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Chemie Ingenieur Technik (74)

Metabolomics

Methoden: morphologische, mikroskopische, biochemische Untersuchungen, Fluoreszenz-In-Situ-Hybridisierung),


Identifizierung spezifischer Stoffwechselintermediate,
die sich bei Hemmprozessen im Kulturfiltrat akkumulieren (mit RP-HPLC, CE, Headspace-GC, MS, GC-MS, LCMS), sowie Bestimmung der Hemmkonzentrationen.
Mit steigender Proteinkonzentration akkumulieren sich im Fermentationsmedium aromatische Kohlenwasserstoffverbindungen und Heterocyclen aus dem Aminosureabbau, deren toxischer Einfluss in Batch-Versuchen
untersucht wurde.
Um Rckschlsse auf den Zeitpunkt gegebener
Hemmungen ziehen zu knnen, wurden Abbaukinetiken
sowie Untersuchungen bezglich der Gesamtkeimzahlen
und Gattungsspezifitt vorgenommen.
Abbildung.

5 | 2002

Y. R . A b d e l Fa t t a h 2 )
R . D. S c h m i d 1 )
S. L a n g e 1 )
1)

Universitt Stuttgart

2)

Mubarak city for scientific Research and Technology


Application Burg El Arab, Alexandria/ET

B4.13

Molekulargenetische Untersuchungen
zur Detektion eines
Tryptophan-5-Halogenasegens
S. Z e h n e r *
K.H. van Pe
TU Dresden

B5. Metabolomics
Metabolic Profiling:
Linking Gene to Function Directly
Es konnten zahlreiche Arten grampositiver und
gramnegativer proteolytischer und fermentativer Mikroorganismen zeitabhngig bestimmt werden. Der besondere
Stellenwert der zu bestimmten Zeiten in sehr starkem Mae
nachweisbaren Enterococcen als Zeigerorganismen wird
gegenwrtig genauer untersucht. Das gleiche trifft fr die
Organismengruppe der Methanogenen zu.

R . Tr e t h e w e y
metanomics GmbH & Co. KGaA, Berlin

Non-Targeted Metabolomics and


Automation in Data-Handling

B4.11

Scalefhigkeit eines Fedbatch-Prozesses am Beispiel einer CHO-Zelllinie


R. Bux*
U. K a r n a p p
R. Kemp en
Boehringer Ingelheim Pharma KG, Biberach an der Riss

D r. i r. A . L o m m e n *
D r. i r. J. J. M . V e r v o o r t
D r. M . W . F. N i e l e n
D r. H . P. J. M . N o t e b o r n
1)
2)

Lab. Biochemistry, P.O.BOX 8128, 6700 ET, Wageningen,


NL;
3)

B4.12

Cloning, Expression and


Characterization of a New
Thermostable Lipase/esterase from
Bacillus thermoleovorans
N. Soliman* 1)

RIKILT, P.O.BOX 230, 6700 AE, Wageningen, NL;

RIKILT, P.O.BOX 230, 6700AE, Wageningen, NL.

In cell extracts hundreds to thousands of compounds can be


present, representing the metabolome of the cell. Therefore,
traditionally, only the major components or certain targeted
components, which are assumed to be of interest, are analyzed in metabolomics. The major problem in metabolomics
is actually finding out what has to be measured. With regard
to this problem broad empirical profiling of compounds is
needed to acquire a chemical fingerprint of the extract.
NMR and MS are techniques, which can be used in this
respect. Recent advances in research show that automatic

Chemie Ingenieur Technik (74)

5 | 2002

comparison of complex data (NMR and full scan MS) is becoming feasible despite problems in data alignment. With
the automation advance made in Wageningen compounds of interest can be selected through empirical analysis of data acquired on standard NMR and LC-MS. LC-MS
combined with this metabolomics strategy finds certain
masses at certain elution times, which could be of importance. Once tracked, these compounds can be further characterized. Interestingly, modern LC-NMR-MS is equipped to
automatically transfer a mass-detected compound to the
NMR. It therefore is highly probable, that LC-NMR-MS could
be ideally suited for identification within this metabolomics
strategy. This avenue of research will be pursued in the near
future in Wageningen. A wide range of research can benefit
from this approach, such as for instance the fields of genomics, authenticity, food safety.

LC-MS/MS zur Metabolit-Quantifizierung des Zentralstoffwechsels und


der Aromatenbiosynthese in E. coli
Dipl.-Chem. M. Schmitz*

Metabolomics

rung von Metaboliten in komplexer Probenmatrix. Im


Vergleich zu alternativen Messverfahren werden die Universalitt des Messansatzes, die geringen notwendigen
Probenmengen, die erreichbare Messgenauigkeit und die
Reihenschaltung von chromatographischer und massenspektrometrischer Selektionierung als ideale Eigenschaften
zur Quantifizierung einzelner Metabolite in Gegenwart
einer komplexen Zellmatrix angesehen. Auch bei unvollstndiger chromatographischer Auflsung ist eine parallele
Messung verschiedener Metabolite mglich.
Es wird eine LC-MS Technik vorgestellt, die die
parallele Quantifizierung von Metaboliten des Zentralstoffwechsels (Glykolyse, Pentose-Phosphat-Weg) ermglicht.
Neben glykolytischen Metaboliten wie z. B. G6P, F6P, Fructose-1,6-bisphosphat (FBP), 2-phosphoglycerat (2PG), 3phosphoglycerat (3PG) und Phosphoenolpyruvat (PEP)
knnen 6-phosphogluconat (6PG), der Pool der Pentosephosphate, zahlreiche Nukleotide wie ATP, ADP, AMP, FAD,
NAD, NADP und ausgewhlte Metabolite der Aromatenbiosynthese in zellularer Matrix quantifiziert werden. Die Verringerung des bentigten Probenvolumens und die gleichzeitige Quantifizierung mehrerer Metabolite fhrt zu einer
deutlichen Steigerung der analytischen Effizienz im Vergleich zu den bisher verwendeten enzymatischen Methoden.

Dipl.-Chem. A. Buchholz
P r o f. C . W a n d r e y
D r. R . Ta k o r s
Forschungszentrum Jlich GmbH, Institut fr Biotechnologie 2, Leo-Brandt-Strae, D-52425 Jlich.
Quantitative Untersuchungen des mikrobiellen Stoffwechsels, beispielsweise durch Anwendung der schnellen Probennahmetechnik mit nachfolgender in vivo-Verfolgung der
intrazellulren Stoffwechseldynamik, erfordern die parallele Messung einer Vielzahl von Metaboliten und deren
gleichzeitige Quantifizierung. Dabei kann es sich sowohl um
chemisch differente (z. B. Zuckerphosphate, Aminosuren)
als auch sehr hnliche Substanzen (z. B. Glucose-6-Phosphat (G6P), Fructose-6-Phosphat (F6P)) handeln. Zwar bietet die Verwendung (bekannter) enzymatischer Assays den
Zugang zu einigen Zentralstoffwechselmetaboliten, doch
lsst sich diese Technik nur bedingt auf interessierende Biosynthesewege (wie z. B. Aromatenbiosyntheseweg) wegen
mangelnder Enzymverfgbarkeit bertragen. Darber hinaus bestehen enzymatische Methoden oftmals aus kaskadierten, Fehler behafteten Messschritten, die vergleichsweise groe Probenmengen bentigen und damit die
Datendichte unntig verringern. Daher ist es Ziel der LCMS/MS-Metabolitquantifizierung, ein mglichst universelles, hoch-paralleles Messsystem zu entwickeln, dass die
Messung vieler Metabolite aus einer vergleichbar geringen
Probenmenge mit hoher Messgenauigkeit erlaubt. Wegen
des wissenschaftlichen und industriellen Interesses steht
neben dem Zentralstoffwechsel auch der Aromaten-Biosyntheseweg im Mittelpunkt der Untersuchungen.
Die Kopplung der HPLC mit einem massenspezifischen Detektor (z. B. ESI-LCQ, Finnigan) erffnet eine
neue Mglichkeit fr die Identifizierung und Quantifizie-

Metabolic Profiling of Stress


Responses in Arabidopsis
D r. E . v o n R o e p e n a c k
D r. T. D e g e n k o l b
D r. J. S c h m i d t
D r. T. N r n b e r g e r
P r o f. D r. D. S c h e e l
D r. S. C l e m e n s *
E-Mail: sclemens@ipb-halle.de
Leibniz-Institut fr Pflanzenbiochemie, Weinberg 3,
D-06120 Halle/Saale.
Plants have to cope with a variety of constantly occurring
and potentially stressful changes in their environment, such
as pathogen attack, cold, shade, high light levels, ion imbalance, drought, exposure to toxic compounds, or high salinity.
Most, if not all of the plant responses to such changes involve the perception of signals and the synthesis of proteins,
peptides, and metabolites that counteract the respective
stress. In general, the perception of stimuli by plant cells is
poorly understood. Most of the signaling molecules and many of the physiological changes elicited by stress remain unknown. An unbiased biochemical approach, using state-ofthe-art analytical techniques will help identifying components of plant stress responses and plant intercellular communication. With the aim of elucidating plant stress responses and finding novel signaling molecules we established an
experimental system to monitor the complexity of metabolic
changes occurring in Arabidopsis under adverse conditions.

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