BIOINFORMTICA Y SECUENCIAS GENMICAS

James Erazo Crdoba, Camilo Cuaspa, Julieth Coral

Biologa celular y molecular
Universidad de Nario

Resumen
La bioinformtica es la ciencia que utiliza los mtodos matemticos,
estadsticos y computacionales que pretenden solucionar problemas biolgicos
usando secuencias de ADN y aminocidos e informacin relacionada.
Particularmente es de gran importancia pues aporta a los investigadores
tcnicas y herramientas de procesamiento y visualizacin. El presente informe
detalla los procesos para identificar una secuencia genmica especfica,
compararla con las bases de datos y finalmente obtener una identidad del
100% o cercana a sta. La identidad de la secuencia suministrada es para
Interleukina-6 (IL6) considerada como una citocina con propiedades
antinflamatorias y proinflamatorias. Cabe aclarar que las secuencias
genmicas entre algunas protenas pueden coincidir en algunos aminocidos lo
cual les confiere caractersticas similares pero no idnticas como ocurri en
sta prctica. Adems sta particularidad permite que todas cumpla una
funcin especfica en cada especie.
Palabras clave: Bioinformtica, interlekina 6.

INTRODUCCIN
La bioinformtica es considerada
por algunos como la biologa
computacional
gracias
a
la
aplicacin de tcnicas analticas y
cuantitativas para el modelamiento
de sistemas biolgicos, es decir, son
los
mtodos
matemticos,
estadsticos y computacionales que
pretenden solucionar problemas
biolgicos usando secuencias de
ADN y aminocidos e informacin
relacionada".
Fredj
Tekaia,
(microbilogo Instituto Pasteur).
sta ciencia logra conjugarse con
otras ramas como la fsica, qumica,
matemticas,
estadstica,
entre
otras lo que le permite estudiar la

informacin biolgica desde su

almacenamiento en el genoma
hasta la obtencin de productos
gnicos en la clula. Por ello, la
secuenciacin de genomas lleva la
necesidad de obtener conclusiones
de la lectura de esos millones de
pares de bases, saber qu codifican,
cmo se relacionan y regulan la
expresin de los distintos productos
gnicos, adems de encontrar la
funcin de protenas desconocidas y
de generar modelos que permitan
estudiar mutaciones puntuales. La
rapidez
y
eficacia
de
esas
conclusiones
se
ha
generado
gracias
al
desarrollo
de
la
Bioinformtica.

METODOLOGA.
El objetivo de la prctica fue
encontrar la mxima similitud y
poder determinar a que corresponde
una
secuencia
genmica
suministrada previamente. Para ello,
se utilizaron bases de datos de
secuencias genmicas entre ellas la
de la de la National Center for
Biotechnology Information (NCBI) y
realizando el cotejo en la Basic Local
Alignment Search Tool (BLAST) la
cual encuentra regiones de similitud
entre secuencias biolgicas.
Para la traduccin se utiliz una
aplicacin de la Universidad Tcnica
de
Dinamarca
denominada
VirtualRibosome,
que arroj una
secuencia
de
aminocidos
especfica para un protena. Para la
identificacin
se
realiz
una
comparacin con las bases de datos
de The Universal Protein Resource
(UniProt) la cual provee informacin
de mltiples protenas que ya han
sido codificadas. Finalmente se
realiza
el
modelo
grfico
y
tridimensional mediante Phyre y
Pymol.
RESULTADOS Y DISCUSIN
Partiendo de una secuencia de
bases nitrogenadas y una vez
realizado el cotejo con la base de
datos de la NBCI se obtuvo una
identidad 100% para interleukina 6
(IL6) con mltiples variantes por
pertenecer a la familia de las
citocinas (Anexo 1). La comparacin
muestra similitud de referencia en el
cromosoma 7, sitio donde se halla el
gen de la IL-6, razn por la cual se
concluye
que
sta
secuencia
codifica dicha protena.

Para confirmar los resultados se

realiz la traduccin de la secuencia
obteniendo un aproximado de 184
aminocidos (anexo 2). En la
secuencia se observa que la
estructura proteica la conforman
mltiples aminocidos y no uno en
especfico lo que le provee variedad
y estabilidad.
sta secuencia de aminocidos con
la base de datos de uniprot confirma
el resultado para interleukina 6 pues
compara
con
secuencias
de
nucletidos o protenas calculando
la significacin estadstica. (anexo
3), cabe aclarar que no fue el nico
resultado
pues
se
obtienen
resultados
aproximados
para
especies de Macacos y Gorilas, que
pueden coincidir debido a que son
especies similares al homo sapiens
pero con una identidad menor al
100%
En la estructura de la protena
(anexo 4) se observa una estructura
terciaria o patrn de plegamiento de
la estructura secundaria en una
conformacin tridimensional. Se
distingue
una
distancia
entre
secuencias de aminocidos, lo cual
le confiere que las cadenas laterales
puedan interactuar a travs de
grupos funcionales gracias a los
pliegues
de
la
molcula.
La
estructura tridimensional (Anexo 5)
muestra una molcula rica en
carbono, nitrgeno, oxigeno e
hidrogeno por ser orgnica.
INTERLEUKINA 6
Las citocinas son molculas de
comunicacin
intercelular
producidas por una gran variedad
de tipos celulares. Sus acciones
pueden ser autocrinas, paracrinas y
endocrinas.
La
IL-6
es
una
glicoprotena de 21 a 28 kDa y 184

aminocidos, codificada por un gen

ubicado en el brazo corto del
cromosoma 7, todas las citocinas
que
forman
parte
de
esta
superfamilia se unen a receptores
de la superficie celular y a
receptores solubles. El receptor
humano de la IL-6 (IL-6R) es una
glicoprotena de membrana tipo I de
80 kDa que se une a la IL-6 con baja
afinidad
La IL-6 es producida por diversos
tipos
celulares:
monocitos,
macrfagos, linfocitos T y B,
fibroblastos, clulas endoteliales,
sinoviocitos, clulas de la gla,
adipocitos y clulas epiteliales
intestinales,
entre
otras.
Los
principales
estmulos
para
su
sntesis
y
liberacin
son
las
infecciones
por
ciertos
microorganismos,
particularmente
virus y bacterias (lipopolisacrido
bacteriano) y la accin de otras
citocinas, como la IL-1, TNF-
La IL-6 es la principal estimuladora
de la produccin de la mayora de
las protenas de fase aguda, como,
por ejemplo: protena C-reactiva,
amiloide srico A, ceruloplasmina,
haptoglobina, hemopexina, ferritina,
algunas protenas del sistema del
complemento, diferentes protenas
de la cascada de la coagulacin y
del sistema fibrinoltico. La IL-6
juega un papel importante en la
patognesis de la anemia de las
enfermedades crnicas al inducir la
produccin heptica de hepcidina,
que inhibe la absorcin intestinal
(duodenal) de hierro. Adems,
induce la expresin de ferritina, que
promueve el almacenamiento y
retencin del hierro dentro de los
macrfagos.
En el sistema nervioso, la IL-6 es
importante en la fisiologa de la

nocicepcin y en la fisiopatologa
del dolor porque parece ser uno de
los estimulantes ms poderosos del
eje
hipotalmicohipofisiariosuprarrenal de los seres
humanos. En el sistema inmune, la
IL-6 promueve la diferenciacin y
maduracin de los linfocitos T y B,
estimula
la
produccin
de
inmunoglobulinas por parte de las
clulas B, inhibe la secrecin de
citocinas proinflamatorias como el
TNF- y la IL-1.
En los huesos la IL-6 promueve la
diferenciacin
de
monocitos/macrfagos
en
osteoclastos, potencia la actividad
de la agrecanasa lo cual incrementa
el
rompimiento
de
los
proteoglicanos; por consiguiente,
favorece
el
desarrollo
de
osteoporosis yuxtarticular y el dao
erosivo observado en la artritis
reumatoidea.
La interleucina-6 es una citocina con
muchas
funciones
biolgicas.
Algunas
son
proinflamatorias
mientras
que
otras
son
antinflamatorias.
Se
encuentra
implicada en la fisiopatologa de
diferentes
enfermedades
autoinmunes y en otras condiciones
como la ateroesclerosis y la
osteoporosis
CONCLUSIONES
La bioinformtica como ciencia
realiza da a da valiosos aportes
mediante
la
codificacin
de
genomas
y
aplicaciones
comparativas para determinar a que
corresponde
una
secuencia
determinada. Adems apoya a los
investigadores mediante tcnicas y
herramientas de procesamiento y
visualizacin.

La
introduccin
de
nuevas
tecnologas ha permitido avances
significativos en la investigacin
biolgica
obteniendo
resultados
confiables y a un menor costo y
tiempo.
Las bases de datos se han
convertido en un apoyo para el
almacenamiento de informacin de
las
distintas
secuenciaciones
realizadas
por
diferentes
laboratorios y que permiten la
unificacin de los datos para
posteriores investigaciones.
Las secuencias genmicas entre
algunas protenas pueden coincidir
en algunos aminocidos lo cual les
confiere caractersticas similares
pero no idnticas. Adems sta
particularidad permite que todas
cumpla una funcin especfica en
cada especie.
BIBLIOGRAFIA

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