BIOQUMICA BSICA

1 CUATRIMESTRE 2 GRADO EN FARMACIA

TEMA 2: AMINOCIDOS Y PPTIDOS

1. Concepto de aminocido.
2. Estructura qumica y representaciones de la misma.
3. Ismeros posibles: formas D y L.
4. Clasificacin de los aminocidos.
5. Abreviaturas de los aminocidos: Abreviaturas de tres letras y de una letra.
6. Propiedades fsicas de los aminocidos: Ionizacin, absorcin de luz.
7. Curvas de titulacin de los aminocidos.
8. Aminocidos que no forman parte de las protenas.
9.Concepto de pptidos y protenas.
10. El enlace peptdico.
11. Configuraciones del enlace peptdico.
12. Polaridad de los pptidos y las protenas.
13. Cross-linking (entrecruzamiento) de los pptidos y las protenas.
1. CONCEPTO DE AMINOCIDO
Las protenas son polmeros de aminocidos, en los que cada residuo aminocido est unido al siguiente
a travs de un tipo especfico de enlace covalente. ( El trmino residuo refleja la prdida de los
elementos del agua cuando un aminocido se une a otro). Las protenas se pueden degradar (hidrolizar)
hasta sus aminocidos constituyentes mediante diversos mtodos, por lo que los estudios iniciales sobre
las protenas se centraron en los aminocidos libres procedentes de las mismas. Veinte son los
aminocidos comnmente encontrados en las protenas. El primer aminocido descubierto fue la
asparagina en 1806. El ltimo de los 20 que se encontr fue la treonina, en 1938. Todos los aminocidos
tienen nombres comunes o triviales que , en algunos casos, provienen de la fuente de la cual se aislaron
inicialmente. La asparagina se encontr por primera vez en el esprrago y el glutamato se encontr en el
gluten del trigo; la tirosina se aisl por primera vez del queso y la glicina se denomin as debido a su
sabor dulce.
Un aminocido es un monmero que forma un pptido.
2. ESTRUCTURA QUMICA Y REPRESENTACIONES DE LA MISMA
Los 20 aminocidos estndar encontrados en las protenas son - aminocidos. Tienen todos un grupo
carboxilo y un grupo amino unidos al mismo tomo de carbono (el carbono ).

Difieren unos de otros en sus cadenas laterales, o grupos R, que varan en estructura, tamao y carga
elctrica y que influyen en su solubilidad en agua. Adems de estos 20 aminocidos existen muchos ms
que se encuentran con menor frecuencia. Algunos son residuos que han sido modificados despus de la
sntesis de la protena; otros se hallan en organismos vivos pero no como unidades constituyentes de las
protenas. En todos los aminocidos estndar excepto la glicina, el carbono est unido a cuatro grupos
diferentes: un grupo carboxilo, un grupo amino, un grupo R y un tomo de hidrgeno. El tomo de carbono
es por tanto un centro quiral. Debido al ordenamiento tetradrico de los orbitales de enlace alrededor del
tomo de carbono , los cuatro grupos diferentes pueden ocupar dos ordenamientos diferentes en el
espacio, por lo que los aminocidos pueden aparecer en forma de dos estereoismeros. Al ser imgenes
especulares no superponibles entre s, las dos formas constituyen un tipo de estereoismeros, los
enantimeros. Todas las molculas con un centro quiral son pticamente activas, es decir, hacen girar el
plano de la luz polarizada.

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Los
aminocidos presentan dos convenciones para nombrarlos.
Los aminocidos se enumeran comenzando por el carbono
, que es el que tiene el grupo carbonilo y el nitrilo, y los
carbonos adicionales de un grupo R se designan
comnmente como , , , etc.

3. ISMEROS POSIBLES: FORMAS D Y L.

Para especificar la configuracin absoluta de los cuatro sustituyentes de los tomos de carbono
asimtricos se ha desarrollado una nomenclatura especial. Las configuraciones absolutas de los azcares
sencillos y los aminocidos se especifican mediante el sistema D, L, basado en la configuracin absoluta
del azcar de tres carbonos gliceraldehdo, una convencin propuesta por Emil Fischer en 1891. Para
todos los compuestos quirales, los estereoismeros que tienen una configuracin relacionada con la del Lgliceraldehido se designan como L, y los estereoismeros relacionados con el D-gliceraldehido se
designan como D. Los grupos funcionales de la L-alanina se hacen coincidir con los del L-gliceraldehdo
alineando aquellos que pueden interconvertirse mediante reacciones qumicas simples en un solo paso.
As, el grupo carboxilo de la L-alanina ocupa la misma posicin respecto al carbono quiral que el grupo
aldehdo del L-gliceraldehdo, puesto que un aldehdo puede convertise fcilmente en un grupo carboxilo
en un solo paso mediante una oxidacin. Histricamente, las denominaciones similares L y D se utilizaron
para levorrotatorio (que gira la luz a la izquierda), y dextrorrotatorio (que gira la luz a la derecha). Sin
embargo, no todos los L-aminocidos son levorrotatorios, y se hizo necesaria la convencin que se
muestra en la figura 3.4 para evitar posibles ambigedades sobre la configuracin absoluta de los cuatro
sustituyentes alrededor del carbono quiral.

Casi todos los compuestos biolgicos con un centro quiral se presentan en la naturaleza en una sola de
sus formas estereoismeras, se la D o la L. Los residuos aminocidos de las protenas son exclusivamente
L-estereoismeros. Slo se han encontrado D-aminocidos en unos pocos pptidos, generalmente
pequeos, que incluyen algunos pptidos presentes en las paredes celulares bacterianas as como
algunos antibiticos peptdicos. Es un hecho notable que todas la protenas de los aminocidos sean Lestereoismeros. Cuando se forman compuestos quirales en reacciones qumicas ordinarias, el resultado
es una mezcla racmica de ismeros D y L, que son difciles de distinguir y de aislar por el qumico. Las

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clulas son capaces de sintetizar especficamente los ismeros L de los aminocidos gracias a que los
centros activos de los enzimas son asimtricos, lo que implica que las reacciones que catalizan sean
estereoespecficas.
4. CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS
El conocimiento de las propiedades qumicas de los aminocidos estndar es de vital importancia para la
comprensin de la bioqumica. El tema se puede simplificar agrupando los aminocidos en cinco clases
principales basadas en las propiedades de sus grupos R, en especial su polaridad, o tendencia a
interaccionar con el agua a pH biolgico (cerca de pH 7). La polaridad de los grupos R vara enormemente
desde totalmente apolar o hidrofbico (insoluble en agua) a altamente polar o hidroflico (soluble en agua).
En la figura 3-5 se muestran las estructuras de los 20 aminocidos estndar y algunas de sus propiedades
se muestran en la tabla 3-1. Dentro de cada clase existen gradaciones de polaridad, tamao y forma de los
grupos R.
-Grupos R apolares alifticos: los grupos R de esta clase de aminocidos son apolares e hidrofbicos. Las
cadenas laterales de la alanina, la valina, la leucina y la isoleucina tienden a agruparse entre s en las
protenas, estabilizando las estructuras proteicas a travs de interacciones hidrofbicas. La glicina tiene la
estructura ms simple. Aunque formalmente es apolar, su muy pequea cadena lateral no tiene una
contribucin real en las interacciones hidrofbicas. La meitonina, uno de los dos aminocidos que
contienen azufre, tienen un grupo tioter apolar en su cadena lateral. La prolina tiene una cadena lateral
aliftica (Las cadenas alifticas son las formadas por la
unin de enlaces de carbono) con una estructura cclica
especial. El grupo amino secundario (imino) de los residuos
de prolina tiene una conformacin rgida que reduce la
flexibilidad estructural de las regiones polipptidicas que
contienen este aminocido.
-Grupos R aromticos. La fenilalanina, la tirosina y el
triptfano, con sus cadenas laterales aromticas, son
relativamente apolares (hidrofbicos). Todos ellos pueden
participar en interacciones hidrofbicas. El grupo hidroxilo
de la tirosina puede formar puentes de hidrgeno y
constituye un grupo funcional importante en algunos
enzimas. La tirosina y el triptfano son significativamente
ms polares que la fenilalanina debido al grupo hidroxilo de
la tirosina y al nitrgeno del anillo indlico del triptfano. El
triptfano y la tirosina, y en mucho menor grado la fenilalanina, absorben luz ultravioleta. Esto explica la
fuerte absorbancia de la luz caracterstica de la mayora de las protenas a una longitud de onda de
280nm, propiedad aprovechada por los investigadores en la caracterizacin de las protenas.
- Grupos R polares sin carga. Los grupos R de estos aminocidos son ms solubles en agua, o ms
hidroflicos, que los de los aminocidos polares, debido a que contienen grupos funcionales que forman
puentes de hidrgeno con el agua. En esta clase de aminocidos se incluyen la serina, la treonina, la
cistena, la asparagina y la glutamina. La polaridad de la serina y treonina proviene de sus grupos hidroxilo
; en el caso de la cistena de su grupo sulfhidrilo, que es un cido dbil y puede establecer enlaces de
hidrgeno dbiles con el oxgeno o el nitrgeno; y en el de la asparagina y de la glutamina de sus grupos
amido. La asparagina y la glutamina son las amidas de otros dos aminocidos que tambin se encuentran
en las protenas, el apartato y el glutamato, respectivamente, a los que se hidrolizan fcilmente por cido o
base. La cistena se oxida con suma facilidad formando un aminocido dimrico unido covalentemente
llamado cistina, en el que dos molculas de cistena estn unidas a travs de un enlace disulfuro. Los
residuos unidos por un enlace disulfuro son fuertemente hidrofbicos ( apolares). Los enlaces disulfuro

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desempean un papel especial en la estructura de muchas protenas puesto que forman uniones
covalentes entre partes de una molcula de protena o entre dos cadenas proteicas diferentes.
- Grupos R cargados positivamente (bsicos). Los grupos R ms hidroflicos son aquellos que estn
cargados, sea positiva o negativamente. Los aminocidos en los que los grupos R tienen una carga neta
positiva a pH 7,0 son la lisina, que tiene un grupo amino primario adicional en la posicin E de su cadena
aliftica; la arginina, que tiene un grupo guanidinio cargado positivamente, y la histidina, que contiene un
grupo imidazol. Al ser el nico aminocido comn que posee una cadena lateral ionizable con un pKa
prximo a la neutralidad, la histidina tanto puede estar cargada positivamente ( forma protonada) como no
tener carga a pH 7,0. Los residuos de His facilitan muchas reacciones catalizados por enzimas al servir de
dadores/aceptores de protones.
- Grupos R cargados negativamente (cidos). Los dos aminocidos que tiene grupos R con una carga
negativa a pH 7,0 son el apartato y glutamato, cada uno de los cuales tiene un segundo grupo carboxilo.

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5. ABREVIATURA DE LOS AMINOCIDOS

A los aminocidos estndar se les han asignado abreviaturas de tres letras y smbolos de una sola letra
que se utilizan para indicar de manera abreviada la composicin y secuencia de aminocidos
polimerizados en las protenas.

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6. PROPIEDADES FSICAS DE LOS AMINOCIDOS: IONIZACIN Y ABSORCIN DE LUZ

Los aminocidos tienen dos grupos que son ionizables es decir que pueden formar iones en
presencia de agua ( -amino y -carboxilo). Los aminocidos se encuentran en forma de ion doble en el
medio interno celular. Los aminocidos, al pH del medio interno son iones dobles. Pka es el logaritmo
cambiado de signo de la constante de equilibrio (Ka), es decir, la fuerza con la que un grupo tiende a
perder o ganar protones. Por tanto, el pH del medio condiciona la forma inica del aminocido. Otra de las
propiedades es que los aminocidos absorben la luz cuando las protenas estn presentes en una
disolucin. Con un espectrofotmetro vemos que los aminocidos absorben la luz en la parte ultravioleta
(230nm- 310 nm). La tirosina tiene un pico de absorcin en 280 nm y el triptfano tiene un pico en 280
nm , concluyendo que absorben la luz ultravioleta, absorbiendo con un pico de 280 nm.

7. CURVAS DE TITULACIN
La titulacin cido-base implica la adicin o eliminacin gradual de protones. La figura 3-10 muestra
la curva de titulacin de la forma diprtica de la glicina. Los dos grupos ionizables de la glicina, el grupo
carboxlico y el grupo amino, se titulan con una base fuerte tal como el NaOH. La grfica tiene dos etapas
distintas, que corresponden a la desprotonacin de dos grupos diferentes de la glicina. Cada una de las
etapas se asemeja en su forma a la curva de titulacin de un cido monoprtico tal como el cido actico,
y puede analizarse de la misma manera. A pH muy bajo, la especie inica predominante de la glicina es

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(+H3N-CH2- COOH), la forma totalmente protonada. En el punto medio de la primera etapa de la titulacin,
en el que el grupo COOH de la glicina, pierde su protn, se encuentran presentes concentraciones
equimolares del dador de protones (+H3N-CH2- COOH) y del aceptor de protones (+H3N-CH2- COO-). En el
punto medio de cualquier titulacin se alcanza un punto de inflexin en que el Ph es igual al pKa del grupo
protonado que se est titulando. Para la glicina el pH en el punto medio es de 2,34 y por lo tanto su grupo
COOH tiene un pKa de 2,34. A medida que avanza la titulacin se alcanza otro punto importante a pH
5,97. Aqu hay otro punto de inflexin en el que la eliminacin del primer protn es prcticamente completa
mientras que tan slo se ha iniciado la eliminacin del segundo. A este pH la glicina se encuentra
mayoritariamente en forma del in dipolar. La segunda etapa de la titulacin corresponde a la eliminacin
de un protn del grupo NH3+. La titulacin es prcticamente completa a un pH alrededor de 12, en donde
la forma predominante de la glicina es (H2N-CH2- COO-). A partir de la curva de la glicina se pueden
deducir diversas informaciones interesantes. En primer lugar, da una medida cuantitativa del pKa de cada
uno de los grupos ionizables. La perturbacin del pKa de la glicina est causada por la repulsin entre el
protn saliente y el grupo amino cargado positivamente cercano situado en el tomo de carbono . La
segunda informacin que nos proporciona la curva de titulacin de la glicina es que este aminocido tiene
dos regiones de capacidad tamponante.

En las curvas de titulacin se va a medir el pH de los moles de base aadidos por moles de cidos.
Otra informacin importante deducida de la curva de titulacin de un aminocido es la relacin
entre su carga elctrica neta y el pH de la disolucin. A pH 5,97, punto de inflexin entre las dos etapas de
su curva de titulacin, la glicina est presente de manera predominante en su forma dipolar, totalmente
ionizada pero sin carga elctrica neta. El pH caracterstico en que la carga elctrica es cero se denomina
punto isoelctrico o pH isoelctrico, designando pI. En el caso se la glicina que no tiene grupo ionizable en
su cadena lateral, el punto isoelctrico es simplemente la media aritmtica de los dos valores de pKa.

La repulsin entre el grupo amino y el protn del carboxilo, hace que se suelte antes el protn del
grupo carboxilo.

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8. AMINOCIDOS QUE NO FORMAN PARTE DE LAS

PROTENAS
9. CONCEPTO DE PPTIDOS Y PROTENAS
Los polmeros de los aminocidos son los pptidos y las protenas. Los pptidos que se encuentran en la
naturaleza varan en tamao desde pequeas molculas que contienen dos o tres aminocidos a
molculas muy grandes que contienen miles de ellos. Aqu nos centraremos en las propiedades qumicas
fundamentales de estos polmeros.
10. EL ENLACE PEPTDICO
Dos molculas de aminocidos pueden unirse de forma covalente a travs de un enlace amida sustituido,
denominado enlace peptdico, formando un dipptido. Este enlace se forma por eliminacin de los
elementos del agua (deshidratacin) del grupo -carboxilo de un aminocido y el grupo -amino de otro.
La formacin del enlace peptdico en un ejemplo de una reaccin de condensacin, que es un tipo de
reaccin frecuentemente en las clulas vivas. Para conseguir que la reaccin sea termodinmicamente
ms favorable, es necesario modificar o activar qumicamente el grupo carboxilo de modo que su grupo
hidroxilo pueda ser eliminado ms fcilmente. Es posible unir tres aminocidos mediante dos enlaces
peptdicos para formar un tripeptido; de manera similar se puede unir cuatro aminocidos para dar
tetrapptidos ya as sucesivamente. Cuando se unen unos pocos de aminocidos de este modo, la
estructura resultante se denomina oligopptido. Cuando se unen muchos aminocidos al producto se
denomina polipptido. Las molculas denominadas polipptidos tienen generalmente masas moleculares
inferiores a 10000 y las que se denominan protenas tienen masas moleculares superiores.

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La figura 3-14 muestra la estructura de un pentapptido. Como ya se ha indicado, las unidades de

aminocido de un pptido se denominan frecuentemente residuos ( la parte que queda tras perder un
tomo de hidrgeno de su grupo amino y una porcin hidroxilo de su grupo carboxilo). El residuo
aminocido del extremo de un pptido que tiene un grupo -amino libre es el residuo amino-terminal; el
residuo del otro extremo, que tiene un grupo carboxilo libre, es el residuo carboxilo-terminal. Cuando se
escribe la secuencia de un pptido, el extremo amino se coloca a la izquierda y el extremo carboxilo a la
derecha.
11. CONFIGURACIONES DEL ENLACE PEPTDICO
Los carbonos de aminocidos adyacentes se encuentran separados por tres enlaces covalentes,
ordenados as; C-C-N-C. Los estudios de difraccin de rayos X de cristales de aminocidos y de
dipptidos y tripptidos sencillos demostraron que el enlace peptdico C-N es ligeramente ms corto que el
enlace C-N de una amina simple y que los tomos asociados con el enlace son coplanares. Esto indicaba
la existencia de una resonancia, es decir, que el oxgeno cabonlico y el nitrgeno amida compartan
parcialmente dos pares de electrones. El oxgeno tiene una carga negativa parcial y el nitrgeno una carga
positiva parcial, formando un pequeo dipolo elctrico. Los seis tomos del grupo peptdico se encuentran
en el mismo plano, con el tomo de oxgeno del grupo carbonlico en posicin trans respecto al tomo de
hidrgeno del nitrgeno amdico. A partir de estos descubrimientos, Pauling y Corey dedujeron que los
enlaces peptdicos C-N no pueden girar libremente a causa de su carcter parcial de doble enlace. La
rotacin es posible alrededor de los enlaces N- C y C-C. El esqueleto polipeptdico de una protena
puede visualizarse por tanto como una serie de planos rgidos en la que los planos consecutivos
comparten un punto comn de giro alrededor del carbono alfa. La rigidez del enlace peptdico limita el
nmero de conformaciones que puede adoptar una cadena polipeptdica. La conformacin de un pptido
est definida por tres ngulos diedros denominandos , fi, psi y omega, que describen la rotacin alrededor
de cada uno de los tres enlaces repetidos en la cadena principal.

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12. POLARIDAD DE LOS PPTIDOS Y LAS PROTENAS

13. CROSS-LINKING (ENTRECRUZAMIENTO) DE LOS PPTIDOS Y LAS PROTENAS
El entrecruzamiento se puede producir entre dos pptidos debido a los puentes de sulfuro.