Conformacin

Clasificacin
Estructura

Facultad de Ciencias, UAEMx

Centro de accin de los procesos biolgicos

Enzimas (catlisis)
Regulacin (directa e indirecta)
Hormonas (mensajeros qumicos o receptores)
Transporte y almacenamiento (O2, iones metlicos,
glucosa)
Generan el movimiento coordinado (separacin de
cromosomas durante la divisin celular)
Sistema de defensa (inmunoglobulinas)
Productos de la expresin gentica
Papel pasivo o estructural (colgeno)

 Su funcin se comprende por su estructura: relacin

tridimensional entre sus tomos.
Descripcin estructural
organizacin

tiene

niveles

de

Estructura primaria (1)

Secuencia de aa de su o sus cadenas
polipeptdicas
Estructura secundaria (2)
Disposicin espacial sin tener en cuenta sus
cadenas R (Hlices y hojas)

Estructura terciaria (3)

Estructura
tridimensional
completo

del

polipptido

Estructura cuaternaria (4)

Disposicin espacial de
(cadenas polipeptdicas)

las

subunidades

 1953 Frederick Sanger llev a cabo la primer determinacin de la

secuencia aa de la insulina bovina estructura covalente

Secuencia de aa esencial para la comprensin de su mecanismo

molecular
Funcionamiento y relaciones evolutivas: Comparaciones entre
protenas anlogas del mismo individuo, de miembros de la misma
especie y de miembros de especies relacionadas
Mutaciones: Efectos letales o mejora la adecuacin a su entorno
natural
Aplicaciones clnicas: diversas enfermedades hereditarias son
producto de mutaciones que conducen a un cambio de un aa en
una protena: diagnstico y tratamiento

 Insulina 1953 (51aa; 100g) vs -galactosidasa 1978 (1021aa; g)

Mtodo de Sanger
1. Preparacin de la protena
a) No. de cadenas polipeptdicas
b) Ruptura de enlaces disulfuro
c) Separacin y purificacin de subunidades
d) Determinacin de la composicin aa
2. Secuenciado de las cadenas
a) Fragmentar las subunidades en puntos especficos pptidos pequeos
b) Separar y purificar fragmentos
c) Determinar la secuencia aa
d) Repetir fragmentacin de especificidad diferente (b, c y d)
3. Organizacin de la estructura completa
a) Identificacin de los puntos de ruptura por comparacin
b) Identificar las posiciones de los enlaces disulfuro entre subunidades o al
interior de las cadenas

 Nmero de subunidades Cada

polipptido posee un resto N-terminal y
un C-terminal

Insulina posee = cantidad de restos Nterminales de Phe y Gly dos

popipptidos
Identificacin del resto N-terminal
Degradacin de Edman (Pehr Edman)

Identificacin del aminocido PTH: TLC,

electroforesis, cromatografa lquida de
alta resolucin (HPLC) o cromatografa
de gases (GC), combinada con
espectroscopia de masas.
El mtodo permite determinar la
secuencia aa desde el N-terminal al
interior a travs de ciclos repetidos (40
aa)

 Qumico: no existe
degradacin de Edman

un

procedimiento

confiable

comparable

la

Enzimas: exopeptidasas (enzimas que liberan un resto terminal de un

polipptido), las carboxipeptidasas catalizan la hidrlisis de los restos C-terminal
Enzima

Procedencia

Especificidad

Carboxipeptidasa A

Pncreas bovino

Rn Arg, Lys, Pro

Rn-1 Pro

Carboxipeptidasa B

Pncreas bovino

Rn= Arg, Lys,

Rn-1 Pro

Carboxipeptidasa C

Hojas limonero

Todos los C-terminales pH 3.5

Carboxipeptidasa Y

Levadura

Todos los restos C-terminales

cuando Rn=Gly

Leucina
aminopeptidasa

Rin porcino

R1 Pro

Aminopeptidasa M

Rin porcino

Todos los restos N-terminales

libres

Mtodo de hidracinlisis
20-100h H
Polipptido + hidracina 90C
----------hidracidas
de todos los aa + aa c-terminal libre
+

 Permite la separacin de las cadenas

Impedir la conformacin nativa (funcional,
tridimensional) y para la accin de los agentes
proteolticos estructura primaria
Oxidacin con cido perfrmico
Restos de Cys (unidos o no en puentes S-S)
en restos de cido cisteco
Restos de Met a restos de sulfona
Destruccin parcial de indol del Trp
Reduccin con 2-mercaptoetanol
La reaccin se lleva a cabo en condiciones
que desnaturalizan a la protena
Alquilacin de los grupos sulfhidrilo libres
(cido yodoactico)

 Disociacin en subunidades y desnaturalizacin

Condiciones cidas o bsicas

Concentraciones salinas bajas
Temperaturas elevadas
Agentes desnaturalizantes (detergentes)
Separacin (cromatografa de intercambio inico y de filtracin por
gel)
Polaridad
Diferencias en tamao del polipptido

Nmero de cada tipo de restos aa presentes

Hidrlisis completa de la protena

cida (HCl 6N, vaco, 100-120C, 10-100h)degradacin de las cadenas

laterales Ser, Thr y Tyr, Trp.

Bsica (NaOH 2-4N, 100C, 4-8h) descomposicin de Cys, Thr, Arg, desamina a
los dems aa, contenido de Trp

Enzimtica (mezclas de peptidasas: Streptomyces griseus; ~1% del peso),

posible contaminacin, se emplea para Trp, Asn y Gln

Contenido de cada aa

Cromatografa de intercambio inico

HPLC

Composicin aa

Variacin considerable

Frecuentes : Ala, Gly, Leu, Ser, Lys y Val

Menos frecuentes: His, Met, Trp

Muchas protenas carecen de 1 o ms aa

> 1 en protenas globulares y tiende a decrecer con el aumento

del tamao de la protena

Estructura micelar: ncleo hidrofbico y exterior hidroflico

Determinacin de la secuencia

Comparacin de fragmentos del polipptido x distintos mtodos de hidrlisis

Tripsina, Quimiotripsina, Elastasa, Termolisina, Pepsina, Endopeptidasa V8

Rn-1

Rn

Enzima

Procedencia

Especificidad

Observaciones

Tripsina

Pncreas
bovino

Rn-1= restos cargados positivamente: Arg, Lys

Rn Pro

Muy especfico

Quimiotripsina

Pncreas
bovino

Rn-1= restos hidrofbicos voluminosos: Phe, Trp, Tyr

Rn Pro

Escinde ms lentamente
cuando Rn-1= Asn, His, Met,
Leu

Elastasa

Pncreas
bovino

Rn-1= restos neutros pequeos: Ala, Gly, Ser, Val

Rn Pro

---

Termolisina

Bacillus
thermoprotely
ticus

Rn= Ile, Met, Phe, Trp, Tyr, Val

Rn-1 Pro

En ocasiones rompe por Rn=

Ala, Asp, His, Thr; estable
termicamente

Pepsina

Mucosa
gstrica
bovina

Rn= Leu, Phe, Trp, Tyr

Rn-1Pro

Tambin otros; muy poco

especfico; pH ptimo 2

Endopeptidasa V8

Staphylococcu

Rn-1= Glu

---

Polmero: Conformacin local de su esqueleto:

modelos de plegamiento hlices, hojas
plegadas y giros

Enlaces cis y trans

Hlices: elementos sobresalientes

La cadena experimenta un giro de la
misma magnitud alrededor de cada uno
de sus tomos
Donde n= aa por vuelta de hlice; p= paso
de rosca, indica el asenso de la hlice a lo
largo de su eje en cada vuelta,
estabilizada por puentes de H (N-H y C=O
4 aa atrs)

Hlice : fibrosas y globulares (11-53 aa)

Dextro
n= 3.6 unidades pptido x vuelta
P= 5.4

Hoja plegada: capacidad

de formar puentes de
hidrgeno entre cadenas
polipeptdicas vecinas
(<15 raa, =6, 2-15 hebras =6 hebras)

Hojas

con plegamiento
antiparalelo: cadenas con
direcciones opuestas

Hojas

con plegamiento
paralelo:
cadenas
con
misma direccin

Hlices y hojas < 50% estructura secundaria de protenas globulares

promedio

Conformaciones de bucle o arrollada

Aparecen en la superficie de la protena
Giros de inversin o torsin

Cambian de direccin
Conectan hebras sucesivas de hojas antiparalela
4 raa
Estabilizados por puentes de H

Bucles

Protenas > 60 raa contienen 1 + (6-16 raa)

Pueden contener giros de inversin
Entidades globulares compactas
Funcin: reconocimiento biolgico

Regiones desordenadas Lys, C-ter, N-ter unin a una molcula especfica

Protenas fibrosas
actina, miosina, sedas, etc)

(queratina, colgeno, elastina,

Secuencias

que
se
repiten
o
seudorepetitivas

conformacin
regular
Molculas muy alargadas
Estructura
2
motivo
estructural
predominante
Funcin: conexin, proteccin y soporte

Protenas globulares
Estado

nativo
son
molculas
esferoidales y compactas
No poseen secuencias que se repiten
Funcin:
enzimas,
transporte
y
receptores

Composicin espacial: plegamiento de los elementos

estructurales secundarios junto con las disposiciones
espaciales de sus cadenas laterales

Hojas plegadas y hlices

Cadenas laterales se distribuyen espacialmente de

acuerdo a sus polaridades
No polares: interior de la protena (interaccin
hidrofbica)
Polares con carga: superficie de la protena, funcin:
promover la catlisis unin a in metlico
Polares sin carga: superficie y en el interior

Ordenacin micelar

El interior de la protena es muy compacto

El agua esta excluida
Densidad de empaquetamiento (eficaz)

Dominios

Cadenas

de polipptidos >200 raa suelen

plegarse formando 2 ms agrupaciones
globulares o claustros

Apariencia bi multilobular
Unidades estructurales independientes

Caractersticas

pequea

Funcin

pequea

de

una

especfica-unin

protena
a

una

globular
molcula

 Unidad : 2 hebras paralelas de hoja en hlice con

arrollamiento a la derecha
Unidad : 2 hlices antiparalelas
Meandro : hoja antiparalela formada por segmentos
secuenciales del polipptido
Barriles : hojas extendidas, se arrollan frecuentemente
formando barriles

Termodinamicamente estables en las condiciones

fisiolgicas

Influencias no covalentes a las que se hallan

sometidas
Interacciones

electrostticas

(atracciones

repulsiones)
Puentes de hidrgeno (intermoleculares y con H2O)
Fuerzas hidrofbicas

Enlaces disulfuro
Estructura: resultado de un equilibrio delicado entre

fuerzas contrapuestas potentes

Fuerza electrosttica =
Interacciones inicas

Asociacin de 2 grupos inicos con carga opuesta, fuertes pero no

estabilizan mucho

Interacciones dipolo-dipolo (Fuerzas de Van der Walls)

Asociaciones no covalentes entre molculas neutras elctricamente,
dbiles pero estabilizan mucho
Dipolos permanentes (repulsin o atraccin de acuerdo a la orientacin)

Dipolo-dipolo inducido

Fuerzas de dispersin de Londn (molculas no polares, pequeo momento dipolar

consecuencia del movimiento de fluctuacin de sus e-)

Puentes de hidrgeno

Fuerzas hidrofbicas

Determinante en la estructura de las protenas

Disposicin espacial de las subunidades

> 100 kD, poseen ms de 1 subunidad

Asociacin especfica geomtricamente

Cadenas =

Sub= Protenas
(protmeros)

Regiones de contacto exhiben semejanza con el

interior de la protena

(oligmeros)

subunidades

Puentes de H
R no polares empaquetadas estrechamente
Enlaces disulfuro (entre cadenas)

Ordenadas simtricamente: simetra de rotacin

Simetra cclica: relacionadas con un solo eje de rotacin

Simetra de diedro: eje de rotacin n y uno binario
Otras (Tetraedro, cubo, icosaedro)
Helicoidal (estructurales, x ej. Msculo)

Establecer el patrn de ruptura de los polipptidos

siguientes, por los agentes que se indican

A) Ser-Ala-Phe-Lys-Pro-Glu-Tyr-Asp-Ile por quimiotripsina

B)Leu-Arg-Gly-Asp-Ser-Pro-Val-Phe-Leu por carboxipeptidasa A
C) Gly-Phe-Trp-Pro-Phe-Arg-Pro-Phe-Ile-Gly por termolisina
D) Val-Trp-Lys-Pro-Arg-Glu-Pro-Lys-Arg-Val por tripsina

Se somete una protena al anlisis de grupo final mediante

cloruro de dansilo. Los aminocidos dansilados que se
liberan se hallan presentes en una relacin molar de dos
partes de Ser por una parte de Ala. Qu conclusiones
pueden deducirse acerca de la naturaleza de la protena?

Estudiar velocidad de reaccin