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RICCARDO ZUCCHI
DATI REGISTRO
insegnamento

BIOCHIMICA
(cod. 140EE)

corso di studi

IBM-L - INGEGNERIA BIOMEDICA

responsabile

Riccardo Zucchi

docenti

Riccardo Zucchi

totale ore

57

LEZIONI
Introduzione generale al corso. Propriet generali degli esseri viventi e
loro definizione in rapporto al secondo principio della termodinamica. La
2:0
vita come un sistema di reazioni chimiche in soluzione acquosa.
02/03/2016 16:30 18:30
lezione
hh
Propriet generali del carbonio. Principali gruppi funzionali della chimica
organica e relativa nomenclatura: idrocarburi saturi ed insaturi, alcoli,
aldeidi, chetoni, acidi carbossilici, ammine.

RICCARDO
ZUCCHI

Struttura generale degli aminoacidi. Tipi di isomeria presenti nelle

molecole organiche. Propriet acido-base degli aminoacidi. L'equazione
di Henderson-Hasselbach ed il grado di dissociazione delle molecole
organiche in condizioni fisiologiche. Il legame peptidico. Richiami sul
3:0
concetto di legame covalente e sui concetti di risonanza e
03/03/2016 08:30 11:30
lezione
hh
delocalizzazione elettronica. Struttura e propriet generali delle catene
laterali degli aminoacidi: aminoacidi alifatici, aminoacidi con gruppi
alcoolici, aminoacidi contenenti zolfo (propriet del legame disolfurico),
aminoacidi acidi (ruolo della risonanza nelle propriet acide del gruppo
carbossilico), aminoacidi basici (confronto fra ammoniaca e guanidina).

RICCARDO
ZUCCHI

Aminoacidi aromatici. Propriet degli atomi di azoto inseriti in anelli

etrociclici. Il ripiegamento delle proteine e
i suoi vincoli. Tipi di interazioni
2:0
09/03/2016 16:30 18:30
lezione coinvolti nel ripiegamento delle proteine: legami disolfurici, legami ionici,
hh
legami ad idrogeno, legami dipolari, legami di van der Waals, effetto
idrofobico.

RICCARDO
ZUCCHI

Struttura secondaria delle proteine: alfa elica ed altri tipi di struttura alfa;
foglietto beta parallelo e antiparallelo; collagene. Struttura terziaria delle
3:0
proteine: concetto di dominio e tipi di dominio. Struttura quaternaria delle
10/03/2016 08:30 11:30
lezione
hh
proteine. Proteine fibrose:
collagene ed alfa-cheratina. Struttura
dinamica delle proteine. Propriet generali delle proteine: formazione di
complessi stereospecifici non covalenti.

RICCARDO
ZUCCHI

Analisi termodinamica del ripiegamento delle proteine. Denaturazione

delle proteine: ruolo della temperatura, di variazioni di pH e di agenti
caotropici. Dinamica del ripiegamento e sue
fasi. Chaperoni molecolari e
loro funzione. Concetto di catalizzatore. Meccanismi di catalisi
2:0
16/03/2016 16:30 18:30
lezione enzimatica: effetto prossimit ed orientamento e stabilizzazione dello
hh
stato di transizione. Come gli enzimi modificano il meccanismo delle
reazioni: classificazione dei meccanismi di azione. L'esempio della trioso
fosfato isomerasi: meccanismo della reazione spontanea e della
reazione catalizzata.

RICCARDO
ZUCCHI

Catalisi covalente: meccanismo dell'idrolisi spontanea del legame

peptidico utilizzando H2O, OH- o H+ come reagenti. Meccanismo di
2:0
17/03/2016 08:30 10:30
lezione azione delle proteasi a serina: la triade catalitica e le sue funzioni. Cenni

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RICCARDO

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hh

sugli altri tipi di proteasi. (terza ora di lezione non svolta per assemblea
studenti)

ZUCCHI

Idratazione dell'anidride carbonica: meccanismo della reazione

spontanea. Meccanismo di azione dell'anidrasi carbonica e
ruolo dello
Zn2+. Altre funzioni degli ioni metallici: catalisi elettrofila e catalisi
2:0
elettrostatica. Cinetica enzimatica. Il modello di Mentens e Michaelis:
23/03/2016 16:30 18:30
lezione
hh
assunzioni del modello e suo sviluppo. Significato di Vmax e KM.
Concetti di saturazione ed affinit. Cinetica sigmoide e modello
allosterico. Meccanismo dell'effetto cooperativo. Concetto di regolazione
allosterica e sua importanza biologica.

RICCARDO
ZUCCHI

Definizione dei glucidi e dei monosaccaridi. L'isomeria ottica.

Nomenclatura degli aldosi e dei chetosi. La configurazione ciclica dei
monosaccaridi. Differenza fra enantiomeri, diasteroisomeri e anomeri.
Derivati dei monosaccarici: acidi, alcoli, aminozuccheri, desossizuccheri,
3:0
31/03/2016 08:30 11:30
lezione glicosidi. Il legame O-glicosidico ed N-glicosidico. Definizione di
hh
disaccaride. Struttura di maltosio, lattosio e saccarosio. Polisaccaridi e
loro classificazione. Struttura dell'amido, del glicogeno e della cellulosa e
loro implicazioni funzionali. Classificazione dei lipidi. Nomenclatura e
propriet degli acidi grassi saturi ed insaturi.

RICCARDO
ZUCCHI

I trigliceridi: struttura e funzione. Struttura dei fosfogliceridi e degli

sfingolipidi. Propriet del fosfato. Propriet generali dei lipidi polari e loro
distribuzione in ambiente acquoso. Propriet dei doppi strati lipidici e loro
2:0
06/04/2016 16:30 18:30
lezione importanza per la struttura e la funzione delle membrane cellulari.
hh
Steroidi e colesterolo. Ruolo del colesterolo nella costituzione delle
membrane cellulari delle cellule animali. Definizione di isoprenoidi ed
eicosanoidi.

RICCARDO
ZUCCHI

Struttura dei nucleotidi. Tautomeria cheto-enolica e

configurazione sinanti. Catene polinucleotidiche unite da legami fosfoesterici. Struttura del
DNA secondo il modello di Watson e Crick. Interazioni che stabilizzano
la doppia elica. Altri tipi di struttura a doppia elica. Struttura
3:0
nucleosomiale del DNA e cenni sulla struttura della cromatina. Propriet
07/04/2016 08:30 11:30
lezione
hh
generali degli acidi nucleici: il concetto di informazione a livello
molecolare. Il problema della stabilit rispetto all'idrolisi in soluzione
acquosa: ragioni della stabilit del legame fosfoesterico e della
particolare stabilit del DNA rispetto all'RNA. Ragioni della sostituzione
dell'uracile con la timina nella molecola del DNA.

RICCARDO
ZUCCHI

Introduzione al metabolismo. Concetto di via metabolica, propriet

generali delle vie metaboliche e concetto di stato stazionario.
2:0
Organizzazione generale del catabolismo. Fase idrolitica del catabolismo
13/04/2016 16:30 18:30
lezione
hh
delle macromolecole. Concetto biochimico di respirazione. La molecola
dell'Acetil-CoA: struttura e significato. Struttura e funzione dei coenzimi
piridinici (NAD e NADP) e flavinici (FAD e FMN).

RICCARDO
ZUCCHI

Respirazione anaerobia e fermentazione. Organizzazione generale

dell'anabolismo. Il principio delle reazioni accoppiate. La molecola
dell'ATP. Determinanti dell'energia libera di idrolisi dell'ATP. Reazioni di
trasferimento del gruppo fosforilico e tipi di composti implicati: anidridi
3:0
14/04/2016 08:30 11:30
lezione fosforiche, acilfosfati, esteri forforici, enolfosfati. Struttura e funzione
hh
della fosfocreatina. Significato metabolico dei tioesteri. Ruolo dei
nucleotidi adenilici nella regolazione del metabolismo. Metabolismo e
secondo principio della
termodinamica: gli esseri viventi come sistemi
chimici aperti che mantengono uno stato stazionario.

RICCARDO
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Glicolisi: bilancio generale. Singole reazioni e loro meccanismo: reazioni

dell'esochinasi, della fosfoglucoisomerasi, della fosfofruttochinasi,
2:0
dell'aldolasi, della trioso fosfato isomerasi.
Logica chimica della prima
20/04/2016 16:30 18:30
lezione
hh
parte della glicolisi. Reazioni della gliceraldeide-3-fosfato deidrogenasi e
della fosfoglicerato chinasi: logica chimica dell'accoppiamento fra

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RICCARDO
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ossidoriduzione e sintesi di ATP.

Reazioni della fosfoglicerato mutasi, dell'enolasi e
della piruvato chinasi
e loro logica chimica. Riassunto generale della glicolisi e guida all'analisi
degli effetti di interventi sui singoli enzimi. Metabolismo del fruttosio e del
glicerolo. Reazione della lattato deidrogenasi e concetto di
3:0
fermentazione lattica: il problema della rigenerazione del NAD.
21/04/2016 08:30 11:30
lezione
hh
Distribuzione della fermentazione alcolica nei diversi tessuti.
Decarbossilazione ossidativa del piruvato: descrizione formale della
reazione ed analisi delle problematiche chimiche. Decarbossilazione
degli alfachetoacidi e ruolo della tiamina pirofosfato. La fermentazione
alcolica.

RICCARDO
ZUCCHI

Reazione della piruvato deidrogenasi: transacilazione e ruolo dell'acido

lipoico; ossidazione dell'acido diidrolipoico e ruolo del FAD. Destino
catabolico dell'acetil-CoA nel ciclo di Krebs: concetto ed organizzazione
2:0
RICCARDO
27/04/2016 16:30 18:30
lezione generale. Analisi delle singole reazioni e loro meccanismo: citrato sintasi,
hh
ZUCCHI
aconitasi, isocitrato deidrogenasi, alfa-chetoglutarato deidrogenasi,
succinil-CoA sintetasi, succinato deidrogenasi, fumarasi, malato
deidrogenasi.
Intermedi del ciclo di Krebs come precursori anabolici. Reazioni che
producono intermedi del ciclo di Krebs. Fosforilazione ossidativa:
2:0
organizzazione generale e significato metabolico. Bilancio energetico del
28/04/2016 08:30 10:30
lezione
hh
catabolismo glucidico. Interazione della luce con la materia e reazioni di
ossidoriduzione. Organizzazione generale della fotofosforilazione e della
fotosintesi.
(terza ora non svolta per assemblea studenti)

RICCARDO
ZUCCHI

Gluconeogenesi: bilancio globale e localizzazione tissutale. Strategia

metabolica ed organizzazione della via metabolica. Struttura e propriet
2:0
04/05/2016 16:30 18:30
lezione della biotina. Reazioni della piruvato carbossilasi,della fosfoenolpiruvato
hh
carbossichinasi, della fruttosio-1,6-bisfosfatasi, della glucosio-6-fosfatasi
e loro meccanismo. Substrati generali per la gluconeogenesi.

RICCARDO
ZUCCHI

Significato della struttura del glicogeno. Reazioni della glicogenosintesi e

della glicogenolisi. Metabolismo idrolitico dei
di- e polisaccarici.
2:0
05/05/2016 08:30 10:30
lezione Glicosidasi dell'apparato digerente. Regolazione del metabolismo:
hh
principi generali. Propriet dei trasportatori GLUT e regolazione del
trasporto del glucosio nei diversi tessuti.

RICCARDO
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Regolazione delle vie metaboliche del metabolismo glucidico.

Regolazione della glicolisi nei tessuti non gluconeogenetici.
Regolazione
2:0
concertata della glicolisi e della gluconeogenesi. Regolazione della
11/05/2016 16:30 18:30
lezione
hh
piruvato deidrogenasi.Regolazione concertata della glicogenosintesi e
glicogenolisi. Il problema del trasporto dell'ossigeno nel sangue e nei
tessuti.

RICCARDO
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12/05/2016 08:30 11:30

3:0
lezione Dr.sa Palumbo: metodiche di analisi delle proteine.
hh

RICCARDO
ZUCCHI

19/05/2016 08:30 11:30

3:0
Dr.sa Carnicelli: isolamento degli acidi nucleici, quantificazione,
lezione
hh
elettroforesi, PCR, sequenziamento automatico e real-time PCR.

RICCARDO
ZUCCHI

Proteine trasportatrici di ossigeno. Necessit di metalli di transizione per

il trasporto dell'ossigeno. Struttura della mioglobina e dell'emoglobina.
Struttura elettronica del Fe. Struttura delle porfirine e dell'eme e loro
2:0
23/05/2016 10:30 12:30
lezione propriet. Il legame dell'ossigeno all'eme ed la sua analisi quantitativa.
hh
Curve di saturazione della mioglobina e dell'emoglobina. L'emoglobina
come proteina allosterica: struttura della desossiemoglobina e
dell'ossiemoglobina
Ragioni della diversa affinit per l'ossigeno
della desossi- e della
ossiemoglobina. Meccanismo molecolare dell'effetto cooperativo. Il 2,3bisfosfoglicerato come effettore allosterico negativo. Effetto Bohr e suo
2:0
lezione
25/05/2016 16:30 18:30
hh
meccanismo molecolare. Il legame del bicarbonato all'emoglobina di

http://unimap.unipi.it/registri/printregistriNEW.php?re=169467:::&ri=9390[14/07/2016 12:34:24]

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coccodrillo e la sua funzione. Propriet dell'emoglobina fetale e looro

basi molecolari. Basi molecolari della tossicit del CO.
Analisi delle molecole dell'ossigeno e del CO in base alla teoria degli
orbitali molecolari. Basi molecolari delle alterazioni eritrocitarie
nell'anemia falciforme. Termodinamica dei flussi ionici di membrana.
3:0
26/05/2016 08:30 11:30
lezione Equazione di Nernst e potenziale di equilibrio. Tipi di proteine che
hh
modulano i flussi ionici di membrana: ATPasi (pompe ioniche),
scambiatori e canali ionici. Analisi termodinamica della funzione della
Na/K-ATPasi, della Ca-ATPasi e dello scambiatore Na/Ca.

hh = ore accademiche

DETTAGLIO SUDDIVISIONE ORE

docente

ore effettuate tipo didattica

RICCARDO ZUCCHI

57 ore lezione

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