UNIVERSIDAD NACIONAL DE SAN CRISTBAL DE HUAMANGA

DEPARTAMENTO ACADMICO DE AGRONOMA Y ZOOTCNIA

FACULTAD DE CIENCIAS AGRARIAS
E. F. P

Secuenciamiento del ADN

(THE POTATO GENOME SEQUENCING)

INTEGRANTES
ANDIA ROMERO, Liz Rossmery

ALLCCA OR, Eliseo

ARANGO PRADO, Mara Isabel

ARONE DIAZ, Joel

SECUENCIAMIENTO DE ADN
Conjunto de mtodos y tcnicas bioqumicas
cuya finalidad es la determinacin del orden
de los nucletidos (A, G, C y T) en un
oligonucletido de ADN.
Secuenciar el ADN es analizar la composicin de un
fragmento de ADN para saber qu genes tiene y
qu producen esos genes.

SECUENCIACIN DE SANGER: MTODO

DE TERMINACIN DE CADENA
El

principio clave del mtodo de Sanger es el uso

de didesoxirribonucleotidos trifosfato (ddNTPs),

como terminadores de la cadena de ADN.

SE CONSTITUYE 4 MEZCLAS DE
REACCIN
Cada mezcla contiene:
1

molde (fragmento de ADN).

cebador o primer.

ADN
Los
1

polimerasa .

4 desoxinucletidos trifosfatos normales.

de los cuatro didesoxinucletidos.

CARACTERSTICA DEL MTODO

Se

denomina as por ser necesario los

didesoxirribonucleotidos, que han perdido
su grupo alcohol OH del carbono 3.
La falta del grupo OH en el carbono 3,
impide la formacin fosfodiester con el
siguiente nucletido.
Los ddNTPs detienen por lo tanto la sntesis

Los

fragmentos de ADN obtenidos se separan por tamaos

mediante un electroforesis en geles verticales de acrilamida

Los

productos de cada una de las muestras se colocan en

carriles diferentes del gel.

Terminando

la electroforesis, se pone en contacto con una

pelcula fotogrfica de autorradiografia.

SECUENCIAMIENTO DEL GENOMA DE LA PAPA

(THE POTATO GENOME SEQUENCING)

El

13 de julio del 2011 se publico el secuenciamiento

del genoma de la papa.

Fue

realizado por el Consorcio de Secuenciamiento

del Genoma de la Papa (PGSC), equipo internacional
de cientficos al que pertenecen la Universidad
Peruana Cayetano Heredia (UPCH) y la Universidad
Nacional San Cristbal de Huamanga
(UNSCH), creado en 2006 y que actualmente cuenta
con 29 grupos de investigacin de 14 pases.

CARACTERSTICAS DEL GENOMA DE LA PAPA

Es

un tetraploide.

Cuenta

con cuatro copias de cada uno

de sus doce cromosomas.

Presenta

un alto grado de
heterocigocidad.

La

papa cuenta con un genoma de

844Mb de largo.

Se

identifico de al menos unos 800

genes asociados con la resistencia a
enfermedades.

PARA EL SECUENSIAMIENTO DEL

GENOMA DE LA PAPA SE UTILIZ DOS
VARIEDADES
S.

tuberosum grupo Phureja DM1- 3 516 R44 ( en adelante, DM )

S.

tuberosum grupo Tuberosum RH89 -039 -16 ( en lo sucesivo, RH )

 Bac by Bac
Tecnologa
Sanger
Roche 454
Tecnologa
moderna

DM13

TCNICA DE SECUENCIACIN

WGS
Tecnologa
Sanger
Roche 454
Tecnologa
moderna

Se utilizaron mtodos :

MTODOS

Experimentales y Computacionales.

PARA (DM) S. tuberosum grupo Phureja DM1- 3 516 R44

Se utilizo el mtodo de Sanger (mtodo de la terminacin de la
cadena).
Illumina Genome Analyser 2 ( EA2 ).
Plataformas utilizando protocolos estndar.
Una biblioteca BAC y tres bibliotecas fosmid eran finales secuenciado
utilizando la plataforma de Sanger.
Se ha generado un genoma de la papa de alta calidad utilizando el
software SOAPdenovo4 ensamblaje de lectura corta ( versin 1014 ).

PARA (RH)
S. TUBEROSUM GRUPO TUBEROSUM RH89 -039 -16
LA SECUENCIACIN DEL GENOMA COMPLETO DEL GENOTIPO

RH LLEV ESTA VARIEDAD POSEER MAYOR VIGOROSIDAD.

EN CAMBIO EN LA PLATAFORMA ILLUMINA GA2 USANDO UNA

VARIEDAD DE TAMAOS DE LOS FRAGMENTOS Y LEE

LONGITUDES QUE RESULTA EN UN TOTAL DE 144 GB DE DATOS
SIN PROCESAR.

PROCESO DEL SECUENCIAMIENTO

La

papa era tetraploide entonces era complicado y por esa

razn lo aplodizaron convirtindose en una papa diploide.

La

eliminaron mediante cultivo de tejido, dos juegos de

cromosomas.

Esos

dos eran ligeramente distintos.

Lo

que hicieron es buscar una papa que tenga dos cromosomas

idnticos.

El

cientfico (Yartan Tec) tomo una papa solanun phureja (papa

amarrilla) y la volvi monoploide as elimin uno de todo el juego
de cromosomas idnticos.

Entonces

se decidi utilizar esta papa que era una planta normal

(muy pequea).

EN LA SECCIN A
LA LNEA ROJA
DEMARCA EL
CENTRMERO.
LA GRAN MAYORA
DE LOS GENES SE
ENCUENTRAN EN LA
SECCIN B COLOR
NEGRO.

Anlisis comparativo y evolucin del

genoma de la papa.

CONCLUSIONES
Gracias

a la secuenciacin del genoma de la papa se

puede saber la produccin de cada gen.

Gracias

a esta secuenciacin se identific los genes con

mutacin de cambio en RH.

Se ha encontrado 80 genes con mutaciones de cambio, de

los cuales 31 eran heterocigotos y 49 eran homocigotos.

Importancias
Saber

sonde se encuentra cada gen determinado a una

funcin especifica.
Incremento

Mejora

del rendimiento fotosinttico.

en la calidad del producto agrcola.

Resistencia

a herbicidas, insectos y enfermedades.

AGCTGTCGCTAAGTCTGACTGATC

Gracias
.
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