ENZIMAS

Qumica Biolgica-Curso 2015

ENZIMAS-Parte 1
Unidad IV

Propiedades Generales
Introduccin
Naturaleza qumica
Clasificacin y nomenclatura

Principios de Cintica Enzimtica

Fundamentos de la catalisis
Ecuacin de Michaelis-Menten
Factores que afectan la catalisis

Introduccin

ENZIMAS

Introduccin

Introduccin
1850. Luis Pasteur refut la teora de generacin
espontnea y present su teora de que el azcar se
converta en etanol debido a la existencia de fermentos

1877. Wilhelm Kuhne acu el trmino enzima.

Literalmente, significa en la levadura

1897. Eduard Buchner descubri que la fermentacin del

azcar era posible por la existencia de la enzima zimasa.
Nobel de qumica en 1907

1926. James Sumner cristaliz la enzima ureasa y

determin que estaban formadas solo por protenas. Le
signific el premio Nobel de qumica en 1946

ENZIMAS: Son catalizadores sintetizados por las

clulas vivas y que actan en la totalidad de las
reacciones biolgicas
Catalizadores altamente eficientes
Condiciones suaves de pH, presin y temperatura
Especificidad de reaccin y de sustrato (sustancia
reaccionante)
Capacidad de regulacin de una va metablica

Propiedades Generales
Nomenclatura y Clasificacin

La reaccin que cataliza es la siguiente:

H2N

C=O +

H2N
urea

UREASA

H2O

agua

2 NH3

CO2

450kDa

amonaco dixido de carbono

Las enzimas se clasifican segn las reacciones que catalizan

Propiedades Generales
Nomenclatura y Clasificacin
(Comisin de Enzimas de la Unin Internacional de Bioqumica y Biologa Molecular)

1. Oxidorreductasas

Catalizan reacciones redox (6 subclases)

2. Transferasas

Transfieren grupos funcionales entre donores y aceptores

3. Hidrolasas

Catalizan la hidrlisis de sustratos

4. Liasas

Catalizan reacciones de lisis que generan un doble enlace

5. Isomerasas

Catalizan la transferencia de grupos dentro de molculas,

dando formas isomricas

6. Ligasas

Catalizan formacin de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N por

condensacin de molculas

Propiedades Generales
Nomenclatura y Clasificacin
(Comisin de Enzimas de la Unin Internacional de Bioqumica y Biologa Molecular)

E.C. 1.1.1.1

E.C. 4.1.1.1

E.C. 3.4.17.1

E.C. 2.7.1.2.

E.C. 5.2.1.1

E.C. 6.4.1.1

Propiedades Generales
En su mayora son protenas
Su actividad depende de la integridad de su conformacin
proteica nativa
Iones Metlicos

Algunas requieren de cofactores

Molcula orgnica
(coenzima)

Cofactor unido por enlace fuerte = GRUPO PROSTETICO

Propiedades Generales

Propiedades Generales
Cofactores metlicos

Zinc (Zn2+)

Monomrica. 30000 Dalton

EC 4. 2. 1. 1

Propiedades Generales
Cofactores metlicos

Propiedades Generales
Cofactores orgnicos o metaloorgnicos

FAD
Dimrica, 33kDa

Propiedades Generales
Cofactores orgnicos o metaloorgnicos

Catalisis
Una enzima proporciona un ambiente especfico dentro del cual puede
producirse una reaccin determinada a mayor velocidad: SITIO ACTIVO
Ejemplo: Sitio activo de una oxidoreductasa
Cofactor

Sustrato

Enzima

Reductasa
NADPH + H + 2 Fdox (Fldsq) 2 Fdred (Fldhq) + NADP+

Global

Catalisis
SITIO ACTIVO en quimiotripsina (25kDa, EC 3.4.21.1). Cataliza la ruptura de enlaces peptdicos adyacentes a
aminocidos aromticos (Trp, Phe, Tyr)

Aminocidos catalticos: cambios covalentes del

sustrato durante la reaccin enzimtica

Aminocidos de especificidad: Participan en la unin

del sustrato a la enzima. No intervienen en los
cambios covalentes

Aminocidos de conformacin: No participan en el

proceso cataltico. Necesarios para mantener la
estructura tridimensional de la enzima.

Catalisis

Catalisis
() Formacin de cargas transitorias, reordenamiento
de enlaces, transformaciones, etc.
G= energa de activacin

G= variacin de la energa libre estndar bioqumica a

pH = 7.0

G indica si un proceso es termodinmicamente favorable o no (estndar)

G determina la velocidad de una reaccin

Catalisis
Reaccin catalizada por una enzima

La posicin y la direccin del equilibrio no se ven afectadas por un catalizador

Un catalizador aumenta la velocidad por disminucin de la energa de activacin

Las enzimas aceleran reacciones ya que facilitan la formacin del

estado de transicin, SIN modificar la posicin del equilibrio

Catalisis
Un catalizador aumenta la velocidad por disminucin de la energa de activacin

K eq
S
'

v k S

G ' RT ln K 'eq

k T G
k
e
h

/ RT

La relacin entre la constante de velocidad (k) y la energa de

activacin (G) es inversa y exponencial
Las enzimas aceleran reacciones ya que facilitan la formacin del
estado de transicin, pero no modifican la posicin del equilibrio

Catalisis

Por qu una enzima disminuye la G?

Energa de Fijacin (GB): Energa liberada por las interacciones no covalentes ENZIMASUSTRATO (ptimas en el estado de transicin)

Llave-cerradura

Linus Pauling

Catalisis

Las interacciones dbiles entre enzima y sustrato en el estado de transicin

proporcionan la fuerza impulsora para la catlisis enzimtica

Cintica Enzimtica
Estudio de la velocidad de una reaccin
parmetros experimentales que la afectan

Se mide Vo

[S] >>[E]

catalizada enzimticamente

y de los

Cintica Enzimtica

La enzima se combina en primer lugar con el sustrato formando un complejo E-S

(proceso reversible y rpido) y ese complejo se descompone en un paso ms
lento para dar producto y enzima libre

Cintica Enzimtica

Concentracin

Cintica Enzimtica

La velocidad medida V0, refleja

generalmente el estado estacionario

Tiempo
Estado
pre-estacionario:
formacin de ES

Estado estacionario:
ES casi constante

Cintica Enzimtica
Ecuacin de Michaelis Menten

1- Considerar velocidades de formacin y descomposicin de [ES]

2- Considerar [ES] permanece CONSTANTE estado estacionario
3- Tratamiento algebraico de la expresin para expresar [ES] en funcin de
variables que puedan medirse experimentalmente

Cintica Enzimtica
Ecuacin de Michaelis Menten

Cintica Enzimtica
Ecuacin de Linewaver-Burk

Km
1
1
=
+
V0 Vmax S Vmax

Cintica Enzimtica
Parmetros cinticos
Km depende del mecanismo de reaccin: numero de pasos y de la velocidad
relativa de cada uno

k2 k1
Km
k1
Si k2<<k-1

Km= k-1/k1

Km= constante de disociacin del complejo ES = Kd

Km es una medida de la afinidad de la enzima por su sustrato

Si k2>>k-1
Si k2 k-1

Km= k2/k1
Km es una combinacin de cttes.

En cualqueir caso Km es una medida de la [S] requerida para una catalisis eficiente

Cintica Enzimtica
Parmetros cinticos
Vmax depende del mecanismo

kcat define la etapa limitante de cualquier reaccin en condiciones de saturacin

Cintica Enzimtica
Parmetros cinticos
kcat define la velocidad limitante de cualquier reaccin en condiciones de saturacin
V0 =

kcat Et S
Km+ S

kcat = nmero de recambio = Vmax/[Et]

kcat se define el nmero de molculas de sustrato convertidas en producto por

unidad de tiempo en una sola molcula de enzima, cuando la enzima est
saturada con el sustrato

Tiempo de ciclo cataltico se define como 1/kcat

Cintica Enzimtica
Parmetros cinticos. Ejemplo

En condiciones ptimas de reaccin, un microgramo de protena pura (PM

92000) cataliz una reaccin a 0.5 moles/min, en condiciones saturantes
de sustrato. Calcule el nmero de recambio y el tiempo del ciclo cataltico

Cintica Enzimtica
Parmetros cinticos
kcat/Km constante de especificidad. Es la constante de velocidad para la
conversin de E+S a E+P

Cintica Enzimtica
Otras expresiones
Actividad de una enzima: se expresa en moles de sustrato convertidos a
producto o, en cantidad de producto generado por minuto, bajo condiciones
especficas de ensayo.

Unidad de enzima (UE o U): Es la cantidad de enzima necesaria para

transformar 1 mol de sustrato por minuto.
1U = mol/ 1min
Actividad especfica (AE): nmero de unidades de enzima por mg de
protena o cantidad de enzima necesaria para transformar 1 mol de
sustrato por minuto por mg de protena.
AE = U / mg de protena

Resumen de Conceptos
Enzimas: Catalizadores biolgicos sintetizados por las clulas vivas. Principalmente de
naturaleza proteica. Importancia de la estructura nativa
La reaccin entre la enzima y su sustrato se lleva a cabo en un sitio especifico llamado sitio
activo

Reciben su nombre en funcin de la reaccin que catalizan. Se caracterizan por su nombre

terminado en el sufijo asa
Algunas enzimas requieren para su actividad, la presencia de grupos adicionales llamados
cofactores
Las enzimas aumentan la velocidad de reaccin disminucin de la energa de activacin. No
modifican la posicin del equilibrio
Energa de Fijacin (GB): Energa liberada por las interacciones no covalentes
SUSTRATO (ptimas en el estado de transicin)

ENZIMA-

La ecuacin de Michaelis-Menten explica el comportamiento cintico de enzimas en el estado

de transicin.
Significado de los parmetros cinticos: Km, Vmax, kcat, 1/kcat, kcat/Km