TEMA

CONOCER EL FUNCIONAMIENTO DE LA BIOLOGIA COMPUTACIONAL

OBJETIVO
CONOCER EL FUNCIONAMIENTO DE LA BIOLOGIA COMPUTACIONAL EN SALUD

En los ltimos aos las ciencias de la vida, y en especial la biologa y la medicina,

estn despertando gran inters, tanto entre los cientficos como entre los ciudadanos
de a pie. Prueba de ello es que conceptos como gen o ADN son cada vez ms
conocidos. Estamos ante una nueva revolucin cientfica, similar a la que se vivi en la
primera mitad del siglo pasado con el desarrollo de la teora atmica y sus aplicaciones.
Como consecuencia de este aumento en el inters por las ciencias de la vida, la
comunidad cientfica ha volcado gran parte de sus esfuerzos en ellas, permitiendo
grandes avances en ramas de la ciencia como la gentica. Estos avances han
facilitando el desarrollo de nuevas tecnologas como la secuenciacin o los chips de
ADN (tambin conocidos como microarrays). Estas nuevas herramientas tecnolgicas
son capaces de generar una enorme cantidad de datos en muy poco tiempo lo cual,
unido al hecho de que cada vez ms gente trabaja en estas reas, ha llevado a un
crecimiento exponencial de la cantidad de datos biolgicos disponibles.
El enorme volumen de datos disponible plantea dos grandes problemas. Por una parte
su almacenaje y gestin, que debe permitir manejar y acceder a toda esta informacin
de manera eficaz. Por otra parte los datos deben ser analizados, para poder extraer
informacin til de ellos.
La bioinformtica es una nueva ciencia interdisciplinar que pretende dar solucin a
estos problemas. De forma muy general, se podra definir como la aplicacin de las
tecnologas de la informacin al campo de las ciencias de la vida. Esto incluye el
desarrollo y uso de metodologas propias de ramas como la computacin y la
informtica en el almacenaje, anlisis y gestin de los datos generados por la biologa y
la medicina.
La biologa computacional se centra en el segundo problema, es decir, en el anlisis de
la informacin. El objetivo de la biologa computacional consiste en extraer el
conocimiento que subyace en las grandes bases de datos biolgicas, para lo cual
utiliza herramientas matemticas avanzadas. En la figura 1 puede verse un resmen de
las principales aplicaciones de la biologa computacional.

Figura 1 - Aplicaciones
de
la
biologa
computacional.
Fuente: P. Larraaga,
B. Calvo, R. Santana,
C. Bielza, J. Galdiano,
I. Inza, J. A. Lozano, R.
Armaanzas,
G.
Santaf, A. Perez, V.
Robles (2006) Machine
learning
in
Bioinformatics.
Briefings
in
Bioinformatics.
In
Press. (AMPLIAR
IMAGEN)
A continuacin veremos algunos de estos ejemplos algo ms en detalle:
Una de las aplicaciones de la biologa computacional es la identificacin de genes. A
principios del ao 2003 se finaliz la secuenciacin del genoma humano. Como
resultado de este proyecto se obtuvo la secuencia completa del genoma humano,
formada por aproximadamente 3000 millones de pares de bases. Sin embargo esto no
fue ms que el comienzo, ya que la secuencia como tal no aporta informacin de
utilidad. Es necesario procesarla para identificar en ella cuantos genes hay, en que

posiciones se encuentra, etc. Un smil que puede ayudar a entender esto sera el de un
libro. Supongamos que el genoma humano es "El Quijote". La secuencia del genoma
no sera ms que la secuencia de letras del libro, es decir, algo as como "En un lugar
de amanchade...sin duda alguna. Vale. Fin". El objetivo de la biologa computacional
sera buscar la estructura del libro, lo que supone no solo identificar todas las palabras
sino tambin donde comienzan y terminan los captulos etc. Hay que tener en cuenta
que el problema de la bsqueda de genes es ms complicado que el ejemplo
presentado, ya que la estructura del genoma es ms compleja que la de un libro.
Adems de la bsqueda de genes, la biologa computacional tiene otros objetivos,
como pueden ser la prediccin de la funcin de los genes, la identificacin de genes
asociados a enfermedades genticas (vase Figura 2) etc.

Figura
2
Representacin en las
diferentes
regiones
cromosmicas
del
porcentaje de genes
asociados
a
enfermedad predichos
por
mtodos
computacionales. Fuen
te
Si bien son los genes los que codifican la informacin necesaria para que se den los
procesos vitales, estos procesos son llevados a cabo por otro tipo de molculas: las
protenas. Las protenas se sintetizan partiendo de la informacin codificada en el ADN.
Este proceso se conoce como expresin gnica, y su anlisis es otro de los grandes
campos en los que se aplican tcnicas computacionales. En los ltimos 10 aos se ha
desarrollado una nueva tecnologa denominada chips de DNA o microarrays (vase
Figura 3), que permite medir simultneamente la expresin de decenas de miles de

genes. Una vez obtenidos los niveles de expresin, la biologa computacional se

encarga de procesar y analizar los datos, a fin de obtener a partir de ellos informacin
til. Ejemplos de aplicaciones relacionadas con microarrays son la deteccin precoz de
cncer y la identificacin de genes asociados a determinadas enfermedades genticas.

Figura 3 - Ejemplo de
chip
de
DNA
o
microarray.
Cada
punto de la figura
representa el nivel de
expresin
de
un
gen. Fuente
Otra de las reas en las que se emplea la informacin obtenida de los microarrays es la
biologa de sistemas. La expresin de las protenas no es un fenmeno independiente,
ya que ciertas protenas puede inducir que otras se expresen ms o menos. Uno de los
retos de la biologa computacional es, partiendo de datos obtenidos con ensayos de
microarrays (y de otros tipos), reconstruir las redes formadas por los genes
(denominadas redes gnicas). Un ejemplo de este tipo de redes puede verse en la
Figura 4.

Figura 4 - Ejemplo de
red gnica. Fuente: G.
Lesage, J. Shapiro, C.
A. Specht, A-M. Sdicu,
P. Mnard, S. Hussein,
A. Hin Yan Tong, C.
Boone y H. Bussey
(2005) An interactional
network
of
genes
involved
in
chitin
synthesis
in Saccharomyces
cerevisiae.
BMC
Genetics, 6:8.
El estudio de este tipo de redes aporta gran informacin a la hora de entender el
funcionamiento del organismo y de los procesos que en l tienen lugar, tanto en estado
normal como en condiciones de enfermedad (por ejemplo, el funcionamiento de las
clulas cancergenas).
Como ya se ha mencionado anteriormente, las protenas son las molculas que llevan
a cabo los procesos necesarios para la vida. La funcin que cada protena desarrolla
en el organismo est estrechamente ligada a su estructura tridimensional, por lo que su
estudio tiene gran inters a la hora de entender como desempean su papel. Sin
embargo, la obtencin de la estructura de una protena (vase Figura 5) es una tarea
muy compleja, dada la inmensa cantidad de posibles estructuras. La prediccin de la
estructura de las protenas es otro de los campos donde la biologa computacional se

est haciendo un hueco, buscando alternativas computacionales a los mtodos

clsicos empleados en la obtencin de las estructuras proticas.

Figura 5 - Ejemplo de la estructura tridimensional de

una protena. Fuente
Estos son slo algunos de los ejemplos de cmo la biologa computacional es utilizada
para profundizar en el conocimiento sobre los mecanismos que dan lugar a la vida y
sobre las molculas que en ellos intervienen. Este nuevo conocimiento puede ser (y es)
utilizado, por ejemplo, en la mejora del diagnstico y pronstico de enfermedades tales
como el cncer, o en la mejora de los tratamientos gracias al diseo racional de
frmacos por parte de las empresas farmacuticas.
Bibliografa
http://www.euskonews.com/0334zbk/gaia33402es.html