Beruflich Dokumente
Kultur Dokumente
Luz B. Pardo R.
Biomolculas
Propsito
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Las molculas que se extraen de los organismos vivos estn constituidas unos
pocos tipos de elementos, de los cuales los ms frecuentes son C, H y O, pero
tambin pueden contener N, P y S.
Funciones qumicas
Las molculas orgnicas expresan sus propiedades mediante las llamadas
funciones orgnicas que son arreglos definidos de tomos de carbono,
oxgeno, hidrgeno, fsforo, azufre y nitrgeno. Las funciones orgnicas
pueden ser oxigenadas simples: alcohol, aldehdo, cetona, cido, azufradas
como tiol y nitrogenadas como las aminas; o pueden ser compuestas (ter,
ster, anhdrido, amida, tioster) que resultan de la combinacin de dos
funciones simples, generalmente por eliminacin de una molcula de agua.
Una sola molcula pude contener varias funciones, por ejemplo los azcares
contiene funciones alcohol y aldehdo o cetona, los aminocidos tiene
funciones amina y carboxilo y algunos en sus radicales pueden tener otras
funciones, algunos lpidos son esteres.
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Estructura
R-OH
Funcin
Simple
SI
NO
NO
Alcohol + cido
Aldehdo
Cetona
cido
Amina
Ester
Anhdrido
Tioster
Ester fosfrico
Amida
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
T2. En el siguiente esquema seale mediante una elipse las regiones de las
molculas que tienen afinidad por el agua y mediante un rectngulo, aquellas que no
la tienen.
H3C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
O
CH2
CH2
O
CH2
O
OH
CH
H2
C
C
H2
C
H3C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
CH2
C
H2
H2C
C
H2
NH2
Carbohidratos
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
O
H2
C
H2
C
C
HO
C
H
C
H2
OH
OH
C
O
(1)
(2)
O
H
HO
H3C
CH
OH
(3)
(4)
HO
OH
CH
H3C
OH
CH
CH
CH
OH HO
HO
(6)
HO
CH
HO
HC
(7)
OH HO
CH
CH
HO
OH
OH
CH
CH2
(5)
H2C
OH
CH
CH
CH2
CH
CH
HO
OH
(8)
OH
CH2
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
T7. Seale los carbonos asimtricos que presentan los siguientes compuestos:
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
OH
OH
OH
OH
OH
OH
OH
HO
H
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
([] D20).
Almidn
+ 196
D-fructosa
- 92,4
D-galactosa
+80,2
D-glucosa
+ 52,7
Lactosa
+ 55,4
Sacarosa
+ 66,5
donde:
c es la concentracin de la disolucin.
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Monosacridos
Los carbohidratos que estn constituidos por una sola molcula reciben el
nombre de monosacridos y se clasifican de acuerdo con el nmero de
carbonos que presentan y del grupo no alcohlico que los caracteriza.
Molcula
Segn
Carbonos
1
Triosa
nmero
de Segn funcin
Cetosa
Clasificacin
Cetotriosa
2
3
4
5
6
7
10
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
H + 2 Ag(NH 3)2 + 3 OH
H + CH3
CH2OH
OH
HO
OH
OH
OH
glucosa.
O
+
HO
P
OH
OH
11
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
H
HO
OH
OH
C
HO
OH
OH
OH
OH
OH
O
OH
Furano
Pirano
O
OH
OH
OH
OH
12
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
O
Arriba
Perpendicular al
plano del papel
Abajo
Anterior
OH
C
OH
HO
OH
O
O
OH
13
Talleres de Bioqumica
CH2OH
H
CH2 OH
O
OH
Luz B. Pardo R.
H
H
O
OH
OH
OH
OH
OH
OH
OH
OH
HO
OH
OH
OH
14
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
COOH
COOH
CH2 OH
CH2 OH
COOH
COOH
Aldosa
Aldnico
Urnico
Aldrico
OH
HO
OH
OH
OH
CH2 OH
O
OH
OH
OH
+ HOR
H
OH
O
OH
OH
H
OH
15
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
O
+
Disacridos
Los disacridos corresponden a glicsidos (teres) de dos monosacridos. El
ter puede involucrar uno o ambos hidroxilos anomricos. Si se conserva uno
de los hidroxilos anomricos libre, el disacrido es reductor.
Para dar nombre a los disacridos reductores se tienen en cuenta las
siguientes normas:
Disacrido
Estructura
Fuentes
Celobiosa
Celulosa
Isomaltosa
Almidn degradado
Lactosa
Leche
Maltosa
Almidn degradado
Sacarosa
Talleres de Bioqumica
16
Luz B. Pardo R.
De acuerdo con las anteriores normas la maltosa ser: 4-O-(-Dglucopiranosil)-D-glucopiranosa, o abreviadamente: G(1 4)G
17
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
La
lactosa
es
un
1,4-b-glucsido
[4-0
-(b-D-Galactopiranosil)-b-D-
Talleres de Bioqumica
18
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
19
Luz B. Pardo R.
Polisacridos
Existen molculas de carbohidratos formadas por la polimerizacin de un gran
nmero de monosacridos llamados polisacridos. Los polisacridos pueden
ser lineales o ramificado, los ms abundantes son el glucgeno, la celulosa y
el almidn, todos ellos formados por polimerizacin de glucosa. La celulosa
es un polmero lineal formado por enlaces de tipo b 1-4, mientras que el
almidn y el glucgeno son polmeros ramificados con enlaces 1-4 y 1-6.
Almidn
Glucgeno
Talleres de Bioqumica
20
Luz B. Pardo R.
21
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Lpidos
En contraste con los carbohidratos, no existe una definicin qumica adecuada
de lpido, puesto que en este grupo de sustancias se presenta variabilidad
estructural, y por ello se definen en trminos de solubilidad.
Soluble
en
agua
Soluble en
solventes
orgnicos
Presente en
organismos
vivos
Lpido
Mantequilla
No
Azcar de mesa
No
No
Sal de cocina
No
No
No
Parafina
No
No
No
Aceite vegetal
No
Aceite lubricante
No
No
No
Cera de abeja
No
R-(CH2)n-COOH
Principales cidos grasos saturados
22
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
# de
C
Frmico
Actico
Propinico
Butrico
Valrico
Caproico
Caprlico
Cprico
10
Lurico
12
Mirstico
14
Palmtico
16
Esterico
18
Araqudico
20
Behnico
22
En semillas
Lignocrico
24
Ocurrencia o funcin
23
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Seri
Nombre
e
comn
1
Nombre sistemtico
Ocurrencia
Monoenicos
En casi todas las
grasas
Posiblemente el
ms comn de los
cidos grasos
16: 1; 9
Palmitoleico
Cis-9-hexadecenoico
18: 1; 9
Oleico
Cis-9-octadecenoico
22: 1; 13
Ercico
Cis-13-dococenoico
Aceite de mostaza
24: 1; 15
Nervnico
Cis-15-tetracosenoico
En cerebrsidos
Linoleico
Cis.9,12-octadecadienico
Maz, man,
algodn soya
Linolnico
Cis-6,9,12Octadecatirnoico
Algunas plantas
Dienicos
18: 2; 9,12
Trienoicos
18: 3; 6,9,12 6
Tetraenoicos
20: 4;
5,8,11,14
Componente
importante de los
fosfolpidos de los
animales.
Araquidni Cis-5,8,11,14co
Eicosatetraenoico
OH
C
24
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
OH
CH
H2C
OH
Glicerol
T2. Dibuje el palmitil, oleil, linolenil glicerol.
Fosfolpidos
Cuando el hidroxilo libre de un di glicrido se esterifica con cido fosfrico se
forma un compuesto llamado cido fosfatdico.
25
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
CH3
H3 C
HO
H2C
CH2
H2
C
HO
C
H2
CH3
Colina
NH2
H2N
Etanolamina
OH
H 2C
OH
CH
Serina
O
O
R2
H2 C
O
R1
OH
CH
H2 C
R+
O
Por ser anfipticos, los fosfolpidos pueden colocarse en interfaces lpido agua, lo que les permite ser componentes importantes de las membranas
celulares.
26
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Adems de los lpidos que contienen glicerol hay algunos que no lo contienen,
o contienen adems un alcohol diferente del glicerol. Entre estos pueden
mencionarse las ceras, los esfingolpidos, los terpenoides y los esteroides.
Plasmalgenos
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H
C
C
H
CH2OH
Ceras
Las ceras son steres de cidos grasos y un alcohol diferente del glicerol. El
ms frecuente de los alcoholes presentes en las ceras es el alcohol cetlico
(16 C).
Esfingolpidos
27
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
OH
H2
C
HO
H2
C
H
C
CH
C
H
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
CH3
NH2
28
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Esteroides
CH
C
CH
H2 C
H2
C
CH
C
H2
CH
C
H2
C
H2
H2 C
CH2
CH2
H2C
CH
CH 27 3
25
CH2
H3C 21
CH2
H2
C
12
H2C
H2
C
1
H2C 3
20
H2C 11
C
CH3
CH2
19 CH
14 CH 15
C
10 8 CH
H2
5
C
H2
CH3
18
6
C
H2
CH2
29
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Nombre comn
Nombre qumico
Andrgeno
Testosterona
17-hidroxi-4-androsten-3-ona
Corticoide
Cortisol
11,17,21,trihidroxipregn-4-en-3,20-diona
Progestgenos
Progesterona
4-pregnen-3,20-diona
Eicosanoides
COOH
1
12
15
20
OH
30
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
HO
HO
R1
R1
E
R2
O
PG1 = trans
R1
13
R2
HO
13
R2
HO
13
17
Talleres de Bioqumica
31
Luz B. Pardo R.
Aminocidos y Protenas
Las protenas son la forma de expresin de la informacin gentica, como tal
desempean innumerables funciones en los organismos vivos. Las protenas
son polmeros de alfa aminocidos unidos entre s por enlaces peptdicos.
Funcin
Hemoglobina
Transporte de gases
Aminocidos
Los aminocidos que usualmente forman parte de las protenas son alfa-Laminocidos que difieren en la naturaleza del radical, el cual confiere las
propiedades especficas de cada aminocido. La estructura general de los
aminocidos es:
Talleres de Bioqumica
32
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
33
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
34
Luz B. Pardo R.
35
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
COOH
+
NH3
Alanina (Ala, A)
2,3
9,7
Arginina (Arg, R)
Asparagina (Asn, N)
Asprtico (Asp, D)
Cistena (Cis, C)
Fenilalanina (Fal, Phe, F)
Glicina (Gli, G)
Glutmico (Glu, E)
Glutamina (Glu, Q)
Histidina (His, H)
Isoleucina (Ile, I)
Leucina (Leu, L)
Lisina (Lis, K)
Metionina (Met, M)
Prolina (Pro, P)
Serina (Ser, S)
Tirosina (Tir, Y)
Treonina (Tre, T)
Triptfano (Tri, Trp, W)
Valina (Val, V)
2,2
2,0
1,9
2,0
1,8
2,3
2,2
2,2
1,8
2,4
2,4
2,2
2,3
2,0
2,2
2,2
2,1
2,8
2,3
9,0
8,8
9,6
10,3
9,1
9,6
9,7
9,1
9,2
9,6
9,6
9,0
9,2
10,6
9,2
9,2
9,1
9,4
9,6
Radical
ndice
hidroptico *
1,8
12,5
3,7
8,2
4,3
6,0
10,5
10,5
-4,5
-3,5
-3,5
2,5
2,8
-0,4
-3,5
-3,5
-3,2
4,5
3,8
-3,9
1,9
-1,6
-0,8
-1.3
-0,7
-0,9
4.2
Las propiedades de los aminocidos son las del grupo amino, las del carboxilo
y las propias de cada radical. Segn las caractersticas del radical de los
aminocidos, estos se clasifican como de radical apolar, polar ionizable y polar
NO ionizable
36
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
T2. Complete el siguiente cuadro que relaciona los nombres y estructuras de los
aminocidos y su clasificacin)
Clasificacin
Abreviatura
Aminocido
Nombre qumico
(PNI, PI, NP)
A,
ala
Alanina
aminopropinico
R
arg
Arginina
aminoguanidino-valrico
D
asp
Asprtico
aminosuccinico
C
cis
Cistena
aminobtiopropinico
F
fal
Fenilalanina
aminobfenil propinico
G
gli
Glicina
- aminoctico
E
glu
Glutmico
aminoglutrico
H
his
Histidina
aminobimidazol propinico
I
ile
Isoleucina
aminobetilbmetil-propinico
L
leu
Leucina
diaminocaprico
M
met
Metionina
aminometil-tiobutrico
P
pro
Prolina
pirrolidin carboxlico
S
ser
Serina
amino-bhidroxi propinico
Y
tir
Tirosina
aminobparahidroxifenil propinico
T
W
V
tre
tri
val
Treonina
Triptfano
Valina
amino-bhidroxi butrico
aminobindol propinico
amino-isovalrico
Guanidino
Imidazol
Indol
Pirrolidin
Talleres de Bioqumica
37
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
38
Luz B. Pardo R.
39
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
H
H
N+
H
C
R
H+
O
C
KCOOH
O
pH<pK1
H
H
N+
H+
H R
pH = pI
K NH3+
C
O-
C
R
pH>pK2
40
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
10
11
3,0
9,0
+1
+1
+1
-1
-1
-1
La carga
tiende a:
+1
-1
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
COOH
Carga
pK
pH
2
4
6
8
10
12
41
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
CIS-TIR-ILE-SER-ASN-CIS-PRO-GLN-GLI
B)
CIS-TIR-ILE-SER-ASN-CIS-PRO-ILE-GLI
C)
CIS-TIR-ILE-GLN-ASN-CIS-PRO-ILE-GLI
D)
CIS-TIR-ILE-GLN-ASN-CIS-PRO-ARG-GLI
E)
CIS-TIR-ILE-GLN-ASN-CIS-PRO-LEU-GLI
F)
CIS-TIR-FAL-SER-ASN-CIS-PRO-ARG-GLI
G)
CIS-TIR-FAL-GLN-ASN-CIS-PRO-LIS-GLI
Pptidos
El enlace peptdico es la base de la estructuracin de las protenas.
O
H2 N
CH C
OH
CH3
O
H2N CH C OH
CH2
SH
H2O
H2N
CH C
CH3
H2N CH
C OH
H2N CH
O
H
N CH C
CH2
SH
C OH
CH2
CH2
CH2
CH CH3
CH2
CH3
NH
H2 O
C NH
H2 O
NH2
H
N CH
O
C
O
H
N CH C OH
CH2
CH2
CH2
CH CH3
CH2
CH3
NH
C NH
NH2
42
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
HN
CH
R1
C
R2
OH
CH
H2N
HN
CH
C
O-
OH
43
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Es posible que las dos esferas giren Es posible que las dos esferas giren
alrededor del eje? Por qu?
alrededor del eje? Por qu?
T8. Que similitud encuentra Ud. entre los dibujos delos esquemas y las dos
posibles formas de los enlaces peptdicos?
T9. Es posible el libre giro del carbono carbonilo y el nitrgeno amino
alrededor del en lace peptdico?
Los tomos que conforman el enlace peptdico son coplanarias l
T10. De acuerdo con el esquema, qu son los ngulos (fi) y (psi) en los
grupos peptdicos y qu importancia tienen.
44
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
T11. Indique los aminocidos que pueden generar las siguientes interacciones
ente sus radicales.
Puentes de hidrgeno
Interacciones de Van
der Waals
Enlaces
electrostticos
Aminocidos
Aminocidos
Aminocidos
Niveles de organizacin
o en la pgina de la IUBBM
Talleres de Bioqumica
45
Luz B. Pardo R.
T12. Una pptido contiene los siguientes aminocidos: ALA; CIS; LIS; VAL.
Cules son las posibles secuencias que puede presentar dicho pptido?
La secuencia de aminocidos constituye el nivel primario de organizacin de
las protenas, tambin llamada estructura primaria. Los enlaces peptdicos
son los responsables mantenimiento del nivel primario de las protenas.
Nivel secundario
Describe las relaciones entre un aminocido y sus vecinos inmediatos en la
secuencia mediante los ngulos de rotacin alrededor del carbono . De
acuerdo con la IUPAC y la pgina de la IUBBM: Nivel secundario: es el arreglo
local espacial de los tomos de su cadena principal sin tener en cuenta la
conformacin de sus cadenas laterales o sus relaciones con otros segmentos.
Los dos principales tipos de organizacin secundaria son: Hlice alfa y Banda
beta. Esquemticamente se pueden representar como se muestra a
continuacin
Talleres de Bioqumica
46
Luz B. Pardo R.
47
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Alfa hlice :
Lana
Banda beta:
Seda
Sper hlice :
Colgeno
Talleres de Bioqumica
48
Luz B. Pardo R.
Aminocidos
A, L, M, E, H, K, R
G, P, D, S
Y, W, F, M, I, V, T, C
Talleres de Bioqumica
49
Luz B. Pardo R.
Nivel terciario
50
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
proteica
toman
conformaciones
caractersticas
.
T16. Identifique los motivos proteicos representados.
que
se
Talleres de Bioqumica
51
Luz B. Pardo R.
Purificacin de protenas
La primera etapa en la purificacin de protenas es la obtencin del llamado
extracto bruto, que no es ms que un homogeneizado libre de clulas
Talleres de Bioqumica
52
Solubilidad
Tamao molecular
Afinidad
Luz B. Pardo R.
53
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
SOLUBILIDAD
100
Proteina A
Proteina B
80
Proteina C
60
40
20
0
0
10
20
30
40
50
60
% SATURACION
70
80
90
100
Talleres de Bioqumica
Y ml Vp
54
Luz B. Pardo R.
S2 S1
1 S2
en donde:
55
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Y ml Vp
S2 S1
1 S2
Y ml 200
S1 = 0.0,
S2 = 0.3
0.3 0,0
0,3
200
85,7 ml
1 0,3
0,7
Y ml 285
0.35 0,3
0,05
285
219
, ml
1 0,35
0,65
Talleres de Bioqumica
X gramos =
56
Luz B. Pardo R.
50,5(S2 S1 )
1 0,3S2
57
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Las molculas proteicas debido a las propiedades de los aminocidos que las
componen pueden adquirir carga elctrica en funcin del pH del medio en que
se encuentran.
Electroforesis.
- o
B C
Talleres de Bioqumica
58
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
59
Luz B. Pardo R.
Grupo ionizable
pK
CH2 SO3H
Sulfometil
2,5
CH2 COOH
Carboximetil
3,5
Fosfo
6,0
Dietilaminoetil
9,5
Trietilaminoetil
10,0
PO3H2
Talleres de Bioqumica
60
Luz B. Pardo R.
En el caso del ejemplo la resina solo es til a pH por debajo de 7,5, y como las
protenas usualmente se desnaturan fcilmente a pH por debajo de 4,5, la
zona verdaderamente til de la resina esta entre pH 5 y 7. A pH 7,0 las
protenas A y C tienen carga negativa, mientras que la B y D tendrn carga
positiva. En consecuencia las protenas B y D por tener la misma carga de la
resina no se fijaran a ella, mientras que las A y C quedarn retenidas por tener
carga contraria a la de la resina. La protenas que se fijan a la resina
posteriormente sern eludas por remplazo con otros iones de mayor afinidad
por la resina (usualmente se emplea KCl).
Talleres de Bioqumica
61
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
62
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
63
Luz B. Pardo R.
TIPO
G10
G15
G25
G75
G100
G150
G200
64
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
la
ceremonia
de
entrega
del
galardn
se
encuentra
en
la
URLhttp://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1958/sangerlecture.pdf
Talleres de Bioqumica
65
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
66
Luz B. Pardo R.
P 1.1
P 1.2
67
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
P 2.1
P 2.2
P 3.1
P 3.2
P 4.1
P 4.2
68
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
por tanto los aminocidos que estaban en las posiciones 4 y 5 deben paras a
las posiciones 2 y 3.
es:
69
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
los aminocidos que ocupan las posiciones 7 y 6 deben pasar a ocupar las
posiciones 4 y 5.
Talleres de Bioqumica
Ejemplo de secuenciacin
70
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
71
Luz B. Pardo R.
72
Talleres de Bioqumica
Secuencia definitiva
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
73
Luz B. Pardo R.
74
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
4
3
2
1
N
5
6
Pirimidina
Adenina: 6-amino-purina
Guanina: 2-amino, 6-oxo-purina
Timina: 2,4-dioxo, 5 metil-pirimidina
Citosina: 2-oxo, 4 amino-pirimidina
6
1
N
7
8
4
3
N
Purina
9
N
75
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Los heterocclicos nitrogenados son bases, y los azcares son neutros, por lo
tanto la acidez debe ser causada por el compuesto fosforilado.
T3. Dibuje la estructura del compuesto que contiene fosforo
N
P
Heterocclico azcar
Azcar fosfato
Purinas
Pirimidinas
76
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Nuclesidos y nucletidos
Segn el grado de hidrlisis de los cidos nucleicos se pueden aislar dos tipos
de compuestos: unos fosforilado (nucletido) y otros no fosforilados
(nuclesidos).
Nuclesido
Base nitrogenada
N
N
N
O
HO
H2
C
OH
cido fosfrico
Pentofuranosa
Nucletido
T6. Dibuje la estructura completa de un nucletido que contenga purina y otro que
contenga pirimidina
Lo que postularon Watson y Crick
A continuacin se incluye una traduccin del artculo original de Watson y
Crick sobre la estructura del DNA. Tomado de http://www.bioxeo.com/adn.htm
Lalo cuidadosamente y responda las preguntas que hay al final del mismo,
Talleres de Bioqumica
77
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
78
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
79
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
80
Luz B. Pardo R.
J.D. WATSON
F.H.C. CRICK
Medical Research Council Unit for the Study of the Molecular
Structure Biological Systems
Cavendish Laboratory, Cambridge
Bibliografa
(1) Pauling, L. y Corey, R.B., Nature, 171, 346(1953);
Proc.U.S.Nat.Sci., 39, 84(1953).
(2) Furberg, S. Acta Chem.Scand., 6, 634 (1952).
(3) Chargaff, e. Para la referencia ver Zamenhof, S., Brawerman,
G. y Chargaff, E., Biochem. Biophys. Acta, 9, 402 (1952).
(4) Wyatt, G.R., J. Gen.Physiol., 36, 201 (1952).
(5) Astbury, W.T., Symp.Soc.Exp.Biol. 1, Nucleic Acid, 66
(Cambridge University Press, 1947).
(6) Wilkins, M.H.F. y Randall, J.T., Biochim. Biophys. Acta, 10, 192
(1953)
Talleres de Bioqumica
81
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
82
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
83
Luz B. Pardo R.
A.
Tipo de enlace
B.
Tipo de enlace
C.
Tipo de enlace
D.
Tipo de Base
E.
Tipo de Base
Talleres de Bioqumica
84
Luz B. Pardo R.
El RNA, usualmente, es de cadena simple y contiene uracilo (2,4-dioxopirimidina) en vez de timina, pero tambin puede contener bases raras (no
usuales). Existen tres clases principales de RNA: soluble o de transferencia,
mensajero y ribosomal. Sus funciones estn ntimamente relacionadas con la
sntesis de protenas.
T19. Dibuje la frmula estructural del uracilo.
Talleres de Bioqumica
85
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
86
Luz B. Pardo R.
87
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Catlisis Biolgica
Propsito
En esta unidad el estudiante adquirir destreza en la clasificacin de las
enzimas, en la interpretacin de la cintica enzimtica y el efecto de los
factores qumicos y fsicos que afectan la actividad de las enzimas.
Reconocer las limitaciones dela teora de Michaelis y los aportes de Cleland
a la nueva concepcin de la cintica enzimtica.
la
reaccin
permanecen
inalterados:
Las
enzimas
son
Talleres de Bioqumica
88
Luz B. Pardo R.
Algo de historia
Gnesis 9:18-29
Y los hijos de No que salieron del arca fueron Sem, Cam y Jafet; y Cam es el
padre de Canan. Estos tres son los hijos de No, y de ellos fue llena toda la
tierra.
Despus comenz No a labrar la tierra, y plant una via; y bebi del vino, y
se embriag, y estaba descubierto en medio de su tienda. Y Cam, padre de
Canan, vio la desnudez de su padre, y lo dijo a sus dos hermanos que
estaban afuera. Entonces Sem y Jafet tomaron la ropa, y la pusieron sobre
sus propios hombros, y andando hacia atrs, cubrieron la desnudez de su
padre, teniendo vueltos sus rostros, y as no vieron la desnudez de su padre.
Y despert No de su embriaguez, y supo lo que le haba hecho su hijo ms
joven, y dijo: Maldito sea Canan; Siervo de siervos ser a sus hermanos.
Dijo ms: Bendito por Jehov mi Dios sea Sem, y sea Canan su siervo.
Engrandezca Dios a Jafet, y habite en las tiendas de Sem,Y sea Canan su
siervo.
Y vivi No despus del diluvio trescientos cincuenta aos. Y fueron todos los
das de No novecientos cincuenta aos; y muri.
Hay algo en esta historia narrada por Moiss, algo que pueda considerarse
relacionado con las enzimas?
89
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
errneamente
que
para
este
proceso
son
pero
en
este
ao,
Berthelot,
por
Talleres de Bioqumica
90
Luz B. Pardo R.
en la
llamada qumica
91
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
errada,
al
decir
que
las
enzimas
eran
polisacridos.
92
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
93
Luz B. Pardo R.
Quin aisl por primera vez una enzima en forma cristalina? Cul fue la
enzima cristalizada?
Talleres de Bioqumica
94
Luz B. Pardo R.
1. Oxidorreductasas
2. Transferasas
3. Hidrolasas
4. Liasas
5. Isomerasas
6. Ligasas
Las liasas son enzimas que remueven grupos de sus sustratos (no por
hidrlisis), dejando dobles enlaces; o inversamente, agregan grupos a dobles
enlaces, las ligasas tambin conocidas como sintetasas, son enzimas que
catalizan la unin de dos molculas a expensas del rompimiento de un enlace
de alta energa.
95
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Existen dos tipos de nombre para las enzimas, uno sistemtico y otro trivial. El
sistemtico se da de acuerdo con las reglas de nomenclatura que muestra la
accin de la enzima lo mas preciso posible y el trivial, lo suficientemente corto
para su uso comn.
Clase 1 Oxidorreductasas
A esta clase pertenecen todas las enzimas que catalizan reacciones de oxidoreduccin. El sustrato que se oxida es considerado como dador de
hidrgenos.
El
nombre
sistemtico
se
dada
como
dador:
aceptor
Clase 2 Transferasas.
Talleres de Bioqumica
96
Luz B. Pardo R.
Clase 3 Hidrolasas
Estas enzimas catalizan el rompimiento hidroltico de enlaces C-O, C-N, o CC. El nombre sistemtico siempre incluye hidrolasa. El nombre comn
generalmente incluye el nombre del sustrato y el sufijo asa. El segundo
nmero en el cdigo indica la naturaleza del enlace hidrolizado, por ejemplo
3.1 son esterasas, 3.2 glicolsilasas. El tercer nmero generalmente indica la
naturaleza del sustrato. EC 3.1.1 son hidrolasas de esteres carboxlicos, EC
3.1.2 son tioester hidrolasas, etc.
Clase 4. Liasas
Las liasas son enzimas que rompen enlaces C-C, C-O. C-N u otros enlaces
por eliminacin de tomos o radicales, dejando dobles enlaces o lo contrario.
El nombre sistemtico se forma en la siguiente forma: sustrato grupo-liasa, el
guion es una parte importante del nombre, por ejemplo hidro-liasa. Los
nombres comunes usualmente incluyen los trminos: decarbolxilasa, aldolasa,
deshidratasa. El segundo nmero del cdigo indica el enlace roto. EC 4.1 son
carbn-carbn liasas, EC 4.2 son carbono-oxgeno liasas. El tercer nmero del
cdigo da ms informacin sobre el grupo eliminado. Por ejemplo CO 2 en EC
4.1.1, H2O en EC 4.2.1
Talleres de Bioqumica
97
Luz B. Pardo R.
Clase 5 Isomerasas
Estas enzimas catalizan cambios estructurales o geomtricos dentro de una
molcula. De acuerdo con el tipo de isomerismo se designan como:
racemasas, epimerasas, cis-trans isomerasas, tautomerasas, mutasas, o,
cicloisomerasas. Las subclases se forman de acuerdo con el tipo de
isomerismo y las sub subclases segn el tipo de sustrato.
Clase 6 Ligasas
Las ligasas son enzimas que unen dos molculas acompaada por la
hidrlisis de un enlace anhdrido de un nucletido trifosfato Se recomienda
evitar el uso del termino sintetasa y remplazarlo por X Y ligasa. El termino
sintasa se utiliza para reacciones complejas de sntesis que utilizan dadores d
energa diferentes a los nucletidos trifosfato
Sustrato: Sustancia sobre la que acta la enzima y que es activada por sta.
Talleres de Bioqumica
98
Luz B. Pardo R.
Energa de activacin
Existe una barrera que impide el libre paso de A a B, para poder hacerlo el
operario debe aplicar una fuera que permita llevar la piedra hasta la mxima
altura, desde la cual la piedra. Con igual probabilidad puede ir a B o regresar a
A,
Qu solucin propone usted para disminuir la energa necesaria para hacer
llegar la piedra de A a B?
Talleres de Bioqumica
99
Luz B. Pardo R.
100
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
101
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
(3)
(4)
(5)
Ka.[A]=
102
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Ka =
Cuando Vo = Vm
Ka =
Establezca definiciones operativas de Ka y Vm
Ka es:
Vm es:
Formule
matemticamente
la
condicin
de
estado
estable
para
la
Vf de [EA] =
Vd de [EA] =
103
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Curvas de Progreso
La rapidez de reaccin se obtiene a partir de la pendiente de las tangentes a
curvas de progreso (cambio en concentracin de sustrato o de producto en
funcin del tiempo).
La grfica muestra las curvas de progreso para los siguientes resultados
experimentales
micro moles
micro moles
segundos
sustrato
producto
100
90,0
10,0
10
81,0
19,0
15
72,9
27,1
20
65,6
34,4
25
59,0
41,0
30
53,1
46,9
35
47,8
52,2
40
43,0
57,0
45
38,7
61,3
60
34,9
65,1
Talleres de Bioqumica
104
Luz B. Pardo R.
La nomenclatura de Cleland
De acuerdo con el sistema de nomenclatura de Cleland, los sustratos se
designan con las primeras letras maysculas del alfabeto: A, B, C, etc.
teniendo en cuenta el orden alfabtico para indicar el orden de adicin de los
sustratos a la enzima. Los productos se designan por las letras P, Q, R. etc.,
en donde el orden alfabtico indica el de liberacin de los productos.
Por formas enzimticas se entiende la enzima libre o asociaciones de la
enzima (Complejos) con sustratos,
Talleres de Bioqumica
105
Luz B. Pardo R.
Cuando todos los sustratos se unen al sitio activo de la enzima antes de que
se libere alguno de los productos, se dice que el mecanismo es
SECUENCIAL; mientras que si es posible la adicin de sustratos y la
liberacin de productos en forma alternada, se dice que se trata de un
mecanismo PING-PONG, en este mecanismo la enzima oscila entre dos
formas enzimticas diferentes ( E ) y ( E ).
Talleres de Bioqumica
106
Luz B. Pardo R.
Mecanismo ping-pong
Talleres de Bioqumica
107
Luz B. Pardo R.
Bi-Bi.
Secuencial aleatorio
Ping-pong
Talleres de Bioqumica
108
Luz B. Pardo R.
Ecuacin
Grfico
vo
Vm . A
Ka A
1
vo
K
1
1
1
a
v o Vm A
Vm
1
[A]
Sistema de HANES
A
vo
K
1
A a
Vm
Vm
[A]
vo
[A]
109
Talleres de Bioqumica
Sistema de HOFSTEE
vo Ka
Luz B. Pardo R.
vo
vo
Vm
A
vo
[A]
Sistema
de
vo
EISENTHAL Y
CORNISH-
Vm
BOWDEN
Vm K a
1
v
A
Ka
-[A]
Cada recta se construye a partir de un par de puntos (-A y Vo). En este sistema la
constante de Michaelis y la rapidez mxima se estiman mediante la mediana de los estimativos de
estos parmetros (proyeccin de los puntos de corte de las distintas rectas sobre los respectivos
ejes). El nmero de posibles intersecciones en un grfico de Eisenthal es:
N int er secciones
n
( n 1)
2
110
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
1
1
v 2 v1
Ka
1 1
1 1
.
.
A 2 v 1 A 1 V2
1
1
A 2 A1
Vm
1 1
1 1
.
.
A 2 v 1 A 1 V2
Pendiente
Interseccin
Ka
Vm
Lineweaver
Hanes
Hofstee
Vo
0,0
10
28,6
20
44,4
30
54,5
40
61,5
1/A
1/Vo
A/Vo
Vo/A
Talleres de Bioqumica
50
66,7
60
70,6
70
73,7
80
76,2
90
78,3
100
80,0
111
Luz B. Pardo R.
Inhibidores
Los inhibidores son sustancias qumicas que disminuyen la rapidez de las
reacciones enzimticas. Cleland clasifica los inhibidores de acuerdo con la
manera como el inhibidor se une a diferentes formas enzimticas, de acuerdo
con este principio hay tres tipos de inhibidores., Competitivo (se une a la
enzima libre), A competitivo (se une al complejo enzima sustrato), No
competitivo (se une tanto a la enzima libre como al complejo enzima sustrato)
Cleland establece dos reglas bsicas para la unin de ligandos a las enzimas:
Si el ligando se une a la misma forma enzimtica con la que lo hace la enzima,
se afecta la pendiente de las grficas de doble recproco; si se une a diferente
forma enzimtica, se afecta la interseccin vertical.
Inhibicin Competitiva
112
Talleres de Bioqumica
Inhibicin A competitiva
P
A
( EA
E
EA
EP )
EAI
Luz B. Pardo R.
113
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Inhibicin NO competitiva
P
A
( EA
EA
E
EP )
EAI
EI
I
I
TIPO DE
INHIBIDOR
Competitivo
A competitivo
No competitivo
GRFICO
114
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Pendiente
Interseccin
Competitivo
A competitivo
No competitivo
115
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
[I] nm
0
10
20
30
Vo moles / minuto
[A] mM
V0
V10
V20 V30
0
10
Autorregulacin
No todas las enzimas siguen el comportamiento hiperblico descrito por
Michaelis y Menten Se ha encontrado que algunas enzimas tienen
comportamiento sigmoidea, similar a las curvas de saturacin de la
hemoglobina con el oxgeno. Estos fenmenos se denominan cooperativos en
la unin de ligandos. Una medida de la cooperatividad es el coeficiente de Hill.
Un coeficiente de 1 indica que no hay cooperatividad, si es mayor que 1 hay
cooperatividad positiva (es decir que la unin de un ligando facilita la uni de
mas ligandos)
Talleres de Bioqumica
116
Luz B. Pardo R.
117
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Autorregulacin
Con cooperatividad
(2) Afinidad de la enzima
Inhibicin competitiva isostrica con el
producto, regulacin alostrica tipo K
Activacin Inactivacin
Activacin Inactivacin
Regulacin tipo V
Degradacin de la enzima
Protelisis controlada
Modificacin de la enzima
Protelisis limitada
Talleres de Bioqumica
118
Luz B. Pardo R.
K 0,5 n A n
A 0,9 V
A 0,1V
119
Talleres de Bioqumica
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
Luz B. Pardo R.
n=1
n=3
n=4
20
40
60
n=2
80
100 120 140 160 180 200 220 240 260 280
Hiperblica
81
Sigmoidea
Sigmoidea
4,3
Sigmoidea
Talleres de Bioqumica
120
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
121
Luz B. Pardo R.
122
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Carga Energetica
ATP 0,5ADP
ATP ADP AMP
Talleres de Bioqumica
123
Luz B. Pardo R.
124
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
ADECUACIN
Modificacin
Modificacin Qumica
Fsica
Elemento de
Inmediata
Rpida
Lenta
mando
[A]
Autorregulacin
Proteo gnesis
[ Et ]
Protelisis
controlada
Activacin
K3
Regulacin
Inactivacin
alostrica tipo V
controlada por
enzimas
Ka
Regulacin
alostrica tipo K
Talleres de Bioqumica
125
Luz B. Pardo R.
orden cero, orden fraccionario, orden uno, orden fraccionario y orden cero,
este comportamiento es tpico de as enzimas alostricas.
Talleres de Bioqumica
126
Luz B. Pardo R.
Subsistema Procesador
Propsito
Talleres de Bioqumica
127
Luz B. Pardo R.
Generalidades
El metabolismo, (del griego. , cambio, e ismo), es el conjunto de
reacciones qumicas que ocurren en el interior de la clula para realizar las
transducciones de energa y las transformaciones de la materia necesarias
para el mantenimiento de la vida. En general se describen dos fases del
metabolismo: Anabolismo y catabolismoObserve las siguientes figuras, la primera se le puede describir con el termino
cata (del gr. ) y la segunda con ana (del gr. )
T1. De acuerdo con las figuras, Cmo interpreta usted los trminos
catabolismo y anabolismo?
T2. Los trminos anabolismo y catabolismo estn asociados con la
energa en los seres vivos, De qu naturaleza son estos cambios d
energa durante los dos procesos? Cul seria el cambio neto en
energa libre (G) en los dos procesos?
Las clulas realizan los procesos metablicos mediante un repertorio limitado
de reacciones qumicas, que organizadas adecuadamente constituyen las
llamada vas metablicas. El anlisis de los procesos metablicos ha permitido
establecer unos pocos modelos de procesamiento bioqumico que al
Talleres de Bioqumica
128
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
129
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
130
Luz B. Pardo R.
Tipo de va
Talleres de Bioqumica
En
131
http://www.genome.jp/kegg/pathway.html
Luz B. Pardo R.
encontrara
una
coleccin
En:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238879/
encontrara
un
Talleres de Bioqumica
132
Luz B. Pardo R.
Activacin
Para que los sustratos puedan ser utilizados por la clula como fuente de
energa, estos deben estar activos o adaptados.
Monosacridos
La reaccin de activacin pata la glucosa es la siguiente:
Talleres de Bioqumica
133
Luz B. Pardo R.
(Consulte: http://www.brenda-enzymes.info/)
El proceso de activacin se describe en trminos de sustrato a activar,
activador, enzima activadora y producto activo. Loa sustratos a activar son:
monosacridos, cidos grasos glicerol y aminocidos. Para cada uno de estos
sustratos existe un modelo de activacin especfico.
Talleres de Bioqumica
134
Luz B. Pardo R.
Eritrosa
cidos grasos
Talleres de Bioqumica
135
Luz B. Pardo R.
136
Talleres de Bioqumica
H3C
HO
CH3
C
C
H2
HN
CH
HO
CH2
H2C
cido pantotnico
O
C
OH
Luz B. Pardo R.
137
Talleres de Bioqumica
H2
C
H
N
SH
C
H2
C
H2C
HO
CH2
CH3
CH
HN
C
N
CH
C
H2
H3C
OH
P
O
H2N
N
C
N
C
H
O
CH
CH
HO
CH
CH2
P
OH
CH
OH
Coenzima A
T4. Complete el siguiente esquema para el cido dodecanoico
Luz B. Pardo R.
138
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Aminocidos
Los aminocidos no tienen un proceso de activacin sino de adaptacin
consistente en la remocin del grupo amino y su remplazo por un grupo ceto.
Este proceso puede ocurrir en tres formas diferentes:
Transaminacin
Desaminacin oxidativa
Desaminacin no oxidativa
HO
C
CH
C
H2
OH
C
-cetoglutrico
Glutmico
O
H2
C
C
HO
CH
OH
C
NH2
Asprtico
Oxalactico
O
C
H3 C
OH
CH
NH2
Alanina
Pirvico
139
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Transaminacin
Para el proceso de transaminacin es indispensable el fosfato de piridoxal,
derivado de la piridoxina (vitamina B6), el cual se transforma en fosfato de
piridoxamina
OH
OH
HO
HC
H2C
C
C
HO
CH
CH3
H2C
HC
C
C
C
H2N
OH
Fosfato de piridoxal
aminocido 1
CH2
CH3
C
OH
Fosfato de piridoxamina
Piridoxal-P
aminocido 2
Transaminasa
cetocido 1
Piridoxamina-P
cetocido 2
Talleres de Bioqumica
140
Luz B. Pardo R.
Desaminacin no oxidativa
La desaminacin no oxidativa solo ocurre en hidroxi aminocidos y
ocasionalmente con la cistena. La desaminacin se hace mediante un
proceso de deshidratacin y rehidratacin dependiente de una liasa. El
proceso tiene como intermediario un aminocido con radical no saturado el
cual se transforma en iminocido- El iminocido se rehidrata, se forma un
cetocido y se elimina el grupo amino en forma de amoniaco-
:
T7. De acuerdo con el modelo anterior represente al desaminacin no
oxidativa de la treonina
O
H2N
OH
CH
CH3
CH
HO
141
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Desaminacin oxidativa
La desaminacin oxidativa ocurre nicamente con el cido glutmico este
proceso permite la eliminacin del grupo amino del glutmico en forma de
amoniaco. El agente oxidante es el NAD+ (nicotinamida adenina dinucletido)
derivado de la niacina (Vitamina B3). La enzima que cataliza esta reaccin es
la glutamato deshidrogenasa
N
H2N
CH
HO
N
C
OH
N
C
H
CH
CH
O
OH
CH
CH
CH
OH
HO
HO
CH
O
O
H
C
CH
O
CH
NAD+
C
C
N+
CH
HC
C
H
NH2
142
Talleres de Bioqumica
HO
HO
C
H2N
Luz B. Pardo R.
NAD+
NADH + H+
CH
CH2
CH2
H2C
H2C
C
HO
Glutmico
NH3
HO
-cetoglutrico
143
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
A reducido
B oxidado
A oxidado
B reducido
144
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
A reducido
B oxidado
Z reducido
A oxidado
B reducido
Z oxidado
Potencial redox
El potencial redox mide la tendencia a ceder electrones. Un compuesto solo
puede oxidar a otro que tenga menor potencial redox (ms negativo o menos
positivo), y solo podr reducir a otro que tenga potencial redox menos positivo
o ms negativo.
La escala de potenciales redox tiene como referencia el par H / H+, al cual se
atribuye un potencial redox de 0,0 voltios En una cadena redox los pares se
organizan de potencial ms negativo a menos positivo al de potencial ms
positivo o menos negativo.
Talleres de Bioqumica
145
Luz B. Pardo R.
Pares redox
H2O / O2
0,82
NO2- / NO3-
0,42
3+
Cit c Fe /Fe
Hemoglobina / metehemoglobina
2+
2+
0,29
0,22
0,17
Cit b2 Fe / Fe
0,12
Ubiquinona red / ox
0,10
Ascrbico / dehidroascrbico
0,08
0.07
0,01
FAD H2 / FAD
- 0,12
Mlico / oxalactico
- 0,17
Lctico / Pirvico
- 0,19
Etanol / Acetaldehido
- 0,20
Glutatin red / ex
- 0,23
b hidroxibutrico / Acetoactico
- 0,27
- 0,29
Lipico red / ox
- 0,29
- 0,32
cetoglutrico / succnico
- 0,67
T3. Sin tener en cuenta la especificidad de las enzimas, todos los sustratos
oxidables por NAD seran potencialmente oxidables por FAD? Todos los
potencialmente oxidables por FAD podran serlo por NAD?
146
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Reaccin
2 H+ + 2 e -
H2
- 0.421
NAD+ + 2 H+ + 2 e-
NADH + H+
- 0.320
Piruvato + 2 H+ + 2 e-
Lactato
- 0.185
Oxalacetato + 2 H+ +2 e--
Malato
- 0.166
FAD+ + 2 H+ + 2 e-
FADH2
-0.12
Fumarato + 2 H+ +2 e-
Succinato
- 0.031
Ubiquinona + 2 H+ + 2 e-
Ubiquinol
+ 0.100
2 citocromo b (Ox.) + 2 e -
2 cit b (red.)
+ 0.030
2 citocromo c (Ox.) + 2 e -
2 cit c (red.)
+ 0.254
2 citocromo a3 (ox.) + 2 e -
2 cit a3 (red.)
+ 0.385
O2 + 2 H+ + 2 e-
H2O
+ 0.816
Equivalencia E : G
Existe una equivalencia entre diferencias de potencial redox diferencias en el
cambio de energa libre la cual se establece mediante la ecuacin de Faraday.
Ecuacin de Faraday:
G = -nFE
Talleres de Bioqumica
147
Luz B. Pardo R.
T4. Con los pares redox que se mencionan a continuacin, forme una cadena
de transporte de electrones que incluya a todos los pares mencionados.
A ox /red
0,82 V
B ox /red
0,00 V
C ox /red-0,32 V
D ox /red
-0,25 V
E ox /red
0,25 V
T5. Localice los pares redox en el diagrama siguiente. Determine los valores
de (G) asociado con la diferencia de potencial redox (E) entre los pares
consecutivos a de la cadena. Marque con () los sitios en los que
potencialmente se podra formar ATP
148
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
R1
R1
R1
C
C
R2
R2
Saturado
No saturado
R1
OH
C
R2
R2
Alcohol
Carbonilo
Sustrato
Enzima
Oxidante
Producto
CH3
H3C
R1
CH3
Deshidrogenasa
H3C
C
CH3
CH3
FAD
H
C
R2
149
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
H2O
hidratacin
Hidratasa
H
R1
es una
R1
OH
no una
oxidacin
R2
propiamente
R2
dicha
R1
H
R1
Deshidrogenasa
H
NAD+
OH
R2
C
C
R2
Las enzimas forman su nombre a partir del sustrato que es oxidado, por
ejemplo si el sustrato es in acil-CoA, la enzima se nombrara como acil-CoA
deshidrogenasa.
150
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
O
H2
C
HO
C
C
C
H2
HO
OH
OH
HO
HO
OH
O
OH
O
151
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
OH
H
HO
OH
HO
O-
Fosfato
OH
OH
HO
OH O
Fosforilo
H2
C
O
H2 N
C
N
P
O
CH
HO
OH
HO
O
P
OH
CH
CH
CH
OH
HO
152
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Compuesto
G aproximado
Ejemplo
Anhdridos de fsforo
1. ATP
-8 Kcal/mol
Anhdridos mixtos
2. 1,3-bisfosfoglicerato
-12 Kcal/mol
Fosfatos de enoilo
3. Fosfoenol piruvato
-15 Kcal/mol
Tiosteres de acilo
4. Succinil CoA
-7 Kcal/mol
Fosfatos de guanidina
5. Fosfocreatina
-10 Kcal/mol
(acilo - fsforo)
G aproximado en J/mol
ATP
1,3-bisfosfoglicerato
Fosfoenol piruvato
Succinil CoA
Fosfocreatina
153
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
T3. El siguiente compuesto contiene fosforilos que pueden ser de alta, o baja
energa. IdentifquelosOH
O
O
OH
O
C
OH
CH
HO
O
C
H2
P
OH
O
Recuerde que:
154
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
G = -8,0 Kcal/mol
Glucosa + Pi Glucosa-6-P
G = +3,0 Kcal/mol
_____________________________________________
Glucosa + ATP Glucosa-6-P + ADP G = -8,0 Kcal/mol + 3,0 Kcal/mol = 5,0 Kcal/mol
En sentido inverso la reaccin requerira el suministro de 5 Kcal/mol, por tanto
es irreversible.
T4. Una reaccin de gran importancia en la gliclisis es la catalizada por la
piruvatoquinasa (P-enolpiruvato + ADP piruvato + ATP). Descomponga la
reaccin en reacciones parciales y determine si es o no reversible.
155
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Isomerizacin
Los ismeros son molculas que tienen la misma frmula molecular pero
diferente frmula estructural.
Carbono asimtrico
El nmero de ismeros es:
Carbono no asimtrico
Isomera de cadena
156
Talleres de Bioqumica
Corresponde
las
sustancias
cuyas
Luz B. Pardo R.
frmulas
estructurales
difieren
H2
C
H3C
C
H2
H3 C
CH3
CH
CH3
CH3
n-butano
2-metil-propano (isobutano)
Isomera de posicin
En este tipo de isomera las frmulas estructurales difieren nicamente en la
posicin de su grupo funcional sobre el esqueleto carbonado, por ejemplo:
H
H3 C
HO
C
H3 C
CH2OH
C
C
CH3
H
Butanol
Isobutanol
Isomera de funcin
La presentan sustancias que con la misma frmula molecular tienen distinto
grupo funcional, por ejemplo:
H2
C
HO
O
CH3
Etanol
H3 C
CH3
Metano-oxi-metano
Estereoisometra
Ocurre cuando dos molculas con con la misma estructura presentan diferente
distribucin espacial de sus tomos.
157
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Isomera geomtrica
Se debe ala presencia de enlaces mltiples que imposibilitan la rotacin
alrededor de los mismos. Es caracterstica de sustancias que presentan un
doble enlace carbono-carbono.
O
H
C
C
HO
C
H
CH3
C
CH3
HO
CH
C
H
158
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Enzima
Ribulosa 5-P
Epimerasa
Ribulosa-5-P
Isomerasa
Gliceraladehido-3-P
Isomerasa
Eritrulosa-4-P
Producto
Eritrosa-4-P
Manosa-6-P
Ribosa-5-P
Isomerasa
159
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Aldolizacin
C
C
H2
OH
CH
OH
O
H2
C
CH
HO
CH
OH
P
Aldolasa
O
OH
OH
160
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Transaldolizacin transcetolizacin
Dador
Aceptor
cetosa
aldosa
5C
5C
Enzima
Dador
Aceptor
transformado
transformado
aldosa
cetosa
3C
7C
Transcetolasa
7C
Transaldolasa
4C
6C
3C
5C
4C
Transcetolasa
5C
Transaldolasa
5C
Fosfocetolizacin
T3. Mediante un esquema represente la accin de la fosfocetolasa sobre la
xilulosa-5-P
OH
HO
O
P
CH
C
H2
HO
O
C
CH
OH
C
H2
OH
Xilulosa-5-P
Tiolisis
T4. Cul es el efecto de la tirolesa sobre el siguiente compuesto?
O
H2
C
H3C
H2
C
C
H2
Palmitil-CoA
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
C
C
H2
C
C
H2
S-CoA
Talleres de Bioqumica
161
Luz B. Pardo R.
Fosforlisis
Talleres de Bioqumica
162
Luz B. Pardo R.
Nmero de carbonos: 3
Activacin de la hexosa
Talleres de Bioqumica
163
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
164
Luz B. Pardo R.
165
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
enlaces
C-C
se
rompen
mediante
aldolasas,
transaldolasas,
Talleres de Bioqumica
166
Luz B. Pardo R.
1. Activacin de la hexosa.
2. Isomerizacin a un compuesto que permita una segunda fosforilacin.
3. Segunda fosforilacin de la hexosa.
Talleres de Bioqumica
167
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
168
Luz B. Pardo R.
169
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Clase
Numero
Nombre
EC
sistemtico
170
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
G0 2
G
(kcal/mol) (kcal/mol)
Hexoquinasa o Glucoquinasa
- 4.0
- 8.0
Fosfoglucoisomerasa
+ 0.4
- 0.6
Fosfofructoquinasa-1
- 3.3
- 5.3
Fructosa-1,6-bis-fosfato aldolasa
+ 5.7
- 0.3
Triosa-fosfato isomerasa
+ 1.8
+ 0.6
Gliceraldehdo-3-fosfato deshidrogenasa + 1.5
- 0.4
Fosfogliceratoquinasa
- 4.5
+ 0.3
Fosfogliceratomutasa
+ 1.06
+ 0.2
Enolasa
+ 0.4
- 0.8
Piruvato quinasa
- 7.5
- 4.03
Enzima
T4. Las reacciones alejadas del equilibrio son los puntos ideales para ejercer
regulacin, Desde el punto de vista termodinmico, qu reacciones de la
gliclisis se consideran irreversibles?
Cul (es) reaccin (es) de la gliclisis sern las mas adecuadas para ser
objeto de regulacin? Por qu?
171
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
CH3
N+
H3C
OH
CH
C
H2
C
C
H2
OH
Talleres de Bioqumica
172
Luz B. Pardo R.
T6. En la beta oxidacin ocurren una serie de reacciones que tienen como
consecuencia la formacin de los intermediarios que se muestran en el
siguiente cuadro, de acuerdo con el modelo incluido para la primera reaccin.
Lugar en
Evento bioqumico
Modelo
la
Enzima
secuencia
EC 6.2.1.3
NC3 AcilCoAsintetasa
NS4 cido graso de
Iniciacin del proceso
Activacin
1
cadena larga: CoA
ligasa (AMPformadora)
EC
Aparicin de un alcohol
NC
NS
Formacin de acetil CoA
EC
NC
NS
EC
NC
NS
EC
NC
NS
T7. Complete el esquema para el primer ciclo de oxidacin del cido palmtico.
Incluya las enzimas y otros sustratos necesarios-
3
4
NC = Nombre comn
NS = Nombre sistemtico
173
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
O
H2
C
H3C
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
C
C
H2
OH
Talleres de Bioqumica
174
Luz B. Pardo R.
Ciclo de Krebs
Los objetivos del Ciclo de Krebs son:
Talleres de Bioqumica
175
Luz B. Pardo R.
T9. A continuacin se muestran las reacciones del Ciclo de Krebs sin que
estn en orden secuencial. Atribuya a cada reaccin el puesto que ocupara en
una secuencia lgica y complete la informacin segn el ejemplo incluido.
Reaccin
N del puesto en la secuencia
lgica y enzima que la cataliza
Numero en la secuencia = [ 1 ]
Talleres de Bioqumica
176
Luz B. Pardo R.
EC = 2.3.3.1
Nombre corriente =
Citrato sintasa
Nombre sistemtico =
acetil-CoA: oxalacetato Cacetiltransferasa [tioesterhidrolizante, (pro-S)-carboximetil
formadora]
Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemtico=
Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemtico=
Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Talleres de Bioqumica
177
Luz B. Pardo R.
Nombre sistemtico=
Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemtico=
Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Talleres de Bioqumica
178
Luz B. Pardo R.
Nombre sistemtico=
Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemtico=
Talleres de Bioqumica
179
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
180
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
181
Luz B. Pardo R.
Fosforilacin oxidativa
Complejo II
Recibe el nombre de Succinato: UQ reductasa.
Es la nica enzima del ciclo de Krebs unida a la membrana mitocondrial
interna.
Consta de 4 cadenas polipeptdicas, 1 citocromo, una molcula de FAD como
grupo prosttico, 2 a 3 centros Fe S.
Talleres de Bioqumica
182
Luz B. Pardo R.
Ubiquinona
Su funcin es recoger electrones de los complejos I y II. Es liposoluble, por lo
que puede desplazarse por el interior de las dobles membranas lipdicas, para
llegar al complejo III. Puede ser reversiblemente reducida o pasar por estados
de semi reduccin: UQ (Ubiquinona) - UQH (Semiquinona) UQH2 (Ubiquinol).
Se puede encontrar libre o asociada a protenas.
Tiene una cadena lateral isoprenoide: n= 6-8 en microrganismos. n=10 (Q10)
en mamferos
Citocromos
Son componentes de la cadena respiratoria: b y c.
Talleres de Bioqumica
183
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
184
Luz B. Pardo R.
Formacin de ATP
El proceso de fosforilacin del ADP para formar ATP se realiza a expensas de
la llamada fuerza protomotriz que es generada por un gradiente de protones a
travs de la membrana interna de la mitocondria.
Los complejos de la cadena respiratoria bombean protones de la matriz
mitocondrial al espacio inter membrana. Los protones regresan a la matriz
gracias a la ATP sintasa, enzima que aprovecha la fuerza protomotriz para
formar el ATP.
185
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Par redox
NADH deshidrogenasa
NAD / NADH
0,32
Succinato deshidrogenasa
0,20
+0,06
+0,12
+0,22
+0,29
E (Voltios)
Complejo IV
O2 / HO
+0,82
Talleres de Bioqumica
186
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
187
Luz B. Pardo R.
Obtencin de Energa
Propsito
188
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Pi
GTP
ADP
GDP
ATP
Tipo de
transferencia
189
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
OH HO
CH
CH
O
CH2
H2
C
C
CH
CH
HO
CH
HO
OH
C
H2
H2
C
C
H2
CH3
Talleres de Bioqumica
190
Luz B. Pardo R.
191
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
OH
HO
OH
Glutamina
H2C
CH
CH
HO
NH2
O
H2C
CH
PRA
O
OH O
PRPP
P
O
P
CH
Glutamato
OH
CH
HO
CH
CH
CH
HO
OH
OH
HO
En
las
reacciones
siguientes
se
utiliza: ATP,
derivados
del
cido
La PRA reacciona con glicina para formar glicinamida ribtido (GAR) con
energa proveniente del ATP.
OH
HO
P
O
OH
O
NH2
CH
CH
HO
Gar
ATP
H2C
recibe
ADP + PI
2
CH
CH
Glicina
HO
P
O
CH2
O
O
H2C
un
carbono
NH
O
CH
GAR
OH
CH
HO
del
N-formil-tetrahidroflico
NH2
para
CH
CH
OH
formar
192
Talleres de Bioqumica
OH
HO
P
O
CH2
Luz B. Pardo R.
H
N
NH2
OH
NH
O
H2C
THF
N-formil-THF
CH
HO
CH
CH
HO
O
NH
H2C
3
OH
CH
CH
O
GAR
CH2
CH
FGAR
CH
CH
CH
HO
OH
P
O
H
N
CH2
CH
OH
ADP + Pi
ATP
HO
P
O
H2C
CH
CH
CH
O
NH
CH
FGAM
Glutamina
CH
H2C
CH
HO
HN
NH
CH2
CH
CH
Glutamato
CH
HO
OH
OH
En una reaccin dependiente de ATP FGAM se cicla para formar 5aminoimidazol ribtido
H
N
CH2
OH
HO
P
O
O
H2C
HN
OH
HO
CH
ADP + Pi
ATP
NH
HC
CH
FGAM
CH
HO
CH
O
H2N
H2C
O
CH
AIR
CH
CH
HO
CH
CH
CH
OH
OH
193
Talleres de Bioqumica
OH
HO
Luz B. Pardo R.
HC
CH
O
H2N
H2C
HO
CO2
CH
O
H2N
O
CH
H2C
CH
OH
CH
CAIR
HO
CH
CH
HOOC
OH
CH
CH
CH
HO
OH
CAIR recibe un grupo amino del asprtico para formar 5-aminoimidazol-4-Nsuccinilcarboxamido ribtido (SAICAR)
O
O
HO
OH
HO
HOOC
H2C
OH
CH
NH
CH
O
H2N
H2C
CH
CH
NH2
C
CH
CAIR
ADP + Pi
ATP
HO
Aspartico
CH
C
N
C
H
OH
CH
CH
CH
SAICAR
H2
C
CH
HO
OH
OH
OH
O
HO
OH
C
H2C
CH
H2N
NH
O
C
C
N
C
H
O
CH
CH
HO
CH
CH
H2
C
O
O
OH
P
OH
OH
HO
P
HO
H2
C
O
N
O
CH
CH
CH
CH
AICAR
HO
H2N
N
SAICAR
Fumarato
NH2
OH
CH
194
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
AICAR recibe u7n nuevo grupo formilo trasportado por el cido tetrahidro folico
y se transforma en 5-formaminoimidaxol-4-carboxamide ribtido (FAICAR).
O
O
H2N
H2N
C
O
HO
P
HO
O
9
CH
CH
CH
HO
CH
AICAR
HO
OH
HO
H2
C
O
HN
CH
H2
C
CH
O
Fumarato
H2N
CH
O
CH
CH
CH
CH
FAICAR
OH
HO
HO
H2
C
O
CH
10
CH
HO
H2
C
HO
CH
O
HO
FAICAR
H2O
C
N
HC
N
CH
HN
O
OH
N
O
CH
CH
CH
OH
OH
HO
IMP
CH
CH
OH
CH
C
N
Talleres de Bioqumica
195
Luz B. Pardo R.
196
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Aspartico
Carbamoil-fosfato
Carbamoil-aspartato
1
Pi
3
cido ortico
PRRP
4
H2O
cido dihidroortico
NAD+
NADH + H+
Pi
5
Orotidina -5-monofosfato
H2O
T4, Las enzimas enzimas (se da el nombre en ingles para facilitar la consulta
en BRENDA) que catalizan las reacciones son:
1. aspartate transcarbamoylase, ATCase
2. carbamoyl aspartate dehydratase
3. dihydroorotate dehydrogenase
4. orotate phosphoribosyltransferase
5. orotidine-5'-phosphate carboxylase:
A qu clase pertenece?
Cual es su nmero EC?
Consulte la estructura de los intermediarios de la sntesis de las pirimidinas
Los nucletidos de pirimidina se forman a parir del cido ortico.
T5. Cmo se sintetizan los otros nucletidos de pirimidina?
Talleres de Bioqumica
197
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
198
Luz B. Pardo R.
199
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Formacin de reservas
Una de las caractersticas ms importantes de la fase de absorcin es la
formacin de reservas de glucosa en forma de glucgeno y de cidos grasos
en forma de triglicridos.
Glucogenognesis
HO
HO
CH2
C
H
C
H
OH
H
OH
OH
-D-glucopiranosa
H2
C
HO
O
P
O
HO
CH
CH
CH
OH
P
HO
OH
UTP
Represente la molcula de UDP-glucosa
CH
C
CH
HO
O
HC
NH
200
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
HO
HO
CH2 O
C
C
H
C
H
OH
H
OH
O
H
H2
C
C
HO
C
HO
OH
H
H
HO
H2 C
HO
HO
C
O
CH2 C
HO
OH
C
H
C
H
OH
OH H
Talleres de Bioqumica
201
Luz B. Pardo R.
Sntesis de triglicridos
La mayor parte de la energa se alacena en forma de triglicridos. Los cidos
grasos que forman parte de los triglicridos se sintetizan en citoplasma a partir
de acetil CoA. Metablicamente, el acetil CoA se origina en mitocondria por
beta oxidacin de los cidos grasos o por descarboxilacin de piruvato.
Talleres de Bioqumica
202
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
203
Luz B. Pardo R.
Las reacciones catalizadas por la sintasa de cidos grasos son las siguientes.
Paso
Condensacin
Reduccin del
acetoacetil-ACP
Descripcin
El primer paso es la
transferencia del radical
acetilo al malonil-ACP5,
con formacin de
acetoacetil-ACP y
liberacin de CO2
En este paso, se reduce
el acetoacetil-ACP
mediante e NADPH a
Enzima
b-cetoacil sintasa
b-cetoacil-ACP
reductasa
Talleres de Bioqumica
204
Luz B. Pardo R.
hidroxibutiril-ACP
En esta reaccin, el
Hidroxiacil-ACP
hidroxibutiril-ACP es
deshidratasa
deshidratado a butenoilACP
Reduccin del enoilEn el ltimo paso, el
Enoil-ACP reductasa
ACP
butenoil-ACP es
reducido mediante
NADPH a butiril-ACP
Se repite hasta la formacin de palmitil-AC
Deshidratacin
Talleres de Bioqumica
205
Luz B. Pardo R.
206
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Sntesis de triglicridos
Los triglicridos se sintetizan a partir acil CoA y glicerol-P En el hgado el
glicerol-P se puede formar a partir de glicerol libre o por reduccin de la
dihidroxiacetona-P. En tejido adiposo no se puede formar a partir de glicerol
libre.
OH
OH
CH
H2 C
HO
OH
OH
O
O
OH
C
H2
C
H3C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
H2
C
C
H2
CH2
C
H2
207
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
H 2C
HO
OH
H2 C
CH
H 2C
CH
OH
H2 C
O
C
R1
S-CoA
H2C
H2C
CH
CH
H2C
H2C
O
C
R2
S-CoA
en
forma
de
triglicridos,
Los
tejidos
que
requieren
Talleres de Bioqumica
208
Luz B. Pardo R.
Dado que el glucgeno presenta dos tipos de enlace, alfa 1-4 y alfa 1-6, se
necesitan dos enzimas diferentes para su degradacin. La degradacin del
glucgeno comienza por los extremos no reductores mediante la enzima
glucgeno fosforilasa. Cuando quedan 4 residuos en la ramificacin, acta la
enzima desramificadora,
Talleres de Bioqumica
209
Luz B. Pardo R.
Gluconeognesis
La gluconeognesis es la formacin de carbohidratos a partir de sustancias
que no los son, como el lactato, el glicerol y los aminocidos glucognicos.
Utiliza las mismas reacciones de la gliclisis excepto tres.
El siguiente esquema representa el proceso de gluconeognesis:
Talleres de Bioqumica
210
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
211
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
212
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
213
Luz B. Pardo R.
Momentos metablicos
Talleres de Bioqumica
214
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
215
Luz B. Pardo R.
T8. De acuerdo con las grficas anteriores, Hay relacin entre los niveles de
glucosa y los de insulina? Estas relaciones, si las hay, varan en funcin de la
dieta seguida?
Funcin metablica de algunos rganos en vertebrados
FUNCIONES PRINCIPALES
1.
Intestino
2.
Talleres de Bioqumica
216
Luz B. Pardo R.
1.
2.
Hgado
3.
4.
5
Tejido adiposo
1.
2.
Msculo
1.
esqueltico
2.
M. Cardaco
1.
Eritrocitos
SNC
T. conectivo
Rin
Pulmn
1.
2.
1.
2.
1.
2.
1.
2.
1.
2.
Pncreas
T10. Complete la siguiente tabla con los rganos que realizan las funciones
incluidas en ella.
Talleres de Bioqumica
217
Luz B. Pardo R.
rgano
Funcin
Absorcin
Absorcin de glucosa Na+ dependiente
Absorcin e hidrlisis de disacridos
Cobertura de necesidades energticas
por oxidacin de glucosa
Cobertura de necesidades energticas
por boxidacin6
Formacin de amonaco
Formacin de cuerpos cetnicos
Formacin de quilomicrones
Formacin de reservas (protenas)
Formacin de urea
Glucogenognesis7
Glucogenlisis8 con glucosa libre
Glucogenlisis sin glucosa libre
Gluconeognesis9
Liplisis
Liponeognesis10
Oxidacin de cuerpos cetnicos
Transformacin de glucosa en lactato
6
7
Sntesis de glucgeno
Degradacin de glucgeno
9
Formacin de glucosa a partir de sustancias que no son carbohidratos
10
Sntesis de triglicridos a parir de compuestos que no son lpidos
8
Post Absorcin
Talleres de Bioqumica
218
Luz B. Pardo R.
194
) de la
Talleres de Bioqumica
219
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
220
Luz B. Pardo R.
Ayuno
T16. Durante la fase de hambre el SNC y los eritrocitos requieren 180
gramos de glucosa, de estos el hgado aporta 70 gramos de sus reservas de
glucgeno. De donde proviene el resto de glucosa? Quin hace el mayor
aporte?
Talleres de Bioqumica
221
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
222
Luz B. Pardo R.
Demanda diaria
LPIDOS
PROTENAS
150 g
20g
0,15 mL/g
8 ml/g
Demanda en 40 das
Volumen hidrodinmico11
Peso agua perdida en 40 das
11
Talleres de Bioqumica
223
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
224
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
225
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
226
Luz B. Pardo R.
227
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Fotosntesis
6 CO2 + 5 Pentosas-P
1 Hexosa-P + 5 Pentosas-P
Talleres de Bioqumica
228
Luz B. Pardo R.
Fase lumnica
Los siguientes grficos ilustran los espectros de absorcin de algunos
pigmentos vegetales y el de accin de la fotosntesis.
Talleres de Bioqumica
229
Luz B. Pardo R.
El aceptor del CO2 en la fase oscura (Ciclo de Calvin) es la Ribulosa-1,5bisfosfato (RUbP). La Ribulosa-5-fosfato se origina en la va de pentosas.
Talleres de Bioqumica
230
Luz B. Pardo R.
231
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
HO
CH
OH
OH
3-P-glicrico
CH2
HO
OH
CH
CH2
OH
C
CH2
Ribulosa-bis-P
OH
O
OH
P
HO
C
C
H2
OH
OH
P-glicolico
232
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
O
C
H2N
OH
C
C
H
CH
H2C
OH
OH
Transaminacin
233
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
234
Luz B. Pardo R.
Fotosntesis C4 y CAM
Talleres de Bioqumica
235
Luz B. Pardo R.
En las plantas CAM, el CO2 es capturado de noche por carboxilacin del PEP
en el citosol. El malato formado se acumula en la vacuola. Durante el da, el
malato es transportado al cloroplasto donde se descarboxila. El CO2 liberado
es fijado por la rubisco. Los estomas de las plantas CAM abren de noche y
permanecen cerrados durante el da.
236
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Plantas
C3
C4
CAM
Trigo, cebada,
papa, tomate
Maz, sorgo,
cana de
azcar
Pia, cactus
A Corte de la hoja de una planta que realiza fotosntesis C3. B Corte de la hoja
de una planta con anatoma Kranz (espiral en alemn) que realiza fotosntesis
C4. Tomado de:
237
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
http://books.google.com.co/books?id=30uScIaUo94C&pg=PA32&lpg=PA32&dq=anatomia+kranz+plantas&s
ource=bl&ots=uZmDOkRT5-&sig=C1ydYQ3_zlKzVpCYXMYT02caOI&hl=es#v=onepage&q=anatomia%20kranz%20plantas&f=false
C4
Cam
Normal
Penolpiruvato
carboxilasa
Kranz
Rubisco y Penolpiruvato
carboxilasa
Suculenta
Media
Alta
Baja
Si
No
Si en el da, No en la
noche
Amplio
reas
tropicales y
hbitats
ridos
Hbitat rido
Rubisco
238
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Subsistema regulador
El xito del metabolismo reside en el hecho de ser este un proceso muy bien
regulado, que puede cambiar fcilmente de un estado catablico a uno
anablico, en funcin de las necesidades el organismo.
Efector
Enzima activa
No hay enzima
Proteolisis
Proteosntesis
Hay enzima
Comunicacin celular
Todo sistema de comunicacin cuenta con tres elementos indispensables
Talleres de Bioqumica
239
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
240
Luz B. Pardo R.
Figura 2. Comparacin del orden de reaccin entre las enzimas que tienen
cintica hiperblica y sigmoidal.
En la tabla siguiente se muestra el comportamiento cintico de los dos tipos de
enzima en funcin de la concentracin del sustrato.
241
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
I
[A]<Ka
Orden 1
II
[A] Ka
Orden fraccionario
III
[A]>Ka
Orden cero
Sigmoidal
Orden cero
Orden 1
Orden cero
Glucosa + ATP
Glucosa-6-P + ADP
242
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Isocitrato + NAD+
ADP ATP
243
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
Carga Energetica
ATP 0,5ADP
ATP ADP AMP
Talleres de Bioqumica
244
Luz B. Pardo R.
Sentido catablico
Sentido anablico
Talleres de Bioqumica
245
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
246
Luz B. Pardo R.
Regulacin de la Gliclisis
Debido a que la principal funcin de la gliclisis es la produccin de ATP, esta
va solo debe funcionar cuando Se requiere ATP. El sitio de regulacin ms
importante de la va es una enzima alostrica, la fosfofructoquinasa I.
Las enzimas alostricas pueden encontrarse en uno de dos estados
denominados R (relajado) y T (tenso). La forma R presenta ms afinidad por el
sustrato y por tanto muestra ms actividad. Hay compuestos que tienden a
estabilizar las formas R y construyen efectores alostricos positivos. Los que
se unen a las formas T, disminuyen la afinidad por el sustrato y por tanto la
actividad enzimtica, a estas molculas se les denomina efectores negativos.
La fosfofructoquinasa presenta dos sitios de unin para el ATP, uno es el sitio
de unin del sustrato y el otro el regulatorio. El ATP se puede unir al sitio
Talleres de Bioqumica
247
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
248
Luz B. Pardo R.
El exceso de citrato es
249
Talleres de Bioqumica
Luz B. Pardo R.
ATP
AMPc
ADP
Proteina quinasaACTIVA
PFQ2OH
Acta como
quinasa
PFQ2P
Acta como
fosfatasa
Talleres de Bioqumica
250
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
251
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
252
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
253
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
254
Luz B. Pardo R.
Las ramificaciones alfa 1-6 son catalizadas por la enzima amilo-(1,41,6)transglicosilasa, tambin denominada enzima ramificadora. Esta enzima
transfiere un fragmento terminal de 6 o 7 residuos de glucosa a una residuo
interno.
Regulacin gentica
La regulacin gentica funciona de acuerdo con los postulados de Jacob y
Monod conocidos como Teora del Opern. El Opern esta constituido por
tres tipos de genes: El Gene Regulador (GR) que se transcribe para codificar
una protena represora, el Gene Operador (GO) que contiene el sitio de
Talleres de Bioqumica
255
Luz B. Pardo R.
Talleres de Bioqumica
256
Luz B. Pardo R.
Represin
Tambin existe un modelo Opern para< explicar< la represin de la sntesis
de algunas enzimas.
T3. Con los mismos componentes empleados para la induccin enzimtica
describa como funcionara el modelo de represin enzimtica.
T4. Investigue y cite al menos dos ejemplo de induccin y represin
enzimticas