2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

Estructura de los
cidos nucleicos:
elementos que los
componen.

ESTRUCTURA Y TOPOLOGIA DE
LOS ACIDOS NUCLEICOS

Topologa de los cidos

nucleicos: forma
tridimensional que adquieren
estas molculas en el
espacio

Gentica Molecular Ctedra 2016

Universidad de Morn
1

Cuando se realiza la hidrlisis completa de los cidos nucleicos, se obtienen tres tipos
de componentes principales:
Azcar: una pentosa.
Bases nitrogenadas: pricas y pirimidnicas.
cido fosfrico.

Composicin qumica de los cidos nucleicos

El descubrimiento de los cidos nucleicos

se debe a Meischer (1869), quien
trabajando
con
leucocitos
y
espermatozoides de salmn obtuvo una
sustancia rica en carbono, hidrgeno,
oxgeno, nitrgeno y un porcentaje elevado
de fsforo. A esta sustancia se la llam en
un principio nuclena, por encontrarse en el
ncleo.
Aos ms tarde, se fragment esta
nuclena, y se separ un componente
proteico y un grupo prosttico. A ste
ltimo, por ser cido, se lo llam cido
nucleico.

El azcar, en el caso de los cidos desoxirribonucleicos (ADN) es la 2-desoxi-D-ribosa

y en el caso de los cidos ribonucleicos (ARN) es la D-ribosa.

Video recomendado:
http://www.youtube.com/watch?v=-Q_Lvzdkexo
3

Gentica Molecular

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

BASES PURNICAS O PRICAS

Las bases nitrogenadas que forman parte de los cidos nucleicos son de dos tipos:
pricas y pirimidnicas.
BASES PIRIMIDNICAS

Bases nitrogenadas que normalmente

forman parte del ADN:
AGC T

Bases nitrogenadas que normalmente

forman parte del ARN:
AGCU
Por lo tanto:

la timina es especfica del ADN y el uracilo es especfico del ARN

5

Adems de las anteriormente descritas, se han encontrado otras bases nitrogenadas en

algunos virus o formando parte de algunos tipos especiales de ARN:

Nucletidos y nuclesidos que contienen D-ribosa: ribonucletidos y ribonuclesidos.

Nucletidos y nuclesidos que contienen 2-desoxi-D-ribosa: desoxirribonucletidos y
desoxirribonuclesidos.

Bases pricas poco corrientes: Hipoxantina, Xantina, 2-metiladenina, 6-metilaminopurina.

Bases pirimidnicas poco corrientes : 5-metilcitosina (propia del ADN de vertebrados)
y 5-hidroximetil citosina (HMC) que sustituye a la citosina en los fagos T-pares (propia
de ADN bacteriano).
En ARNt: Ribotimidina, Dihidrouridina, Seudouridina e Inosina (I).

La terminologa empleada para referirse a los nuclesidos y nucletidos es la siguiente:

Los nucletidos pueden tener 1, 2 3 grupos fosfato unidos al carbono 5 de la

pentosa, existiendo por tanto, nucletidos 5 monofosfato, nucletidos 5 difosfato y
nucletidos 5 trifosfato.
7

Gentica Molecular

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

Proporciones de las bases nitrogenadas

REGLAS DE CHARGAFF PARA ADN DE DOBLE HELICE

Los nucletidos se unen entre s para formar largas cadenas de polinucletidos:

esta unin entre monmeros nucletidos se realiza mediante enlaces fosfodister entre
los carbonos de las posiciones 3 de un nucletido con la 5 del siguiente.

La proporcin de Adenina (A) es igual a la de

Timina (T). (A = T y A/T = 1)
La proporcin de Guanina (G) es igual a la de
Citosina (C). (G= C y G/C=1)
La proporcin de bases pricas (A+G) es igual a la
de las bases pirimidnicas (T+C). (A+G) = (T+C) y
(A+G)/(T+C)=1.
Edwin Chargaff
Sin embargo, la proporcin entre (A+T) y (G+C) era caracterstica de cada organismo...
Esto indicaba que los cidos nucleicos no eran la repeticin montona de un tetranucletido:

exista variabilidad en la composicin de bases nitrogenadas

9

Procedencia del ADN

5-Me-C

Timo de Bovino
Esperma de bovino
Germen de trigo
Saccharomyces
Escherichia coli

28,2
28,7
27,3
31,3
26,0

21,5
22,2
22,7
18,7
24,9

21,2
20,7
16,8
17,1
25,2

27,8
27,3
27,1
32,9
23,9

1,3
1,3
6,0
-

Mycobacterium tuberculosis

15,1

34,9

35,4

14,6

X174
T3
T5

24,3
23,7
30,3

24,5
26,2
19,5

18,2
27,7
19,5

32,3
23,5
30,8

T7

32,4

18,3

32,4

17,0 HMC

Mosaico del tabaco (TMV)

29,8

25,4

18,5

26,3

Mosaico amarillo nabo

22,6

17,2

38,0

22,2

Poliomielitis

28,6

24,0

22,0

25,4

Encfalo miocarditis del ratn

27,3

23,5

23,2

25,9

Reovirus Tipo 3
Tumor de las heridas

28,0
31,1

22,3
18,6

22,0
19,1

27,9
31,3

Virus ARN

Todos los ADN estudiados cumplen la relacin A=T y G=C, excepto el ADN del
bacterifago X174 (el ADN de este virus es de una sola hlice).
En los virus ARN no se cumple la equimolaridad de las bases excepto en el caso
del virus del Tumor de las heridas y de los Reovirus que tienen ARN de doble hlice.
En estos virus se cumple que A=U y G=C, adems se cumple que A+G/U+C=1.
El fago T2 y los otros fagos T-pares (T4 y T6) en vez de citosina tienen
hidroximetil-citosina (HMC).
Algunos organismos tienen en su ADN una pequea proporcin de 5-metilcitosina (5-Me-C) que sustituye a la citosina.

11

Gentica Molecular

10

12

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

Pero la proporcin A+T/G+C vara de un organismo a otro!

Organismo

Tejido

A+T/G+C

Escherichia coli

1,00

Diplococcus pneumoniae

1,59

Mycobacterium tuberculosis

0,42

Levadura

1,79

Paracentrolus lividus (erizo mar)

Esperma

1,85

Arenque

Esperma

1,23

Mdula sea

1,33

Hombre

Timo

1,52

Hombre

Hgado

1,53

Hombre

Esperma

1,52

Rata

PROPIEDADES FISICO-QUIMICAS
DE LOS ACIDOS NUCLEICOS

Por lo tanto, la proporcin A+T/G+C es especfica de cada organismo y est

relacionada con la densidad y la temperatura de fusin.
13

14

Meselson y col. (1957) desarrollaron una tcnica de centrifugacin en

gradiente de densidad.

DENSIDAD DE LOS CIDOS NUCLEICOS

Existe una relacin lineal entre el contenido en G+C y la densidad del ADN
determinada en un gradiente de densidad:

a mayor contenido en G+C >>> mayor densidad posee el ADN

Centrifugacin en gradiente de CsCl

15

Gentica Molecular

16

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

DESNATURALIZACION:TEMPERATURA DE FUSION
DEL ADN

DESNATURALIZACION:TEMPERATURA DE FUSION
DEL ADN

La proporcin A+T/C+G est relacionada en primer lugar con la

estabilidad de la molcula de ADN de doble hlice.
Cuanto mayor es el contenido en G+C de una molcula, mayor cantidad
de pares G-C presentar, como consecuencia tendr una mayor
cantidad de triples enlaces y por consiguiente, ser necesario
suministrar una mayor cantidad de energa a esa doble hlice para
separar sus dos hebras.

La temperatura de fusin (Tm) necesaria para desnaturalizar la

mitad del ADN de una mezcla (punto medio de la reaccin ADN
doble hlice ADN hlice sencilla) est directamente
relacionada con el contenido en G+C:

a mayor contenido en G+C >>>mayor temperatura de

fusin (Tm)
Relacin entre el contenido en (G+C) y Tm

17

18

ABSORBANCIA A 260 nanmetros (nm)

ABSORBANCIA A 260 nm

Absorbancia a 2.600 : el estado fsico de los cidos nucleicos est

relacionado con su capacidad de absorcin de la luz ultravioleta (UV) a
2.600 . El menor grado de absorcin se produce en estado de doble
hlice; la absorcin aumenta cuando se produce la desnaturalizacin
pasando a estado de hlice sencilla (efecto hipercrmico, aumento de la
absorbancia) y, por ltimo, si degradamos este ADN de hlice sencilla a
nivel de nucletidos libres, de nuevo aumenta la absorbancia.

Por tanto, la absorbancia a 2.600 se puede utilizar como una medida

del estado fsico de la molcula de ADN. Las curvas de fusin tienen
forma de S observndose un aumento brusco de la absorbancia al llegar a
una temperatura determinada, la temperatura de fusin.

Curvas de desnaturalizacin de diferentes ADNs

Esquema efecto hipercrmico

19

Gentica Molecular

20

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

CINTICA DE RENATURALIZACION: CURVAS Cot

(de Cot = producto de la concentracin inicial por el tiempo)
La velocidad de renaturalizacin del ADN de un organismo est
relacionada con su complejidad, que se define como la suma del nmero de
nucletidos que tiene cada tipo de secuencia sin tener en cuenta el nmero
de veces que est repetida.
#El ADN de los virus y las bacterias en su mayora slo tiene secuencias
que estn una sola vez en el genoma (secuencias nicas).
#Organismos ms complejos -como los eucariontes- presentan distintos
tipos de secuencias: secuencias nicas (SU), secuencias de bajo nmero de
copias (SBNC, 2-10 copias), secuencias repetidas (SR, alrededor de 102
copias) y altamente repetidas (SAR, 103 a 106 copias).

Tipo de
Secuencia
A (SU)
B (SU)
C (SBNC)
D (SBNC)
E (SR)
F (SAR)
G (SAR)
Complejidad

N de
repeticiones
1
1
4
6
200
10.000
1.000.000

N de
nucletidos
5.700
7.530
3.720
4.350
500
300
200
22.300

Si imaginamos un organismo eucarionte con los tipos de secuencias

indicados en la tabla, su complejidad sera la suma del nmero de
nucletidos de cada tipo de secuencia (22.300) sin tener en cuenta el
nmero de veces que est repetida cada una de ellas.

21

Las curvas de renaturalizacin (o curvas Cot) de organismos que carecen

de secuencias repetidas como virus y bacterias tienen forma de S y tienen
un slo punto de inflexin o punto medio de la reaccin.
Todas las secuencias son nicas y tienen la misma probabilidad de
encontrar
a
su
complementaria
para
formar
la
doble
hlice.

22

Las curvas Cot de organismos eucariontes con diferentes tipos de

secuencias, poseen varios puntos de inflexin. Cada uno de ellos
correspondiente a un tipo de secuencias (nicas, moderadamente
repetidas, y altamente repetidas).
Como en el caso de las curvas de fusin, tambin se utiliza como
medida el punto medio de la reaccin de renaturalizacin, es decir, el
Cot o tiempo al que se ha reasociado la mitad del ADN.
El Cot es directamente proporcional a la complejidad del ADN del
organismo. Valores de Cot bajos (10-4 a 10-1) corresponden a
secuencias altamente repetidas, valores de Cot comprendidos entre
10 y 102 corresponden a secuencias moderadamente repetidas y las
secuencias nicas o de bajo nmero de copias dan lugar a valores de
Cot altos (mayores de 103) .

Curvas Cot de virus y bacterias

Curvas Cot de un eucarionte

23

Gentica Molecular

24

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

EL MODELO DE LA DOBLE
HELICE - 1953

HIBRIDACIN DE LOS CIDOS NUCLEICOS

(WATSON Y CRICK?)
Las tcnicas de desnaturalizacin y posterior renaturalizacin se utilizan
para conseguir la hibridacin de cidos nucleicos, es decir, una vez
separadas las dos hebras del ADN doble hlice, es posible volver a formar
una doble hlice con una hebra de ADN que sea complementaria
(hibridacin de ADN con ADN) o volver a formar una doble hlice con un
segmento de ARN que contenga la secuencia complementaria (hibridacin
de ADN con ARN).
De esta manera se puede identificar por ejemplo- el gen que ha dado
lugar a un determinado ARN mensajero. Si se asla un mensajero
determinado en una clula, es posible hibridar este ARN con el ADN de la
clula previamente fragmentado mediante el uso de endonucleasas de
restriccin.

25

Francis H. C. Crick

James D.Watson

26

Mediante esta tcnica de difraccin de rayos X se obtuvieron los siguientes resultados:

Las bases pricas y pirimidnicas se encuentran unas sobre otras apiladas a lo largo del eje del
polinucletido a una distancia de 3,4 , y son estructuras planas orientadas de forma
perpendicular al eje (Astbury, 1947).
El dimetro del polinucletido es de 20 y est enrollado helicoidalmente alrededor de su eje.
Cada 34 se produce una vuelta completa de la hlice (10 bases).
Existe ms de una cadena polinucleotdica enrollada helicoidalmente (Wilkins et al. 1953,
Franklin y Gosling, 1953).

Maurice H. F. Wilkins

Premio Nobel 1962

Para realizar su trabajo emplearon dos tipos de datos ya existentes:

*Por un lado, utilizaron los datos obtenidos varios aos antes por Chargaff (1950), relativos a la
composicin de bases nitrogenadas en el ADN de diferentes organismos.
*El otro tipo de datos eran los procedentes de estudios de difraccin de rayos X sobre fibras de
ADN. Para determinar la estructura tridimensional o disposicin espacial de las molculas de
ADN, se hace incidir un haz de rayos X sobre fibras de ADN y se recoge la difraccin de los rayos
sobre una pelcula fotogrfica. La pelcula se impresiona en aquellos puntos donde inciden los
rayos X, produciendo al revelarse manchas. El ngulo de difraccin presentado por cada una de
las manchas en la pelcula suministra informacin sobre la posicin en la molcula de ADN de
cada tomo o grupo de tomos.

27

Gentica Molecular

Foto 51: ADN-B (ver explicacin en

http://www.pbs.org/wgbh/nova/body/DNAphotograph.html)

Rosalind Franklin
28

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

Basndose en estos dos tipos de datos Watson y Crick propusieron su modelo de estructura para
el ADN conocido con el nombre de Modelo de la Doble Hlice:
El ADN es una doble hlice enrollada helicoidalmente a derechas (sentido dextrorso). Algo
parecido a dos muelles entrelazados.
Enrollamiento de tipo plectonmico: para separar las dos hlices es necesario girarlas como si
fuera un sacacorchos.

Las dos hlices son antiparalelas y se mantienen unidas mediante puentes o enlaces de
hidrgeno producidos entre las bases nitrogenadas de cada hlice.
Siguiendo los datos de Chargaff (1959), la adenina de una hlice aparea con la timina de la
hlice complementaria mediante dos puentes de hidrgeno.
Igualmente, la guanina de una hlice aparea con la citosina de la complementaria mediante tres
puentes de hidrgeno.

Par A-T

Par G-C
Pares A-T y G-C

Modelo de la Doble hlice: ADN-B

29

30

ADN-B: ADN en disolucin (92% de humedad relativa). Se encuentra en soluciones con baja
fuerza inica y se corresponde con el modelo de la doble hlice. Tiene un mayor inters biolgico
ya que es la que presenta el ADN en interaccin con las protenas nucleares.

ALTERNATIVAS AL MODELO DE LA DOBLE HLICE

ADN-A: ADN con 75% de humedad, requiere Na, K o Cs como contraiones, presenta 11 pares de
bases por giro completo y 23 de dimetro. Es interesante por presentar una estructura parecida
a la de los hbridos ADN-ARN y a las regiones de autoapareamiento ARN-ARN, aunque no se
encuentra in vivo sino en condiciones no fisiolgicas (ADN deshidratado).
ADN-C: ADN con 66% de humedad, se obtiene en presencia de iones Li, muestra 9+1/3 pares de
bases por giro completo y 19 de dimetro.

31

Gentica Molecular

32

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

ADN triple hlice o ADN-H

ADN-Z
Doble hlice sinistrosa o levgira (enrollamiento a izquierda)
12 pares de bases por giro completo
18 de dimetro
Slo se observa un surco, semejante al surco menor.
La conformacin Z est favorecida (estabilizada) por un elevado contenido en G-C, por la
metilacin de citosinas y por molculas que pueden encontrase presentes in vivo como la
espermina y espermidina.
Las secuencias de ADN pueden pasar de la forma B hacia la forma Z y viceversa: el ADN-Z es
una forma transitoria in vivo.
La formacin de ADN-Z se produce durante la transcripcin de genes: el movimiento de la ARN
polimerasa induce una superhelicoidizacin negativa en la parte anterior o corriente arriba; una
funcin posible del ADN-Z podra ser absorber esta superhelicoidizacin negativa. Al final de la
transcripcin, la topoisomerasa relaja la estructura del ADN volviendo a la conformacin B.
Ciertas protenas se unen al ADN-Z produciendo una modificacin epigentica por la cual la
protena posteriormente sintetizada por este fragmento de ADN ser distinta.
Se han encontrado anticuerpos frente al ADN-Z en el lupus eritematoso y en otras enfermedades
autoinmunes.

In vitro es posible obtener tramos de triple hlice intercalando oligonucletidos cortos constituidos
solamente por pirimidinas (timinas y citosinas) en el surco mayor de una doble hlice. Este
oligonucletido se une a pares de bases A-T y G-C mediante enlaces de hidrgeno tipo Hoogsteen
que se establecen entre la T o la C del oligonucletido y los pares A-T y G-C de la doble hlice. No se
sabe la funcin biolgica del ADN-H aunque se ha detectado en cromosomas eucariticos; puede
tener un papel funcional en la regulacin de la expresin gnica y sobre los ARNs (por ejemplo, en la
represin de la transcripcin).

33

34

Palndromos

ADN cuadruplexo
In vitro se han obtenido cuartetos de guanina unidos mediante enlaces tipo Hoogsteen,
empleando polinucletidos que solamente contienen guanina.
Los extremos de los cromosomas eucariticos (telmeros) tienen una estructura especial con un
extremo 3' OH de cadena sencilla (monocatenario) en el que se repite muchas veces en
tndem una secuencia rica en guaninas, que servira para proteger los extremos cromosmicos de
la degradacin enzimtica.
Ejemplo de secuencia telomrica rica en guaninas:
5P TTGGGTTGGGGTTGGGG...............TTGGGG 3'OH

Secuencias palindrmicas

Cuartetos de Guanina

Palndromos en ADN de una y doble hlice

35

Gentica Molecular

Plegamiento o apareamiento de una hlice consigo misma. El palndromo tambin es

una figura gramatical que se lee igual en los dos sentidos, por ejemplo:
DABALE ARROZ A LA ZORRA EL ABAD
Existe ADN palindrmico de hlice sencilla y de hlice doble. En el palndromo de
doble cadena la secuencia de bases se lee igual en direccin 5 P 3OH en ambas
cadenas.

36

Universidad de Morn

2 - Estructura y topologa de los cidos nucleicos

25 de marzo de 2015

Adems de las alternativas anteriormente citadas es necesario tener en cuenta que no todos los
organismos vivos tienen como material hereditario ADN de doble hlice:

El ARN transferente (ARN-t) que transporta los aminocidos y el ARN ribosmico (ARNr) que interviene en el proceso de traduccin, son cidos ribonucleicos de una sola hlice
y tambin presentan autoapareamiento.

Algunos virus (como los fagos X174 y M13) tienen ADN de hlice sencilla circular. Se ha
comprobado que una pequea parte resiste la accin de enzimas que digieren especficamente ADN
de hlice sencilla; por lo tanto, estas regiones presentan complementariedad interna o
autoapareamiento, formando ADN dplex o doble hlice y teniendo secuencias palindrmicas.
ARN de hlice sencilla: el gen de la protena de la cubierta del bacterifago MS2 presenta
segmentos que tienen complementariedad interna (autoapareamiento) y se pliegan sobre s mismos
formando horquillas (regiones de ARN de doble hlice).

ARN Fago MS2: gen

que codifica para la
protena de la cpside
Esquema ARN-transferente

37

Gentica Molecular

Esquema ARN-ribosmico de
Tetrahymena
38

Universidad de Morn