Profundo microbiologa del subsuelo: una gua para la investigacin

documentos temticos
Andreas Teske
1
*, JenniferF.Biddle
2
, VirginiaP.Edgcomb
3
y AxelSchippers
4
1
Departamento de Ciencias del Mar, Universidad de Carolina del Norte en
Chapel Hill, Chapel Hill, Carolina del Norte, EE.UU.
2
Facultad de Ciencias del Mar y Poltica de la Facultad de Tierra, Ocano y
Medio Ambiente de la Universidad de Delaware, Lewes, DE, EE.UU.
3
220 McLean Laboratorio, Departamento de Geologa y Geofsica de la
Institucin Oceanogrfica Woods Hole, Woods Hole, Massachusetts, EE.UU.
4
Departamento de Geoqumica de Recursos, Instituto Federal de Geociencias y
Recursos Naturales (BGR), Hannover, Alemania
* Correspondencia: teske@email.unc.edu
Editado por:
Martin G. Klotz, Universidad de Carolina del Norte en Charlotte, EE.UU.
Revisado por:
Martin G. Klotz, Universidad de Carolina del Norte en Charlotte, EE.UU.
Microbiologa del subsuelo profundo es un campo en ascenso en geomicrobiloga, microbiologa ambiental y la ecologa microbiana que
se centra en la deteccin y cuantificacin molecular, cultivo
cin, el examen biogeogrfica, y la distribucin de las bacterias,
arqueas y eucariotas que impregnan la biosfera del subsuelo.
La biosfera profunda incluye una variedad de hbitats subterrneos,
tales como los sistemas o minas terrestres acufero profundo, profundamente
enterrada
yacimientos de hidrocarburos, sedimentos marinos y el ocano basltica
corteza. La biosfera del subsuelo profundo abunda inculto,
Slo descubierto recientemente y en el mejor-no del todo comprendidas
poblaciones microbianas. Hasta el momento, las clulas microbianas y el ADN
permanecen
detectable a profundidades de sedimentos de que aparezca ms de 1 km y la vida

limitado principalmente por el calor en el subsuelo profundo. Energtica severa

limitacin, ya sea como aceptor de electrones o la escasez de donantes, y
la escasez de fuentes de carbono orgnicos degradables microbios son
entre las presiones evolutivas que pueden dar forma a la genmica
y el repertorio fisiolgico de la biosfera del subsuelo profundo. Su
importancia biogeoqumico en el secuestro de carbono a largo plazo,
subsuelo ciclo elemental y el envejecimiento de la corteza terrestre, es un foco
importante de
la investigacin actual en la interfaz de la microbiologa, la geoqumica,
y la biosfera / evolucin geosfera. Los trabajos de esta Fronteras
e-volumen oso evidencia de los rpidos avances en el subsuelo profundo
microbiologa.
El lector se dar cuenta de varios temas recurrentes conspicuos
en este tema Fronteras de la Investigacin. Este volumen se abre con un Thora fondo argumentado artculo perspectiva sobre Acetognesis en el subsuperficie por Lever(2012), y un comentario que acompaa al
Oren (2012). Ambosdocumentosestnproporcionandounaperspectivafrescay
un "llamado a las armas" para considerar e investigar acetognesis como
va viable energticamente y generalizada que sostiene profunda
la vida del subsuelo. Estos documentos argumentan convincentemente que el fin
para entender la biosfera del subsuelo profundo, importante microbiana
procesos, adems de sulfato de reduccin, la metanognesis y
oxidacin del metano anaerobio tiene que ser explorado.
Mientras tanto, el ciclismo microbiana de metano y sulfato en
el subsuelo profundo se estudia no slo con la funcin cualitativa
encuestas de genes cionales sino tambin con molec- funcional basada en los
genes
cuantificaciones lares. Schippersetal.(2012) y Blazejaky
Schippers (2011) aadirfuncionalqPCRgenylasecuenciade
un amplio arsenal molecular para cuantificar e identificar el Sulfatereducir y comunidades microbianas metanognicas en orgnicoricos, la reduccin de los sedimentos marinos de Namibia, el Mar Negro, y
Margen de Per; el antiguo documento incluye un excelente panorama
en el recuento de clulas, qPCR y tarjeta FISHquantifications de bacterias
y comunidades arqueas en los sedimentos del subsuelo profundo. En un
encuesta pirosecuenciacin de alto rendimiento, Millsetal. (2012b)
examinar la comunidad bacteriana activa del metano / sulfato
interfaz en serios sedimentos marinos hetertrofos en el Nankai
A travs de la costa de Japn; por transcripcin inversa y secuenciacin de
16S rRNA, muestran que la presencia simultnea de metano
y los impactos de sulfato de la comunidad bajo la superficie bacteriana activa

slo mnimamente-obviamente, otros parmetros geoqumicos necesitan

a tener en cuenta. En contraste, filtraciones de hidrocarburos son la
endmember extrema de un rgimen de reduccin sedimentaria que es
de hecho dominada por Sulfate- microbiana y ciclismo metano. Su
permanece en todo el mundo distribucin de tenerse en cuenta plenamente, y es
explorado aqu por Siegertetal.(2011) con un ejemplo de Indonesia.
En una expresin basado en el cultivo y gen funcional combinado
estudio, naletal.(2012)investigaron los requisitos de metales traza
y efectos de dosificacin sobre la actividad y la diversidad de methanogen
poblaciones en un lecho de carbn bajo la superficie terrestre. Fichteletal.
(2012) identificarbacteriasreductorasdesulfatodequimiolitotrficas
sedimentos profundos en los flancos Juan de Fuca de enriquecimiento,
aislamiento en cultivo puro y pruebas fisiolgicas en el laboratorio.
Muchos grupos microbianos en el subsuelo no tienen aparente
conexin al sulfato de reduccin y el ciclismo metano, pero
ocurrir, sin embargo, en gran abundancia y ubicuidad. Dos
estudios sobre el subsuelo, un examen integral costera
cin de la estructura de la comunidad microbiana por qPCR, clonacin y
secuenciacin de genes funcionales y 16S rRNA en terrestre profunda
sedimentos cerca de la baha de Chesapeake por Breukeretal.(2011), y
un anlisis de la transcripcin inversa de arqueas en el metano / sulfato
Interfaz de los sedimentos del estuario en el sur de China por Lietal.
(2012) enfocadogranpartedelesfuerzoglobalsobrediversidadbasadaen
rRNA
sidad anlisis del Crenarcheotal Grupo Varios (MCG),
tal vez el grupo de arqueas ms extendida en el subsuelo sediments. El arqueas MCG son en la actualidad el enfoque de una sola clula
anlisis de secuenciacin metagenmica y encuestas, con el objetivo de
inferir sus metabolismos y los requisitos de cultivo.
La mayora de las encuestas microbianos se han centrado en ricos orgnica subsedimentos superficiales en nearshore o localizacin margen continental
ciones donde los procesos anaerbicos y poblaciones podran ser
ms fcilmente detectado. En el extremo opuesto del espectro,
el subsuelo, el oligotrfico orgnico magra, no sulfidic o
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Mayo de 2013 | Volumen 4 | Artculo 122
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Teske et al.

Profundo microbiologa del subsuelo: una gua

sedimentos oxidados del ocano abierto que son representativos de
la mayor parte del fondo marino y su subsuelo-sedimentaria es creciente
vez ms escudriado por la estructura de la comunidad microbiana anlisis, como
realizado en una encuesta por pirosecuenciacin Hoshinoetal.(2011)
en sedimentos de la cuenca marina de Porcupine del Atlntico Nororiental,
y con las medidas de actividad hetertrofos en el centro NorteSedimentos de aguas profundas del Atlntico por PicardyFerdelman(2011). los
subsuelo oligotrfico constituye de hecho un biogeochemically
y el hbitat microbiolgicamente distinta: en una teora y hipartculo ESIS, DurbinyTeske(2012) sintetizan la evidencia
para un archaeal cambio de nivel phylum comunidad de ricos orgnica
y la reduccin de sedimentos a sub-marina-orgnica magra y oxidado
superficie sedimentos, y proporcionar filogenias detallados sobre muchos
linajes archaeal visto rara vez de sedimentos orgnicos delgados y
fuentes hidrotermales.
Microbiologa del subsuelo profundo no se detiene en el sedimento
Interfaz / cimiento ambiente. La corteza ocenica basltica est impregnado
por grietas y fisuras que proporcionan hbitat microbiano y un
interfaz donde acogi rock comunidades microbianas qumicamente
modificar la matriz de la roca. Visto durante mucho tiempo los marcos, los
microbios
actuar como una fuerza geolgica que cataliza la alteracin qumica de
la corteza superior del ocano, como se resume por Edwardsetal.(2012).
El depsito de energa de la biosfera de basalto profundo es demostrado
trado por un observatorio de perforacin en el agujero ODP896A en el
corteza basltica de la subida Costa Rica; su ecosistema microbiano
que contiene una gran proporcin de los oxidantes de azufre auttrofos
se sostiene por debajo de la superficie de mezcla de reduccin del fluido de
formacin
y el agua de mar, una xica descubrimiento por Nigroetal.(2012). En un
encuesta metagenmica integral de un tipo diferente de Rockecosistema microbiano organizado, Brazeltonetal.(2012) estn explorando
la microbiota metanognica y hidrogenotrficas alimentada por
reacciones serpentinizacin, centrndose en serpentinita terrestre
resortes en Terranova y la comparacin de sus metagenomes
a los de los orificios de ventilacin de la Ciudad Perdida previamente
estudiadas. El rockorganizado biosfera del subsuelo terrestre es a menudo ms accesible
que su homlogo marino, y permite biogeoqumico repetida
y muestreo microbiano en minas y pozos; tales accesibilidad

bilidad facilita investigaciones especficas de vas especficas y

procesos, para la fijacin ejemplo nitrgeno y nitrificacin en
Minerales de granito-organizada profundas en Colorado estudiados por Swanner
y
Templeton (2011). Unhbitatsubsueloextremapasadoporaltoque
requiere ms estudio microbiolgico son los ncleos de hielo de una milla de
profundidad; su
habitantes microbianos se introducen aqu por un pro- vinculante Iceestudio de protena de un Flavobacterium aislada del ncleo de hielo ms
profunda
segmentos (cerca de stano de roca) en la estacin Vostok en la Antrtida
por Achbergeretal.(2011).
Varios artculos de este volumen abordan metodolgica
avances en microbiologa del subsuelo profundo, que son cruciales para
seguir avanzando en este campo. El nuevo hardware de alta presin
incubaciones microbianas, adems de las instrucciones de cmo construir esto en
su
propio taller, se est introduciendo por Saueretal. (2012); precaucin
en el almacenamiento a largo plazo de muestras microbianas a las 4

C se defiende
por Millsetal.(2012a) despus de que se documentaron almacenamiento
relacionados
cambios de la comunidad microbiana por alto en toda la secuencia; y
protocolos de recuento de clulas previamente publicados para subsuelo
profundo
sedimentos se refinan an ms por LappyKallmeyer(2011)
especficamente para sedimentos ricos en hidrocarburos.
El volumen concluye con documentos que proporcionan una evolucionista
perspectiva aria y genmica en la profunda biosfera microbiana.
Biddle et al. (2012) ponderarelfuturodelaevolucinmicrobianaBORNE
IES en el subsuelo; abogan para seleccionar y modelo de estudio
organismos filogenticamente y grupos definidos dentro definido
gradientes ambientales como una estrategia prometedora. Facilitar
big-picture encuestas genmicas, Martinoetal.(2012) introducen un
degenerada nueva estrategia de cebadores de PCR para la recuperacin
metagenmica
de las comunidades microbianas desconocidas desde el subsuelo profundo.
Anderson et al. (2011) integraryrevisarlaspruebasde
infeccin viral de las bacterias del subsuelo y arqueas, y por un subcontribucin viral considerable al respiradero hidrotermal y subsuelo

metagenomes, mientras que reflexionar sobre las diferentes presiones de

seleccin
que dan forma a las comunidades virales en estos hbitats.
Esta direccin de volumen incluye dos nuevas metodologas e investigaciones
estrategias que deben dar resultados prometedores en el futuro, y
ampla nuestra visin actual de la microbiologa del subsuelo profundo con
estudios innovadores de una amplia gama de hbitats subterrneos y
ecosistemas microbianos. Hay un amplio espacio para una mayor exploracin
racin; Tomamos nota de que varias reas de la microbiologa del subsuelo
siendo seriamente estudiada. El eucariota, la mayora de hongos
biosfera del subsuelo slo recientemente ha sido descubierto y es
siendo investigados por los editores del volumen Edgcomb y Biddle. los
la exploracin de las profundidades de la biosfera en la corteza ocenica tiene
solo
comenzado y abre importantes oportunidades de investigacin. A diferencia de
marina
sedimentos donde la fotosntesis derivado de carbono orgnico enterrado
sostiene la vida microbiana, procesos inorgnicos en las cortezas ocenicas
probable ofrecer las principales fuentes de energa para la roca-organizada
profunda
biosfera. El subsuelo profundo terrestre y la corteza ocenica
biosfera an no se han cuantificado y diversidad microbiana general
sidad y la funcin de estos microbiota an no se han contabilizado
para a travs de una amplia gama de ambientes geolgicos y los sitios de
muestreo.
Por todas partes en el subsuelo, el estudio de la fisiologa microbiana,
el cultivo de nuevos tipos de microorganismos, y biochemical anlisis de estrategias de vida del subsuelo siguen siendo altos en la lista
de retos de investigacin actuales y futuras. En general, seguido inla exploracin profunda de los biomas del subsuelo continuamente producir
nuevos conocimientos sobre la adaptacin microbiana y la supervivencia en
condiciones extremas
condiciones.
REFERENCIAS
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Expresin y caracterizado parcial
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Tiempo real
PCR
cuantificacin
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Brazelton,
W.
J.,
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B.,
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Pruebas metagenmica para H
2
oxidacin y H
2
produccin
por
serpentinita alojada
subsuperficial
cara
microbiano
comunidades.

Fronteras en Microbiologa | Microbiologa Extreme

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Teske et al.
Profundo microbiologa del subsuelo: una gua
Frente.
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Archaea
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orgnico magra
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Anaerobio
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Recibido: 25 de abril de 2013; aceptado: 30
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Cita: Teske A, Biddle JF, Edgcomb
VP y Schippers A (2013) subsuperficial Profundo
cara microbiologa: una gua para la investigacin
papeles tema. Frente. . Microbiol 4: 122. doi:
10.3389 / fmicb. 2013.00122

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