Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.

net

1 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

L'quipe
Propos
Contact

Accueil
Astuces
Brves
Confrences
Dcouverte
Didacticiel
Entretiens
Formations
J'ai lu
Opinions
Suivez l'guide

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

2 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

Dcouverte :
Les arbres phylogntiques : construction et interprtation
jeu 2 Aot 2012 Yoann M.Dcouverte 20

Jordon Cooper / CC BY-NC-SA

Aprs avoir discut des alignements multiples (MSA), il s'avrait logique de vous prsenter l'tape
suivante : la construction d'arbres phylogntiques. Je prcise que je ne parlerai ici que de phylognie
molculaire.

Le but de la phylognie est de comprendre les relations de parent, de retracer lhistorique volutif
dun gne, dune famille de gnes ou dune espce. Les arbres phylogntiques sont une trs bonne
manire de schmatiser et d'apprhender ces relations rapidement. Leur interprtation est galement assez
aise du moment que l'on connait leur nomenclature. Avant de vous expliquer celle-ci, je me pencherai
donc d'abord sur comment les raliser.

Arbre phylogntique : dfinition / petit rappel

Willi Hennig. Crdit : Wikipdia

(CC-by-SA 3.0)

Historiquement, les premires personnes ayant dmocratis la visualisation sous forme d'arbre sont les
gnalogistes et les naturalistes. De plus, Charles Darwin les rutilisa allgrement en 1859 dans son
ouvrage devenu rfrence De l'origine des espces. Mais si l'on cherche le prcurseur historique, c'est en
ralit Willi Hennig, pre de la cladistique, qui a russi dmocratiser les arbres phylogniques.

Comme en gnalogie o les arbres sont utiliss pour visualiser les relations de parent, les arbres sont un
21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

3 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

trs bon moyen de faire ressortir l'volution d'une ou plusieurs espces.

Attention, cela ne veut absolument pas dire que gnalogistes et volutionnistes utilisent les arbres de la
mme manire : ils se servent juste du mme moyen de visualisation. Nous dcouvrirons plus loin
comment interprter un arbre phylognique.

Comment gnrer un arbre phylognique ?

Avant de gnrer un arbre phylognique, il faut savoir ce que l'on cherche voir/ montrer et se poser les
bonnes questions. La premire de ces questions est de savoir si la visualisation en arbre est la meilleure
pour nos donnes. En effet, cela ne sert rien de vouloir construire un arbre si les squences que l'on a en
main sont trop loignes en terme d'volution. Mais si la rponse est oui, il faut alors considrer le degr
de prcision dsir : cherche-t-on obtenir une phylognie rigoureuse ou simplement 'se faire une ide'
sur nos donnes ? En effet, en fonction des besoins, plusieurs mthodes de gnration d'arbres employant
diffrents algorithmes existent et peuvent tre utilises.

S'appuyer sur des mthodes connues

Outils. Crdit : zzpza sur Flickr (CC-by 2.0)
Outils. Crdit : zzpza sur Flickr (CC-by 2.0)

Voici un aperu de ces mthodes. J'aurai pu faire le choix de toutes les dtailler mais la taille de l'article
aurait t consquente et tout n'aurait pas forcment t trait. Il faudrait un article sur chaque mthode
pour bien saisir les subtilits de chacune d'entre elles. Cela viendra peut-tre un jour, mais en attendant je
vous laisse vous contenter de cette liste avec un petit rsum pour chaque mthode et un tableau
rcapitulatif en fin de listing :
- la mthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) est une mthode dite de
distance, c'est--dire une mthode bas sur les similarits entre paires de squences. Elle a vite t
dlaisse au profit de sa cousine (NJ) qui est plus adapte aux tudes phylogniques molculaires.

- la mthode du Neighbour Joining (Neighbor Joining- NJ) : c'est aussi une mthode de distance, elle a
l'avantage d'tre vraiment rapide. En gnral, elle est utilise pour faire des arbres de plusieurs milliers de
squences.
- la mthode du maximum de vraisemblance (Maximum Likelihood- ML) : c'est une mthode dite de
caractre(s), elle repose sur un ou plusieurs caractres tudier. Il s'agit d'une mthode probabiliste qui
ncessite un modle dvolution. Le choix de ce modle est crucial pour la qualit de larbre obtenu. On
dit qu'il convient de l'utiliser partir du moment o le nombre de caractres analyss est suprieur la
moiti du nombre de squences analyses, sinon la reconstruction est considre comme incorrecte. Elle
est souvent dcrite comme tant la meilleure mthode, c'est--dire la plus efficace pour trouver l'arbre le
plus proche de la ralit. Son dsavantage se situe au niveau des temps de calculs qui sont extrmement
longs (il m'est arriv d'avoir des jobs tournant sur le cluster pendant plusieurs semaines pour des fichiers
contenant plusieurs centaines de squences).

- la mthode du maximum de parcimonie (Maximum Parcimony) : elle est trs apprcie car rapide en
temps de calcul, mais pas aussi prcise que sa cousine (ML). Comme souvent donc, on gagne du temps de
calcul mais on perd de la prcision.
D'autres mthodes apparaissent rgulirement comme celles bases sur de l'apprentissage artificiel (via
un rseau de neurones comme ici ou l par exemple) ou encore de l'infrence baysienne comme dans le
logiciel MrBayes qui est trs utilis. Nanmoins, les mthodes principalement utilises restent la NJ et la
ML.

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

4 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

Quand utiliser ces mthodes ?

Crdit : Yoann M. (CC-by-SA 3.0)

Toutes les mthodes nonces plus haut peuvent (et je dirais mme doivent) tre compltes par
un bootstraping (bootstrap). Il s'agit d'un driv des simulations de Monte-Carlo, qui consiste
chantillonner les positions de l'alignement pour relancer la construction phylogntique de faon itrative
puis de comparer les rsultats obtenus aprs 10, 100, 5000 rptitions. Il s'agit ici d'estimer la robustesse
d'une phylognie. Vous pourrez ainsi voir apparatre entre chaque branche de votre arbre une valeur de
bootstrap (de 0 100%) traduisant le nombre de fois o cette branche a t retrouve au fil des rptitions
et juger ainsi de leur crdibilit. On dit en gnral qu'une valeur en dessous de 95 n'est pas prendre en
compte. Suivant les cas, on pourra revoir ce seuil (cut-off) la baisse et bien souvent on se contentera
d'un bootstrap d'environ 70 (plus ou moins).
Il faudra donc retenir ceci : vous devrez slectionner votre mthode en fonction de vos donnes et de
vos besoins. De mme, le facteur temps peut rentrer en jeu : peut-tre vous demandera-t-on d'tre plus
rapide que prcis dans un premier temps. Vous privilgierez alors la mthode NJ dfaut de la ML qui
serait pourtant plus pertinente.

Mon petit conseil dans ce cas l : lancez les deux gnrations d'arbres avec les deux mthodes diffrentes
en mme temps, vous obtiendrez le rsultat NJ en premier et pourrez vous dbrouiller grossirement avec.
Puis, lorsque le ML sera fini, vous pourrez trs bien comparer vos deux arbres (avec le magnifique
TreeJuxtaposer par exemple) et avoir un rsultat plus proche de la ralit.

Le fichier d'entre (input)

Pour obtenir un bel arbre final, il est important de s'assurer tout d'abord de la qualit de l'alignement que
l'on fourni en entre. Il est donc primordial de vrifier que votre alignement est bien ralis. Sans cela,
votre arbre n'en sera que de plus mauvaise qualit et vos interprtations le seront donc galement.

Vrifiez donc que ce que vous avez align (ADN ou acides amins) est assez similaire et que l'alignement
de ces squences signifie bien quelque chose. En d'autres termes : si vous alignez des squences codant
pour l'insuline chez le chameau avec des squences lies la production de venin chez les serpents, ne
soyez pas tonns de ne rien apprendre...

Encore une fois, j'insiste mais c'est utile, posez-vous les bonnes questions : mon alignement est-il assez bon
(j'entends par l qu'il faut que les squences aient suffisamment de similarit pour qu'on puisse supposer
un lien d'homologie entre elles) ? Les espces/gnes/protines tudis sont-ils proches, trs proches ou je
n'en sais absolument rien ? Un arbre m'apportera-t-il les rponses mon problme ?

Les formats de fichiers existants (output)

Deux formats de fichiers prdominent dans la gnration d'arbres phylognique : le Nexus et le Newick.
Que ce soit autant pour l'un que pour l'autre, les deux types de formats ne sont pas forcment trs digestes
quand on se plonge dedans. J'ai par ailleurs une petite prfrence pour le Newick. Mme si au final le
choix revient bien souvent au logiciel que l'on utilise pour visualiser l'arbre et sa capacit lire l'un ou
l'autre.

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

5 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

Le Nexus est organis en blocs. Chaque bloc commence de la sorte "begin <nom du bloc>;" et fini par
"end;". En voici un exemple :
#NEXUS
Begin trees;
Translate
1 gene_A,
2 gene_B,
3 gene_C,
4 gene_D,
5 gene_E,
6 gene_F,
7 gene_G,
8 gene_H,
9 gene_I,
10 gene_J;
tree PAUP_1 = [&amp;U] (1,((2,3),((((4,10),(5,8)),(6,9)),7)));
END;

Et voici ce que donne l'arbre avec iTOL

Le Newick pour sa part ne possde pas cette organisation en blocs et peut tre crit sur une seule et mme
ligne (parfois donc trs longue).
Voici un exemple d'un fichier reprsentant un arbre au format Newick :

(((seq_A:0.28006,seq_B:0.22089):0.40998,(seq_C:0.32304,
(seq_D:0.58815,((seq_E:0.5807,seq_F:0.23569):0.03586,
seq_G:0.38272):0.06516):0.03492):0.14265):0.63594,(seq_H:0.65866,
seq_I:0.38791):0.32147,seq_J:0.57336);

Et voici ce que donne l'arbre avec iTOL

Vous remarquerez sur ce dernier la prsence d'une information en plus : la longueur des branches. Nous
verrons comment l'interprter plus loin.

Les logiciels utiliss pour la cration d'arbres phylogniques

Vous savez maintenant que l'on obtient un arbre partir d'un alignement qui a du sens, qu'il existe
plusieurs mthodes de gnration d'arbres et que le format de sortie du fichier (output) n'est pas unique.
Bien, maintenant il serait donc temps de s'intresser quel programme choisir.
Comme vous pouvez vous en douter, cela dpendra premirement de la mthode que vous souhaiterez
employer mais aussi du format de fichier que vous dsirerez en sortie (des convertisseurs existent).
Les logiciels permettant de gnrer des arbres phylogniques sont lgions (et pour la plupart tous
rfrencs sur cet excellent site). Je ne vais donc pas refaire ce travail d'numration mais plus vous
orienter sur mes prfrs pour chaque mthode. Je vous invite bien entendu discuter de ces choix en
commentaire si vous le dsirez.
Intressons-nous donc d'abord aux mthodes dites de distances (gnralement la mthode NJ pour la

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

6 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

plupart) :

- quicktree , rapide et efficace. Il fait parfaitement le boulot. Gre trs bien les grandes quantits de
squences. Rien redire.

- MEGA (aussi utilisable en ML), un des pionniers en la matire. Dj bien dcrit la fin de cet article, je
reste sur mes positions et ne vous le conseille que pour des tout petits jeux de donnes...et encore.
- Paup* (aussi utilisable en ML), payant. Je ne l'ai jamais utilis mais on en entend assez souvent parler.
- PHYLIP (aussi utilisable en ML), galement un des vieux de la vieille. A fait ses preuves.
- BioNJ se combine Paup ou/et PHYLIP. De bons retours galement.
Puis pour les mthodes dites de caractres (ML, Parcimonie) :

- RaXML (ou RaXMLGUI pour ceux/celles prfrant les clics), mon prfr car il offre un grand nombre
d'options possibles et fournit de trs bons rsultats. Essayez-le !
- PHYML, au cas o RaXML ne vous aurait pas entirement convaincu.
- PAML, fait le boulot galement.

- Porn* pour son nom, j'avoue ne jamais l'avoir essay

Au final il se pourrait galement que vous fassiez votre choix en fonction des logiciels dj installs sur
votre machine ou votre cluster. Je pense qu'il faut surtout en essayer deux ou trois et comparer les
rsultats obtenus avec vos jeux de donnes avant d'en choisir un pour votre workflow habituel.

Comment visualiser son arbre ?

Question... Crdit : Tsahi Levent-Levi sur Flickr

(CC-by 2.0)

Encore une fois, ici, le phylogniste est confront des logiciels par dizaines. Le choix se fera
essentiellement sur la capacit de ceux-ci diter les arbres affichs (couleurs, longueurs des branches,
noms, style d'arbre, etc), sur leur vitesse dexcution mais aussi sur l'esthtisme final de ceux-ci (un trait
noir tout carr et mal fini n'aura aucune chance face un trait travaill avec un petit jeu de lumire dessus
par exemple). Voici donc une courte prsentation de quelques logiciels de visualisation/dition d'arbres :
- Dendroscope (petit tutorial bien fait) donne des rsultats assez sympas. Il est libre d'accs (vous devez
juste demander l'autorisation symbolique de l'utiliser l'auteur qui vous renverra gentiment une cl).
Encore une fois : l'essayer c'est l'adopter. Je ne vous joindrai pas de captures d'cran, tout est sur le site

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

7 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

officiel.

- Archaeopteryx, un nom de dinosaure pour un logiciel de visualisation d'arbres volutifs, quoi de plus
normal ? Il ne fait pas partie de mes prfrs en raison de son rendu final sur lequel j'aurais pas mal
redire (trs annes 90) mais se dmarque assez sur sa capacit diter votre arbre via l'interface.
essayer galement.

- Treedyn, pour ne rien vous cacher je ne l'ai jamais utilis. Mais on m'en a dit que du bien. Apparemment
on peut presque faire le caf avec. J'attends volontiers vos retours si vous connaissez la bte !
-iToL, ici rien besoin d'installer puisque tout se passe sur le serveur de l'EMBL. Un outil merveilleux
autorisant pas mal de choses et qui est trs facile prendre en main. Essayez-le vite !

Comment interprter ce que l'on voit ?

Il faut d'abord savoir ce que l'on cherche...

Ce n'est donc pas vraiment possible de faire un manuel du parfait petit gnrateur d'arbres phylogniques
de A Z.
Nous allons donc voir les diffrentes choses qui peuvent tre traites partir d'une visualisation d'arbre.

- L'analyse partir des valeurs de bootstrap : si vous avez suivi jusque-l, vous savez que la valeur du
bootstrap prsente sur votre arbre est importante. En effet, plus celle-ci sera leve, plus la jonction entre
les deux branches tudies pourra tre considre comme robuste.

- L'analyse de la longueur des branches : la longueur des branches horizontales est proportionnelle la
"quantit d'volution" entre les squences et leurs anctres (unit = nombre de substitutions/site). Sur un
arbre phylogntique, les anctres sont reprsents par la jonction des branches (2 branches ou plus).
Donc, en gros, plus une branche sera longue plus les squences correspondantes seront loignes en terme
d'volution par rapport son anctre et entre elles. En gnral, l'arbre s'assortit d'une chelle de distance
mais vous pouvez bien sr afficher la longueur (comprise entre 0 et 1 la plupart du temps) sur les branches
de l'arbre si c'est vraiment un critre important pour votre tude.

- Arbre enracin ou arbre non-enracin : il faut savoir qu'il est particulirement difficile d'orienter
temporellement les diffrences parmi les squences et c'est pour cela que beaucoup de mthodes
produisent des arbres non-enracins. Il existe cela dit plusieurs mthodes pour tenter d'enraciner un arbre
phylognique : on peut choisir d'introduire un groupe (une ou plusieurs squences) externe ceux tudis
(on sait alors que la branche reliant ce groupe aux autres peut tre considre comme la racine) ou on peut
considrer que toutes les lignes ont volu de la mme manire en mme temps et se dire que la racine
est le point de l'arbre quidistant de toutes les feuilles. partir de l, vous pourrez alors choisir la
visualisation qui correspondra le mieux votre tude (phylogramme ou cladogramme de plusieurs sortes
possibles).
- L'extraction de sous-groupes : parfois, on peut tre amen visualiser des arbres gigantesques. Il peut
tre intressant alors de les dcouper astucieusement en plusieurs parties. Ainsi, vous pourrez peut-tre
mme aller jusqu' r-affiner vos alignements en relanant ceux-ci uniquement avec les squences prises
en considration et vous pourrez galement affiner votre arbre partir de vos nouveaux alignements.

J'espre que je ne vous ai pas perdu au fil de ce billet qui je l'espre vous aura permis de comprendre les
arbres phylogniques du dbut la fin. Il est vident que je n'ai pas pu tout traiter d'un coup, mais ne vous
en faites pas : je reviendrai

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

8 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

propos de Yoann M.

Je suis issu d'une licence de Biologie des Organismes et du Master de Bioinformatique de Bordeaux
(Promo 2011).
J'ai t bioinformaticien l'Ecole Polytechnique Fdrale de Lausanne (EPFL) pendant 4 ans. Tout
d'abord dans le laboratoire Trono puis dans le laboratoire Duboule, je fus ensuite rattach la
plateforme de bioinformatique et de biostatistiques de lEPFL (BBCF) o j'ai dvelopp BioRepo,
un LIMS (Laboratory Information Management System) pour les donnes issues de HTS.

Depuis dbut 2015, je suis en poste en tant que Bioinformaticien/Data Manager au sein de lInstitut
de Recherche Technologique BIOASTER Lyon.
Enfin, j'ai l'honneur et la fiert d'tre un des fondateurs/administrateurs de bioinfo-fr.net et grand
supporter des Girondins de Bordeaux.

Catgorie: Dcouverte | Tags: arbre, volution, newick, nexus, phylogntique, phylognie, taxon
S'abonner au flux de commentaires de cet article

20 commentaires sur Les arbres phylogntiques : construction et

interprtation
1.

Hocine Ziam

dcembre 14, 2012 9:04

Excellent rsum, cela ma permis d'avoir une ide claire alors qu'avant je ne distingu plus entre ces
tests statistiques. J'aurais aim lire un petit commentaires sur la signification des valeurs bootstrap,
valeur maximum de vraisemblance. Je trouve beaucoup d'auteurs qui utilise dans leurs
interprtations ces valeurs alors qu'ils utilisent des arbres de distance gntique ou des Neighborjoining.
Je vous prie de fournir des claircissement sur ces dans la mesure du possible.
Rpondre
2.

Yoann M.

dcembre 14, 2012 9:29

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

9 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

Merci Hocine pour votre commentaire.

Je pensais avoir t assez clair pour ce qui est du bootstrap. La technique en elle mme est trs bien
explique sur le lien que j'ai propos dans le paragraphe. Je n'ai pas voulu rpt la dfinition qui me
semblait difficilement amliorable. Cependant si vous dsirez que je vous explique celle-ci par
rapport un cas concret que vous avez disposition, j'en serai ravi.
Le bootstrap est trs utilis car trs fiable.
Pour ce qui est du maximum de vraisemblance, comme je l'ai dit dans l'article : tout dpend de ce
que vous rechercher montrer.
Par contre, je pense que vous vous trompez (ou alors je ne comprend pas ce que vous dites) : il n'est
pas possible d'additionner une mthode dite de Maximum de Vraisemblance (ML) avec une
mthode dite de Neighbor-Joining (NJ).
Enfin... oui, dans l'absolu c'est faisable mais a n'aurait aucun sens.
Comprenez bien qu'ici on parle d'une mthode de caractre (ML) et d'une mthode de distance
(NJ). Ces deux mthodes ne sont pas utilises pour chercher/trouver les mmes choses.
J'espre vous avoir clairci dans votre questionnement. N'hsitez pas aller plus loin dans un autre
commentaire si ce n'est pas le cas.
Au plaisir de vous lire !
Rpondre
3.

Hocine Ziam

dcembre 15, 2012 3:20

Merci Yoann pour le commentaire. Aprs avoir lu les informations du site, je comprend bien que
chaque mthode utilise des critres diffrents, donc l'interprtation est fonction des donnes. Alors
j'ai un problme de langage pour l'interprtation. J'ai construit un arbre bas sur; je vais l'crire en
anglais si vous n'avez pas d'inconvnients; the average distance using the percentage of identit. ce
qui n' a rien a voire avec le NJ. Dans ce cas prcis est ce que je peux parl des valeurs bootstrap
(relative aux diffrentes valeurs de la distance gntique qui s'affiche sur l'arbre)entre les diffrents
groupe. De plus, je ne sais pas est ce que vous tes prt m'aider pour l'interprtation de cette arbre.
Si oui je vous prie de me faire parvenir votre mail afin je vous fasse part de document.
Cordialement.
Rpondre
4.

Yoann M.

dcembre 15, 2012 3:34

Votre commentaire est assez flou. J'ai l'impression que beaucoup de notions se mlangent
malheureusement.
Vous pouvez m'envoyer un mail admin[at]bioinfo-fr.net avec votre arbre et la manire dont vous
l'avez construit.
J'essayerai alors de vous aider comprendre et interprter ce dernier.
Rpondre

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

10 sur 17

5.

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

Koffi

janvier 11, 2013 6:08

Merci pour le cours. Je soushaite savoir quel est l'astuce pour identifier les sous-groupes dans un
arbre phylogntique.
Rpondre

Yoann M.

janvier 15, 2013 12:27

Bonjour Koffi,

l'identification de sous-groupes dans un arbre est propre chaque arbre et chaque lment
tudi. Je ne peux donc pas vous fournir de formule miracle : a n'existe pas.
Bon courage dans vos interprtations et merci pour votre commentaire.
Rpondre

Vincent Lefort

fvrier 20, 2013 2:21

A dfaut d'avoir une mthode pour identifier des groupes, vous pouvez essayer
d'identifier des phylotypes grce au logiciel du mme nom:
http://www.phylotype.org
Attention, en plus de l'arbre au format Newick, il faudra vous munir d'un fichier
contenant des annotations relatives aux taxa tudis.
Rpondre

Yoann M.

fvrier 20, 2013 2:28

Bonjour Vincent et merci pour ton commentaire.

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

11 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

Je ne connaissais pas ton logiciel, mais il me semble qu'il est trs rcent en jug
la date de la publication.
Il faudrait donner un exemple de ce que tu appelles "annotations relatives aux
taxa tudis". Rien que sur le site on ne voit pas qu'il faut a. Un petit tutoriel
manque selon moi.
Je serai heureux d'essayer phylotype pour des tudes futures quand tout sera bien
expliqu
Rpondre
6.

DIALLO

janvier 22, 2013 12:18

Slt! Je suis vraiment trs satisfait de parcourir ce site et voir ton brillant rsum en ce qui concerne
linterprtation des arbres phylogntiques qui m'a toujours cot de la quinine.
Au fait je suis de la L3 Bio(option Ecologie) mais dans une de nos matires(cladistique)je suis
confront ces interprtations.
Ton rsum m'a beaucoup servi,je voudrai si le temps te permet de m'approfondir un peu sur
l'analyse du boostrap(non pas sur ce qu'on observe au niveau de l'arbre mais au niveau
phylogntique).
Grand merci toi.
Rpondre

Yoann M.

janvier 22, 2013 10:20

Bonjour Diallo,
Merci pour votre commentaire, je suis heureux de savoir que cet article ait pu vous clairer.
Pour l'analyse du bootstrap, je pense en faire un article. Donc ds que j'ai un peu de temps je
m'y mettrai. Merci pour ton suivi !
Rpondre
7.

Cdric

mars 15, 2013 3:49

Bonjour,
Merci pour ce tuto qui permet d'avoir une vision plus nette de ce qui se fait en construction d'arbre
phylo. J'ai cependant besoin d'un claircissement concernant RaXML. Est ce qu'il fait du maximum
21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

12 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

de parcimonie ? et comment le faire en GUI ?

Merci d'avance.
Cdric
Rpondre

Yoann M.

mars 15, 2013 4:21

Bonjour Cdric et merci pour votre commentaire.

De mmoire RaXML permet bien de faire du maximum de parcimonie mais je ne peux pas
vous aider pour la version GUI : je n'utilise que la ligne de commande :/
Si vous ne trouvez pas votre bonheur avec le GUI voici le manuel de la version "pour barbu" :
http://sco.h-its.org/exelixis/oldPage/RAxML-Manual.7.0.4.pdf
Bonne continuation vous !
Rpondre
8.

lynda

septembre 2, 2013 3:39

Bonjour,
je voudrais d'abord vous remercier pour votre rsum, y'a plein de trucs que j'ai compris avec vos
explications, merci beaucoup.
j'ai une question, quand je fais un bootstrap est ce que c'est sens que l'arbre soit enracin ou pas?
en fait avec NJ j'arrive enracinn l'arbre mais avc bootstrap les espce s'enmelent (j'ai comme
mme un 100% sur la branche du outgroup)
merci
Rpondre

Yoann M.

septembre 2, 2013 3:54

Bonjour lynda,
Trs heureux que a puisse taider. Pour ce qui est de ta question noublie pas une chose : la
mthode de bootstrap naide pas dire si la mthode utilise est bonne, elle te sert juste a
appuyer ta dmonstration laide de statistiques.
De plus, la diffrence entre un arbre non enracin et un enracin est que le premier
(non-enracin) sera une reprsentation intemporelle des relations phylogntiques, tandis que
21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

13 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

le second (enracin) te spcifiera o se situe lanctre commun de tes espces tudies.

Jespre que cela taidera un peu plus ! Bonne continuation toi !
Rpondre

lynda

septembre 2, 2013 4:55

merci pour votre reponse si rapide, en fait j'ai ralis d'abord l'arbre avec NJ puis j'ai
fais le bootstrap pour voir justement la fiabilit des branches obtenus (c'est bien a
n'est-ce pas?) , mais apparemment j'ai pas le mme rsultats.Alors que avec NJ j'ai mon
outgroup et les autres espces qui ont le mme anctre (puisque c'est le role mme du
out group) avc le bootstrap ce dernier s'imbrique au sein mme des espces. voil je
sais pas si c'est un peu clair. merci
Rpondre

Yoann M.

septembre 2, 2013 5:11

Si ton outgroup s'infiltre dans arbre aprs un bootstrap c'est que la plupart des cas
tests ont donn a comme rponse. Aprs cela peut te permettre de voir une
erreur dans ton/tes hypothse(s) de dpart. Es-tu sure que ton outgroup est trs
loign des autres tests ? Les squences ne sont-elles pas trop divergentes entre
elles ?
Cela peut venir de plein de chose... Et c'est difficile de te rpondre comme a
sans savoir exactement ce que tu cherches faire et quel jeu de donne tu as :/
Rpondre

lynda

septembre 2, 2013 6:02

ok!!!merci beaucoup, j'y vois deja un peu plus clair. bonne continuation

9.

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

14 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

aylan

janvier 4, 2015 12:48

je vous remercie pour ce rsum qui m'a permis de mieux comprendre pas mal de notions sur la
construction d'arbres phylogntiques et leur analyses ainsi que les mthodes utilises.
cependant la question que je me pose est la suivante: que doit-on faire aprs l'obtention de l'arbre
(avec application du bootstap,avec utilisation d'une mthode d'infrence adquate l'objectif de
l'tude biensur)? est ce que on peut passer a l'interprtation directement ou y a til d'autre test a
appliquer pour nos rsultats?
merci bq pour ce que vous faites.
Rpondre

Yoann M.

janvier 5, 2015 2:29

Bonjour aylan et merci pour votre commentaire.

En effet vous pouvez vous arreter l afin de passer l'interprtation. Ou alors vous pouvez
peaufiner votre tude en ciblant un ou plusieurs clusters qui apparaitraient grce votre arbre
et ainsi rpter l'opration sur celui-ci/ceux-ci afin d'avoir quelquechose de peut etre plus
prcis cibl uniquement sur les individus prsents dans le/les cluster(s) d'intrts.
Un trs bon dbut d'anne vous !
Rpondre
10.

DIMARTINO

novembre 18, 2015 3:10

Bonjour !
Je rencontre un gros problme quant aux valeurs de bootstrap. Grce vous j'ai trs bien compris ce
qu'elles signifiaient mais il m'est IMPOSSIBLE aprs de longues recherches, d'obtenir ces valeurs
sur mon arbre. J'ai rcupr mon format Newick et j'ai visualis mon arbre sur TreeDyn ! Merci par
avance de votre prcieuse aide.
Cordialement.
Rpondre

Laisser un commentaire

Votre adresse de messagerie ne sera pas publie. Les champs obligatoires sont indiqus avec *

21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

15 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

Commentaire
Nom *

Adresse de contact *
Site web

Prcdent Suivant

Articles au hasard

Base de donnes - notions

mar 24 Juil 2012

Ping en JavaScript (jQuery.ajax)

mer 28 Mai 2014
21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

16 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

L'annotation de rgions gnomiques et les analyses denrichissement

jeu 16 Avr 2015

Questions Gabriel Chandesris

mer 18 Mai 2016

Remise des diplmes du master BIG (Rennes)

jeu 18 Fv 2016

Liens

BioStar
JeBiF
Les Bioinformations
SFBI

Catgories

Actualit (10)
Astuce (28)
21/05/2016 23:34

Les arbres phylogntiques : construction et interprtation | bioinfo-fr.net

17 sur 17

http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation

Brves (6)
Confrence (11)
Contribuer (1)
Dcouverte (87)
Didacticiel (27)
Editorial (34)
En image (9)
Entretien (10)
Formation (11)
J'ai lu (8)
Journal Club (4)
Opinion (19)
Suivez l'guide (14)

Commentaires rcents
Lans dans Mtagnomique : diffrences fondamentales avec la gnomique
coraline dans BLAST en pratique
ZaZo0o dans Inkscape : l'outil idal pour vos figures et posters
Alexandre dans Inkscape : l'outil idal pour vos figures et posters
ZaZo0o dans Inkscape : l'outil idal pour vos figures et posters

tiquettes
alignement multiple

analyse base de

donnes Bioinformatics bioinformatique code confrence dbutant

Dcouverte edito editorial emploi formation GenBank Gnomique institut Interview JeBiF JOBIM langage

modlisation Mtagnomique Nature Methods NCBI outil Perl phylognie

rseau mtabolique

programmation protine Python R rentre

script SFBI shell SIB SQL statistiques strip squenage thse Tips

tutoriel visualisation

Sauf mention contraire, tous les contenus sont publis sous licence CC-by-SA 2.0 et suprieure.
Pour les scripts et binaires, rfrez-vous la licence associe attribue par l'auteur.
Pour tout renseignement supplmentaire : admin AT bioinfo-fr.net.
Design: imago-fr.org.

21/05/2016 23:34