Estructura de las Protenas

Contenido: Organizacin estructural y funcional de las protenas. Control

del plegamiento y de la estabilidad de las protenas sintetizadas en la
clula: Chaperonas, ubiquitinacin y proteasomas.
Objetivos. Al terminar el tema el alumno tiene que
1. Conocer las funciones que realizan las protenas en los organismos y el porqu de
su versatilidad (revisin).
2. Conocer los conceptos bsicos de cmo se forman las protenas, los tipos y
propiedades de los aminocidos (revisin).
3. Conocer los fundamentos de la estructura de las protenas, diferenciando entre
estructura primaria, secundaria terciaria y cuaternaria, los conceptos de dominios
y motivos proteicos, protenas multidominio, complejos multiproteicos y los
cambios conformacionales qumicos y de procesamiento que pueden sufrir las
protenas.
4. Conocer las bases de las interacciones entre protenas y como se estudian y
analizan.
5. Conocer los fundamentos del plegamiento y estabilidad de las protenas.
6. Conocer los controles de calidad que existen en la clula para controlar que las
protenas funcionen correctamente as como los mecanismos de eliminacin de las
protenas que no pasan los controles de calidad.

Bibliografa bsica:
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Bibliografa especfica:
Proporcionada por el profesor a partir de las publicaciones en revistas que
aparezcan a lo largo del curso.
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Major Histocompatibility Complex. Biomolecules 4(4), 994-1025.

1.

Importancia de las protenas

Las protenas son molculas que realizan prcticamente todas las

actividades celulares. Se estima que una clula de mamfero tpica tiene 10.000
protenas diferentes que realizan actividades muy diversas:

Catalizan las reacciones qumicas (enzimas) tanto en el interior

como en el exterior de la clula.

Proporcionan soporte mecnico, tanto en el interior como en el

exterior celular, y determinan la forma y la estructura de la clula
(citoesqueleto).

Son responsables de los movimientos de la clula y de los

movimientos que ocurren en el interior de la misma. Entre las principales
protenas implicadas en el movimiento estn la actina, la miosina y las
protenas motoras.

Realizan una amplia variedad de funciones reguladoras y actan

tanto a nivel celular como a nivel general del organismo (hormonas,
factores de crecimiento, factores de transcripcin).

Definen el fenotipo celular. Dependiendo de qu genes y por tanto

qu protenas se expresen, dos clulas con la misma dotacin gentica
pueden tener diferente fenotipo, por ejemplo, una clula endotelial y una
clula muscular.

Determinan qu sustancias entran o salen de la clula y de los

orgnulos (transportadores de membrana) y tambin actan como
transportadores de una parte a otra del cuerpo (ej. hemoglobina).

Median mecanismos muy especficos de reconocimiento molecular

(receptores, anticuerpos)

Participan en muchos tipos de respuesta defensiva del organismo

(ej. coagulacin de la sangre) y tambin pueden actuar como toxinas (ej.
toxina botulnica).
Cmo puede un tipo de molcula tener funciones tan variadas? La
explicacin reside en que las diferentes protenas pueden asumir estructuras
moleculares virtualmente ilimitadas. Sin embargo, cada protena tiene una
estructura especfica muy organizada que le permite realizar una funcin
particular. Esta estructura se denomina estructura nativa y corresponde a la
conformacin en que la energa libre de la protena es mnima. Uno de los
aspectos cruciales de su estructura es que las protenas tienen formas y
4

superficies que les permiten interactuar selectivamente con otras molculas, lo

que permite tener un alto grado de especificidad. Por ejemplo, un enzima
particular que corta el ADN es capaz de reconocer un segmento de ADN con una
secuencia especfica de ocho nucletidos, ignorando las otras 65.535 posibles
secuencias que puede formar este nmero de nucletidos.

2.

La composicin de las protenas

Las protenas son polmeros formados por aminocidos. Cada protena

est formada por una secuencia nica de aminocidos que da a la molcula sus
propiedades caractersticas. Muchas de las capacidades de una protena pueden
comprenderse examinando las propiedades qumicas de los aminocidos que la
constituyen. En la construccin de las protenas se utilizan normalmente 20
aminocidos diferentes. Todos los aminocidos tienen el denominado carbono
unido a cuatro grupos qumicos diferentes: un grupo amino (NH2), un grupo
carboxilo (COOH), un tomo de hidrgeno (H) y un grupo variable, llamado
cadena lateral o grupo R del que dependen las propiedades qumicas especficas
de cada aminocido. En una solucin acuosa neutra, el grupo carboxilo pierde
un protn y existe en un estado cargado negativamente (-COO-), y el grupo
amino acepta un protn y existe en un estado cargado positivamente (-NH3+).
Los tomos de carbono unidos a cuatro grupos diferentes pueden existir en dos
configuraciones (estereoismeros) especulares. Por eso, los aminocidos, con
excepcin de la glicina, pueden existir en forma D (dextro) o forma L (levo)
(estereoismeros), aunque los aminocidos utilizados para la sntesis de las
protenas en los ribosomas son siempre aminocidos en forma L. No obstante,
los microorganismos usan aminocidos D en la sntesis de ciertos pequeos
pptidos, incluyendo los de la pared celular y varios antibiticos (por ejemplo, la
gramicidina A).
Durante el proceso de sntesis, se forma una cadena en la que cada
aminocido se une al siguiente aminocido de la cadena formndose un largo
polmero continuo, no ramificado, llamado cadena polipeptdica o polipptido.
La unin entre los aminocidos de la cadena se realiza por un enlace del grupo
carboxilo de un aminocido al grupo amino del siguiente aminocido que se
incorpora a la cadena lo que produce la eliminacin de una molcula de agua
(condensacin). Esto forma el denominado enlace peptdico. En la clula, esta
reaccin ocurre en los ribosomas, cuando un aminocido es transferido desde
un transportador (el ARNt) al extremo de un polipptido en crecimiento. Una
vez incorporados a la cadena los aminocidos son llamados residuos. El primer
aminocido que forma la cadena tiene su grupo amino NH2 libre (residuo Nterminal) y el ltimo aminocido tiene su grupo COOH libre (residuo C-terminal).
Los tomos N del grupo amino, el carbono y el carbono del grupo COOH de
cada residuo del polipptido forman la cadena principal (esqueleto) del
polipptido, desde la cual se proyectan las cadenas laterales. Las propiedades
de estas cadenas laterales determinan las interacciones intra e intermoleculares
de las protenas y, por lo tanto su estructura, su actividad y sus relaciones con
otras molculas.

Tipos de aminocidos
Para entender las estructuras y funciones de las protenas es necesario conocer
algunas de las propiedades distintivas de los aminocidos, las cuales estn
determinadas por sus cadenas laterales. Las cadenas laterales de los
aminocidos varan en tamao, forma, carga, hidrofobicidad y reactividad. La
solubilidad de los aminocidos en agua depende de la polaridad de sus cadenas
laterales que a su vez determinan la carga del aminocido en funcin del pH de
la solucin. Basndose fundamentalmente en su solubilidad y carga, los
aminocidos se pueden clasificar en tres categoras: polares cargados, polares
no cargados y no polares. Entre los no polares, la cistena, glicina y prolina
tienen propiedades caractersticas que afectan en gran medida a las
propiedades de la cadena polipeptdica.
Aminocidos polares cargados. Los aminocidos de este grupo dos tipos de
aminocidos, cidos que incluyen el cido asprtico (Asp, D) y cido glutmico
(Glu, E) y bsicos que incluyen la lisina (Lys, K), arginina (Arg, R) e histidina (His,
H). A pH fisiolgico las cadenas laterales de estos aminocidos tienen siempre
carga. Es decir, las cadenas laterales contienen cidos y bases orgnicos
relativamente fuertes y, por ello, son capaces de formar enlaces inicos con
otras molculas cargadas de la clula. Por ejemplo, los residuos de arginina
positivamente cargados de las protenas histnicas estn unidos por enlaces
inicos a los grupos fosfato cargados negativamente del ADN. La histidina se
considera un aminocido polar cargado, aunque en la mayor parte de los casos
a pH fisiolgico est slo parcialmente cargado. Debido a su capacidad para
ganar o perder un protn en los rangos de pH fisiolgico la histidina es un
residuo particularmente importante en el sitio activo de muchas protenas.
Aminocidos polares no cargados. Las cadenas laterales de estos aminocidos
son dbilmente cidas o bsicas. Estos grupos no estn completamente
cargados a pH fisiolgico pero los tomos que contienen carga parcial positiva o
negativa pueden formar puentes de hidrgeno con otras molculas, incluyendo
el agua. Estos aminocidos frecuentemente son muy reactivos. En este grupo se
incluyen la asparagina (Asn, N) y la glutamina (Gln, Q) que son las amidas de
los cidos glutmico y asprtico y tienen un terminal carboxamida en vez de un
cido carboxlico as como la serina (Ser, S) y la treonina (Thr, T) que
presentan un grupo hidroxilo en el extremo de la cadena aliftica que les hace
hidroflicos.
7

Aminocidos no polares. Las cadenas laterales de estos aminocidos son

hidrofbicas y son incapaces de formar puentes electrostticos o interaccionar
con el agua. Las cadenas laterales de los aminocidos no polares normalmente
no poseen oxgeno o nitrgeno. Varan en la forma y tamao lo que permite que
puedan asociarse entre s mediante fuerzas de van der Waals e interacciones
hidrofbicas empaquetndose estrechamente en una espacio particular dentro
de una protena. Existen varios tipos de aminocidos no polares. Algunos
presentan cadenas alifticas como la valina (Val o V), leucina (Leu o L),
isoleucina (Ile o I) y metionina (Met o M). Otros tienen cadenas aromticas
como la fenilalanina (Phe, F), triptfano (Trp, W) y tirosina (Tyr, Y). En el grupo
de aminocidos no polares se incluyen la glicina (Gly, G), el aminocido ms
simple y el siguiente aminocido ms simple, alanina (Ala, A), que simplemente
aade un grupo metilo en su cadena lateral. La cadena lateral de la Gly es un
grupo hidrgeno y por esta razn la glicina es un aminocido muy importante.
Debido a esta cadena lateral tan corta, los residuos glicina proporcionan una
regin donde los esqueletos de dos polipptidos (o dos segmentos del mismo
polipptido) pueden aproximarse muy estrechamente. Adems, la glicina es
ms flexible que otros aminocidos y permite movimientos de partes del
esqueleto o que formen una bisagra. La cistena (Cys, C) es otro aminocido no
polar con propiedades caractersticas debido a que contiene un grupo SH
reactivo y frecuentemente se une de forma covalente a otro residuo cistena
formando un puente disulfuro (-S-S-). Estos puentes pueden establecerse entre
dos cistenas distantes en la misma protena o entre cistenas de dos protenas
diferentes. Los puentes ayudan a estabilizar las complejas formas de las
protenas, especialmente fuera de la clula donde estn sometidas a estrs
fsico y qumico. La prolina (Pro, P) es un aminocido hidrofbico que tambin
tiene propiedades especiales debido a que su cadena lateral est unida al
nitrgeno del carbono . Esto hace que el grupo -amino forme parte de un
anillo (formando un iminocido). Este anillo hace que la conformacin de este
aminocido sea ms restringida que la de otros aminocidos y tiene gran
importancia en la arquitectura de la protena. La prolina que realmente no se
ajusta a una estructura secundaria ordenada y rompe orden de la estructura
secundaria helicoidal (ver ms adelante). Adems el N de su enlace peptdico
produce modificaciones estricas que tienden a desestabilizar la estructura
helicoidal en los lugares donde aparece prolina.

No todos los aminocidos se encuentran en todas las protenas, ni se

distribuyen de manera equivalente. Por ejemplo, la cistena, el triptfano y la
metionina son aminocidos poco frecuentes que en conjunto constituyen un 5%
de los aminocidos de una protena. Sin embargo, los cuatro aminocidos,
leucina, serina, lisina y cido glutmico, son los ms abundantes y representan
el 32% de todos los residuos de aminocidos en una protena tpica. Otro
aspecto que conviene sealar es la existencia de alteraciones en las cadenas
laterales de los 20 aminocidos bsicos. No obstante, estas alteraciones se
producen despus de haberse incorporado en la cadena polipeptdica. Estas
alteraciones pueden dar lugar a cambios cruciales en una protena, por ejemplo
modificando su solubilidad o su interaccin con otras molculas.
El carcter de las cadenas laterales de los aminocidos es muy importante en la
estructura y la funcin de una protena. La mayor parte de las protenas solubles
estn construidas de modo que los residuos polares estn situados en la
superficie de la molcula donde pueden asociarse con el agua que les rodea y
contribuyen a la solubilidad de la protena en la solucin acuosa. En contraste,
los residuos no polares se sitan predominantemente en el interior de la
molcula. Los residuos hidrfobos del interior de la protena estn
frecuentemente estrechamente empaquetados creando una especie de
rompecabezas tridimensional del que quedan excluidas las molculas de agua.
Las interacciones hidrfobas entre las cadenas laterales no polares de estos
residuos son una fuerza que dirige el plegamiento de la protena y contribuyen a
la estabilidad de la protena total. En muchos enzimas, la actividad cataltica se
origina como consecuencia de la proyeccin de grupos polares reactivos de la
protena hacia una zona interior no polar. Esto puede permitir aumentar la
eficacia de las interacciones entre el enzima y el sustrato, ya que un ambiente
no polar puede aumentar las interacciones inicas entre grupos cargados que
seran debilitadas si hubiera competicin con el agua en un medio acuoso.
Algunas reacciones que en el medio acuoso transcurren muy lentamente, tienen
lugar en milsimas de segundo en el interior de una protena.
Adems de los aminocidos, muchas protenas contienen otros tipos de
componentes. Son las llamadas protenas conjugadas que incluyen las
nucleoprotenas (ligadas covalentemente o no covalentemente a cidos
nucleicos), lipoprotenas (ligadas a lpidos), glicoprotenas (ligadas a

carbohidratos) y protenas que se unen a otras molculas de bajo peso

molecular incluyendo metales o grupos conteniendo metales.
Se puede ver la disposicin de los aminocidos polares y no polares en la
protena soluble citocromo c. a) Los residuos residuos hidrfobos se muestran
en rojo, estn localizados principalmente en el centro de la protena, sobre todo
en la vecindad del grupo hemo central. En este enlace, (buscad la figura 6) se
muestran en verde las cadenas laterales hidroflicas del citocromo c que
aparecen en la superficie de la protena, en contacto con el medio acuoso.

3.

La estructura de las protenas

Las propiedades de una protena dependen de su estructura tridimensional.

Slo cuando una protena se encuentra en su estructura tridimensional correcta
o conformacin nativa (aquella en la que la energa libre es mnima), es capaz de
funcionar con eficiencia. En la estructura tridimensional de una protena
podemos diferenciar varios niveles de organizacin, cada uno de los cuales
depende de distintos tipos de interacciones.

Estructura primaria
Es la secuencia lineal de los aminocidos que componen la protena. Con los 20
aminocidos distintos, el nmero de polipptidos diferentes que pueden
formarse es 20n (n = nmero de aminocidos de la cadena). La mayora de los
polipptidos contienen ms de 100 aminocidos (y a veces miles) por lo que la
variedad de posibles secuencias es prcticamente ilimitada. La informacin del
orden preciso de los aminocidos de las protenas de un organismo est
codificada en el genoma de ese organismo. Una cadena corta de aminocidos
(20-30 residuos) se llama pptido. Las cadenas ms largas se llaman
polipptidos. Las cadenas polipeptdicas contienen generalmente entre 50 y
2000 aminocidos. El polipptido ms largo que se conoce se ha encontrado en
el msculo, es la protena titina que contiene ms de 30.000 aminocidos. En
general, reservamos el trmino protena para el polipptido (o complejo de
polipptidos) que tiene una estructura tridimensional bien definida.
El tamao de una protena se indica en daltons (Da, unidades de masa atmica)
o como su peso molecular, que es un nmero adimensional (el peso molecular

10

medio de un aminocido es 113). Por ejemplo, una protena de peso molecular

(PM) 10.000 tiene una masa de 10.000 daltons (Da), o 10 kilodaltons (kDa).
La secuencia de aminocidos contiene la informacin necesaria para determinar
la estructura tridimensional, y por lo tanto la funcin de una protena. Por eso,
la secuencia de aminocidos es importante, y los cambios que surjan como
consecuencia de mutaciones genticas en el ADN pueden llevar a protenas no
funcionales.
El primer ejemplo conocido de esta relacin entre secuencia y funcin de una
protena es el cambio en la secuencia de aminocidos de la hemoglobina que
causa una enfermedad denominada anemia falciforme. Esta enfermedad
hereditaria es consecuencia del cambio de un solo aminocido: un cido
glutmico (polar cargado) es sustituido por una valina (no polar). Este cambio en
la secuencia de la hemoglobina tiene un efecto crtico en su estructura a su vez
en la forma de los eritrocitos. En vez de aparecer como discos bicncavos, los
eritrocitos aparecen en forma de hoz lo que disminuye la capacidad de
transporte de oxgeno en las personas con esta enfermedad.
No todos los cambios de aminocidos tienen un efecto tan dramtico, como lo
demuestra la presencia de diferencias de secuencia en la misma protena en
organismos relacionados. El grado de tolerancia a estos cambios depende del
grado en que la forma de la protena o los residuos funcionales crticos sean
alterados.
La primera secuencia de aminocidos de una protena fue determinada por
Frederick Sanger y sus colaboradores en la Universidad de Cambridge a
principios de los 50. Se eligi para el estudio la insulina bovina, debido a su
disponibilidad y a su pequeo tamao (dos cadenas polipeptdicas de 21 y 30
aminocidos cada una). La secuenciacin de la insulina fue un hito en el recin
nacido campo de la biologa molecular, y revel que las protenas tienen una
subestructura que no es ni regular ni repetida. Con la llegada de las tcnicas que
permiten una secuenciacin rpida del ADN, la secuencia primaria de un
polipptido puede deducirse de la secuencia de nucletidos del gen que codifica
la protena. Actualmente se han secuenciado los genomas de cientos de
organismos, incluido el hombre y es posible determinar la secuencia de las
protenas que un organismo puede fabricar. Sin embargo, deducir la estructura
tridimensional de una protena a partir de la secuencia es todava un gran reto.

11

Estructura secundaria
Todas las molculas tienen una estructura tridimensional. Las protenas estn
formadas por uniones de un gran nmero de tomos y por tanto su forma es
compleja. El trmino conformacin hace referencia a la disposicin
tridimensional de los tomos de una molcula, es decir, a su organizacin
espacial. La estructura secundaria describe la conformacin de porciones de la
cadena polipeptdica. Los primeros estudios sobre la estructura secundaria de
una protena fueron realizados por Linus Pauling y Robert Corey en el California
Institute of Technology. Estos investigadores estudiando pptidos simples
llegaron a la conclusin de que las cadenas polipeptdicas existen en
conformaciones preferenciales que proporcionan el mximo nmero posible de
puentes de hidrgeno entre aminocidos prximos.
Se propusieron dos conformaciones. En una de ellas, el esqueleto del
polipptido se arrolla en espiral y adopta la forma de una hlice. Esta
conformacin se denomina hlice . El esqueleto se sita en el interior de la
hlice y las cadenas laterales sobresalen. La estructura helicoidal est
estabilizada por gran nmero de enlaces de hidrgeno que se forman entre el
tomo de oxgeno del grupo carbonilo (C=O) de cada aminocido y el tomo de
hidrgeno amido (N-H) del aminocido ubicado cuatro residuos ms adelante
en direccin al C-terminal. Este ordenamiento peridico de los enlaces confiere
a la hlice una direccionalidad, ya que todos los donantes del enlace de
hidrgeno tienen la misma orientacin.
Cada vuelta de la hlice est formada por 3,6 residuos. La distancia entre
residuos es de 1,5 y la distancia entre vueltas de 5,4 . En el esquema de una
hlice , los enlaces de hidrgeno estn representados como lneas
discontinuas. Se ve como las cadenas laterales de los aminocidos se proyectan
hacia fuera. Los patrones de difraccin de rayos X de las protenas producidas
durante los aos 50 confirmaron la existencia de la hlice primero en la
queratina del pelo y ms tarde en varias protenas que unen oxgeno, como la
mioglobina y la hemoglobina.
Hemos sealado que el esqueleto del polipptido ocupa el interior de la hlice y
las cadenas laterales se proyectan hacia fuera. La distribucin de las cadenas
laterales en la hlice puede crear hlices con propiedades muy diferentes. Por
ejemplo hlices polares, hlices hidrfobas o hlices anfipticas. La

12

proyecciones planares de las helices alfa tanto en forma de rueda (helical

wheel) como en la proyeccin de Wenxiang permiten visualizar de forma ms
intuitiva las superficies de la hlice alfa. (Representa por ejemplo las secuencias:
LSFAAAMNGLA INEGFDLLRSG y KEDAKGSEEE). En las protenas solubles en agua,
la superficie externa de una hlice contiene a menudo residuos polares en
contacto con el agua, mientras que las hlices en el interior de la protena
presentan superficies con residuos no polares.
La segunda conformacin propuesta por Pauling y Corey es la lmina , que
consiste en segmentos polipeptdicos cortos (5 a 8 residuos) extendidos
(aplanados) empaquetados lateralmente (hebras ). La lmina est
estabilizada por puentes de hidrgeno entre los grupos N-H y C=O de los enlaces
peptdicos de segmentos adyacentes. Los segmentos de una lmina pueden
pertenecer al mismo o a diferentes cadenas polipeptdicas. Como las hlices ,
las lminas tienen una direccionalidad definida por la orientacin del enlace
peptdico. Por esta razn, en una lmina los segmentos adyacentes pueden
estar orientados en la misma (paralela) u opuesta (antiparalela) direccin uno
con respecto a otro. En ambos ordenamientos, las cadenas laterales de los
aminocidos se proyectan alternativamente hacia arriba y hacia abajo del plano
de la lmina . Como en el caso de las hlices , las lminas pueden ser
tambin polares, hidrfobas o anfipticas.
La imagen muestra representaciones de hlice alfa y lmina indicando la
disposicin de los puentes peptdicos en el esqueleto peptdico y los puentes de
hidrgeno que permiten estabilizar estas estructuras. Como la hlice , la
lmina se encuentra en muchas protenas diferentes. Se encontr por primera
vez en la protena fibrona, que es el principal constituyente de la seda. Como
las hebras estn muy extendidas son muy resistentes a las fuerzas que tiran de
ellas (tensiles).
Las porciones de las cadenas polipeptdicas que no estn organizadas en hlices
o lminas pueden formar bisagras, vueltas, lazos o extensiones en forma de
dedo. Frecuentemente son las porciones ms flexibles de una cadena
polipeptdica y los sitios de mayor actividad biolgica. Las vueltas (turns) estn
formadas por 3-4 residuos localizados en la superficie de la protena que forman
vueltas muy cerradas que redirigen el esqueleto del polipptido de vuelta hacia
el interior. Estas estructuras en forma de U estn estabilizadas por puentes de
hidrgeno entre sus residuos finales como se muestra en la imagen de las
13

lminas . En estas vueltas son muy frecuentes los residuos glicina y prolina. La
falta de una cadena lateral en la glicina y la presencia de un pliegue en la prolina
permiten al citoesqueleto doblarse en una U muy cerrada. Las vueltas presentan
unas pocas estructuras bien definidas, mientras que los lazos o asas (loops)
tienen ms residuos y pueden estar formados de muchas maneras diferentes.
Por ejemplo, los anticuerpos son protenas producidas por el organismo que
presentan interacciones especficas con determinadas molculas (antgenos);
estas interacciones estn mediadas por unas series de asas en uno de los
extremos de la molcula de anticuerpo.
En las hlices suelen ser frecuentes la alanina, glutamato y leucina mientras
que la valina e isoleucina son ms frecuentes en hlices . La glicina, asparagina
y prolina son ms frecuentes en los giros. La valina, la treonina y la isoleucina
tienen ramificaciones del tomo de carbono lo que tiende a desestabilizar las
hlices , sin embargo se ajustan mejor a las hebras ya que sus cadenas
laterales se proyecta fuera del plano de la cadena principal. La serina, aspartato
y asparagina tienden a romper las hlices porque sus cadenas laterales tienen
dadores o aceptores de puentes de hidrgeno muy cerca de la cadena principal
donde compiten con los grupos NH y CO de dicha cadena. La prolina tiende a
desestabilizar tanto las hlices como las hebras por su estructura en anillo
que restringe el valor de rotacin entre el carbono del residuo anterior y el
tomo de N de la prolina.

Estructura terciaria.
Un nivel de orden superior a la estructura secundaria es la denominada
estructura terciaria, que describe la conformacin de la protena entera. La
estructura secundaria est estabilizada fundamentalmente por puentes de
hidrgeno entre tomos que forman los puentes peptdicos del esqueleto
proteico mientras que la estructura terciaria est estabilizada por una matriz de
puentes no covalentes entre las diferentes regiones de la protena. La estructura
secundaria est limitada principalmente a un pequeo nmero de
conformaciones pero la conformacin de la estructura terciaria es virtualmente
ilimitada. La figura muestra la estructura terciaria de una enzima kinasa de
protenas ribonucleasa en un modelo de cintas y en un modelo sin espacios. Las
hlices se muestran como hlices y las hebras como cintas aplanadas donde
las flechas indican la direccin N-C del polipptido. Los segmentos que no
adoptan una estructura secundaria regular forman vueltas y lazos. El sustrato de
14

la enzima (ATP) se muestra en rojo entre los dominios grande y pequeo de la

kinasa.
La estructura terciaria de una protena se determina normalmente usando la
tcnica de cristalografa de rayos X. En esta tcnica es preciso obtener la
protena en forma cristalina que es bombardeada por un haz muy fino de rayos
X. Los tomos de la protena dispersan (difractan) esta radiacin que llega a una
placa fotogrfica formando una imagen de puntos como los que se muestran en
la figura. El anlisis matemtico de estos patrones de difraccin permite deducir
la estructura que da lugar a esos patrones. La figura muestra el modelo de
difraccin de rayos X de la mioglobina, la primera molcula en la que se
determin su estructura terciaria. La informacin derivada de la posicin e
intensidad de los puntos puede ser usada para calcular las posiciones de los
tomos en la protena que difractan el haz. La estructura tridimensional de las
protenas pequeas (menos de 30 kDa) puede ser tambin determinada por
espectroscopa de resonancia magntica nuclear (NMR).
Basndose en su conformacin, las protenas pueden agruparse como protenas
fibrosas, con una forma muy alargada o como protenas globulares con una
forma compacta. La mayora de las protenas que actan como materiales
estructurales en el exterior de las clulas vivas son protenas fibrosas como
colgeno y elastina de los tejidos conectivos, queratinas del pelo, piel y uas y la
seda. Estas protenas estn formadas por largas hebras o por hojas aplanadas
que resisten las fuerzas de tensin y de cizallamiento (tangenciales) a la que son
expuestas. En contraste, la mayora de las protenas del interior de la clula son
globulares.
En los ltimos aos, ha aumentado el inters por el conocimiento de la
estructura de las protenas. Se han publicado unas 20.000 estructuras
tridimensionales de protenas y sigue aumentando gracias a los avances en la
tecnologa de cristalizacin de protenas y difraccin de rayos X. Dado que las
interacciones estabilizadoras son dbiles, la estructura terciaria de una protena
no se mantiene fija, sino que sufre fluctuaciones internas continuas y
momentneas. Este movimiento no se detecta por cristalografa de rayos X, que
solo proporciona una imagen congelada de la protena, pero pueden seguirse,
por ejemplo, por resonancia magntica nuclear. Las variaciones en la estructura
tienen consecuencias importantes en el funcionamiento y la regulacin de las
protenas. Las tcnicas espectroscpicas, como la resonancia magntica nuclear,
15

permiten monitorizar movimientos en las protenas que revelan cambios en los

puentes de hidrgeno o de las cadenas laterales externas y la rotacin completa
de los anillos aromticos de los residuos de tirosina y fenilalanina sobre uno de
los puentes simples. La importancia del papel de estos movimientos en la
funcin de las protenas est ilustrado en la representacin de la
acetilcolinesterasa (enzima responsable de la degradacin de las molculas de
acetilcolina que son liberadas a la hendidura sinptica tras la llegada de un
potencial de accin en una neurona colinrgica). A partir de su estructura
terciaria por cristalografa de rayos X, no se comprenda cmo entraban las
molculas de acetilcolina en el sitio cataltico del enzima, situado en el fondo de
una profunda hendidura en la molcula. De hecho, la estrecha entrada hasta el
sitio cataltico estaba bloqueada por la presencia de voluminosas cadenas
laterales de aminocidos (mostradas en prpura). Utilizando ordenadores de
alta velocidad, los investigadores han sido capaces de simular los movimientos
al azar de miles de tomos en el enzima. Estas simulaciones indican que los
movimientos dinmicos de las cadenas laterales en la protena pueden llevar a
un rpido cierre y apertura de un canal que permitira a las molculas de
acetilcolina a difundir hasta el punto cataltico del enzima. La figura muestra en
la izquierda la conformacin cerrada con las cadenas aromticas de la tirosina y
fenilalanina (en prpura) bloqueando la entrada. En la conformacin abierta
(parte derecha de la imagen) las cadenas han cambiado su posicin permitiendo
el paso a las molculas de acetilcolina.
Dominios y motivos proteicos
Los estudios de conformacin, funcin y evolucin de las protenas han revelado
la importancia crucial de una unidad de organizacin denominada dominio
proteico. El dominio proteico es una regin de la protena que presenta un
plegamiento estable y compacto que lo caracteriza. Los dominios suelen tener
una funcin caracterstica que muchas veces, aunque no siempre, es
independiente del resto de la protena. Se consideran tambin las unidades
bsicas de la estructura terciaria. Muchas protenas, particularmente las ms
grandes estn formadas por dos o ms dominios, que se pliegan
independientemente unos de otros. Por ejemplo la troponina c tiene dos
dominios y la fosfolipasa C tiene varios. Un dominio estructural se caracteriza
por algn aspecto estructural caracterstico por ejemplo un dominio rico en
prolinas, un dominio acdico, etc. Un dominio normalmente contiene entre 40 y

16

350 aminocidos. Los dominios son definidos a veces basndose en la

observacin de que la actividad de una protena se localiza en una pequea
regin. Por ejemplo, una regin particular de una protena puede ser
responsable de su actividad cataltica (por ej. un dominio kinasa) o la capacidad
de unirse a otra molcula o a la membrana. Los dominios funcionales se
identifican frecuentemente cortando la protena en su fragmento activo ms
pequeo con ayuda de proteasas. Una forma alternativa es realizar mutagnesis
de su ADN y comprobar su funcionalidad. Los diferentes dominios de una
protena frecuentemente representan partes que funcionan de forma semiindependiente. Por ejemplo podran unirse a diferentes factores como
coenzimas, sustratos, ADN o podran moverse independientemente uno de
otro. Algunos polipptidos que poseen ms de un dominio se piensa que se
debe a que genes que codificaban protenas ancestrales se han fusionado a lo
largo de la evolucin y cada dominio representa parte de una molcula
separada. Cada dominio de la fosfolipasa C, por ejemplo, se ha identificado
como homlogo en otra protena. Algunos dominios se han "barajado" durante
la evolucin apareciendo en diferentes protenas cuyas otras regiones muestran
poca a ninguna evidencia de relaciones evolutivas. La diferente combinacin de
dominios crea protenas que presentan combinaciones de actividades
exclusivas.
A pesar de la extraordinaria complejidad de la estructura tridimensional de las
protenas, a medida que se han ido analizando ms protenas se han observado
subestructuras comunes, o motivos, que consisten en combinaciones definidas
de estructuras secundarias tales como hlices y/o lminas . Parte de la
molcula de miosina est formada por hlices arrolladas una a otra (motivo
coiled-coil). Las dos hlices arrolladas forman una estructura en forma de bastn
en la protena. La proyeccin en rueda muestra la repeticin cada 7 aminocidos
(heptada). Cada crculo de 7 aminocidos representa dos vueltas de la hlice
alfa. Los aminocidos a y d son hidrofbicos e interactan entre s de modo que
existe una interaccin hidrofbica a lo largo de las dos hlices adyacentes.
Uno de los motivos ms complejos es el barril / que fue descubierto
originalmente en el enzima triosa fosfato isomerasa y que aparece en casi el
10% de los enzimas. Cada una de las 8 duelas del barril est formada por una
hebra . Las 8 hebras paralelas forman el ncleo interior del barril en el ncleo

17

de la protena y estn conectadas entre s por hlices en la superficie del

barril. La protena fluorescente verde (GFP) tiene una estructura en barril.
Los motivos son, por tanto, combinaciones particulares de estructuras
secundarias conectadas por asas, que se repiten en muchas protenas distintas.
El motivo hlice-lazo-hlice se ha encontrado en ms de 100 protenas
reguladoras que unen calcio (por ejemplo, la calmodulina presenta cuatro de
motivos HLH). Este motivo est formado por dos hlices conectadas por un
bucle corto el cual presenta varios residuos hidrfilos en posiciones invariables
en el bucle. Los tomos de oxgeno de los residuos invariables unen un in calcio
mediante enlaces de hidrgeno. Este motivo se denomina tambin "EF hand".
La calmodulina es una protena citoslica que contiene cuatro sitios de unin al
Ca2+, uno en cada uno de sus motivos EF hand. A concentraciones de Ca2+, por
encima de 5x10-7 M, la unin del Ca2+ a la protena cambia su conformacin
molecular. La Ca2+/calmodulina resultante se arrolla sobre las hlices expuestas
de varias protenas diana alterando su actividad.
Otro motivo es el dedo de zinc, tres estructuras secundarias, una hlice y dos
segmentos con orientacin antiparalela, forman un haz digitiforme que se
mantiene unido mediante un in de zinc que se une a un par de residuos de
cistena y un par de residuos de histidina en posiciones invariables. Este motivo
se encuentra principalmente en las protenas que se unen al ARN o al ADN.
Como ya hemos indicado muchas protenas, sobre todo las fibrosas, se asocian
mutuamente en oligmeros mediante un tercer motivo, espirales arrolladas. La
denominada cremallera de leucina es un motivos proteico con este tipo de
estructura. Cada cadena polipeptdica contiene segmentos de hlice en los
que los residuos hidrfobos, aunque aparentemente dispuestos al azar,
mantienen un patrn regular; una secuencia sptuple repetida. En el
heptmero, un residuo hidrfobo (a veces valina, alanina o metionina) se ubica
en la posicin 1 y un residuo de leucina, en la posicin 4. Adems la hlice es
anfiptica, los residuos hidrfilos quedan a un lado y los hidrfobos al otro. El
carcter anfiptico de estas hlices permite que dos, tres o cuatro hlices se
enrollen una alrededor de la otra y formen una espiral enrollada (por ejemplo,
la cola de la miosina).
Posteriormente veremos otros motivos proteicos. La presencia del mismo
motivo en distintas protenas con funciones similares indica con claridad que

18

durante la evolucin se conservaron estas combinaciones tiles de las

estructuras secundarias. Hasta la fecha, se han catalogado cientos de motivos y
en la actualidad las protenas se clasifican de acuerdo con ellos.

Protenas multidominio.
La organizacin de grandes protenas en mltiples dominios ilustra el
principio de que las molculas complejas se construyen a partir de componentes
ms simples. Al igual que los motivos de la estructura secundaria, los dominios
de la estructura terciaria se incorporan como mdulos en diferentes protenas.
Las protenas multidominio se cree que han surgido durante la evolucin por la
fusin de genes que codificaban protenas ancestrales de un solo dominio. De
este modo, una protena multidominio puede realizar distintas funciones
simultneamente. Como promedio, las protenas de mamfero tienden a ser
ms largas y contienen ms dominios que las protenas de organismos menos
complejos, como las levaduras o las moscas de la fruta.
El dominio del factor de crecimiento epidrmico (EGF) es un ejemplo de un
mdulo que est presente en diversas protenas. El EGF es una hormona
peptdica soluble pequea que se une a las clulas en el embrin y a la piel y al
tejido conjuntivo en los adultos e induce su divisin. Se genera por escisin
proteoltica entre dominios de EGF r1epetidos (verde) en la protena
precursora de EGF que queda anclada en la membrana celular por medio de un
dominio que atraviesa la membrana (azul). Los mdulos de EGF estn presentes
tambin en otras protenas y son liberados por proteolisis; estas protenas
incluyen el activador tisular del plasm ingeno (TPA), una proteasa utilizada
para disolver cogulos de sangre en vctimas de ataques cardacos; la protena
Neu, que interviene en la diferenciacin embrionaria; y la protena Notch, una
protena receptora en la membrana plasmtica que participa en procesos de
sealizacin en el desarrollo. Adems del dominio EGF, estas protenas
contienen dominios encontrados en otras protenas. Por ejemplo, el TPA posee
un dominio tripsina, una caracterstica comn en las enzimas que degradan
protenas.

Estructura cuaternaria
Muchas protenas como la miosina estn formadas solo por una cadena
peptdica, pero muchas otras estn formadas por ms de una cadena o
subunidad. Las subunidades pueden estar unidas por puentes covalentes
disulfuro, pero ms habitualmente se asocian mediante regiones hidrofbicas
que forman superficies complementarias entre polipptidos vecinos. Las
protenas formadas por subunidades se dice que tienen estructura cuaternaria.

19

Dependiendo de la protena, las cadenas polipeptdicas pueden ser idnticas

(hommeros) o no (hetermeros).

20

Cambios conformacionales en las protenas.

A medida que se sintetizan, o al finalizar su sntesis en los ribosomas, las
protenas suelen sufrir una serie de modificaciones que pueden afectar a su
actividad, a su vida media o a su localizacin celular. Las modificaciones pueden
ser qumicas o de procesamiento. Las primeras implican la unin de un grupo
qumico a los grupos libres NH2 o COOH en los extremos de una protena o a
un grupo reactivo de la cadena lateral de un residuo interno. Aunque las clulas
utilizan los 20 aminocidos de los que hemos hablado, los anlisis de las
protenas celulares revelan que contienen ms de 100 aminocidos diferentes.
Estas diferencias son debidas a modificaciones qumicas y habitualmente son
reversibles. Las modificaciones de procesamiento son irreversibles y no incluyen
las modificaciones qumicas de los aminocidos de forma individual.
La acetilacin, es la adicin de un grupo acetilo (CH3CO) al grupo amino del
residuo N-terminal y es la forma ms comn de modificacin qumica que afecta
aproximadamente al 80% de todas las protenas. Esta modificacin puede
desempear un papel importante en el control de la vida media de las protenas
dentro de las clulas, dado que las protenas no acetiladas son degradadas
rpidamente por las proteasas intracelulares.
Los residuos ubicados en el dominio terminal de algunas protenas de
membrana o cerca de l son modificados qumicamente por la adicin de
molculas de tipo lipdico. La fijacin de estas colas hidrfobas, cuya funcin
es anclar las protenas a la bicapa lipdica, constituye una de las formas por las
cuales las clulas fijan ciertas protenas en las membranas (ver la figura 2 de
este enlace).
Los grupos acetilo y otros grupos qumicos pueden tambin ser unidos a
residuos internos especficos de las protenas. Una importante modificacin es
la fosforilacin de residuos de serina, treonina, tirosina e histidina. Hay
numerosos ejemplos de protenas cuya actividad es regulada por fosforilacin y
desfosforilacin reversible. Las cadenas laterales de asparagina, serina y
treonina son sitios de glucosilacin, la adhesin de cadenas de hidratos de
carbono lineales y ramificados. Muchas protenas secretadas y protenas de
membrana contienen residuos glucosilados. Otras modificaciones posttranscripcionales encontradas en determinadas protenas son la hidroxilacin
de los residuos de prolina y lisina en el colgeno, la metilacin de residuos de
histidina en los receptores de membrana y la -carboxilacin del glutamato en
la protrombina, un factor coagulante esencial de la sangre.
Despus de su sntesis, algunas protenas sufren modificaciones
irreversibles que no conllevan cambios en los residuos individuales de los

21

aminocidos. Este tipo de alteraciones post-traduccionales se denominan a

veces de modificaciones de procesamiento. La forma ms comn es la escisin
enzimtica del enlace de una cadena principal peptdica mediante proteasas
que da lugar a la eliminacin de residuos C o N terminales de una cadena
polipeptdica. La escisin proteoltica es un mecanismo comn que puede
observarse en la activacin de enzimas que participan en la coagulacin de la
sangre, la digestin y la muerte celular programada. La protelisis genera
tambin se utiliza para producir hormonas peptdicas activas, como EGF e
insulina a partir de precursores de mayor tamao.

Complejos multiproteicos
La hemoglobina est formada por 4 subunidades pero se considera una protena
con una funcin nica. Sin embargo, existen muchos ejemplos en que diferentes
protenas cada una con una funcin especfica se asocian para formar un
complejo multiproteico. Uno de los primeros complejos multiproteicos
estudiados fue el complejo piruvato deshidrogenasa de la bacteria E. coli, que
est formado por 60 cadenas polipeptdicas formando tres enzimas distintas. El
complejo est formado por 24 copias de descarboxilasa de piruvato (E1), 24
copias de transacetilasa de lipoamidas (E2) y 12 copias de deshidrogenasa de
dihidrolipoilo (E3). Las subunidades E2 forman un ncleo en forma de cubo. Los
dmeros de piruvato descarboxilasa se distribuyen simtricamente en las aristas
del cubo y los dmeros E3 se disponen en las caras del cubo. Estas enzimas
catalizan una serie de reacciones que conectan dos vas metablicas, glicolisis y
ciclo de los cidos tricarboxlicos. Como las enzimas estn asociados
fsicamente, el producto de un enzima llega directamente al siguiente enzima
sin diluirse en el medio acuoso.
Los complejos multiproteicos que se forman en la clula no son
necesariamente ensamblajes estables, como la piruvato deshidrogenasa. De
hecho, la mayora de las protenas interactan unas con otras de forma
dinmica, asocindose y disocindose segn las condiciones de la clula en un
momento determinado. Las protenas que interactan tienden a tener
superficies complementarias. Frecuentemente desde una protena se proyecta
una porcin que ajusta en un hueco de la protena complementaria. Una vez las
dos molculas se han puesto en estrecho contacto, su interaccin estabilizada
por puentes no covalentes. Un ejemplo tpico es el dominio SH3 que aparece en
diferentes protenas implicadas en la sealizacin celular. Estos dominios
permiten la unin de protenas con regiones complementarias.

22

Adems de los motivos SH3 se conocen muchos otros dominios estructurales

que actan como adaptadores para mediar la interaccin entre protenas. En
muchos casos, las interacciones protenaprotena estn reguladas por
modificaciones, como la adicin de un grupo fosfato a un aminocido especfico
que puede aumentar o disminuir la afinidad de una protena por otra. A medida
que se van conociendo ms actividades moleculares complejas, se hace ms
evidente la importancia de las interacciones entre protenas. Por ejemplo,
procesos como la sntesis de ADN, la formacin de ATP y el procesamiento del
ARN son realizados por mquinas moleculares que consisten en gran nmero
de protenas que interactan, algunas de las cuales forman complejos estables y
otras transitorios. En la figura se ve la maquinaria de iniciacin de la
transcripcin del ARNm, formada por la ARN polimerasa, los factores generales
de transcripcin, un complejo mediador con unas 20 subunidades y otros
complejos proteicos no representados que se ensamblan en el promotor del
ADN.

4.

Interaccin entre protenas

Llamamos proteoma al inventario total de protenas producidas por un

organismo. El trmino proteoma se aplica tambin al inventario total de
protenas presentes en un tejido particular, clula u orgnulo celular (mirad en
este link, la figura 3). Se denomina protemica al campo de la bioqumica que
estudia el proteoma, es decir, al estudio sistemtico de las cantidades,
modificaciones, interacciones, localizacin y funciones de todas o de un gran
grupo de protenas en un sistema biolgico. Implica la utilizacin de tecnologas
avanzadas y ordenadores de alta velocidad que permiten abordar el estudio de
las interacciones existentes entre conjuntos de protenas. Un ejemplo de las
tcnicas usadas en protemica es el estudio de extractos de protenas mediante
geles bidimensionales como el que muestra la figura, en el que cada punto
representa un nico polipptido.
El estudio de conjuntos de protenas tiene importantes limitaciones, por
ejemplo, las protenas en cantidades muy bajas estn enmascaradas por las que
son muy abundantes. Otra limitacin es la presencia de distintas protenas que
se forman a partir de un mismo gen pero sufren modificaciones traduccionales o
postraduccionales. Para resolver estos problemas se acude a diferentes
mtodos: fraccionamiento, purificacin por afinidad, etc. La organizacin de la
clula eucariota en orgnulos proporciona tambin la oportunidad de estudiar
grupos de protenas aisladas en los orgnulos para comprender mejor los
procesos celulares tanto normales como patolgicos. Sin embargo, debemos
tener en cuenta que los orgnulos no son entidades fijas, sino estructuras
23

dinmicas que interactan unas con otras y se remodelan a s mismas en

respuesta a diversos estmulos. Por eso es improbable que se asigne un
proteoma fijo definitivo a cualquier orgnulo. Es necesario el anlisis de los
orgnulos celulares en diversas condiciones para comprender la naturaleza
dinmica de las funciones celulares. Entre los principales retos en el estudio de
la interaccin entre las protenas est el hecho de que el proteoma es una
entidad dinmica. El proyecto Genoma Humano se cre para identificar la
secuencia de nucletidos del genoma humano. En contraste, es ms difcil
definir la meta ltima de un "proyecto interactoma humano". Podemos
considerar que hay tantos "subproteomas" en el cuerpo humano como clulas y
condiciones. El proteoma est cambiando constantemente a travs del tiempo y
el espacio. Las versiones futuras de los mapas del interactoma tendrn que
tener en cuenta tambin esta dimensin.
Para estudiar las interacciones entre protenas se usan dos mtodos diferentes.
El mtodo inicial estaba basado en la gentica y utilizaba de dobles hbridos en
levaduras como se muestra en la figura. Este sistema ha permitido conocer
decenas de miles de interacciones entre protenas. Ms recientemente se utiliza
un mtodo basado en etiquetas de afinidad y espectroscopa de masas que
parece dar lugar a menos resultados engaosos.
Los resultados de stos y otros anlisis que predicen interacciones entre
protenas se han tabulado y organizado en bases de datos. Esto permite a los
investigadores que analizan un pequeo grupo de protenas descubrir
fcilmente con qu otras protenas de la misma clula se piensa que
interacciona ese grupo de protenas. Cuando se representa grficamente como
un mapa de interacciones de protenas, cada protena se representa por una
caja o un punto en una red bidimensional, con una lnea que conecta las
protenas entre las que se han encontrado interacciones. Cuando se
representan cientos de miles de protenas en el mismo mapa el diagrama se
hace enormemente complejo y nos permite conocer cunto se ha avanzado en
este campo. La imagen muestra un mapa de interacciones entre las protenas de
Drosophila agrupadas en tres grandes clases de localizacin subcelular: ncleo,
citoplasma y membrana plasmtica/espacio extracelular.
Se consideran mucho ms tiles las pequeas secciones del mapa centradas en
unas pocas protenas de inters. Por ejemplo, la figura 3-82 del Alberts, 2008
muestra una red de interacciones para las 5 protenas que forman la ubiquitina
ligasa SCF en una clula de levadura. Una de las subunidades (F-box) est

24

formada por 15 productos gnicos que se unen a distintos sets de protenas de

la propia SFC (protenas adaptadoras 1 y 2, cullina y enzima E2 de conjugacin
de ubiquitinas) o de otras estructuras y orgnulos. Estos mapas tienen varias
utilidades pero hay que tener precaucin en su interpretacin. Los mapas son
tiles para identificar la posible funcin de protenas no caracterizadas
previamente. Por ejemplo, el producto YDR196C de levadura se localiza en el
grupo de origen de replicacin y es probable que participe en las horquillas de
replicacin. No obstante hacen falta datos adicionales para que la asignacin
sea definitiva. Hay que tener precaucin en la interpretacin de estos datos
porque como resultado de la evolucin la misma protena puede ser usada
como parte de diferentes complejos proteicos con diferentes tipos de
funciones. Por ejemplo Skp1 en el cinetocoro y en el conjunto de la ATPasa de
H+ vacuolar no tiene la misma funcin que en la SCF ubiquitina ligasa. En
comparaciones entre mapas de interaccin en diferentes especies, las protenas
que muestran patrones similares de interaccin es posible que tengan funciones
similares en la clula y a medida que se conocen mejor sus interacciones los
resultados son ms tiles para inferir la posible funcin. Las comparaciones son
especialmente tiles para descifrar las funciones de las protenas humanas.
Los datos actuales sugieren que una protena humana tpica interacta con 5 a
15 diferentes protenas. Frecuentemente, cada uno de los diferentes dominios
en una protena multidominio se une a un juego diferente de protenas. De
hecho, se puede especular que las grandes estructuras multidominio pueden
haber evolucionado para facilitar estas interacciones.

25

5.

Plegamiento y estabilidad de las protenas

Desde que se conoci la estructura tridimensional de la mioglobina a

finales de los 50, qued clara la complejidad de la arquitectura de las protenas.
Inmediatamente, surgi una cuestin: cmo se origina en la clula esta
organizacin tridimensional? La primera idea sobre este problema se debe a las
observaciones de Christian Anfinsen del Instituto Nacional de la Salud en 1956.
Anfinsen estaba estudiando las propiedades de la ribonucleasa A, una pequea
enzima formada por un solo polipptido de 124 aminocidos con cuatro enlaces
disulfuro en distintas partes de la molcula.
Los puentes disulfuro de las protenas se rompen mediante el tratamiento
con agentes reductores como el mercaptoetanol (CH3CH2SH). Anfinsen observ
que para hacer accesibles estos enlaces disulfuro al agente reductor que la
protena deba estar parcialmente desplegada. El desplegamiento se llama
desnaturalizacin y puede conseguirse mediante diversos agentes fsicos (como
el calor o el pH extremo) o sustancias qumicas (como la urea o el hidrocloruro
de guanidina en concentraciones 6-8 M) que rompen las interacciones dbiles
no covalentes que estabilizan la conformacin nativa de una protena. Cuando
Anfinsen trat las molculas de ribonucleasa con mercaptoetanol y urea
concentrada encontr que la preparacin perda la actividad enzimtica, un
resultado esperable si las molculas de protena se desnaturalizaban. Cuando
eliminaba la urea y el mercaptoetanol de la preparacin, encontr para su
sorpresa que las molculas recuperaban su actividad enzimtica normal. Las
molculas activas de ribonucleasa que se haban vuelto a formar a partir de las
molculas desplegadas eran indistinguibles, estructural y funcionalmente, de las
molculas nativas presentes al principio del experimento.
Despus de extensos estudios de estos procesos, Anfinsen concluy: a) La
informacin necesaria para el plegamiento correcto de una protena est
contenida en su secuencia de aminocidos (autoensamblaje). b) El proceso de
plegamiento es espontneo y reversible. c) La conformacin nativa de una
protena existe porque es la forma termodinmicamente ms estable.
Cuando emerge del ribosoma un dominio de la protena que se est
sintetizando se forma en unos segundos una estructura compacta que contiene
la mayor parte de la estructura secundaria (hlices y lminas ) alineadas de
forma parecida a la estructura final. A partir de aqu se inicia un proceso ms
lento en el que tienen lugar ajustes entre las cadenas laterales hasta formar la
estructura nativa. Como una protena de tamao medio tarda varios minutos en
sintetizarse, gran parte del plegamiento se consigue antes. En las
representaciones del citocromo b562 se puede observar que en A ya est
presente casi toda la estructura secundaria.

26

En las dos pasadas dcadas ha aparecido una controversia sobre el

proceso de plegado sobre el que existen dos teoras. Una de ellas considera que
el proceso ocurre en etapas ordenadas a lo largo de una va definida a travs de
intermediarios especficos, plegados parcialmente. Una vez obtenido un
intermediario aparecen las claves que dirigen el proceso al siguiente
intermediario. De esta forma se reduce enormemente el casi infinito nmero de
conformaciones que podra alcanzar cada polipptido. Los diferentes
intermediarios que aparecen y desaparecen cuando ciertas protenas se pliegan
en tubo de ensayo daran apoyo a esta hiptesis.
El otro punto de vista, denominado normalmente como "nueva vista"
considera que no hay una va definida por la que una protena se pliega. Asume
que una poblacin de polipptidos desplegados poseera muchas
conformaciones diferentes y de acuerdo con los principios de la termodinmica
todos progresaran hasta estados de energa progresivamente ms bajos. Dado
que la conformacin nativa se considera la de ms baja energa, todos los
polipptidos llegaran a este estado independientemente de la va que sigan
para llegar. Los partidarios de esta teora frecuentemente describen el curso del
plegamiento de una protena como un "paisaje de energa", que muestra el
nmero de molculas con diferente contenido de energa a los diferentes
tiempos despus de su formacin. Un paisaje de energa para el plegamiento de
protenas aparece tpicamente como un embudo. La regin ms alta representa
la gran variedad de polipptidos no plegados presentes al principio del proceso
de plegamiento y el punto ms bajo las molculas que han alcanzado la
conformacin nativa y por tanto el final del proceso. Las protenas que
muestran evidencia de intermediarios de plegamientos se representan como
embudos con colinas y valles donde un polipptido puede quedar atrapado por
un periodo de tiempo antes de continuar hasta llegar al estado nativo. Se
sugiere que estas "trampas cinticas", que pueden contener polipptidos que
estn temporalmente mal plegados producen la impresin de la formacin de
intermediarios especficos.
Otro aspecto de inters en el estudio del plegamiento de las protenas se
refiere a los tipos de sucesos que ocurren durante las diferentes etapas del
plegamiento. Como se indica en la figura, los primeros sucesos durante el
plegamiento de la protena llevan a la formacin de gran parte de la estructura
secundaria de la molcula. Una vez que se han formado las hlices y las hojas
, el siguiente plegamiento se realiza debido a las interacciones hidrofbicas
que fuerzan a los residuos no polares a situarse en el ncleo central de la
protena. Tales interacciones hidrofbicas llevan al colapso del polipptido en
un estado compacto, llamado un "glbulo lquido" que recuerda la protena
nativa en la forma general y el modelo de plegamiento. En los glbulos lquidos
faltan muchos de los puentes entre cadenas laterales que mantienen las
27

protenas en su estructura terciaria final. Las etapas finales para alcanzar el

estado nativo incluyen: 1) la formacin de puentes no covalentes entre cadenas
laterales que llevan a un mayor empaquetamiento y 2) formacin de puentes
disulfuro covalentes. Existe un esquema alternativo, en el que el primer suceso
relevante es el colapso de la protena para formar una estructura compacta, y
solamente entonces se desarrolla de forma significativa la estructura
secundaria. Estudios recientes indican que para una protena dada puede
ocurrir una u otra va, e incluso tambin puede ocurrir un proceso intermedio
entre los dos esquemas. De momento nuestro conocimiento del plegamiento de
las protenas no nos permite predecir, a partir de la estructura primaria, qu
ruta de plegado seguir la protena.
Si asumimos que la informacin que gobierna el plegamiento est
contenida en la secuencia de aminocidos, las alteraciones de esta secuencia
pueden cambiar la va por la que una protena se pliega y conducir a una
protena con una estructura terciaria anmala. De hecho, muchas mutaciones
responsables de enfermedades hereditarias se ha demostrado que alteran la
estructura tridimensional de una protena. En algunos casos, las consecuencias
del mal plegamiento de las protenas pueden ser fatales.
La mayor parte de los estudios sobre plegamiento de las protenas in vitro
han utilizado protenas pequeas, de un solo dominio, y en condiciones de
dilucin muy alta y baja temperatura que minimizan los problemas de
plegamiento (por ejemplo, la agregacin). Sin embargo, incluso en esas
condiciones ideales, el plegamiento espontneo despus de la
desnaturalizacin, se observa slo para protenas pequeas que esconden
rpidamente los residuos hidrfobos. No todas las protenas son capaces de
llegar a su estructura terciaria final por un proceso de autoensamblaje. Esto no
se debe a que la estructura primaria de la protena no lleve la informacin
requerida para un plegado apropiado, sino porque las protenas que se estn
plegando pueden interaccionar no selectivamente con otras molculas en los
compartimentos celulares. La gran mayora de las protenas celulares, formadas
por mltiples dominios, se repliegan muy ineficientemente, debido a la
formacin de intermedios parcialmente plegados e intermedios mal plegados
que tienden a agregarse. El mal plegamiento de una cadena polipeptdica puede
ocurrir cuando regiones, normalmente separadas en la protena nativa,
interactan durante el proceso de plegamiento y forman especies estables
termodinmicamente. Estos estados no nativos de las protenas dejan
expuestos residuos hidrfobos que tienen tendencia a auto-asociarse en
agregados desordenados a travs de fuerzas hidrfobas.
El plegamiento dentro de las clulas difiere sustancialmente del replegamiento in vitro en soluciones diluidas, debido a que el plegamiento en la
28

clula debe conseguirse en un medio muy dinmico con una concentracin de

macromolculas muy elevada que favorece el plegamiento incorrecto de las
protenas y la agregacin (el medio interno de la clula presenta una
concentracin de molculas de 300 mg/ml).
Adems, el plegamiento de las protenas en las clulas se complica porque
es cotraduccional. Un dominio puede plegarse slo cuando su secuencia entera
ha emergido del ribosoma. El dominio N-terminal se pliega, mientras el dominio
C-terminal se est todava sintetizando. La velocidad de elongacin de la cadena
en eucariotas es aproximadamente de 4 aminocidos por segundo, de modo
que un polipptido de 1000 residuos requiere ms de 4 minutos para su sntesis.
En contraste, la formacin por colapso de un intermediario de plegamiento
ocurre en segundos. Por lo tanto, la sntesis de una protena es mucho ms lenta
que la formacin de los intermedios de plegamiento, los cuales pueden evitar
que los segmentos hidrfobos expuestos formen agregados de forma
espontnea. Por tanto, una protena naciente no puede plegarse establemente
pero tampoco puede permanecer extendida en el citosol. Esta situacin supone
un problema para las protenas nacientes, las cuales deben evitar durante su
sntesis la formacin de intermediarios mal plegados y la agregacin con otras
cadenas nacientes.
Por ltimo, otra caracterstica diferencial del medio celular es su alto grado
de compartimentalizacin. Esta propiedad fue revelada por experimentos de
recuperacin de la fluorescencia tras el fotoblanqueado (FRAP), en la que una
seccin de una clula de mamfero marcada con protenas o pequeos solutos
fluorescentes son fotoblanqueados y se mide la velocidad de difusin a medida
que las molculas fluorescentes se redistribuyen de nuevo en la regin
blanqueada. Estos experimentos indican que mientras los solutos pequeos
(<500 daltons) difunden libremente en el citosol, la difusin de las
macromolculas mayores, incluidas las protenas, es muy lenta. Estos hallazgos
implican que la mayor parte de los procesos celulares, incluido el plegamiento,
estn muy compartimentalizados y organizados espacialmente.
As entre el plegamiento in vitro e in vivo existen dos grandes diferencias:
En el primero la protena ya tiene toda la informacin disponible para plegarse;
en el segundo caso, el proceso es gradual. Adems, en este segundo caso hay
una aparicin progresiva del pptido. El medio intracelular es muy diferente
(mucho ms poblado y presenta compartimentos que retrasan la difusin de las
molculas grandes.

29

Factores facilitadores de plegamiento

Chaperonas moleculares
Isomerasas de prolinas peptdicas (PPI)
Isomerasas de disulfuro de protenas (PDI)
Las clulas utilizan mecanismos ms rpidos y eficientes de plegamiento.
Esto impide que la clula despilfarre energa en la sntesis de protenas no
funcionales y en la degradacin de las protenas mal plegadas. Las condiciones
celulares hacen que el plegamiento codificado en la secuencia de aminocidos
no sea espontneo, sino que requiere una compleja maquinaria celular pero
tambin gasto de energa. Varias familias de protenas han evolucionado para
ayudar a que las protenas desplegadas o mal plegadas consigan su
conformacin tridimensional. Entre ellas se encuentran las chaperonas
moleculares. Las chaperonas no aumentan la velocidad de plegamiento, pero
aumentan la eficiencia del proceso, reduciendo la probabilidad de que ocurran
otras reacciones que compiten con el plegamiento, como la agregacin. Otros
factores son catalizadores del plegamiento, acelerando las etapas lentas del
proceso, los ms importantes son las isomerasas de prolina peptdicas, que
aumentan la velocidad de la isomerizacin cis-trans de los enlaces peptdicos
que implican residuos de prolina y las isomerasas de disulfuro de protenas que
aumentan la velocidad de formacin y reorganizacin de los enlaces disulfuro
en las protenas que se estn plegando.
Las chaperonas se localizan en todos los compartimentos celulares y se
une a un amplio rango de protenas. Se reconocen dos familias de chaperonas.
1) Chaperonas moleculares que se unen y estabilizan protenas desplegadas o
parcialmente plegadas impidiendo que se agreguen y sean degradadas y 2)
Chaperoninas, que facilitan directamente el plegamiento de las protenas. Para
evitar confusiones cuando usemos el trmino chaperona no incluiremos a las
chaperoninas.
Las chaperonas moleculares estn formadas por la Hsp70 (Heat shock
protein) y sus homlogos: Hsp70 en el citosol y la matriz mitocondrial (mHsp70),
BiP en el retculo endoplsmico y DnaK en bacterias. La chaperona que
identific primeramente por su rpida aparicin despus de que una clula
fuera estresada por choque trmico fue la Hsp70 y sus homlogos son las
chaperonas principales en todos los organismos. Hsc70 es un homlogo de
Hsp70 que se expresa constitutivamente. Cuando se unen al ATP, las protenas
de tipo Hsp70 asumen una forma abierta en la cual una invaginacin hidrofbica
abierta transitoriamente se une a regiones hidrofbicas expuestas de la
protena diana. La hidrlisis del ATP unido a la chaperona hace que sta asuma
30

una forma cerrada que puede provocar el plegamiento de la protena diana. El

intercambio de ATP por ADP libera la protena diana. Este ciclo es acelerado por
la co-chaperona Hsp40 en eucariotas.
Se cree que las chaperonas moleculares se asocian a la cadena naciente del
ribosoma reconociendo una pequea regin de aminocidos hidrofbicos en la
superficie de la protena. Ayudados por las protenas Hsp40, las protenas Hsp70
unidas a ATP se unen a la protena diana e hidrolizan su ATP a ADP sufriendo
cambios conformacionales que hacen que las protenas Hsp70 se unan incluso
ms estrechamente a la protena diana. Cuando las protenas Hsp40 se disocian,
la rpida unin de ATP a las Hsp70 hace que stas se disocien de la protena
diana. En realidad, los ciclos repetidos de unin y liberacin de Hsp a la protena
diana ayudan al plegado stas ltimas.
La maquinaria de chaperonas moleculares est presente en todos los
tipos celulares y en los distintos compartimientos celulares, y evita la tendencia
a la agregacin de las protenas no nativas tanto en las protenas de nueva
sntesis, como en condiciones de estrs (por ejemplo, a altas temperaturas,
cuando las protenas nativas se desnaturalizan). Por eso, muchas chaperonas,
aunque se expresan constitutivamente, son sintetizadas en niveles mayores en
condiciones de estrs como ocurre en las protenas de choque trmico (Hsp).
En general, todas las chaperonas reconocen y presentan afinidad por los
grupos de aminocidos hidrfobos, expuestos por las protenas desplegadas o
parcialmente plegadas o subunidades no ensambladas, a los cuales se unen,
evitando as la formacin de agregados promiscuos. Ciertas chaperonas,
promueven el plegamiento a travs de ciclos de unin y separacin al sustrato
regulados por su actividad ATPasa y por protenas que actan como cofactores.
Las protenas Hsp70 se han encontrado en Eubacterias, en Arqueas, en el
citosol de eucariotas y tambin en el ncleo, mitocondrias, cloroplastos y
retculo endoplsmico. Se unen a fragmentos de aproximadamente 7
aminocidos hidrfobos de las cadenas polipeptdicas nacientes conforme son
sintetizadas en los ribosomas. Contribuyen a mantener desplegadas las
protenas que van a ser traslocadas a otros orgnulos. La Hsp70 mejor conocida
es su equivalente en bacterias (DnaK) de eubacterias. Acta en asociacin con
dos cofactores: una Hsp40 llamada DnaJ y un factor intercambiador de
nucletidos llamado GrpE. DnaK presenta dos conformaciones distintas, en una
de ellas est unida a ATP y deja expuesta una zona hidrfoba (azul) que se
asocia dbilmente a los segmentos hidrfobos de la protena que se est
sintetizando y en otra unida a ADP, debido a la accin combinada de DnaJ y el
sustrato que promueve la hidrlisis del ATP, DnaK se asocia ms estrechamente
a los segmentos hidrfobos de la protena que se est sintetizando. El paso de

31

una conformacin a otra est regulado por los cofactores DnaJ y GrpE. DnaJ
reconoce las secuencias hidrfobas de las protenas nacientes y las presenta a
DnaK-ATP. Adems, estimula la actividad ATPasa de DnaK y as facilita la captura
y la retencin del pptido. GrpE es un factor intercambiador de nucletidos que
induce la disociacin del ADP de DnaK y la entrada de ATP provocando la
liberacin del sustrato. El ciclo de unin/separacin puede repetirse varias
veces. Si la protena no se ha plegado correctamente pasar a las chaperonas
Hsp 60 (chaperoninas) que como hemos sealado actan sobre protenas que
han finalizado su sntesis.
Las chaperonas participan tambin en otros procesos como la clasificacin
de las protenas.
Chaperoninas: El plegamiento apropiado de otras protenas depende de
chaperoninas GroEL en procariotas. GroEL es un complejo proteico en forma de
barril de 14 subunidades idnticas de 60 kDa cada una, empaquetadas en dos
anillos apilados. Un extremo de GroEL es bloqueado de forma transitoria por la
cochaperonina GroES. En ausencia de ATP o presencia de ADP, GroEL se
encuentra en una conformacin "condensada" (tight) de modo las protenas
parcialmente plegadas o mal plegadas son insertadas en la cavidad de GroEL
donde se unen a su pared interna y se pliegan en su conformacin nativa. La
unin de ATP cambia GroEL a una conformacin ms abierta, "relajada" que
libera las protenas plegadas.
El esquema muestra una protena mal plegada capturada inicialmente por
interacciones hidrofbicas con algn borde de barril. La unin de ATP y de una
protena tapadera (GroES) aumenta el dimetro del borde del barril que puede
desplegar parcialmente la protena mal plegada de forma transitoria. Esto
tambin confina la protena en un espacio cerrado donde puede volver a
plegarse. Despus de unos 15 segundos, ocurre la hidrlisis del ATP debilitando
las interacciones del complejo. La unin de otra molcula de ATP facilita la
liberacin de la protena que puede estar plegada correctamente o no y el ciclo
se repite. Las dos mitades del barril no operan simultneamente.
Las chaperoninas son una familia de protenas con secuencias relacionadas de
unos 60 kDa que forman complejos multimricos con forma de barril
compuestos de dos anillos apilados cada uno de los cuales encierra una cavidad.
A diferencia de las Hsp70, las chaperoninas actan sobre las protenas que han
finalizado su sntesis. En los vertebrados, las chaperoninas se denominan Hsp60
en mitocondrias y TCP1 en el citosol y en bacterias GroEL. Las chaperoninas del
grupo I aparecen en eubacterias, mitocondrias y cloroplastos de eucariotas y
operan con cofactores de la familia Hsp10 que actan como tapadera de las
cavidades. Las chaperoninas del grupo II aparecen en arqueas y en el citosol de

32

eucariotas. Son independientes de Hsp10.

33

Las isomerasas de prolina peptdicas son enzimas que catalizan la

isomerizacin de los enlaces peptdicos que preceden a los residuos prolina de
cis a trans. Estas isomerizaciones son en muchos casos la etapa que limita la
velocidad de plegamiento de muchas protenas.
En las protenas el enlace peptdico plano aparece predominantemente en
conformacin trans. Los residuos de prolina tienen una probabilidad muy alta
de tener la conformacin cis. La isomerizacin cis/trans de los enlaces
peptdicos en el lado N-terminal de los residuos de prolina juega un papel muy
importante en el proceso de plegamiento de una protena. La isomerizacin del
enlace peptdico que precede a los residuos de prolina puede limitar la
velocidad de plegamiento de las protenas in vitro e in vivo. Se conocen tres
familias de PPIasas: las ciclofilinas (Cyp), inhibidas por la ciclosporina A (CsA), las
protenas de unin a FK506 (FKBPs), inhibidas por FK506 y las parvulinas. La
prolina tiende a desestabilizar tanto las hlices como las lminas porque su
tomo de N forma parte de un anillo lo que restringe el ngulo de rotacin del
enlace entre el tomo de carbono y el nitrgeno.
Las isomerasas de disulfuro de protenas (PDI) catalizan la oxidacin de
los grupos SH de las cistenas para formar enlaces disulfuro (-S-S-). La PDI es una
protena muy importante residente en el retculo endoplsmico. Casi todas las
cistenas en los dominios de una protena expuestos al espacio extracelular o a
la luz de los orgnulos de las vas secretoras y endocticas estn unidas por
puentes disulfuro. En contraste, se forman raramente puentes disulfuro en
dominios expuestos al citosol debido a su ambiente reductor.

34

6.

Control de calidad de las protenas

Una protena recin sintetizada a veces se pliega correctamente y se

ensambla con otras protenas espontneamente, sin necesidad de ayuda. Otras
protenas son ayudadas en su plegamiento por chaperonas moleculares:
primero por las protenas de la familia Hsp70, y si esto falla, por protenas de la
familia Hsp60. En ambos casos, las protenas diana son reconocidas por la
presencia de segmentos de aminocidos hidrfobos expuestos en su superficie.
Las protenas mal plegadas no son tiles a las clulas y adems pueden ser
peligrosas. Muchas protenas con regiones hidrfobas anormalmente expuestas
pueden formar grandes agregados que precipitan. En ciertos casos, estos
agregados provocan graves enfermedades en humanos. En las clulas existe un
importante sistema de control de calidad que evita estos desastres. Este sistema
reconoce segmentos hidrfobos de las protenas que estn expuestos
anormalmente y marcan la protena que lo contienen para que sea destruida
por el proteasoma. Este proceso depende de un sistema muy elaborado para
marcar las protenas con la protena ubiquitina. Juntos constituyen el sistema
ubiquitina-proteasoma. Este sistema destruye las protenas sintetizadas en el
citosol que no consiguen plegarse correctamente. Este sistema tambin se
aprovecha para eliminar las protenas mal plegadas que se sintetizan en el RE 1 y
muchas protenas citoslicas nativas cuya vida media est controlada por la
clula (por ejemplo, las ciclinas son protenas citoslicas cuya concentracin es
controlada estrechamente a lo largo del ciclo celular). En este ltimo caso, las
seales reconocidas por el sistema ubiquitina no son segmentos hidrfobos sino
otro tipo de seales de destruccin. Las ciclinas contienen una secuencia
interna: Arg-X-X-Leu-Gly-X-Ile-Gly-Asp/Asn (donde X puede ser cualquier
aminocido) que es reconocida por enzimas especficos que inducen su
ubiquitinacin. En diferentes periodos del ciclo celular determinadas ciclinas son
fosforiladas por una kinasa y la fosforilacin provoca un cambio conformacional
que expone esta secuencia de destruccin.
El sistema inmunitario utiliza tambin la va ubiquitina principalmente en
clulas infectadas por virus. En el citosol, las protenas virales son
ubiquitinizadas y degradadas en proteasomas designados especficamente para
esta funcin. Los pptidos resultantes son transportados al RE, donde se unen a
las molculas de MHC de clase I en la membrana del RE. A continuacin, los
complejos MHC-pptidos son trasladados hasta la membrana plasmtica donde
pueden ser reconocidos por los linfocitos T citotxicos que median la
destruccin de las clulas infectadas.

Esto requiere que las protenas sean exportadas fuera del RE. Lo veremos en otro tema ms
adelante.

35

Proteasoma
En eubacterias, mitocondrias y cloroplastos existen diversos complejos
proteolticos dependientes de ATP para destruir protenas. En arqueas y en las
clulas eucariotas la mquina proteoltica encargada de esta degradacin es el
proteasoma.
El proteasoma es un complejo enzimtico formado por un ncleo cataltico
(proteasoma 20S), que corresponde a la mnima unidad funcional, y varios tipos
de subunidades reguladoras que dan lugar a diferentes tipos de proteasomas.
Las subunidades reguladoras se localizan en los extremos del complejo 20S y se
encargan del reconocimiento del sustrato y mantenerlo desplegado en su
transporte hasta el ncleo 20S donde las protenas son degradadas. Los
proteasomas se localizan en el citosol y en el ncleo. Adems pueden estar
anclados a la membrana de orgnulos como el RE.
El ncleo 20S es una estructura cilndrica de 148 de altura y 113 de
dimetro, formada por el apilamiento de cuatro anillos heptamricos formados
por dos tipos de subunidades: y . El anillo primero y el cuarto estn
formados por subunidades y los anillos segundo y tercero por subunidades .
En procariotas todas las subunidades y son iguales, mientras que en
eucariotas existen 7 subunidades y 7 subunidades diferentes codificadas por
14 genes distintos. Las subunidades y forman un cilindro hueco de modo
que los sitios catalticos de las subunidades se disponen hacia el interior de la
cavidad. En el interior del complejo se delimitan tres cmaras: la cmara interna
o cataltica, formada por la regin de unin de los dos anillos y dos
antecmaras externas (precmaras) formadas por la regin de unin de un
anillo y uno , que aseguran que slo protenas desplegadas puedan entrar a
la cmara central cataltica. La cmara cataltica presentan numerosos puntos
proteolticos activos hacia el interior y se accede a ella a travs de las
precmaras.
La actividad proteoltica est asociada con 3 de las subunidades , cada
una de las cuales tiene una especificidad de sustrato diferente. La subunidad 1
hidroliza preferentemente enlaces peptdicos en el extremo carboxilo de
aminocidos cidos (actividad PGPH o peptidylglutamyl-peptide hydrolyzing
activity, tambin llamado caspase-like activity). La subunidad 2 hidroliza
preferentemente enlaces peptdicos en el extremo carboxilo de aminocidos
bsicos (actividad Tr-L o trypsinlike activity). La subunidad 5 hidroliza
preferentemente enlaces peptdicos en el extremo carboxilo de aminocidos
hidrofbicos (actividad Chym-L o chymotrypsin-like activity).
Mediante estudios genticos se ha establecido un orden de importancia

36

entre las diferentes actividades catalticas del proteasoma, siendo la ms

importante la actividad Chym-L, seguida de la actividad Tr-L y por ltimo la
Casp-L. El mecanismo proteoltico del proteasoma consiste en un ataque
nucleoflico llevado a cabo por el grupo hidroxilo (OH) (dador de electrones) de
una treonina N-terminal presente en las tres subunidades catalticas .
La puerta central formada por las subunidades , est normalmente
cerrada por la regin N-terminal de las siete subunidades , lo que mantiene al
proteasoma en un estado proteolticamente inactivo. Esto se consigue porque el
extremo N-terminal de la subunidad 3 interacciona con residuos conservados
en las otras subunidades. La delecin de la regin N-terminal de la subunidad 3
tiene como consecuencia la apertura del barril lo que facilita el acceso de los
sustratos.
La principal funcin del proteasoma 20S es la degradacin de protenas
oxidadas en un proceso que no requiere ATP. La degradacin de las protenas es
un proceso sucesivo (processive degradation) que da lugar a pptidos
inmunognicos de 3 a 20 residuos (con una longitud media de 8 a 12 residuos),
que son posteriormente degradados en su totalidad por peptidasas citoslicas.
Estos aminocidos quedan disponibles para la sntesis de nuevas protenas lo
que enfatiza el reciclado de los bloques de construccin de la clula.
Reguladores del proteasoma 20S
El barril cataltico que forma el proteasoma 20S se encuentra
normalmente cerrado y puede abrirse y pasar a una forma activa, bajo diversas
condiciones (tratamiento con calor, adicin de detergentes a bajas
concentraciones, etc.). En la clula, la apertura de los anillos tambin puede
inducirse mediante la unin de complejos reguladores como PA 700 (19S) o PA
28 (11S). El proteasoma 26S se forma por la unin al ncleo 20S de dos
partculas del complejo regulador 19S (PA700). La principal funcin del
proteasoma 26S es la degradacin de protenas que han sido previamente
marcadas con ubiquitina, aunque tambin puede degradar protenas no
ubiquitinizadas. La partcula 19S, formada por 18 subunidades, puede dividirse a
su vez en dos partes denominadas base y tapadera. La base est compuesta por
8 subunidades, seis de las cuales tienen actividad ATPasa (Rpt 1-6) y pertenecen
a la familia AAA (ATPases associated with a variety of celular activities) y son las
responsables del desplegamiento de las protenas, necesario antes de la
traslocacin de las mismas a la cmara proteoltica. Adems son responsables
de la apertura del complejo 20S ya que inducen el desplazamiento de los
extremos N-terminal de las subunidades , que permiten a la protena entrar en
la antecmara. Las otras dos subunidades (Rpn1 y Rpn2) actan como

37

reguladores. La parte superior de la partcula reguladora 19S se denomina

tapadera y est compuesta por al menos 10 subunidades no-ATPasas. Estas
subunidades contienen los sitios de unin para los sustratos ubiquitinizados
(proporcionando especificidad a la protelisis), sustratos no ubiquitinizados y
los enzimas que participan en la hidrlisis y reciclaje de las cadenas de
poliubiquitina. Es decir, la tapadera se encargara de eliminar la cadena de
ubiquitina, que sera reutilizada, antes de su entrada en el interior del
proteasoma.
El inmunoproteasoma se produce por una modificacin en la estructura
del proteasoma 20S donde las subunidades catalticas constitutivas 1, 2 y 5
son sustituidas por 1i (LMP2 o 9), 2i (MECL-1 o 10) y 5i (LMP7 o 8). Estas
tres subunidades son inducibles y reemplazan a las constitutivas
correspondientes durante la sntesis de novo del proteasoma, generndose
nuevos complejos 20S con sus propiedades proteolticas modificadas. La sntesis
del inmunoproteasoma se induce por las citoquinas pro-inflamatorias IFN y
TNF- o por LPS. Tambin se ha sealado un fuerte incremento de
inmunoproteasomas en las clulas endoteliales por NO. La fosforilacin del
factor de transcripcin CREB que veremos ms adelante parece activar la
expresin tanto de 1i como de 5i. El inmunoproteasoma presenta
propiedades proteolticas modificadas y se produce como consecuencia de un
incremento en la produccin de pptidos con mayor afinidad por las protenas
del MHC-I (Ver figura 2). Las clulas que funcionan como presentadoras de
antgenos en el timo, bazo y ndulos linfticos expresan las subunidades
inducibles de forma constitutiva, es decir presentan inmunoproteasomas de
forma constitutiva. El proteasoma es el responsable de la generacin de la
mayora de los ligandos de clase I ya que muchos de los pptidos resultantes de
la degradacin por el proteasoma poseen la secuencia C-terminal requerida
para la unin a las molculas del MHC-I. Las molculas de MHC-I correctamente
cargadas con los pptidos son transportadas a la superficie celular. En el
inmunoproteasoma existe una alta actividad quimiotripsina y tripsina, mientras
que la actividad tipo caspasa es menor. Hace unos aos se descubri una
subunidad cataltica del proteasoma llamada 5t que se expresa
especficamente en las clulas epiteliales del timo corticales y es homloga a la
5 y a la 5i. La presencia de 5t en los denominados timoproteasomas induce
una reduccin muy importante en la actividad de tipo quimiotripsina mientras
que las otras actividades tripsina y caspasa no estn afectadas.
Las modificaciones en las subunidades y la unin de diferentes reguladores
al ncleo 20S da lugar a diferentes tipos de proteasomas. Hasta ahora se
reconocen 4 tipos de particular reguladoras diferentes: PA700, PA28, PA28 y
PA200. Estas subunidades reguladoras pueden unirse a uno o ambos lados de la
partcula 20S o formar proteasomas hbridos cuando la partcula 20S se une a
38

dos reguladores distintos. A diferencia del inmunoproteasoma, el regulador

PA28 se encuentra en casi todos los tipos celulares incluso en ausencia de
estimulacin con citoquinas, pero en clulas con funciones especializadas de
presentacin de antgenos su actividad aumenta.
Ensamblaje del proteasoma
El ensamblaje del las subunidades que forman el proteasoma es un rea de
estudio activa. Algunas subunidades del proteasoma 20S poseen propiedades
de autoensamblaje, pero se requieren elementos adicionales para la
construccin del proteasoma, en particular chaperonas que interactan con
diferentes precursores proteasmicos. Un modelo de ensamblaje propone que
las subunidades y junto con propptidos son sintetizados como polipptidos
libres y se forma un anillo con la ayuda de la chaperona Pba3/4 que
interacciona selectivamente con la subunidad 5. Se ha identificado una
partcula intermedia 15S que contiene un anillo , las subunidades 2, 3, 4 y
dos chaperonas Pba1/2 y Ump1. Despus aparece un complejo (intermediario 7) que contiene todas las subunidades excepto la 7. En la siguiente etapa
aparece medio proteasoma con un anillo entero y un anillo entero pero an
asociado a las chaperonas Pba 1/2 y Ump1. Despus se produce la dimerizacin
de dos medios proteasomas formando el preholoproteasoma que an es
inmadura. La maduracin del proteasoma 20S se completa por el
procesamiento autocataltico de los propptidos y la degradacin de la
chaperona Ump1. La chaperona Pba 1/2 se libera despus de la maduracin y se
genera una partcula 20S funcional capaz de degradar protenas.
Existe un rpido avance en el conocimiento del sistema ubiquitinaproteasoma el cual parece jugar un papel importante en muchas enfermedades
degenerativas. La prdida de la funcin del proteasoma puede ser un
mecanismo comn de muchas enfermedades.
Ubiquitinacin de protenas.
En primer lugar, se produce la activacin de la ubiquitina, mediante la
unin covalente del grupo carboxilo de la ubiquitina al grupo SH de una cistena
localizada en el centro activo de la enzima activadora de ubiquitina (E1),
formndose un enlace tioester entre ambas en una reaccin dependiente de
ATP y catalizada por la enzima E1. De esta enzima E1 existen diferentes familias.
La ubiquitina activada es transferida desde la enzima E1 a otra cistena
localizada en el centro activo de las enzimas transportadoras o conjugadoras
(E2), pasando el enlace tioester a estas ltimas. Tambin existen varios tipos de
este grupo de enzimas. El siguiente paso tpicamente es la formacin de un
enlace isopeptdico entre la protena diana y la ubiquitina (entre el grupo
amino de un residuo lisina y el grupo carboxilo de la ubiquitina). Este enlace est
39

catalizado por enzimas ligasas E3 de ubiquitina. Se conocen y siguen

identificndose muchos tipos de ligasas de ubiquitina E3. Las enzimas E3 tienen
dos dominios funcionales: el primero facilita el reconocimiento especfico del
sustrato y el segundo est directamente involucrado en la unin de E2 al
sustrato. El reclutamiento de una ligasa E3 especfica para un determinado
sustrato est a menudo regulado por procesos de fosforilacin/desfosforilacin
de la protena sustrato.
La unin de nuevas molculas de ubiquitina a la primera
(poliubiquitinacin) se realiza normalmente por una repeticin del ciclo
catalizado por E1-E2-E3, pero tambin puede ser realizado por factores de
elongacin de la cadena de ubiquitina o E4s.
Cada nueva ubiquitina se une a la Lys48 de la ubiquitina anterior, siendo
necesarias al menos 4 ubiquitinas en la cadena para ser reconocidas por el
proteasoma 26S como seal de degradacin. La poliubiquitinacin puede ocurrir
en la Lys29 de la molcula de ubiquitina y tambin sirve como seal de
reconocimiento por el proteasoma 26S. Sin embargo la poliubiquitinacin en la
Lys63 no constituye una seal para su degradacin por el proteasoma sino que
parece estar relacionado con otros procesos celulares como reparacin del
ADN.
La ubiquitinacin de una protena no implica siempre que se trate de un
marcaje para la degradacin de las mismas. En este sentido, la
monoubiquitinacin de ciertas protenas permite que ejerzan una funcin
celular determinada, como sealizacin, activacin enzimtica, endocitosis,
estructural, etc. Adems, se han descrito funciones no cannicas de la
poliubiquitinacin, en el sentido de que en determinadas protenas la
poliubiquitinacin en Lys48 no constituye una seal de degradacin por el
proteasoma 26S, y viceversa, protenas poliubiquitinizadas en Lys63 pueden ser
degradadas por el proteasoma 26S.
Las ligasas de ubiquitina E3 suelen subdividirse en dos grupos en funcin
de que tengan un dominio HETC o un dominio RING. El dominio HETC de las E3s
tiene una regin N-terminal (N-lobe) que interacta con E2 y un lbulo C
terminal que contiene el sitio activo de la cistena. Estas E3s capturan ubiquitina
en la regin C-terminal antes de transferirla a la molcula diana. Las E3s con
dominios RING son protenas andamio que usan el dominio RING para unirse a
E2 y un dominio diferente para unirse al sustrato. El dominio RING de las E3s se
une a Zn2+ mediante residuos Cys e His. RING aproxima E2 y el sustrato y media
la transferencia de la ubiquitina al sustrato. En el SCF y otras protenas E3s de
mltiples subunidades con dominios RING, los dominios RING y de unin a
sustrato estn en diferentes polipptidos

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Un ejemplo de accin de las ligasas de ubiquitina E3 con dominio RING

puede verse en el ciclo celular donde la ligasas de ubiquitinas E3 SCF acta
durante la fase S y la fase G2 y la ligasa de ubiquitinas E3 APC/C acta durante la
fase M y la fase G1 (se estudiar con ms detalle en el tema de ciclo celular)

Seales de destruccin de las protenas

Las protenas tienen vidas medias muy variables que varan de minutos a
meses dependiendo del tipo de protena. El tiempo de vida promedio de las
protenas de la rata es de 1-2 das (pero vara entre 0,2 y 150 horas). La
hemoglobina humana tiene una vida media de 120 das y los factores de
coagulacin y hormonas polipeptdicas tienen vidas medias de minutos a horas.
En 1986, el grupo de Varshavsky encontr en Saccharomyces cerevisiae
que protenas modificadas con diferentes residuos N-terminales precedidos de
ubiquitina
(Ub--galactosidasa)
eran
escindidos
por
enzimas
desubiquitinizantes, y que dependiendo del aminocido N-terminal de la galactosidasa esta era degradada muy rpidamente con vidas medias que iban
desde ms de 20 horas a menos de 3 minutos. Esto permiti identificar las
primeras seales de degradacin en eucariotas que se denominan degrons. Un
degron es una regin de la secuencia aminoacdica y/o un determinante
conformacional que hace a la protena metablicamente inestable. Se
reconocen tanto N-degrons como C-degrons. Los primeros degrons se
encontraron en la regin N-terminal y se denominaron N-degrons.
Cmo se convierte un pre-N-degron en un N-degron? Los N-degrons
pueden estar escondidos en el interior de una secuencia de protenas y quedar
accesibles slo despus de un corte endoproteoltico. Las proteasas de
procesamiento pueden convertir los pre-N-degrons en N-degrons, bien
directamente generando un extremo N-terminal nuevo con un residuo
desestabilizante,
o
bien
creando
aminocidos
desestabilizantes
secundarios/terciarios. Todas las protenas se sintetizan con Met como
aminocido N-terminal. Segn la naturaleza del segundo residuo, la Met es
eliminada por la metionina amino peptidasa. Si el segundo aminocido es
desestabilizante no se elimina la metionina.
Los N-degrons son identificados por componentes de reconocimiento
denominados N-recogninas. Una serie de anlisis genticos en S. cerevisiae
permiti identificar la N-recognina Ubr1 y protenas implicadas en la generacin
de N-degrons. La Ubr1 en una ligasa E3 de ubiquitinas con dominio RING que se
une a un residuo desestabilizante primario y media la ubiquitinacin y posterior
degradacin de la protena por el proteasoma. Entre los sustratos de la Ubr1 se
encuentran residuos desestabilizantes primarios que pueden ser aminocidos

41

cargados positivamente (Arg, Lys, e His; tipo 1) o residuos hidrofbicos (Phe,

Trp, Tyr, Leu e Ile; tipo 2) lo que ha permitido establecer la denominada va de la
regla N-terminal (N-end rule pathway) clsica. En esta va, la Arg (R) es el degron
principal y puede ser generado por modificaciones postraduccionales como la
arginilacin y la desamidacin de pro-N-degrons. En eucariotas Asn (N) o Gln (Q)
son desaminados para generar Asp (D) o Glu (E) y estos a su vez son arginilados
para dar lugar a R. Arg es el residuo desestabilizante primario, D y E son
desestabilizantes secundarios y N y Q son desestabilizantes terciarios. Adems
del residuo desestabilizante en los N-degrons se requieren aspectos adicionales,
como una Lys (K) interna como sitio de poliubiquitinacin y una cierta extensin
N-terminal. La Cys (C) tambin puede ser un residuo desestabilizante terciario
siendo oxidada a CysO2 o CyO3(H) antes de la arginilacin que la transforme en
R. Un estudio reciente ha identificado una regla N-terminal alternativa en S.
cerevisiae en la cual los residuos N-terminales acetilados (lo que ocurre en la
mayora de las protenas) actan como N-degrons. Esta figura muestra un
ejemplo de generacin de degrons por especies reactivas al oxgeno a travs de
una cistena como residuo desestabilizante terciario.
En bacterias los residuos desestabilizantes secundarios Arg (R), Lys (L) y
Met (M) son conjugados con Leu (L) o Phe por una transferasa de grupos
aminoacilos para generar los degrons Leu y Phe. Los residuos desestabilizantes
secundarios Asp (D) y Glu (E) tambin pueden ser conjugados con Leu (L)
generando el degron Leu. Los residuos desestabilizantes primarios Leu (L) Phe
(F), Trp (W) y Tyr (Y) son reconocidos por la N-recognina ClpS que entrega los
sustratos al complejo proteasa ClpAP sin implicar ubiquitinas o molculas tipo
ubiquitina.
La selectividad del sustrato en la va de la regla N-terminal est controlada
por el reconocimiento de N-degrons por las N-recogninas que en eucariotas
llevan a la ubiquitinacin y protelisis a travs del proteasoma. La selectividad
del sustrato fue puesta en evidencia cuando se descubri la secuencia UBR que
est conservada en muchas N-recogninas y el es dominio de reconocimiento de
sustrato. Las denominadas N-recogninas cannicas poseen la secuencia UBR
(sitio de unin de los residuos tipo 1), el dominio N (sitio de unin de los
residuos tipo 2, el dominio RINGER (dominio de ubiquitinacin) y el dominio
autoinhibidor que bloquea estricamente la secuencia UBR y el dominio N
mediante interaccin intramolecular. Existen UBRs (UBR4 y UBR7) denominadas
no cannicas que son evolutivamente divergentes. Basndose en ensayos de
unin y degradacin al sustrato UBR1, UBR2, UBR4 y UBR5 se clasifican como Nrecogninas y UBR3, UBR6 y UBR7 como no recogninas.
Las estructuras cristalinas de las secuencias UBR de las N-recogninas han
mostrado los principios moleculares de las interacciones de la regla N-terminal
42

para los N-degrons tipo 1. La UBR contiene dos dedos de zinc: un motivo tpico
Cys2His2 que contiene un in de Zn y una regin atpica con un motivo Cys6His1
que contiene dos iones de Zn. Las regiones UBR se unen a los residuos Nterminales cargados positivamente a travs de un surco estrecho.
Los ratones deficientes en UBR1 pueden vivir pero presentan un
crecimiento defectuoso, degradacin de las protenas musculares, metabolismo
graso e hipoglucemia moderada. En humanos, los mutantes para UBR1 dan
lugar a enfermedades autosmicas recesivas caracterizadas por insuficiencia
pancretica exocrina, prdida de audicin, hipotiroidismos, retraso mental y
retraso en el desarrollo entre otros problemas. La deficiencia de UBR1 en
humanos y ratones implica mecanismos patognicos comunes en el pncreas
que incluyen una secrecin de zimgeno anormal y un dao celular acinar
irreversible. La deficiencia en UBR2 en ratn da lugar a distintos fenotipos
dependiendo de la caractersticas genticas y del gnero. En algunas cepas de
ratn los mutantes de ambos sexos mueren antes de ser adultos. En cepas
hbridas aparece infertilidad en machos y letalidad parcial en hembras.
Por tanto, el sistema de regla N-terminal es utilizado por todos los
organismos desde bacterias (E. coli) hasta mamferos y define la estabilidad de
las protenas por la naturaleza de sus residuos N-terminales. Los aminocidos se
clasifican como estabilizantes y desestabilizantes y sirven como determinantes
de reconocimiento para la degradacin de las protenas. En levaduras hay 12
residuos desestabilizantes: Arg (R), Lys (K), His (H), Phe (F), Leu (L), Tyr (Y), Trp
(W), Ile (I), Asp (D), Glu (E), Asn (N) y Gln(Q). El conjunto de aminocidos
desestabilizantes difiere, pero se solapa, entre E. coli, levaduras y mamferos y
el nmero total de estos aminocidos se va incrementando desde procariotas
hasta eucariotas. Los residuos desestabilizantes N-terminales son reconocidos
por una ubiquitina ligasa especial conservada desde levaduras a humanos. Las
protenas con Met (M), Ser (S), Ala(A), Thr(T), Val (V) o Gly (G) en posicin Nterminal tienen vidas medias mayores de 20 horas, pero protenas con Phe (F),
Leu (L), Lys (K) o Arg (R) en posicin N-terminal tienen vidas medias de 3
minutos o menos.
Las secuencias PEST son regiones enriquecidas en Pro (P), Glu (E), Ser (S) y
Thr (T), de ah el nombre y aparecen en protenas que tienen un vida media
celular corta, menor de 2 horas. La ubiquitinacin de las protenas con estas
secuencias parece ser precedida por la fosforilacin de los residuos serina o
treonina en estas regiones y la degradacin puede estar mediada por el
proteasoma o por calpana. Ejemplos de protenas con estas secuencias son los
inhibidores de NF-B.
Otra secuencia de destruccin, que aparece en las ciclinas mitticas y en

43

otros reguladores del ciclo es la llamada "destruction box" (secuencia de

destruccin", que consiste en una secuencia conservada de nueve aminocidos
(Arg-X-X-Leu-Gly-X-Ile-Gly-Asp), localizada generalmente a 40 50 aminocidos
del residuo N-terminal.

Regulacin celular de la destruccin de las protenas

Las protenas con secuencias de destruccin son destruidas en momentos
concretos, Cmo se regula la destruccin de una protena? El mecanismo ms
estudiado es la activacin de la ligasa de ubiquitina para dirigir la protena
ubiquitinizada al proteasoma.
La activacin de las ligasas de ubiquitina puede conseguirse por
fosforilacin, por la unin de una pequea molcula o por la unin de una
subunidad. Un ejemplo es la activacin de la activacin de ligasa de ubiquitinas
APC (anaphase promoting complex) por la unin de una subunidad (este
aspecto lo veremos en el tema de ciclo celular). Las ciclinas mitticas son un
ejemplo de protenas con secuencias de destruccin. Las ciclinas mitticas se
sintetizan a travs del ciclo celular y su concentracin cae en la anafase tarda a
partir de la estimulacin de APC. La subunidad Cdc20 es activa slo en esta
etapa, ya que despus es fosforilada por otros complejos ciclina-CDK durante G1
y se inhibe su asociacin con APC. La activacin de las seales de destruccin
puede conseguirse por fosforilacin, por disociacin de una subunidad o por
protelisis creando un fragmento con el residuo N-terminal desestabilizante.
Otro tipo de destruccin es la activacin de seales de destruccin por
fosforilacin que puede afectar a la transcripcin gnica. El factor de
transcripcin NF-B (dos subunidades, P50 y RelA) es retenido en el citoplasma
por IB. La fosforilacin de esta protena permite que sea reconocida por una
ubiquitina ligasa, NF-B liberado entra al ncleo y activa determinados genes.
La va ubiquitina-proteasoma se utiliza para degradar las protenas no
nativas antes de que formen agregados. Los agregados proteicos son complejos
oligomricos de protenas no nativas que se producen debido a que
interaccionan entre s. La agregacin proteica es facilitada por el
desplegamiento parcial durante el estrs trmico u oxidativo, por alteraciones
en la estructura primaria causadas por mutaciones, por mutaciones del ARN o
por errores de traduccin. Los agregados proteicos pueden ser amorfos o
estructurados (como las fibrillas amiloides). En cualquier caso, tienden a ser
insolubles y metablicamente estables. A veces absorben macromolculas
crticas para la clula. Su acumulacin en la clula produce graves lesiones o
incluso la muerte celular. Cuando son liberados de las clulas muertas daan los
tejidos circundantes.

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Actualmente en las clulas eucariotas se reconocen al menos cuatro tipos

de agregados proteicos con funciones aparentemente diferentes en su patologa
y su biologa: Secuestosomas, estructuras inducidas de tipo agresoma en clulas
dendrticas (DALIS) o no dendrticas (ALIS), agresomas pericentriolares y
estructuras citoplsmicas ricas en partculas (PaCS). Los secuestosomas son
agregados de protenas citoplsmicos insolubles, que en su forma precursora
soluble pueden ser citotxicos o potencialmente amiloidgenenos y en su forma
amorfa o fibrilar son depsitos aparentemente inertes aunque todava
susceptibles de degradacin por la va autofgica-lisosomal. Tpicamente los
secuestosomas presentan reactividad para p62 y ubiquitina. Su secuestro en el
citosol puede ser un mecanismo protector general para clulas que han
acumulado protenas mal plegadas potencialmente citotxicas.
Una funcin similar se ha sugerido para los agresomas, que se localizan
prximos al rea pericentriolar donde son reclutados determinantes
moleculares de autofagia y lisosomas, proteasomas y chaperonas mediante la
activacin del sistema de transporte microtubular, para facilitar su degradacin.
Los agresomas difieren de los secuestosomas por su topografa yuxtanuclear y
son el resultado de la activacin selectiva de un sistema de transporte
dependiente de microtbulos que trae a las proximidades del ncleo diminutos
agregados proteicos citoplsmicos perifricos. A veces se asocian en un gran
cuerpo coalescente.
Las estructuras inducidas de tipo agresoma en clulas dendrticas (DALIS) o
no dendrticas (ALIS), son diferentes morfolgica y funcionalmente de los
secuestosomas y agresomas. Presentan reactividad para p62 y ubiquitina y son
ultraestructuralmente distintos del secuestosoma. Los DALIS contienen
membranas vesiculares y estn ms o menos englobados por membranas
dobles positivas para LC3 y conectadas con el compartimento endosmico
tardo del compartimente MHC tipo II en una va autofgica no convencional.
Aparecen como depsitos transitorios de protenas ubiquitinizadas recin
sintetizadas que en el caso de los DALIS juegan un papel en el procesado y la
presentacin de antgenos. Este tipo de agregados fue encontrado tambin en
macrfagos y en otras clulas (epiteliales, fibroblastos) que no son
especficamente inmunocompetentes, bien bajo estmulos que desencadenan
una respuesta inmune o despus de la inhibicin del proteasoma o tratamientos
que alteran la sntesis de protenas. Estas estructuras son ultraestructural y
citoqumicamente diferentes de los secuestosomas y probablemente estn
relacionados con el procesado y presentacin de antgenos. Es posible que
ambos tipos de estructuras coexistan en algunas clulas.
Las estructuras citoplsmicas ricas en partculas (PaCSs) contienen
proteasoma, protenas poliubiquitinizadas y glucgeno y estn caracterizadas
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por la presencia de partculas de tipo barril de unos 13 n de grueso y 13-20 nm

(raramente hasta 45 nm) de largo. Almacenan compuestos muy solubles que se
fijan mal con aldehdos y requieren fijadores ms fuertes, por ejemplo accin
combinada de aldehdos y osmio.
En bacterias tambin se acumulan protenas formando los denominados
cuerpos de inclusin que habitualmente se localizan en el citoplasma. Las
bacterias pueden ser utilizadas para producir protenas de forma industrial.
Mediante tcnicas de ingeniera gentica se introduce un gen de inters en un
plsmido con el promotor apropiado y se transforma la cepa bacteriana en la
que quiere producirse la protena. El promotor puede ser inducido por alguna
molcula de modo que cuando se tiene suficiente cantidad de bacterias se
aade al cultivo dicho inductor. Esto hace que el promotor se active y se
empiece a producir la protena de inters en cantidades muy elevadas. De
hecho uno de los principales problemas en la industria biotecnolgica es que las
protena suelen acumularse formando cuerpos de inclusin. Dependiendo de
cmo se halla diseado la protena estos cuerpos de inclusin pueden aparecer
en el espacio periplsmico o en el citoplasma.
El sistema nervioso central es especialmente vulnerable a la formacin de
agregados proteicos que pueden dar lugar a enfermedades neurodegenerativas
como la enfermedades de Huntington, Alzheimer o Parkinson. Gran parte de los
agregados proteicos responsables de estas, y de otras enfermedades
neurodegenerativas forman fibras constituidas por apilamientos de cadenas
polipeptdicas plegadas en forma de lminas muy resistentes a la protelisis.
Estos agregados se denominan amiloides. Las fibrillas amiloides estn formados
por 26 protofibrillas que comparten una estructura comn basada en la
presencia de lminas beta muy ordenadas. Estos depsitos fibrilares pueden
aparecer dentro de las clulas o acumularse extracelularmente al morir las
clulas.
Cada enfermedad amiloide implica la agregacin de una protena
especfica, aunque los depsitos incorporan tambin otros componentes. En la
enfermedad de Alzheimer se deposita el pptido A; en la enfermedad de
Parkinson es la protena alfa-sinuclena; en la enfermedad de Huntington es una
versin mutante de la protena huntingtina, que provoca una expansin de su
dominio poliglutamina; en la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob es la deposicin
de la protena prion PrPSc.
En todos estos casos, se cree que bien los agregados o el proceso de su
formacin provoca toxicidad celular.

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