Endonucleasas

Las endonucleasas son enzimas que catalizan la ruptura de enlaces

fosfodister en diferentes regiones ubicadas en el interior de una
cadena polinucleotdica. Esto las diferencia de las exonucleasas, que
catalizan la escisin de enlaces fosfodister en los extremos de las cadenas.
Algunas endonucleasas, tales como la Desoxirribonucleasa I, cortan
al ADN en forma relativamente inespecfica (esto es sin consideraciones en
cuanto a la secuencia debases), mientras que muchas, llamadas
tpicamente enzimas de restriccin, o endonucleasas de restriccin,
provocan rupturas nicamente en determinadas secuencias
denucletidos muy especficas.1
Enzimas de restriccin
Las enzimas de restriccin son endonucleasas provenientes
de eubacterias y arqueas que reconocen secuencias de ADN muy
especficas.2 La secuencia de nucletidos reconocida para escisin por una
enzima de restriccin se denomina sitio de restriccin. Tpicamente un sitio
de restriccin es una secuencia palindrmica de entre cuatro a seis
nucletidos de extensin. La mayor parte de las endonucleasas de
restriccin escinden a la molcula de ADN bicatenario en forma desigual,
dejando extremos complementarios de cadena simple. Estos extremos
pueden luego reconectarse a travs de un proceso de hibridacin, por lo que
son denominados "extremos adhesivos". Una vez apareados, los enlaces
fosfodister de los fragmentos pueden ser unidos por medio de una ADN
ligasa.
Existen cientos de endonucleasas de restriccin conocidas, cada una de las
cuales ataca un sitio de restriccin diferente. Los extremos de ADN
escindidos por una misma endonucleasa de restriccin pueden ser
emparejados juntos sin importar el origen del ADN. Estas molculas de ADN
formadas por trozos de orgenes diferentes se denominanADN
recombinante; es decir ADN formado por la unin de diferentes genes para
crear nuevas combinaciones.1 Las endonucleasas de restriccin (enzimas de
restriccin) se dividen en tres categoras, Tipo I, Tipo II, y Tipo III, de acuerdo
a su mecanismo de accin.
Estas enzimas son frecuentemente utilizadas en ingeniera gentica para
producir ADN recombinante para su posterior introduccin en clulas
bacterianas, vegetales o animales; como as tambin en biologa sinttica.3
Categoras
En ltima instancia, hay tres categoras de endonucleasas de restriccin que
contribuyen relativamente a la escisin de secuencias especficas. Los tipos
I y III son complejos multisubunidades de gran tamao que incluyen tanto la
actividad endonucleasa como la actividad metilasa.
Las endonucleasas de tipo I pueden escindir al ADN en ubicaciones
aleatorias, a 1000 o ms pares de bases de distancia de la secuencia de
reconocimiento y requieren de ATPcomo fuente de energa.

Las endonucleaasas de tipo II se comportan de forma ligeramente diferente,

fueron aisladas por Hamilton Smith en 1970, se trata de las versiones ms
simples de endonucleasas y no requieren de ATP para su funcin. Algunos
ejemplos de endonucleasas de tipo II son la BamHI, EcoRI, EcoRV y HaeIII.
Las endonucleasas de tipo III, escinden el ADN a no ms de 25 pares de
bases de distancia de la secuencia de reconocimiento y tambin requieren
de ATP en el proceso.1
Notaciones
La notacin ms comnmente utilizada para las endonucleasas de
restriccin es de la forma "VwxYZ", donde "Vwx" corresponde a las iniciales
de la nomenclatura binomial para la forma de vida de donde proviene
(bacteria), "Y" es la denominacin de la cepa (y es opcional); y "Z" (en
nmeros romanos) indica diferentes enzimas de restriccin pertenecientes a
una misma forma de vida. As por ejemplo, "EcoRI" significa que la
endonucleasa pertenece a Escherichia coli ("Eco"); la cepa es la RY13 ("R"),
y que fue la primera descubierta en esa forma de vida: nmero "I".
Otro ejemplo: "HaeII" y "HaeIII" se refieren a la bacteria Haemophilus
aegyptius, mientras que las enzimas son la nmero II y nmero III,
respectivamente.1 :64-64 Las enzimas de restriccin que se utilizan en biologa
molecular, por lo general reconocen una secuencia diana corta, de
aproximadamente 4 - 8 pares de bases. Por ejemplo la EcoRI reconoce y
escinde la secuencia 5' GAATTC 3'. 4

Enzima de restriccin EcoRI

Una endonucleasa tpicamente requiere de un sitio de reconocimiento, y una
secuencia de escisin (tpicamente de bases nucleotdicas: A, C, G, T). Si el
sitio de reconocimiento se encuentra fuera de la regin de escisin,
entonces se dice que la endonucleasa es de tipo I. Si la secuencia de
reconocimiento se superpone con la secuencia de escisin, entonces la
endonucleasa se considera una enzima de restriccin y es de tipo II.
Consideraciones adicionales[editar]
Las endonucleasas pueden escindir ADN de cadena doble (ADNcd), o de
cadena simple (ADNcs), o incluso ARN. El presente artculo se encuentra
centrado en las endonucleasas que actan sobre ADNcd, sin embargo, lo
explicado en este artculo puede aplicarse a:

ADNcd estndar

ADN no estndar

1. Uniones de Holliday
2. ADN triple cadena, ADN cuadruple cadena (G-quadruplex)
3. Hbridos doble cadena de ADN y ARN (una cadena es de ADN,
mientras que la otra es de ARN)1 :7273
4. ADN sinttico o artificial (por ejemplo, ADN que contiene bases
diferentes a las cannicas, C, G, T). 1 :chapter 3
Adicionalmente, las investigaciones actuales estn orientadas al desarrollo
de endonucleasas de restriccin sintticas o artificiales, especficamente
que posean un sitio de reconocimiento que sea nico dentro de un genoma.
Las endonucleasas de restriccin o enzimas de restriccin, tpicamente
escinden las cadenas de cidos nucleicos de dos formas diferentes: con
extremos romos, o con extremos adhesivos.1 :64
Reparacin del ADN[editar]
Las endonucleasas desempean un papel importante en la reparacin del
ADN. Especficamente las endonucleasas AP, catalizan la ruptura del ADN
exclusivamente en sitios AP (sitios apurnicos-apirimidnicos, es decir sitios
en los cuales se ha perdido la base nitrogenada, pero se conserva la
columna de azcar-fosfato), y por lo tanto preparan al ADN para la
subsecuente escisin, sntesis reparadora y ligado. Por ejemplo, cuando se
produce una despurinizacin, esta lesin deja al azcar desoxirribosa sin su
base nitrogenada.5 La endonucleasa AP reconoce este azcar y
esencialmente corta el ADN en ese sitio, permitiendo que luego contine la
reparacin del ADN.6 Las clulas de E. coli contienen dos endonucleasas AP:
la endonucleasa IV (endoIV) y la exonucleasa III (exoIII). Mientras que en
eucariotas, slo hay un tipo de endonucleasa AP. 7

Animacin que muestra el mecanismo de accin de una endonucleasa AP.

Endonucleasas comunes[editar]
Debajo se presentan tablas de las endonucleasas procariotas y eucariotas
ms comunes.8
Enzimaprocar

Origen

Comentarios

iota
Endonucleasa
RecBCD

E. coli

Parcialmente dependiente de ATP; acta

adems como exonucleasa; funciona en
recombinacin y reparacin

Endonucleasa
T7

Codificada
enfago
T7 (gen 3)

Esencial para la replicacin del fago;

preferencia sobre ADN simple cadena.

T4
endonucleasa
IV

Codificada
enfago
T4 (denA)

Rompe la secuencia -TpC- para producir

oligonucletidos terminados en 5'-dCMP-;
la longitud de la cadena del producto
vara dependiendo de las condiciones

Endonucleasa
Bal 31

'Alteromonas
espejiana

Tambin funciona como exonucleasa;

escinde los extremos 3' y 5' de ADN
dplex

Endonucleasa I
(endo I)

E. coli (endA)

Localizacin periplasmtica; la longitud

promedio del producto es 7; inhibida
por ARNt; produce rupturas en ADN doble
cadena; cuando est acomplejado con
ARNt produce muescas en una sola
cadena; las mutantes endo I crecen
normalmente

Nucleasa
microcccica

Staphylococc
us

Produce extremos 3'-P; requiere Ca2+

; tambin acta sobre ARN; prefiere ADN
de cadena simple y regiones ricas en AT

Endonucleasa II
(endo VI, exo
E. coli (xth)
III)

Ruptura a continuacin de un sitio AP;

tambin acta como exonucleasa 3'-->5';
actividad fosfomonoesterasa en el
extremo 3'-P

Enzima eucario
ta

Origen

Comentarios

Endonucleasa
de Neurospora

Neurospora
crassa

Tambin acta sobre ARN

Nucleasa-S1

Aspergillus
oryzae

Tambin acta sobre ARN

Nucleasa-P1

Penicillium
citrinum

Tambin acta sobre ARN

Nucleasa de juda Brotes de Vigna

mungo
radiata

Tambin acta sobre ARN

Nucleasa de
Ustilago maydis
ustilago (Dnasa I)

Tambin acta sobre ARN

La longitud de cadena del producto
es de 4 pb; produce cortes en las
dos cadenas en presencia de Mn2+

Dnasa I

Pncreas bovino

Endonucleasa AP

Ncleo, mitocond Enzima involucrada en la va de

ria
reparacin de ADN por escisin.

Endo R

Clulas HeLa

Enzima especfica para sitios GC

Mutaciones
La xerodermia pigmentosa es una enfermedad gentica autosmica
recesiva, rara causada por una endonucleasa UV-especfica defectuosa. Los
pacientes con esta mutacin son incapaces de reparar el dao al ADN
causado por la luz del sol.9
La anemia de clulas falciformes es una enfermedad causada por
una mutacin puntual. La secuencia alterada por la mutacin elimina el sitio
de reconocimiento para la endonucleasa de restriccin MstII. 10
Las mutaciones en las endonucleasas de splicing del ARNt causan hipoplasia
pontocerebelar. Las hipoplasias pontocerebelares (HPC) representan a un
grupo de enfermedades genticas autosmicas recesivas que son causadas
por mutaciones en tres de las cuatro subunidades de la ARNt endonucleasa
que forman el complejo de splicing.