materiales-de-clase1/tema-1.-introduccion-al-estudio-de-la-fisiologia/Tema%204C-Bloque%20IFosforilacion%20Oxidativa.pdf
o http://www.ffis.es/volviendoalobasico/4fosforilacion_oxidativa.html
Biosintesis de protenas y acidos nucleicos:
o http://www.fagro.edu.uy/~bioquimica/docencia/material%20nivelacion/8aACIDOS
%20NUCLEICOS%202010.pdf
o http://ocw.unican.es/ciencias-de-la-salud/bioqumica/material-de-clase1/Tema14_traduccion.pdf
o http://portalacademico.cch.unam.mx/materiales/prof/matdidac/sitpro/exp/bio/bio1
/GuiaBioI/ANEXO_6SINTESIS.pdf
o http://www.iqb.es/cbasicas/fisio/cap04/cap4_3.htm
Degradacion de protenas y compuestos nitrogenados:
o http://www.alimentacionynutricion.org/es/index.php?mod=content_detail&id=78
Sistemas abiertos y cerrados:
o http://acer.forestales.upm.es/basicas/udfisica/asignaturas/fisica/termo1p/sistema.
html
Leyes de la termodinmica:
o http://www.ib.edu.ar/becaib/cd-ib/trabajos/Gobbi.pdf
o http://www.jfinternational.com/mf/termodinamica.html
o http://www.jfinternational.com/mf/tercera-ley-termodinamica.html
Entropia y entalpia:
o http://www.quimitube.com/videos/termodinamica-teoria-7-concepto-entalpiatransferencia-calor-presion-constante
o http://www.monografias.com/trabajos/termoyentropia/termoyentropia.shtml
Energia libre de Gibbs y de energa libre estndar:
o http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/hbasees/chemical/gibbspon.html
Conceptos de energa de activacin:
o http://quimica.laguia2000.com/conceptos-basicos/energia-de-activacion