Personalisierte Medizin basierend auf mehr als nur Gentests:

Transkriptomik

Proteomik
Metabolomik
Dr. Christina Ludwig
ETH Zrich, Institut fr Systembiologie,
Arbeitsgruppe Professor Ruedi Aebersold

bersicht

Einfhrung: DNA RNA Proteine Metabolite

Wo werden Proteine bereits heute in der personalisierten Medizin

eingesetzt?
Beispiel: Leukmie-Typisierung
Beispiel: Her2-positiver Brustkrebs

Proteomik und personalisierte Medizin in der Zukunft?!

Proteinnetzwerke
Massenspektrometrie
Beispiel: Everolimus

Take-home Messages

bersicht

Einfhrung: DNA RNA Proteine Metabolite

Wo werden Proteine bereits heute in der personalisierten Medizin

eingesetzt?
Beispiel: Leukmie-Typisierung
Beispiel: Her2-positiver Brustkrebs

Proteomik und personalisierte Medizin in der Zukunft?!

Proteinnetzwerke
Massenspektrometrie
Beispiel: Everolimus

Take-home Messages

Genotyp ist nicht gleich Phnotyp

Umwelteinflsse
Lebensgewohnheiten
Mikrobiom

Blackbox
DNA, Gene

Genotyp
(Gesamtheit der
Erbeigenschaften)

Phnotyp
(sichtbare Eigenschaften, z.B.
Augenfarbe, Haarfarbe,
Krankheitsbilder, etc.)

Kennen wir den Genotyp einer Person dann kennen wir dessen Phnotyp
2

Genotyp ist nicht gleich Phnotyp

Transkription

Translation

DNA

RNA

(Gene)

(Transkripte)

Proteine
(Eiweisse)

Metabolite
(Stoffwechselprodukte)

Phnotyp

Omiks: Bestimmung der Gesamtheit verschiedener Moleklklassen

Transkription

Translation

Metabolite

DNA

RNA

(Gene)

(Transkripte)

(Eiweisse)

(Stoffwechselprodukte)

Genom

Transkriptom

Proteom

Metabolom

Genomik

Transkriptomik

Proteomik

Metabolomik

Proteine

Phnotyp

Der komplexe Weg von DNA zum Phnotyp

Transkription

Translation

DNA

RNA

(Gene)

(Transkripte)

Sprache:
4 Nukleinbasen
ATCG

Sprache:
4 Nukleinbasen
AUCG

Proteine
(Eiweisse)

20 Aminosuren

Metabolite
(Stoffwechselprodukte)

Phnotyp

ca. 2500
chemische
Verbindungen

Der komplexe Weg von DNA zum Phnotyp

DNA

RNA

(Gene)

(Transkripte)

Proteine
(Eiweisse)

Metabolite
(Stoffwechselprodukte)

Phnotyp

Die DNA ist der Bauplan des Lebens, er bestimmt was theoretisch alles in einer Zelle
passieren kann.
Die RNA ist eine Kopie des Bauplans, und zwar von solchen Genen die
gerade akut in der Zelle bentigt werden.
Die Proteine sind die Bausteine des Lebens sie bestimmen was
tatschlich in einer Zelle passiert.
Die Metabolite sind wie die Fingerabdrcke von allen ablaufenden zellulren
4
Prozessen, und zeigen das Geschehen innerhalb der Zelle.

Genomik existiert bereits heute im grossen Stil

Dezember 2012:
Die Englische Regierung plant die
komplette Sequenzierung von
100 000 Menschen.
2012:
Das Pekinger Genominstitut
berichtet von der Sequenzierung
1 Millionen menschlicher
Genome.

Unsere Gene lassen sich technisch leichter messen als unsere Proteine.

Warum?!?
5

Proteomik Ein komplexes Forschungsfeld

Transkription

Translation

DNA

RNA

(Gene)

(Transkripte)

ca. 23 000
humane Gene

ca. 100 000

Transkripte

alternatives
Spleissen

Das Genom ist

konstant und in
allen Zellen gleich

Proteine
(Eiweisse)

Metabolite
(Stoffwechselprodukte)

Phnotyp

> 1 000 000

Proteinformen

Posttranslationale
Modifikationen

Das Proteom ist

dynamisch und
verndert sich in fast
jeder Zelle stndig

Proteomik Ein komplexes Forschungsfeld

Transkription

Translation

DNA

RNA

(Gene)

(Transkripte)

ca. 23 000
humane Gene

ca. 100 000

Transkripte

alternatives
Spleissen

Das Genom ist

konstant und in
allen Zellen gleich

Proteine
(Eiweisse)

Metabolite
(Stoffwechselprodukte)

Phnotyp

> 1 000 000

Proteinformen

Posttranslationale
Modifikationen

Das Proteom ist

dynamisch und
verndert sich in fast
jeder Zelle stndig

Proteomik Ein komplexes Forschungsfeld

Transkription

Translation

DNA

RNA

(Gene)

(Transkripte)

ca. 23 000
humane Gene

ca. 100 000

Transkripte

alternatives
Spleissen

Proteine
(Eiweisse)

Metabolite
(Stoffwechselprodukte)

Phnotyp

> 1 000 000

Proteinformen

Posttranslationale
Modifikationen

Komplexitt

Proteomik Ein komplexes Forschungsfeld

Transkription

Translation

DNA

RNA

(Gene)

(Transkripte)

ca. 23 000
humane Gene

ca. 100 000

Transkripte

alternatives
Spleissen

Proteine
(Eiweisse)

Metabolite
(Stoffwechselprodukte)

Phnotyp

> 1 000 000

Proteinformen

Posttranslationale
Modifikationen

Fr die personalisierte Medizin der Zukunft

reicht es nicht den Bauplan (Gene)
unseres Lebens zu kennen,
stattdessen mssen wir das fertige Gebude mit all seinen
Bausteinen kennen und verstehen WIE, WO und WANN diese
Bausteine zusammengesetzt werden.
6

bersicht

Einfhrung: DNA RNA Proteine Metabolite

Wo werden Proteine bereits heute in der personalisierten Medizin

eingesetzt?
Beispiel: Leukmie-Typisierung
Beispiel: Her2-positiver Brustkrebs

Proteomik und personalisierte Medizin in Zukunft?!

Proteinnetzwerke
Massenspektrometrie
Beispiel: Everolimus

Take-home Messages

Proteine machen den Unterschied: Leukmie-Typisierung

Vor 100
Jahren
Vor 80
Jahren
Vor 60
Jahren

Heute

berlebensrate
nach 5 Jahre

~ 0%

Krankheit des Blutes

Leukmie (Blutkrebs) oder maligne Lymphome (Lymphdrsenkrebs)
Chronische, akute oder PreLeukmie

Indolente Lymphome
Aggressive Lymphome

38 Leukmie Typen:

51 Lymphom Typen:

Mature B-cell lymphomas (14 types)

Acute myeloid leukemia (12 types)
Mature T-cell lymphomas (15 types)
Acute lymphoblastic leukemia (2 types)
Plasma cell neoplasm (3 types)
Acute promyelocytic leukemia (2 types)
Immature (precursor) lymphomas (2 types)
Acute monocytic leukemia (2 types)
Hodgkins lymphoma (5 types)
Acute erythroid leukemia (2 types)
Immunodeficiency associated lymphomas (5 types)
Acute megakaryoblastic leukemia
Other hematolymphoid neoplasms (7 types)
Acute myelomonocytic leukemia (2 types)
Chronic myeloid leukemia
Chronic myeloproliferative disorders (5 types)
Myelodysplastic syndromes (6 types)
Mixed myeloproliferative/myelodysplastic syndromes (3 types)

70%

Zytomorphologie, Zytochemie, Zytogenetik, Molekulargenetik, Immunphnotypisierung

http://seer.cancer.gov/csr/1975_2002/

Leukmiezellen-Typisierung durch Oberflchenproteine

Typ A

Typ B

Typ C

wenig Protein

kein Protein

viel Protein

wenig Protein
wenig Protein

kein Protein
wenig Protein

kein Protein
kein Protein

verschiedene
Leukmiezellen
Typen

Farbstoff
Antikrper
Oberflchen-Protein

Mikroskop

Typ A

Typ B

http://www.kompetenznetz-leukaemie.de/

Typ C
8

Ein Protein macht den Unterschied: Her2 positiver Brustkrebs

Her2 = human epidermal growth factor

Receptor 2
Her2 ist ein Rezeptor, der die Zellen zum
Wachstum stimuliert indem er Paare bildet
(dimerisiert)
Ca. 20% aller Brustkrebspatientinnen sind
Her2-positiv
Der Tumor zeigt eine erhhte Konzentration
des Proteins Her2 an der Krebszellen
Oberflche

http://www.gene.com/media/product-information/herceptin-moa

Ein Protein macht den Unterschied: Her2 positiver Brustkrebs

Her2 = human epidermal growth factor

Receptor 2
Her2 ist ein Rezeptor, der die Zellen zum
Wachstum stimuliert indem er Paare bildet
(dimerisiert)
Ca. 20% aller Brustkrebspatientinnen sind
Her2-positiv
Der Tumor zeigt eine erhhte Konzentration
des Proteins Her2 an der Krebszellen
Oberflche
Das Medikament Herceptin (Trastuzumab) ist
ein Antikrper gegen den Her2 Rezeptor der
ihn bindet und so die Dimerisierung verhindert
Krebswachstum wird gestoppt

Herceptin wirkt nur bei Her2-positiven Patientinnen, darum wird bereits seit 2000
in einem diagnostischen Vortest auf Her2 getestet.
http://www.gene.com/media/product-information/herceptin-moa

bersicht

Einfhrung: DNA RNA Proteine Metabolite

Wo werden Proteine bereits heute in der personalisierten Medizin

eingesetzt?
Beispiel: Leukmie-Typisierung
Beispiel: Her2-positiver Brustkrebs

Proteomik und personalisierte Medizin in Zukunft?!

Proteinnetzwerke
Massenspektrometrie
Beispiel: Everolimus

Take-home Messages

Proteine sind keine Einzelkmpfer

10

Proteine sind in Netzwerken organisiert

= soziale Netzwerk

Protein haben Freunde mit denen sie

in engem Kontakt stehen (sie leiten
Informationen weiter, Weiterverarbeiten
das Reaktionsprodukt eines
Freundes, etc.)

Vernderungen eines Proteins knnen

im Netzwerk gepuffert werden

Nicht ein einziges oder wenige Proteine reichen aus um einen

Phnotyp (z.B. eine Krankheit) zu beschreiben
Stattdessen muss man das ganze Netzwerk in seiner aktuellen
Zusammensetzung kennen, um den akuten Phnotyp zu bestimmen
10

Mittels globaler Analyse das System besser verstehen

Es ist ein
Fn!

Es ist
eine
Wand!

Es ist ein
Speer!

Es ist
eine
Schlange!

Es ist
ein
Seil!

Es ist
ein Baum!

11

Apoptose Netzwerk

Akt Netzwerk

Selbstmordprogramm

Regulation
Zellwachstum,
Zellteilung,
Zellstoffwechsel

p53 Netzwerk

Inhibition Metalloproteasen

Kontrolle
Zellzyklus

Wachstum von
Blutgefssen,
Wundheilung
Zellteilung
Migration

http://www.abcam.com/ps/pdf/cancer/

EGF Netzwerk

Regulation
Zellwachstum,
Zellteilung

VEGF Netzwerk

Wachstum von
Blutgefssen

12

Selektive Medikamente fr verschiedene Proteinnetzwerke

Selektive Medikamente
zur Chemotherapie

Zielproteine

Gefitinib, Erlotinib, Cetuximab : EGFR

VEGF

Lapatinib : HER2
Trastuzumab : HER2, EGFR
Bevacizumab : VEGF
Sunitinib : PDGFR, KIT, VEGFR
Sorafenib : Raf, PDGFR, KIT, VEGFR
Imatinib : Bcr-Abl, PDGFR, KIT
Rituximab, Ibritumomab : CD20
Bortezomib : Proteasome

Wachstumsfaktor

WachstumsfaktorRezeptoren EGFR HER2 VEGFR PDGFR KIT

Bcr-Abl

CD20

Signalweg

Raf

Proteasome

Zellteilung
Zellwachstum

13

Eine Vision der personalisierten Medizin in der Zukunft

Diagnose der
Proteinnetzwerke

Auswahl an selektiven
Medikamenten

Medikament 1

Personalisierte
Medizin

Patient A

Medikament 2
Patient B
Medikament 3

Medikament 4

Patient C

Medikament 5
14

Wie knnen Proteine detektiert und analysiert werden?

Westernblotting
Antikrper (ELISA)

Affinittspurifikation

Chromatographie

NMR-Spektroskopie

Elektronenmikroskopie

Immunphnotypisierung

Massenspektometrie

Gelelektrophorese

Immunhistochemie

Fluoreszente Markierung
Edman Abbau

Genetische Mutationen
Biochemische Assays
Mikroskopie

Immunpurifikation

Rntgenkristallographie
15

Wie knnen Proteine detektiert und analysiert werden?

Westernblotting
Antikrper (ELISA)

Affinittspurifikation

Chromatographie

NMR-Spektroskopie

Elektronenmikroskopie

Immunphnotypisierung
Leukmie-Typisierung

Massenspektometrie

Gelelektrophorese

Immunhistochemie
Her2-Brustkrebs

Fluoreszente Markierung
Edman Abbau

Genetische Mutationen
Biochemische Assays
Mikroskopie

Immunpurifikation

Rntgenkristallographie
15

Wie knnen Proteine detektiert und analysiert werden?

Westernblotting
Antikrper (ELISA)

Affinittspurifikation

Chromatographie

NMR-Spektroskopie

Gelelektrophorese

Elektronenmikroskopie

Immunphnotypisierung
Leukmie-Typisierung

Massenspektometrie

Immunhistochemie
Her2-Brustkrebs

Fluoreszente Markierung

Sehr viele Proteine gleichzeitig messen

Edman Abbau
Proteine in ihrem Aktivittszustand messen
(Konzentration, Modifikationen,
Interaktionspartner, )

Biochemische Assays

Mikroskopie

Immunpurifikation

Rntgenkristallographie
15

Wie funktioniert ein Massenspektrometer (sehr vereinfacht)?

Massenspektrometer = Waage

Proteine werden mit Hilfe eines Enzyms in

kleine Teilstcke geschnitten (Peptide).

Das Massenspektrometer wiegt diese

Peptide und fragmentiert sie in ihre
Aminosure-Bestandteile.

Auf diese Weise kann die Aminosureabfolge

der Peptide bestimmt werden.

Mittels der identifizierten Peptide kann

Auskunft darber gegeben werden, welche
Proteine in der Probe vorhanden sind.

Anhand der gemessenen Signalstrke kann

gleichzeitig die Proteinmenge in der Probe
bestimmt werden.
16

Das Massenspektrometer
Time of flight (TOF) Massenspektrometer
leichte
Ionen

Vakuumkammer
Zeitmessung

Intensitt

schwere
Ionen

Detector

ionisierte
Protein-Molekle

Masse/Ladung

Enorme technische Fortschritte in der

Empfindlichkeit, dem Durchsatz und der
Messgenauigkeit von Massenspektrometern.

Heute knnen mehrere tausend Proteine

gleichzeitig in einer einzigen Proteinprobe
(z.B. Blut oder Urin) gemessen und
quantifiziert werden.
17

Eine Vision

in Anstzen bereits Wirklichkeit

Diagnose der
Proteinnetzwerke

Auswahl an selektiven
Medikamenten

Medikament 1

Personalisierte
Medizin

Patient A

Medikament 2
Patient B
Medikament 3

Medikament 4

Patient C

Medikament 5
18

Everolimus klinische Phase-II-Studie

PI3K/AKT/mTOR Signalnetzwerk

19

Everolimus klinische Phase-II-Studie

Bestimmung der
Konzentration von
37 Proteinen
des Akt-Netzwerk

Gruppe von Patienten mit

Prostata-Krebs (37)
Massenspektrometrie

12 Wochen

Behandlung mit
Everolimus (Afinitor)

Templeton, A. J. et al. Phase 2 Trial of Single-agent Everolimus in Chemotherapy-naive Patients with

Castration-resistant Prostate Cancer (SAKK 08/08). Eur Urol (2013). doi:10.1016/j.eururo.2013.03.040

20

Everolimus klinische Phase-II-Studie

Bestimmung der
Konzentration von
37 Proteinen
des Akt-Netzwerk

Gruppe von Patienten mit

Prostata-Krebs (37)
Massenspektrometrie

Proteinkonzentration, ng/mL

12 Wochen

Behandlung mit
Everolimus (Afinitor)

berleben mit
deutlich reduziertem
Tumorwachstum (13)

NEIN
JA
spricht auf die Therapie an
Templeton, A. J. et al. Phase 2 Trial of Single-agent Everolimus in Chemotherapy-naive Patients with
Castration-resistant Prostate Cancer (SAKK 08/08). Eur Urol (2013). doi:10.1016/j.eururo.2013.03.040

20

Everolimus klinische Phase-II-Studie

Bestimmung der
Konzentration von
37 Proteinen
des Akt-Netzwerk

Gruppe von Patienten mit

Prostata-Krebs (37)
Massenspektrometrie

12 Wochen

Behandlung mit
Everolimus (Afinitor)

Proteinkonzentration, ng/mL

Eine Kombination von

Proteinmarkern kann
dabei helfen die
Patientengruppe zu
definieren, die am
besten auf eine
Therapie anspricht.
NEIN
JA
spricht auf die Therapie an

Templeton, A. J. et al. Phase 2 Trial of Single-agent Everolimus in Chemotherapy-naive Patients with

Castration-resistant Prostate Cancer (SAKK 08/08). Eur Urol (2013). doi:10.1016/j.eururo.2013.03.040

20

Take-home Messages

DNA, Gene

Viele Krankheiten knnen nicht alleine aufgrund unserer Gene erklrt oder
verstanden werden.

Der Weg vom Genotyp zum Phnotyp ist kompliziert und bislang nur
teilweise verstanden: DNA RNA Protein Metabolit

Blackbox

Proteine sind die Bausteine des Lebens und an der Regulation fast aller zellulren
Prozesse beteiligt. Durch eine Analyse der Proteine kann der Zustand (Phnotyp) einer
Zelle direkt gemessen werden.
Proteine arbeiten immer in Teams und Netzwerken. Oft reicht es nicht ein
einziges Protein zu messen, sondern man muss das ganze Netzwerk kennen.
Medikament 1
Medikament 2
Medikament 3
Medikament 4

Fr die personalisierte Medizin in der Zukunft wird es entscheidend

sein, dass wir den Status unserer Proteinnetzwerke kennen und
dementsprechend spezifische Medikamente einsetzten knnen.

Medikament 5

Weder Proteomik noch Genomik alleine sind die Lsung! Idealer Weise
sollten wir die Informationen aus verschiedenen Wissenschaften kombinieren
Genomik Transkriptomik Proteomik Metabolomik etc.

21

Beispiel Metabolomiks: Bluttest soll Alzheimer-Risiko voraussagen

April 2014

Personalized molecular-targeted chemotherapy based on Quantitative Proteomics

55-year-old / Man / brain tumor

35-year-old / Man / brain tumor

PDGFR overexpressing
c-kit overexpressing

VEGF expressing
(Immunohistochemistry)
VEGFR1 expressing

Sunitinib (Sutent)

20.0

16.0

18.0

MRI showed remarkable effect of

bevacizumab.

8.0
6.0
4.0
2.0
0.0

ULQ

ULQ

ULQ

0.0

ULQ

2.0

ULQ

4.0

10.0

ULQ

6.0

12.0

ULQ

8.0

14.0

ULQ

10.0

16.0

ULQ

12.0

Average expression in 23-29 cases of

glioblastoma patients

ULQ

14.0

Quantitative value (fmol/g protein)

18.0

ULQ

Quantitative value (fmol/g protein)

Bevacizumab (Avastin)

MRI showed effect of sunitinib.