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Existen multitud de protenas, como por ejemplo las histonas y los factores de
transcripcin, que se unen al ADN dotndolo de una estructura tridimensional
determinada y regulando su expresin. Los factores de transcripcin reconocen
secuencias reguladoras del ADN y especifican la pauta de transcripcin de los
genes. El material gentico completo de una dotacin cromosmica se
denominagenoma y, con pequeas variaciones, es caracterstico de cadaespecie.
ndice
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1Historia de la gentica
2.1Componentes
2.2Apareamiento de bases
2.3Estructura
2.3.2Estructuras en cudruplex
2.5Sentido y antisentido
2.6Superenrollamiento
3Modificaciones qumicas
o
4Funciones biolgicas
o
4.1Genes y genoma
4.2Transcripcin y traduccin
5Interacciones ADN-protena
o
5.1.1Interacciones inespecficas
5.1.2Interacciones especficas
5.2.1Nucleasas y ligasas
5.2.2Topoisomerasas y helicasas
5.2.3Polimerasas
6Recombinacin gentica
8Tcnicas comunes
8.2Secuenciacin
8.4Southern blot
8.5Chips de ADN
9Aplicaciones
o
9.1Ingeniera gentica
9.2Medicina forense
9.3Bioinformtica
9.4Nanotecnologa de ADN
10Vase tambin
11Referencias
o
11.1Notas
11.2Bibliografa
12Enlaces externos
Historia de la gentica
Artculo principal: Historia de la gentica
En 1919 Phoebus Leveneidentific que un nucletido est formado por una base
nitrogenada, un azcar y un fosfato.5 Levene sugiri que el ADN generaba una
estructura con forma de solenoide (muelle) con unidades de nucletidos unidos a
travs de los grupos fosfato. En 1930 Levene y su maestro Albrecht
Kossel probaron que la nuclena de Miescher es un cido desoxirribonucleico
(ADN) formado por cuatro bases nitrogenadas (citosina (C), timina (T), adenina (A)
yguanina (G), el azcar desoxirribosa y un grupo fosfato, y que, en
su estructura bsica, el nucletido est compuesto por un azcar unido a la base y
al fosfato.6 Sin embargo, Levene pensaba que la cadena era corta y que las bases
se repetan en un orden fijo. En1937 William Astbury produjo el primer patrn
de difraccin de rayos X que mostraba que el ADN tena una estructura regular.7
del factor transformante que era capaz de hacer virulentas a cepas que
inicialmente no lo eran continu hasta 1944, ao en el cualOswald Avery, Colin
MacLeod y Maclyn McCarty realizaron un experimento hoy clsico. Estos
investigadores extrajeron la fraccin activa (el factor transformante) y, mediante
anlisis qumicos, enzimticos y serolgicos, observaron que no contena
protenas, ni lpidos no ligados, ni polisacridos activos, sino que estaba
constituido principalmente por "una forma viscosa de cido desoxirribonucleico
altamente polimerizado", es decir, ADN. El ADN extrado de las cepas bacterianas
S muertas por el calor lo mezclaron "in vitro" con cepas R vivas: el resultado fue
que se formaron colonias bacterianas S, por lo que se concluy inequvocamente
que el factor o principio transformante era el ADN.9
A pesar de que la identificacin del ADN como principio transformante an tard
varios aos en ser universalmente aceptada, este descubrimiento fue decisivo en
el conocimiento de la base molecular de la herencia, y constituye el nacimiento de
lagentica molecular. Finalmente, el papel exclusivo del ADN en la heredabilidad
fue confirmado en 1952 mediante los experimentos deAlfred Hershey y Martha
Chase, en los cuales comprobaron que elfago T2 transmita su informacin
gentica en su ADN, pero no en su protena10 (vase tambin experimento de
Hershey y Chase).
En cuanto a la caracterizacin qumica de la molcula, Chargaffrealiz en 1940
algunos experimentos que le sirvieron para establecer las proporciones de las
bases nitrogenadas en el ADN. Descubri que las proporciones de purinas eran
idnticas a las de pirimidinas, la equimolecularidad de las bases ([A]=[T],
[G]=[C]) y el hecho de que la cantidad de G+C en una determinada molcula de
ADN no siempre es igual a la cantidad de A+T y puede variar desde el 36 hasta el
70 por ciento del contenido total.6 Con toda esta informacin y junto con los datos
de difraccin de rayos Xproporcionados por Rosalind Franklin, James
Watson y Francis Crick propusieron en 1953 el modelo de la doble hlice de ADN
para representar la estructura tridimensional del polmero.11 En una serie de cinco
artculos en el mismo nmero de Nature se public la evidencia experimental que
apoyaba el modelo de Watson y Crick.12De stos, el artculo
de Franklin y Raymond Gosling fue la primera publicacin con datos de difraccin
de rayos X que apoyaba el modelo de Watson y Crick,13 14 y en ese mismo
nmero de Naturetambin apareca un artculo sobre la estructura del ADN
de Maurice Wilkins y sus colaboradores.15
Watson, Crick y Wilkins recibieron conjuntamente, en 1962, despus de la muerte
de Rosalind Franklin, el Premio Nobel en Fisiologa o Medicina.16 Sin embargo, el
debate contina sobre quin debera recibir crdito por el descubrimiento. 17
cido fosfrico:
Desoxirribosa:
Bases nitrogenadas:
Timina:
Citosina:
Adenina: 6-aminopurina.
Adenina:
Guanina:
Las bases nitrogenadas tienen una serie de caractersticas que les confieren unas
propiedades determinadas. Una caracterstica importante es su
carcter aromtico, consecuencia de la presencia en el anillo de dobles enlaces en
posicin conjugada. Ello les confiere la capacidad de absorber luz en la
zona ultravioleta delespectro en torno a los 260 nm, lo cual puede aprovecharse
para determinar el coeficiente de extincin del ADN y hallar la concentracin
existente de los cidos nucleicos. Otra de sus caractersticas es que
presentan tautomera o isomera de grupos funcionales, debido a que un tomo
de hidrgeno unido a otro tomo puede migrar a una posicin vecina; en las bases
nitrogenadas se dan dos tipos de tautomeras: tautomera lactama-lactima, donde
el hidrgeno migra del nitrgeno al oxgeno del grupo oxo (forma lactama) y
viceversa (forma lactima), y tautomeraimina-amina primaria, donde el hidrgeno
puede estar formando el grupo amina (forma amina primaria) o migrar al nitrgeno
adyacente (forma imina). La adenina slo puede presentar tautomera aminaimina, la timina y el uracilo muestran tautomera doble lactama-lactima, y la
guanina y citosina pueden presentar ambas. Por otro lado, y aunque se trate de
molculas apolares, las bases nitrogenadas presentan suficiente
carcter polar como para establecer puentes de hidrgeno, ya que tienen tomos
muyelectronegativos (nitrgeno y oxgeno) que presentan carga parcial negativa, y
tomos de hidrgeno con carga parcial positiva, de manera que se forman dipolos
que permiten que se formen estosenlaces dbiles.
Se estima que el genoma humano haploide tiene alrededor de 3000 millones de
pares de bases. Para indicar el tamao de las molculas de ADN se indica el
nmero de pares de bases, y como derivados hay dos unidades de medida muy
utilizadas, la kilobase (kb), que equivale a 1000 pares de bases, y
la megabase (Mb), que equivale a un milln de pares de bases.
Apareamiento de bases
Vase tambin: Par de bases
por tanto ms fuerte que el par de bases AT. Como consecuencia, tanto el
porcentaje de pares de bases GC como la longitud total de la doble hlice de ADN
determinan la fuerza de la asociacin entre las dos hebras de ADN. Las dobles
hlices largas de ADN con alto contenido en GC tienen hebras que interaccionan
ms fuertemente que las dobles hlices cortas con alto contenido en AT. 31 Por
esta razn, las zonas de la doble hlice de ADN que necesitan separarse
fcilmente tienden a tener un alto contenido en AT, como por ejemplo la secuencia
TATAAT de la caja de Pribnow de algunospromotores.32 En el laboratorio, la
fuerza de esta interaccin puede medirse buscando la temperatura requerida para
romper los puentes de hidrgeno, la temperatura de fusin (tambin denominado
valor Tm, del ingls melting temperature). Cuando todas las pares de bases en una
doble hlice se funden, las hebras se separan en solucin en dos hebras
completamente independientes. Estas molculas de ADN de hebra simple no
tienen una nica forma comn, sino que algunas conformaciones son ms
estables que otras.33
Otros tipos de pares de bases
Hoogsteen: en este caso cambian los grupos de la base prica, que ofrece
una cara diferente (posiciones 6 y 7) y que forman enlaces con los grupos
de las pirimidinas de las posiciones 3 y 4 (como en Watson-Crick). Tambin
puede haber Hoogsteen reversos. Con este tipo de enlace pueden unirse
A=U (Hoogsteen y Hoogsteen reverso) y A=C (Hoogsteen reverso).
2. Estructura secundaria:
3. Estructura terciaria:
2.
En procariotas el ADN se pliega como una sper-hlice, generalmente en
forma circular y asociada a una pequea cantidad de protenas. Lo mismo ocurre
en orgnulos celulares como las mitocondrias y en loscloroplastos.
3.
En eucariotas, dado que la cantidad de ADN de cadacromosoma es muy
grande, el empaquetamiento ha de ser ms complejo y compacto; para ello se
necesita la presencia de protenas, como las histonasy otras protenas de
naturaleza no histnica (en losespermatozoides estas protenas son
lasprotaminas).34
4. Estructura cuaternaria:
puesto que las enzimas que replican el resto del ADN no pueden copiar los
extremos 3' de los cromosomas.43 Estas terminaciones cromosmicas
especializadas tambin protegen los extremos del ADN, y evitan que los sistemas
de reparacin del ADNen la clula los procesen como ADN daado que debe ser
corregido.44 En las clulas humanas, los telmeros son largas zonas de ADN de
hebra sencilla que contienen algunos miles de repeticiones de una nica
secuencia TTAGGG.45
Estas secuencias ricas en guanina pueden estabilizar los extremos cromosmicos
mediante la formacin de estructuras de juegos apilados de unidades de cuatro
bases, en lugar de los pares de bases encontrados normalmente en otras
estructuras de ADN. En este caso, cuatro bases guanina forman unidades con
superficie plana que se apilan una sobre otra, para formar una estructura
cudruple-G estable.46 Estas estructuras se estabilizan formandopuentes de
hidrgeno entre los extremos de las bases y laquelatacin de un metal inico en el
centro de cada unidad de cuatro bases.47 Tambin se pueden formar otras
estructuras, con el juego central de cuatro bases procedente, o bien de una hebra
sencilla plegada alrededor de las bases, o bien de varias hebras paralelas
diferentes, de forma que cada una contribuye con una base a la estructura central.
Adems de estas estructuras apiladas, los telmeros tambin forman largas
estructuras en lazo, denominadas lazos telomricos o lazos-T (T-loops en ingls).
En este caso, las hebras simples de ADN se enroscan sobre s mismas en un
amplio crculo estabilizado por protenas que se unen a telmeros.48 En el extremo
del lazo T, el ADN telomrico de hebra sencilla se sujeta a una regin de ADN de
doble hebra porque la hebra de ADN telomrico altera la doble hlice y se aparea
a una de las dos hebras. Esta estructura de triple hebra se denomina lazo de
desplazamiento o lazo D (D-loop).46
Hendiduras mayor y menor
citosina
5-metil-citosina timina
Estructura de la citosina con y sin el grupo metilo. Tras la desaminacin, la 5-metilcitosina tiene la misma estructura que la timina.
Modificaciones de bases del ADN
Vase tambin:Metilacin
La expresin de los genes est influenciada por la forma en la que el ADN est
empaquetado en cromosomas, en una estructura denominada cromatina. Las
modificaciones de bases pueden estar implicadas en el empaquetamiento del
ADN: las regiones que presentan una expresin gnica baja o nula normalmente
contienen niveles altos de metilacin de las basescitosina. Por ejemplo, la
metilacin de citosina produce 5-metil-citosina, que es importante para la
inactivacin del cromosoma X.61El nivel medio de metilacin vara entre
organismos: el gusanoCaenorhabditis elegans carece de metilacin de citosina,
mientras que los vertebrados presentan un nivel alto hasta 1 % de su ADN
contiene 5-metil-citosina.62 A pesar de la importancia de la 5-metil-citosina, sta
puede desaminarse para generar una base timina. Las citosinas metiladas son por
tanto particularmente sensibles a mutaciones.63 Otras modificaciones de bases
ARN mensajero sirve de molde a la maquinaria que elabora las protenas, para
que ensamble los aminocidos en el orden preciso para armar la protena.
El dogma central de la biologa molecular estableca que el flujo de actividad y de
informacin era: ADN ARN protena. No obstante, en la actualidad ha
quedado demostrado que este "dogma" debe ser ampliado, pues se han
encontrado otros flujos de informacin: en algunos organismos (virus de ARN) la
informacin fluye de ARN a ADN; este proceso se conoce como "transcripcin
inversa o reversa", tambin llamada "retrotranscripcin". Adems, se sabe que
existen secuencias de ADN que se transcriben a ARN y son funcionales como
tales, sin llegar a traducirse nunca a protena: son los ARN no codificantes, como
es el caso de los ARN interferentes.34 35
El ADN no codificante
El ADN del genoma de un organismo puede dividirse conceptualmente en dos: el
que codifica las protenas (los genes) y el que no codifica. En muchas especies,
solo una pequea fraccin del genoma codifica protenas. Por ejemplo, solo
alrededor del 1,5 % del genoma humano consiste en exones que codifican
protenas (20 000 a 25 000 genes), mientras que ms del 90 % consiste en ADN
no codificante.78
El ADN no codificante (tambin denominado ADN basura o junk DNA)
corresponde a secuencias del genoma que no generan una protena (procedentes
de transposiciones, duplicaciones, translocaciones y recombinaciones de virus,
etc.), incluyendo losintrones. Hasta hace poco tiempo se pensaba que el ADN no
codificante no tena utilidad alguna, pero estudios recientes indican que eso es
inexacto. Entre otras funciones, se postula que el llamado "ADN basura" regula
la expresin diferencial de los genes.79 Por ejemplo, algunas secuencias tienen
afinidad hacia protenas especiales que tienen la capacidad de unirse al ADN
(como los homeodominios, los complejos receptores de hormonas esteroides,
etc.), con un papel importante en el control de los mecanismos de trascripcin y
replicacin. Estas secuencias se llaman frecuentemente "secuencias reguladoras",
y los investigadores suponen que solo se ha identificado una pequea fraccin de
las que realmente existen. La presencia de tanto ADN no codificante en genomas
eucariticos y las diferencias en tamao del genoma entre especies representan
un misterio que es conocido como el "enigma del valor de C".80 Los elementos
repetitivos tambin son elementos funcionales. Si no se considerasen as, se
excluira ms del 50 % de los nucletidos totales, ya que constituyen elementos de
repeticin. Recientemente, un grupo de investigadores de la Universidad de
Yale ha descubierto una secuencia de ADN no codificante que sera la
Interacciones ADN-protena
Todas las funciones del ADN dependen de sus interacciones con protenas. Estas
interacciones pueden ser inespecficas, o bien la protena puede unirse de forma
especfica a una nica secuencia de ADN. Tambin pueden unirse enzimas, entre
las cuales son particularmente importantes las polimerasas, que copian las
secuencia de bases del ADN durante la transcripcin y la replicacin.
Protenas que unen ADN
Interacciones inespecficas
Interaccin de ADN con histonas (en blanco, arriba). Los aminocidos bsicos de
estas protenas (abajo a la izquierda, en azul) se unen a los grupos cidos de los
fosfatos del ADN (abajo a la derecha, en rojo).
Las protenas estructurales que se unen al ADN son ejemplos bien conocidos de
interacciones inespecficas ADN-protenas. En los cromosomas, el ADN se
encuentra formando complejos con protenas estructurales. Estas protenas
organizan el ADN en una estructura compacta denominada cromatina.
En eucariotas esta estructura implica la unin del ADN a un complejo formado por
pequeas protenas bsicas denominadas histonas, mientras que
enprocariotas estn involucradas una gran variedad de protenas.8283 Las histonas
forman un complejo de forma cilndrica denominadonucleosoma, en torno al cual
se enrollan casi dos vueltas de ADN de doble hlice. Estas interacciones
inespecficas quedan determinadas por la existencia de residuos bsicos en las
histonas, que forman enlaces inicos con el esqueleto de azcar-fosfato del ADN
y, por tanto, son en gran parte independientes de la secuencia de bases.84 Estos
aminocidos bsicos experimentan modificaciones qumicas
de metilacin, fosforilacin y acetilacin,85que alteran la fuerza de la interaccin
El factor de transcripcin represor del fago lambda unido a su ADN diana mediante
un motivo hlice-giro-hlice (helix-turn-helix).92
Sin embargo, otras protenas han evolucionado para unirse especficamente a
secuencias particulares de ADN. La especificidad de la interaccin de las
protenas con el ADN procede de los mltiples contactos con las bases de ADN, lo
que les permite "leer" la secuencia del ADN. La mayora de esas interacciones con
las bases ocurre en lahendidura mayor, donde las bases son ms accesibles.93
Las protenas especficas estudiadas con mayor detalle son las encargadas de
regular la transcripcin, denominadas por ello factores de transcripcin. Cada
factor de transcripcin se une a una secuencia concreta de ADN y activa o inhibe
la transcripcin de los genes que presentan estas secuencias prximas a sus
promotores. Los factores de transcripcin pueden efectuar esto de dos formas:
Como los ADN diana pueden encontrarse por todo el genoma del organismo, los
cambios en la actividad de un tipo de factor de transcripcin pueden afectar a
miles de genes.96 En consecuencia, estas protenas son frecuentemente las
dianas de los procesos detransduccin de seales que controlan las respuestas a
cambios ambientales o diferenciacin y desarrollo celular.
Nucleasas y ligasas
Las nucleasas sonenzimas que cortan las hebras de ADN mediante la catlisis de
la hidrlisis de losenlaces fosfodister. Las nucleasas que hidrolizan nucletidos a
partir de los extremos de las hebras de ADN se denominan exonucleasas,
mientras que las endonucleasascortan en el interior de las hebras. Las nucleasas
que se utilizan con mayor frecuencia en biologa molecular son las enzimas de
restriccin, endonucleasas que cortan el ADN por determinadas secuencias
especficas. Por ejemplo, la enzima EcoRV, que se muestra a la izquierda,
reconoce la secuencia de 6 bases 5-GAT|ATC-3, y hace un corte en ambas
hebras en la lnea vertical indicada, generando dos molculas de ADN con los
extremos romos. Otras enzimas de restriccin generan sin embargo extremos
cohesivos, ya que cortan de forma diferente las dos hebras de ADN. En la
naturaleza, estas enzimas protegen a las bacterias contra las infecciones
de fagos, al digerir el ADN de dicho fago cuando entra a travs de la pared
bacteriana, actuando como un mecanismo de defensa.98 En biotecnologa, estas
nucleasas especficas de la secuencias de ADN se utilizan en ingeniera
gentica para clonarfragmentos de ADN y en la tcnica de huella gentica.
Las enzimas denominadas ADN ligasas pueden reunir hebras de ADN cortadas o
rotas.99 Las ligasas son particularmente importantes en la replicacin de la hebra
que sufre replicacin discontinua en el ADN, ya que unen los fragmentos cortos de
ADN generados en la horquilla de replicacin para formar una copia completa del
molde de ADN. Tambin se utilizan en la reparacin del ADN y en procesos
de recombinacin gentica.99
Topoisomerasas y helicasas
Las topoisomerasas son enzimas que poseen a la vez actividad nucleasa y ligasa.
Estas protenas varan la cantidad de ADN superenrollado. Algunas de estas
enzimas funcionan cortando la hlice de ADN y permitiendo que una seccin rote,
de manera que reducen el grado de superenrollamiento. Una vez hecho esto, la
enzima vuelve a unir los fragmentos de ADN.59 Otros tipos de enzimas son
capaces de cortar una hlice de ADN y luego pasar la segunda hebra de ADN a
travs de la rotura, antes de reunir las hlices.100 Las topoisomerasas son
necesarias para muchos procesos en los que interviene el ADN, como
la replicacin del ADNy la transcripcin.60
Las helicasas son unas protenas que pertenecen al grupo de losmotores
moleculares. Utilizan energa qumica almacenada en los nuclesidos trifosfatos,
fundamentalmente ATP, para romper puentes de hidrgeno entre bases y separar
la doble hlice de ADN en hebras simples.101 Estas enzimas son esenciales para
la mayora de los procesos en los que las enzimas necesitan acceder a las bases
del ADN.
Polimerasas
Las polimerasas son enzimas que sintetizan cadenas de nucletidos a partir de
nuclesidos trifosfatos. La secuencia de sus productos son copias de cadenas de
polinucletidos existentes, que se denominan moldes. Estas enzimas funcionan
aadiendo nucletidos al grupo hidroxilo en 3' del nucletido previo en una hebra
de ADN. En consecuencia, todas las polimerasas funcionan en direccin 5 -->
3.102 En los sitios activos de estas enzimas, el nuclesido trifosfato que se
incorpora aparea su base con la correspondiente en el molde: esto permite que la
polimerasa sintentice de forma precisa la hebra complementaria al molde.
Las polimerasas se clasifican de acuerdo al tipo de molde que utilizan: