Kemijske i fizikalne osnove

Boris Mildner
2013.

Osnovni kemijski procesi u stanici

Energija veza u biomolekulama

(1 cal = 4,184 J)

Kemijske osnove
Kovalentne veze
Zbog raznovrsnosti kovalentnih veza koje mogu nastati na ugljiku,
ugljik moe stvarati razliite ugljik-ugljik okosnice na koje se
povezuju razliite funkcionalne skupine. Funkcionalne skupine daju
organskom spoju bioloke i kemijske karakteristike.

Kemijske osnove
Kovalentne veze

Kovalentne veze, jake sile koje povezuju atome u molekulu nastaju kada
pojedinani atomi zajedniki dijele elektrone njihovih vanjskih orbitala.

Kemijske osnove
Kovalentne veze

Kemijske osnove
Ugljik moe stvarati razliite kovalentne veze s drugim elementima
(vodikom, kisikom i duikom), a jednostruke, dvostruke i trostruke veze
s drugim ugljikovim atomima.

Kemija ivih organizama organizirana je oko ugljika

koji ini vie od 50% suhe mase stanice.

Kemijske osnove
Neki primjeri funkcionalnih skupina (R)

metil(na)
fenil(na)

etil(na)

Kemijske osnove
Neki primjeri funkcionalnih skupina (R)
karbonil(na)
(aldehid)

karbonil(na)
(keton)

eter(ska)

ester(ska)

karboksilat(na)
acetil(na)
hidroksil(na)
(alkohol)

enol(na)

Kemijske osnove
Neki primjeri funkcionalnih skupina (R)
amino
(protonirana)
gvanidin(ska)
Amid(na)
imidazol(ska)

imino

N-supstituirana
Imino
(Schiffova baza)

Kemijske osnove
Neki primjeri funkcionalnih skupina (R)

sulfihidril(na)

disulfid(na)

tioesterska

Kemijske osnove
Neki primjeri funkcionalnih skupina (R)

fosforil(na)

fosfoanhidrid(na)

Mijeani anhidrid
(karboksilne i fosfatne
kiseline; naziva se i
acilnim fosfatom)

Raspored elektrona u molekulama nije konstantan i

elektroni se nakupljaju na elektronegativnije atome (atome
koji imaju vie elektrona u vanjskoj orbitali)

Kemijske osnove
Gotovo univerzalna skupina spojeva, koju ini nekoliko stotina malih
molekula naena je u svim ivim biima.
Pretvorbe malih organskih molekula sauvane su tijekom evolucije u
nekoliko metabolikih putova.

Kemijske osnove
Jedna biomolekula ima nekoliko funkcionalnih skupina.
Prikazan je acetil-koenzim A, prijenosnik acetilnih skupina u
nekim enzimskim reakcijama.

N je plavo, P je naranasto, O je crveno, H je bijelo,

S je uto, a C je crno obojan.

ATP (energijom bogati spoj)

Kemijske osnove
Geometrija veza ugljikovih atoma
Jednostruke veze mogu
slobodno rotirati kao
to je to prikazano za
etan (CH3 CH3)

Tetraedarski
raspored
ugljikovih
jednostrukih
veza.

Dvostruke veze su krae i

ne dozvoljavaju rotaciju.
Supstituenti (A, B, X i Y) kao
i ugljikovi atomi povezani
dvostrukim vezama nalaze
se u ravnini.

Kemijske osnove
Konformacija = prostorni raspored supstituiranih skupina, a da pri tome ne dolazi do
cijepanja veza, jer skupine mogu slobodno rotirati oko jednostrukih veza. Prikazan
je etan. Zbog malih razlika u energiji, prijelaz molekula iz jednog oblika u drugi je
brz (nekoliko milijuna puta u sekundi) pa se konformeri ne mogu izolirati.

Kemijske osnove
Razliiti naini prikaza molekula

Kemijske osnove
U spojevima koji imaju dvostruke veze nastaju geometrijski izomeri
Cis-trans izomerija (konfiguracija geometrijskih izomera) moe se
promijeniti samo ukoliko se pocijepaju dvovalentne kovalentne veze.

10

Kemijske osnove
Strukture geometrijskih izomera. Izomeri kao to su maleinska kiselina (malat pri
pH=7,0) i fumarna kiselina (fumarat pri pH=7,0) ne mogu se preklopiti a da ne
doe do cijepanja dvostrukih kovalentnih veza. Za cijepanje dvostruke veze
potrebna je daleko vea energija nego to je to kinetika energija pojedine
molekule pri fiziolokoj temperaturi.

Kemijske osnove
U retini kraljenjaka, 11-cis-retinal apsorbira svjetlost. Apsorbirana
energija (~250 kJ/mol) pretvara 11-cis-retinal u trans-retinal.
Zbog jasnoe prikaza izostavljeni su vodikovi atomi u modelima.

11

Kemijske osnove
Za ugljikov atom s etiri razliita supstituenta (kiralni atom), skupine
supstituenata u prostoru mogu zauzimati dva razliita poloaja,
odnosno nastaju stereoizomeri s razliitim svojstvima.

Ugljikov atom s etiri razliita supstituenta je asimetrian. Asimetrini

ugljici su kiralni ugljici. Molekula s jednim kiralnim ugljikom ima dva
steroizomera. Kada u molekuli ima vie (n) kiralnih ugljika tada postoji 2n
stereoizomera. Stereoizomeri koji su si zrcalne preslike nazivamo
enantiomerima.

Zrcalna slika
molekule.

Kiralna molekula:
Rotiranjem, ne
moemo preklopiti
molekulu s njezinom
zrcalnom slikom

molekula

12

Ugljikov atom s tri razliita supstituenta (jedna skupina se pojavljuje dva

puta) je simetrian, odnosno akiralan. Parove stereoizomera koji si
nisu zrcalne preslike nazivamo diastereoizomerima.

Zrcalna slika
molekule

Zrcalna slika
akiralne molekule:
rotacijom, molekula
se moe preklopiti
sa svojom zrcalnom
slikom.

molekula

Odnos enatiomera i diastereomera

13

Kemijske osnove

U otopini enantiomeri zakreu

ravninu polarizirane svjetlosti
u suprotnim smjerovima.
Ekvimolarne smjese dva
enantiomera (racemina
smjesa) ne pokazuju optiku
aktivnost (nema rotacije
svjetlosti). Spojevi koji nemaju
kiralne centre (ugljike) ne
zakreu ravninu polarizirane
svjetlosti.

Louis Pasteur

RS sustav. Svakoj skupini koja je vezana za kiralni ugljik dan je

prioritet:
-OCH3> -OH > -NH2 > -COOH > -CHO > -CH2OH > -CH3 > -H. Kiralni
atom se gleda tako da je skupina s najmanjim prioritetom najudaljenija
od promatraa. Ako se prioritet skupina smanjuje u smjeru kazaljke na
satu konfiguracija sustava je R (rectus = desno), a ako se smanjuje u
obratnom smjeru, sustav je S (sinister= lijevo).
Skupina najmanjeg
prioriteta (skupina 4)
koja je najudaljenija
od promatraa.

14

Kemijske osnove
Odreivanje strukturnog oblika gliceraldehida.

Kemijske osnove
Interakcije izmeu biomolekula su stereospecifine, te su za
interakciju potrebni komplementarni parovi molekula koji
meusobno reagiraju (odnosno samo je jedan stereoizomer
bioloki aktivan).
Aspartam (umjetno sladilo) lako razlikujemo od njegovog steroizomera
koji je gorak.

15

Fizikalne osnove
Termiko gibanje potpomae bioloke reakcije:
Brownovo gibanje, nasumino gibanje tekuine i plinova nastaje
zbog malih termikih promjena. (Brownovo gibanje unutar stanice
daje energiju za mnoge interakcije koje su potrebne za
funkcioniranje biokemijskog sustava).

Fizikalne osnove
Termodinamika

Sustav definirani dio prostora.

Svemir sustav i njegova okolina ine svemir.
Izolirani sustav ne izmjenjuje ni materiju ni energiju s okolinom.
Zatvoreni sustav izmjenjuje energiju ali ne i materiju s okolinom.
Otvoreni sustav izmjenjuje i energiju i materiju s okolinom.
Prvi zakon termodinamike: (ouvanje energije) - Bilo kakvom fizikalnom ili
kemijskom promjenom ukupna koliina energije u svemiru se ne mijenja
(ostaje konstantna), iako se oblik energije moe promijeniti.
Drugi zakon termodinamike: ukupna entropija svemira neprekidno se
poveava.
Entropija, S ukazuje na sluajni raspored (nered) komponenti u sustavu.
Entalpija odraz je broja i vrste veza nekog spoja.
Apsolutna temperatura (T)
Koliina slobodne energije, G, zatvorenog sustava definirana je
entalpijom, entropijom i apsolutnom temperaturom G = H TS.

16

Jedinice i prefiksi koji se esto koriste u biokemiji

Fizikalna
veliina

SI
jedinica

simbol

Prefiks

duina

metar

giga-

109

masa

gram

mega-

106

koliina

mol

mol

kilo-

103

deci-

10-1

volumen

litraa

centi-

10-2

energija

joule

mili-

10-3

elektrini
potencijal

volt

mikro-

10-6

nano-

10-9

vrijeme

sekunda

piko-

10-12

temperatura

kelvinb

femto-

10-15

alitra

Simbol Multiplikacijski
faktor

= 1000 cm3

b273K

= 0oC

Termodimake jedinice i konstante

Joule (J):
1J = 1 kg m2 s-2 1J = 1C V (coulomb volt)
1J = 1N m (newton metar)
Avogadrov broj (N):
N = 6,0221 x 1023 molekula mol-1
Coulomb (C):
1 C = 6,241 x 1018 elektonskih naboja
Faraday (F):
1F = N elektronskih naboja = 96 485 C mol-1 = 96 485 J V-1 mol-1
Boltzmanova konstanta (kB):
kB = 1,3807 x 10-23 J K-1 mol-1
Plinska konstanta (R):
R = 8,315 J K-1 mol-1
R= N kB

17

Fizikalne osnove
ive stanice su otvoreni sustavi koji izmjenjuju materiju i energiju s
okoliem a pri tome koriste energiju kako bi se odrale u
dinaminom ustaljenom stanju koje je daleko od ravnotenog stanja.
Energija koja se dobiva ili od suneve svjetlosti ili iz hrane, koristi se
za tok elektrona koji se zatim pretvara u energiju koja se uva u
kemijskim vezama ATP.

Fizikalne osnove
Organizmi su u dinaminom ustaljenom stanju i nikada u ravnotenom stanju s
okolinom. Termodinamiki, svi ivi organizmi su otvoreni sustavi.
Potencijalna
energija

Pretvorba energije
omoguava rad

-hrana
- suneva svjetlost
Kemijske transformacije
u stanici:

Stanini rad:
-kemijske sinteze
-mehaniki rad itd.
toplina
Povean nered (entropija) u okolini
Metabolizmom nastaju spojevi (CO2, NH3, H2O, HPO42-)
koji su jednostavniji od molekula hrane.
Smanjen nered (entropija) u sustavu
Polimerizacijom jednostavnih molekula nastaju
Informacijski bogate molekule: DNA, RNA, proteini

18

Fizikalne osnove
Zbog entropije mijenjaju se i energija i materija
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O

Fizikalne osnove
Tendencija kemijske reakcije da tee prema ravnotei moe se
izraziti kao promjena slobodne energije G. G ima dvije
komponente promjenu entalpije H i promjenu entropije S, te se
promjena slobodne energije moe izraziti kao G = H TS.

19

Fizikalne osnove
G = H - TS

Spontani proces je
ako je G negativna
(slobodna energija
oslobaa se tim procesom).
Reakcije u kojima se
oslobaa slobodna
energija (-G) nazivamo
egzergonim reakcijama.

Endergone reakcije su
termodinamiki
nepovoljne (reakciji treba
dodatna energija) i G je
pozitivna vrijednost.

Grafiki prikaz egzergonih i endergonih reakcija

20

Koliina energije kojom je mogue izvriti ukupni rad opaa se u

promjeni slobodne energije G. Mogue je povezati dva mehanika
procesa i promatrati promjenu ukupno uloene energije.
Primjer iz mehanike

Gubitak
potencijalne
energije
zbog
promjene
poloaja

Rad uloen
u podizanje
objekta
(tereta)

endergona

egzergona

Klizanjem tereta oslobaa se potencijalna energija kojom je mogue izvriti mehaniki rad.
Potencijalna energija osloboena zbog klizanja tereta, egzergoni proces (crveno), moe se
iskoristiti za podizanje tereta, tj. za energoni proces (plavo).

Fizikalne osnove
Kada je G reakcije negativna, reakcija je egzergona i tei da tee
do kraja. Kada je G pozitivna, reakcija je endergona i tei da tee u
suprotnom smjeru. Dvije se reakcije mogu povezivati (zbrajati) te
nastaje trea reakcija pri emu G ove tree reakcije (sumarne
reakcije) je zbroj G pojedinanih reakcija.
Reakcije u kojima se ATP pretvara u Pi i ADP ili u AMP i PPi su jako
egzergone reakcije (reakcije s velikom negativnom G). Mnoge
endergone reakcije u stanici se odvijaju kada se endergona reakcija
povee s hidrolizom ATP.

21

ATP (energijom bogati spoj)

Fizikalne osnove
U stanici, povezuju se endergone reakcije s egzergonim reakcijama kako
bi se provele termodinamiki nepovoljne reakcije.

aminokiseline protein G1 je pozitivna (endergona reakcija)

G2 je negativna (egzergona reakcija)
ATP AMP + PPi
ili ATP ADP + Pi
___________________________________________________________
Suma: aminokiseline + ATP protein + ADP
G3 je negativna
Povezivanjem ovih reakcija, suma G1 i G2 je negativna, pa je ukupni
proces sinteze proteina ezergoni proces.

22

Fizikalne osnove
Povezivanje i pretvorba energije u kemijskim reakcijama
Kemijski procesi
U reakciji 1.
nastaje
glukoza-6-fosfat
iz glukoze i Pi.
Produkt reakcije
glukoza-6-fosfat
ima vie energije
nego reaktanti iz
kojih je nastala. Za
ovu endergonu
reakciju, G1 je
pozitivna.

Reakcija 3. je
suma reakcija
1. i 2., a
promjena u
slobodnoj energiji
G3 je suma
G1 i G2.
Kako je G3
negativna,
ukupna reakcija
je egzergona i
proces nastajanja
glukoze-6-fosfata
odvija se
spontano.

U reakciji 2., egzergonim cijepanjem ATP nastaje velika

negativna promjena u slobodnoj energiji, te je G2 negativna.

Fizikalne osnove
Standardna promjena slobodne energije reakcije je Go i to je
fizikalna konstanta koja se moe povezati s konstantom ravnotee
reakcije Keq:
Go = - RT ln Keq

23

Fizikalne osnove
Keq i Go pokazatelji su da li e reakcija odvijati spontano

Kada je reakcija:
aA + bB cC + dD u ravnotei, Keq je

[C]eqc [D]eqd
Keq = ------------------[A ]eqa [B]eqb
a koncentracije supstrata su ravnotene koncentracije, tj. [A] = [A]eq , [B] = [B]eq itd. za sve
supstrate, u trenutku kada je postignuta ravnotea. Velika vrijednost Keq znai da e se reakcija
odvijati tako dugo dok gotovo svi reaktanti nisu pretvoreni u produkte.
Gibbs je pokazao da je aktualna promjena slobodne energije za bilo koju reakciju funkcija
promjene standardne slobodne energije Go. Go je karakteristina konstanta specifine reakcije,
odnosno:
[C]ic[D]id
G = Go + RTln K
G = Go + RT ln --------------[A]ia[B]ib
gdje su [A]i itd. poetne koncentracije reakcije. Kada je reakcija u ravnotei, [A]i = [A]eq itd.,
G = 0, pa je:
Kako se Keq moe eksperimentalno odrediti,
Go = - RT lnKeq
mogue je odrediti termodinamiku konstantu Go,karakteristinu za bilo koju reakciju.

Kada je Keq>>1, Go je velika i negativna, a kada je Keq<<1,

Go je velika i pozitivna vrijednost.
Termodinamika konstanta G, daje nam uvid gdje je
ravnotea reakcije, ali nam ne daje uvid kako brzo e se
reakcija dovesti u ravnoteu.

Fizikalne osnove
Veina reakcija u stanici odvija se samo u prisutnosti enzima.
Enzimi djeluju tako da djelomino stabiliziraju prijelazno stanje te
sniavaju energiju aktivacije G a ubrzavaju brzinu reakcije.
Katalitika aktivnost enzima u stanici je regulirana.
Metabolizam je suma meusobno povezanih nizova reakcija u
kojima dolazi do pretvorbe staninih metabolita. Svaka reakcija je
regulirana i usmjerena je da osigura staninu potrebu u odreeno
vrijeme. Pri ovim reakcijama stanina energija se troi samo ukoliko
je to neophodno.

24

Fizikalne osnove
Energetske promjene tijekom kemijske reakcije

Plavo je nekatalizirana reakcija, a crveno je katalizirana reakcija.

25