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cido desoxirribonucleico

(Redirigido desde Adn)


ADN redirige aqu. Para otras acepciones, vase ADN (desambiguacin).
DNA redirige aqu. Para otras acepciones, vase DNA (desambiguacin).

Situacin del ADN dentro de una clula eucariota.

Animacin de parte de una estructura de ADN de doble hlice


Elcido desoxirribonucleico, abreviado como ADN, es un cido nucleicoque
contiene las instruccionesgenticas usadas en el desarrolloy funcionamiento de
todos losorganismos vivos conocidos y algunos virus, y es responsable de su
transmisin hereditaria. La funcin principal de la molcula de ADN es el
almacenamiento a largo plazo de informacin. Muchas veces, el ADN es
comparado con un plano o una receta, o uncdigo, ya que contiene las
instrucciones necesarias para construir otros componentes de lasclulas, como
las protenas y las molculas de ARN. Los segmentos de ADN que llevan esta
informacin gentica son llamados genes, pero las otras secuencias de ADN
tienen propsitos estructurales o toman parte en la regulacin del uso de esta
informacin gentica.
Desde el punto de vista qumico, el ADN es un polmero de nucletidos, es decir,
un polinucletido. Un polmero es un compuesto formado por muchas unidades
simples conectadas entre s, como si fuera un largo tren formado por vagones. En
el ADN, cada vagn es un nucletido, y cada nucletido, a su vez, est formado
por un azcar (la desoxirribosa), una base nitrogenada(que puede
ser adeninaA, timinaT, citosinaC o guaninaG) y un grupo fosfato que
acta como enganche de cada vagn con el siguiente. Lo que distingue a
un vagn (nucletido) de otro es, entonces, la base nitrogenada, y por ello la
secuencia del ADN se especifica nombrando solo la secuencia de sus bases. La
disposicin secuencial de estas cuatro bases a lo largo de la cadena (el
ordenamiento de los cuatro tipos de vagones a lo largo de todo el tren) es la que
codifica la informacin gentica: por ejemplo, una secuencia de ADN puede

ser ATGCTAGATCGC... En los organismos vivos, el ADN se presenta como una


doble cadena de nucletidos, en la que las dos hebras estn unidas entre s por
unas conexiones denominadas puentes de hidrgeno.1
Para que la informacin que contiene el ADN pueda ser utilizada por la maquinaria
celular, debe copiarse en primer lugar en unos trenesde nucletidos, ms cortos y
con unas unidades diferentes, llamados ARN. Las molculas de ARN se copian
exactamente del ADN mediante un proceso denominado transcripcin. Una vez
procesadas en el ncleo celular, las molculas de ARN pueden salir
al citoplasma para su utilizacin posterior. La informacin contenida en el ARN se
interpreta usando el cdigo gentico, que especifica la secuencia de
los aminocidos de las protenas, segn una correspondencia de un triplete de
nucletidos (codn) para cada aminocido. Esto es, la informacin gentica
(esencialmente: qu protenas se van a producir en cada momento del ciclo de
vida de una clula) se halla codificada en las secuencias de nucletidos del ADN y
debe traducirse para poder funcionar. Tal traduccin se realiza usando el cdigo
gentico a modo de diccionario. El diccionario "secuencia de nucletido-secuencia
de aminocidos" permite el ensamblado de largas cadenas de aminocidos (las
protenas) en el citoplasma de la clula. Por ejemplo, en el caso de la secuencia
de ADN indicada antes (ATGCTAGCATCG...), la ARNpolimerasa utilizara como
molde la cadena complementaria de dicha secuencia de ADN (que sera TACGAT-CTA-GCG-...) para transcribir una molcula de ARNm que se leera AUGCUA-GAU-CGC-...; el ARNm resultante, utilizando el cdigo gentico, se traducira
como la secuencia de aminocidos metionina-leucina-cido asprtico-arginina-...
Las secuencias de ADN que constituyen la unidad fundamental, fsica y funcional
de la herencia se denominan genes. Cada gen contiene una parte que
se transcribe a ARN y otra que se encarga de definir cundo y dnde
deben expresarse. La informacin contenida en los genes (gentica) se emplea
para generar ARN yprotenas, que son los componentes bsicos de las clulas,
los "ladrillos" que se utilizan para la construccin de los orgnulos u organelos
celulares, entre otras funciones.
Dentro de las clulas, el ADN est organizado en estructuras
llamadas cromosomas que, durante el ciclo celular, se duplicanantes de que la
clula se divida. Los organismos eucariotas (por
ejemplo, animales, plantas y hongos) almacenan la mayor parte de su ADN dentro
del ncleo celular y una mnima parte en elementos
celulares llamados mitocondrias, y en los plastos y los centros organizadores
de microtbulos o centrolos, en caso de tenerlos; losorganismos
procariotas (bacterias y arqueas) lo almacenan en elcitoplasma de la clula y, por
ltimo, los virus ADN lo hacen en el interior de la cpside de naturaleza proteica.

Existen multitud de protenas, como por ejemplo las histonas y los factores de
transcripcin, que se unen al ADN dotndolo de una estructura tridimensional
determinada y regulando su expresin. Los factores de transcripcin reconocen
secuencias reguladoras del ADN y especifican la pauta de transcripcin de los
genes. El material gentico completo de una dotacin cromosmica se
denominagenoma y, con pequeas variaciones, es caracterstico de cadaespecie.
ndice
[ocultar]

1Historia de la gentica

2Propiedades fsicas y qumicas


o

2.1Componentes

2.2Apareamiento de bases

2.2.1Otros tipos de pares de bases

2.3Estructura

2.3.1Estructuras en doble hlice

2.3.2Estructuras en cudruplex

2.4Hendiduras mayor y menor

2.5Sentido y antisentido

2.6Superenrollamiento

3Modificaciones qumicas
o

3.1Modificaciones de bases del ADN

3.2Dao del ADN

4Funciones biolgicas
o

4.1Genes y genoma

4.1.1El ADN codificante

4.1.2El ADN no codificante

4.2Transcripcin y traduccin

4.3Replicacin del ADN

4.3.1Hiptesis sobre la duplicacin del ADN

5Interacciones ADN-protena
o

5.1Protenas que unen ADN

5.1.1Interacciones inespecficas

5.1.2Interacciones especficas

5.2Enzimas que modifican el ADN

5.2.1Nucleasas y ligasas

5.2.2Topoisomerasas y helicasas

5.2.3Polimerasas

6Recombinacin gentica

7Evolucin del metabolismo de ADN

8Tcnicas comunes

8.1Tecnologa del ADN recombinante

8.2Secuenciacin

8.3Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR)

8.4Southern blot

8.5Chips de ADN

9Aplicaciones
o

9.1Ingeniera gentica

9.2Medicina forense

9.3Bioinformtica

9.4Nanotecnologa de ADN

9.5Historia, antropologa y paleontologa

10Vase tambin

11Referencias
o

11.1Notas

11.2Bibliografa

12Enlaces externos

Historia de la gentica
Artculo principal: Historia de la gentica

Friedrich Miescher, bilogo y mdico suizo (1844-1895).

El ADN lo aisl por primera vez, durante el invierno de1869, el


mdico suizoFriedrich Miescher mientras trabajaba en la Universidad de Tubinga.
Miescher realizaba experimentos acerca de la composicin qumica del pus de
vendasquirrgicas desechadas cuando not un precipitado de una sustancia
desconocida que caracteriz qumicamente ms tarde.2 3Lo llam nuclena, debido
a que lo haba extrado a partir de ncleos celulares.4 Se necesitaron casi 70 aos
de investigacin para poder identificar los componentes y la estructura de los
cidos nucleicos.

En 1919 Phoebus Leveneidentific que un nucletido est formado por una base
nitrogenada, un azcar y un fosfato.5 Levene sugiri que el ADN generaba una
estructura con forma de solenoide (muelle) con unidades de nucletidos unidos a
travs de los grupos fosfato. En 1930 Levene y su maestro Albrecht
Kossel probaron que la nuclena de Miescher es un cido desoxirribonucleico
(ADN) formado por cuatro bases nitrogenadas (citosina (C), timina (T), adenina (A)
yguanina (G), el azcar desoxirribosa y un grupo fosfato, y que, en
su estructura bsica, el nucletido est compuesto por un azcar unido a la base y
al fosfato.6 Sin embargo, Levene pensaba que la cadena era corta y que las bases
se repetan en un orden fijo. En1937 William Astbury produjo el primer patrn
de difraccin de rayos X que mostraba que el ADN tena una estructura regular.7

Maclyn McCarty con Francis Crick y James D. Watson.


La funcin biolgica del ADN comenz a dilucidarse en 1928, con una serie bsica
de experimentos de la gentica moderna realizados por Frederick Griffith, quien
estaba trabajando con cepas lisas (S) o rugosas (R) de la
bacteriaPneumococcus (causante de la neumona), segn la presencia (S) o no
(R) de una cpsula azucarada, que es la que confiere virulencia (vase
tambin experimento de Griffith). La inyeccin de neumococos S vivos en ratones
produce la muerte de stos, y Griffith observ que, si inyectaba ratones con
neumococos R vivos o con neumococos S muertos por calor, los ratones no
moran. Sin embargo, si inyectaba a la vez neumococos R vivos y neumococos S
muertos, los ratones moran, y en su sangre se podan aislar neumococos S vivos.
Como las bacterias muertas no pudieron haberse multiplicado dentro del ratn,
Griffith razon que deba producirse algn tipo de cambio o transformacin de un
tipo bacteriano a otro por medio de una transferencia de alguna sustancia activa,
que denomin principio transformante. Esta sustancia proporcionaba la capacidad
a los neumococos R de producir una cpsula azucarada y transformarse as en
virulentas. En los siguientes 15 aos, estos experimentos iniciales se replicaron
mezclando distintos tipos de cepas bacterianas muertas por el calor con otras
vivas, tanto en ratones (in vivo) como en tubos de ensayo (in vitro).8 La bsqueda

del factor transformante que era capaz de hacer virulentas a cepas que
inicialmente no lo eran continu hasta 1944, ao en el cualOswald Avery, Colin
MacLeod y Maclyn McCarty realizaron un experimento hoy clsico. Estos
investigadores extrajeron la fraccin activa (el factor transformante) y, mediante
anlisis qumicos, enzimticos y serolgicos, observaron que no contena
protenas, ni lpidos no ligados, ni polisacridos activos, sino que estaba
constituido principalmente por "una forma viscosa de cido desoxirribonucleico
altamente polimerizado", es decir, ADN. El ADN extrado de las cepas bacterianas
S muertas por el calor lo mezclaron "in vitro" con cepas R vivas: el resultado fue
que se formaron colonias bacterianas S, por lo que se concluy inequvocamente
que el factor o principio transformante era el ADN.9
A pesar de que la identificacin del ADN como principio transformante an tard
varios aos en ser universalmente aceptada, este descubrimiento fue decisivo en
el conocimiento de la base molecular de la herencia, y constituye el nacimiento de
lagentica molecular. Finalmente, el papel exclusivo del ADN en la heredabilidad
fue confirmado en 1952 mediante los experimentos deAlfred Hershey y Martha
Chase, en los cuales comprobaron que elfago T2 transmita su informacin
gentica en su ADN, pero no en su protena10 (vase tambin experimento de
Hershey y Chase).
En cuanto a la caracterizacin qumica de la molcula, Chargaffrealiz en 1940
algunos experimentos que le sirvieron para establecer las proporciones de las
bases nitrogenadas en el ADN. Descubri que las proporciones de purinas eran
idnticas a las de pirimidinas, la equimolecularidad de las bases ([A]=[T],
[G]=[C]) y el hecho de que la cantidad de G+C en una determinada molcula de
ADN no siempre es igual a la cantidad de A+T y puede variar desde el 36 hasta el
70 por ciento del contenido total.6 Con toda esta informacin y junto con los datos
de difraccin de rayos Xproporcionados por Rosalind Franklin, James
Watson y Francis Crick propusieron en 1953 el modelo de la doble hlice de ADN
para representar la estructura tridimensional del polmero.11 En una serie de cinco
artculos en el mismo nmero de Nature se public la evidencia experimental que
apoyaba el modelo de Watson y Crick.12De stos, el artculo
de Franklin y Raymond Gosling fue la primera publicacin con datos de difraccin
de rayos X que apoyaba el modelo de Watson y Crick,13 14 y en ese mismo
nmero de Naturetambin apareca un artculo sobre la estructura del ADN
de Maurice Wilkins y sus colaboradores.15
Watson, Crick y Wilkins recibieron conjuntamente, en 1962, despus de la muerte
de Rosalind Franklin, el Premio Nobel en Fisiologa o Medicina.16 Sin embargo, el
debate contina sobre quin debera recibir crdito por el descubrimiento. 17

Propiedades fsicas y qumicas

Estructura qumica del ADN: dos cadenas de nucletidos conectadas


mediante puentes de hidrgeno, que aparecen como lneas punteadas.
El ADN es un largopolmero formado por unidades repetitivas,
los nucletidos.18 19Una doble cadena de ADN mide de 22 a 26 angstroms (2,2 a
2,6nanmetros) de ancho, y una unidad (un nucletido) mide 3,3 (0,33 nm) de
largo.20 Aunque cada unidad individual que se repite es muy pequea, los
polmeros de ADN pueden ser molculasenormes que contienen millones
de nucletidos. Por ejemplo, el cromosoma humano ms largo, el cromosoma
nmero 1, tiene aproximadamente 220 millones de pares de bases.21
En los organismos vivos, el ADN no suele existir como una molcula individual,
sino como una pareja de molculas estrechamente asociadas. Las dos cadenas
de ADN se enroscan sobre s mismas formando una especie de escalera de
caracol, denominada doble hlice. El modelo de estructura en doble hlice fue
propuesto en1953 por James Watson y Francis Crick (el artculo Molecular
Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid fue
publicado el 25 de abril de 1953 en Nature), despus de obtener una imagen de la
estructura de doble hlice gracias a la refraccin por rayos X hecha por Rosalind
Franklin.22 El xito de este modelo radicaba en su consistencia con las

propiedades fsicas y qumicas del ADN. El estudio mostraba, adems, que


lacomplementariedad de bases poda ser relevante en su replicacin, y tambin la
importancia de la secuencia de bases como portadora de informacin
gentica.23 24 25 Cada unidad que se repite, el nucletido, contiene un segmento de
la estructura de soporte (azcar + fosfato), que mantiene la cadena unida, y
una base, que interacciona con la otra cadena de ADN en la hlice. En general,
una base ligada a un azcar se denomina nuclesido y una base ligada a un
azcar y a uno o ms grupos fosfatos recibe el nombre de nucletido.
Cuando muchos nucletidos se encuentran unidos, como ocurre en el ADN, el
polmero resultante se denomina polinucletido.26
Componentes
Estructura de soporte: La estructura de soporte de una hebra deADN est
formada por unidades alternas de grupos fosfato y azcar(desoxirribosa).27 El
azcar en el ADN es una pentosa, concretamente, la desoxirribosa.

cido fosfrico:

Enlace fosfodister. El grupo fosfato(PO43-) une el carbono 5' del azcar de


unnuclesido con el carbono 3' del siguiente.

Su frmula qumicaes H3PO4. Cadanucletido puede contener uno


(monofosfato: AMP), dos (difosfato: ADP) o tres (trifosfato:ATP) grupos de cido
fosfrico, aunque como monmeros constituyentes de los cidos nucleicossolo
aparecen en forma de nuclesidos monofosfato.

Desoxirribosa:

Es un monosacridode 5 tomos decarbono (unapentosa) derivado de la ribosa,


que forma parte de la estructura de nucletidos del ADN. Su frmula es C 5H10O4.
Una de las principales diferencias entre el ADN y elARN es el azcar, pues en el
ARN la 2-desoxirribosa del ADN es reemplazada por una pentosa alternativa,
la ribosa.25
Las molculas de azcar se unen entre s a travs de grupos fosfato, que
forman enlaces fosfodister entre los tomos de carbono tercero (3, tres prima)
y quinto (5, cinco prima) de dos anillos adyacentes de azcar. La formacin
de enlacesasimtricos implica que cada hebra de ADN tiene una direccin. En
una doble hlice, la direccin de los nucletidos en una hebra (3 5) es opuesta
a la direccin en la otra hebra (5 3). Esta organizacin de las hebras de ADN
se denominaantiparalela; son cadenas paralelas, pero con direcciones opuestas.
De la misma manera, los extremos asimtricos de las hebras de ADN se
denominan extremo 5 (cinco prima) yextremo 3 (tres prima),
respectivamente.

Bases nitrogenadas:

Las cuatro bases nitrogenadas mayoritarias que se encuentran en el ADN son


la adenina (A), la citosina (C), la guanina (G) y latimina (T). Cada una de estas
cuatro bases est unida al armazn de azcar-fosfato a travs del azcar para
formar el nucletido completo (base-azcar-fosfato). Las bases soncompuestos
heterocclicos y aromticos con dos o ms tomosde nitrgeno, y, dentro de las
bases mayoritarias, se clasifican en dos grupos: las bases
pricas o purinas (adenina y guanina), derivadas de la purina y formadas por dos
anillos unidos entre s, y las bases pirimidnicas o bases
pirimdicas o pirimidinas(citosina y timina), derivadas de la pirimidina y con un solo
anillo.25 En los cidos nucleicos existe una quinta base pirimidnica,
denominada uracilo (U), que normalmente ocupa el lugar de la timina en el ARN y
difiere de sta en que carece de un grupo metilo en su anillo. El uracilo no se
encuentra habitualmente en el ADN, solo aparece raramente como un producto
residual de la degradacin de la citosina por procesos de desaminacin oxidativa.

Timina: 2, 4-dioxo, 5-metilpirimidina.

Timina:

En el cdigo gentico se representa con la letra T. Es un derivado pirimidnico con


ungrupo oxo en las posiciones 2 y 4, y un grupo metil en la posicin 5. Forma
el nuclesido timidina(siempre desoxitimidina, ya que solo aparece en el ADN) y
elnucletido timidilato o timidina monofosfato (dTMP). En el ADN, la timina
siempre seempareja con la adenina de la cadena complementaria mediante
2 puentes de hidrgeno, T=A. Su frmula qumica es C5H6N2O2 y su nomenclatura
2, 4-dioxo, 5-metilpirimidina.

Citosina: 2-oxo, 4-aminopirimidina.

Citosina:

En el cdigo gentico se representa con la letra C. Es un derivado pirimidnico,


con un grupo amino en posicin 4 y un grupo oxo en posicin 2. Forma
el nuclesido citidina(desoxicitidina en el ADN) y elnucletido citidilato o
(desoxi)citidina monofosfato (dCMP en el ADN, CMP en el ARN). La citosina
siempre seempareja en el ADN con la guanina de la cadena complementaria
mediante un triple enlace, CG. Su frmula qumica es C4H5N3O y su
nomenclatura 2-oxo, 4 aminopirimidina. Su masa moleculares de 111,10 unidades
de masa atmica. La citosina se descubri en 1894, al aislarla del tejido
del timo de carnero.

Adenina: 6-aminopurina.

Adenina:

En el cdigo gentico se representa con la letra A. Es un derivado de la purina con


un grupo amino en la posicin 6. Forma el nuclesido adenosina(desoxiadenosina
en el ADN) y el nucletido adenilato o (desoxi)adenosina monofosfato (dAMP,
AMP). En el ADN siempre se empareja con la timina de la cadena complementaria
mediante 2 puentes de hidrgeno, A=T. Su frmula qumica es C5H5N5 y su
nomenclatura 6-aminopurina. La adenina, junto con la timina, fue descubierta en
1885 por el mdico alemn Albrecht Kossel.

Guanina: 6-oxo, 2-aminopurina.

Guanina:

En el cdigo gentico se representa con la letra G. Es un derivado prico con un


grupo oxo en la posicin 6 y un grupo amino en la posicin 2. Forma el nuclesido
(desoxi)guanosina y el nucletido guanilato o (desoxi)guanosina monofosfato
(dGMP, GMP). La guanina siempre se emparejaen el ADN con la citosina de la
cadena complementaria mediante tres enlaces de hidrgeno, GC. Su frmula
qumica es C5H5N5O y su nomenclatura 6-oxo, 2-aminopurina.
Tambin existen otras bases nitrogenadas (las llamadas bases nitrogenadas
minoritarias), derivadas de forma natural o sinttica de alguna otra base
mayoritaria. Lo son por ejemplo la hipoxantina, relativamente abundante en
el tRNA, o la cafena, ambas derivadas de la adenina; otras, como el aciclovir,
derivadas de la guanina, son anlogos sintticos usados en terapia antiviral; otras,
como una de las derivadas del uracilo, son antitumorales.

Las bases nitrogenadas tienen una serie de caractersticas que les confieren unas
propiedades determinadas. Una caracterstica importante es su
carcter aromtico, consecuencia de la presencia en el anillo de dobles enlaces en
posicin conjugada. Ello les confiere la capacidad de absorber luz en la
zona ultravioleta delespectro en torno a los 260 nm, lo cual puede aprovecharse
para determinar el coeficiente de extincin del ADN y hallar la concentracin
existente de los cidos nucleicos. Otra de sus caractersticas es que
presentan tautomera o isomera de grupos funcionales, debido a que un tomo
de hidrgeno unido a otro tomo puede migrar a una posicin vecina; en las bases
nitrogenadas se dan dos tipos de tautomeras: tautomera lactama-lactima, donde
el hidrgeno migra del nitrgeno al oxgeno del grupo oxo (forma lactama) y
viceversa (forma lactima), y tautomeraimina-amina primaria, donde el hidrgeno
puede estar formando el grupo amina (forma amina primaria) o migrar al nitrgeno
adyacente (forma imina). La adenina slo puede presentar tautomera aminaimina, la timina y el uracilo muestran tautomera doble lactama-lactima, y la
guanina y citosina pueden presentar ambas. Por otro lado, y aunque se trate de
molculas apolares, las bases nitrogenadas presentan suficiente
carcter polar como para establecer puentes de hidrgeno, ya que tienen tomos
muyelectronegativos (nitrgeno y oxgeno) que presentan carga parcial negativa, y
tomos de hidrgeno con carga parcial positiva, de manera que se forman dipolos
que permiten que se formen estosenlaces dbiles.
Se estima que el genoma humano haploide tiene alrededor de 3000 millones de
pares de bases. Para indicar el tamao de las molculas de ADN se indica el
nmero de pares de bases, y como derivados hay dos unidades de medida muy
utilizadas, la kilobase (kb), que equivale a 1000 pares de bases, y
la megabase (Mb), que equivale a un milln de pares de bases.
Apareamiento de bases
Vase tambin: Par de bases

Un par de bases CG con trespuentes de hidrgeno.

Un par A=T con dos puentes de hidrgeno. Los puentes de hidrgeno se


muestran como lneas discontinuas.
La dble hlice de ADN se mantiene estable mediante la formacin de puentes de
hidrgeno entre las bases asociadas a cada una de las dos hebras. Para la
formacin de un enlace de hidrgeno una de las bases debe presentar un
"donador" de hidrgenos con un tomo de hidrgeno con carga parcial positiva (NH2 o -NH) y la otra base debe presentar un grupo "aceptor" de hidrgenos con un
tomo cargadoelectronegativamente (C=O o N). Los puentes de hidrgeno son
uniones ms dbiles que los tpicosenlaces qumicoscovalentes, como los que
conectan los tomos en cada hebra de ADN, pero ms fuertes que interacciones
hidrfobas individuales,enlaces de Van der Waals, etc. Como los puentes de
hidrgeno no son enlaces covalentes, pueden romperse y formarse de nuevo de
forma relativamente sencilla. Por esta razn, las dos hebras de la doble hlice
pueden separarse como una cremallera, bien por fuerza mecnica o por
alta temperatura.28 La doble hlice se estabiliza adems por el efecto hidrofbico y
el apilamiento, que no se ven influidos por la secuencia de bases del ADN.29
Cada tipo de base en una hebra forma un enlace nicamente con un tipo de base
en la otra hebra, lo que se denominacomplementariedad de las bases. As, las
purinas forman enlaces con las pirimidinas, de forma que A se enlaza solo con T, y
C solo con G. La organizacin de dos nucletidos apareados a lo largo de la doble
hlice se denomina apareamiento de bases. Este emparejamiento corresponde a
la observacin ya realizada porErwin Chargaff (1905-2002),30 que mostr que la
cantidad de adenina era muy similar a la cantidad de timina, y que la cantidad de
citosina era igual a la cantidad de guanina en el ADN. Como resultado de esta
complementariedad, toda la informacin contenida en la secuencia de doble hebra
de la hlice de ADN est duplicada en cada hebra, lo cual es fundamental durante
el proceso de replicacin del ADN. En efecto, esta interaccin reversible y
especfica entre pares de bases complementarias es crtica para todas las
funciones del ADN en los organismos vivos.18
Como se ha indicado anteriormente, los dos tipos de pares de bases forman un
nmero diferente de enlaces de hidrgeno: A=T forman dos puentes de hidrgeno,
y CG forman tres puentes de hidrgeno (ver imgenes). El par de bases GC es

por tanto ms fuerte que el par de bases AT. Como consecuencia, tanto el
porcentaje de pares de bases GC como la longitud total de la doble hlice de ADN
determinan la fuerza de la asociacin entre las dos hebras de ADN. Las dobles
hlices largas de ADN con alto contenido en GC tienen hebras que interaccionan
ms fuertemente que las dobles hlices cortas con alto contenido en AT. 31 Por
esta razn, las zonas de la doble hlice de ADN que necesitan separarse
fcilmente tienden a tener un alto contenido en AT, como por ejemplo la secuencia
TATAAT de la caja de Pribnow de algunospromotores.32 En el laboratorio, la
fuerza de esta interaccin puede medirse buscando la temperatura requerida para
romper los puentes de hidrgeno, la temperatura de fusin (tambin denominado
valor Tm, del ingls melting temperature). Cuando todas las pares de bases en una
doble hlice se funden, las hebras se separan en solucin en dos hebras
completamente independientes. Estas molculas de ADN de hebra simple no
tienen una nica forma comn, sino que algunas conformaciones son ms
estables que otras.33
Otros tipos de pares de bases

Par de bases A=T de tipo Watson-Crick. En azul el donador de hidrgenos y en


rojo el aceptor.

Par de bases A=T de tipo Watson-Crick reverso. En azul el donador de


hidrgenos y en rojo el aceptor. Ntese que la pirimidina ha sufrido un giro de 180
sobre el eje del carbono 6.
Existen diferentes tipos de pares de bases que se pueden formar segn el modo
como se forman los puentes de hidrgeno. Los que se observan en la doble hlice
de ADN son los llamados pares de bases Watson-Crick, pero tambin existen
otros posibles pares de bases, como los denominadosHoogsteen yWobble u
oscilante, que pueden aparecer en circunstancias particulares. Adems, para cada
tipo existe a su vez el mismo par reverso, es decir, el que se da si se gira la base
pirimidnica 180 sobre su eje.

Watson-Crick (pares de bases de la doble hlice): los grupos de la base


prica que intervienen en el enlace de hidrgeno son los que corresponden
a las posiciones 1 y 6 (N aceptor y -NH2donador si la purina es una A) y los
grupos de la base pirimidnica, los que se encuentran en las posiciones 3 y
4 (-NH donador y C=O aceptor si la pirimidina es una T). En el par de bases
Watson-Crick reverso participaran los grupos de las posiciones 2 y 3 de la
base pirimidnica (ver imgenes).

Hoogsteen: en este caso cambian los grupos de la base prica, que ofrece
una cara diferente (posiciones 6 y 7) y que forman enlaces con los grupos
de las pirimidinas de las posiciones 3 y 4 (como en Watson-Crick). Tambin
puede haber Hoogsteen reversos. Con este tipo de enlace pueden unirse
A=U (Hoogsteen y Hoogsteen reverso) y A=C (Hoogsteen reverso).

Wobble u oscilante: este tipo de enlace permite que se unan guanina y


timina con un doble enlace (G=T). La base prica (G) forma enlace con los
grupos de las posiciones 1 y 6 (como en Watson-Crick) y la pirimidina (T)
con los grupos de las posiciones 2 y 3. Este tipo de enlace no funcionara
con A=C, ya que quedaran enfrentados los 2 aceptores y los 2 donadores,

y solo se podra dar en el caso inverso. Encontramos pares de bases de


tipo oscilante en el ARN, durante el apareamiento decodn y anticodn.
Con este tipo de enlace pueden unirse G=U (oscilante y oscilante reverso) y
A=C (oscilante reverso).
En total, en su forma tautomrica mayoritaria, existen 28 posibles pares de bases
nitrogenadas: 10 posibles pares de bases purina-pirimidina (2 pares Watson-Crick
y 2 Watson Crick reverso, 1 par Hoogsteen y 2 pares Hoogsteen reverso, 1 par
oscilante y 2 pares oscilante reverso), 7 pares homo purina-purina (A=A, G=G), 4
pares A=G y 7 pares pirimidina-pirimidina. Esto sin contar con los pares de bases
que pueden formarse si tambin tenemos en cuenta las otras formas tautomricas
minoritarias de las bases nitrogenadas; stos, adems, pueden ser responsables
de mutaciones puntuales por sustitucin de tipo transicin.
Estructura
El ADN es una molcula bicatenaria, es decir, est formada por dos cadenas
dispuestas de forma antiparalela y con las bases nitrogenadas enfrentadas. En su
estructura tridimensional, se distinguen distintos niveles:34 35
1. Estructura primaria:

Secuencia de nucletidos encadenados. Es en estas cadenas donde


se encuentra la informacin gentica, y dado que el esqueleto es el
mismo para todos, la diferencia de la informacin radica en la distinta
secuencia de bases nitrogenadas. Esta secuencia presenta un
cdigo, que determina una informacin u otra, segn el orden de las
bases.

2. Estructura secundaria:

Es una estructura en doble hlice. Permite explicar el


almacenamiento de la informacin gentica y el mecanismo de
duplicacin del ADN. Fue postulada por Watson y Crick, basndose
en la difraccin de rayos X que haban realizado Franklin y Wilkins, y
en la equivalencia de bases de Chargaff, segn la cual la suma de
adeninas ms guaninas es igual a la suma de timinas ms citosinas.

Es una cadena doble, dextrgira o levgira, segn el tipo de ADN.


Ambas cadenas son complementarias, pues la adenina y la guanina
de una cadena se unen, respectivamente, a la timina y la citosina de
la otra. Ambas cadenas son antiparalelas, pues el extremo 3 de una
se enfrenta al extremo 5' de la homloga.

Existen tres modelos de ADN. El ADN de tipo B es el ms abundante


y es el que tiene la estructura descrita por Watson y Crick.

3. Estructura terciaria:

Se refiere a cmo se almacena el ADN en un espacio reducido, para


formar los cromosomas. Vara segn se trate de
organismos procariotas o eucariotas:

2.
En procariotas el ADN se pliega como una sper-hlice, generalmente en
forma circular y asociada a una pequea cantidad de protenas. Lo mismo ocurre
en orgnulos celulares como las mitocondrias y en loscloroplastos.
3.
En eucariotas, dado que la cantidad de ADN de cadacromosoma es muy
grande, el empaquetamiento ha de ser ms complejo y compacto; para ello se
necesita la presencia de protenas, como las histonasy otras protenas de
naturaleza no histnica (en losespermatozoides estas protenas son
lasprotaminas).34
4. Estructura cuaternaria:

La cromatina presente en el ncleo tiene un grosor de 300 , pues la fibra


de cromatina de 100 se enrolla formando una fibra de cromatina de
300 . El enrollamiento de los nucleosomas recibe el nombre de solenoide.
Dichos solenoides se enrollan formando la cromatina del ncleo interfsico
de la clula eucariota. Cuando la clula entra en divisin, el ADN se
compacta ms, formando as los cromosomas.

Estructuras en doble hlice

De izquierda a derecha, las estructuras de ADN A, B y Z.


El ADN existe en muchas conformaciones.27 Sin embargo, en organismos vivos
slo se han observado las conformaciones ADN-A,ADN-B y ADN-Z. La
conformacin que adopta el ADN depende de su secuencia, la cantidad y
direccin desuperenrollamiento que presenta, la presencia de modificaciones

qumicas en las bases y las condiciones de la solucin, tales como la


concentracin de iones de metales y poliaminas.36 De las tres conformaciones, la
forma "B" es la ms comn en las condiciones existentes en las clulas. 37 Las dos
dobles hlices alternativas del ADN difieren en su geometra y dimensiones.
La forma "A" es una espiral que gira hacia la derecha, ms amplia que la "B", con
una hendidura menor superficial y ms amplia, y una hendidura mayor ms
estrecha y profunda. La forma "A" ocurre en condiciones no fisiolgicas en formas
deshidratadas de ADN, mientras que en la clula puede producirse en
apareamientos hbridos de hebras ADN-ARN, adems de en complejos enzimaADN.38 39
Los segmentos de ADN en los que las bases han sido modificadas
por metilacin pueden sufrir cambios conformacionales mayores y adoptar la
forma "Z". En este caso, las hebras giran alrededor del eje de la hlice en una
espiral que gira a mano izquierda, lo opuesto a la forma "B" ms frecuente. 40 Estas
estructuras poco frecuentes pueden ser reconocidas por protenas especficas que
se unen a ADN-Z y posiblemente estn implicadas en la regulacin de
latranscripcin.41
Estructuras en cudruplex

Estructura de un ADN en cudruplex formada por repeticiones en los telmeros.


La conformacin de la estructura de soporte del ADN difiere significativamente de
la tpica estructura en hlice.42
En los extremos de los cromosomas lineales existen regiones especializadas de
ADN denominadastelmeros. La funcin principal de estas regiones es permitir a
la clula replicar los extremos cromosmicos utilizando la enzimatelomerasa,

puesto que las enzimas que replican el resto del ADN no pueden copiar los
extremos 3' de los cromosomas.43 Estas terminaciones cromosmicas
especializadas tambin protegen los extremos del ADN, y evitan que los sistemas
de reparacin del ADNen la clula los procesen como ADN daado que debe ser
corregido.44 En las clulas humanas, los telmeros son largas zonas de ADN de
hebra sencilla que contienen algunos miles de repeticiones de una nica
secuencia TTAGGG.45
Estas secuencias ricas en guanina pueden estabilizar los extremos cromosmicos
mediante la formacin de estructuras de juegos apilados de unidades de cuatro
bases, en lugar de los pares de bases encontrados normalmente en otras
estructuras de ADN. En este caso, cuatro bases guanina forman unidades con
superficie plana que se apilan una sobre otra, para formar una estructura
cudruple-G estable.46 Estas estructuras se estabilizan formandopuentes de
hidrgeno entre los extremos de las bases y laquelatacin de un metal inico en el
centro de cada unidad de cuatro bases.47 Tambin se pueden formar otras
estructuras, con el juego central de cuatro bases procedente, o bien de una hebra
sencilla plegada alrededor de las bases, o bien de varias hebras paralelas
diferentes, de forma que cada una contribuye con una base a la estructura central.
Adems de estas estructuras apiladas, los telmeros tambin forman largas
estructuras en lazo, denominadas lazos telomricos o lazos-T (T-loops en ingls).
En este caso, las hebras simples de ADN se enroscan sobre s mismas en un
amplio crculo estabilizado por protenas que se unen a telmeros.48 En el extremo
del lazo T, el ADN telomrico de hebra sencilla se sujeta a una regin de ADN de
doble hebra porque la hebra de ADN telomrico altera la doble hlice y se aparea
a una de las dos hebras. Esta estructura de triple hebra se denomina lazo de
desplazamiento o lazo D (D-loop).46
Hendiduras mayor y menor

Animacin de la estructura de una seccin de ADN. Las bases se encuentran


horizontalmente entre las dos hebras en espiral. Versin ampliada49

Doble hlice: a) Dextrgira, b) Levgira.


La doble hlicees una espiraldextrgira, esto es, cada una de las cadenas
denucletidos gira a derechas; esto puede verificarse si nos fijamos, yendo de
abajo a arriba, en la direccin que siguen los segmentos de las hebras que
quedan en primer plano. Si las dos hebras giran a derechas se dice que la doble

hlice es dextrgira, y si giran a izquierdas,levgira (esta forma puede aparecer en


hlices alternativas debido a cambios conformacionales en el ADN). Pero en la
conformacin ms comn que adopta el ADN, la doble hlice es dextrgira,
girando cada par de bases respecto al anterior unos 36.50
Cuando las dos hebras de ADN se enrollan una sobre la otra (sea a derechas o a
izquierdas), se forman huecos o hendiduras entre una hebra y la otra, dejando
expuestos los laterales de las bases nitrogenadas del interior (ver la animacin).
En la conformacin ms comn que adopta el ADN aparecen, como consecuencia
de los ngulos formados entre los azcares de ambas cadenas de cada par de
bases nitrogenadas, dos tipos de hendiduras alrededor de la superficie de la doble
hlice: una de ellas, la hendidura o surco mayor, que mide 22 (2,2 nm) de
ancho, y la otra, la hendidura o surco menor, que mide 12 (1,2 nm) de
ancho.51 Cada vuelta de hlice, que es cuando sta ha realizado un giro de 360 o
lo que es lo mismo, de principio de hendidura mayor a final de hendidura menor,
medir por tanto 34 , y en cada una de esas vueltas hay unos 10,5 pb.

Hendiduras mayor y menor de la doble hlice.


La anchura de la hendidura mayor implica que los extremos de las bases son ms
accesibles en sta, de forma que la cantidad de grupos qumicos expuestos
tambin es mayor lo cual facilita la diferenciacin entre los pares de bases A-T, TA, C-G, G-C. Como consecuencia de ello, tambin se ver facilitado el
reconocimiento de secuencias de ADN por parte de diferentes protenas sin la
necesidad de abrir la doble hlice. As, protenas como los factores de
transcripcin que pueden unirse a secuencias especficas, frecuentemente
contactan con los laterales de las bases expuestos en la hendidura mayor.52 Por el
contrario, los grupos qumicos que quedan expuestos en la hendidura menor son
similares, de forma que el reconocimiento de los pares de bases es ms difcil; por
ello se dice que la hendidura mayor contiene ms informacin que la hendidura
menor.50
Sentido y antisentido

Artculo principal: Antisentido


Una secuencia de ADN se denomina "sentido" (en ingls, sense) si su secuencia
es la misma que la secuencia de un ARN mensajeroque se traduce en una
protena. La secuencia de la hebra de ADN complementaria se
denomina "antisentido" (antisense). En ambas hebras de ADN de la doble hlice
pueden existir tanto secuenciassentido, que codifican ARNm, como antisentido,
que no lo codifican. Es decir, las secuencias que codifican ARNm no estn todas
presentes en una sola de las hebras, sino repartidas entre las dos hebras. Tanto
en procariotas como en eucariotas se producen ARN con secuencias antisentido,
pero la funcin de esos ARN no est completamente clara.53 Se ha propuesto que
los ARN antisentidoestn implicados en la regulacin de la expresin
gnica mediante apareamiento ARN-ARN: los ARN antisentido se aparearan con
los ARNm complementarios, bloqueando de esta forma su traduccin.54
En unas pocas secuencias de ADN en procariotas y eucariotas (este hecho es
ms frecuente en plsmidos y virus), la distincin entre
hebras sentido y antisentido es ms difusa, debido a que presentan genes
superpuestos.55 En estos casos, algunas secuencias de ADN tienen una funcin
doble, codificando una protena cuando se lee a lo largo de una hebra, y una
segunda protena cuando se lee en la direccin contraria a lo largo de la otra
hebra. En bacterias, esta superposicin puede estar involucrada en la regulacin
de latranscripcin del gen,56 mientras que en virus los genes superpuestos
aumentan la cantidad de informacin que puede codificarse en sus diminutos
genomas.57
Superenrollamiento

Estructura de molculas de ADN lineales con los extremos fijos y superenrolladas.


Por claridad, se ha omitido la estructura en hlice del ADN.

El ADN puede retorcerse como una cuerda en un proceso que se


denomina superenrollamiento del ADN (supercoiling, en ingls). Cuando el ADN
est en un estado "relajado", una hebra normalmente gira alrededor del eje de la
doble hlice una vez cada 10,4 pares de bases, pero si el ADN est retorcido las
hebras pueden estar unidas ms estrechamente o ms relajadamente.58 Si el ADN
est retorcido en la direccin de la hlice, se dice que el superenrollamiento es
positivo, y las bases se mantienen juntas de forma ms estrecha. Si el ADN se
retuerce en la direccin opuesta, el superenrollamiento se llama negativo, y las
bases se alejan. En la naturaleza, la mayor parte del ADN tiene un ligero
superenrollamiento negativo que es producido
por enzimasdenominadas topoisomerasas.59 Estas enzimas tambin son
necesarias para liberar las fuerzas de torsin introducidas en las hebras de ADN
durante procesos como la transcripcin y lareplicacin.60
Modificaciones qumicas

citosina

5-metil-citosina timina

Estructura de la citosina con y sin el grupo metilo. Tras la desaminacin, la 5-metilcitosina tiene la misma estructura que la timina.
Modificaciones de bases del ADN
Vase tambin:Metilacin
La expresin de los genes est influenciada por la forma en la que el ADN est
empaquetado en cromosomas, en una estructura denominada cromatina. Las
modificaciones de bases pueden estar implicadas en el empaquetamiento del
ADN: las regiones que presentan una expresin gnica baja o nula normalmente
contienen niveles altos de metilacin de las basescitosina. Por ejemplo, la
metilacin de citosina produce 5-metil-citosina, que es importante para la
inactivacin del cromosoma X.61El nivel medio de metilacin vara entre
organismos: el gusanoCaenorhabditis elegans carece de metilacin de citosina,
mientras que los vertebrados presentan un nivel alto hasta 1 % de su ADN
contiene 5-metil-citosina.62 A pesar de la importancia de la 5-metil-citosina, sta
puede desaminarse para generar una base timina. Las citosinas metiladas son por
tanto particularmente sensibles a mutaciones.63 Otras modificaciones de bases

incluyen la metilacin de adenina en bacterias y la glicosilacin de uracilopara


producir la "base-J" en kinetoplastos.64 65
Dao del ADN
Vase tambin: Mutacin

Molcula de benzopireno, mutgeno presente por ejemplo en el humo del tabaco,


ligada una hlice de ADN.66
El ADN puede resultar daado por muchos tipos demutgenos, que cambian la
secuencia del ADN: agentes alquilantes, adems deradiacin electromagnticade
alta energa, como luzultravioleta y rayos X. El tipo de dao producido en el ADN
depende del tipo de mutgeno. Por ejemplo, la luz UV puede daar al ADN
produciendo dmeros detimina, que se forman por ligamiento cruzado entre
bases pirimidnicas.67 Por otro lado, oxidantes tales como radicales libres o
elperxido de hidrgenoproducen mltiples daos, incluyendo modificaciones de
bases, sobre todo guanina, y roturas de doble hebra (double-strand breaks).68 En
una clula humana cualquiera, alrededor de 500 bases sufren dao oxidativo cada
da.69 70 De estas lesiones oxidativas, las ms peligrosas son las roturas de doble
hebra, ya que son difciles de reparar y pueden producir mutaciones
puntuales, inserciones y deleciones de la secuencia de ADN, as
como translocaciones cromosmicas.71
Muchos mutgenos se posicionan entre dos pares de bases adyacentes, por lo
que se denominan agentes intercalantes. La mayora de los agentes intercalantes
son molculas aromticas y planas, como el bromuro de etidio, la daunomicina,

la doxorubicina y la talidomida. Para que un agente intercalante pueda integrarse


entre dos pares de bases, stas deben separarse, distorsionando las hebras de
ADN y abriendo la doble hlice. Esto inhibe latranscripcin y la replicacin del
ADN, causando toxicidad y mutaciones. Por ello, los agentes intercalantes del
ADN son a menudo carcingenos: el benzopireno, las acridinas, la aflatoxina y
el bromuro de etidio son ejemplos bien conocidos.72 73 74 Sin embargo, debido a su
capacidad para inhibir la replicacin y la transcripcin del ADN, estas toxinas
tambin se utilizan enquimioterapia para inhibir el rpido crecimiento de las
clulascancerosas.75
El dao en el ADN inicia una respuesta que activa diferentes mecanismos de
reparacin que reconocen lesiones especficas en el ADN, que son reparadas en
el momento para recuperar la secuencia original del ADN. Asimismo, el dao en el
ADN provoca una parada en el ciclo celular, que conlleva la alteracin de
numerosos procesos fisiolgicos, que a su vez implica sntesis, transporte y
degradacin de protenas (vase tambin Checkpoint de daos en el ADN).
Alternativamente, si el dao genmico es demasiado grande para que pueda ser
reparado, los mecanismos de control inducirn la activacin de una serie de rutas
celulares que culminarn en la muerte celular.
Funciones biolgicas
Las funciones biolgicas del ADN incluyen el almacenamiento de informacin
(genes y genoma), la codificacin de protenas (transcripcin y traduccin) y su
autoduplicacin (replicacin del ADN) para asegurar la transmisin de la
informacin a las clulas hijas durante la divisin celular.
Genes y genoma
Vanse tambin: Ncleo celular, Cromatina, Cromosoma yGenoma.
El ADN se puede considerar como un almacn cuyo contenido es la informacin
(mensaje) necesaria para construir y sostener el organismo en el que reside, la
cual se transmite de generacin en generacin. El conjunto de informacin que
cumple esta funcin en un organismo dado se denomina genoma, y el ADN que lo
constituye, ADN genmico.
El ADN genmico (que se organiza en molculas de cromatina que a su vez se
ensamblan en cromosomas) se encuentra en el ncleo celular de los eucariotas,
adems de pequeas cantidades en lasmitocondrias y cloroplastos.
En procariotas, el ADN se encuentra en un cuerpo de forma irregular
denominado nucleoide.76
El ADN codificante

ARN polimerasa T7 (azul) produciendo un ARNm (verde) a partir de un molde de


ADN (naranja).77
Vase tambin:Gen
La informacin gentica de ungenoma est contenida en los genes, y al conjunto
de toda la informacin que corresponde a un organismo se le denomina
su genotipo. Un gen es una unidad de herencia y es una regin de ADN que
influye en una caracterstica particular de un organismo (como el color de los ojos,
por ejemplo). Los genes contienen un "marco de lectura abierto" (open reading
frame) que puede transcribirse, adems de secuencias reguladoras, tales
comopromotores y enhancers, que controlan la transcripcin del marco de lectura
abierto.
Desde este punto de vista, las obreras de este mecanismo son las protenas.
Estas pueden ser estructurales, como las protenas de los msculos, cartlagos,
pelo, etc., o funcionales, como lahemoglobina o las innumerables enzimas del
organismo. La funcin principal de la herencia es la especificacin de las
protenas, siendo el ADN una especie de plano o receta para producirlas. La
mayor parte de las veces la modificacin del ADN provocar una disfuncin
proteica que dar lugar a la aparicin de alguna enfermedad. Pero en
determinadas ocasiones, las modificaciones podrn provocar cambios
beneficiosos que darn lugar a individuos mejor adaptados a su entorno.
Las aproximadamente treinta mil protenas diferentes en el cuerpo humano estn
constituidas por veinte aminocidos diferentes, y una molcula de ADN debe
especificar la secuencia en que se unen dichos aminocidos.
En el proceso de elaborar una protena, el ADN de un gen se lee y se transcribe
a ARN. Este ARN sirve como mensajero entre el ADN y la maquinaria que
elaborar las protenas y por eso recibe el nombre de ARN mensajero o ARNm. El

ARN mensajero sirve de molde a la maquinaria que elabora las protenas, para
que ensamble los aminocidos en el orden preciso para armar la protena.
El dogma central de la biologa molecular estableca que el flujo de actividad y de
informacin era: ADN ARN protena. No obstante, en la actualidad ha
quedado demostrado que este "dogma" debe ser ampliado, pues se han
encontrado otros flujos de informacin: en algunos organismos (virus de ARN) la
informacin fluye de ARN a ADN; este proceso se conoce como "transcripcin
inversa o reversa", tambin llamada "retrotranscripcin". Adems, se sabe que
existen secuencias de ADN que se transcriben a ARN y son funcionales como
tales, sin llegar a traducirse nunca a protena: son los ARN no codificantes, como
es el caso de los ARN interferentes.34 35
El ADN no codificante
El ADN del genoma de un organismo puede dividirse conceptualmente en dos: el
que codifica las protenas (los genes) y el que no codifica. En muchas especies,
solo una pequea fraccin del genoma codifica protenas. Por ejemplo, solo
alrededor del 1,5 % del genoma humano consiste en exones que codifican
protenas (20 000 a 25 000 genes), mientras que ms del 90 % consiste en ADN
no codificante.78
El ADN no codificante (tambin denominado ADN basura o junk DNA)
corresponde a secuencias del genoma que no generan una protena (procedentes
de transposiciones, duplicaciones, translocaciones y recombinaciones de virus,
etc.), incluyendo losintrones. Hasta hace poco tiempo se pensaba que el ADN no
codificante no tena utilidad alguna, pero estudios recientes indican que eso es
inexacto. Entre otras funciones, se postula que el llamado "ADN basura" regula
la expresin diferencial de los genes.79 Por ejemplo, algunas secuencias tienen
afinidad hacia protenas especiales que tienen la capacidad de unirse al ADN
(como los homeodominios, los complejos receptores de hormonas esteroides,
etc.), con un papel importante en el control de los mecanismos de trascripcin y
replicacin. Estas secuencias se llaman frecuentemente "secuencias reguladoras",
y los investigadores suponen que solo se ha identificado una pequea fraccin de
las que realmente existen. La presencia de tanto ADN no codificante en genomas
eucariticos y las diferencias en tamao del genoma entre especies representan
un misterio que es conocido como el "enigma del valor de C".80 Los elementos
repetitivos tambin son elementos funcionales. Si no se considerasen as, se
excluira ms del 50 % de los nucletidos totales, ya que constituyen elementos de
repeticin. Recientemente, un grupo de investigadores de la Universidad de
Yale ha descubierto una secuencia de ADN no codificante que sera la

responsable de que los seres humanos hayan desarrollado la capacidad de


agarrar y/o manipular objetos o herramientas.81
Por otro lado, algunas secuencias de ADN desempean un papel estructural en
los cromosomas: los telmeros y centrmeroscontienen pocos o ningn gen
codificante de protenas, pero son importantes para estabilizar la estructura de los
cromosomas. Algunos genes no codifican protenas, pero s se transcriben en
ARN: ARN ribosmico, ARN de transferencia y ARN de interferencia(ARNi, que
son ARN que bloquean la expresin de genes especficos). La estructura de
intrones y exones de algunos genes (como los
de inmunoglobulinas y protocadherinas) son importantes por permitir los cortes y
empalmes alternativos del pre-ARN mensajero que hacen posible la sntesis de
diferentes protenas a partir de un mismo gen (sin esta capacidad no existira el
sistema inmune, por ejemplo). Algunas secuencias de ADN no codificante
representan pseudogenes que tienen valor evolutivo, ya que permiten la creacin
de nuevos genes con nuevas funciones.35Otros ADN no codificantes proceden de
la duplicacin de pequeas regiones del ADN; esto tiene mucha utilidad, ya que el
rastreo de estas secuencias repetitivas permite estudios de filogenia.
Transcripcin y traduccin
Artculos principales: Transcripcin (gentica) y Traduccin (gentica).
En un gen, la secuencia de nucletidos a lo largo de una hebra de ADN
se transcribe a un ARN mensajero (ARNm) y esta secuencia a su vez se traduce a
una protena que un organismo es capaz de sintetizar o "expresar" en uno o varios
momentos de su vida, usando la informacin de dicha secuencia.
La relacin entre la secuencia de nucletidos y la secuencia deaminocidos de la
protena viene determinada por el cdigo gentico, que se utiliza durante el
proceso de traduccin o sntesis de protenas. La unidad codificadora del cdigo
gentico es un grupo de tres nucletidos (triplete), representado por las tres letras
iniciales de las bases nitrogenadas (por ej., ACT, CAG, TTT). Los tripletes del
ADN se transcriben en sus bases complementarias en el ARN mensajero, y en
este caso los tripletes se denominan codones(para el ejemplo anterior, UGA,
GUC, AAA). En el ribosoma cada codn del ARN mensajero interacciona con una
molcula de ARN de transferencia (ARNt o tRNA) que contenga el triplete
complementario, denominado anticodn. Cada ARNt porta el aminocido
correspondiente al codn de acuerdo con el cdigo gentico, de modo que el
ribosoma va uniendo los aminocidos para formar una nueva protena de acuerdo
con las "instrucciones" de la secuencia del ARNm. Existen 64 codones posibles,
por lo cual corresponde ms de uno para cada aminocido (por esta duplicidad de

codones se dice que el cdigo gentico es un cdigo degenerado: no es unvoco);


algunos codones indican la terminacin de la sntesis, el fin de la secuencia
codificante; estoscodones de terminacin o codones de parada son UAA, UGA y
UAG (en ingls, nonsense codons o stop codons).34
Replicacin del ADN

Esquema representativo de la replicacin del ADN.


Artculo principal: Replicacin de ADN
La replicacin del ADN es el proceso por el cual se obtienen copias o rplicas
idnticas de una molcula de ADN. La replicacin es fundamental para la
transferencia de la informacin gentica de una generacin a la siguiente y, por
ende, es la base de la herencia. El mecanismo consiste esencialmente en la
separacin de las dos hebras de la doble hlice, las cuales sirven de molde para la
posterior sntesis de cadenas complementarias a cada una de ellas, que llevar
por nombre ARNm. El resultado final son dos molculas idnticas a la original.
Este tipo de replicacin se denominasemiconservativa debido a que cada una de
las dos molculas resultantes de la duplicacin presenta una cadena procedente
de la molcula "madre" y otra recin sintetizada.
Hiptesis sobre la duplicacin del ADN
En un principio, se propusieron tres hiptesis:

Semiconservativa: Segn el experimento de Meselson-Stahl, cada hebra


sirve de molde para que se forme una hebra nueva, mediante la
complentariedad de bases, quedando al final dos dobles hlices formadas
por una hebra antigua (molde) y una nueva hebra (copia).

Conservativa: Tras la duplicacin quedaran las dos hebras antiguas juntas


y, por otro lado, las dos hebras nuevas formando una doble hlice.

Dispersiva: Segn esta hiptesis, las hebras resultantes estaran formadas


por fragmentos en doble hlice ADN antiguo y ADN recin sintetizado.

Interacciones ADN-protena
Todas las funciones del ADN dependen de sus interacciones con protenas. Estas
interacciones pueden ser inespecficas, o bien la protena puede unirse de forma
especfica a una nica secuencia de ADN. Tambin pueden unirse enzimas, entre
las cuales son particularmente importantes las polimerasas, que copian las
secuencia de bases del ADN durante la transcripcin y la replicacin.
Protenas que unen ADN
Interacciones inespecficas

Interaccin de ADN con histonas (en blanco, arriba). Los aminocidos bsicos de
estas protenas (abajo a la izquierda, en azul) se unen a los grupos cidos de los
fosfatos del ADN (abajo a la derecha, en rojo).
Las protenas estructurales que se unen al ADN son ejemplos bien conocidos de
interacciones inespecficas ADN-protenas. En los cromosomas, el ADN se
encuentra formando complejos con protenas estructurales. Estas protenas
organizan el ADN en una estructura compacta denominada cromatina.
En eucariotas esta estructura implica la unin del ADN a un complejo formado por
pequeas protenas bsicas denominadas histonas, mientras que
enprocariotas estn involucradas una gran variedad de protenas.8283 Las histonas
forman un complejo de forma cilndrica denominadonucleosoma, en torno al cual
se enrollan casi dos vueltas de ADN de doble hlice. Estas interacciones
inespecficas quedan determinadas por la existencia de residuos bsicos en las
histonas, que forman enlaces inicos con el esqueleto de azcar-fosfato del ADN
y, por tanto, son en gran parte independientes de la secuencia de bases.84 Estos
aminocidos bsicos experimentan modificaciones qumicas
de metilacin, fosforilacin y acetilacin,85que alteran la fuerza de la interaccin

entre el ADN y las histonas, haciendo al ADN ms o menos accesible a


los factores de transcripcin y por tanto modificando la tasa de transcripcin.86
Otras protenas que se unen a ADN de manera inespecfica en la cromatina
incluyen las protenas del grupo de alta movilidad(HMG, High Mobility Group)
que se unen a ADN plegado o distorsionado.87 Estas protenas son importantes
durante el plegamiento de los nucleosomas, organizndolos en estructuras ms
complejas para constituir los cromosomas88 durante el proceso de condensacin
cromosmica. Se ha propuesto que en este proceso tambin intervendran otras
protenas, formando una especie de "andamio" sobre el cual se organiza la
cromatina; los principales componentes de esta estructura seran la
enzimatopoisomerasa II (topoIIalpha) y la condensina 13S.89 Sin embargo, el
papel estructural de la topoIIalpha en la organizacin de los cromosomas an es
discutido, ya que otros grupos argumentan que esta enzima se intercambia
rpidamente tanto en los brazos cromosmicos como en los cinetocoros durante
lamitosis.90
Interacciones especficas
Un grupo bien definido de protenas que unen ADN es el conformado por las
protenas que se unen especficamente a ADN monocatenario o ADN de hebra
sencilla (ssDNA). En humanos, la protena A de replicacin es la mejor conocida
de su familia y acta en procesos en los que la doble hlice se separa, como
lareplicacin del ADN, la recombinacin o la reparacin del ADN.91Estas protenas
parecen estabilizar el ADN monocatenario, protegindolo para evitar que forme
estructuras de tallo-lazo (stem-loop) o que sea degradado por nucleasas.

El factor de transcripcin represor del fago lambda unido a su ADN diana mediante
un motivo hlice-giro-hlice (helix-turn-helix).92
Sin embargo, otras protenas han evolucionado para unirse especficamente a
secuencias particulares de ADN. La especificidad de la interaccin de las
protenas con el ADN procede de los mltiples contactos con las bases de ADN, lo
que les permite "leer" la secuencia del ADN. La mayora de esas interacciones con
las bases ocurre en lahendidura mayor, donde las bases son ms accesibles.93
Las protenas especficas estudiadas con mayor detalle son las encargadas de
regular la transcripcin, denominadas por ello factores de transcripcin. Cada
factor de transcripcin se une a una secuencia concreta de ADN y activa o inhibe
la transcripcin de los genes que presentan estas secuencias prximas a sus
promotores. Los factores de transcripcin pueden efectuar esto de dos formas:

En primer lugar, pueden unirse a la polimerasa de ARN responsable de la


transcripcin, bien directamente o a travs de otras protenas mediadoras.
De esta forma. se estabiliza la unin entre la ARN polimerasa y el promotor,
lo que permite el inicio de la transcripcin.94

En segundo lugar, los factores de transcripcin pueden unirse


aenzimas que modifican las histonas del promotor, lo que altera la
accesibilidad del molde de ADN a la ARN polimerasa.95

Como los ADN diana pueden encontrarse por todo el genoma del organismo, los
cambios en la actividad de un tipo de factor de transcripcin pueden afectar a
miles de genes.96 En consecuencia, estas protenas son frecuentemente las
dianas de los procesos detransduccin de seales que controlan las respuestas a
cambios ambientales o diferenciacin y desarrollo celular.

La enzima de restriccin EcoRV (verde) formando un complejo con su ADN


diana.97
Enzimas que modifican el ADN

Nucleasas y ligasas
Las nucleasas sonenzimas que cortan las hebras de ADN mediante la catlisis de
la hidrlisis de losenlaces fosfodister. Las nucleasas que hidrolizan nucletidos a
partir de los extremos de las hebras de ADN se denominan exonucleasas,
mientras que las endonucleasascortan en el interior de las hebras. Las nucleasas
que se utilizan con mayor frecuencia en biologa molecular son las enzimas de
restriccin, endonucleasas que cortan el ADN por determinadas secuencias
especficas. Por ejemplo, la enzima EcoRV, que se muestra a la izquierda,
reconoce la secuencia de 6 bases 5-GAT|ATC-3, y hace un corte en ambas
hebras en la lnea vertical indicada, generando dos molculas de ADN con los
extremos romos. Otras enzimas de restriccin generan sin embargo extremos
cohesivos, ya que cortan de forma diferente las dos hebras de ADN. En la
naturaleza, estas enzimas protegen a las bacterias contra las infecciones
de fagos, al digerir el ADN de dicho fago cuando entra a travs de la pared
bacteriana, actuando como un mecanismo de defensa.98 En biotecnologa, estas
nucleasas especficas de la secuencias de ADN se utilizan en ingeniera
gentica para clonarfragmentos de ADN y en la tcnica de huella gentica.
Las enzimas denominadas ADN ligasas pueden reunir hebras de ADN cortadas o
rotas.99 Las ligasas son particularmente importantes en la replicacin de la hebra
que sufre replicacin discontinua en el ADN, ya que unen los fragmentos cortos de
ADN generados en la horquilla de replicacin para formar una copia completa del
molde de ADN. Tambin se utilizan en la reparacin del ADN y en procesos
de recombinacin gentica.99
Topoisomerasas y helicasas
Las topoisomerasas son enzimas que poseen a la vez actividad nucleasa y ligasa.
Estas protenas varan la cantidad de ADN superenrollado. Algunas de estas
enzimas funcionan cortando la hlice de ADN y permitiendo que una seccin rote,
de manera que reducen el grado de superenrollamiento. Una vez hecho esto, la
enzima vuelve a unir los fragmentos de ADN.59 Otros tipos de enzimas son
capaces de cortar una hlice de ADN y luego pasar la segunda hebra de ADN a
travs de la rotura, antes de reunir las hlices.100 Las topoisomerasas son
necesarias para muchos procesos en los que interviene el ADN, como
la replicacin del ADNy la transcripcin.60
Las helicasas son unas protenas que pertenecen al grupo de losmotores
moleculares. Utilizan energa qumica almacenada en los nuclesidos trifosfatos,
fundamentalmente ATP, para romper puentes de hidrgeno entre bases y separar
la doble hlice de ADN en hebras simples.101 Estas enzimas son esenciales para

la mayora de los procesos en los que las enzimas necesitan acceder a las bases
del ADN.
Polimerasas
Las polimerasas son enzimas que sintetizan cadenas de nucletidos a partir de
nuclesidos trifosfatos. La secuencia de sus productos son copias de cadenas de
polinucletidos existentes, que se denominan moldes. Estas enzimas funcionan
aadiendo nucletidos al grupo hidroxilo en 3' del nucletido previo en una hebra
de ADN. En consecuencia, todas las polimerasas funcionan en direccin 5 -->
3.102 En los sitios activos de estas enzimas, el nuclesido trifosfato que se
incorpora aparea su base con la correspondiente en el molde: esto permite que la
polimerasa sintentice de forma precisa la hebra complementaria al molde.
Las polimerasas se clasifican de acuerdo al tipo de molde que utilizan:

En la replicacin del ADN, una ADN polimerasa dependiente de


ADN realiza una copia de ADN a partir de una secuencia de ADN. La
precisin es vital en este proceso, por lo que muchas de estas polimerasas
tienen una actividad de verificacin de la lectura (proofreading). Mediante
esta actividad, la polimerasa reconoce errores ocasionales en la reaccin
de sntesis, debido a la falta de apareamiento entre el nucletido errneo y
el molde, lo que genera un desacoplamiento (mismatch). Si se detecta un
desacoplamiento, se activa una actividadexonucleasa en direccin 3 --> 5
y la base incorrecta se elimina.103 En la mayora de los organismos las ADN
polimerasas funcionan en un gran complejo denominadoreplisoma, que
contiene mltiples unidades accesorias, comohelicasas.104

Las ADN polimerasas dependientes de ARN son una clase especializada


de polimerasas que copian la secuencia de una hebra de ARN en ADN.
Incluyen la transcriptasa inversa, que es una enzima viral implicada en la
infeccin de clulas porretrovirus, y la telomerasa, que es necesaria para la
replicacin de los telmeros.105 43 La telomerasa es una polimerasa inusual,
porque contiene su propio molde de ARN como parte de su estructura.44

La transcripcin se lleva a cabo por una ARN polimerasa dependiente de


ADN que copia la secuencia de una de las hebras de ADN en ARN. Para
empezar a transcribir un gen, la ARN polimerasa se une a una secuencia
del ADN denominadapromotor, y separa las hebras del ADN. Entonces
copia la secuencia del gen en un transcrito de ARN mensajero hasta que
alcanza una regin de ADN denomimada terminador, donde se detiene y se
separa del ADN. Como ocurre con las ADN polimerasas dependientes de
ADN en humanos, la ARN polimerasa II (la enzima que transcribe la

mayora de los genes del genoma humano) funciona como un gran


complejo multiproteico que contiene mltiples subunidades reguladoras y
accesorias.106