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biotecnologia e qumica
medicinal: aplicaes
em doenas infecciosas
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de cristalografia de raios-X e ressonncia magntica nuclear (RMN) proporcionam um aumento significativo no nmero de alvos moleculares com estruturas
3D disponveis no Banco de Dados de Protenas (PDB, do ingls Protein Data
Bank).
As molculas bioativas (ou ligantes, do ingls hits) podem ser identificadas a partir de triagens reais (por exemplo, biolgicas, bioqumicas) ou virtuais
(por exemplo, computacionais) de produtos naturais, compostos sintticos ou
colees combinatrias, ou ainda mediante planejamento racional. Ressalta-se,
contudo, que, em todos os casos, as propriedades biolgicas devem ser determinadas experimentalmente, sendo necessrio o desenvolvimento de ensaios
padronizados e validados de alta qualidade. Em geral, nas fases iniciais de planejamento, so identificadas molculas de baixa potncia e afinidade que devem
ser otimizadas em relao a uma srie de propriedades farmacodinmicas (por
exemplo, potncia, afinidade, seletividade) e farmacocinticas (por exemplo, absoro, metabolismo, biodisponibilidade). Os compostos otimizados so selecionados como compostos lderes (do ingls lead compounds) para posterior desenvolvimento de NCE candidatas a frmacos (Guido & Andricopulo, 2008).
Com o auxlio de mtodos de qumica medicinal, possvel explorar o
imenso espao qumico delineando o trabalho de identificao, seleo e otimizao de molculas capazes de interagir com alta afinidade e seletividade com o
alvo molecular selecionado (por exemplo, enzima, receptor), o qual representa
o espao biolgico. Vrias estratgias podem ser empregadas para a investigao
do espao qumico-biolgico, tais como: a organizao de bases de dados, a
aplicao de filtros moleculares, o emprego de triagens biolgicas automatizadas
em alta escala (HTS, do ingls high-throughput screening) e o uso da triagem
virtual (VS, do ingls virtual screening).
O conhecimento das estruturas de alvos macromoleculares ou de complexos do tipo ligante-receptor permite a aplicao de estratgias de planejamento
de frmacos baseado na estrutura do receptor (SBDD, do ingls structure-based
drug design). Em contraste, quando a estrutura do alvo eleito no conhecida,
mtodos de planejamento de frmacos baseado na estrutura do ligante (LBDD,
do ingls ligand-based drug design) podem ser utilizados, explorando propriedades e caractersticas de sries de ligantes bioativos. Em muitos casos, o uso integrado de estratgias de SBDD e LBDD pode gerar informaes teis no planejamento de NCE, por meio da sinergia e complementaridade de conhecimentos
entre as estratgias (Guido et al., 2008a; Andricopulo et al., 2009). O gerenciamento qualificado da informao um fator muito importante nos dias atuais,
possibilitando a organizao e anlise do vasto volume de dados disponvel.
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tais como a citometria de fluxo, microscopia confocal, bioimagem e fluorescncia, esto sendo aplicadas em P&d de frmacos, pois permitem a aquisio de
dados em tempo real, evidenciando um cenrio realstico dos fenmenos biolgicos.
tabela 1 estratgias e mtodos biotecnolgicos
Estratgia
Amostra
Tecnologia
Informao
Vantagens
Limitaes
Genmica
DNA
Sequenciamento
de DNA
Sequncia de
nucleotdeos
Eficincia na
gerao de
dados dados
Gerao
excessiva de
dados
Genmica
funcional
RNA
Determinao
de transcritos
RNAm
Padres de
hibridizao de
RNAm
Eficincia na
gerao de
dados
Extrapolao
da transcrio
do RNAm para
a expresso de
protenas
Protemica
Protenas
Espectroscopia
de massa,
eletroforese
em gel, chips
de protenas,
arranjos de
anticorpos
Baixa eficincia
Dados
Sequenna gerao de
ciamento de
gerados em
mdia-escala;
dados, rudo
aminocidos,
associado
relevantes
modificaes
ps-traducio- indicaes para
nais, interaes a descoberta
entre protenas de novos alvos
Metabolmica
Metablitos
Espectroscopia
de massa, RMN,
CLAE
Misturas
Molculas que
Triagem em
constituem os alta escala com
complexas,
metablitos
significativa rudo associado,
capacidade de reprodutibilidade
transferncia
para estudos
Citmica
Clulas
Imagem digital,
fluorecncia,
imunohistoqumica
Ftons
Otimizao da
Dificuldade
visualizao
em obter
temporal e
biomarcadores
espacial dos
relevantes
efeitos celulares
dos frmacos
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Registro
Praziquantel
1976
Esquistossomose
Bayer / TDR
Mefloquina
1984
Malria
Hoffman La Roche /
Wrair* / TDR
Ivermectina
1987
Oncocercose
Merck / TDR
Halofantrina
1988
Malria
Eflornitina
1991
Doena do Sono
Anfotericina B Liposomal
1994
Leishmaniose
NeXstar / TDR
Artemisinina
1997
Malria
Artemisinina-lumefantrina
1999
Malria
Artemotila
2000
Malria
Miltefosina
2002
Leishmaniose
Artesunato-amodiaquina
2007
Malria
Sanofi-Aventis / DNDi
Artesunato-mefloquina
2008
Malria
Farmaguinhos / DNDi
Instituto Militar de Pesquisa Walter Reed (Wrair, do ingls Walter Reed army Institute of Research).
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Figura 3 Enzimas como alvos moleculares de frmacos aprovados pelo FDA (Robertson, 2005).
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Figura 4 (A) Estrutura molecular dos compostos selecionados na VS. (B) Compostolder identificado. (C) Modo de ligao dos inibidores da SmPNP identificados por meio de estratgias de SBDD. A enzima est representada pelo
modelo de fitas e o stio ativo indicado pela superfcie acessvel ao solvente.
O modelo farmacofrico est indicado por esferas que delimitam as reas favorveis para grupos aceptores/doadores de ligao de hidrognio (magenta), grupos doadores de ligao de hidrognio (azul) e grupos hidrofbicos
(laranja). O composto-lder (amarelo) e uma das tioxotiazolidinonas (rosa)
esto representados como modelos de bastes.
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Figura 5 (A) Estrutura geral da srie de inibidores da LmGAPDH, derivados de adenosina. (B) Alinhamento estrutural dos 70 inibidores empregados na modelagem de QSAR. Os compostos esto representados como modelos de bastes
no stio ativo da LmGAPDH, indicado pela superfcie acessvel ao solvente.
(C) Gerao de modelos CoMFA com elevada consistncia interna e externa.
(D) Mapas de contorno das principais caractersticas estreo-eletrnicas do
conjunto de dados. O inibidor mais potente (azul-claro) e o menos potente
(laranja) so mostrados na cavidade de ligao de ligao da protena. Mapas
de contornos (i) estreo: favorvel em verde, desfavorvel em amarelo; e (ii)
eletrosttico: favorvel em azul, desfavorvel em vermelho.
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Figura 6 (A) Srie de chalconas com potente inibio contra a MtPtpA. (B) Grfico
de duplo-recproco de Lineweaver-Burk para o mecanismo de inibio competitivo. (C) Modelagem molecular e estudos do modo de interao dos
inibidores. O stio ativo da MtPtpA est indicado pela superfcie acessvel ao
solvente, os inibidores como modelos de bastes e as ligaes de hidrognio
como linhas pontilhadas.
Concluso
Os avanos cientficos e tecnolgicos nas interfaces entre a qumica e biologia tm proporcionado oportunidades e desafios notveis na rea de P&D de
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resumo Estratgias modernas de planejamento de frmacos se fundamentam no conhecimento da fisiopatologia das doenas, no estudo de vias bioqumicas e na seleo de
alvos moleculares. As ferramentas biotecnolgicas modernas tm fornecido informaes
valiosas para a descoberta e o desenvolvimento de novos frmacos. A qumica medicinal
possui papel central em vrios processos que visam identificao de substncias bioativas e ao desenvolvimento de compostos-lderes com propriedades farmacodinmicas
e farmacocinticas otimizadas. O presente artigo apresenta uma abordagem de alguns
aspectos fundamentais da biotecnologia e da qumica medicinal como ferramentas teis
para o planejamento de candidatos a novos frmacos para a terapia de doenas infecciosas.
palavras-chave: Planejamento de frmacos, Qumica medicinal, Doenas infecciosas,
Modelagem molecular, Enzimas, inibidores.
abstract Current drug design strategies are based on the understanding of the physiopathology of diseases, biochemical pathways and selection of molecular targets. Modern
biotechnological tools have provided valuable information to facilitate the discovery of
new drug candidates. Medicinal chemistry has a vital role in a variety of processes aimed
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