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Orientador:
Professora Doutora Amlia Maria Marques da Silva Rodrigues Sarmento Assuno
Porto, 2014
Resumo
O microbiota intestinal o conjunto dos microrganismos que existem no
intestino humano. O microbioma intestinal diz respeito ao genoma desses
microrganismos. Estes microrganismos estabelecem com o hospedeiro uma relao de
mutualismo, em que ambos contribuem e beneficiam.
O microbiota intestinal bastante diversificado e numeroso. Com o progresso de
tcnicas de gentica, o avano no estudo do microbioma foi conseguido, permitindo a
classificao
do
microbiota.
Estudos
de
metagenmica,
metatranscriptmica,
Abstract
The gut microbiota is composed by the microorganisms that exist in the human
intestine. The gut microbiome refers to the genome of these organisms. The gut
microorganisms live in mutualism with the host, both contributing to and benefiting of
each other.
The gut microbiota is quite diverse and numerous. With the progress of genetic
techniques, advances in the study of the microbiome has been achieved, allowing
classification
of
the
microbiota.
Metagenomic
studies,
metatranscriptomics,
ii
Agradecimentos
Agradeo Professora Doutora Amlia Assuno, minha orientadora, pela sua
ajuda, disponibilidade e ateno para a realizao desta dissertao.
Agradeo os meus amigos, que nunca me deixaram desamimar apoiando-me
sempre de forma incondicional e que desta forma, contriburam para a realizao desta
dissertao.
Agradeo de forma especial aos meus pais e ao meu irmo por me terem ajudado
atravs do seu afeto, amor e incentivo a concretizar o curso de Cincias Farmacuticas,
pois sem eles nada disto seria possvel.
iii
ndice
I. Introduo...................................................................................................................... 1
1.1. Objetivos ................................................................................................................ 2
1.2. Metodologia ........................................................................................................... 3
II. Microbiota Intestinal .................................................................................................... 4
2.1. Composio e diversidade do microbiota intestinal .............................................. 4
2.2. Desenvolvimento do microbiota intestinal ............................................................ 5
2.3. Mtodos de sequenciao e anlise para pesquisa do microbioma e microbiota
intestinal ........................................................................................................................ 7
2.4. Fatores que afetam a composio do microbiota intestinal ................................... 9
2.5. Impacto do microbiota na fisiologia do hospedeiro............................................. 11
2.6. Microbiota e sistema imunolgico intestinal ....................................................... 13
2.7. Microbiota e metabolismo ................................................................................... 16
III. Patologias associadas composio do microbiota intestinal .................................. 18
3.1. Obesidade e Resistncia Insulina ...................................................................... 18
3.2. Doenas cardiovasculares .................................................................................... 19
3.3. Diabetes tipo 1 ..................................................................................................... 20
3.4. Doena inflamatria intestinal ............................................................................. 21
3.5. Doenas neurolgicas .......................................................................................... 22
IV. Terapia medicamentosa para possvel tratamento de patologias associadas a
alterao do microbiota intestinal ................................................................................... 25
4.1. Probiticos ........................................................................................................... 25
4.2. Prebiticos ........................................................................................................... 27
4.3. Interveno na dieta ............................................................................................. 28
4.4. Transplante fecal .................................................................................................. 29
V. Perspetivas Futuras .................................................................................................... 30
VI. Concluso ................................................................................................................. 31
iv
ndice de figuras
Figura 1. Composio e concentraes de espcies microbianas dominantes em
diferentes regies do trato gastrointestinal5
Figura 2. Representao da alterao do microbiota intestinal ao longo do
tempo.....7
Figura 3. Representao de fatores ambientais que composio do microbiota
intestinal...11
Figura 4. Representao do desenvolvimento imunolgico induzido pelo microbiota
intestinal...14
Figura 5. Representao do metabolismo da colina....20
vi
Abreviaturas
AGCC cidos gordos de cadeia curta
BSF Bactrias segmentadas filamentosas
CD Clulas dendrticas
DC Doenas cardiovasculares
DII Doena inflamatria intestinal
DM1 Diabetes mellitus tipo 1
DNA cido desoxirribonucleico (do ingls: deoxyribonucleic acid)
FXR Farnesoid X receptor
GALT Tecidos linfides associados muscosa do intestino
GLP-1 Glucagon-Like peptide-1
GPCRs Recetores acoplados protena G (do ingls: G protein coupled receptor)
HMP Projeto Microbioma Humano (do ingls: Human Microbiome Project)
IL-10 Interleucina-10
IgA Imunoglobulina A
LPS Lipopolissacardeos
LTi-clulas Clulas indutoras do tecido linfide
MALT Tecidos linfides associados mucosa
MyD88 Myeloid differentiation primary response gene 8
NGS Next-Generation Sequencing
NK Clulas Natural Killer
vii
viii
I. Introduo
O interesse em estudar o microbioma humano, a sua diversidade e as interaes
humano microrganismo tem vindo a desenvolver-se nos ltimos anos, embora todo o
conhecimento que se possui nas diversas areas da cincia resultado de sculos de
questes, de observaes e de pesquisas (Fiocchi e Pereira de Sousa, 2012).
Antonie Van Leeuwenhoek foi quem primeiro estudou a diversidade do
microbiota humano, comparando o microbiota oral e fecal (Bakhtiar et al., 2013).
O microbiota humano, de uma forma simplificada, o conjunto de
microrganismos que habita no organismo humano. Existe uma relao de simbiose entre
o organismo humano e os microrganismos que a residem, tirando ambos benefcios
desta associao (Lozupone et al., 2012).
O organismo humano adulto sustenta, de forma saudvel, uma comunidade de
microrganismos incluindo bactrias, archaea, eucarya, vrus e seus elementos genticos
que constituem o microbiota humana (Fiocchi e Pereira de Sousa, 2012). Alguns autores
consideram microbiota e microbioma termos sinnimos (Ursell et al., 2012). Contudo,
outros autores consideram como microbiota o grupo de microrganismos que vivem num
determinado local do organismo, enquanto o microbioma diz respeito aos genes que
constituem o genoma desse mesmo grupo de microrganismos (Ley et al., 2008). Esta
ltima viso ser a adotada ao longo deste trabalho.
Os organismos que constituem o microbiota humano esto distribudos por
diversos locais do organismo (como pele, vagina, boca, vias respiratrias e intestinos),
colonizando assim zonas superficiais ou profundas. A sua distribuio depende de um
conjunto de fatores como a humidade, acidez, temperatura e disponibilidade de
nutrientes. Os microrganismos esto em grande nmero no organismo humano,
chegando a existir sensivelmente dez vezes mais clulas microbianas que clulas
humanas (Fiocchi e Pereira de Sousa, 2012).
O trato gastrointestinal, mais precisamente o intestino, o local do organismo
humano que alberga maior nmero e diversidade de microrganismos, podendo o
microbiota intestinal exercer a maior influncia sobre os mecanismos homeostticos
humanos. Podem referir-se como exemplos a sua ao na digesto de alimentos e
1
desenvolvimento
de
tcnicas
de
gentica
permitiram
um
estudo
1.1. Objetivos
Esta dissertao tem como principal objectivo descrever o microbiota intestinal
humano e de que forma este influencia o sistema imunitrio e o metabolismo. A
investigao destes fenmenos de inter-relao pode abrir portas compreenso de
certas patologias, como por exemplo a doena de Crohn ou a diabetes. Com estas
descobertas pode-se ainda conseguir desenvolver frmacos mais eficientes com vista a
uma melhor recuperao e melhoria da qualidade de vida do doente.
1.2. Metodologia
Para a concretizao desta dissertao utilizaram-se vrios motores de busca
para a pesquisa de artigos como o Pubmed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/), o
Science Direct (http://www.sciencedirect.com/), o b-on (http://www.b-on.pt/) e tambm,
o Google Acadmico (http://scholar.google.pt/).
As palavras-chaves como Gut Microbiome, Metagenomic, Immunity
System, Metabolism, Prebiotics, Probiotics e Fecal Transplant foram
utilizadas para procura de informao nos motores de busca. Tambm foram includas
informaes contidas em livros mdicos. Este trabalho de reviso contm bibliografia
que abrange datas entre 1998 a 2014.
96% a 99% da flora intestinal humana normal, mais precisamente do clon (Brooks et
al., 2004; Madigan et al., 2006; Murray, 2005).
Em minoria, esto tambm presentes organismos do domnio Archaea,
representado pela espcie Methanobrevibacter smithii, leveduras e alguns protistas
(Figura 1) (Madigan et al., 2006).
referidos e dos futuros mtodos desenvolvidos, levam e/ou podem levar a processos
mais eficazes de diagnstico, teraputica e preveno de patologias, com base em
comparao entre microbiota de indivduos saudveis e doentes (Zarowiecki, 2012).
Assim, a anlise do microbiota pode vir a fazer parte do quotidiano na prtica clnica
(Weinstock, 2012).
jovens
adultos
verifica-se
um
predomnio
do
filo
Firmicutes
Alterao do microbiota
intestinal
12
ratinhos germfree. Nestes estudos, verificou-se que a mucosa intestinal dos ratinhos
germfree apresentava um menor nmero de clulas B, T e clulas dendrticas e uma
imaturidade nos NLM, sendo as PP pequenas e imaturas. Relativamente s vilosidades,
estas apresentavam-se alongadas e estreitas, a rede vascular menos desenvolvida e a
profundidade das criptas intestinais era menor. Aquando da colonizao destes animais
por microrganismos comensais, verificou-se o desenvolvimento de todas as estruturas
associadas ao sistema imunolgico, fundamental para proteo do hospedeiro (Figura 4)
(Sommer e Bckhed, 2013).
Ratinhos germfree
Ratinhos colonizados
17
perturbaes de autismo. Para avaliar se existe uma relao entre microbiota intestinal e
outras patologias associadas ao desenvolvimento neurolgico como esquizofrenia,
dfice de ateno e hiperactividade, outros estudos seriam necessrios (Borre et al.,
2014).
Por forma a entender a origem de determinadas patologias do foro neurolgico e
psquico, bem como prevenir a sua ocorrncia, ser necessria a realizao de mais
estudos que impliquem a interao eixo crebro-intestino-microbiota, nomeadamente
em fases da vida mais vulnerveis instabilidade (Foster e Neufeld, 2013).
24
reduo
do
pH,
competio
por
nutrientes,
capacidade
Outro estudo que implicou a toma de Escherichia coli Nissle 1917 evidenciou
um tempo de remisso ligeiramente maior em relao ao grupo controlo (Marteau et al.,
2002).
Foi tambm descrito que o uso de probiticos como Lactobacillus gasseri
SBT2055, resultou na diminuio de tecido adiposo e dos nveis plasmticos de
colesterol, tanto em ratos Zucker magros como em ratos Zucker obesos (estes ratos so
portadores de uma mutao que codifica para o gene da leptina e apresentam hiperfagia,
hiperinsulinmia e hiperlipidmia (Beck, 2006; Oana et al., 2005)). Desta forma, pensase que este probitico poder contribuir para a diminuio de doenas cardiovasculares
(Arora et al., 2013).
Embora alguns estudos tenham demonstraram que os probiticos podem
ter efeitos benficos em determinadas patologias, necessrio que se desenvolvam mais
estudos, nomeadamente em humanos, para que desta forma se possa abrir horizontes a
novas terapias atravs da aplicao de probiticos (Arora et al., 2013).
4.2. Prebiticos
Gibson e Roberfroid, em 1995, apresentaram o termo prebiticos, tendo sido
definidos como ingredientes no digerveis que beneficiam o hospedeiro estimulando
seletivamente o crescimento ou actividade de um certo nmero de bactrias. Os
prebiticos tem como caractersticas o facto de no serem vivos, serem ingredientes
alimentares que no sofrem hidrlise nem so absorvidos pelo intestino, resistirem
acidez gstrica e funcionarem como substratos para os probiticos, obtendo-se assim,
uma relao simbitica, melhorando a continuidade de bactrias no intestino. Exemplos
mais comuns so oligofrutose, inulina, lactulose e galacto-oligossacardeos (Candela et
al., 2010; Kechagia et al., 2012).
Determinados estudos indicam que a lactulose resistente s -galactosidases
em humanos e, quando administrada, contribui para um considervel aumento de
probiticos intestinais como Bifidobacterium, Lactobacillus e Streptococcus (Candela et
al., 2010).
27
28
29
V. Perspetivas Futuras
O
microbiota
intestinal
considerado
um
superorganismo,
sendo
30
VI. Concluso
O microbiota intestinal define-se pelo conjunto de microrganismos existentes no
intestino humano, enquanto o microbioma intestinal se define pelo genoma desses
microrganismos. O agregado destas entidades essencial para promover a sade do
hospedeiro, nomeadamente relaes de simbiose.
O desenvolvimento de tcnicas de biologia molecular permitiram investigar, de
forma mais completa, a composio e elevada diversidade do microbiota intestinal. O
desenvolvimento do microbiota intestinal d-se logo aps o nascimento e a sua
estabilizao ocorre quando se atinge a fase adulta. Porm, est sempre em constante
dinamismo. O microbiota intestinal pode ser afetado por variadssimos fatores
ambientais como dieta, estilo de vida, consumo de antibiticos e idade, levando por
vezes a alteraes drsticas na composio e diversidade do mesmo.
Alguns estudos descritos ao longo desta dissertao mostraram que o microbiota
intestinal parece ter influncia em funes do organismo como fisiologia, metabolismo
e desenvolvimento dos sistemasneurolgico e imunolgico, nomeadamente do GALT.
O microbiota intestinal parece ento contribuir para o desenvolvimento e morfognese
de rgos e para a manuteno do equilbrio de tecidos e rgos, assim como permitir a
obteno de energia partir da dieta. Situaes como o contacto direto do microbiota
intestinal com o epitlio intestinal leva a um constante desafio do sistema imunolgico.
Sendo assim, as interaes adequadas entre microbiota intestinal e hospedeiro levam
criao de mecanismos de tolerncia imunolgica.
Perturbaes no microbiota intestinal fazem com que a homeostasia do
hospedeiro esteja comprometida, podendo levar a situaes de patologia.
O conhecimento aprofundado da composio e atividade do microbiota intestinal
dever conduzir a novas intervenes teraputicas com base na possvel modulao
desse microbioma, resultando numa melhoria da qualidade de vida dos pacientes.
31
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