UNITAT DRMN

SERVEIS CIENTIFICOTCNIS
UNIVERSITAT DE BARCELONA

OPERACIONES BSICAS DE
PROCESADO EN LOS
ESPECTROS VARIAN

2.0
05/05/2005

VERSION

Miguel Feliz vnmr1@asterix.rmn.ub.es

Unitat dRMN de Alt Camp

Serveis Cientficotcnics
PROCESADO DE EXPERIMENTOS DE 1D

ETAPAS PREVIAS

Conexin al sistema de Terminales ( programas Xwin32 para PC o Xterm para Mac)

Seleccin del servidor (menhir, thor o lapera) En funcin de la proximidad y del equipo de
procedencia de los espectros.
Inicio de la sesin de VNMR
Consultar la informacin sobre la instalacin y configuracin de los programas de X-terminales en la
pag web de la Unidad de RMN http://www.rmn.ub.es en el apartado de Utilidades para el
procesado

DEFINICIN DEL ESPACIO DE TRABAJO ( EXPERIMENTOS)

En el sistema de vnmr es posible definir hasta 999 experimentos. No obstante, por razones de espacio es
necesario reducir el nmero de experimentos y borrar aquellos que no se utilicen
-

Informacin sobre los experimentos disponibles

explib

Crear un nuevo experimento

cexp(#)

Cambiar al experimento seleccionado

jexp#

Borrar un experimento ( no el exp1)

delexp(#)

Desbloquear un experimento

unlock(#)

En todos los casos el carcter # quiere indicar el nmero del experimento

PRIMERAS OPERACIONES CON EL ESPECTRO

- Cargar los datos:

Situarse en el experimento en que se quiere trabajar y con la ayudar del macro espectros, seleccionar
directorio del equipo donde se encuentran los datos y a continuacin con la opcin change del men (file)
seleccionar el directorio del mes_ao que contiene el espectro, marcar el espectro a procesar y cargarlo en el
experimento activo con la opcin load del men (apartado de File)

Revisar las condiciones del experimento

dg

Comprobar que el espectro es el deseado y que el texto es correcto text

PROCESADO DEL ESPECTRO DE 1D

-

En caso necesario reajustar las condiciones de procesado. Las funciones de procesado se pueden
consultar con el comando dg o bien en la pestaa de Process(ventana inferior)
En los espectros de 13C y DEPT se utiliza la funcin de lb (exponencial decreciente) que permite un
cierto incremento de sensibilidad, aunque a costa de un ensanchamiento de las seales, equivalente
al valor de lb utilizado.

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lb = 0 Hz
0.2

0.4

0.6

wt

0.2

0.4

0.8

1.0

1.2

s ec

lb = 2 Hz
0.6

0.8

1.0

1.2

ft
sec

En los espectros de protn puede utilizarse un ligero lb, equivalente al inverso del tiempo de adquisicin
no ocasiona un incremento significativo de anchura y se consigue una mejora del espectro. En el caso de
que en protn se quiera mejorar la resolucin puede emplearse un lb negativo o bien una combinacin de
funciones como la que se obtienen con el macro hammexp para incrementar la resolucin. En estos dos
ltimos casos, debe tenerse en cuenta que se pueden producir importantes distorsiones de la forma de
las seales invalidando la integracin. Tambin debe tenerse precaucin sobre falsos desdoblamientos
que puedan ocasionarse y que daran lugar a errores en la determinacin de J a larga distancia.

hammexp

Efectuar la transforma de Fourier

wft

AJUSTES PREVIOS DEL ESPECTRO

- Poner en la pantalla todo el espectro adquirido

ff o f

- Ajustar la fase en caso necesario.

Modo automtico
Para ajustar slo la fase de orden cero

aph
aph0

El ajuste de fase automtico puede verse facilitado si se utiliza un ligero lb, que posteriormente se puede
suprimir. En el caso de espectros de protn realizados con muestras muy concentradas el ajuste de fase
automtico puede ser imposible.

Manual, activar la opcin phase del men. Ajustar la fase de orden cero en la parte derecha del
espectro y despus en la parte izquierda ajustar la fase de orden1 (dependiente de la frecuencia)

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fase de orden cero

fase de primer orden

- Referenciar el espectro o comprobar que la referencia es correcta

Situar el cursor sobre una seal con el desplazamiento qumico conocido (TMS, disolvente, etc) y
aplicar la siguiente secuencia de ordenes nl rl(#p), por ejemplo nl rl(7.24p) tomando la seal del
cdcl3 como referencia. En el caso de que no se ponga p el sistema entiende que se trata de Hz
DEFINIR LAS ZONAS DE INTEGRACIN Y CORRECCIONES DE LA LINEA DE BASE
- Activar el display de integracin mediante las opciones del men full integral o part integral
- Comprobar que las zonas de integracin definidas son correctas
- En caso necesario, se pueden borrar todas las zonas de integracin cz
- Para definir de nuevo las zonas de integracin existen dos procedimientos:
Automtico
region o regionh
Manual, activar la opcin
resets en el men
- En el caso de que las curvas de integracin tengan una pendiente pronunciada en su parte inicial y/o

final ,debe corregirse la lnea de base

Correccin de la deriva de la lnea de base
dc
Correccin polinomial de la lnea de base, es necesario tener correctamente definidas las zonas
de integracin
bc

bc

Ajustes en la integracin
Para fijar la altura, reajustar el valor del parmetro is. Con el cursor central del ratn sobre una

curva de integracin se puede modificar la altura de la integracin (con la integral activada)

ins=xxxxx
dli dlin

Normalizacin de la integral Suma de todas las integrales

Listado de integrales
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Definicin del valor de una integral

setint(2,10)

1 nm: region seleccionada, 2 valor de la integracin de la region

Integral ajustada a un valor de 10, en el segundo

punto del listado de integrales

AJUSTES DEL DISPLAY Y DE LAS CONDICIONES DE REGISTRO

-

Definir la zona del espectro a imprimir

Con dos cursores seleccionar la zona a imprimir y expandirla con la opcin expand del men.
Tambin es posible indicar la anchura del espectro con los parmetros wp y sp, por ejemplo
wp=10p (10 ppm) y sp=-20 (-20 Hz)

Ajustar la altura de las seales

Reajustar el valor del parmetro vs
Utilizando el cursor central del ratn sobre una seal ( sin tener la integral activada)

Ajustar la posicin vertical del espectro

Reajustar la posicin con el parmetro vp
Tambin es posible ajustar la posicin vertical, arrastrando con el botn central del ratn
presionado (el cursor debe estar situado en la parte izquierda del display)

Definir la posicin de corte para tener el listado de frecuencias

Activar la opcin th del men
El listado de seales se puede comprobar con el comando dpf, el espectro normal se recupera
con la orden ds
Salvar las condiciones de display

s1s9

Recuperar las condiciones del display

r1.r9

Las opciones de salvar y guardar las condiciones del display son de utilidad cuando se quieren hacer uno o ms
insets en el grafico o simplemente cuando se quieren exportar estas condiciones de display a otros experimentos
(comparacin de resultados)

PARAMETROS DE DISPLAY

th
wc2max

wc

sc2

vp

wc

sc

wcmax
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El espectro se puede representar en intensidad absoluta (ai) que permite comparar espectros distintos.
Tambin puede utilizarse el modo normalizado, el ms frecuente, en el cual la seal ms intensa se ajusta
al valor de vs
-

Ajuste del tamao del display

f
full
ff

muestra todo el espectro

el display ocupa todo el espacio disponible
es un macro combinacin de las dos rdenes anteriores.

REGISTRO DEL ESPECTRO DE 1D

-

Comprobar el plotter que est activo

plotter?

Para ver que plotters estn disponibles utilizar el comando showplotter

Es posible pasar a otro plotter con la orden plotter=nombre del plotter, por ejemplo
plotter=dj6r
El cambio de plotter puede modificar el aspecto del espectro en la pantalla al cambiar el rea de
registro disponible. En tal caso puede ser necesario reajustar las condiciones de registro,
utilizando el comando full

El cambio del tamao en la pantalla del display en funcin del plotter seleccionado, se produce cuando el parmetro
wysiwgyg est activo (se registra es lo que se ve). En el caso de wysiwgyg=n el display siempre est ajustado al
mximo de la pantalla (salvo que se modifique manualmente el wc y sc)
-

Comandos para el registro de espectros

pl1

pl
pscale

pltext
ppf
pap
pll

se obtiene el espectro, integracin (si est activa), escala, listado de frecuencias, texto
y los valores de las zonas de integracin. Este comando es vlido para los espectros
de 1D 1H, 13C y otros ncleos. No es aconsejable para el DEPT
registro del espectro e integracin en el caso de que est activa.
dibuja la escala. con pscale($), siendo $ un nmero entero, es posible definir la
posicin vertical de la escala
dibuja el texto en la esquina superior izquierda del papel
listado de frecuencias en la vertical de las seales marcadas.
listado de condiciones experimentales en la zona izquierda del papel
enva la lista de seales al plotter (parte izquierda del papel)

- Envo del registro al plotter. Una vez seleccionados los comandos para proceder al registro de los

espectros, los ficheros de registro generados deben enviarse al plotter con la orden page.

La orden page(clear) borra los ficheros que se han generado con las ordenes de registro, como

pl1 o pl , etc.
Con page(file) el fichero de registro se guarda, en el directorio activo, con el nombre file

- Incluir un inset en un espectro

Una vez se han ejecutado las ordenes para registrar un espectro, pero antes de enviarlo a la
impresora, es posible incluir una pequea porcin del espectro en el mismo registro. Esta posibilidad
es de utilidad para efectuar una ampliacin de un grupo de seales.
Salvar las condiciones de display del registro general
Acotar la zona a ampliar con los dos cursores
Ejecutar la orden inset

s1

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Reajustar posicin, altura de las seales y anchura del display utilizando las opciones del men y

los botones del ratn

Efectuar el registro, con pl pscale o cualquier otra combinacin.

Enviar el conjunto de registros a la impresora
page
Recuperar las condiciones iniciales
r1 ds

Inset

PARTICULARIDADES EN EL PROCESADO Y REGISTRO DE LOS EXPERIMENTOS DEPT.

En el experimento DEPT. se adquieren dos espectros (mult=1 y mult=1.5), el primero corresponde a
los C con un solo protn y en el segundo aparecen todos los carbonos protonados. En este ltimo la
fase de los CH2 es contraria a la que tienen los CH y CH3
- Transformar el espectro tal como se ha indicado en los apartados anteriores para el 1H y 13C.
- El primer espectro se visualiza con ds(1) y el segundo con el ds(2).
- En caso necesario ajustar la fase.

Para el ajuste de fase es conveniente hacerlo con el espectro que corresponde a mult=1 ds(1), de
modo que todas las seales tengan la misma fase (positiva). En los experimentos DEPT, el ajuste
automtico con aph puede fallar.
En ocasiones (cuando slo hay CH a campos bajos), la fase del segundo espectro puede no ser
correcta. En este caso debe reajustarse con el segundo espectro, teniendo en cuenta que puede
haber seales positivas y negativas.

Registro del espectro (una vez fijada la anchura del registro)

Seleccionar el primer espectro

Posicionarlo en la parte inferior de la pagina
Ajustar la intensidad de modo que ocupe la mitad de la altura disponible
Generar el fichero de impresin del espectro
Llamar al segundo espectro
Situarlo a media altura
Reajustar la altura de las seales
Generar el fichero de impresin del segundo espectro
Enviar los registros al plotter seleccionado

ds(1)
vp=12
( vs )
pl pscale
ds(2)
vp=100
vs=
pl
page

Alternativamente puede utilizarse el macro pldept para imprimir el DEPT, que efecta todos los pasos
anteriores. En este caso los espectros deben estar procesados y con las fases ajustadas
correctamente
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COPIAR LAS CONDICIONES DE DISPLAY ENTRE DOS EXPRIMENTOS DISTINTOS

1. En el experimento inicial ajustar las condiciones de display, e intensidad del espectro.
2. Salvar las condiciones de display utilizando cualquiera de los archivos temporales posibles
(s1........s9), por ejemplo s1
3. Mover las condiciones al otro experimento md(exp_incio, exp_destino). Por ejemplo md(1,2)
mover las condiciones que se han prefijado en el exprimento1 al experimento2.
4. Cambiar de experimento, por ejemplo jexp2
5. activar el display del espectro con la orden ds, recuperar las condiciones que se han salvado
anteriormente, r1 ( en el caso de que en el primer experimento se haya efectuado s1)
6. Observar que el vs es igual a la del primer espectro. En el caso de querer hacer una comparacin
de intensidades es necesario que ambos espectros estn con la intensidad en modo absoluto ai.
GUARDAR ESPECTROS
Una vez efectuadas las operaciones de procesado, referenciado, ajuste de fase, etc, los espectros
pueden salvarse para su posterior estudio i como referencia. Entre otras los procedimientos ms usuales
son:
- Utilizando el men

Mediante la orden svf

Resumen de operaciones para LOS EXP1D

Acceder a un experimento no utilizado

explib, jexp#

En caso de no existir crearlo

cexp #

Localizar el directorio que contiene los datos a recuperar

cd(directorio ),
espectros

Recuperar los datos en el experimento seleccionado

rt(fichero), load

Comprobacin del texto

text

Ajustar las funciones de procesado

dg,wti

Transformada de Fourier

wft

Efectuar correcciones de lnea de base (en caso necesario).

cdc, dc

Determinar que plotter est activo, (cambiarlo en caso necesario)

plotter?

Visualizar toda la ventana espectral adquirida.

ff

Reajustar a fase del espectro

aph, men

Comprobar que el espectro est correctamente referenciado.

nl rl

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Cancelar la referencia

crl

Reajustar la escala vertical (vs) y el nivel de corte del listado de seales

vs, th

En caso necesario definir o reajustar las zonas de integracin.

cz, men

Reajustar la zona de display para efectuar el registro total.

sp,wp

Enviar el registro al plotter seleccionado

pl1 page

Reajustar la zona de display para efectuar registros de las ampliaciones

sp, wp

Guardar parmetros del display para poder efectuar insets.

s1, s2, s3, ....

Realizar ampliaciones, con insets de las zonas de inters.

sp, wp, inset

Enviar las ampliaciones al plotter.

pl1, pl ...., page

Continuar con las ampliaciones hasta que se haya extrado toda la informacin.

...........

Una vez terminado todo el proceso cambiar al exp1 y borrar el exp utilizado jexp1, delexp(#)

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PROCESADO DE EXPERIMENTOS DE 2D.

Las etapas iniciales, son coincidentes con las descritas para los experimentos de 1D
En la mayora de los experimentos de 2D adquiridos en los equipos Varian es posible efectuar el
procesado rpidamente y con resultados satisfactorios utilizando la opcin AutoProcess del men. En
este caso las funciones de procesado deben estar ajustadas previamente
PREDICCIN LINEAL
En los exp de 2D la resolucin digital en F1 est condicionada por la ventana espectral y por cuantas
variaciones del tiempo de evolucin se han programado. Un incremento de la resolucin en F1 implica un
mayor nmero de variaciones del tiempo de evolucin, con el consiguiente aumento del tiempo total que
se precisa para adquirir el experimento.
La prediccin lineal permite extender el Fid en base a los datos adquiridos, consiguiendo un incremento
de la resolucin digital en F1 sin un aumento del tiempo total de adquisicin.
-

El macro setLP1 ajusta las condiciones y parmetros para incrementar al doble el nmero de puntos.
Este macro es vlido para la mayora de los exp de 2D. El proceso a seguir es el siguiente:
Ejecutar el macro
setLP1
Revisar y ajustar el nmero de puntos fn y fn1, por lo general el macro los fija para hacer un
zero filling, pero ello hace que el tiempo de la transformada de Fourier se incremente en exceso
Reajustar las funciones de procesado. Se recomienda utilizar los macros indicados en el
siguiente apartado. La utilizacin de uno u otro macro depender del tipo de experimento
Con proc1=lp la prediccin lineal est activa en F1, cuando el proc1 es igual a ft, slo se
efecta la trasformada de Fourier
Los parmetros de la prediccin lineal se pueden visualizar con el comando dglp

Por defecto los macros de LP estn configurados para doblar el valor del ni, No obstante, en el caso de algunos
experimentos de 2D, como el Noesy puede ser necesario aplicar predicciones lineales que supongan cuadruplicar
el valor inicial de ni, con ello se consigue una significativa reduccin del tiempo total de adquisicin.

AJUSTE DE LAS CONDICIONES DE PROCESADO

La funcin de procesado a utilizar depende del tipo de experimento y de cmo se han adquirido los datos.
- Ajuste utilizando macros

Espectros en valor absoluto (phase=0)

Cosy, gCosy
GHMBC

pseudo
sinebell

Espectros adquiridos en modo sensible a la fase (phase=1,2)

Tocsy, Noesy, ghsqc
gaussian
DQFCOSY
pi4ssbsq

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Los anteriores macros de ajuste de funciones de procesado, tienen en cuenta si la opcin de

prediccin lineal est activa o no. En el caso de que posteriormente se desactive la prediccin lineal,
ser necesario volver a aplicar estos macros
- Ajuste interactivo utilizando el men
Transformar el primer espectro wft(1) En algunos tipos de exp. puede ser necesario utilizar el

segundo espectro wft(2)

Activar el procesado interactivo

utilizando el comando wti o bien con la opcin processing del

men
Seleccionar la funcin de procesado (lb, gf, sb, etc)
Con el puntero del ratn ajustar la curva hasta el final del fid (si no est activa la prediccin lineal).
Una vez ajustada la funcin salir del men con
Return
Transform F2
Seleccionar una traza del interferograma resultante
Activar de nuevo la opcin de process
Adjust weigthting
Seleccionar la nueva funcin de procesado para F1
Una vez ajustada la funcin activar la opcin de
Full Transform

COSY, GCOSY ..

pseudo

gHMBC

sinebell

gaussian
NOESY, TOCSY,
GHSQC ...........

TRANSFORMADA DE FOURIER DE LOS EXP DE 2D

Las funciones de procesado deben estar ajustadas previamente
-

Modo automtico
Activando la opcin del men
Con la ejecucin del macro
Manual
Experimentos en valor absoluto (COSY, GCOSY)

AutoProcess
process
wft2d

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Experimentos en fase (NOESY, TOCSY, GHSQC, DQFCOSY, ETC)

wft2da valido para secuencias Standard y aquellas que tengan definidos los parmetros
f1coef y f2coef
wft2d( $,$,$,&,&,$,$,&,) siendo $,$,$,&,&,$,$,& los coeficientes (ver los manuales de las
secuencias)
Men
Men
Processing
Full Transform

VISUALIZACIN DEL MAPA DE CONTORNO

1. Utilizando la opcin del men
Opciones Color Map y/o Contour
2. Mediante ordenes o macros
dpcon($,%) siendo $ el nmero de niveles y % las unidades de separacin entre ellos
dconi
display 2d interactivo
dconi(dpcon)
muestra el mapa de contorno con solo las seales positivas (15 niveles y 1.3
dcp
de separacin)
dcn
similar al anterior, pero slo se observan las seales negativas
dcpn
muestra el mapa de contorno con las seales positivas y negativas
3. Tamao y posicin
center
left
right
full
fullt

display centrado (tamao reducido)

mitad izquierda de la pantalla
mitad derecha de la pantalla
display en toda la pantalla disponible
display con trazas (toda la pantalla)

AJUSTE DE LA INTENSIDAD DEL MAPA DE CONTORNO

Manual
Combinacin de vs2d y del th
Tambin es posible ajustar la intensidad con el cursor
central del ratn.

vs

th

Automtico
Utilizando el macro nm2d($)
$ es un factor que relaciona la intensidad de las seales, y el ruido

OPERACIONES POSTERIORES A LA TRANSFORMADA

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Simetrizacin. Operacin vlida slo para los experimentos homonucleares tipo Cosy y relacionados.
No es recomendable para los experimentos adquiridos con fase ( Noesy)
Foldt Para aplicarla sw debe ser igual a sw1 y fn igual a fn1 (las dos dimensiones iguales)

foldt

sw=sw1
fn=fn1

En el estudio de los mapas de correlacin resultantes de la simetrizacin, debe tenerse en cuenta la posibilidad de
la aparicin de seales anmalas. Estos artefactos se deben a la superposicin de colas de seales intensas
(metilos, disolvente, etc) que pueden dar lugar a falsas seales de correlacin

Correcciones de la lnea de base

dc2d(f1)
Correccin de la deriva de la lnea de base en f1
dc2d(f2)
Correccin de la deriva de la lnea de base en f2
bc2d(f1)
bc2d(f2)

Correccin polinomial de la lnea de base en f1

Correccin polinomial de la lnea de base en f2

Traza CH3 Val, Leu

correccin bc en F1

REFERENCIA EN LOS EXPERIMENTOS DE 2D

Operaciones bsicas en el procesado de experimentos de 1D/2D

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Experimentos homonucleares (sw=sw1)

Seleccionar la dimensin adquirida directamente (F2)

trace=f2

Seleccionar (con el cursor) una traza que contenga la seal que se utilizar para referenciar
ds($$$)
$$$ ndice de la traza seleccionada
nl rl(freq) o nl rl($p).

En el caso de que sw sea igual a sw1 la referencia en f1 tiene que ser igual a la de f2 igualar los
parmetros de referencia
rfp1=rfp rfl1=rfl
dconi

Experimentos heteronucleares (ghsqc, ghmbc, etc)

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El ajuste de la referencia de la dimensin adquirida directamente F2 se efecta siguiendo el

protocolo indicado en el apartado anterior.
Ajuste de la referencia en F1 ( dimensin indirecta )
trace=f1
Seleccionar (con el cursor) una traza que contenga la seal que se utilizara para referenciar
ds($$$)
$$$ ndice de la traza seleccionada
nl rl1(freq) o nl rl1($d). en un exp. heteronuclear

En caso necesario las referencias pueden cancelarse con los siguientes comandos:
clr
elimina la referencia en F2
clr1 elimina la referencia en F1
rl(freq) rl1(freq) macros para referenciar
rl1($$p) en relacin con sfrq
rl1($$d) en relacin con el desacoplador

(exp 2D homonucleares)
(exp heteronucleares)

rl(10d) rl1(10*dfrq)
en Hz

rfl (Hz)
La seleccin de la dimensin F1/F2 en la que quiere ajustarse la referencia debe hacerse utilizando las ordenes
trace=f1o trace=f2 segn sea el caso

AJUSTE DE LA FASE EN LOS EXP 2D

La fase de la dimensin F2 puede ajustarse previamente con el primer o segundo punto, segn el tipo de
experimento wft(1) o wft(2) y procediendo igual que en los espectros de 1D. Puede ser ms ventajoso
ajustar la fase despus de efectuar la transformada de 2D, para ello el parmetro pmode tiene que ser
igual a full
pmode=full
-

Ajuste de la fase en F2
Seleccionar la dimensin F2

trace=f2

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Seleccionar (con el cursor) una traza que contenga seales en la parte derecha del espectro
ds($$$)
Activar la opcin phase del men y ajustar la fase (orden 0) de la seal situada en la parte
derecha del espectro
Activar el display de 2D dconi
Seleccionar una traza que contenga seales en la parte izquierda del espectro ds($$$)
Activar la opcin phase del men, situar el cursor en la posicin donde estaba la seal con la que
se ha ajustado la fase de orden cero. Activar la fase (no efectuar ningn ajuste) y mover el cursor
a la seal situada en la parte derecha del espectro, activar con el cursor la fase de primer orden y
ajustar.

Puede ser necesario repetir esta operacin varias veces hasta conseguir un resultado
satisfactorio. La fase de la Dimensin F1 se ajusta del mismo modo, pero en esta ocasin con la traza F1
seleccionada trace=f1
PARMETROS DE DISPLAY

wc2max

wc
sc

sc2

wc

wcmax

La posicin del mapa de contorno en la pantalla se puede fijar con los siguientes comandos
full
left
right
center

Ocupa todo el espacio disponible

Se reduce a un cuadrado situado a la izquierda
El mapa de controno ( cuadrado) se posiciona a la derecha
El mapa esta en el centro del display

REGISTRO DE ESPECTROS
El registro de los mapas de contorno se puede realizar con el comando pcon($,&), siendo $ el nmero de
cortes y & la separacin entre ellos. En este caso no se sita en los ejes del mapa de contorno el espectro
de 1D. Para enviar el registro a la impresora debe ejecutarse en macro page
-

Registro con macros que permiten incluir los espectros de 1D en los ejes del mapa de contorno
plcosy($,%,#)

Registra un mapa de contorno con el espectro de protn en F1 y F2.

$ es el nmero de cortes, % la separacin y # el nmero de
experimento donde est situado el espectro de protn. En el caso de
que no se disponga de este espectro o no se dese registrar, # debe
ser cero.

Operaciones bsicas en el procesado de experimentos de 1D/2D

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Serveis Cientficotcnics

plcosy2($,%,#)

Similar al anterior pero tambin dibuja una parrilla que facilita el

trabajo de asignacin.

plhxcor($,%,#,&)

Registra el mapa de contorno en los experimentos de

heterocorrelacin 1H-13C, con el espectro de protn en F2 y el de
carbono trece en F1.$ es el nmero de cortes, % la separacin y # el
nmero de experimento donde est situado el espectro de protn, &
correspondera al nmero del experimento que contiene el espectro
de 13C.

plhxcor_1(both,$,%,#,&) Similar al anterior pero en este caso se pueden diferenciar las

seales positivas y negativas,

pgrid

Dibuja una parrilla

plcosyfile($,%,#), plhxcorfile Macros similares a sus homlogos sin la extensin file, pero que
no incluyen la orden de page por lo que son de utilidad para crear
ficheros grficos
PROYECCIONES Y TRAZAS
La utilizacin de las proyecciones del mapa de contorno pueden ser tiles para situar las distintas
seales. No obstante, cuando se efecta el registro es ms conveniente utilizar los macros que permiten
situar los espectros reales en los dos ejes, ya que la proyeccin tiene una resolucin muy baja.
La utilizacin de las trazas es de gran utilidad para localizar seales de correlacin y poder discriminar
entre las que son ruidos o artefactos de las que son reales. En el Caso del Noesy es casi imprescindible
la utilizacin exhaustiva de las trazas.

plcosy

RESUMEN DE OPERACIONES

PARA LOS EXP2D

Determinar si el espectro es en av o ph

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En caso necesario ajustar la fase en F2.

Ajustar las funciones de procesado en F2
Efectuar la transformada parcial (F2)
Ajustar las funciones de procesado en F1
Efectuar la transformada total
Comprobar que el sistema de transformada standard es adecuado (man de la secuencia o texto del
experimento.
Reajustar las dimensiones del mapa de colores (size)
Visualizar todo el mapa de colores
En caso necesario reajustar la fase en F1
Ajustar la intensidad (vs2d) y nivel de corte (th) adecuados
Comprobar que la referencia es correcta.
Delimitar la zona de inters.
Activar el display de mapa de contorno
Con ayuda de los cursores identificar las seales de correlacin buscadas
Optimizar la intensidad (vs2d) y el th
En caso necesario utilizar las opciones de proyeccin vertical y horizontal
Para localizar seales de correlacin pequeas o para confirmarlas utilizar la opcin traza.
Generar el fichero de impresin de la zona de inters y enviarlo al plotter.
Efectuar las ampliaciones y registros complementarios necesarios.

Operaciones bsicas en el procesado de experimentos de 1D/2D

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Unitat dRMN de Alt Camp

Serveis Cientficotcnics

OTRAS UTILIDADES
GENERAR FICHEROS GRFICOS TIPO PCX
MACRO GP ( slo disponible desde Menhir)
Con este macro es posible:
Generar ficheros grficos pcx que se guardan en el experimento que est activo
Enviar una copia de este fichero por mail a la direccin indicada
Enviar una copia del fichero grfico a la impresora que se est utilizando
Las acciones de los puntos 2 y 3 son opcionales, el sistema pide conformidad
Como funciona

Se generan los registros del modo usual, por ejemplo con el pl1 o pl, pscale, etc
La nica diferencia es que en lugar de enviarlos a la impresora con el comando page se
utiliza el nuevo macro gp que hace las funciones del page ms el resto de las opciones.
En el caso de los experimentos de 2D ser necesario utilizar unos nuevos macros que no
incorporen el page. En este caso los macros a utilizar son plcosyfile y plhxcorfile

Requisitos:

La impresora seleccionada debe ser postscript, con un formato de PS_AR. Las impresoras con
este formato son : Email_pcb , Email_qui y Email_far o Email. Con la orden showplotter podr
comprobar la impresora seleccionada y el formato que utiliza.
Formatos

El grfico enviado a la impresora tiene formato apaisado. Los ficheros grficos que se incluyen en
el experimento o que se envan por mail tienen formato vertical y unas dimensiones de aprox 16
de ancho por 10 cm , en estos grficos siempre se incluye el texto.
El tamao de estos grficos oscila entre 40 y 100 KB y tienen muy buena calidad, en especial
cuando se incorporan a un documento word.
Otra posibilidad es mediante la utilidad hptopc
MACRO HPTOPC O HPTOMAC
La descripcin y el modo de funcionar de estos macros las puede encontrar en las notas de
aplicaciones de la pag web de la Unidad (nota de aplicacin 13)
http://www.rmn.ub.es/notas_aplicacion/hptopc/hptopc.html
En el caso de que al aplicar esta utilidad tenga algn problema o dificultad le rogamos contacte con la Unidad ( Esta
utilidad puede presentar incompatibilidades con las nuevas versiones de VNMR)

INSTALACIN , CONFIGURACIN

Y UTILIZACIN DEL XWIN-32.5 F Y X-TERMINALES

La descripcin y el modo de funcionar de esta utilidad la puede encontrar en las notas de aplicaciones de
la pag web de la Unidad (nota de aplicacin 19)
http://www.rmn.ub.es/notas_aplicacion/X-win32-5.11f/X-win32-5.htm

Operaciones bsicas en el procesado de experimentos de 1D/2D

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