bung

Laden Sie die Sequenzen der verschiedenen Insulinmolekle von der

NCBI Protein-DB:
- insulin preproprotein [Homo sapiens]
- preproinsulin [Oncorhynchus keta]
- insulin preproprotein [Bos taurus]
Fhren Sie ein multiples Alignment durch (clustawl).
Finden Sie Homologien zwischen den verschiedenen Proteinen?
Inwieweit unterscheiden sie sich?

bung: Handelt es sich um ein Signalpeptid?

Signalpeptide haben einen hohen Gehalt an hydrophoben AS
Durchtritt durch Membran
bung:
Programm: SignalP
1. Protein CHER_SALTY von Salmonella typhimurium
Besitzt dieses Protein vermutlich ein Signalpeptid?
(Salmonella typhimurium ist ein gram- Bakterium)
2. Protein APBE_SALTY (P41780) von Salmonella typhimurium
Besitzt dieses Protein vermutlich ein Signalpeptid?

Vorhersage von Signalpeptiden Ergebnis (NN)

basiert auf neuronalem

Netzwerk (NN)

drei verschiedene scores: C, S and Y

zwei verschiedene NN werden eingesetzt:
1) S-score: Vorhersage des aktuellen Signalpeptids
(Angabe fr jede einzelne AS Position der vorliegenden Sequenz)
hohe scores: korrespondierende AS ist ein Teil des Signalpeptids
niedrige scores: AS ist Teil des reifen Proteins
2) C-score (cleavage site'' score): Vorhersage der Position der Spaltungsstelle
Signalpeptidase

der

Vorhersage von Signalpeptiden Ergebnis (HMM)

basiert auf Hidden

Markov Modell
Netzwerk (HMM)

Vergleich sekretorische und nicht sekretorische Enzyme

sekretorisches Enzym

nicht sekretorisches Enzym

PSIPRED - Protein Structure Prediction

3D protein structure prediction from amino acid sequence
Beispiel: translocation protein TolB
Welche Informationen erhalten Sie?

s. auch: The PSIPRED Server Help Page

bung: Erraten der 3-D Struktur Ihres Proteins

Kopieren Sie die Protein-Sequenz vom

NCBI Server:
NP_360043 (FASTA-Format)
Rickettsia conorii TolB Protein
ffnen Sie ein neues Browser Fenster
und gehen Sie zu dem NCBI BLAST
server.
Whlen Sie den Standard Protein-Protein
BLAST [blastp] link
Whlen Sie pdb im drop-down Men.
Kopieren Sie die Sequenz des TolB
Proteins in das Eingabefenster.
Whlen Sie den BLAST Button
Bestehen bereinstimmungen mit
Sequenzen anderer Organismen?

Suchen nach PROSITE Mustern

Gehen Sie mit dem browser zu der expasy scanprosite Seite

Eingabe:
rechts: Sie haben bereits ein Muster und mchten checken, ob andere Proteine
in der Swissprot-DB dieses Muster enthalten
links: Sie mchten ein PROSITE Muster finden
Eingabe einer Protein-Sequenz

Beispiel: P12259
Kopieren Sie Ihre Sequenz oder die accession Nummer in die linke Box
Inaktivieren Sie Exclude motifs with a high probability of occurrence
Whlen Sie Do not scan profiles
Whlen Sie den Start button

ScanProsite - Proteinsequenz Muster

Interpretation der Ausgabe von Prosite:
PSxxx: Dokumentation des Musters mit zahlreichen relevanten Informationen ber das
Muster und die potentielle biologische Funktion
Name des Musters (Buchstaben gro, fett)
Struktur: manche Muster wurden in Proteinen mit einer bekannten 3-D Struktur
identifiziert (PDB Name des Proteins ist dann angegeben)
Liste: Liste der Segmente die Muster im Protein enthalten
- Nummern: Position der bereinstimmung in der Sequenz
- Grobuchstaben: zeigen die Reste an, die durch das Muster festgelegt werden;
kleine Buchstaben zeigen Reste an, die nicht durch das Muster festgelegt
werden.
hits by patterns with a high probability of occurrence:
zeigt die Lokalisierung von kurzen gemeinsamen Mustern in der Sequenz

Hauptschwierigkeit mit post-translationalen Mustern:

kurze Sequenzen/Muster knnen einander zufllig entsprechen und evtl. keine
biologische Signifikanz haben
Vorsicht bei kurzen Sequenzen!

Finden von Domnen mit dem CD Server

CD: Conserved Domain search von NCBI
allgemein:
eine Domne besteht aus mindestens 50 AS
durchschnittlich besteht Ihr Protein aus 2-3 Domnen
normalerweise spielt jede Domne eine spezifische Rolle fr die Funktion
eines Proteins (Bindung an Ionen wie z.B. Ca oder Zink, es interagiert mit
anderen Proteinen etc.)
Vorgehensweise:
Untersuchung des Proteins FOSB_HUMAN (P53539)

Setzen Sie P53539 in die Sequenzbox

Deaktivieren Sie Apply low-complexity filter
Setzen Sie den expect value threshold auf 1
(der threshold auf 0,01 kann zu strikt sein)

Finden von Domnen mit dem CD Server

Erklrung des Ergebnisses:
Die graphische Darstellung zeigt die Regionen des Proteins, die eine
Domne matchen
zackige Enden zeigen partielle bereinstimmungen an
Regeln fr die Interpretation:
Je kleiner der E-value, desto besser der score; je mehr ist der Hit echt
(E-value hat unter 0,01 hohe Aussagekraft)
Hit-Liste: zeigt die Domnen die mit der eingegeben Sequenz
bereinstimmen, sortiert nach E-value
(die besten hits werden zuerst genannt)
Whlen Sie das Zeichen +
es erscheint eine Anzeige eines alignments zwischen Anfrage und einigen
abgeschtzten bereinstimmungen der Domnen-Sequenzen
Klicken Sie search for similar domain architectures:
der Server ruft alle Protein Sequenzen, die die gleiche Domne zu der
Eingabesequenz enthalten, ab.
(dies knnen auch entfernt homologe sein)

Ergebnis der Suche