Beruflich Dokumente
Kultur Dokumente
Computacional
Introduccin
a
la
Qumica
Computacional
y
Familiarizacin
con
el
Entorno
de
Trabajo
ndice
1. Qumica
Computacional
1. La
ciencia
2. La
asignatura
2. El
entorno
de
trabajo
3. Energa
Potencial
Molecular
1. Geometra
Molecular
2. El
input
del
programa
Gaussian
3. El
output
del
programa
Gaussian
4. Construccin
grca
de
estructuras
moleculares
1.
Qumica
Computacional
1.1.
La
Ciencia
La
Qumica
Computacional
(QC)
es
una
rama
de
la
Qumica
caracterizada
no
por
el
objeto
de
estudio
si
no
por
las
herramientas
uLlizadas.
La
Qumica
Computacional
estudia
los
problemas
qumicos
a
nivel
microscpico
(atmico-
molecular)
uLlizando
las
ecuaciones
proporcionadas
por
la
Mecnica
Cun+ca
(que
permite
caracterizar
la
estructura
electrnica
de
tomos
y
molculas)
y
la
Mecnica
Estads+ca
(que
permite
obtener
propiedades
macroscpicas
a
parLr
de
los
consLtuyentes
microscpicos)
La
Qumica
Terica
se
preocupa
de
la
descripcin
matemLca
de
la
Qumica.
La
Qumica
Computacional
se
reere
a
su
implementacin
computacional
para
la
resolucin
de
las
ecuaciones
correspondientes.
La
complejidad
de
resolucin
de
las
ecuaciones
propuestas
obliga
a
abordar
el
estudio
mediante
la
introduccin
de
aproximaciones
y
el
empleo
de
ordenadores.
1.
Qumica
Computacional
La
Qumica
Cun+ca
proporciona
una
descripcin
precisa
del
comportamiento
de
los
electrones
y
por
tanto
de
la
estructura
de
tomos
y
molculas.
Sin
embargo,
las
ecuaciones
resultantes
slo
han
podido
resolverse
exactamente
para
el
tomo
de
hidrgeno.
Su
aplicacin
a
otros
problemas
qumicos
se
realiza
en
base
a
dos
estrategias:
El
uso
de
aproximaciones:
muy
pocos
problemas
qumicos
pueden
ser
resueltos
exactamente.
Pero
eso
no
signica
que
una
solucin
aproximada
no
pueda
ser
Ll:
- A
veces
una
solucin
aproximada
puede
ser
ms
precisa
que
el
mejor
de
los
experimentos
- Frecuentemente
slo
se
requiere
un
cierto
grado
de
precisin
en
la
solucin.
Por
ejemplo,
para
las
energa
se
suele
aceptar
que
la
precisin
necesaria
para
aplicaciones
qumicas
es
del
orden
de
1
kcalmol-1
- Una
solucin
aproximada
o
cualitaLva
puede
a
veces
proporcionar
una
comprensin
del
problema
ms
profunda
de
la
que
se
puede
obtener
mediante
un
experimento.
Por
ejemplo,
un
clculo
de
una
energa
de
disociacin
aproximado
puede
permiLr
conocer
ms
sobre
el
enlace
estudiado
que
un
experimento
que
mida
la
energa
de
disociacin
con
precisin
1.
Qumica
Computacional
El
uso
de
modelos:
un
modelo
es
una
representacin
simplicada
del
sistema
real
que
es
resoluble.
Por
ejemplo,
podemos
estudiar
una
molcula
diatmica
modelizndola
como
dos
masas
unidas
por
un
muelle
armnico
El
modelo
puede
ser
realista
si
se
uLliza
por
ejemplo
la
Mecnica
CunLca
para
encontrar
el
valor
de
la
constante
de
fuerza
del
muelle,
de
forma
que
represente
lo
ms
elmente
posible
el
sistema
real.
Esta
es
la
base
de
la
representacin
de
molculas
mediante
Mecnica
Molecular,
que
estudiaremos
en
este
curso
1.
Qumica
Computacional
As
pues,
disponemos
de
teoras,
aproximaciones
y
modelos
para
resolver
problemas
qumicos.
Estos
elementos
pueden
no
ser
exactos,
pero
es
importante
conocer
el
grado
de
aplicabilidad
de
cada
teora,
aproximacin
o
modelo
al
problema
bajo
estudio.
No
conocer
la
solucin
exacta
no
implica
que
la
Qumica
Computacional
no
pueda
ofrecer
un
conocimiento
vlido
sobre
el
problema
bajo
anlisis.
En
general,
existen
dos
formas
de
emplear
la
Qumica
Computacional:
De
forma
interpretaLva:
reproduciendo
un
experimento
y
obteniendo
un
conocimiento
detallado
que
permita
explicar
los
resultados
observados
y
a
parLr
de
ah
poder
elaborar
una
hiptesis
de
trabajo
De
forma
predicLva:
estudiando
modicaciones
de
la
composicin
que
permitan
obtener
las
propiedades
deseadas
1.
Qumica
Computacional
1.2.
La
asignatura
La
asignatura
de
Qumica
Computacional
es
una
asignatura
optaLva
de
4,5
crditos
El
enfoque
de
la
asignatura
es
eminentemente
prcLco,
intentando
mostrar
el
uso
de
las
herramientas
de
la
Qumica
Computacional,
para
la
resolucin
de
problemas.
La
asignatura
se
estructura
en
dos
Lpos
de
acLvidades:
Sesiones
prcLcas
(10
sesiones
x
3
h
=30
h)
Seminarios
tericos
(10
sesiones
x
1,5
h
=15
h)
La
sesiones
prcLcas
se
realizan
frente
al
ordenador
y
estn
enfocadas
al
aprendizaje
de
los
mtodos
y
programas
necesarios
para
resolver
problemas
qumicos
a
nivel
atmico-
molecular.
Las
sesiones
se
iniciarn
con
una
introduccin
terica
por
parte
del
profesor
para
situar
las
nociones
que
van
a
trabajarse
en
dicha
sesin
dentro
de
un
marco
ms
general.
La
mayor
parte
del
Lempo
de
la
sesin
se
dedicar
al
trabajo
prcLco
del
alumno.
En
los
seminarios
tericos
se
presentarn
con
mayor
detalle
y
rigor
los
elementos
tericos
que
se
uLlizan
en
las
sesiones
prcLcas,
haciendo
especial
hincapi
en
el
mtodo
de
Hartree-Fock,
base
terica
necesaria
para
entender
el
resto
de
mtodos
de
solucin
de
la
estructura
electrnica
1.
Qumica
Computacional
Sesiones
09-sep
Aula MAC
17:30-19:00
Sesin 1
16-sep
Aula MAC
17:30-19:00
Sesin 1'
23-sep
17:30-19:00
Aula
E2
Seminario
1
30-sep
17:30-19:00
TEMA
Familiarizacin
con
el
entorno
PROFESOR
Nacho
1.5
Nacho
1.5
HF (I)
Nacho
1.5
Aula
E2
Seminario
2
HF (II)
Nacho
1.5
07-oct
15.00-16.30
16.30-19.30
Aulas
E2/MAC
Seminario
3
Sesin
2
HF
(III)
Energa
Estr.
Elec.
Nacho
Nacho
1.5
3
14-oct
15.00-16.30
16.30-19.30
Aulas
E2/MAC
Seminario
4
Sesin
3
HF
(IV)
Opt.
Estr.
Mol.
(I)
Nacho
Iaki
1.5
3
21-oct
15.00-16.30
16.30-19.30
Aulas
E2/MAC
Seminario
5
Sesin
4
DFT
Opt.
Estr.
Mol.
(II)
Nacho
Iaki
1.5
3
28-oct
15.00-16.30
16.30-19.30
Aulas
E2/MAC
Seminario
6
Sesin
5
Inter.
Intermol.
React.
Quim.
Iaki
Iaki
1.5
3
1.
Qumica
Computacional
Sesiones
04-nov
15.00-16.30
16.30-19.30
Aulas
E2/MAC
Seminario
7
Sesin
6
Post
HF
(I)
Clc.
Espec.
Nacho
Nacho
11-nov
15.00-16.30
16.30-19.30
Aulas
E2/MAC
Seminario
8
Sesin
7
MM
Efec.
Disolv.
Iaki
Iaki
18-nov
15.00-16.30
16.30-19.30
Aulas
E2/MAC
Seminario
9
Sesin
8
MD
MD
Iaki
Iaki
25-nov
15.00-16.30
16.30-19.30
Aulas
E2/MAC
Seminario
10
Sesin
9
Post
HF
(II)
Aplicaciones
(I)
Nacho
Nacho
e
Iaki
Sem.2
dic
15.00-18.00
Aula
MAC
Sesin
10
Aplicaciones (II)
Nacho e Iaki
09-dic
15.00-18.00
Aula
MAC
ADICIONAL
1.
Qumica
Computacional
Evaluacin
1.
Qumica
Computacional
Evaluacin
Linux
VirtualBox
$
mkdir
sesion1
$
cd
sesion1
$
cp
../Ejemplos/h2oc.com
./h2oc.com
$
cp
../Ejemplos/h2oi.com
.
Accin
Mover
en
la
direccin
de
la
echa
Mover
hacia
la
izquierda
Mover
hacia
la
derecha
Mover
hacia
arriba
Mover
hacia
abajo
Lleva
el
cursor
hasta
el
comienzo
del
archivo
Lleva
el
cursor
hasta
el
nal
del
archivo
TN (RN ) =
2RI
I 2M I
2
Te (re ) =
r2i
i 2mi
ZI ZJ
VNN (RN ) =
I J>I RIJ
Vee (re ) =
I J>I Rij
ZI
VNe (RN , re ) =
I
i RIi
RIJ = RI RJ
Rij = ri rj
RIi = RI ri
V ( RN ) =E ele ( RN ) + VNN ( RN )
Donde
Vnn
es
la
energa
de
repulsin
internuclear
y
Eele
la
energa
electrnica:
Se
han
de
especicar
9
valores.
Sin
embargo
la
energa
potencial
slo
depende
de
3*3-6=3
variables.
La
posicin
del
centro
de
masas
y
la
orientacin
de
los
ejes
de
inercia
no
afectan
normalmente
a
la
energa.
Para
reducir
el
nmero
de
variables
podemos
especicar
las
coordenadas
internas:
distancias
de
enlace,
ngulos
de
enlace
y
ngulos
de
torsin
(matriz
z)
O
H
1
0.958
H
1
0.958
2
104.5
l
<0
k
j
i
Por
convenio
se
toma
como
posiLvo
el
ngulo
si
hay
que
girar
el
enlace
que
est
enfrente
del
plano
en
el
senLdo
de
las
agujas
de
reloj
y
negaLvo
si
se
gira
en
senLdo
contrario
3
1
= 60
= 120
= 180
= 0
h2ot
O
O
1
r1
H
1
r2
2
a2
H
2
r2
1
a2
3
z2
r1
1.48
r2
0.96
a2
104.5
z2
0.0
O
O
1
r1
H
1
r2
2
a2
H
2
r2
1
a2
3
z2
r1
1.48
r2
0.96
a2
104.5
z2
180.0
3
5
2
1
4
X
4
3
X
C
C
1
r1
X
1
1.0
2
90.
5
6
2
1
X
2
1.0
1
90.
3
0.
H
1
r2
3
90.
2
180.
H
2
r2
4
90.
1
180.
r1
1.20
La
posicin
de
los
dummy
no
afecta
a
la
energa.
Por
otro
lado,
si
r2
1.09
sabemos
que
la
molcula
es
lineal,
los
ngulos
entre
tomos
Lenen
que
ser
constantes
X2
8
14
10
X1
7
13
4
5
11
12
Bond
H--H
C--C
N--N
O--O
F--F
Cl-Cl
Br-Br
I--I
C--C
C--N
C--O
C--S
C--F
C--Cl
C--Br
C--I
Bond
lengths
in
Length
Bond
0.74
H--C
1.54
H--N
1.45
H--O
1.48
H--F
1.42
H--Cl
1.99
H--Br
2.28
H--I
2.67
1.54
C=C
1.47
CC
1.43
1.82
O--O
1.35
O=O
1.77
1.94
N--N
2.14
NN
Length
1.09
1.01
0.96
0.92
1.27
1.41
1.61
1.34
1.20
1.48
1.21
1.45
1.10
r1
1.43
r2
1.54
r3
0.96
r4
1.09
r5
1.09
r6
1.09
a2
109.5
a3
105.
a4
109.5
a5
109.5
a6
109.5
z3
180.
z4
60.
z5
180.
z6
60.
Indica
el
output
Standard
orientaLon:
---------------------------------------------------------------------
Center
Atomic
Atomic
Coordinates
(Angstroms)
Number
Number
Type
X
Y
Z
---------------------------------------------------------------------
1
8
0
-1.221023
-0.197515
0.000000
2
6
0
0.000000
0.546800
0.000000
3
6
0
1.194531
-0.425155
0.000000
4
1
0
-1.915832
0.464935
0.000000
5
1
0
0.043276
1.174846
0.889823
6
1
0
0.043276
1.174846
-0.889823
7
1
0
2.125241
0.142190
0.000000
8
1
0
1.152517
-1.053286
-0.889823
9
1
0
1.152517
-1.053286
0.889823
---------------------------------------------------------------------
RotaLonal
constants
(GHZ):
35.7263392
9.0866050
7.9737914