TALLER BIOINFORMATICA ACOPLAMIENTO MOLECULAR (DOCKING)

Cesar Orlando Chavarro Mateus

Nixon G. Archila Rodriguez

cod:25151414
cod:25151364

Desde mediados del siglo XIV, Leonardo Da Vinci us modelos, tanto tericos
como prcticos, para tratar de explicar el funcionamiento de algunos sistemas
simples como el movimiento del agua fluyendo en un canal, o complejos como
el vuelo de las aves o el funcionamiento del corazn [1]
La observacin de fenmenos y el intento por dar una explicacin a dichos
fenmenos, es algo que siempre ha acompaado a la humanidad. Impulsada
por la curiosidad, la inteligencia humana siempre se ha adaptado, de tal forma
que, a partir de una serie de preguntas, busca dar una respuesta satisfactoria.
Desde que el hombre empez a ser consciente de su entorno, siempre,
despus de la observacin cuidadosa, surgi la pregunta cmo funciona?
Ejemplos tpicos en los que esta interrogante se aplic lo son el trnsito
peridico de la Luna, la direccin del flujo de agua en los ros, el efecto de la
mandrgora en el comportamiento de algunos individuos, etc.
Esto nos lleva a considerar un sinfn de fenmenos fsicos, que han sido
susceptibles a ser respondidos desde la formulacin de diversos modelos
computacionales. A esta forma de recreacin de estructuras complejas por
medio de las computadoras se le ha dado el nombre de modelos in silico
haciendo alusin a la estructura interna del computador que est hecho en un
90% de materiales de slice.
El acoplamiento (docking) molecular es un mtodo computacional que busca
formas de unin entre ligandos potenciales y un blanco macromolecular
(normalmente clulas, protenas o procesos qumicos), cuya estructura es
conocida experimentalmente.
Particularmente, el acoplamiento molecular se aplica para encontrar la
orientacin y posicin de un ligando en el sitio activo de su blanco
macromolecular, sin conocer el resultado final, es decir, la conformacin
tridimensional de la unin ligando-receptor. Esta ltima es normalmente
estudiada por la cristalografa de rayos X.
El objetivo de la tcnica consiste en encontrar la unin ms probable entre el
ligando y el receptor, es decir, la que menos energa requiera (a menor
energa, ms fuerte la unin) as como el sitio idneo de unin molecular.
Para este trabajo se tom la estructura con cdigo en el PDB: 3V2W que
corresponde a la estructura cristalina de una protena G de lpidos, ligada a un
receptor.

Las protenas G son una familia de protenas acopladas a sistemas efectores

que se unen a GDP GTP; poseen tres subunidades que les confiere diversidad,
por lo que son denominadas tambin heterotrimricas. Cuando una protena G
se une a un receptor, ste incrementa su afinidad por el trasmisor. Este
complejo es uno de los mecanismos de transduccin que permite a
las clulas comunicarse entre ellas y responder al medio ambiente. Las
protenas G interactan con diferentes efectores por lo que es importante
conocer sus propiedades bioqumicas. [2]
En cuanto a la funcin reportada para esta protena de inters, modula el
trfico de linfocitos, el desarrollo y la integridad endotelial, la frecuencia
cardaca, y el tono vascular y la maduracin mediante la activacin de
receptores de 1-fosfato de esfingosina acoplado a la protena G. [3]
Es por la importancia de estas rutas metablicas, que los receptores acoplados
a protenas G, son potenciales blancos en la bsqueda de nuevos ligandos,
principalmente en molculas que tengan una actividad bilgica determinada.
Cuando hacemos una revisin en lo que se reporta en la base de datos del PDB
para esta protena, encontramos que reporta para el ligando ML5 las siguientes
interacciones:

Adems de esto reporta un valor de 3,35 A, con lo cual vemos que hay una
baja resolucin frente a la estructura como tal, con lo cual es muy difcil
dictaminar si las interacciones que se reportan con este ligando se cumplen
como tal.

Para poder confirmarlo, se realiza el acoplamiento molecular. Para este

propsito, se utiliza el programa de Auto Dock Vina, que permite realizar el
acoplamiento y confirmar lo reportado en la pgina del PDB para esta protena,
con la diferencia del Dock Blaster, en que este ltimo maneja el acoplamiento
desde una plataforma virtual, mientras que el Autodock vina , permite realizar
la misma operacin localmente.
Para poder realizar un buen acoplamiento se plante en la protena un grind
box que permitiera observar las interacciones que tiene el ligando reportado
con la protena y poder comprobarlas.
Para este fin, se tom el aminocido de tirosina 22 como centro del grind box,
y a partir de esta se realiz el acoplamiento.
Las estructuras con las cuales se compar el docking, se tom de la base de
datos del ZINC la estructura del ligando.
Siguiendo los pasos establecidos para el acoplamiento, se obtuvo como
resultado:
MODELO

AFINIDAD

1
2
3
4
5
6
7
8
9

-6.6
-6.2
-6.1
-6.1
-6.1
-6.0
-6.0
-5.9
-5.9

DITRIBUCIN
(RMSD)
0.000
5.506
5.215
16.063
4.154
4.072
2.404
6.238
15.345

MEJOR RMSD
0.000
7.742
7.274
17.207
8.601
8.186
3.557
8.774
16.469

En esta tabla, podemos darnos cuenta que la posicin nmero 1 de la molcula

es la que menor valor de energa libre presenta, por lo cual podemos
extrapolarlo a que tiene una mayor afinidad por la molcula.
El resultado de un alineamiento estructural es una superposicin de los
conjuntos de coordenadas atmicas, as como una distancia media cuadrtica
mnima (o RMSD, de Root Mean SquareDeviation, o desviacin de la media
cuadrtica) entre las estructuras bsicas de las protenas superpuestas. La
RMSD de estructuras alineadas indica las divergencias entre ellas.
Por lo cual, podemos confirmar que la posicin 1 es la que mejor se acopla
pues no existe una distancia media que diverja frente a la posicin optima de
la protena.

Caso contrario si observamos las posiciones 9 y 4, pues si observamos estas

posiciones vemos que existe un valor de divergencia muy alto, por lo cual, de
escoger estas posiciones del ligando, no podramos hacer una aproximacin
acertada frente al comportamiento real de la misma a condiciones biolgicas.
Otro punto de relevancia es el valor de la afinidad, los valores de afinidad son
ms apropiados entre ms negativos sean, tomando como el mejor valor de
afinidad -14 kcal/mol, sin embargo a condiciones biolgicas los valores entre -6
y -7 kcal/mol, dan una buena aproximacin de la realidad biolgica.
Cuando revisamos las interacciones encontramos:
1) Interacciones hidrofobicas

2) Interacciones por puentes de hidrgeno

Debido a la dificultad que presenta el programa para poder visualizar

correctamente las interacciones entre el ligando y la molcula, ms
especficamente lo aminocidos que se reportan para el sitio activo; se utiliz
el programa de LigPlot con el fin de poder dilucidar mejor estas interaccin.

Cuando miramos otros receptores acoplados a protenas G que se encuentran

reportada en el PDB tales como 4DKL, 2R4R, 4GRV, 1F88, nos damos cuenta
que no se pueden trabajar.
Aunque presentan un mejor valor de resolucin respecto a su estructura
cristalina, no aparecen reportadas interacciones con ligandos, lo cual dificulta
realizar algn estudio por acoplamiento molecular.
Aunque podra realizarse un tamao del grid tan grande como la protena y
evaluar los valores de afinidad que reporte, estos valores no representaran un
acercamiento al sitio activo de la molcula, o a la mejor posicin del ligando.
Es por tanto que para los estudios de acoplamiento molecular se necesita tener
informacin sobre el sitio activo de la molcula, que de ser posible, esta
soportada en diseos experimentales, esto con el fin de poder dar un
acercamiento a la realidad biolgica y as dar una respuesta que sea relevante
en cuanto al fenmeno que se desea evaluar.