Unidad I.

Metabolismo central e
Ingeniera gentica

1.1 Gluclisis y va de Etner-Duodoroff (vas fermentacin)

1.2 Ciclo krebs
1.3 Va de las pentosas fosfato
1.4 Biosntesis aminocidos
1.5 Principios de la regulacin gnica
1.6 Regulacin en procariontes
1.7 Regulacin en eucariontes
1.8 Modulacin de la expresin gentica
1.9 Repaso de algunas herramientas importantes de la Biologa
Molecular
1.9.1 PCR y clonacin
1.9.2 Electroforesis
1.9.3 Vectores de expresin

Unidad II. Aplicaciones de Ingeniera de

rutas metablicas

2.1 Definicin de Ingeniera de Vas metablicas, sus

herramientas y aplicaciones.
2.2 Transporte de carbohidratos
2.3 Estrategias para la produccin de aminocidos aromticos
2.4 Estrategias para la produccin de protenas recombinantes
2.5 Estrategias para la produccin de plsmidos recombinantes
2.6 Produccin de derivados de aminocidos aromticos
2.7 Estrategias de modificacin de las vas de cidos grasos
2.8 Expresin de protenas en sistemas heterlogos

Unidad III. Herramientas para el anlisis

de rutas metablicas

3.1 Biologa de sistemas

3.2 Protemica
3.3 Transcriptmica
3.4 Anlisis de flujos por RMN
3.5 Bases de datos para el anlisis de rutas metablicas
(Por ejemplo, METACYC, METATOOL, KEGG)

M. C. Grecia Fuentes

Conundrum of jumbled mosquito genomes

08 al 19 de enero del 2015

Introduccin al metabolismo I
Clasificacin del metabolismo anaerobio y aerobio
Conceptos bsicos sobre metabolismo
Funcin del metabolismo central
Explicacin de la va de la gluclisis y el ciclo de
krebs

Qu es las clula?

Unidad fundamental de todo ser vivo.

Fue descubierta por ROBERT HOOKE
observando un corte de corcho en un
microscopio de la poca. Dio el nombre
de CELULA a las estructuras regulares
en forma de cajitas que aparecan en el
microscopio. Clula significa celda o
cuarto muy pequeo.

Teora celular

Todos los organismos estn constituidos

por clulas.
En las clulas tienen lugar las funciones
de alimentacin y excrecin de un
organismo.
Las clulas contienen el material
hereditario, el cual permite que las
caractersticas de una clula madre
pasen a una clula hija.
Las clulas solo provienen de clulas
pre-existentes.

Clulas

E. coli, bacteria anaerobia facultativa

Glucosa
G
Pentosas
l
Fosfato
(2) NADPH
(2) ADP
u
c
Shikimato
(2) ATP

aa
E4P
+
(2) NAD
l
i
s
(2) NADH
PEP i
s
(2) NADP+

(2) Piruvato
(2) NAD+
(2) NADH

Acetil-CoA
NADH NAD+

ATP

Fosforilacin
oxidativa

TCA
CO2

O2

H2O

E. coli, bacteria anaerobia facultativa

(2) ADP
(2) ATP

Glucosa
(2) NADP+
Pentosas
G
l
Fosfato
(2) NADPH
u
(2) NAD+
c
Shikimato

aa
E4P
l
(2) NADH
i
s
NADH NAD+
i PEP
Lactato
s

(2) Piruvato
(2) NAD+

(2) NADH

Acetil-CoA

Formato
Acetil-P

ADP ATP

Acetaldehido
(2) NADH
(2) NADH
(2) NAD+

Succinato

CO2 + H2
Acetato
Etanol
(2) NAD+

E. coli, bacteria anaerobia facultativa

Glucosa
G
Pentosas
l
Fosfato
(2) NADPH
(2) ADP
u
c
(2) ADP
Shikimato
(2) ATP

aa
E4P
+
(2) NAD
l
(2) ATP
i
s
(2) NADH
PEP i
s
(2) NADP+

(2) Piruvato

Glucosa
(2) NADP+
Pentosas
G
l
Fosfato
(2) NADPH
u
(2) NAD+
c
Shikimato

aa
E4P
l
(2) NADH
i
s
NADH NAD+
i PEP
Lactato
s

(2) Piruvato

(2) NAD+

(2) NAD+

(2) NADH

(2) NADH

Acetil-CoA

Acetil-CoA

NADH NAD+

ATP

Fosforilacin
oxidativa
O2

H2O

(2) NADH
(2) NADH
(2) NAD+

Succinato

CO2 + H2
Acetato

ADP ATP

Acetaldehido

TCA
CO2

Formato
Acetil-P

Etanol
(2) NAD+

Localizacin de las macromolculas en

la clula.

(a) Las protenas se encuentran

por toda la clula formando parte
de las estructuras celulares y de
las enzimas. El flagelo es una
estructura relacionada con la
movilidad.
(b) cidos nucledos. El DNA se
encuentra en el nucleioide de las
clulas procariticas y en el
ncleo de clulas eucariticas. El
RNA se encuentra en el
citoplasma (RNAm y RNAt) y en
los ribosomas (RNAr).
(c) Los polisacridos se localizan
en la pared celular y, en ocasiones,
en grnulos de reserva internos.
(d) Los lpidos se localizan en la
membrana citoplasmtica, la pared
celular y en grnulos de reserva.

Reaccin neta de gluclisis?

Reaccin neta de gluclisis?

Gluclisis
La primera ruta que se entendi a detalle
Ruta casi universal
Por cada molcula de glucosa (6 carbonos) que se metabolizan en la
clula se obtienen 2 molculas de piruvato (3 carbonos) produciendo
ATP
Una ruta de 10 pasos
Cada reaccin es llevada a cabo por una sola enzima y su regulacin se
entiende a detalle
La gluclisis no requiere oxigeno y por lo tanto se puede llevar a cabo
en condiciones anaerobias y aerobias
2 fases: inversin de energa y generacin de energa
En los organismos aerobios es el primer paso de la oxidacin completa
Desempea un papel metablico central en la generacin de energa y
de intermediarios metablicos para otras rutas
Es uno de los caminos ms ocupados del mapa de carreteras
metablico

Clasificacin general de las

enzimas
1. Oxidorreductasas:
Catalizan una amplia variedad de reacciones de
xido-reduccin, empleando coenzimas, tales
como NAD+ y NADP+, como aceptor de
hidrgeno. Este grupo incluye las enzimas
denominadas
comnmente
como
deshidrogenasas,
reductasas,
oxidasas,
oxigenasas, hidroxilasas y catalasas.

Clasificacin general de las

enzimas
2. Transferasas:
Catalizan varios tipos de transferencia de grupos
de una molcula a. otra (transferencia de
grupos amino, carboxilo, carbonilo, metilo,
glicosilo,
acilo,
o
fosforilo).
Ej.:
aminotransferasas (transaminasas).

Clasificacin general de las

enzimas
3. Hidrolasas:
Catalizan reacciones que implican la ruptura
hidroltica de enlaces qumicos, tales como C=O,
C-N, C-C. Sus nombres comunes se forman
aadiendo el sufijo -asa al nombre de substrato.
Ejs.: lipasas, peptidasas, amilasa, maltasa,
pectinoesterasa, fosfatasa, ureasa. Tambin
pertenecen a este grupo la pepsina, tripsina y
quimotripsina.

Clasificacin general de las enzimas

4. Liasas:
Tambin catalizan la ruptura de enlaces (C-C, CS y algunos C-N, excluyendo enlaces
peptdicos), pero no por hidrlisis. Ejs.:
decarboxilasas, citrato-liasa, deshidratasas y
aldolasas.
5. Isomerasas:
Transforman sus substratos de una forma
isomrica en otra. Ejs.: Epimerasas, racemasas
y mutaras.

Clasificacin general de las

enzimas
6. Ligaras:
Catalizan la formacin de enlace entre C y O, S,
N y otros tomos. Generalmente, la energa
requerida para la formacin de enlace deriva
de la hidrlisis del ATP. Las sintetasas y
carboxilasas estn en este grupo.

R 1-3 Activacin mediante fosforilacin

(inversin de 2 ATP)

R 6 Generacin
de 2 NADH y
un compuesto
de energa
super-elevadao

R 8-9 Generacin de un
compuesto de energa super
elevada y agua

R 7 Fosforilacin a
nivel de sustrato

R 10 Fosforilacin a
nivel de sustrato

R 4-5 Fragmentacin de
1 azcar fosfato de seis
carbonos en 2 azcares
fosfato de tres carbonos

Reacciones 1-5:
FASE DE INVERSIN DE ENERGIA

Reaccin 1. Fosforilacin
Fosforilacin de la glucosa dependiente
de ATP, catalizada por la hexoquinasa.
La reaccin del ATP con la glucosa para
producir glucosa 6-fosfato y ADP es
exergnica. Parte de la energa liberada
se conserva en el enlace que une al
fosfato con la molcula de glucosa que
entonces se energiza.
Se requiere ion Mg2+ ya que la forma
reactiva del ATP es su complejo
quelado.
La enzima tiene una KM baja para el
azcar sustrato (que ventajas tiene?)
La enzima se inhibe por producto.

Fosforilacin a nivel de sustrato

y fosforilacin oxidativa
Las reacciones oxidativas del ciclo del cido ctrico
generan transportadores electrnicos reducidos cuya
reoxidacin impulsa la biosntesis de ATP,
fundamentalmente a travs de procesos de la cadena
respiratoria mitocondrial: el transporte electrnico y la
fosforilacin oxidativa. La membrana mitocondrial
utiliza la energa oxidativa para mantener un gradiente
transmembrana de concentracin de iones hidrogeno,
y la descarga de esta energa osmtica esta acoplada a
la sintis de ATP a partir de ADP.
Mientras que la fosforilacin a nivel de sustrato es el
acoplamiento de un metabolito de energa elevada
(fosfoenolpiruvato y 1,3-bisfosfoglicerato) a la sintis
de ATP a partir de ADP y Pi.

Reaccin 2. Isomerizacin
La isomerizacin de la
G6P es llevada acabo
por la
Fosfoglucoisomerasa.
La isomererizacin es
fcilmente reversible.
Ocurre una
isomerizacin de una
aldosa a una cetosa.

Reaccin 3. Fosforilacin

La fructosa 6-fosfato acepta un segundo fosfato del ATP, con lo

que se genera fructosa 1,6-difosfato; es decir fructosa con
fosfatos en las posiciones 1 y 6.
La enzima que lleva a cabo esta reaccin es la
fosfofructocinasa, la cual lleva a cabo una segunda
fosforilacin dependiente de ATP.
Esta reaccin es lo suficientemente exergnica como para ser
prcticamente irreversible in vivo (es importante porque
constituye el lugar principal de regulacin del flujo de
carbono).
La fosfofructocinasa es una enzima alostrica, el ATP tiene
un efector alostrico que la inhibe. La interaccin alostrica
entre ellos es el principal mecanismo regulador de la
gluclisis.
Si existe ATP en cantidades suficientes para otros fines de la
clula, el ATP inhibe la actividad de la enzima y as cesa la
produccin de ATP y se conserva glucosa. Al agotar la clula la
provisin de ATP, la enzima se desinhibe y se reanuda la
degradacin de la glucosa. Este es uno de los puntos
principales del control de la produccin de ATP.
De la misma manera el citrato y los cidos grasos regulan la
actividad de esta enzima

Reaccin 4. Ruptura

Esta reaccin esta catalizada por la fructosa-1,6-bisfosfato

aldolasa
Esta reaccin es similar a la inversa de la condensacin aldlica (Es
la reaccin por la que dos molculas de un aldehdo o cetona
condensan entre si, formando un compuesto llamado aldol)
Se produce la ruptura del azcar

Mecanismo de reaccin de la
frucosa-1,6-bisfosfato aldolasa

Se muestra la base de Schiff intermediaria entre el sustrato y la lisima del lugar activo. B,
un resiudo de cistena de la enzima, acepta un protn del hidroxilo de C-4 y lo devuelve
a un residuo de histidina tras la ruptura entre C-3 y C-4.

Reaccin 5. Isomerizacin

La enzima que lleva a cabo la

isomerizacin de la dihidroxiacetona
fosfato es la triosa fosafato isomerasa
que da lugar al gliceraldehdo-3-fosfato.

Reacciones 6-10:
FASE DE GENERACIN DE ENERGIA

Reaccin 6. Oxidacin y
fosforilacin
Esta reaccin es catalizada por la
gliceraldehdo-3-fosfato
deshidrogenasa
Las
deshidrogenasas
catalizan
oxidaciones del sustrato (los electrones
no pueden quedar libres por eso se
asociacin al NAD +)
Esta reaccin es especial porque genera
un intermediario energticamente
elevado y un equivalente reductor
Esta reaccin es una oxidacin de dos
electrones del carbono carbonilo
Esta enzima requiere al NAD+ para
aceptar los electrones del sustrato que
se est oxidando

Paso
1.
Formacin
del
intermediario
tiohemiacetal inicial entre el glieraldehido-3fosfato y la enzima. Paso 2. Oxidacin del
intermediario inicial por el NAD+ para dar lugar a
un producto intermediario acil-enzima. Paso 3.
Ruptura fosforoltica del enlace tioster en el
intermediario acil-enzima

Reaccin 7. Fosforilacin a
nivel de sustrato

Esta reaccin esta catalizada por la fosfoglicerato

quinasa
Transfiere su grupo acilfosfato al ADP con la
consiguiente formacin de ATP. Ocurre una
fosforilacin a nivel de sustrato.
En este punto, el rendimiento neto de ATP en la
ruta glucoltica es de cero,

Reaccin 8. Isomerizacin

Esta reaccin es catalizada por la Fosfoglicerato mutasa

La activacin del 3-fosfoglicerato se inicia con una
isomerizacin catalizada por la fosfoglicerato mutasa. La
enzima trasnfiere el fosfato de la posicin 3 a la posicin
2 del sustrato para dar 2-fosfoglicerato.

Reaccin 9. Deshidratacin

Esta reaccin es catalizada por la Enolasa

La reaccin consisten en una deshidratacin simple
Energticamente y estructuralmente se prepara a
la molcula para que sea donadora del grupo
fosfato

Reaccin 10. Fosforilacin a

nivel de sustrato

Esta reaccin es catalizada por la piruvato quinasa. El

fosfoenolpiruvato transfiere su grupo fosforilo al ADP en
otra fosforilacin a nivel de sustrato.
La reaccin de la piruvato quinasa convierte toda la ruta
glucoltica de un proceso neutro en cuanto a la energa
en un proceso que comporta la sntesis neta de ATP.

Destinos metablicos del piruvato

Fermentacin lctica y
alcohlica

Regulacin de la gluclisis
La gluclisis est estrechamente coordinada
con otras rutas importantes de generacin y
utilizacin de energa, en especial la sntesis y
degradacin
del
glucgeno,
la
gluconeognesis, la ruta de las pentosas
fosfato y el ciclo del cido ctrico. Los factores
metablicos que controlan la glucolisis
tienden a regular otras rutas de una manera
coordinada. As pues es difcil considera la
regulacin de la gluclisis aislada de estas
otras rutas.

Otros azucares
Gluconato

Glucosa

Sorbitol

ATP

PEP

PEP

ADP

Piruvato

Piruvato

Gluconato-6-P

Glucosa-6-P

Sorbitol-6-P

NAD+

Piruvato

Fructosa-6-P

ATP

NADH

ADP

Fructosa 1,6-diP

Gliceraldehido-3-P
NAD+
NADH

Gliceraldehido 1,3-diP

Dihidroxiacetona-P

Gluconeognesis

CICLO DE LOS CIDOS

TRICARBOXILICOS

Piruvato deshidrogenasa

Introduccin de dos tomos de

carbono en forma de acetil-CoA

Fase II.
Regeneracin
del oxalacetato

Fase I.
Introduccin y
perdida de dos
tomos de
carbono

Resumen
El ciclo del cido ctrico es la ruta central de
oxidacin de los hidratos de carbono, los lpidos y
las protenas. Un participante principal de esta
ruta cclica es el piruvato producido en la
gluclisis, que sufre una oxidacin a acetil-CoA
por el complejo piruvato deshidrogenasa.
Cada vuelta del ciclo del cido ctrico comporta la
entrada de dos carbonos en forma de grupo
acetilo de la acetil-coenzima A y la perdida de dos
carbonos como CO2. La acetil-CoA se condensa
con el oxalacetato para formar citrato. Despus
de una vuelta en el ciclo, el oxalacetato se
regenera.

B-oxidacin

Oxidaciones e
isomerizaciones

Sntesis de cidos grasos

Las tres primeras reacciones de cada ciclo de adicin de la

sntesis de los cidos grasos. Las reacciones que se muestran
aqu producen malonil-ACP y acetil-ACP, que se utilizan en las
reacciones restantes del ciclo.

Sntesis de palmitato
La cadena de cido graso se construye
mediante las adiciones sucesivas de
unidades de dos carbono. Cada ciclo de
adicin consiste en siete reacciones, que
inician con la acetil-CoA carboxilasa.
La ruta de reaccin es idntica en todos los
organismos conocidos, pero la qumica
protena que interviene en ella es
sorprendente variable. En E. coli, en otras
bacterias y en las plantas, las reacciones las
catalizan siete enzimas diferentes, que
pueden purificarse por separado. En cambio
en los animales y en los eucariontas
inferiores todas las actividades estn
asociadas en un complejo multienzimatico.

Extras

Estado de oxidacin de una especie

Oxidacin: Perdida de electrones
Reduccin: Ganancia de
electrones
reglas:
Los tomos de carbono vecinos
tienen nmero de oxidacin 0
Los halgenos y el grupo
hidroxilo -1
El oxgeno unido por doble
enlace al carbono -2
El tomo de hidrgeno +1