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Jorge Mondego
- Exemplos:
-Achar genes homlogos ao que voc buscou
-Referncias bibliogrficas sobre o gene
-Estrutura da protena codifcada por esse gene
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
http://www.ebi.ac.uk/embl/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
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2Meta-database
Entrez
Busca em vrios bancos
do NCBI
Ensembl fornece:
- Genomas completos de diversos
- Anotao de SNPs
- Alinhamento com seqncias homlogas de outros organismo
- Correlaes com outros bancos de dados
SGD fornece:
-Genoma completo
-Fentipos de mutantes especficos para cada gene
-Dados de expresso gnica
TAIR fornece:
-Genoma completo
-Localizao das inseres de T-DNA
-Dados de expresso gnica
4 - Bancos de protenas
Como funciona:
Protenas anotadas so includas no UniProtKB-SwissProt
Tradues de genes depositados no EBI so includos no UniProt-TrEMBL
Vantagens do UniProt:
- banco curado manualmente
- contm muita informao
sobre as protenas
(glicosilao, pontes
dissulfeto, Stios
transmembrana)
- conectado a outros bancos
de dados de protenas
PDB fornece:
- Detalhes experimentais sobre a gerao da estrutura
- Atribuies da estrutura
- Coordenaes atmicas
- Links para outros bancos de dados
EC number
9 - Bancos de ontologia
Ontologias :
Molecular Function (atividade enzimtica, funo biolgica)
Biological process (processo em que a protena est envolvida),
Cellular component (Ccompartimento onde a protena se localiza)
As ontologias so estruturadas como grafos accilicos diretos.
Parece uma Hierarquia, porm termos mais especializados (filhos)
podem ser relacionados a mais de um termo menos especializado (pai).
Nveis GO
http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/gkm1037/DC1/1
http://nar.oxfordjournals.org/content/vol36/suppl_1/index.dtl