16.11.2016 oor loronkc lefunkcjo proteina je octedena iegoven| "odilondefsnom siativon lrecusone roameraoncne shutivo potena ni lk pro, eogfove con 0 So la mag eb poithandecke moctitocie too So Shondoje Isousiok Secor) Yi. dodatto ra Shovel fe fedmeneonan aged poten eco kirk Po Se a IGENOMIKA, © Genomikaje studija genoma orgorizm ucielost ene indvisvoineg gona) EOS a | a Kako se mieri ekspresija gena? © Miererjemkolitine mRNA, 2 To omogueujy Tohnke rade u molekvierno| ica oro 1 r TS Rasen HIBRIDIZACIJA (spajanje RNA je sposobnost hibridizaciie komplementarnin lanaca DNA, lonaca RNA, fonca DNA Ilanco RNA, CoE Eo ro RSH SER esanro Tor leMolekulam biolox| mogu tzcvalif ukypnu RNA iz nekog, uzorka: (notmaho tkivo, Tumosko thiva,.J-1 U tom zorku famjentt’ kalo. 9 mRNA 2a neki gen, loKada se rai o jednom il nekotko geno to je| oko. ucini, ‘U" standardnom -molekularno| bioloskom laboratory, lo Kada Zefimo lanier raziku medu ekspresio| fisuce 7 sud genau dv uzoka (npr nommalno {kivo, | tumorsko Teva} tea, am] gam znimo ‘kompicrone ‘opreme ba omeé. Prvo siatisiicara da nam pomogne| Csporeditt™ sve podatke, Skuping gona” Kol Su npr. povéeano, ekspamiant pokuiqy pronaci neky njhovy} ‘stim) | Bioinformatiéara da” nam: ‘prema prot | TrePAG SNC 9g ge a MICROARRAY16.11.2016 To a or os i PROTEOMIKA | cfrteciko je proutovene pots cao eFroteomka ukfutuie bisinformat jr so | "a a femefu pode o molekucrny mos i Pretkom’ pephonom sleds nekog otoing "tof identfckat prota 4 Barone nodotoka, | i i 22 ss ee poe i | TO a PROJEKT LJUDSKOG 2eSGEN@MaAlucskog genome cbjavien 2001 geane © Luci se macuscbno roku manie od 0.1% fetcerabe gene wekton geen LSR.padora || Sones | & i Hersey se nore a corr or [EZacrea ae ‘© SIOINFORMAICAR je olnformatigar priuéeni biclog? stamorigenom soc oko aren gene Biolog privéeni informatiéar? Ivroka mute 1900) i (0 J0s ds gen ine regurani ot ima | as | ‘@Polencfin cif protein za jekove rocforieni na 600 do 1500, ‘9Nakon genomike i proleomite java se olkorrika[stukturaituskero Seeera) Tr rd.16.11.2016 Zo Ka. potso 29 0d pousbne vain antiote ke hte ses protein pra oer toa sat nae eo Res th ca satin, see, mst teas went me teeters rin ae L Lerapersrogetstghrt neice oo aT Kota Seo atenvesraneretommasentan In ge do openers entation foobitzvomicre tanec ne aass pine vl, 01% frictenrbne Mnercpcna elite re" tase, ioei Sa ote bata nie poten | scr ek na fandokecs' share ike than ede EO Sr, Sitio oe ss sccach stab cho te ms a oaI—oo4r = | Moctuacapotina Motrcta prong mediate! emjrevale Istciet pap peteotmeteds | ‘ot nol ccna aah relay eer tia mr pecan | ‘eects! ge onc 30 ats Weer stvencie pe pps Kepner dt oat A gue a: octet i } ‘nedunpokn ko vetecam (Weve ooo r41 E L ror 14 L 1m Sinteza proteina { Transatacija 20 eo 016.11.2016 eed ieee SE SS TRA as rest pa] [Pee aeoptematte ies Remeonlar ar eiaTae [snes tna an waestoorasioga [Pojedine aminokiseline odredene av pomocu |||kodona uw mRNA. Jedan kodon predstavia || |reaosijed, sekvencu, od tsi baze | ta redosijed| je ra (kod) za jecnu aminokiselinu, oe i ri rc oo r E oo] F Za _tensaolu webaju | adaplerske molekue, transporine RNA, koje prepoznajs Kodone ubacujt anos na edgavarluce mest upoipeptis, I r ‘hi nukleotcna ostatke u DNA neophodna su 28 kodianje jedne aminokiseline. Ceti baze, struKturi element! nukieotida DNA, predstaviu afabet od Cetin slova (A, T, G i C) kojim se jezik NA prevodi u jezik proteina Sikoostanaan apap rpm sad a a tage ano oy| + Biosinteza proteina ili translacija je prevodenje informacija sa jezika baza iz | nukleinskih kiselina sastavljenog od éetiri razligita slova (A,T.C,G) u jezik od 20 | slova (aminokiselina) koje ulaze u strukturu proteina + Jednoj Celiji u svakom momentu su neophodne na hiljade razlicitih proteina koj se moraju sintetizirati, usmjeriti na odgovarajuce mjesto i razgraditi kada prestane potreba za njihovim prisustvom. + Sinteza proteina je veoma kompleksan biosintetski mehanizam za koji je neophodno prisustvo preko 300 razligitin makromolekula. ee ee, + Znaéaj_proteinske sinteze za svaku Geliju mozemo iskazati preko angaZiranos' razliéitih Celijskih resursa u ovom procesu: 90% hemijske energije koja se trogi Celije otpada na raz! fe molekule RNA i proteine koji uéestvuju u biosintezi proteina. na biosintetske procese otpada na biosintezu proteina; vise od 35% suhe tezine16.11.2016 Toor Nonovelopning AU A, ‘de 7 Owclping = AU AC GAGUE ‘oe t (Genet od u vm sitamima se ne preapa va} kod, doje rmnogo vat foksbinost sekvence susjcnih kadona I'semim tin sokvence sminodesing ‘dren in Kedonima, Tog A oak se para po pac rai prlpa ane oe tov od Wn Fal pum. ote satel dovapo Romacpe tse) Fepren ptinaRA Poy 2 a Lu leram nepeapahcen oes eft ANA ina otras ota aa, te aston oe, ‘Tl | east leer eran, ry #8 eakon ‘aon ar tne ror 5 Korgtenje sintetsn polnukieots tot su dobfen’ uz pomoé enzine pole fostoriaze, Nrenberg | sar, fo kaenfe Krorana | sar osedi eu koioa 64 moguls lrpieta puectida,kodra pojeding arsnokialine, (0 ukupno 64 kodons 61 prdetavia situ za pojeine || srinkisne.Preostaia 3 Kegon terminactska or || prekidals upracnju"aminokiseina Rade e2 je na Stetson RNA poimen foo £ vm DS aor {C0 2 =a Srey ens [Seer non ron lpssust aman II ET eta, paca y kodonu mere je wena u orevarys Sraisine ope de “Tein kona auosencea even boom, aan en osoneen sano tee, Kodori su adgovotni 28 pravinu tanslacju genetske inforacle sintezu odgovarauch proteins, Akos rij okv tania Kodona pore a jednu baz "i ako se prilkom varslac preskos nokleoid u mRNA, ezulat Ge biU "beers proten" sa skrvjenom sminokisetnckom sekvencom, Loe a Ic16.11.2016 Torr pojednim tkvima_mo%e doe do prevresvania transrpata stan i isog gona Na taj natin so sinatra rani proton iz ieeg gene rocesom kale speciiéanzacdredena kia, Pimjer je trarskipt gana za apopeproein komponertu LDU u vertebra. | Jedna fomna apotpoprteina 8, koja so zove apo8-100 |, {Mr 818.000) sirtotzira se u jet, 2 duga ap08-48 (Me 260.000) vtankom crows or Lradanio RNA vansipla gens za apotpopoin 8-100 toe Deamiacla ta oda eure tankom coy peeve fect san uv uel, prevotet! Kogan 2a Gin 309 ‘Tako nse sraten prota p64, I Co or rt INekotko kodora ima posebre fucje. clans Kodon| [AUG Je signal za potetsk shneze pospepida svi le2tiama, 2 tstowemeno predstavia ‘fu 2a unetane| [amroxseinemetonn u unvtaérjstlanca, 'UAR UAG | UGA su step I Besmisien’Kedont (zo 38 Nerminaciski_kodon) | signal zavitetak site| patpeptisna once. [Ok etna Kol ne sasr20 stop kodone unutar 50 vite \kodonanaaivau se ovoren’ ox Stane, [Dugi otoren obvi anja ebiéno predstavials gene 22 ipoteine eden neprekini gon kof kadea Ypén protein sa Mr 60 [000 me otvoreni ovr Banja ce 600 vse Kosona. oe OTT ae edna aminokiselina mate inal vige od jednog iodona ‘Samo metionin | triptofen imaju po jedan kedon, \dok Ser, Leu iArg imaju po Sest Kodona, (Ova pojava naziva se degeneraciia koda, pO Tory Torry Depeneracia genatatng bode Crate plat hl Kode jednu amanoksatnu 2ovu 86 sinanie, rice Shag tesetn Sent I ea » | ‘et opin | ee aa carn even os at mos ght a fares m3 o Spe ereteteunmacrayme on wenanacete: | ef om Soe same I fo; oF 4 somite gti oe he | = of om 6 I © of & & mo En no EST16.11.2016 \Genetski kod je skoro univerzalan Ingres rx an Transportna RNA Toor \Veze izmedu kodona o iar apEEO) — (EEAB |Jronsosertose sate rbonueois not tah ote ors omen ented stow nA nnn soos a) | Sen one gen] Jian ARIMA fora e deamiecjom acanaana natan entre ee mein onvfey mrss rs oe le Jove aie tase RNA cons seat Gro span 2] pecan Joiner Seana wares em anager ue 1 Ww Ie oo ‘thher—aneeger eo ase tae fen srae don feat nr [edicts Toa 7 Ste Te ctesyey ieee oto oaths ttl |] Bross = nn nese i = amabs Loy ==: a ooo416.11.2016 I regen, meedes | . | Rate mamenl tean a eee aa mete ZahujerauraneetRWA. © Feet ee a = cepigesundmanp ts tonto ecore: etme ow ‘Aka fp inazin 8) prvi katt ‘mogu se prepara ti rsieausan st fee yy reset ; ars, racemase | | ¥ omit aerial conmemen | | es Bias eee fete Sean | | ana | neem || syomr arent j Ft wigs Ss [onron aeage | Kenge } sesrrntnonaine, |. | mesa mrmaee | || Sanat | onstage | aes i [ina raecane | im i ir TT see a C—O as | NT or imove faz taba ta Jrek, strana funk nboscme veoms je signa u evim erganelama i ‘ob doe fetch + Atiacjaarnkina Preys poten cr eee pen 1 0 oer eu vr | lenae, oj prethoa nc Jen ts pnt en | roam rovosttetaoancg | Saag] cme, | f poe Sey poe ye16.11.2016 a tm + tA twa amines Henge Sie ihc peg Se Sawrauion eriron ens | | 2 YoU pepana ten u mNA tof ul 23 fowkin ogee ames tat Fein te [cgon sesioce motes pra ts aa Torr I 1 nee re 2 Noa repr os ecog kas oe] 4 (Osan i ve notin ost sent ses tauroire | | une baze su naitesee Goveres tenon | = Gorermotmuse | | = ivksatae | om It teary | Frou cosa og | | seenacca | Seomaeccen! | | Fromatmevane | | (pals, 9 813 bra \ -dimenzje RNA ima | t imagenes” | | i Gameone || | ocwetainen | | | faim aceate | SitarTABLE 27-5 Components Required for the Five Major Stages of Protein ‘Synthesis In E. coll Stage 1. Activation of amino acids 2. Initiation 3. Elongation 4. Termination and release S. Folding and posttransiationat processing Essential components 20 amino acids 20 aminoacyl-tRNA synthetases 32 of more tRNAS ‘N-Forrnyimethiony!-tRNAT™* tet 30S ribosomal subunit 50S ribesomal subunit Initiation factors (IF-4, IF-2, 1F-3) or mer Funesional 70S ibosome (initiation complex) AminoacyLtRNAs specified by codons Elongation factors (EF-Tu, EFTs, EF-G) GIP Me Termination codon in mRNA Release factors (RF-1, RF-2, RF-3) Specific enzymes, cofactors, and other components for removal of initiating residues and signal sequences, Additonal proteolytic processing, modification of terminal residues, and attachment of phosphate, mettyl, carboxyl, carbohydrate, or prosthetic groups Komponente neophodne za odvijanje pet glavnih faza sinteze proteina u E.coli16.11.2016 i TI ole nwo epoca rs ane Secor roy esanana cea hae a. pete pata ccrt 7 tober aaa cb rssani othocn pate casas ru ited, Te al sat feces cco epi ode 31 te yrngr riningna Pigiokane sate moni ioe Sa = ee Pp | Reakaija koju kataliziraju in 4A ATP! RA hogy on (erel actus incon ne ipamete fecesae oni : feet L L a or16.11.2016 Torr ‘© crugom soraku aminoacina grupa prenost 0&8 ‘amnoaci-AM-enzm kompleksa na ‘odgovarjues SpeatenstRNA (© Kod klase 1 erznau rake se forma estore vera iemedu 2 hicroksine gupe rbaze na S-errinalnom ‘diatom est i karoksine. gue ‘aminckistne, ‘OE sterskavaza se zat, vanceeteithacjom ‘bremjesiara polcds 3 riboze, ‘ood enzima Nase Il aminoscina gupa ciekinn 2 || senesna 30H grce neces emininog aderstnog esta, torr a ey 1 TT Ovakontla oye se u ova sukcesivna stepena Pra stpen je inne vazare aminokgaine 2a enzim | stvaraleatiranog intermedia aminoaciAME, Drugi stepen provere jo vezarje neosgovaajuéeg Produkis smincecAMP 2a-drugo, cavojeno evo Prestone enamu, Supstt toi 86 vede na ove odejeno mesto se ero, nor oAmnascHRNA ‘Snetaza 0 Sinetaza je Komploksrana sa rpadajucom RNA {aeleno} Srttra OnARNA anata eco ‘pomermononema ip sn roo A i Asean stca cna pres einemogdo eAmnosclsRNA Shietaca, eSinetaza jo kompeksrara so ‘rpacusom RNA {ealeno) coor (Gre8ka koja se java pitkor sitaze poten je jeaa ia 108 ugradenin amnckseira | rinogo Je veea ego pi replnacy DNA, Al, ove gretke se eliingu jr se, usfod raxyadnje Protea ne prenose na sjodoée generac Ensim, amineacsRNA setotaza mera bi epectian | za ‘rede aminokiselnu 23 oaredenu RNA. Interakoja izmedu aminoaciRNA sintotaze i tRNA |, ‘veomaje vaana oznatenajekao"3iug genet kod | Y pecans SA ame asponeauteg wan mes atonal Sean wi malotan, at ound © cvaton Sos eae he Te eT W+ Pirofosfat formiran u prvom koraku hidrolizira se do neorganskog fosfata pomocu enzima neorganske pirofosfataze + Znaci da se dvije energetski bogate veze troSe za aktivaciju svake molekule aminokiseline. + Prilikom vezanja aminokiseline za tRNA dolazi do aktivacije aminokiseline Sto je neophodno za formiranje peptidne veze. +» Vezanje aminokiseline za tRNA, takode, osigurava postavljanje aminokiseline na odgovarajuée mjesto na tastucem polipeptidnom lancu. + Vjernost proteinske sinteze zavisi od vezanja prave aminokiseline za odgovarajucu tRNA jer se identitet vezane aminokiseline ne provjerava ponovo na ribosomima. * Taénost vezanja aminokiseline i tRNA kontrolise enzim aminoacil-tRNA sintetaza.16.11.2016 Co o_o tun omen Sree rr apie a aes em oi sete rponrae ncn ala aa (Sct ec en ot eileen. AUS sop ng ‘ena Wenig RA noun api ss on ‘uo tte netorn sate pe ples cn, Gash ut hn 9 meter ae as rink ea espe sacrontcers HUGS ‘shagenmensnn c ranges vo velo cn oraporru RNA ue acasine eee atone cat fe sone SSS See aa eS arcu . etonin RNA ATP ALARA APP. born = nese Li oor Nakon ove reacie ena trorsfrmlazaprenos formed ‘gupu sa Hiovermiteranaroeata na arino gp oboninskog estat Pian tl stray ng ctenrame meena | Terps ke sao imine we ‘Transtomilazaje seletvne od MeHIRNA sintlaze. Cnaje specitena 28 ostatke meonina vezane a RNA, 3 Hy ‘et \erovain propoznavauuistukume kararterte || ‘ve ranapotse RNA. CH s ! 1 CH, i N-Formylmethionine oor == xm oor = IC vara nenogomploes “gee ies S v0 Sena aS eeoet ote Eee ton een Seva Eeesoea ener IO Ln = J LCI COC L I 1216.11.2016 Torr Sine Delano kersennia scherea reat Scugerad oo fupekivomatae wale Eigratsoig a a Banna sven spe Sasa komplrertrton Sehiencow hoje eboneta. shine igao sekvenca (cslenéena cvene) spanie se |e sekvencom blz Shraja 16S rRNA, Regnarina Bein ja ||[Zelenoje oslonten star Radon AUG, || bosemsho odie loo ea ocr 1 1 TI FA ac nt | ecgannes mgt) aa! eo _ Beare aay ceeeanee en | ce } Seok foo a ere coa—e4r ate kote ovens ‘estes moron oranensncoc oT? ‘erapan aston || imetantonpias ore — hoon —s 1316.11.2016 er ob aaa Koll esa mogatoha cre tres roere so ecw Neha MS re ipa Sve pol va bi) Sd Raa ale ny ame av earn ne, drm Sam epost Prw ALS toe spate Pe cheer Oe ficiahi fai, ersten tap eik4E Korps, vero | cman | apne showy sete locon trees Rk age Ta Sit ane See arcane Eas SSeS ny as Lee ebrrepeeeae— = Dae epee ee teeter a attra, 2a aay elongace su potrebos 1 prethoaro opin infos Komen, 2 aminoasl-ranaporte RNA. 2 elongoohfeon (EF-Tu, EF-T8 | EF-6) ko su Pitas ee Ty heh sa GTP Pera acaon OT Soe items re a soca aa bgt ‘opi prten, elie Ov vin EP Ses om Se Ss me a | t Yor H = i 4Protein Factors Required for Initiation of Translation in Bacterial and Eukaryotic Celis Bacterial Factor Function IPL Prevents premature binding of tRNAs to A site IF2 Facilitates binding of fMet-tRNA™*" to 30S ribosomal subunit IF-3 Binds to 30S subunit; prevents premature association of 50S subunit; enhances specificity of P site for Met-tRNA™* Eukaryotic Factor* Function elF2 Facilitates binding of initiating Met-tRNAM* to 40S ribosomal subunit elF2B, elF3 First factors to bind 40S subunit; facilitate subsequent steps elFaa RNA helicase activity removes secondary structure in the mRNA to permit binding to 40S subunit; part of the elF4F complex elFaB Binds to mRNA; facilitates scanning of mRNA to locate the first AUG elF4e Binds to the 5’ cap of mRNA; part of the elF4F complex elFaG Binds to elF4E and to poly(A) binding protein (PAB); part of the elF4F complex elF5 Promotes dissociation of several other initiation factors from 40S subunit as 2 prelude to association of 60S subunit to form 80S elF6 Facilitates dissociation of inactive 80S ribosome into 40S and 60S subunits ies these as eukaryotic factors. Proteinski faktori neophodni za inicijaciju translacije u bakterij eukariota16.11.2016 ruta en 238 Niarainatonina ups so form re eno, ght duge ‘Errante ra Ames ke Sere verre an ites repalig ms Fo acum “navn poe Fra UNA oe pombe BASS weagn na © me tr. 6 te pete eet se na Panes gy toe Sour erste nerd sen eso a rena muda Feast sap Aires menage Tai so poeple dockets ‘pines estas ct mete sangeet Fimirpesthetermciceaens ‘negate ea J" patent san Te a a gy ae Reeamrieaia ey s- See ise a 2 “rtitonk ontop open. ita To — Ta E epicenter Eataauanenemtee oan Sse Sarre om annie: teen See Sa ae rae Fecpiocemee sata Pereira orm Se cesace ute ware Eee em SE EO een ‘Srosceum tna ‘ene or osoaan aR consti ene ete freer popes Sra Smee ) Kanab, NA, mtn UAL Tip eccioa ‘in parce SicroOanrnG ons ‘reponse UNAL UGA oe Hun a Ste 1 eS a [oar rt F Toa Trt “APES” TENE Beresbeerseoe renee Iida ATP pects necgoar su tay amotio ay wre 1EiPeheotra vious 25tP lamas eros, jane, 450 n= 122i erage aleesin ‘nmepoaoi auc i a $Svdnew set regs Resa Sd ‘et romena alten ergs 2 101 Knap vols ommno uae Peay16.11.2016 [og wosneze peta jo sk [rive eas cra etairaaraane arn, ssi tia ni snd was in [ict esse wonervcaacae © Pome love pesere shinca vietnto somtine efkarnst precio (ree larpwten poiepcrs enh vO! ra snare Dinan petibosona ptton) bson Sa reanmara mRNA en eo 8 eee nurse sma On dc tae Retna cen 90909. tom np a A rah slob re. 8 (rosea 9 aoa evn urn pop be Loc 1 mor ‘Sastav ribosoma 30 os ernecin et U ahr veh nS [er eras vss nepa sapera wan Do or Sr ts Sinteza N-formilmetionil-tRNA eo =, ={ ot en