Concepto

Son las macromolculas biolgicas de elevado peso molecular ms abundantes y se hallan

en todas las clulas y en todas las partes de las clulas. Son los instrumentos moleculares
mediantes los que se expresa la informacin gentica. Estn formadas por subunidades
monomricas simples, aminocidos, unidos de forma covalente en secuencias lineales, en
multitud de combinaciones y secuencias diferentes. Cada uno de los aminocidos tiene una
cadena lateral que determina sus propiedades qumicas. Son polmeros de aminocidos, en
los que cada residuo aminocido est unido al siguiente a travs de un tipo especfico de
enlace covalente, un enlace amida sustituido (enlace peptdico) ejemplo de una reaccin de
condensacin. Se pueden degradar (hidrolizar) hasta sus aminocidos constituyentes por
diversos mtodos. Cuando se unen unos pocos aminoacidos, la estructura se denomina
oligopeptido. Cuando se unen muchos aminoacidos el producto se denomina polipptido. Las
protenas pueden tener miles de residuos aminoacidos. Las molculas denominadas
polipptidos tienen generalmente masas moleculares inferiores a 10000 y las que se
denominana protenas tienen masas moleculares superiores.
Algunas protenas consisten en una sola cadena peptdica, pero otras, denominadas protenas
con subunidades mltiples, tienen dos o ms polipptidos asociados de forma no covalente.
Las cadenas polipeptidicas individuales en una protena con diversas subunidades pueden ser
idnticas o diferentes. Si como minimo dos son idnticas, la protena se denomina
oligomerica, y las subunidades idnticas (constituidas por una o mas cadenas polipepticas) se
denominan protomeros. Unas pocas protenas contienen una o mas cadenas polipeptidicas
unidas covalentemente.
Los aminocidos son las unidades estructurales de las protenas. Se componen de un carbono
central unido a un grupo amino, a un grupo carboxilo y a un tomo de H. Tambin hay otro
tomo o grupo de tomos (Grupos R) unido al carbono central. Las cadenas laterales varan
su estructura, tamao, carga e influyen en su solubilidad.
Los carbonos de aminocidos adyacentes se encuentran separados pro tres enlaces
covalentes, ordenados asi:
C C N C. El oxigeno tiene una carga negativa parcial y
el nitrgeno una carga positiva parcial, formando un pequeo dipolo elctrico. Los seis atomos
del grupo peptdico se encuentran en el mismo plano, con el atomo de oxigeno del grupo
carbonilico en posicin trans respecto al atomo de hidrogeno del nitrgeno amidico. Los
enlaces peptdicos C N no pueden girar libremente a causa de su carcter parcial de doble
enlace. La rotacin es posible alrededor de los enlaces N C y C C, definiendo los
angulos diedros y . Los valores que pueden adoptar estos angulos se ven limitados a causa
de las interferencias estricas entre atomos del esqueleto polipeptidico y de las cadenas
laterales de los aminocidos. La rigidez de los enlaces peptdicos limita el numero de
conformaciones que puede adoptar una cadena polipptidica.

Existen 20 aminocidos utilizados para la construccin de una protena, llamados aminocidos

estndar o comunes. Se denominan -aminocidos por tener un grupo amino y grupo
carboxilo acido unido al C2 (C ).En casi todos (excepto glicina) el carbono est unido a
cuatro grupos diferentes, por lo que es un centro quiral, y estos grupos pueden ocupar dos

ordenamientos diferentes en el espacio, dos estereoisomeros, que al ser imgenes

especulares, son enantimeros (son pticamente activos). Los residuos aminocidos de las
protenas son exclusivamente L-estereoisomeros, configuracin relacionada con la del Lgliceraldehido. Las clulas son capaces de sintetizar especficamente ismeros L de los
aminocidos gracias a que los centros activos de las enzimas son asimtricos, lo que implica
que las reacciones que catalizan sean estereoespecficas. Adems de estos 20 aminocidos
existen muchos ms que se encuentran con menor frecuencia, ya sea como constituyentes de
las protenas (mediante la modificacin de los aminocidos estndares despus de la sntesis
de protenas) o como metabolitos libres.
Los aminocidos individuales son iones dipolo y solubles en agua. Cuando se combinan
formando pptidos, las cargas inicas sobre los grupos

+
NH 3

COO

que forman los

enlaces se han perdido. Estn enlazados entre s por condensacin del grupo -carboxilo de
uno con el -amino de otro. Estos enlaces se denominan enlaces peptdicos (enlace covalente
formado por condensacin). En este enlace, se pierde una molcula de agua por la
condensacin. Los grupos participantes en un enlace peptdico no llevan carga inicas. Las
mitades de los aminoacidos enlazados se llaman residuos. El grupo amino libre y el grupo
carboxilo libre en extremos opuestos de una cadena peptidica, se denominan N-terminal y Cterminal. Estos se ionizan de la misma manera que lo hacen en los aminoacidos libres,
aunque las constantes de ionizacion son diferentes. Los grupos R de algunos aminoacidos
pueden ionizarse y contribuyen en un peptido a las propiedades acido-bases globales de la
molecula. Los grupos -amino y -carboxilo no contribuyen al comportamiento total acidobase de los pptidos.

Los grupos amino y carboxilo, junto con los grupos R ionizables, actan como acidos y bases
dbiles. Cuando un aminocido sin grupo R ionizable se disuelve en agua a pH neutro, se
encuentra en solucin en forma de ion dipolar (Zwitterion) que puede actuar como acido o
base. (sustancia anfotera, anfolitos). El pH caracterstico en que la carga elctrica neta es
cero se denomina punto isoelctrico o pH isoelctrico (pI). En disolucin acuosa, los
aminocidos muestran un comportamiento anftero, es decir pueden ionizarse, dependiendo
del pH, como un cido liberando protones y quedando (-COO'), o como base , los grupos -NH2
captan protones, quedando como(-NH3+ ), o pueden aparecer como cido y base a la vez. En
este caso los aminocidos se ionizan doblemente, apareciendo una forma dipolar inica

llamada zwitterion. A pH neutro el grupo amino esta protonado ( NH 3

ionizado

) y el grupo carboxilo

COO ), as a pH fisiolgico (7,4) los aminocidos son Zwitterion. Los aminoacidos

se diferencian en sus propiedades acido-base y tienen curvas de titulacin caractersticas. Los

aminoacidos monoamino-monocarboxilicos (con grupos R no ionizables) son acidos diproticos
a pH bajo y existen en diversas formas diferentes al ir aumentando el pH. Los aminoacidos
con grupos R ionizables poseen especies ionicas adicionales, que dependen del pH del medio
y del pKa del grupo R.

Se pueden agrupar los aminocidos en cinco clases principales basadas en las propiedades de
sus grupos R, en especial su polaridad:

Grupos R apolares alifticos: son apolares e hidrofbicos, las cadenas laterales de la

alanina, la valina, la leucina y la isoleucina tienden a agruparse entre s en las
protenas, estabilizando las estructuras proteicas a travs de interacciones hidrofbicas.
La glicina tiene la estructura ms simple, es apolar aunque su pequea cadena latera no
tiene contribucin real en las interacciones hidrofbicas. La metionina tiene un grupo
tioter apolar en su cadena lateral. La prolina tiene una cadena lateral aliftica con una
estructura cclica especial, el grupo imino de los residuos de prolina tiene una
conformacin rgida que reduce la flexibilidad estructural de las regiones polipeptdicas
que contienen este aminocido.

Grupos R aromticos: la fenilalanina, la tirosina y el triptfano, con sus cadenas

laterales aromticas, son relativamente apolares (hidrofbicos). Todos ellos pueden
participar en interacciones hidrofbicas.

Grupos R polares sin carga: los grupos R de estos aminoacidos son mas solubles en agua,
o mas hidrofilicos, que los apolares, debido a que contienen grupos funcionales que
forman puentes hidrogeno con el agua. La polaridad de la serina y treonina proviene de
sus grupos hidroxilo; en el caso de cistena de su grupo sulfhidrilo, que es un acido dbil
y puede establecer enlaces de hidrogeno dbiles con el oxigeno o con nitrgeno; y en la
asparagina y la glutamina, de sus grupos amido.

Grupos R cargados positivamente (bsicos): son la lisina, que tiene un grupo amino
primario adicional en la posicin E de su cadena aliftica; la arginina, que tiene un grupo
guanidinio cargado positivamente; y la histidina, que contiene un grupo imidazol. La
histidina puede estar cargada positivamente como no estar cargada a pH 7 (pKa prximo
a la neutralidad).

Grupos R cargados negativamente (acidos): son el aspartato y glutamato, cada uno de

los cuales tiene un segundo grupo carboxilo.

Importancia biolgica
Las protenas son molculas dinmicas cuyas funciones dependen, de modo casi invariable,
de las interacciones con otras molculas. Estas interacciones se ven afectadas por cambios, a
veces espectaculares y otras sutiles, de la conformacin proteica que pueden desencadenar
importantes efectos fisiolgicos.
Las funciones de muchas protenas implican la unin reversible de otras molculas. Una
molecula unida de reversible por una protena se conoce con el nombre de ligando. Un
ligando puede ser cualquier tipo de moleucla, incluidas otras protenas. El ligando se una a un
lugar de la protena llamado sitio de fijacin, que es complementario al ligando en tamao,
forma, carga y carcter hidrofbico o hidrofilico. Adems la interaccion es especifica. Una
protena puede tener diferentes sitios de fijacin para diferentes ligandos.
Las protenas son flexibles. Los cambios en su conformacin pueden ser sutiles, o tambin
muy grandes. La unin de una protena con un ligando esta asociada con un cambio
confomacional que hace que el sitio de fijacin sea mas complementario al ligando, lo que
permite una unin mas fuerte. La adaptacin estructural que se produce entre la protena y el
ligando se llama encaje inducido.
La interaccion entre ligandos y protenas pueden ser reguladas, habitualmente mediante la
interacciones especificas con uno o mas ligandos adicionales. Estos otros ligandos pueden
provocar cambios conformacionales que afecten a la unin del primer ligando.
Las funciones de las protenas son especficas de cada tipo de protena y permiten que las
clulas defenderse de agentes externos, mantener su integridad, controlar y regular
funciones, reparar daos... Todos los tipos de protenas realizan su funcin de la misma forma:
por unin selectiva a molculas.

Funcin de transporte: en los seres vivos son esenciales los fenmenos de transporte,
bien para llevar una molcula hidrofbica a travs de un medio acuoso (transporte de
oxgeno o lpidos a travs de la sangre) o bien para transportar molculas polares a travs
de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la membrana plasmtica). Los
transportadores biolgicos son siempre protenas.
Funcin estructural: las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que
constituye un armazn alrededor del cual se organizan todos sus componentes, y que
dirige fenmenos tan importantes como el transporte intracelular o la divisin celular. En
los tejidos de sostn (conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de
colgeno forman parte importante de la matriz extracelular (de color claro en la figura) y
son las encargadas de conferir resistencia mecnica tanto a la traccin como a la
compresin.
Enzimtica: la gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar gracias a la
presencia de un catalizador de naturaleza proteica especfico para cada reaccin. Estos
biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La gran mayora de las protenas son
enzimas.

Funcin hormonal: las hormonas son sustancias producidas por una clula y que una vez
secretadas ejercen su accin sobre otras clulas dotadas de un receptor adecuado.
Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el glucagn (que regulan
los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipfisis como la
hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el metabolismo del calcio).
Reconocimiento de seales qumicas: la superficie celular alberga un gran nmero de
protenas encargadas del reconocimiento de seales qumicas de muy diverso tipo (figura
de la izquierda). Existen receptores hormonales, de neurotransmisores, de anticuerpos, de
virus, de bacterias, etc. En muchos casos, los ligandos que reconoce el receptor
(hormonas y neurotransmisores) son, a su vez, de naturaleza proteica.
Funcin de defensa: la propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es la de
discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, una serie de protenas llamadas
endonucleasas de restriccin se encargan de identificar y destruir aquellas molculas de
adn que no identifica como propias. En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas
se encargan de reconocer molculas u organismos extraos y se unen a ellos para facilitar
su destruccin por las clulas del sistema inmunitario.
Funcin de movimiento: (contrctiles) todas las funciones de motilidad de los seres vivos
estn relacionadas con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la
interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina. El movimiento de la clula
mediante cilios (foto de la izquierda) y flagelos (figura de la derecha) est relacionado con
las protenas que forman los microtbulos.
Funcin de reserva: la ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina de la leche, la
gliadina del grano de trigo y la hordena de la cebada, constituyen una reserva de
aminocidos para el futuro desarrollo del embrin.
Funcin reguladora: muchas protenas se unen al adn y de esta forma controlan la
trascripcin gnica. De esta forma el organismo se asegura de que la clula, en todo
momento, tenga todas las protenas necesarias para desempear normalmente sus
funciones. Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un complejo mecanismo
de regulacin desempeado por protenas como la ciclina.

Actan como catalizadores bioqumicos (enzimas).

Pueden fijarse a otras molculas con el fin de participar en su almacenamiento y
transporte.
Proporcionan soporte mecnico y forma a la clula (estructurales).
Conjuntos ensamblados de protenas pueden realizar trabajo mecnico.
Muchas desempean un papel en la decodificacin de la informacin de las clulas.
Algunas son hormonas y regulan la actividad bioqumica de clulas y tejidos.
Algunas cumplen funciones especiales como las inmunoglobulinas.

Clasificacin
Segn su composicin

Holoprotenas o simples: compuestos por aminocidos solamente, pueden

subclasificarse segn su solubilidad y la composicin de sus aminocidos.
Heteroprotenas o conjugadas: compuestas por aminocidos y un grupo no peptdico,
orgnico o inorgnico llamado grupo prosttico. Pueden subclasificarse en funcin de la
naturaleza qumica del grupo prosttico (nucleoprotenas, fosfoprotenas,
glucoprotenas).
Cromoprotenas: son protenas cuyo grupo prosttico es una sustancia coloreada
denominada pigmento.
Nucleoprotenas: son protenas cuyo grupo prosttico es un cido nucleico.
Glucoprotenas: su grupo prosttico es un glcido unido covalentemente a la cadena
polipptidica.
Fosfoprotenas: son protenas cuyo grupo prosttico es el cido fosfrico.
Lipoprotenas: su grupo prosttico es un lpido.

Segn su conformacin
Aqu se pueden clasificar a las protenas en dos grupos principales: las fibrosas que presentan
cadenas polipeptidica dispuestas en largas hebras u hojas, y protenas globulares con las
cadenas polipeptidicas plegadas en formas globulares o esfricas.
Fibrosas
Son aquellas que se hayan constituidas por cadenas polipptidicas, ordenadas de modo
paralelo a lo largo de un eje formando estructuras compactas (fibras o lminas).Son
materiales fsicamente resistentes e insolubles en agua y soluciones salinas diluidas. Ej :
(colgeno, -queratina, elastina).
Constan mayormente de un nico tipo de estructura secundaria y su estructura terciaria es
relativamente simple. Insolubles en agua (elevada cantidad de residuos hidrofbicos).
Colgeno, -queratina, fibroina.Forman estructuras que dan soporte, forma y proteccin
externa. Cadenas polipeptidicas dispuestas en largas hebras u hojas. Constan
mayoritariamente de un nico tipo de estructura secundaria y su estructura terciaria es
relativamente simple.
La funcin de las protenas fibrosas como elementos estructurales de las clulas y tejidos, se
basa en interacciones cuaternarias estables entre cadenas polipeptidicas idnticas.
Globulares
Estn constituidas por cadenas polipeptdicas plegadas estrechamente, de modo que
adoptan formas esfricas o globulares compactas. Son solubles en sistemas acuosos, su
funcin dentro de la clula es mvil y dinmica. Ej. : (enzimas, anticuerpos, hormonas)
Contienen a menudo varios tipos de estructuras secundarias. Los diferentes segmentos de
una cadena polipeptidica se pliegan uno sobre otros, generando unas formas mucho mas
compactas que las fibrosas. La estructura tridimesional se puede considerar como un
conjunto de segmentos polipeptidicos en conformaciones hlice y hoja unidas por
segmentos de conexin. Son solubles.Forman la mayora de las enzimas y protenas
reguladoras. Contiene variaos tipos de estructura secundaria. Los diferentes segmentos de
una cadena o de multiples, se pliegan uno sobre otros, generando unas formas mucho mas
compactas que las de las protenas fibrosas. El plegamiento proporciona tambin la diversidad
estructural necesaria para que puedan llevar a termino una amplia variedad de funciones
biolgicas (enzimas, protenas de transporte, motoras, reguladoras, inmunoglobulinas, etc.).
Cada una de estas protenas tiene una estructura especifica y adaptada a su funcin biolgica
particula, pero todas tienen un plegamiento compacto y en todas ellas las cadenas laterales
hidrofbicas estan orientadas hacia el interior y las cadenas laterales hidrofilicas se hallan en
la superficie. Las esructuras estan tambin estabilizadas por multitud de enlaces hidrogeno y
por algunas interacciones ionicas.
La estructura tridimensional de una protena globular tpica se puede considerar como un
conjunto de segmentos polipeptidicos en conformaciones hlices y hoja unidas por
segmentos de conexin.
Existen protenas que se encuentra entre las fibrosas por sus largas estructuras y las
globulares por su solubilidad en las soluciones salinas. Ej. : (miosina,fibringeno).
Determinacin de protenas, purificacion
Para estudiar una protena en detalle es necesario separarla del resto de protenas y disponer
de tcnicas que permitan determinar sus propiedades. Una preparacin pura de una protena
es esencial para poder determinar sus propiedades y su actividad. Los mtodos clsicos de
separacin de protenas aprovechan propiedades que varan de una protena a otra, entre las
que se incluye el tamao, la carga y las propiedades de unin. En la mayora de los casos
deben utilizarse varios mtodos diferentes consecutivos para purificar completamente una

protena, y cada uno de ellos separa protenas en base a propiedades diferentes. La eleccin
de mtodo es en cierto modo emprica, y puede ser necesario probar muchos protocolos
antes de encontrar el ms efectivo.
El primer paso en cualquier purificacin de protenas es la rotura de las clulas para liberar
sus protenas en una solucin denominada extracto crudo. En caso necesario puede utilizarse
la centrifugacin diferencial para preparar fracciones subcelulares o aislar determinados
orgnulos. Luego, se dispone de diversos mtodos para purificar una o ms de las protenas
que contienen. Normalmente se somete el extracto a tratamientos que separan las protenas
en diferentes fracciones en base a alguna propiedad como el tamao o la carga
(fraccionamiento). Los pasos iniciales de fraccionamiento de una purificacin utilizan
diferencias en la solubilidad de las protenas, que es una compleja funcin del pH,
temperatura, concentracin de sal y otros factores. La solubilidad de las protenas disminuye
generalmente a concentraciones elevadas de sal, un efecto denominado salting out. La
adicion de ciertas sales en cantidades apropiadas pueden precipitar selectivamente algunas
protenas, permaneciendo las restantes en disolucin. El sulfato de amonico se utiliza
frecuentemente. Las protenas asi precipitadas se separan de las que permanecen disueltas
mediante centrifugacin a baja velocidad.
La disolucin que contiene la protena de inters debe pasar a menudo por otros procesos
antes de que sean posibles pasos de purificacin posteriores. La dilisis separa las protenas
de los disolventes aprovechando el mayor tamao de las protenas, utilizando una membrana
semipermeable. La dilisis retiene las protenas grandes, mientras que permite que la
concentracin de los dems solutos en la preparacin de protena cambie hasta llegar al
equilibrio con la solucin del exterior de la membrana. Puede utilizarse para eliminar el sulfato
amnico por ejemplo.
La cromatografa en columna aprovecha las diferencias de carga, tamao, afinidad de unin y
otras propiedades de las protenas. Un material solido poroso de propiedades qumicas
adecuadas se introduce en una columna, y se hace pasar a travs de este una disolucin
tamponada. La disolucin que contiene las protenas se introduce en la cabeza de la columna
y a continuacin se filtra a travs de la matriz solida, en forma de una banda que va
expndiendose continuamente dentro de la fase mvil. Las protenas individuales migran mas
rpida o lentamente a travs de la columna segn sus propiedades.
La cromatografa de intercambio ionico aprovecha las diferencias en el signo y la magnitud de
las cargas elctricas netas de las protenas a un pH determinado. La matriz de la columna es
un polmero sintetico que tiene unidos grupos cargados. La afinidad de cada protena por los
grupos cargados de la columna esta afectada por el pH y la concentracin de los iones salinos
libres competidores presentes en la disolucin que las rodea. En la cromatografa de
intercambio catinico, la matriz solida tiene grupos cargados negativamente. En la fase mvil,
las protenas con carga neta positiva migran a travs de la matriz mas lentamente que las de
carga neta negativa debido a que la migracin de las primeras se halla retardada por sus
interacciones con la fase estacionaria. Se van recogiendo fracciones sucesivas de efluente en
tubos de ensayo a medida que la solucin que contiene las protenas va saliendo de la
columna. Se puede analizar cada fraccin para averiguar la presencia de la protena de
inters o para conocer otras propiedades tales como la fuerza ionica o la concentracin total
de protena. Todas las fracciones que contienen la protena de inters pueden combinarse
para formar el producto de este paso cromatografico en la purificacin de la protena.
La cromatogradia de exclusin molecular (filtracin en gel), separa protenas en base a su
tamao. Las protenas de mayor tamao emergen de la columna antes que las pequeas. La
fase solida consiste en pequeas perlas hechas de material entrelazado, partculas que
contienen poros o cavidades de tamao calibrado. Las protenas de mayor tamao no pueden
entrar en las cavidades, por lo que toman el camino mas corto y rpido a travs de la
columna. Las mas pequeas penetran en las cavidades y son retardadas a causa de su paso
mas laberintico a travs de la columna.
La cromatogradia de afinidad se basa en la afinidad de unin de las protenas. Las partculas
de la columna tienen en este caso un grupo quimico unido covalentemente llamado ligando,

un grupo o molecula que se una a una macromolecula (protena). Cuando se carga una
mezcla de protenas en la columna, cualquiera de ellas que tenga afinidad por este ligando se
unir a las particulas de resina, retardando su migracin a travs de la columna.
Otra tcnica importante para la separacin de protenas se basa en el desplazamiento de las
protenas cargadas en un campo elctrico, proceso denominado elecroforesis. Es muy til
como mtodo analtico. Su ventaja es que las protenas pueden visualizarse adems de
separarse, lo que permite hacer una estimacin rpida del numero de protenas en una
mezcla o del grdo de puereza de una preparacin proteica determianda. La electroforesis
tambin permite la determinacin de propiedades cruciales de una protena tales como su
punto isolectrico y su masa molculas aproximada. Se lleva a cabo generalmente en geles
formados por el polmero entrecruzado poliacrilamida. El gel de poliacrilamida actua como un
tamiz molecular, retrasando la migracin de las protenas en una forma aproximadamente
proporcional a su cociente carga/masa. La migracin tambin puede estar afectada por la
forma de la protena. En la electroforesis, la fuerza que mueve la macromolecula es el
potencial elctrico. El desplazamiento de una protena en un gel durante una electroforesis es
funcin de su tamao y de su forma.
Un mtodo electrofortico comnmente utilizado emplea el detergente dodecil sulfato sdico
(SDS). Este se une a la mayora de las protenas en una cantidad aproximadamente
proporcional a la masa molcula de la protena, alrededor de una molecula por cada dos
residuos aminocidos. El SDS ligado incorpora una gran carga neta negatica, lo que hace que
la carga intrnseca de la protena sea insignificate, y confiere a todas las protenas un cociente
carga/masa similar. Adems, la conformacin nativa de la protena se altera y la mayora de
las protenas adoptan una forma similar. Asi en presencia de SDS, se separan las protenas
casi exclusivamente en funcin de la masa (peso molecular), de forma que los polipptidos
ms pequeos se desplazan mas rpidamente. Despus de la electroforesis las protenas se
visualizan aadiendo un colorante que se fija a las protenas no al gel.
De esta forma puede seguirse el progreso de un procedimiento de purificacin de una
protena, ya que el nmero de bandas de protenas visibles en el gel debe disminuir tras cada
nuevo paso de purificacin. Cuando se compara con las posiciones a las que se desplazan en
el gel protenas de masa molecular conocida, la posicin de una protena desconocida puede
proporcionar una excelente medida de su masa molecular. Si la protena tiene dos o ms
subunidades diferentes, las subunidades se separaran generalmente a consecuencia del
tratamiento con SDS y aparecer una banda individual para cada una.
Para analizar la estructura primaria de una protena se utilizan diversos procedimientos. Para
empezar se marca e identifica el residuo amino terminal a travs de diversos protocolos. Una
vez que se ha marcado el residuo amino-terminal con un reactivo, se hidroliza el polipptido
(en HCl 6M) para obtener sus aminocidos constituyentes y se identifica el aminocido
marcado. Dado que la etapa de hidrolisis destruye el polipptido, este procedimiento no
puede utilizarse para secuenciar un polipptido mas alla del residuo amino-terminal. Sin
embargo, puede ayudar a determinar el numero de polipptidos qumicamente diferentes en
una protena, siempre que cada uno tenga un residuo amino-termianal diferente.
Para secuenciar un polipptido completo se utiliza la degradacin de Edman, donde se marca
y elimina solo el residuo amino-terminal de un pptido, dejando el resto de los enlaces
peptdicos intactos. Se hace reaccionar el pptido con fenilisotiocianato en condiciones
alcalinas suaves, lo que convierte al aminocido amino-terminal en un aducto
feniltiocarbamilo (PTC). El enlace peptdico contiguo al aducto de PTC se rompe a continuacin
mediante reaccin en cido trifluoroacetico anhidro, que conlleva la eliminacin del
aminocido amino-terminal en forma de anilinotiazolinona. El aminocido modificado se
extrae con disolventes orgnicos, se convierte en un derivado ms estable, feniltiohidatoina,
mediante tratamiento con cido en disolucin acuosa y finalmente se identifica. Luego el
nuevo residuo amino-terminal puede ser marcado, eliminado e identificado. El procedimiento
se repite hasta determinar toda la secuencia. Se realiza en un instrumento llamado
secuenciador. La longitud del polipptido a secuenciar depende de la eficiencia de los pasos
qumicos individuales.

La precisin global en la determinacin de una secuencia de aminocidos disminuye

generalmente a medida que aumenta la longitud del polipptido. Los largos polipptidos de
las protenas deben romperse en trozos ms pequeos para poder secuenciarlos de manera
eficiente. En primer lugar se rompe la protena en un conjunto de fragmentos especifico
mediante mtodos qumicos o enzimticos. Si existen puentes disulfuro, es necesario
romperos ya que interfieren en el procedimiento de secuenciacin y tambin en la rotura
enzimtica o qumica del polipeptido. A continuacin se purifica cada fragmento y se
secuencia mediante Edman. Finalmente se determina el orden en que los fragmentos
aparecen en la protena original y se determina donde estan localizados, si es que los hay, los
enlaces disulfuro. Para ello se corta otra muestra del polipptido intacto en fragmentos
utilizando un enzima o reactivo diferente, que corte enlaces peptdicos en puntos diferentes a
los cortados anteriormente. Los fragmentos resultantes de este segundo procedimiento se
separan y secuencian igual que los anteriores. De esta manera se busca establecer una
continuidad, debido al solapamiento, entre los fragmentos obtenidos del primer y segundo
procedimiento. Se pueden comparar los dos conjuntos de fragmentos para detectar posibles
errores al determinar la secuencia de aminocidos de cada fragmento. Si el segundo
procedimiento de rotura no consigue establecer continuidad entre todos los pptidos de la
primera rotura, deber utilizarse un tercero o incluso un cuarto mtodo de ruptura para poder
conseguir el solapamiento.
Si la estructura primaria incluye puentes disulfuro, su localizacin se determina en un paso
adicional una vez completada la secuenciacin. Se vuelve a cortar una muestra de la
protena, pero esta vez sin romper los puentes disulfuro. Los pptidos resultantes se separan
por electroforesis y se comparan con el conjunto original de pptidos. Por cada puente
disulfuro faltaran dos de los pptidos originales, al tiempo que aparecer un nuevo pptido
mas grande. Los dos pptidos que han desaparecido representan las regiones del polipptido
intacto que estn unidas por el puente disulfuro.
Otros mtodos pueden utilizarse en la secuenciacin de una protena, como la espectroscopia
de masas, que permiten la secuenciacin de polipptidos cortos en solo unos pocos minutos.
Adems las tcnicas utilizadas para determinar secuencias de protenas y de DNA son
complementarias, por lo que cuando se dispone del gene, la secuenciacin del DNA puede ser
mas rpida y precisa que la secuenciacin de la protena.
Criterios de pureza
El objetivo es aumentar la pureza o actividad biolgica de la protena desada por unidad de
peso, mediante la eliminacin de material inactivo o protenas no desadas, consiguiendo un
redimiento mximo.
En el caso de protenas enzimticas, se puede determinar la cantidad de enzima en una
disolucin o extracto de tejido determinados en funcin del efecto cataltico que produce el
enzima. Con este find deben conocerse: la ecuacin global de la reaccion catalizada, un
procedimiento analtico para determinar la desaparicin del sustrato o la aparicin de
producto de la reaccion, si el enzima requiere cofactores , la dependencia de la actividad
enzimtica respecto a la concentracin de sustrato, el pH optimo y una zona de temperatura
en la cual el enzima sea estable y tenga una actividad elevada. Tambin se requieren
generalmente elevadas concentraciones de sustrato demodo que la velocidad inicial de
reaccion, sea proporcional a la concentracin de enzima.
Se define 1 unidad de actividad enzimtica como la cantidad de enzima que produce la
transformacin de 1 mol de sustrato por minuto a 25C en condiciones optimas de medida.
El termino actividad se refiere a las unidades totales de enzima en una solucin. La actividad
especifica es el numero de unidades enzimticas por miligramo de protena. La actividad
especifica constituye una medida de la pureza enzimtica: aumente durante la purificacin de
una enzima y llega a ser mxima y constante cuando el enzima es puro. Despus de cada
paso de purificacin, se determina la actividad de la preparacin (actividad enzimtica), se
determinan independientemente la cantidad total de protena y se calcula el cociente de los
dos valores, la actividad especifica. La actividad y la protena total generalmente disminuyen
en cada paso. La actividad disminuye porque siempre se produce alguna perdida debido a

inactivacin o a interacciones no optimas con los materiales cromatogrficos o con otras

molculas de la disolucin.
En el caso de protenas que no sean enzimas se requieren otros mtodos de cuantificacin.
Las protenas de transporte pueden determinarse por su unin a la molcula que transportan,
y las hormonas y toxinas por los efectos biolgicos que produce.
Propiedades fisicoqumicas
Hidrolisis especifica de uniones peptdicas
Grados de organizacin estructural
Se definen normalmente cuatro niveles de estructura de las protenas, ordenados en una
especie de jerarqua conceptual segn su complejidad: estructura primaria, secundaria,
terciaria y cuaternaria. Cada una de estas estructuras informa de la disposicin de la anterior
en el espacio.
La estructura primaria es una descripcin de todos los enlaces covalentes (principalmente
enlaces peptdicos y puentes disulfuro) que unen los aminocidos de una cadena
polipptidica. El elemento ms importante de la estructura primaria es la secuencia de los
residuos aminocidos. Cada protena tiene un numero y secuencia distintivos de residuos
aminocidos. La estructura primaria de una protena determina la forma en que se pliega en
una estructura tridimiensional nica y esta, a su vez, determina la funcin de la protena.
Cada tipo de protena tiene una secuencia de aminocidos nica. Si se altera la estructura
primaria, la funcin de la protena tambin puede cambiar. Al comparar protenas con
funciones similares de diferentes especies encontramos que a menudo tienen secuencias de
aminocidos similares. La secuencia de aminoaciodos de una protena no esta fijada
absolutamente, sino que es posible cierta flexibilidad (polimrficas). Muchas de estas
variaciones de secuencias no tienen ningn efecto, o muy poco, sobre la funcin de la
protena. A pesar de que la secuencia puede variar considerablemente en algunas regiones
sin afectar a la funcin biolgica, tambin contienen a menudo regiones cruciales que son
esenciales para su fucnion y cuya secuencia se encuentra conservada. El conocimiento de la
secuencia de aminocidos de una protena puede proporcionar datos acerca de su estructura
tridimensional y funcin, su localizacin celular y evolucin.
No se conoce con detalle el modo en que la secuencia de aminocidos determina la
estructura tridimensional, ni puede predecirse siempre la funcin a partir de la secuencia. Sin
embargo existe familias de protenas que tienen algunas caractersticas estructurales y
funcionales compartidas que pueden identificarse rpidamente sobre la base de la similitud
de las secuencias. Las protenas individuales se asignan a las diferentes familias en funcin
del grado de similitud de sus secuencias.
Diversas subestructuras similares o dominios se hallan presentes en muchas protenas no
relacionadas funcionalemnte. Estos dominios se pliegan a menudo dando configuraciones
estructurales que tienen un grado de estabilidad excepcional o que estan especializadas para
cierto entorno.
La estructura secundaria se refiere a la disposiciones particularmente estables de los
aminocidos que dan lugar a patrones estructurales repititivos, refiere a cualquier segemento
especifico de una cadena polipptidica y describe la distribucin espacial local de los atomos
de su cadena principal sin tener en cuanta la conformacin de sus cadenas laterales un su
relacin con otros segmentos. Una estructura secundaria se considera regular cuando todos
los angulos diedros y adoptan valores iguales o casi iguales en todo el segmento. Existe
un numero limitado de estructuras secundarias que son muy estables y que se encuentran
ampliamente distribuidas en las protenas. Las mas destacables son la conformacin en hlice
y la conformacin ; otro tipo comn recibe el nombre de giro . All donde no se observa
una estructura regular, la estructura se suele describir como indefinida o como ovillo
estadstico. Sin embargo, esta ultima denominacin no describe correctamente la estructura
de estos segmentos.

La disposicion mas sencilla que podria adoptar una cadena polipptidica, teniendo en cuenta
la rigidez de sus enlaces peptdicos (y tambin la libertad de rotacin de los dems enlaces
sencillos) es una estructura en hlice, la hlice . En esta estructura el esqueleto polipeptidico
se encuentra estrechamente enrollado alrededor de un eje imaginario dibujado
longitudinalmente por el centro de la hlice, y los grupos R de los residuos aminocidos
sobresalente hacia fuera del esqueleto helicoidal. La unidad repetitiva es el giro de hlice que
ocupa alrededor de 5,4 a lo largo del eje longitudinal, y cada giro de la hlice incluye 3,6
residuos aminocidos. El giro de la hlice es dextrgiro en todas las protenas. La hlice
hace un uso optimo de los puentes de hidrogeno internos. La estructura se encuentra
estabilizada por un enlace d hidrogeno entre el atomo de hidrogeno unido al atomo de
nitrgeno electronegativo de un enlace peptdico y el atomo de oxigeno carbonilico
electronegativo del cuarto aminocido que se encuentra del lado amino-terminal con respecto
al mismo. Cada uno de los enlaces de la hlice, excpeto los que estan prximos a cada
extremo de la hlice, participa en esta trama de enlaces hidrogeno. Cada vuelta sucesiva de
hlice se mantiene unida a las vueltas adyacentes mediante tres o cuatro enlaces de H que
proporcionan una estabilidad considerable.
No todos los polipptidos pueden formar una hlice estable. Cada residuo aminocido tiene
una tendencia intrnseca a formar hlice , lo que regleja las propiedades del grupo R y el
modo en que estas afectan la capacidad de los atomos de cadena principal colindantes para
adaptarse a los vaoler caracteristicos de los angulos y . La posicin de un residuo
aminocido con respecto a sus vecinos tambin es importante. Las interacciones entre
cadenas laterales pueden estabilizar o desestablizar la estructura helicoidal. El giro de la
hlice implica la existencia de interacciones criticas entre la cadena lateral de un aminocido
y la cadena lateral que se encuentra tres, o cuatro, aminocidos separada de ella en
cualquiera de las dos direcciones. Los aminocidos cargados positivamente se encuentran a
menudo a tres residuos de distancia de aminocidos cargados negativamente, lo que permite
la formacin de pares ionicos. A menudo se observa tambin un espaciamiento similar en el
caso de dos aminocidos aromticos, lo que da lugar a una interaccion hidrofbica.
Existen cinco tipo de restricciones diferentes que afectan a la estabilidad de la hlice: la
tendencia intrnseca de cada residuo aminocido a formar una hlice ; las interacciones
entre grupos R, en particular los que se encuentran a tres o cuatro residuos de distancia; el
volumen de los grupos R adyacentes, la prescencia de residuos de Pro y Gly; y las
interacciones entre residuos aminocidos en los extremos del segmento helicoidal y el dipolo
elctrico inherente a la hlice. Por consiguiente, la tendencia de un segmento determinado de
una cadena a plegarse en hlice depende de la identidad y la secuencia de residuos
aminocidos en el segmento.
La conformacin es una conformacin mas extendida de las cadenas polipeptidicas. En
esta, el esqueleto de la cadena polipptidica se encuentra extendido en zig-zag en lugar de
plegarse como una hlice. Las cadenas polipeptidicas en zig-zag pueden disponerse de
manera adyacente fomrando una estructura que semaja una seria de plieques. En esta
disposicin (hoja ) se forman enlaces de hidrogeno entre segmentos asyacentes de cadena
polipeptidica. Los segmentos individuales que forman hoja son normalemte cercanos dentro
de la cadena polipeptidica, pero tambin pueden estar muy distantes uno de otro en la
secuencia lineal del polipeptio; incluso en cadenas diferentes. Los grupos R de aminocidos
adyacentes sobresalen de la estructura en zig-zag en direcciones opuestas. Las cadenas
polipeptidicas adaycentes de la hoja pueden ser paralelas o antiparalelas. Algunas
estructuras proteicas limitan los tipos de aminocidos que pueden encontrarse en las
estructuras . Cuando dos o mas hojas se encuentran densamente empaquetadas en una
protenas, los grupos R de los residuos aminocidos de las superficies de contacto deben ser
relativamente pequeos.
En las protenas globulares , con una estructura de plegamiento compacta, se encuentran
aminocidos en giros o bucles donde la cadena polipptidica cambia de direccin. Son
elementos de conexin que unen tramos sucesivos de hlices o conformaciones . Los giros
que conectan los extremos adyacentes de dos segmentos de hojas antiparalelas son
frecuentes. Los giros se encuentran a menudo cerca de la superficie de las protenas, donde
los grupos peptdicos de los dos residuos aminocidos centrales en el giro pueden formar
enlaces hidrogeno con el agua.

La estructura secundaria de un segmento polipeptidico puede definirse completamente si se

conocen los valores de los angulos y de todos los aminocidos del segmento.
La estructura terciaria describe todos los aspectos del plegamiento tridimensional de un
polipptido. Es la disposicion tridimensiona global de todos los atomos de una protena.
Aminoacidos que estn alejados en la secuencia polipeptidica y que se encuentran en tipos de
estructura secundaria diferentes pueden interaccionar dentro de la estructura totalmente
plegada de la protena. La localizacin de giros en lacadena estan determinados por el
numero y la localizacin de aminocidos especficos promotores de su formacin. Los
segmentos que interaccionan dentro de la cadena polipeptidicca se mantienen en su posicin
terciaria caracterstica gracias a diferentes tipos de interacciones enlazantes debiles y a
veces mediante enlaces covalentes entre los segmentos.
Describe la conformacin definitiva y especfica de la protena. Durante el enrollamiento de la
cadena peptdica, para dar origen a la estructura terciaria, los puentes de hidrgeno y la
interacciones inicas e hidrofbicas entre una parte de la cadena y otra son las fuerzas que
mantienen los pliegues en posicin espacial correcta. Por otra parte, los puentes disulfuro (-SS-) que se forman entre los aminocidos de cistena pueden acercar partes que se hayan
distantes en una protena, de hecho algunos sitios activos de enzimas estn constituidos por
ellos. Adems, en la protena tambin se forman algunos otros enlaces covalentes para
mantener su estructura terciaria que por lo general es globular.
Para comprender una estructura tridimensional completa necesitamos analizar sus patrones
de plegamiento:
Motivo, estructura supersecundaria, plegamiento: patrn de plegamiento reconocible que
incluye dos o mas elementos de estructura secundaria y conexin entre ellos. Puede ser muy
simple o tratarse de una estructura muy elaborada. En algunos casos un nico motivo grande
puede incluir toda la protena. Describe una pequea parte de una protena o una cadena
polipeptidica entera. Como por ejemplo el lazo -- o el barril .
Dominio: parte de una cadena polipeptidica que es estable de manera independiente y que
puede moverse como una entidad nica con respecto al resto de la protena. Los polipptidos
con mas de unos pocos centenares de aminocidos suelen plegarse formando dos o mas
dominios, a veces con funciones diferentes. En muchos casos un dominio de una protena
grande mantendr su estructura tridimensional correcta incluso cuando se separa del resto de
la cadena polipeptidica. En una protena con multiples dosminios cada uno de llos puede
aparecer como un lbulo globlar distinto, sin embargo es mas habitual que los numerosos
contactos entre dominios hagan difcil discernir los dominios individuales. A menudo los
diferentes dominios tienen funciones distintas. Normalmente las protenas pequeas tienen
un solo domino (el dominio es la protena).
El plegamiento de los polipptidos esta sujeto a una serie de restricciones fsicas y qumicas:

Las interacciones hidrofbicas aportan una gran contribucin a la estabilidad de las

estructuras. La interiorizacin de los grupos R de los aminocidos hidrofbicos que permite
la exlusion de las molculas de agua requiere un minimo de dos capas de estructura
secundaria.
Cuando coinciden simultneamente en las protenas, la hlices y las hojas se suele
localizar en diferentes capas estructurales.
Los segmentos adyacentes en la secuencia de aminocidos estan normalmente apilados
uno junto a otro en la estructura plegada. Aunque segmentos distantes en el polipptido
pueden estar juntos en la estructura terciaria, esta no es la norma habitual.
Las conexiones entre elementos de estructura secundaria no pueden cruzarse o formar
nudos.
La conformacin es mas estable cuando los segmentos individuales estan ligeramente
torsionados en sentido dextrgiro.

Se dice que pertenecen a la misma familia de protenas aquellas que presentan una similitud
significativa en su estructura primaria y que poseen una estructura terciaria y funcin
similares, o que renen ambas caractersticas.
No todas las protenas se pliegan espontneamente a medida que se sintetizan en la clula.
Para el plegamiento de muchas protenas es necesaria la accin de las chaperonas
moleculares, protenas que interaccin con polipptidos parcial o incorrectamente plegados,
facilitando rutas de plegamiento correctas o aportando micro entornos en los que pueda tener
lugar el plegamiento.
Algunas protenas estn constituidas por dos o ms cadenas polipeptdicas o subunidades,
que pueden ser idnticas o diferentes. La disposicin de estas subunidades proteicas en
complejos tridimensionales forman la estructura cuaternaria. La asociacin de cadenas
polipeptdicas puede servir para una diversidad de funciones. Muchas protenas
multisubunidades tienen funciones reuladoras; la unin de pequeas molculas puede alterar
la interaccion entre subunidades producieno grandes cambios en la actividad de la protena
en respuesta a pequeos cambios en la concentracin de sustrato o molculas reguladoras.
En otros casos subunidades diferentes pueden llevar a cabo funciones separadas aunque
relacionadas. Una protena multisubunidad se conoce tambin como multimero. Un
multimero con solo unas pocas subunidades se denomina a menudo oligomero. Si un
multimero esta constituido por varias subunidades diferentes, la estructura global de la
protena puede ser asimtrica y bastante complicada. Sin embargo, la mayora de los
multimeros tienen subunidades idnticas o grupos repetidos de subunidades no idnticas a
menudo dispuestos simtricamente. La unidad de repeticin estructural en este tipo de
protena multimerica, tanto si es una sola subunidad o un grupo de subunidades, se denomina
protomero. Las subunidades idnticas de las protenas multimericas se ordenan generalmente
en uno o en un numero limitado de patrones de simetra, por ejemplo rotativa o helicoidal.
Mtodos de estudio
Fuerzas que estabilizan la estructura proteica
Se denoomina conformacin a la disposicion espacial de los atomos de una protena. Las
posibles conformaciones de una protena incluyen cualquier estado estructural que pueda
lograrse sin romper enlaces covalentes. De las numerosas conformaciones tericamente
posibles para una protena que contiene cientos de enlaces sencillos, hay una o, mas
generalmente, unas pocas que predominan en condiciones biolgicas. Las protenas que se
encuentran en cualuqiera de sus conformaciones funcionales y plegadas se denominan
protenas nativas. Una cadena polipptidica determinada puede adoptar tericamente
incontables conformaciones diferentes, lo que hace que su estado desplegado se caracterice
por un alto valor de la entropa conformacional, esto junto con las interacciones por enlace de
hidrogeno de grupos de la cadena con el disolvente, tiende a favorecer el mantenimiento del
estado desplegado.
Entre las interacciones qumicas que contrarrestan estos efectos y estabilizan la conformacin
nativa se encuentran los enlaces disulfuro (covalentes) y las interacciones dbiles (no
covalentes; enlaces hidrogeno, interacciones ionicas e interacciones hidrofbicas.
Muchas protenas carecen de enlaces disulfuro. El medio intracelular es, en la mayora de los
casos muy reductor, lo que evita enlaces -S--S-. En eucaritoas los enlaces disulfuro se
encuentran principalemtne en las protenas secretadas extracelularmente.
Para las protenas intracelulares de la mayora de los organismos, las interacciones dbiles
son de especial importancia para el plegamiento de las cadenas polipeptidicas en sus
estructuras secundaria y terciaria. La asociacin de multiples polipptidos para la formacin
de estructuras cuaternarias tambin depende de estas interacciones dbiles. Los enlaces
covalentes individuales son mucho mas fuertes que las interacciones dbiles individuales. Sin
embargo, al ser tan numerosas, las interacciones dbiles son las que predominan como fuerza
estabilizante de la estructura de las protenas. En general, la conformacin proteica de menor
energa libre (mas estable) es aquella que posee el mayor numero de interacciones dbiles.

En la contribucin de las interacciones debiles a la estabilidad, suelen predominar las

interacciones hidrofbicas. Cuando el agua rodea una molecula hidrofbica, la optimizacin
de los enlaces de hidrogeno da como resultado al formacin de una capa de solvatacin de
agua altamente estructurada en la inmediata proximidad de la molecula. El incremento del
orden de las molculas deagua en la capa de solvatacin tienecomo consecuencia un
descenso desfavorable en la entropa delagua. Sin embargo, cuando los grupos hidrofbicos
se agrupan se reduce esta capa de solvatacin al no ofrecer cada uno de los grupos su entera
superficie a la disolucin. Como resultado se produce un aumento favorable de la entropa.
Este aumento de entropa es la principal fuerza termodinmica que promueve la asocicion de
grupos hidrofbicos en disolucin acuosa. Por esta razn las cadenas laterales hidrofbicas de
los aminocidos tienden a empaquetarse en el interior de la protena, evitando su interaccion
con el agua.
En condiciones fisiolgicas la formacin de enlaces de hidrogeno e interacciones ionicas en
una protena son tambin procesos dirigidos en gran medida por el mismo efecto entrpico.
Los grupos polares pueden formar normalmente enlaces de hidrogeno con el agua y son por
tanto solubles en ellas. Sin emabrgo, el numero de enlaces de hidrogeno por unidad de masa
es generalmente mayor en el agua pura que en cualquier otro liquido, por lo que existen
limites a la solubilidad de incluso las molculas mas polares, a causa de la disminucin neta
de enlaces de hidrogeno por unidad de masa que se produce cuando estan presentes. En
consecuencia, y hasta cierto punto, tambin se formara una capa de solvatacin de agua
estructurada alresdeor de las molculas polares. A pesar de que la energa de formacin de
enlaces de hidrogeno intramoleculares entre dos grupos polares de una macromolecula se
compensa en gran parte por la eliminacin de las interacciones entre estos mismos grupos y
el agua, la liberacin de agua estructurada en forma de interacciones intramoleculares
proporciona una fuerza entrpica impulsora del plegamiento.
Tambien es importante que cualquier grupo polar o cargado situado en el interior de la
protena tenga cerca otros grupos adecuados para el establecimiento de enlaces de hidrogeno
o interacciones ionicas.
La contribucin de un enlace de hidrogeno a la estabilidad de la estructura nativa parece
pequea, pero la presencia de grupos con potencial de formacin de puente de hidrogeno o
de grupos cargados sin la pareja adecuada en el interior hidrofbico de la protena puede ser
tan desestabilizantes que las conformaciones que los contienen son a menudo imposibles de
adoptar termodinmicamente. El cambio favorable de energa libre debido a la combinacin
de varios de estos grupos con otros grupos de la disolucin externa puede ser mayor que la
diferencia de energa libre entre los estados plegados y desplegado. Adems, los enlaces de
hidrgenos entre gurpos de la protena se forman cooperativamente (la formacin de un
enlace facilita la formacin de los siguientes) en estructuras secundarias repetitivas que
optimizan el uso de los enlaces de hidrogeno.
La interaccion entre grupos de carga opuesta que forman un par ionico, o puente salino,
puede tener efectos estabilizantes o desestabilizantes sobre la estructura. Al igual que sucede
con los enlaces de hidrogeno, las cadenas laterales de los aminocidos cargados
interaccionan con el agua y las sales cuando la protena esta desplegada, por lo que la
perdida de estas interacciones debe considerarse al evaluar el efecto de un puente salino
sobre la estabilidad global de una protena plegada. Sin embrago, la fuerza de un puente
salino incrementa al desplazarse hacia un entorno con menor constante dielctrica: desde el
disolvente polar polar acuoso hasta el interior no polarde la protena. Por tanto, los puentes
salinos, en especial aquellos que estan parcial o completamente ocultos en el interior, pueden
aportar una estabilizacin significatuva a la estructura. Las interacciones ionicas tambin
limitan la flexibilidad estructural, confiriendo a la estructura proteica una individualidad que
no pueden proporcionar las interacciones hidrofbicas no especificas.
Los residuos hidrofbicos se encuentran mayoritariamente sepultados en el interior de la
protena, lejos del contacto con el agua. Se forman el mayor numero posible de enlaces de
hidrogeno e interacciones ionicas dentro de la protena, lo que reduce el numero de grupos
capaces de formar enlaces de hidrogeno y de grupos ionicos no apareados con un grupo
adecuado.

Efecto hidrfobo: tendencia de los grupos para asociarse entre si en virtud de su

exclusin del agua.
Puentes de hidrogeno: cooperan en el plegamiento y ayudan a estabilizar la
conformacin nativa.
Fuerzas de Van der Waals: entre residuos no polares, lo que permite un
empaquetamiento eficiente y contribuye a la estabilidad de las protenas globulares.
Puente disulfuro: se forma por oxidacin de 2 grupos SH (sulfidrilo) de 2 sistemas de la
misma o distinta cadena.
Interacciones ionicas: se da entre las cadenas laterales.

Desnaturalizacin
Proceso que altera la estructura terciaria y cuaternaria de la protena provocando la perdida
de actividad biolgica. En algunos casos puede ser reversible. Los agentes desnaturalizantes
pueden ser: pH, temperatura, agentes caotropicos, detergentes.
Cambios modestos en el entorno de la protena pueden acarrear cambios estructurales
capaces de afectar a la funcin. Condiciones diferentes a las de la celula pueden provocar
cambios, grandes o pequeos, en la estructura de la protena. La perdida de estructura
tridimensional suficiente para originar la perdida de la funcin se denomina desnaturalizacin.
El estado desnaturalizado no se equipara necesariamente con el deplegamiento completo de
la protena y la perdida total de la conformacin.
La mayora de las protenas se pueden desnaturalizar mediante calor, el cual afecta de una
manera compleja a las interacciones debiles de una protena (principalmente los enlaces de
hidrogeno). Si se aumenta lentamente la temperatura, la conformacion de la protena suele
permanecer intacta hasta que tiene lugar una perdida brusca de la estructura dentro de un
estrecho margen de temperatura. La brusquedad del cambio sugiere que el desplegamiento
es un proceso cooperativo: la perdida de estructura en una parte de la protena desestabiliza
otras partes.
Tambien se puede llevar a cabo por la accin de extremos de pH, de ciertos disolventes
organicos miscibles en agua (alcohol,acetona) o de ciertos solutos, o mediante detergentes.
Actuan principalmente rompiendo las interacciones hidrofbicas que forman el nucleo estable
de las protenas globulares; los extremos de pH alteran la carga neta de la protena, dando
lugar a la aparicin de repulsiones electrostticas y a la destruccin de algunos enlaces
hidrogeno.
La estructura terciaria de una protena globular esta determinada por su secuencia de
aminocidos. Algunas protenas globulares desnaturalizaadas por el calor, extremos de pH o
reactivos desnaturalizantes, son capaces de recuperar su estructura nativa y su actividad
biolgica si son devueltas a condiciones en las que la conformacin nativa es estable. Este
proceso se conoce como renaturalizacion.
Inmunologia
Todos los vertebrados poseen un sistema inmune capaz de distinguir las molculas propias de
las ajenas y destruir a continuacin las consideradas ajenas. El sistema inmune elimina virus,
bacterias y otros patgenos, asi como molculas que puedan representar una amenaza para
el organismo. La respuesta del sistema inmune es un entramado complejo de interacciones
entre muchas clases de protenas, molculas y tipos celulares.
La respuesta inmune es el resultado de la accin de dos sistemas complementarios. El
sistema inmune humoral, esta dirigido contra infecciones bacterianas y virus extracelulares,
pero tambin puede responeder a protenas externas individuales. El sistema inmune celular
destruye las clulas propias infectadas por virus, y tambin parasitos y tejidos ajenos.
La base proteica de la respuesta inmune humoral esta formada por unas protenas solubles
llamadas anticuerpos o inmunoglobulinas (Ig). Las inmunoglobulinas se unen a las bacterias,
a los virus o a molculas grandes identificadas como ajenas, marcndolas para su

destruccin. Las inmunoglobulinas consituyen hasta un 20% de las protenas sanguneas y

son producidas por los linfocitos B o clulas B.
Los agentes que conforman la base de la respuesta inmune son una clase de linfocitos T o
clulas T, llamadas clulas T citotxicas. El reconocimiento de las clulas infectadas o de los
parasitos implica unas protenas llamadas receptores de las clulas T que se encuentran en la
superficie de las clulas Tc. Los receptores son protenas que habitualmente se disponen en la
superficie exterior de las clulas y se extienden a travs de la membrana plasmtica;
reconocen y unen ligandos extracelulares, desencadenando una serie de cambio en el interior
de la celula.
Tambien encontramos las clulas T helper, cuya funcin es producir unas protenas
sealizadoras solubles llamadas citoquinas. Las clulas Th interaccionan con los macrfagos.
Las clulas Th participan solo de manera indirecta en la destruccin de clulas infectadas y
patgenos, estimulando la proliferacin selectiva de las clulas Tc y B que pueden unirse a un
antgeno particular. Este proceso, llamado seleccin clonal, aumenta el numero de clulas del
sistema inmunitario capaces de responder a un patgeno concreto.
Cada protena de reconocimiento del sistema inmune, ya sea un receptor de clulas T o un
anticuerpo producido por una celula B, se une de manera especifica a alguna estructura
qumica concreta, distinguindola prcticamente de cualquier otra.
Se conoce como antgeno cualquier molecula o patgeno capaz de generar una respuesta
inmune. Un antgeno puede ser un virus, una pared bacteriana, una protena individual u otras
macromolculas. A un antgeno complejo se le puede unir una serie de anticuerpos diferentes.
Un anticuerpo o un receptor de clulas T concreto se unira solamente a una estructura
molecular determinada dentro del antgeno denominada determinante antignico o epitopo.
Las molculas con pequeas generalmente no actan como antgenos. No obstante, cuando
estas molculas pequeas se unen covalentemente a grandes protenas en el laboratorio,
pueden usarse para originar una respuesta inmune. Estas molculas pequeas se denominan
haptenos. Los anticuerpos producidos como respuesta a los haptenos unidos a protenas se
unirn entonces a las mismas molculas pequeas en su forma libre. Este tipo de anticuerpos
se emplea algunas veces en el desarrollo de pruebas analticas.
Las inmunoglobulinas G (IgG) son la principal clase de molculas de anticuerpo y unas de las
protenas mas abundantes en el suero sanguneo. Las IgG tiene cuatro cadenas polipeptidicas:
dos cadenas largas, llamadas cadenas pesadas, y dos cadenas ligeras, unidas por enlaces no
covalentes y puentes disulfuro formando un complejo. Las cadenas pesadas interaccionan en
un extremo y se abren para interaccionar separadamente con las cadenas ligeras, formando
una molecula en forma de Y. En las bisagras que separan la base de la IgG de sus ramas, la
inmunoglobulina puede ser cortada por proteasas. La rotura con la proteasa libre el fragemnto
basal, llamado Fc debido a que suele cristalizar fcilmente, y las dos ramas, conocidas como
Fab, los fragmentos de unin a antgeno. Cada rama tiene un nico sitio de fijacin de
antgeno. Cada cadena esta compuesta por dominios identificables: algunos son constantes
en secuencia y estructura de una IgG a otra, otros son variables. Los dominios constantes
tienen una estructura caracterstica conocida como plegamiento tipo inmunoglobulina. Hay
tres de estos dominios constantes en cada cadena pesada y uno en cada cadena ligera. Las
cadenas pesada y ligera poseen adems un dominio variable cada una, en el cual se encuetra
la mayor parte de la variabilidad en la secuencia de aminocidos. Los dominios variables se
asocian para crer el sitio de fijacin del antgeno.
En muchos vertebrados las IgG son solamente una de las cinco clases de inmunoglobulinas.
Cada clase tiene un tipo caracterstico de cadena pesada, llamadas , , , y , que
corresponden a las IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, respectivamente. Hay dos tipos de cadena ligera,
y , que estn presentes en todas las clases de inmunoglobulinas.
La especificidad de unin de un anticuerpo viene determinada por la composicin de
aminocidos de los dominios variables de sus cadenas pesada y ligera. Muchos residuos de
estos dominios son variables, aunque no en la misma medida. Algunos, principalemnte

aquellos que recubren el sitio de fijacin del antgeno, son hipervariables. La especificidad se
debe a la complementariedad qumica entre el antgeno y su sitio de fijacin especifico, en
trminos de forma y localizacin de grupos cargados, no polares y formadores de puentes de
hidrogeno. En muchos casos, la complementariedad se consigue de modo interactivo gracias
a que las estrucutras del antgeno y del sitio de fijacin se influyen mutuamente durante la
aproximacin del ligando. A continuacin, cambios conformacionales en el anticuerpo y/o en
el antgeno permiten una completa interaccion entre grupos complementarios (encaje
inducido).
La extraordinaria afinidad y especificidad de unin de los anticuerpos los convierten en
valioso reactivos para el anlisis. Se emplean dos tipos de anticuerpo. Los policlonales, son los
producidos por diferentes pobleaciones de linfocitos B en respuesto a un antgeno. Las clulas
de la poblacin de linfocitos B producen anticuerpos que unen especficamente diferentes
epitopos dentro del antgeno. Por lo tanto, una preparacin policlonal contiene una mezcla de
anticuerpos que reconocen diferentes partes de una protena. Los anticuerpos monoclonales
se sintetizan por una poblacin de clulas B idnticas crecidas en cultivo celular. Estos
antucerpos son homogneos, todos reconocen el mismo epitopo.