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Tabla de contenidos
1.-Proyecto Genoma Humano
1 Componentes
1.1 Cromosomas
1.2 ADN intragnico
1.2.1 Genes
1.2.1.1 Genes de ARN
1.2.1.2 Distribucin de genes
1.2.1.3 Secuencias reguladoras
1.2.1.4 Elementos ultraconservados
1.2.2 Pseudogenes
1.3 ADN intergnico
1.3.1 ADN repetido en tndem
1.3.1.1 Satlites
1.3.1.2 Minisatlites
1.3.1.3 Microsatlites
1.3.2 ADN repetido disperso
1.3.2.1 SINE
1.3.2.2 LINE
1.3.2.3 HERV
1.3.2.4 Transposones de ADN
2 Variabilidad
2.1 SNPs
2.2 Variacin estructural
3 Enfermedades genticas
3.1 Mutaciones
3.1.1 Trastornos de un slo gen
3.1.2 Trastornos polignicos y multifactoriales
3.2 Alteraciones cromosmicas
3.2.1 Numricas
3.2.2 Estructurales
4 Evolucin
4.1 Genmica comparada entre distintas especies
4.2 Genmica comparada entre genomas humanos
5 Genoma mitocondrial
1.-Genoma Humano
El Proyecto Genoma Humano (PGH) (Human Genome Project en ingls) consiste en
determinar las posiciones relativas de todos los nucletidos (o pares de bases) e
identificar los 20.000 a 25 por el Departamento de Energa y los Institutos de la Salud
de los Estados Unidos, con un plazo de realizacin de 15 aos. Debido a la amplia
colaboracin internacional, a los avances en el campo de la genmica (especialmente,
en el anlisis de secuenciacin), as como los avances en la tecnologa informtica, un
borrador inicial del genoma fue terminado en el ao 2003 (anunciado conjuntamente por
el presidente Bill Clinton y el primer ministro britnico Tony Blair el 26 de junio,
2003), dos aos antes de lo planeado.
Tabla de contenidos
1 Componentes
o
o
1.1 Cromosomas
1.2 ADN intragnico
1.2.1 Genes
1.2.1.1 Genes de ARN
1.2.1.2 Distribucin de genes
1.2.1.3 Secuencias reguladoras
1.2.1.4 Elementos ultraconservados
1.2.2 Pseudogenes
1.3 ADN intergnico
1.3.1 ADN repetido en tndem
1.3.1.1 Satlites
1.3.1.2 Minisatlites
1.3.1.3 Microsatlites
1.3.2 ADN repetido disperso
1.3.2.1 SINE
1.3.2.2 LINE
1.3.2.3 HERV
1.3.2.4 Transposones de ADN
2 Variabilidad
o
o
2.1 SNPs
2.2 Variacin estructural
3 Enfermedades genticas
o
3.1 Mutaciones
3.1.1 Trastornos de un slo gen
3.1.2 Trastornos polignicos y multifactoriales
3.2 Alteraciones cromosmicas
3.2.1 Numricas
3.2.2 Estructurales
4 Evolucin
o
o
5 Genoma mitocondrial
El genoma humano es el genoma (del griego ge-o: que genera, y -ma: accin) de
Homo sapiens. Est compuesto por 24 cromosomas distintos (22 autosomas + 2
cromosomas sexuales: X, Y) con un tamao total aproximado de 3200 millones de pares
de bases de ADN (3200 Mb) que contienen unos 20.000-25.000 genes1 . De las 3200
Mb unas 2950 Mb corresponden a eucromatina y unas 250 Mb a heterocromatina. El
Proyecto Genoma Humano produjo una secuencia de referencia del genoma humano
eucromtico, usado en todo el mundo en las ciencias biomdicas.
La secuencia de ADN que conforma el genoma humano contiene codificada la
informacin necesaria para la expresin, altamente coordinada y adaptable al ambiente,
del proteoma humano, es decir, del conjunto de protenas del ser humano. Las protenas,
y no el ADN, son las biomolculas efectoras; poseen funciones estructurales,
enzimticas, metablicas, reguladoras, sealizadoras..., organizndose en enormes redes
funcionales de interacciones. En definitiva, el proteoma fundamenta la particular
morfologa y funcionalidad de cada clula. Asimismo, la organizacin estructural y
funcional de las distintas clulas conforma cada tejido y cada rgano, y, finalmente, el
organismo vivo en su conjunto. As, el genoma humano contiene la informacin
necesaria para el desarrollo bsico de un ser humano completo.
El genoma humano presenta una densidad de genes muy inferior a la que inicialmente
se haba predicho, con slo en torno al 1,5%2 de su longitud compuesta por exones
codificantes de protenas. Un 70% est compuesto por ADN extragnico y un 30 % por
secuencias relacionadas con genes. Del total de ADN extragnico, aproximadamente un
70% corresponde a repeticiones dispersas, de manera que, ms o menos, la mitad del
genoma humano corresponde a secuencias repetitivas de ADN. Por su parte, del total de
ADN relacionado con genes se estima que el 95% corresponde a ADN no codificante:
pseudogenes, fragmentos de genes, intrones, secuencias UTR...
Contenido en genes y tamao del genoma de varios organismos 3
Especie
Mycoplasma genitalium
0,58
500
Streptococcus pneumoniae
2,2
2300
Escherichia coli
4,6
4.400
Saccharomyces cerevisiae
12
5.800
Caenorhabditis elegans
97
19.000
Arabidopsis thaliana
125
25.500
13.700
466
45-55.000
2500
29.000
2900
27.000
Componentes [editar]
Cromosomas [editar]
El genoma humano (como el de cualquier organismo eucariota) est formado por
cromosomas, que son largas secuencias continuas de ADN altamente organizadas
espacialmente (con ayuda de protenas histnicas y no histnicas) para adoptar una
forma ultracondensada en metafase. Son observables con microscopa ptica
convencional o de fluorescencia mediante tcnicas de citogentica y se ordenan
formando un cariotipo.
Genes [editar]
Un gen es la unidad bsica de la herencia, y porta la informacin gentica necesaria para
la sntesis de una protena (genes codificantes) o de un ARN no codificante (genes de
ARN). Est formado por una secuencia promotora, que regula su expresin, y una
secuencia que se transcribe, compuesta a su vez por: secuencias UTR (regiones
flanqueantes no traducidas), necesarias para la traduccin y la estabilidad del ARNm,
exones (codificantes) e intrones, que son secuencias de ADN no traducidas situadas
entre dos exones que sern eliminadas en el procesamiento del ARNm (ayuste).
Pseudogenes [editar]
En el genoma humano se han encontrado asimismo unos 19.000 pseudogenes, que son
versiones completas o parciales de genes que han acumulado diversas mutaciones y que
generalmente no se transcriben. Se clasifican en pseudogenes no procesados (~30%) y
pseudogenes procesados (~70%)10 .
Satlites [editar]
El conjunto de repeticiones en tndem de tipo satlite comprende un total de 250 Mb del
genoma humano. Son secuencias de entre 5 y varios cientos de nucletidos que se
repiten en tndem miles de veces generando regiones repetidas con tamaos que oscilan
entre 100 kb (100.000 nucletidos) hasta varias megabases.
Reciben su nombre de las observaciones iniciales de centrifugaciones en gradiente de
densidad del ADN genmico fragmentado, que reportaban una banda principal
correspondiente a la mayor parte del genoma y tres bandas satlite de menor densidad.
Esto se debe a que las secuencias satlite tienen una riqueza en nucltidos A+T superior
a la media del genoma y en consecuencia son menos densas.
Hay principalmente 6 tipos de repeticiones de ADN satlite 9 :
1. Satlite 1: secuencia bsica de 42 nucletidos. Situado en los centrmeros de los
cromosomas 3 y 4 y el el brazo corto de los cromosomas acrocntricos (en posicin
distal respecto al cluster codificante de ARNr).
2. Satlite 2: la secuencia bsica es ATTCCATTCG. Presente en las proximidades de
los centrmeros de los cromosomas 2 y 10, y en la constriccin secundaria de 1 y
16.
3. Satlite 3: la secuencia bsica es ATTCC. Presente en la constriccin secundaria de
los cromosomas 9 e Y, y en posicin proximal respecto al cluster de ADNr del brazo
corto de los cromosomas acrocntricos.
4. Satlite alfa: secuencia bsica de 171 nucletidos. Forma parte del ADN de los
centrmeros cromosmicos.
5. Satlite beta: secuencia bsica de 68 nucletidos. Aparece en torno al centrmero en
los cromosomas acrocntricos y en la constriccin secundaria del cromosoma 1.
6. Satlite gamma: secuencia bsica de 220 nucletidos. Prximo al centrmero de los
cromosomas 8 y X.
Minisatlites [editar]
Estn compuestas por una unidad bsica de secuencia de 6-259 nucletidos que se repite
en tndem generando secuencias de entre 100 y 20.000 pares de bases. Se estima que el
genoma humano contiene unos 30.000 minisatlites.
Diversos estudios han relacionado los minisatlites con procesos de regulacin de la
expresin gnica, como el control del nivel de transcripcin, el ayuste (splicing)
alternativo o la impronta (imprinting). Asimismo, se han asociado con puntos de
fragilidad cromosmica dado que se sitan prximos a lugares preferentes de rotura
cromosmica, translocacin gentica y recombinacin meitica. Por ltimo, algunos
minisatlites humanos (~10%) son hipermutables, presentando una tasa media de
mutacin entre el 0.5% y el 20% en las clulas de la lnea germinal, siendo as las
regiones ms inestables del genoma humano conocidas hasta la fecha.
En el genoma humano, aproximadamente el 90% de los minisatlites se sitan en los
telmeros de los cromosomas. La secuencia bsica de seis nucletidos TTAGGG se
repite miles de veces en tndem, generando regiones de 5-20 kb que conforman los
telmeros.
Algunos minisatlites por su gran inestabilidad presentan una notable variabilidad entre
individuos distintos. Se consideran polimorfismos multiallicos, dado que pueden
presentarse en un nmero de repeticiones muy variable, y se denominan VNTR
(acrnimo de Variable number tandem repeat). Son marcadores muy utilizados en
gentica forense, ya que permiten establecer una huella gentica caracterstica de cada
individuo, y son identificables mediante Southern blot e hibridacin.
Microsatlites [editar]
Estn compuestos por secuencias bsicas de 2-4 nucletidos, cuya repeticin en tndem
origina frecuentemente secuencias de menos de 150 nucletidos. Algunos ejemplos
importantes son el dinucletido CA y el trinucletido CAG.
Los microsatlites son tambin polimorfismos multiallicos, denominados STR
(acrnimo de Short Tandem Repeats) y pueden identificarse mediante PCR, de modo
rpido y sencillo. Se estima que el genoma humano contiene unos 200.000
microsatlites, que se distribuyen ms o menos homogneamente, al contrario que los
minisatlites, lo que los hace ms informativos como marcadores.
Tipo repeticin
Homo
sapiens
Drosophila
melanogaster
Caenorhabditis Arabidopsis
elegans
thaliana
LINE,SINE
33,4%
0,7%
0,4%
0,5%
LTR/HERV
8,1%
1,5%
0%
4,8%
0,7%
5,3%
5,1%
Total
3,1%
6,5%
10,4%
44,4%
SINE [editar]
Acrnimo del ingls Short Interspersed Nuclear Elements (Elementos nucleares
dispersos cortos). Son secuencias cortas, generalmente de unos pocos cientos de bases,
que aparecen repetidas miles de veces en el genoma humano. Suponen el 13% del
genoma humano9 , un 10% debido exclusivamente a la familia de elementos Alu
(caracterstica de primates).
Los elementos Alu son secuencias de 250-280 nucletidos presentes en 1.500.0009 de
copias dispersas por todo el genoma. Estructuralmente son dmeros cas idticos,
excepto que la segunda unidad contiene un inserto de 32 nucletidos, siendo mayor que
LINE [editar]
HERV [editar]
Acrnimo de Human endogenous retrovirus (retrovirus endgenos humanos). Los
retrovirus son virus cuyo genoma est compuesto por ARN, capaces de
retrotranscribirse e integrar su genoma en el de la clula infectada. As, los HERV son
copias parciales del genoma de retrovirus integrados en el genoma humano a lo largo de
la evolucin de los vertebrados, vestigios de antiguas infecciones retrovirales que
afectaron a clulas de la lnea germinal. Algunas estimaciones establecen que hay unas
98.00011 secuencias HERV, mientras que otras afirman que son ms de 400.0009 . En
cualquier caso, se acepta que en torno al 5-8% del genoma humano est constitudo por
genomas antiguamente virales. El tamao de un genoma retroviral completo es de en
torno a 6-11 kb, pero la mayora de los HERV son copias incompletas.
A lo largo de la evolucin estas secuencias sin inters para el genoma hospedador han
ido acumulando mutaciones sin sentido y deleciones que los han inactivado. Aunque la
mayora de las HERV tienen millones de aos de antigedad, al menos una familia de
retrovirus se integr durante la divergencia evolutiva de humanos y chimpancs, la
familia HERV-K(HML2), que supone en torno al 1% de los HERV.
Variabilidad [editar]
Si bien dos seres humanos del mismo sexo comparten un porcentaje elevadsimo (en
torno al 99,9%)9 de su secuencia de ADN, lo que nos permite trabajar con una nica
secuencia de referencia, pequeas variaciones genmicas fundamentan buena parte de la
variabilidad fenotpica interindividual. Una variacin en el genoma, por sustitucin,
delecin o insercin, se denomina polimorfismo o alelo gentico. No todo polimorfismo
gentico provoca una alteracin en la secuencia de una protena o de su nivel de
expresin, es decir, muchos son silenciosos y carecen de expresin fenotpica.
SNPs [editar]
La principal fuente de variabilidad en los genomas de dos seres humanos procede de las
variaciones en un slo nucletido, conocidas como SNPs (Single nucleotide
polimorphisms), en las cuales se han centrado la mayor parte de los estudios. Dada su
importancia, en la actualidad existe un proyecto internacional (International HapMap
Project) para catalogar a gran escala los SNPs del genoma humano. En este contexto, la
denominacin de SNP frecuentemente se restringe a aquellos polimorfismos de un slo
nucletido en los que el alelo menos frecuente aparece en al menos el 1% de la
poblacin.
Los SNP son marcadores tetrallicos, dado que en teora en una posicin puede haber
cuatro nucletidos distintos, cada uno de los cuales identificara un alelo; sin embargo,
en la prctica suelen presentar slo dos alelos en la poblacin. Se estima que la
frecuencia de SNPs en el genoma humano es de un SNP cada 500-100 pares de bases9 ,
de los que una parte relevante son polimorfismos codificantes, que causan la sustitucin
de un aminocido por otro en una protena.
Gracias a su abundancia y a que presentan una distribucin aproximadamente uniforme
en el genoma, han tenido gran utilidad como marcadores para los mapas de ligamiento,
herramienta fundamental del Proyecto Genoma Humano. Adems son fcilmente
detectables a gran escala mediante el empleo de chips de ADN (comunmente conocidos
como microarrays).
general de 1000 nuclotidos o ms). Estas variantes implican a una gran proporcin del
genoma, por lo que se piensa que son, al menos, tan importantes como los SNPs.12
A pesar de que este campo de estudio es relativamente nuevo (los primeros estudios a
gran escala se publicaron en los aos 2004 y 2005), ha tenido un gran auge, hasta el
punto de que se ha creado un nuevo proyecto para estudiar este tipo de variantes en los
mismos individuos en los que se bas el Proyecto HapMap.
Aunque an quedan dudas acerca de las causas de este tipo de variantes, cada vez existe
ms evidencia a favor de que es un fenmeno recurrente que todava continua
moldeando y creando nuevas variantes del genoma.
Este tipo de variaciones han potenciado la idea de que el genoma humano no es una
entidad esttica, sino que se encuentra en constante cambio y evolucin.
Mutaciones [editar]
Las mutaciones gnicas pueden ser:
Patrn
hereditario
Autosmico
dominante
Descripcin
Ejemplos
Autosmico
recesivo
Dominante
ligado al X
Recesivo
ligado al X
Ligado a Y
masculina
de
ptica
Leber
autismo
enfermedad
cardiovascular
hipertensin
diabetes
obesidad
cncer
etc.
Numricas [editar]
Frecuencias de aneuploidas por cada 1000 nacidos vivos9
Aneuploida
Frecuencia
(/1000)
Sndrome
Trisoma 21
1,5
de Down
Trisoma 18
0,12
de Edwards
Trisoma 13
0,07
de Patau
Monosoma X 0,4
de Turner
XXY
1,5
de Klinefelter
XYY
1,5
del XYY
euploidas causan letalidad embronaria (abortos) siendo muy pocos los nacidos vivos, y
fallecen muy tempranamente. Las aneuploidas son mayoritariamente letales, salvo las
trisomas de los cromosomas 13, 18, 21, X e Y (XXY, XYY), y la monosoma del
cromosoma X. En la tabla se muestran las frecuencias de nacidos vivos con estas
alteraciones.
Estructurales [editar]
Se denominan as las alteraciones en la estructura de los cromosomas, tales como las
grandes deleciones o inserciones, reordenaciones del material gentico entre
cromosomas... detectables mediante tcnicas de citogentica.
Inversiones: una parte del genoma se rompe y se reorienta en direccin opuesta antes
de reasociarse, con lo que dicha secuencia aparece invertida. Pueden ser
paracntricas (si afectan slo a una brazo) o pericntricas (si la secuencia invertida
incluye el centrmero).
Cromosomas en anillos: una porcin del genoma se rompe y forma un anillo por
circularizacin. Esto puede ocurrir con prdida de material o sin prdida de material.
Isocromosomas: cromosomas simtricos, con sus dos brazo idnticos por delecin de
uno de los brazos y duplicacin del otro. El ms habitual es el isocromosoma X, en
el que se pierde el brazo corto del cromosoma X, originando fenotipos de Sndrome
de Turner.
Evolucin [editar]
Los estudios de genmica comparada se basan en comparacin de secuencias
genmicas a gran escala, generalmente mediante herramientas bioinformticas. Dichos
Mapa de las migraciones humanas creado a partir de genmica comparada con los
genomas mitocondriales de individuos actuales. Los nmeros de la leyenda representan
miles de aos antes del presente. La lnea azul rayada delimita el rea cubierta de hielo
o de tundra durante la ltima glaciacin. Las letras englobadas por crculos indican los
halogrupos de ADN mitocondrial; los halogrupos se usan para definir subpoblaciones
genticas, que frecuentemente tienen una correlacin geogrfica. Los principales
halogrupos de ADNmt son: Africa: L, L1, L2, L3. Oriente prximo: J, N. Europa
meridional: J, K. Europa (general): H, V. Europa septentrional: T, U, X. Asia: A, B, C,
D, E, F, G (en el dibujo: M est compuesta por C, D, E, y G). Nativos Americanos: A,
B, C, D y a menudo X. Vase el artculo: Haplogrupos de ADN mitocondrial humano
Durante dcadas las nicas evidencias que permitan profundizar en el conocimiento del
origen y la expansin del Homo sapiens han sido los escasos hallazgos arqueolgicos.
Sin embargo, en la actualidad, los estudios de genmica comparada a partir de genomas
de individuos actuales de todo el mundo, estn aportando informacin muy relevante.
Su fundamento bsico consiste en identificar un polimorfismo, una mutacin, que se
asume que se origin en un individuo de una poblacin ancestral, y que ha heredado
toda su descendencia hasta la actualidad. Adems, dado que las mutaciones parecen
producirse a un ritmo constante, puede estimarse la antigedad de una determinada
mutacin en base al tamao del haplotipo en el que se sita, es decir, el tamao de la
secuencia conservada que flanquea la mutacin. Esta metodologa se ve complicada por
el fenmeno de recombinacin entre los pares de cromosomas de un individuo,
procedentes de sus dos progenitores. Sin embargo, hay dos regiones en las que no existe
dicho inconveniente porque presentan una herencia uniparental: el genoma mitocondrial
(de herencia matrilineal), y el cromosoma Y (de herencia patrilineal).
En las ltimas dcadas, los estudios de genmica comparada basada en el genoma
mitocondrial, y en menor medida en el cromosoma Y, han reportado conclusiones de
gran inters. En diversos estudios se ha trazado la filogenia de estas secuencias,
estimndose que todos los seres humanos actuales comparten un antepasado femenino
comn que vivi en frica hace unos 150.000 aos. Por su parte, por razones an poco
conocidas, la mayor convergencia del ADN del cromosoma Y establece que el
antepasado masculino comn ms reciente data de hace unos 60.000 aos. Estos
individuos han sido bautizados como Eva mitocondrial e Y-cromosoma Adan.
La mayor diversidad de marcadores genticos y en consecuencia, los haplotipos de
menor longitud, se han hallado en frica. Todo el resto de la poblacin mundial
presenta slo una pequea parte de estos marcadores, de modo que la composicin
genmica del resto de la poblacin humana actual es slo un subconjunto de la que
puede apreciarse en frica. Esto induce a afirmar que un pequeo grupo de seres
humanos (quiz en torno a un millar) emigr del continente africano hacia las costas de
Asia occidental, hace unos 50.000-70.000 aos, segn estudios basados en el genoma
mitocondrial. Hace unos 50.000 aos alcanzaron Australia y hace en torno a 40.00030.000 aos otras subpoblaciones colonizaron Europa occidental y el centro de Asia.
Asimismo, se estima que hace 20.000-15.000 aos alcanzaron el continente americano a
travs del estrecho de Bering (el nivel del mar era menor durante la ltima glaciacin, o
glaciacin de Wrm o Wisconsin), poblando Sudamrica hace unos 15.000-12.000 aos.
No obstante, estos datos slo son estimaciones, y la metodologa presenta ciertas
limitaciones. En la actualidad, la tendencia es combinar los estudios de genmica
comparada basados en el ADN mitocondrial con anlisis de la secuencia del cromosoma
Y.
Al contrario de lo que suceda con el genoma nuclear, donde slo el 1,5% era
codificante, en el genoma mitocondrial el 97% corresponde a secuencias codificantes.
Es una nica molcula de ADN doble hebra circular. Una de las hemihebras recibe el
------------------------------------------------------Beneficios [editar]
El trabajo de interpretacin del genoma no ha hecho nada ms que empezar. Los
beneficios de conocer e interpretar el genoma se esperan fructferos en los campos de la
medicina y de la biotecnologa, eventualmente conduciendo a tratamientos o curas de
cncer, Enfermedad de Alzheimer y otras enfermedades.
En un nivel ms filosfico, el anlisis de semejanzas entre secuencias de ADN de
diferentes organismos abre un nuevo camino en el campo de la evolucin. En muchos
casos, preguntas que permanecan sin respuesta pueden ser ahora estudiadas o
contestadas en trminos de biologa molecular.
o
o
Cronologa [editar]
2003 [editar]
ELSI [editar]
Uno de los objetivos del PGH desde su inicio fue la creacin de un programa que
analizara sus implicaciones ticas, legales y sociales: el ELSI (siglas de Ethical, Legal
and Social Implications).
Los captulos de dicha declaracin incluyen los siguientes temas:
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Otra base de datos interesante es GenBank que contiene todos los datos pblicos de
secuencia de protenas o ADN.
La tcnica propuesta por Watson, Collins et al, podra ejemplificarse con el clsico
corta y pega, a no ser por la magnitud de la secuencia a analizar. Podra especificarse
en los siguientes pasos.
1. Aislamiento del ADN, partiendo de ncleos de clulas, usualmente, en cultivo.
2. Escisin del genoma en miles de fragmentos manejables. E insercin de los
mismos en los llamados vectores de clonacin (plsmidos, por ejemplo).
3. Clonar dichos fragmentos en microorganismos, lo que posibilita la conservacin
aislada de secuencias de ADN perfectamente ubicadas (aunque aun no
descifradas). Es lo que se conoce como libreras genmicas. Es decir, insertar
los vectores portadores de fragmentos en microorganismos, manteniendo estos
en cultivo.
4. Aislamiento de los mencionados fragmentos, a partir de las libreras.
5. Localizar las regiones contiguas (los puntos de cohesin) entre los fragmentos, de
forma que, analizando detalladamente la secuencia se determinen esos cntigos o
fragmentos contiguos.
6. Secuenciacin de cada fragmento y ensamblado completo de todas las secuencias
dentro de sus cntigos.
Fragmentacin y clonacin
La fragmentacin del ADN sera imposible sin el empleo de las endonucleasas de
restriccin, unas enzimas de Escherichia coli, descubiertas por Werner Arber en los
aos setenta, implicadas en su defensa contra la infeccin por bacterifagos. Las
endonucleasas son capaces de cortar la secuencia de ADN, independientemente de su
origen, en lugares especficos. Esta especificad hace de estas enzimas unas herramientas
sumamente precisas.
Un ejemplo es la enzima EcoRI, que reconoce y corta la siguiente secuencia de seis
pares de nucletidos en el ADN de cualquier organismo:
Se generan as un par de extremos cohesivos, que pueden unirse entre s o con cualquier
otro extremo con una secuencia complementaria: es decir, con un fragmento cortado por
la misma enzima.
Se denominan palndromos a esas secuencias diana que son reconocidas por las
endonucleasas de restriccin. El trmino hace referencia a que ambas cadenas de ADN
tiene comparten la misma secuencia nucleotdica en una orientacin antiparalela,
conforme a la corresponsabilidad de bases: Guanina con Citosina, Adenina con Timina.
En general, la mayora de estas enzimas reconocen palndromos especficos.
Fragmentado pues el ADN en trozos, que puedan contener uno o varios genes, el
siguiente paso sera la clonacin de los mismos. Para ello, se insertarn en molculas
con capacidad de autorreplicacin: plsmidos, csmidos, cromosomas artificiales de
levadura (YACs), cromosomas artificiales de bacteria (BACs), Cada uno de estos
vectores aceptan secuencias de distinta longitud: los csmidos unas 40 kb, los YACs
entre 100 y 2.000 kb, por ejemplo. Los plsmidos son pequeos anillos de ADN (de
doble cadena) extracromosmico, presentes en microorganismos tales como las
bacterias, que pueden utilizarse como vectores. Para la insercin de ADN forneo en los
plsmidos, se recurre a las comentadas endonucleasas de restriccin. Por ejemplo, puede
cortarse el ADN vector (el del plsmido) y el ADN donante (el humano, pongamos por
caso) con la enzima EcoRI, generndose unos extremos cohesivos que podrn unirse
entre s constituyendo un vector recombinante. Finalmente, el plsmido modificado ser
insertado en una bacteria receptora, en orden a su clonacin (Fig.-1).
El procedimiento parece sencillo, pero a priori plantea una duda razonable. Cmo se
puede tener certeza de que el ADN donante se ha insertado eficientemente en el
plsmido vector? Para la resolucin de este problema, la Biologa Molecular se
aprovecha de una propiedad de los plsmidos: el hecho de que porten genes que les
confieren resistencia a antibiticos. As por ejemplo, el plsmido pBR322 (un anillo de
ADN de doble hlice, de 4.600 pares de bases) porta dos genes de resistencia a dos
antibiticos: el tetR, frente a la tetraciclina; el ampR, frente a la ampicilina. Ambos genes
contienen secuencias diana de corte especfico para determinadas endonucleasas de
restriccin: HindIII, BamH1 y SalI para tetR; PstI, PouI, EcoR1, AvaI, PouII y ClaI para
ampR. Al tratar el plsmido pBR322 con la enzima BamH1 resultar cortado el gen tetR,
con lo que el anillo quedar abierto y receptivo para la insercin del ADN donante.
Consecuentemente, el plsmido perder su resistencia a la tetraciclina. Una vez
mezclado el plsmido abierto y el ADN forneo, ambos tratados con la BamH1, es de
esperar que este ltimo fragmento se inserte en el primero: cerrndose de nuevo el anillo
del primero. Para cerciorarse de una eficiente insercin, se introducirn estos plsmidos
en bacterias para su multicultivo. Se seleccionarn las colonias bacterianas que
muestren resistencia a la ampicilina y la hayan perdido frente a la tetraciclina. Una
bacteria transformada con una sola molcula de ADN recombinante comenzar a
dividirse exponencialmente, en un medio slido, dando lugar a una colonia con millones
de clulas hijas, todas ellas portando ese fragmento de ADN forneo inserto en un
plsmido.
De este modo, se van obteniendo colonias transformadas de bacterias, que constituirn
clones portadores de un determinado plsmido con un mismo inserto de ADN donante.
Cada colonia slo habr de contener una nica molcula recombinante del fragmento de
genoma que se desea estudiar. Esto no significa, sin embargo, limitaciones extremas en
Existen varios mtodos de secuenciacin. De los siguientes, los tres primeros son los
bsicos, en tanto que el resto corresponden a nuevas metodologas an en desarrollo.
1. Mtodo qumico de Maxam y Gilbert. Actualmente en desuso.
2. Mtodo enzimtico de Sanger, tambin conocido como de terminacin de
cadena, de secuenciacin automtica, o de los didesoxinucletidos (ddNTP).
Ms adelante nos detendremos en explicarlo con ms detalle.
3. Microscopa de barrido (scanning) de efecto tnel (STM). Prxima a la
muestra de ADN se mantiene una sonda, mediante un control basado en la
deteccin de una nfima corriente elctrica inducida por el efecto tnel entre la
punta de la sonda y el ADN. Los movimientos en vertical de la sonda a lo largo
de la muestra se irn midiendo y registrando, generndose una imagen de la
Por lo que se refiere al ser humano, cuyo genoma es el objetivo central del proyecto, el
primer xito lo constituy la publicacin, a finales de 1999 (revista Nature), de la
secuencia completa de del ms pequeo de nuestros cromosomas: el 22, con 33 Mb y la
informacin de unos 650 genes. La misma revista publicara, el 8 de mayo de 2000, la
secuencia de un segundo cromosoma especialmente relevante, por su implicacin en
varias mutaciones (Sndrome de Down, por ejemplo): el 21. Y el 6 de junio de 2000, en
la Casa Blanca y ante el Presidente Bill Clinton, se present un avanzadsimo -aunque
incompleto- working draft, el borrador del genoma humano, por parte de Francis
Collins, en nombre del consorcio pblico, y Craig Venter, por la privada Celera
Genomics. Coincidiendo con el quincuagenario aniversario del descubrimiento de la
estructura en doble hlice del ADN, el 13 de abril de 2003 Francis Collins haca pblica
la culminacin de la primera fase del PGH, aquella referida a la genmica estructural:
completndose as el borrador, la secuenciacin poda darse por concluida.
Ha habido que afrontar un problema paralelo, de gestin e ndole ms prctica: la
publicacin de una ingente cantidad de datos, su disponibilidad en tiempo real y su libre
accesibilidad. Obviamente, la publicacin de secuencias de ADN en revistas cientficas
no ofrece, precisamente, facilidad alguna a los investigadores interesados en su
consulta. Adems, el volumen de datos se ha ido duplicando cada ao. Desde sus
inicios, los resultados del PGH se han ido publicando en varias pginas web para su
consulta en Internet. Dos son las principales bases de datos genmicos:
1. El Consorcio Internacional de Bases de Datos de Secuencias, constituido por el
Genbank, el Banco de datos de ADN de Japn (DDBJ) y el del EMBL. Estas
tres genotecas intercambian informacin sobre secuencias. A su vez, se
interconexionan con otras bases, como la del Centro Nacional de Biotecnologa
en Madrid.
2. La Genome Data Base (GDB), ms restringida a la cartografa y metodologa en
s.
Para aquellas enfermedades cuyo origen gentico ya ha sido determinado, es posible
localizar los mapas genticos e incluso las secuencias. Ello es posible gracias al vnculo
entre la base de datos bibliogrfica MEDLINE con la OMIM (Herencia mendeliana
on-line).
El Proyecto Genoma Humano: una proyeccin hacia el futuro
Los progresivos hallazgos que se van derivando del PGH, encaminados hacia una
secuenciacin plena de nuestro genoma, no deben conducir a un reduccionismo.
Richard Lewontin lamentaba: hace falta algo ms que el ADN para constituir a un ser
vivo Una vez escuch a un destacado investigador, lder en Biologa Molecular, decir
en la sesin de apertura de un congreso que si tuviera un computador muy potente, y la
secuencia completa del ADN de un ser vivo, podra computar al organismo. Es decir,
describir totalmente su anatoma, fisiologa y comportamiento. Esto es una falacia.
Aunque tuvisemos la capacidad de computar toda esta informacin, el organismo es
ms que su ADN.
El PGH se plantea un desarrollo ulterior ms complejo: el proteoma. El proteoma es
el conjunto de protenas que intervienen en los procesos biolgicos de una especie. Y es
que el ADN est constituido en base a slo 4 bases nitrogenadas, mientras que las
protenas estn constituidas en base a 20 aminocidos diferentes. Adems, hay que
establecer la estructura tridimensional adecuada, pues esa estructura espacial es la que
interviene decisivamente en el papel que cumple la protena. La deduccin de cada gen
y su expresin servir para conocer las alteraciones proteicas responsables de muchas
patologas.
Tres campos clnicos son los beneficiados directamente por los avances del PGH:
1. El diagnstico. Para aquellas enfermedades con una base gentica, el
conocimiento de nuestro genoma permite desarrollar pruebas diagnsticas a
nivel, incluso, preembrionario. Mediante la tcnica del clonaje posicional
puede localizarse el gen responsable de determinada enfermedad (Tabla-II).
Ahora bien, los avances que el PGH y la big-science estn brindando a la Ciencia, no
estn exentos de ciertos riesgos en su aplicacin. La clonacin de embriones o la
experimentacin con sus clulas troncales son algunos de esos potenciales peligros a los
que deben hacer frente, bajo la perspectiva de la tica, bilogos y filsofos, pero
tambin: economistas, socilogos, mdicos, telogos, juristas, Ante las alarmantes
posibilidades abiertas en la experimentacin con seres humanos, surgi una nueva
disciplina: la Biotica. Aunque este tema se tratar, con ms detalle, en captulo aparte,
adelantemos una breve reflexin. Por ms rentable que resulte para las compaas
biotecnolgicas, en modo alguno resulta lcito experimentar con seres humanos, ni
hacer con nuestro ADN todo tipo de quimricas y aberrantes investigaciones.
En relacin con ello, cabe detallar los objetivos que, para el periodo 1998-2003, se
planteaba el programa internacional ELSI. Recordemos que el Ethics, Legal and Social
Implications figuraba entre los objetivos que el PGH se marcaba en 1988.
1. Examinar todo lo relativo a la complejidad de las secuencias del ADN humano y
la variacin gentica en el hombre.
2. Examinar todo lo que se refiera a la integracin de las nuevas tecnologas y su
utilizacin con fines clnicos y salud pblica.
3. Examinar todo lo que se refiera a la integracin del conocimiento sobre
genmica e interacciones de genes y medio ambiente en objetivos no clnicos.
4. Explorar cmo el conocimiento gentico puede inferir con una variedad de
conceptos filosficos, teolgicos y perspectivas ticas.
5. Explorar factores raciales, tnicos y socio-econmicos que afectan al uso,
comprensin e interpretacin de la informacin gentica, uso de servicios
genticos y desarrollo de normas jurdicas.
Este estudio se realiz en Tsukuba, una de las varias ciudades cientficas del Japn, en la
cual se levanta un moderno edificio de cinco plantas que alberga a los investigadores del
Programa Japons de Investigacin del Genoma del Arroz. El proyecto lleva ya muchos
aos funcionando, con 53 cientficos dedicados al mismo, siendo fruto de la
colaboracin entre la industria y la Administracin, con un presupuesto anual
equivalente a unos 660 millones de pesetas. En 7 aos se espera tener completa la
secuencia del genoma, con sus 12 cromosomas y sus 450 millones de pares de bases.
Con ello se posibilitar aislar y caracterizar genes importantes agronmicamente que
pueda conducir a la obtencin de variedades ms robustas y productivas. Ya se est
trabajando sobre el gen Se-1, que determina el momento del florecimiento en la planta,
as como sobre el gen Xa-1 relacionado con la resistencia frente a bacterias. Tambin
sobre el gen Xa-1, que tiene que ver con la resistencia frente a bacterias. Hasta ahora las
miles de secuencias ya dilucidadas del conocido como cADN se han puesto a
disposicin de los cientficos de todo el mundo, a travs de los bancos pblicos de datos
genticos existentes.
El genoma del arroz ya es, formalmente, el segundo en la historia de la investigacin en
biologa vegetal que ha sido completamente secuenciado tras el de la planta modelo
Arabidopsis thaliana. Pero es el primero de cuya carga gentica se espera extraer la
base cientfica necesaria para impulsar el conocimiento de las claves fisiolgicas que
explican el crecimiento y desarrollo de un alimento fundamental para la supervivencia
de 800 millones de personas, adems de establecer lneas maestras slidas para
investigar en nuevas variedades ms resistentes a condiciones climatolgicas adversas o
con mayor productividad.
La secuenciacin completa del genoma del arroz ha sido posible gracias a la
participacin de centenares de investigadores de 10 pases, con Japn (que ha aportado
el 55% de la secuencia), China (10%) y Estados Unidos (18%) a la cabeza. Francia,
India, Taiwn, Corea del Sur, Brasil, Tailandia y el Reino Unido, completan la lista de
participantes en el IRGSP, un consorcio puesto en marcha en 1998 y que, en apenas
cuatro aos, seis menos de lo previsto, ha logrado un objetivo comparable por su
complejidad a la secuenciacin del genoma humano.
La secuencia establece que el genoma del arroz contiene 400 millones de pares de bases
qumicas (los componentes fundamentales del ADN) y entre 40.000 y 60.000 genes,
cifra que podra doblar al nmero de genes contenido en el genoma humano (entre
30.000 y 40.000, segn diversas estimaciones). El grado de confianza o de "cobertura"
de la secuencia es, en trminos cientficos, de "10x" (10 lecturas completas del
genoma), nivel que limita la presencia de errores a menos de uno por cada 10.000 bases
qumicas.
Y este genoma presenta multitud de aspectos comunes con el estudio del genoma
humano, no en cuanto a su estructura, pero s en cuanto al desarrollo de su estudio y a la
importancia que ,en su medida ha ido tomando
Pblico contra privado
Como ya ocurriera con el genoma humano, en el caso del arroz se ha dado una carrera
espectacular entre investigadores de los sectores pblico y privado para lograr
descodificar su cdigo gentico. Si en el humano fue la empresa Celera, dirigida por
aquel entonces por Craig Venter, la que lider al sector privado, mientras que en el
pblico se integraban investigadores de prcticamente todo el mundo, en el del arroz ha
pasado prcticamente lo mismo. Syngenta, en colaboracin con investigadores del
Instituto de Genmica de Pequn, han impulsado un primer borrador que se public en
la revista Science el pasado mes de abril. El consorcio pblico IRSGP, en el que
participan empresas del sector como Monsanto, anunci la disponibilidad de su base de
datos "para finales de ao", como finalmente as ha sido.
Pero no acaban aqu las coincidencias. El sector privado ha utilizado para la
secuenciacin del genoma del arroz el mismo mtodo que utiliz Venter para el
humano, el denominado shotgun, consistente en 'romper' la cadena de ADN en miles de
pedazos para reconocer con mayor facilidad las 'letras' de cada fragmento, para
ensamblar posteriormente mediante robots informticos cada uno de ellos. Por el
contrario, el IRSGP ha empleado un mtodo similar al del consorcio pblico del
genoma humano. Segn distintos expertos consultados, el primer mtodo, aunque
mucho ms rpido, presenta un ndice de errores ms elevado. Asimismo, su nivel de
cobertura es menor, por lo que la asignacin de 'letras genticas' a genes o a grupos de
secuencia reales es tambin menor.
Las coincidencias se extienden tambin a la accesibilidad de los datos obtenidos. Desde
el sector privado, la posibilidad de consulta ha quedado restringida, tras mltiples
presiones, a grupos de investigadores concretos que acceden a las bases de datos
mediante la firma de convenios econmicos. En el pblico, en cambio, las bases de
datos estn disponibles online desde el primer momento a cientficos de todo el mundo,
incluidas las de la compaa Monsanto que ha aportado entre el 25% y el 30% de los
genes secuenciados, as como informacin de un primer borrador obtenido por esta
compaa en 2000. En la actualidad, ambos sectores han iniciado un proceso de
acercamiento para compartir y difundir conjuntamente sus informaciones respectivas.
Secuencia estratgica
La secuencia del genoma del arroz est considerada estratgica no slo por el
conocimiento cientfico que genera, sino tambin por las enormes repercusiones
econmicas que implica. No en vano, se calcula que un tercio de la humanidad se
alimenta diariamente con las distintas variedades existentes y que al menos 800
millones de personas subsisten gracias a l, especialmente en pases del continente
asitico.
Pero es que, adems, el genoma del arroz se ha definido tambin como el del primer
alimento vegetal modelo. Su conocimiento podra aclarar similitudes y diferencias
respecto de las funciones de genes de multitud de cereales empleados como alimento o
como base para su elaboracin. Este es el caso del maz, trigo, cebada, sorgo o mijo,
adems de la caa de azcar.
Del mismo modo, el conocimiento del cdigo gentico permitir abrir la puerta para
establecer los genes que regulan no slo la expresin de protenas de inters alimentario,
sino tambin aquellos que participan del crecimiento, desarrollo y adaptacin del
vegetal a distintas condiciones ambientales. Por ejemplo, el nivel de tolerancia a sales,
uno de los principales factores limitantes en los deltas donde se cultiva el arroz; las
necesidades hdricas de la planta, la resistencia a enfermedades o a plagas vegetales o la
fijacin del nitrgeno, fundamental para reducir la presencia de abonos qumicos.
Todas estas opciones deberan permitir la obtencin de vegetales mejorados
genticamente para incrementar su resistencia a condiciones adversas o incrementar su
productividad con el menor coste ambiental posible. De la misma manera, abre la
posibilidad de introducir con mayor eficacia genes de inters sanitario como en el caso
del arroz dorado, variedad transgnica ideada para combatir dficits en el aporte de pro
vitamina A en pases del sudeste asitico, as como de otras variedades actualmente en
estudio que pretenden aumentar el aporte de minerales esenciales como el hierro.
Mapa gentico para cada cromosoma del arroz (Chr 1 12) en el lado izquierdo y los
segmentos contiguos PAC/BAC a la derecha. La posicin de los PAC/BAC es
mostrada en verde. La escala de los mapas estimada en centimorgans (cM).
Tomado de Nature 436:793-800.
Un ejrcito enjaulado
Cada da, alrededor de 25 millones de ratones ayudan a los investigadores de todo
el mundo a disear tratamientos para dolencias humanas, incluyendo el cncer, las
cardiopatas, el HIV y la malaria. Una buena medida de la trascendencia de este
avance la ofrece el inters de los propios investigadores: en los ltimos seis meses,
el buscador Ensembl del Instituto Europeo de Bioinformtica recibi 2,6 millones de
pedidos de informacin detallada acerca del genoma del ratn y 3,2 millones acerca
de la secuencia humana.
que sera impensable en humanos. Las lesiones genticas infligidas a los ratones
permiten explorar en detalle diversas patologas.
"En un nivel muy fundamental, ahora tenemos una lista de partes del ratn.
Algunas, las unidades de transcripcin, son los elementos que mejor entendemos
-afirma Mark Boguski, del Fred Hutchinson Cancer Research-. Hasta ahora
habamos estado disparando en la oscuridad
5.-Genoma de la planta
Aranoseque
Completan mapa gentico de una planta
tambin abre la perspectiva para el tratamiento de algunas enfermedades que afectan al ser
humano.
No lo parece, pero la secuencia del genoma de la pequea hierba Arabidopsis thaliana, o
mastuerzo tales, y sus casi 26 mil genes, dibujan el captulo verde en el libro de la vida y
constituyen una gua para un mejor entendimiento de todas las plantas.
De acuerdo con los cientficos, conocer cmo funcionan los genes de las plantas conducir a
cultivos ms vigorosos y nutritivos, a alimentos de mejor sabor y mayor duracin, y a una nueva
perspectiva sobre las enfermedades humanas y cmo tratarlas.
Las secuencias del genoma cambian la forma en que practicamos la biologa. De ahora en
adelante la ciencia de las plantas nunca ser la misma y la gentica nunca ser la misma, dijo
ayer en conferencia de prensa el profesor Mike Bevan, del centro de investigacin John Innes,
de Inglaterra.
Junto al genoma humano y los mapas genticos de la levadura, la lombriz del grupo
nemtodos, la mosca mediterrnea y varias bacterias, Arabidopsis es un organismo modelo
que segn los cientficos incrementar el conocimiento sobre el ser humano y el mundo en que
vivimos.
Hasta 300 cientficos de Europa, Estados Unidos y Japn trabajaron en la iniciativa del genoma
Arabidopsis, que tuvo financiamiento pblico y cost cerca de 60 millones de dlares.
La secuencia de los tres ltimos cromosomas, que fue publicada en la ms reciente edicin de
la revista Nature, es el resultado de cuatro aos de investigaciones. Los primeros dos
cromosomas fueron representados grficamente hace un ao.
El genoma de Arabidopsis, con cerca de 26 mil genes, es muy compacto pero contiene muchos
de los genes de cultivos como el trigo, el arroz y la cebada, as como otros muy relacionados
con genes humanos vinculados a la sordera hereditaria, la ceguera y varios tipos de cncer.
Una cuarta parte de los medicamentos que se producen actualmente se deriva de plantas y por
eso los cientficos creen que Arabidopsis podra ofrecer pistas sobre nuevos remedios y
tratamientos.
El genoma Arabidopsis es dos veces mayor que el de la mosca mediterrnea, pero es solo una
fraccin del tamao del genoma humano, que tiene de 60 mil a 100 mil genes, 97% de los
cuales ya ha sido representado.
Los cientficos creen que la representacin del genoma de la planta tiene una importancia
similar, si no mayor, al del genoma humano.
Si usted toma una perspectiva del ecosistema es definitivamente ms importante que el
genoma humano, dijo Ottoline Leyser, de la Universidad de York, quien trabaj en el proyecto.
Si usted quiere mejorar los ecosistemas o la salud humana tiene que comenzar con el genoma
de la planta, agreg.
La belleza de la Arabidopsis, una delgada pariente de la planta de mostaza y la col, que se
encuentra cerca de los rales y en campos y jardines de todo el mundo, es que crece
rpidamente y completa su ciclo de vida en seis semanas.
Tambin es ms fcil de clonar para los cientficos y es menos costoso realizar la secuencia de
sus genes, en comparacin con otros ms grandes.
La Arabidopsis ha sido descrita como la central elctrica del mundo de las plantas; los
cientficos la adoran porque es fcil de estudiar. Hasta ahora solo se conoce la funcin del 10%
de los genes de la planta, pero ya le est ofreciendo nueva informacin a los bilogos.
Esta planta tiene un gran nmero de sorpresas para los cientficos, dijo Bevan. Nuestro
anlisis muestra que hay cerca de 100 genes en la Arabidopsis que estn muy vinculados a
genes de enfermedades humanas. Enfermedades como sordera, ceguera y cncer.
Adems de ofrecer muchos nuevos genes para estudiar, el genoma de la planta puede ayudar
a los cientficos a responder preguntas y calmar los temores pblicos sobre organismos
genticamente modificados y cmo interactan con otras plantas.
DOMINIOS
La informacin hereditaria de las bacterias se encuentra fundamentalmente en
un nico cromosoma consistente en una molcula de ADN doble hlice circular.
El tamao de esta molcula varia segn la especie bacteriana de 0,1 x 10 9 a 8
x 109 dalton. Una de las bacterias ms estudiadas desde el punto de vista
gentico es Escherichia coli cuyo ADN mide 1.100 de longitud y tiene
3.200.000 pares de nucletidos.
F. Jacob
E. L. Wollman
J. Cairns
8.-Genoma de la caspa
El Malassezia globosa es el hongo que produce la mayora de los casos de caspa en el cuero
cabelludo, 300 veces ms pequeo que el genona humano y con apenas 4.285 genes.
El descubrimiento del genoma del hongo ha sido posible gracias al trabajo de un equipo
internacional, dirigido por Thomas L. Dawson, de la Universidad de Ohio (EEUU) en
-Nmero de cromosomas de
distintas especies
Todas las especies animales y vegetales tienen un nmero de
cromosomas constante y determinado que constituyen su cariotipo
(ley de la constancia numrica de los cromosomas)
El nmero de cromosomas de la distintas especies es muy
variabale, p.e.:
Abeja---- 16 cromosomas
Pato ---- 80 cromosomas
Paloma ---- 80 cromosomas
Maiz ---- 20 cromosomas
Guisante ---- 14 cromosomas
Mosca de la fruta ---- 8 cromosomas
Ascaris megalocephala ---- slo 2 cromosomas
Cebolla ---- 16 cromosomas
Drosophila melanogaster ---- 8 cromosomas
Bibliografa
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