PROPAGACIN:

Reconstruccin
filogentica espacial de la dinmica
evolutiva
Autores
Filip Bielejec ( filip.bielejec@rega.kuleuven.be )
Philippe Lemey ( philippe.lemey@rega.kuleuven.be )
Andrew Rambaut ( a.rambaut@ed.ac.uk )
Marc Suchard ( msuchard@ucla.edu )

Contacto
Filip Bielejec ( filip.bielejec@rega.kuleuven.be )

Descargar
Compilado,
programa
ejecutable
se
puede
descargar
desde:http://www.phylogeography.org/SPREAD.html

Obtener
el
cdigo
fuente
en
GitHub: https://github.com/phylogeography/SPREAD. Puede descargar este proyecto en
formatos ya sea zip o alquitrn. Tambin puede clonar el proyecto con Git por correr :
$ Git clone git: //github.com/phylogeography/SPREAD

En este suplemento se da una descripcin detallada de las funcionalidades del

programa, describimos algunos anlisis posible y dar pautas generales sobre la ejecucin
de PROPAGACIN. Se presenta un ejemplo para cada uno de los anlisis posible. Los
archivos de ejemplo utilizados en las visualizaciones se puede acceder
desde http://www.phylogeography.org/SPREAD.html (Haga clic derecho y ' guardardestino
como ").

Tabla de Contenidos
Seccin 1: Recomendado plataforma, hardware y software para PROPAGACIN
Seccin 2: Visualizacin de la ubicacin anotada MCC rbol
Subseccin: Cargando los datos
Subseccin: Configuracin de los atributos de visualizacin
Subseccin: Generacin de las visualizaciones

Seccin 3: Identificacin de los tipos bien apoyado utilizando Bayes factores de prueba
Subseccin: Cargando los datos
Subseccin: Configuracin de los atributos de visualizacin
Subseccin: Generacin de las visualizaciones
Seccin 4: Visualizar un rbol continuo MCC
Subseccin: Cargando los datos
Subseccin: Configuracin de los atributos de visualizacin
Subseccin: Generacin de las visualizaciones
Seccin 5: Resumiendo distribucin posterior completa
Subseccin: Cargando los datos
Subseccin: Configuracin de los atributos de visualizacin
Subseccin: Generacin de las visualizaciones
Seccin 6: Consejos y trucos

1 plataforma
hardware
y
PROPAGACIN

recomendada,
software
para

Anuncios por Med i awat c h V 1 home590Ad O p t i o n s

Spread se ejecutar en una variedad de plataformas, siempre y cuando un adecuadoest

presente. Recomendada JRE incluye OpenJDK y Sun JRE, sin embargo aplicacin
tambin se pueden ejecutar en otros entornos de ejecucin. Spread ha sido probado en
sistemas operativos bien establecidos saber Debian GNU / Linux, X, Windows XP, as
como los esotricos como Nokia Linux Maemo 5 y Linux MeeGo. Para la mayora de las
plantillas siguiente hardware es suficiente:

CPU: Intel CPU de 600 MHz o superior

Memoria principal: 1 GB o superior

Runtime Environment: Sun Java Runtime Environment o OpenJDK

El anlisis Tiempo Slicer es ms recursos hambre y por lo tanto le recomendamos

ejecutarlo con los siguientes equipos :

CPU: Intel Core 2 Duo 2.0 Ghz o superior

Memoria principal: 3 GB o superior

Runtime Environment: Sun Java Runtime Environment o OpenJDK

2 Visualizacin de
anotada MCC rbol

la

ubicacin

Este tutorial asume que el usuario ha generado la mxima credibilidad Clade (MCC) rbol
de ubicacin anotada. Buen tutorial sobre hacer esto se puede encontrar en la seccin
Resumen rbol de bestias tutorial wiki ( http://beast.bio.ed.ac.uk/Tree_summary).
El ejemplo del rbol de archivos y la ubicacin coordenadas archivo para este
anlisis
se
puede
encontrar
aquhttp://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/SPREAD_files/H5N1_HA_discrete_M
CC.trey
aqu http://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/
SPREAD_files
/
locationCoordinates_H5N1.txt . Este ejemplo considera la gripe A H5N1 difusin entre 7
lugares discretos. Vamos a visualizar estos datos utilizando propia Spread mapa y el
software mundo virtual.

Cargando los datos

Haga clic en la ficha Modelo Discreto, luego en el botn Cargar archivo de rbol y vaya a
la ubicacin de su archivo de rbol de MCC para cargarlo.

Figura archivo rbol MCC 1 Cargando.

El PROPAGACIN ahora establecer el directorio de trabajo a la que contiene su

archivo. Esto significa que la produccin KML generado por PROPAGACIN se guardar
en este directorio.
Anuncios b y Medi una W un tc h V1H o me 5 90A d O p ti o n s

Figura 2 Mensaje en la Terminal.

Para ver el rbol de MCC en ella del contexto geogrfico, tenemos que asociar cada
lugar con una latitud y longitud particular. Para este propsito, puede utilizar el editor

suministrado con PROPAGACIN y generar el archivo de entrada o cargar el archivo

delimitado por tabuladores previamente preparada incluyendo cada lugar, su latitud y
longitud. Para el ejemplo H5N1, el archivo debe tener este aspecto:
Fujian 25.917 118.283
113.483 22,87 Guangdong
Guangxi 23.6417 108.1
Hebei 39.3583 116.6417
Henan 33.875 113,5
22,3 HongKong 114.167
Hunan 27.383 111.517

Figura 3 Ubicacin coordina editor.

Un d s b y Med i aWatchV 1 casa 5 9 0A d O p t i en s

Ve a la pestaa Discrete del modelo y haga clic en el botn Configuracin de

ubicacin coordina. Usted debe ver la lista de ubicaciones discretas analizados desde su
rbol. Haga clic en los campos correspondientes y llenarlos con coordenadas de latitud y
longitud. Despus de que termine de editar el archivo de guardarlo y cargarlo haciendo
clic en el botn Hecho. Alternativamente, puede utilizar el botn Cargar y navegue hasta
el archivo para cargarlo Su ubicacin previamente preparado coordina.
En cualquiera de los casos cuando se hace clic en el botn Hecho en la ficha
Terminal Usted debe mostrar el nmero de lugares discretos han sido ledos por
PROPAGACIN, con sus nombres y coordenadas de latitud y longitud
correspondientes. Si usted se olvid de guardar el archivo editado todava Usted puede
copiar y pegar esta salida.

Figura 4 Terminal de salida.

Configuracin de los atributos de visualizacin

Ahora que se ha cargado sus datos, usted puede comenzar a configurar los atributos.

Lo ms reciente fecha de muestreo (MRSD) se especifica en el formato AAAAMM-DD. Si Usted sabe slo el ao fijado para el ltimo da del ao anterior.Utilice
la ruleta para operar campos ao, mes y da. Tambin puede elegir si la fecha es
en nuestra poca (AD), o no (BC).

Nombre del atributo State es el nombre de los nodos del rbol atribuyen lugares
discretos. Los nombres comunes incluyen el estado o estados . Especificar en
consecuencia, de lo contrario SPREAD sera incapaz de analizar los datos
correctamente. En caso de duda siempre se puede abrir su rbol en un editor de
texto y comprobar si el nombre del atributo. Anlisis de H5N1 utiliza el nombre
predeterminado.

Ramas asignacin de colores le permite configurar los colores mnimos y

mximos de las lneas trazadas. SPREAD asignar los valores heigth nodo del
rbol de MCC a los colores en entre el mximo y el lmite especificado
mnimo.Ajuste ambas asignaciones para el mismo color si usted quiere ninguna
asignacin asignada.

Ajuste el tamao de las lneas que utilizan las Ramas ancho slider.

Crculos asignacin de colores le permite configurar los colores mnimos y

mximos de los polgonos trazados circulares. Esos polgonos tendrn sus colores
asignan en consecuencia para el nmero de linajes que sujetan el estado discreto
en el tiempo dado (intervalo). Usted puede elegir el principio y los valores finales
de esas asignaciones de color, especificando los valores RGB, HSB opacidad y
brillo.

El radio de polgonos circulares representa el nmero de linajes que sujetan el

estado discreto en un momento dado. El valor por defecto de 100 veces la raz
cuadrada del nmero de linajes se puede multiplicar por una constante elegida
usando crculos RADIUS multiplicador .

Nmero de intervalos especifica en cuntos intervalos de la escala de tiempo

rbol MCC (tiempo desde la raz del rbol hasta la fecha de muestreo ms
reciente) ser cortado en. 100 intervalos es un buen valor por defecto para la
mayora de aplicaciones.

Mapeo mxima altitud se refiere a la salida KML. PROPAGACIN asignar las

distancias geogrficas entre lugares discretos a la altura de las lneas que los
unen, dando a altitudes ms altas a los lejanos y altitudes inferiores a los que

mienten cerca uno del otro. El cambio de este atributo ser modificar el lmite
superior de la cartografa. Si lo ajusta a 0 todas las lneas sern plana.

Nombre KML campo le permite especificar el nombre del archivo de salida.

Figura 5 Color selector.

La generacin de las visualizaciones

Un ds b y M ediaW un tchV1home590A d O pcin s

Una vez que ests satisfecho con los atributos especificados haga clic en el botn
Generar KML para generar una salida para su visualizacin en el software mundo
virtual. Si todo ha ido bien Usted debe ver un mensaje en la pestaa Terminal indica
cunto tiempo le tom a PROPAGACIN para generar el archivo. Si algo sali mal
Spread tambin mostrar una advertencia o un mensaje de error ah.

Figura 6 Mensaje en la Terminal.

La
visualizacin
se
puede
abrir
para
ver
en
Google
Earth
(www.google.com/earth/ ). Una vez abierto en GE visualizacin tendr un cursor que
indica el componente de tiempo del rbol. Al hacer clic en el botn de reproduccin se
inicia una animacin del tiempo throught difusin viral.
Haga clic en el botn de mapa en el men Plot PROPAGACIN para ver la
visualizacin en el mapa PROPAGACIN interior.

Figura 7 Captura de pantalla de la salida PROPAGACIN.

3 Identificar los tipos bien apoyado

utilizando Bayes Factores prueba
Un d s b y MediaWatc h V1ho m e5 9 0Ad O p t i o ns

Este tutorial asume que el usuario ha generado un archivo de registro BESTIA con
indicadores de tasas como se describe en bayesiano http://beast.bio.ed.ac.uk/BSSVS .La
prueba tiene como objetivo identificar las tasas invocado con frecuencia para explicar el
proceso de difusin y visualizarlas en el software mundo virtual o utilizando SEPARE
propio mapa.
El archivo de registro utilizado en este ejemplo se puede acceder desde
aquhttp://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/SPREAD_files/H5N1_HA_discrete_ra
teMatrix.log, archivo puede ser accesado y descargar desde aqu las coordenadas de
ubicacin//www.kuleuven: http .be / aidslab / filogeografa / SPREAD_files /
locationCoordinates_H5N1.txt .

Cargando los datos

Ve a la pestaa Indicador Tasa BF y cargar su registro con el botn adecuado y un
selector suministrado, para navegar hasta el directorio que contiene el archivo de registro.

Figura 8 Carga del archivo de registro.

Para analizar los resultados en el archivo de registro que necesitaremos un archivo

delimitado lengeta con nombres de ubicacin y sus coordenadas de latitud y
longitud. Por ejemplo el anlisis de H5N1 este archivo debe ser similar a esto:
Fujian 25.917 118.283
113.483 22,87 Guangdong
Guangxi 23.6417 108.1
Hebei 39.3583 116.6417
Henan 33.875 113,5
22,3 HongKong 114.167
Hunan 27.383 111.517

Puede utilizar el editor de coordenadas de ubicacin para prepararlo, o cargar un archivo

guardado previamente. En cualquiera de los casos cuando se hace clic en el botn Hecho
en la ficha Terminal Usted debe mostrar el nmero de lugares discretos han sido ledos
por PROPAGACIN, con sus nombres y coordenadas de latitud y longitud
correspondientes. Si usted se olvid de guardar el archivo editado todava Usted puede
copiar y pegar esta salida.

Figura 9 salida de la terminal.

Configuracin de los atributos de visualizacin

Ahora que se ha cargado sus datos, usted puede comenzar a configurar los atributos.

Utilice Especifique burn-in control deslizante para establecer el nmero de

valores samped iniciales deben ser descartados del anlisis. El valor por defecto
de 10% debera ser suficiente para la mayora de los anlisis.

Poisson media antes / desplazamiento especifica la media de la (truncado)

Poisson anterior (el valor predeterminado es log (2) salvo que se especifique lo
contrario) y el desplazamiento de la (truncado) Poisson anterior (el valor
predeterminado es el nmero de posiciones - 1 salvo que se especifique de lo
contrario).

Factor de Bayes corte especifica los valores del factor de Bayes anterior que
consideramos las tasas que est bien soportado (slo aquellas tarifas sern
visualizados). Para el anlisis de H5N1 por defecto de corte de 3,0 es suficiente.

Asignacin de colores tarifas le permite configurar los colores mnimos y

mximos de las lneas trazadas. PROPAGACIN asignar el registro de Bayes
factores valores a los colores entre el mximo especificado y lmite mnimo.

Ajuste el tamao de las lneas utilizando el ancho de Precios deslizador.

Nmero de intervalos es un atributo puramente tcnico y especifica cuntos

segmentos de lnea Sus lneas de tasas consistirn, el establecimiento de este
nmero demasiado pequeo puede dar lugar a lneas en busca de crudo. Le
sugerimos que deje el valor predeterminado de 100.

Mapeo mxima altitud se refiere a la salida KML. PROPAGACIN asignar las

distancias geogrficas entre lugares discretos a la altura de las lneas que los
unen, dando a altitudes ms altas a los lejanos y altitudes inferiores a los que
mienten cerca uno del otro. El cambio de este atributo ser modificar el lmite
superior de la cartografa. Si lo ajusta a 0 todas las lneas sern plana.

Nombre KML campo le permite especificar el nombre del archivo de salida.

La generacin de las visualizaciones

Una vez que ests satisfecho con los atributos de trazado especificados, haga clic en el
botn Generar KML. Spread ahora la salida del archivo kml en su directorio de trabajo
actual, puede ver este archivo usando Google Earth o cualquier otro software capaz de
leer el formato. Tambin puede ver la visualizacin utilizando Spreads propio mapa
haciendo clic en el botn Plot.

Figura 10 visualizaciones generadas.

Tanto archivo de salida kml conspirar y generar debera resultar en una lista con las
tarifas que producen un factor de Bayes encima del lmite especificado que se impriman

en la pestaa terminal. Copia y pega este producto para su uso posterior. Las tarifas son
por defecto ordenados en orden ascendente.

Figura 11 Salida pestaa Terminal.

4 Visualizar un rbol continuo MCC

Este tutorial asume que el usuario ha creado un anlisis filogeogrfica BESTIA en el
espacio continuo y generado una credibilidad Clade (MCC) rbol de mxima utilizando
TreeAnnotator. Buen tutorial sobre medidas neccessary se puede encontrar
enhttp://beast.bio.ed.ac.uk/Continuous_phylogeographic_analysis .
Esta visualizacin tiene como objetivo proyectar el rbol de MCC en la grilla de
coordenadas geogrficas, con polgonos representating la incertidumbre en coordenadas
de ubicacin y considera la difusin de la rabia mapache en el noreste de Estados Unidos.
El archivo de ejemplo rbol utilizado en el anlisis presentado se puede acceder
desde
aquhttp://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/SPREAD_files/RacRABV_cont_0.8_
MCC_snyder.tre.

Cargando los datos

Haga clic en la ficha modelo continuo y cargar su rbol de MCC en PROPAGACIN. Si
ahora abre el PROPAGACIN pestaa Terminal mostrar el mensaje con la ruta a su
archivo, lo que indica que se ha fijado el directorio de trabajo a la que su archivo est en
(salida generada ser putt all).

Figura archivo rbol de 12 Cargando.

Configuracin de los atributos de visualizacin

Lo ms reciente fecha de muestreo (MRSD) se especifica en el formato AAAAMM-DD. Si Usted sabe slo el ao fijado para el ltimo da del ao anterior.Utilice

la ruleta para operar campos ao, mes y da. Tambin puede elegir si la fecha es
en nuestra poca (AD), o no (BC).

Coordinar nombre de atributo es el nombre de los nodos del rbol de

coordenadas atributo. Nombres comunes incluyen ubicacin o rasgo . Especificar
en consecuencia, de lo contrario SPREAD sera incapaz de analizar los datos
correctamente. En caso de duda siempre se puede abrir su rbol en un editor de
texto y comprobar si el nombre del atributo. Racoon rbol de la rabia
utilizaubicacin como el nombre del atributo.

Ramas asignacin de colores le permite configurar los valores mnimos y

mximos de color de las lneas trazadas. SPREAD asignar los valores heigth
nodo del rbol de MCC a los colores en entre el mximo y el lmite mnimo
especificado lo que resulta en el gradiente de color continuo para esos valores.

Ajuste el tamao de ramales utilizando las Ramas ancho slider.

Mapeo mxima altitud se refiere a la salida KML. PROPAGACIN asignar las

distancias geogrficas entre lugares discretos a la altura de las lneas que los
unen, dando a altitudes ms altas a los lejanos y altitudes inferiores a los que
mienten cerca uno del otro. El cambio de este atributo ser modificar el lmite
superior de la cartografa. Si lo ajusta a 0 todas las lneas sern plana.

Asignacin de colores Polgonos le permite configurar los colores mnimos y

mximos de los polgonos trazados. Esos polgonos tendrn sus colores asignan
en consecuencia para el tiempo relativo de la dispersin pattern.You puede elegir
el principio y el final de esos valores asignaciones de color, mediante la
especificacin de RGB, valores de opacidad y brillo HSB.

Nmero de intervalos especifica en cuntos intervalos de la escala de tiempo

(tiempo desde la raz del rbol hasta la fecha de muestreo ms reciente) debe ser
cortado en. 100 intervalos es un buen valor por defecto para la mayora de
visualizaciones.

Nombre KML campo le permite especificar el nombre del archivo de salida.

La generacin de las visualizaciones

Una vez que ests satisfecho con los atributos especificados haga clic en el botn
Generar KML para generar una salida para su visualizacin en el software mundo
virtual. Si todo ha ido bien Usted debe ver un mensaje en la pestaa Terminal indica

cunto tiempo le tom a PROPAGACIN para generar el archivo. La salida generada

ahora puede abrirse para su visualizacin en Google Earth ( www.google.com/earth/ ).Una
vez abierto en GE visualizacin tendr un cursor que indica el componente de tiempo del
rbol. Al hacer clic en el botn de reproduccin se inicia una animacin de la difusin viral
a travs del tiempo. Haga clic en el botn de mapa en el men Plot PROPAGACIN para
ver la visualizacin en el mapa PROPAGACIN interior.

Figura 13 Captura de pantalla de la salida PROPAGACIN.

5 Resumiendo
posterior completa

distribucin

Este tutorial asume que el usuario ha creado un anlisis filogeogrfica BESTIA en el

espacio continuo y genera un archivo de rboles y un archivo rbol MCC usando
TreeAnnotator. Buen tutorial sobre medidas neccessary se puede encontrar en
(http://beast.bio.ed.ac.uk/Continuous_phylogeographic_analysis ).
Este anlisis permite resumir y visualizar posterior distribucin completa de los
rboles obtenidos en el anlisis filogeogrfica continua. Para lograr este PROPAGACIN
crea una lnea de tiempo de acuerdo a la longitud del rbol de MCC, rebanadas a travs
de cada filogenia en unos puntos determinados en el tiempo, imputa los lugares
descendientes no observados para esos momentos de la hora y los contoures mediante la
creacin de polgonos, una representacin natural de la incertidumbre en estos
inferencias. En esta plantilla tambin visualizar el rbol de MCC que dio lugar a los
intervalos de tiempo mediante la elaboracin de sus ramas.
Desde la versin 1.0.2 Propagacin usuario puede optar por suministrar alturas
rebanada personalizado en lugar de definir de forma automtica de acuerdo con el rbol
de MCC. Esto se puede hacer por la eleccin de tipo de anlisis correspondiente y luego
de cargar archivo de texto con las alturas rebanada personalizados, que se define en una
sola columna y en orden ascendente (consejos a la raz de la filogenia).

Figura 14 Seleccin de tipo de anlisis.

Vamos a utilizar los mismos datos de la rabia mapache como en la visualizacin del
rbol continuo. Los archivos de rboles utilizados en este anlisis se pueden descargar
desdehttp://www.kuleuven.be/aidslab/phylogeography/SPREAD_files/RacRABV_cont_0.8
_MCC_snyder.tre, los rboles de archivos de aqu http://www.kuleuven.be/aidslab/
filogeografa / SPREAD_files / RacRABV_cont.trees .
Tenga en cuenta que este anlisis es mucho ms recursos hambre y Es posible que
desee aumentar el lmite de memoria de espacio de almacenamiento dinmico para su
mquina virtual de Java. Esto se puede hacer partiendo extendido desde la lnea de
comandos con el siguiente comando:
java -jar -Xmx2024m spread.jar

Cargando los datos

En primer lugar usted necesita para cargar el rbol de MCC que da origen a los intervalos
de tiempo. Haga esto con el botn archivo rbol de carga. Siguiente importacin de
archivos de los rboles utilizando rboles de carga botn Archivo. Una vez que usted haya
terminado comenzar a configurar los atributos adecuados.

Configuracin de los atributos de visualizacin

Ahora que se ha cargado sus datos, usted puede comenzar a configurar los atributos de
trazado. Plantilla Tiempo Slicer permite las siguientes opciones para especificar:

Lo ms reciente fecha de muestreo (MRSD) se especi fi en formato AAAA-MMDD. Utilice la ruleta para operar campos ao, mes y da. Tambin puede elegir si la
fecha es en nuestra poca (AD), o no (BC).

Coordinar nombre de atributo es el nombre de los nodos del rbol de

coordenadas atributo. Especifique correctamente, de lo contrario PROPAGACIN
sera incapaz de analizar los datos correctamente, lo que resulta en un mensaje de
error.

Ramas asignacin de colores le permite configurar los valores mnimos y

mximos de color de las lneas trazadas. SPREAD asignar los valores heigth
nodo del rbol de MCC a los colores en entre el mximo y el lmite mnimo
especificado lo que resulta en el gradiente de color continuo para esos valores.

Ramas anchura control deslizante permite ajustar el tamao de las lneas de

ramificacin.

Mapeo mxima altitud se refiere a la salida KML. PROPAGACIN asignar las

distancias geogrficas entre lugares discretos a la altura de las lneas que los
unen, dando a altitudes ms altas a los lejanos y altitudes inferiores a los que
mienten cerca uno del otro. El cambio de este atributo ser modificar el lmite
superior de la cartografa. Si lo ajusta a 0 todas las lneas sern plana.

Asignacin de colores Polgonos le permite configurar los colores mnimos y

mximos de los polgonos trazados. Esos polgonos tendrn sus colores asignan
en consecuencia para el tiempo relativo de la dispersin pattern.You puede elegir
el principio y el final de esos valores asignaciones de color, mediante la
especificacin de RGB, valores de opacidad y brillo HSB.

Usted puede optar por imputar los lugares ancestrales no observados para cada
rebanada en un punto particular de tiempo marcando la Imputar campo y utilizar
cierto ruido de campo si desea interpolar entre los lugares ya imputados. A
continuacin, tiene que especificar el apropiado nombre de atributo
Rate yprecisin atributo de nombre , utilizando los campos de texto.

Especifique burn-in es el campo en el que dejaste la propagacin sabe cuntos

rboles iniciales deben ser descartada del anlisis.

Utilice ms alta densidad posterior (HPD campo) para especificar el nivel de la

estimacin de la densidad del ncleo. Los valores comunes son 0,8, 0,95 y 0,99.

Nmero de intervalos especifica en cuntos intervalos de la escala de tiempo

(tiempo desde la raz del rbol hasta la fecha de muestreo ms reciente) debe ser
cortado en. 100 intervalos es un buen valor por defecto para la mayora de
visualizaciones.

El tamao de cuadrcula control deslizante le permite ajustar el nmero de

puntos utilizados en el contorno. En general cuanto mayor sea el valor, ms
suaves los polgonos generados sern, sin embargo, la visualizacin tambin se
vuelve ms computacionalmente intensivas.

Nombre KML campo le permite especificar el nombre del archivo de salida.

La generacin de las visualizaciones

Cuando est satisfecho con los atributos especificados, haga clic en el botn Generar
KML para exportar los resultados a Keyhole Markup Language o el botn Plot para
visualizarlos en un mapa. Dependiendo del tamao de sus rboles presentar el anlisis
podra tomar algn tiempo. Puede observar el progreso de su anlisis en la pestaa
Terminal.
Una vez propagacin se realiza Puede abrir el archivo kml resultante en el software
mundo virtual y animar la difusin espacial en el tiempo.

Figura 15 salida generada.

6 Consejos y trucos

Para algunos usuarios de Mac Spread niega a generar una salida KML del Bayes factores
de prueba, a pesar de que afirma haber hecho en la salida de la terminal. Este problema
se puede solucionar a partir Spread con ms availliable memoria. Para hacerlo as que
empieza Corre desde la lnea de comandos con los siguientes argumentos:
java -jar -Xmx2024m spread.jar

Documento generado por eLyXer 1.2.2 (2011-06-12) en 2012-02-01T13: 18: 46.228409