Software InVesalius

Guia do Usurio

Sobre o InVesalius
InVesalius um software pblico para a rea de sade que realiza anlise
e segmentao de modelos anatmicos virtuais, possibilitando a confeco de
modelos fsicos com o auxlio da prototipagem rpida. A partir de imagens
em duas dimenses (2D) obtidas por meio de equipamentos de Tomografia Computadorizada (TC) ou Ressonncia Magntica (RM), o programa
permite criar modelos virtuais em trs dimenses (3D) correspondentes s
estruturas anatmicas dos pacientes em acompanhamento mdico.
O nome InVesalius uma homenagem ao mdico belga Andreas Vesalius
(1514-1564), considerado o "pai da anatomia moderna". O software InVesalius desenvolvido pelo CTI (Centro de Tecnologia da Informao Renato
Archer), unidade do Ministrio da Cincia e Tecnologia (MCT), desde 2001.
Inicialmente, apenas o programa de instalao era distribudo gratuitamente.
A partir de novembro de 2007, o InVesalius foi disponibilizado como software
livre no Portal do Software Pblico (www.softwarepublico.gov.br), consolidando comunidades de usurios e de desenvolvedores. Trata-se de uma ferramenta simples, livre e gratuita, robusta, multiplataforma, com comandos em
Portugus, com funes claras e diretas, de fcil manuseio e rpida quando
executada em microcomputador PC.
O uso das tecnologias de visualizao e anlise tridimensional de imagens
mdicas, integradas ou no a prototipagem rpida, auxiliam o cirurgio no
diagnstico de patologias e permitem que seja realizado um planejamento cirrgico detalhado, simulando com antecedncia intervenes complexas, que
podem envolver, por exemplo, alto grau de deformidade facial ou a colocao
de prteses.
O InVesalius tem demonstrado grande versatilidade e vem contribuindo
com diversas reas, dentre as quais medicina, odontologia, veterinria, arqueologia e engenharia.

Sumrio
1 Introduo
6
1.1 Conceitos importantes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1.1.1 DICOM (Digital Image Communications in Medicine)
7
1.1.2 Tomografia Computadorizada - Mdica . . . . . . . . . 7
1.1.3 Tomografia Computadorizada - Odontolgica . . . . . . 8
1.1.4 Ressonncia Magntica . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.2 Recursos necessrios . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.2.1 Configuraes mnimas . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.2.2 Configuraes recomendadas . . . . . . . . . . . . . . . 11
2 Instalao
12
2.1 MS-Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.2 Mac Os X . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3 Importao
20
3.1 DICOM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.2 Analyze . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4 Manipulao de Imagens (2D)
4.1 Reconstruo Multiplanar . . . . . . . . .
4.1.1 Orientao axial . . . . . . . . . . .
4.1.2 Orientao sagital . . . . . . . . . .
4.1.3 Orientao coronal . . . . . . . . .
4.2 Correspondncia entre as orientaes axial,
4.3 Mover . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3

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sagital
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e
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coronal
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26
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28
29
31

4.4
4.5

4.6
4.7
4.8

Rotacionar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ampliar (Zoom) . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.5.1 Maximizando as janelas de orientao .
4.5.2 Ampliando ou reduzindo uma imagem
4.5.3 Ampliando uma rea da imagem . . .
Brilho e contraste (Janelas) . . . . . . . . . .
Pseudocor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Tipo de projeo . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.1 Normal . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.2 MaxIP . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.3 MinIP . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.4 MeanIP . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.5 MIDA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.6 Contorno MaxIP . . . . . . . . . . . .
4.8.7 Contorno MIDA . . . . . . . . . . . . .

5 Segmentao
5.1 Limiar (Threshold ) . . . . . . .
5.2 Segmentao manual (Edio de
5.3 Watershed . . . . . . . . . . . .
5.4 Operaes booleanas . . . . . .
5.5 Limpeza total da mscara . . .

. . . . . .
imagens)
. . . . . .
. . . . . .
. . . . . .

6 Superfcie (Malha de Tringulos)

6.1 Criando superfcies . . . . . . . . . . . .
6.2 Transparncia . . . . . . . . . . . . . . .
6.3 Cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4 Separando regies desconexas . . . . . .
6.4.1 Separar maior superfcie . . . . .
6.4.2 Selecionar as regies de interesse
6.4.3 Separar todas regies desconexas

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70

7 Medies
71
7.1 Medio linear . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
4

7.2
7.3

Medio angular . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
Medio volumtrica . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74

8 Gerenciamento de dados
75
8.1 Mscaras . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
8.2 Superfcies 3D . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
8.3 Medies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
9 Visualizao simultnea de imagens e superfcie

79

10 Visualizao volumtrica
10.1 Padres de visualizao .
10.2 Personalizao de padro
10.3 Personalizao de padro
10.4 Corte . . . . . . . . . . .

82
82
85
87
89

. . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . .
com Brilho e Contraste
. . . . . . . . . . . . . .

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11 Exportando dados
91
11.1 Superfcie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
11.2 Imagem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
12 Customizao
12.1 Menu de ferramentas . . . . . . . . . . . . . . . .
12.2 Posicionamento automtico de volume/superfcie .
12.3 Cor de fundo da janela de volume/superfcie . . .
12.4 Exibir/ocultar textos em janela 2D . . . . . . . .

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Captulo 1
Introduo
Este manual tem como objetivo mostrar o uso das ferramentas do InVesalius
e tambm apresentar alguns conceitos para facilitar a utilizao do software.
O InVesalius um software para auxiliar o profissional de sade no diagnstico e no planejamento cirrgico. Cabe ressaltar, porm, que todo
software no contexto de diagnstico totalmente suplementar, pois todo e
qualquer ato cometido de inteira responsabilidade do profissional de sade.
Alm da medicina, possvel utilizar o software em outras reas, como arqueologia, veterinria, ou mesmo em aplicaes industriais. Como requisito
bsico, basta que as imagens a serem analisadas estejam no padro DICOM
(Digital Imaging Communications in Medicine). At o presente momento,
o InVesalius reconstri imagens provindas de tomgrafos e de aparelhos de
ressonncia magntica. Para operar o software, basta ter conhecimentos bsicos de informtica. Noes bsicas sobre imagens mdicas podem contribuir
para o melhor entendimento das operaes.

1.1

Conceitos importantes

Nesta seo, discutiremos alguns conceitos necessrios para melhor entendimento e operao do software.

1.1.1

DICOM (Digital Image Communications in Medicine)

DICOM um padro relativo transmisso, ao armazenamento e ao tratamento de imagens mdicas. O padro prev diversas modalidades de imagens
mdicas, como imagens provindas de equipamentos de tomografia computadorizada, ressonncia magntica, ultrassom, eletrocardiograma, entre outras.
Uma imagem DICOM composta por 2 itens principais, uma matriz
contendo os pixels da imagem e um conjunto de meta-informaes. Essas
informaes contm, por exemplo, o nome do paciente, a modalidade da
imagem e a posio da imagem em relao ao espao (no caso de tomografia
e ressonncia).

1.1.2

Tomografia Computadorizada - Mdica

A tomografia computadorizada indica a radiodensidade dos tecidos, isto ,

a mdia de absoro de raios-X pelos tecidos. A radiodensiade traduzida
para a imagem em nveis de cinza em uma escala chamada Hounsfield, nome
dado em homenagem a Godfrey Newbold Hounsfield, um dos criadores da
primeira mquina de tomografia computadorizada.

Figura 1.1: Tomgrafo mdico - www.toshibamedical.com.br

Nos aparelhos mais modernos, com um emissor de radiao e um banco
de sensores (tambm chamados de canais, variando de 2 at 256), que circundam o paciente enquanto a maca movimentada, formando uma espiral,
7

 possvel gerar uma grande quantidade de imagens, simultaneamente, com

pouca emisso de raios-X.
Escala de Hounsfield
Como citado na seo anterior, as imagens de tomografia computadorizada
so geradas em nveis de cinza, os quais so depois traduzidos na escala de
Hounsfield (HU). Os tons mais claros representam tecidos mais densos, e
os mais escuros, tecidos menos densos, como a pele e o crebro. A tabela
1.1 apresenta alguns materiais e seus respectivos valores em HU (Hounsfield
Unit).
Tabela 1.1: Escala de Hounsfield
Material
HU
Ar
-1000 ou menos
Gordura
-120
gua
0
Msculo
40
Contraste
130
Osso
400 ou mais

1.1.3

Tomografia Computadorizada - Odontolgica

A tomografia computadorizada odontolgica comumente trabalha com menos

emisso de radiao se comparada tomografia computadorizada mdica e,
em consequncia, torna possvel visualizar mais detalhes de regies delicadas,
como a cortical alveolar.
A aquisio das imagens feita com o paciente na vertical (ao contrrio da
tomografia mdica, em que o paciente fica na horizontal). Um emissor e um
sensor de raios-X circundam o crnio do paciente, formando um arco de 180
ou 360 . As imagens geradas pelo tomgrafo podem ser interpretadas como
um volume com o crnio do paciente imerso. Esse volume "fatiado"pelo
software do aparelho, podendo-se gerar imagens com espaamentos diferentes
ou outros tipos de imagens, como a viso panormica da regio de interesse.
8

Figura 1.2: Tomgrafo odontolgico - www.kavo.com.br

As imagens adquiridas por tomgrafos odontolgicos costumam exigir um
maior ps-processamento quando necessrio separar (segmentar) determinadas estruturas usando outros softwares como o InVesalius. Isso ocorre
porque, normalmente, essas imagens possuem mais nveis de cinza que a escala de Hounsfield, o que torna o uso de padres de segmentao (presets)
menos eficiente. Outra caracterstica bastante comum nas imagens provindas de tomgrafos odontolgicos a alta presena de rudos do tipo speckle
e a presena de outros rudos normalmente causados por uso de prteses de
amlgama pelo paciente.

1.1.4

Ressonncia Magntica

A ressonncia magntica um exame realizado sem o uso de radiao ionizante. Em vez disso, utilizado um forte campo magntico para alinhar os
tomos de algum elemento presente em nosso corpo, comumente o hidrognio. Aps o alinhamento, so disparadas ondas de rdio, e os tomos so
excitados. Os sensores medem o tempo que os tomos de hidrognio demoram para se alinhar novamente. Com isso, possvel determinar qual o
tipo de tecido, pois tecidos diferentes apresentam quantidades diferentes de
tomos de hidrognio.
Para evitar interferncias e melhorar a qualidade do sinal de radiofrequncia, alm de o paciente ficar dentro do equipamento, colocada uma bobina
9

na regio de interesse.

Figura 1.3: Equipamento de ressonncia magntica - www.gehealthcare.com

Figura 1.4: Bobina - www.healthcare.philips.com

1.2

Recursos necessrios

O InVesalius projetado para executar em computadores pessoais, como

desktops e notebooks. Atualmente, ele compatvel com os seguintes sistemas
operacionais:
- MS-Windows (XP, Vista, Windows 7)
10

- GNU/Linux (Ubuntu, Mandriva, Fedora)

- Apple Mac OS X
O desempenho do InVesalius depende, principalmente, da quantidade de
fatias reconstrudas (imagens abertas pelo software), da quantidade de memria RAM disponvel, da frequncia do processador e da arquitetura do
sistema operacional (32 bits ou 64 bits).
Vale ressaltar, como regra geral, que quanto maior a quantidade de memria RAM disponvel no sistema, maior ser o nmero de fatias que podem
ser abertas simultaneamente para um dado estudo. Por exemplo, com 1 GB
de memria disponvel, pode-se abrir cerca de 300 fatias com resoluo de
512x512 pixels. J com 4 GB de memria, pode-se abrir em torno de 1000
imagens com a mesma resoluo.

1.2.1

Configuraes mnimas

Sistema Operacional de 32 bits

Processador Intel Pentium 4 ou equivalente, com frequncia de 1,5 GHz
1 GB de memria RAM
80 GB de disco rgido
Placa grfica com 64 MB de memria
Resoluo de vdeo de 1024x768 pixels

1.2.2

Configuraes recomendadas

Sistema Operacional de 64 bits

Processador Intel Core 2 Duo ou equivalente, com frequncia de 2,5 GHz
4 GB de memria RAM
180 GB de disco rgido
Placa grfica NVidia ou ATI, com 128 MB de memria
Resoluo de vdeo de 1024x768 pixels

11

Captulo 2
Instalao
2.1

MS-Windows

Para instalar o InVesalius no MS-Windows, basta executar o programa instalador. Quando aparecer uma janela pedindo para confirmar a execuo do
arquivo, clique em Executar.

12

Uma nova janela pedir para selecionar o idioma do instalador. Selecione

o idioma e clique em OK.

Em seguida, ser exibida a janela do instalador. Clique em Avanar.

13

Selecione Eu aceito os termos do Contrato e clique em Avanar.

Clique em Avanar novamente.

14

Clique em Avanar.

Selecione Criar um cone na rea de Trabalho e Criar um cone

na Barra de Inicializao Rpida e clique em Avanar.

15

Clique em Instalar.

Enquanto o software instalado, ser exibida uma janela com o progresso

da instalao.

16

Para executar o InVesalius aps a instalao, clique em Concluir.

Caso seja a primeira vez em que o software instalado, ser exibida uma
janela para selecionar o idioma do InVesalius. Selecione o idioma desejado e
clique em OK.

17

Enquanto o InVesalius carregado, exibida uma janela de abertura como

a da figura seguinte.

Em seguida, a janela principal do programa aberta.

18

2.2

Mac Os X

Para iniciar a instalao no Mac Os X, clique 2 vezes com o boto esquerdo

do mouse sobre o instalador. Em seguida o instalador ser inicializado.

Mantenha o boto esquerdo pressionado sobre o cone do software InVesalius e arraste-o para o cone Applications ambos contidos no instalador.

O software j encontra-se instalado, bastando acessar pelo menu

19

Captulo 3
Importao
O InVesalius importa arquivos no formato DICOM, incluindo arquivos compactados (JPEG sem perdas e com perdas) e arquivos no formato Analyze
c
(Mayo Clinic)
.

3.1

DICOM

No menu Arquivo, clique na opo Importar DICOM.... Se preferir, use

o atalho do teclado Ctrl + I. A importao tambm pode ser acionada pelo
cone da barra de ferramentas descrito na figura 3.1.

Figura 3.1: Atalho para Importar DICOM

Em seguida, selecione o diretrio que contenha os arquivos DICOM, como

na figura 3.2. O InVesalius ir procurar por arquivos tambm em subdiretrios do diretrio escolhido, caso existam.

20

Clique em OK.

Figura 3.2: Seleo de diretrio

Enquanto o InVesalius procura por arquivos DICOM no diretrio, exibido o progresso do carregamento dos arquivos verificados, como ilustra a
figura 3.3.

Figura 3.3: Status de verificao e carregamento de arquivos

21

Se arquivos DICOM forem encontrados, aberta uma janela (figura 3.4)

para selecionar o paciente e a respectiva srie que se deseja abrir. Tambm
possvel pular imagens para reconstruo.

Figura 3.4: Tela de importao

22

Caso deseje importar uma srie com todas as imagens presentes, clique em
"+"ao lado do nome do paciente para expandir as sries a ele pertencentes.
D um clique duplo com o boto esquerdo do mouse sobre a descrio da
srie. Veja a figura 3.5.

Figura 3.5: Seleo de srie

Em alguns casos, em particular quando no se dispe de um computador
com memria e/ou processamento satisfatrios para trabalhar com muitas
imagens em uma srie, pode ser recomendvel pular (ignorar) algumas delas.
Para isso, clique uma vez com o boto esquerdo do mouse sobre a descrio
da srie (figura 3.5) e selecione quantas imagens sero puladas (figura 3.6).
Clique em OK.

Figura 3.6: Pular imagens

Caso seja detectado quantidade insuficiente de memria disponvel na
hora de carregar as imagens recomentado reduzir a resoluo das fatias
para trabalhar com visualizao volumtrica e de superfcie, como mostra a
janela 3.7. As fatias sero redimensionadas de acordo com a porcentagem
em relao a resoluo original. Por exemplo, se cada fatia do exame contm
a dimenso de 512 x 512 pixeis e for sugerido a "Porcentagem da resoluo
23

original"em 60%, cada imagem resultante ter 307 x 307 pixeis. Caso deseje
abrir com a resoluo original selecione o valor 100.

Figura 3.7: Reduo de dimenso da imagem

Aps os procedimentos anteriores, ser apresentada uma janela (figura
3.8) com o progresso da reconstruo (quando as imagens so empilhadas e
interpoladas).

Figura 3.8: Progresso da reconstruo

24

3.2

Analyze

Para importar arquivos no formato Analyze, no menu Arquivo, clique na

opo Importar outros arquivos... em seguida a opo Analyze como
mostra a figura 3.9.

Figura 3.9: Menu para importar imagens no formato analyze

Selecione o arquivo do tipo Analyze, na extenso .hdr e clique em Abrir.
(figura 3.10).

Figura 3.10: Importar imagens no formato analyze

25

Captulo 4
Manipulao de Imagens (2D)
4.1

Reconstruo Multiplanar

Ao importar as imagens DICOM, o InVesalius mostra, automaticamente, a

sua reconstruo multiplanar nas orientaes Axial, Sagital e Coronal, bem
como uma janela para manipulao 3D. Veja a figura 4.1.

Figura 4.1: Reconstruo multiplanar

26

Alm de criar a reconstruo multiplanar, o InVesalius segmenta a imagem, destacando, por exemplo, os ossos dos tecidos moles. O destaque
representado por meio da aplicao de cores sobre a estrutura segmentada,
isto , as cores formam uma mscara sobre a imagem destacando a estrutura
(figura 4.1). Isso ser discutido em mais detalhes nos prximos captulos.
Para esconder a mscara, usa-se o gerenciador de dados, localizado no
canto inferior esquerdo da tela. Basta escolher a aba Mscaras e clicar
uma vez com o boto esquerdo do mouse sobre o cone do olho ao lado de
"Mscara 1". Veja a figura 4.2.

Figura 4.2: Gerenciador de mscaras

O cone do olho desaparece, e as cores da mscara de segmentao so
escondidas (figura 4.3).

4.1.1

Orientao axial

A orientao axial composta de cortes transversais da regio de interesse,

ou seja, cortes paralelos ao plano axial do corpo humano. Na figura 4.4,
exibida uma imagem em orientao axial da regio do crnio.

4.1.2

Orientao sagital

A orientao sagital composta de cortes realizados lateralmente em relao

regio de interesse, ou seja, cortes paralelos ao plano sagital do corpo
humano, que o divide nas pores esquerda e direita. A figura 4.5 mostra
uma imagem do crnio em orientao sagital.

27

Figura 4.3: Reconstruo multiplanar sem mscara de segmentao

Figura 4.4: Corte axial

4.1.3

Orientao coronal

A orientao coronal composta de cortes paralelos ao plano coronal, que

divide o corpo humano em metades ventral e dorsal. A figura 4.6 mostra
uma imagem do crnio em orientao coronal.

28

Figura 4.5: Corte sagital

Figura 4.6: Corte coronal

4.2

Correspondncia entre as orientaes axial,

sagital e coronal

Para saber qual o ponto comum das imagens nas diferentes orientaes, basta
acionar o recurso "Cruz de interseo de fatias"pelo cone de atalho localizado
na barra de ferramentas. Veja a figura 4.7.

Figura 4.7: Atalho para mostrar ponto comum entre diferentes orientaes
Quando o recurso acionado, dois segmentos de reta que se cruzam perpendicularmente so exibidos sobre cada imagem (figura 4.8). O ponto de
interseo de cada par de segmentos representa o ponto comum entre as
diferentes orientaes.
29

Para modificar o ponto, mantenha pressionado o boto esquerdo do

mouse e o arraste. Automaticamente, os pontos correspondentes sero atualizados em cada imagem.

Figura 4.8: Ponto comum entre orientaes diferentes

Para desativar a funcionalidade, basta clicar novamente sobre o atalho
(figura 4.7). Esse recurso pode ser utilizado em conjunto com o editor de
fatias (que ser comentado mais frente).

30

4.3

Mover

Para mover uma imagem na tela, pode-se utilizar o cone do atalho "Mover"da barra de ferramentas (figura 4.9). Clique sobre o cone para ativar o
recurso e, em seguida, com o boto esquerdo do mouse pressionado sobre
a imagem, arraste-a para a direo desejada. A figura 4.10 mostra uma
imagem deslocada (movida).

Figura 4.9: Atalho para mover imagens

Figura 4.10: Imagem deslocada

4.4

Rotacionar

A rotao de imagens pode ser ativada pelo cone do atalho "Rotacionar"da

barra de ferramentas (figura 4.11). Para rotacionar uma imagem, clique
sobre o cone e, em seguida, com o boto esquerdo do mouse pressionado

31

sobre a imagem, arraste-a no sentido horrio ou anti-horrio, dependendo

do sentido de rotao desejado.

Figura 4.11: Atalho para rotacionar imagens

Figura 4.12: Imagem rotacionada

4.5

Ampliar (Zoom)

No InVesalius, existem diferentes formas de ampliar uma imagem. Pode-se

maximizar a janela da orientao desejada, aplicar o zoom diretamente na
imagem, ou selecionar a regio da imagem que ser ampliada.

4.5.1

Maximizando as janelas de orientao

Como j sabemos, a janela principal do InVesalius dividida em 4 subjanelas:

axial, sagital, coronal e 3D. Cada uma delas pode ser maximizada de modo
a ocupar toda a rea da janela principal. Para isso, basta clicar com o
32

boto esquerdo do mouse no cone existente no canto superior direito

da subjanela (figura 4.13). Para restaurar uma janela maximizada a seu
tamanho anterior, basta clicar novamente no cone.

Figura 4.13: Detalhe de uma subjanela (Observe o cone de maximizar no

canto superior direito)

4.5.2

Ampliando ou reduzindo uma imagem

Para ampliar ou reduzir uma imagem, clique sobre o cone do atalho "Zoom"na
barra de ferramentas (figura 4.14). Mantenha o boto esquerdo pressionado
sobre a imagem e arraste o mouse para cima, caso deseje ampli-la, ou para
baixo, caso deseje reduzi-la.

Figura 4.14: Atalho de Zoom

4.5.3

Ampliando uma rea da imagem

Para ampliar uma rea determinada da imagem, clique sobre o cone do

atalho "Zoom baseado na seleo"na barra de ferramentas (figura 4.15). Posicione o ponteiro do mouse na posio inicial da seleo, clique e mantenha
o boto esquerdo do mouse pressionado e arraste-o at a posio final da
seleo, formando um retngulo (figura 4.16). Assim que o boto esquerdo
33

do mouse for liberado, a operao de zoom ser aplicada regio selecionada

(figura 4.17).

Figura 4.15: Atalho de Zoom baseado na seleo

Figura 4.16: rea selecionada para zoom

Figura 4.17: Imagem ampliada

4.6

Brilho e contraste (Janelas)

Para melhorar a visualizao das imagens, podemos utilizar o recurso de window width e window level, popularmente conhecido por "brilho e contraste"ou
34

"janela"(para radiologistas). Com esse recurso, possvel definir a faixa da

escala de cinza (window level ) e a largura dessa faixa (window width) que
sero usadas para exibir as imagens.
O recurso pode ser acionado pelo cone do atalho "Contraste"na barra de
ferramentas. Veja a figura 4.18.

Figura 4.18: Atalho de brilho e contraste

Para aumentar o brilho, mantenha o boto esquerdo do mouse pressionado e o arraste na horizontal para a direita. Para diminuir o brilho, basta
arrastar o mouse para a esquerda. O contraste pode ser alterado arrastando
o mouse (com o boto esquerdo pressionado) na vertical: para cima para
aumentar, ou para baixo para diminuir o contraste.
Para desabilitar o recurso, clique novamente sobre o cone do atalho (figura 4.18).
possvel utilizar padres pr-definidos de brilho e contraste. A tabela
4.1 relaciona alguns tipos de tecido com os respectivos valores de brilho e
contraste da imagem. Para usar um padro pr-definido, posicione o cursor
do mouse sobre a imagem e clique com o boto direito para abrir um menu
de contexto sobre ela. Quando o menu se abrir, selecione a entrada Brilho e
Contraste e, em seguida, clique sobre a opo pr-definida, de acordo com
o tipo de tecido, como mostra a figura 4.19.

Figura 4.19: Menu de contexto para seleo de brilho e contraste

35

(a) Osso

(b) Pulmo

Figura 4.20: Diferentes tipos de brilho e constraste

36

Tabela 4.1: Valores de brilho e contraste para alguns tecidos

Tecido
Padro
Manual
Abdmen
Crebro
Enfisema
Fossa Posterior Nasal
Fgado
Isquemia - Contraste Tecidos Duros
Isquemia - Contraste Tecidos Moles
Laringe
Mediastino
Osso
Plvis
Pulmo Duro
Pulmo Mole
Seio
Vascular - Duro
Vascular - Mole

4.7

Brilho
Contraste
Exame
Exame
Alterado Alterado
350
50
80
40
500
-850
120
40
2000
-500
15
32
80
20
180
80
350
25
2000
300
450
50
1000
-600
1600
-600
4000
400
240
80
680
160

Pseudocor

Outro recurso para melhorar a visualizao das imagens so as pseudocores.

Elas substituem os nveis de cinza por cores, ou pelos nveis de cinza invertidos. Nesse ltimo caso, regies da imagem que antes eram mais claras se
tornam mais escuras e vice-versa.
Para alterar a visualizao usando uma pseudocor, posicione o cursor do
mouse sobre a imagem e clique com o boto direito para abrir um menu de
contexto sobre ela. Quando o menu se abrir, selecione a entrada Pseudocor
e, em seguida, clique sobre a opo de pseudocor desejada, como mostra a
figura 4.21.

37

Figura 4.21: Pseudo Cor

As figuras de 4.22 a 4.28 exemplificam as diversas opes de pseudocor
disponveis.

Figura 4.22: Padro

Figura 4.23: Imagem Cinza Invertido

38

Figura 4.24: Arco-ris

Figura 4.25: Deserto

39

Figura 4.26: Matiz

Figura 4.27: Oceano

40

Figura 4.28: Saturao

41

4.8

Tipo de projeo

possvel alterar o tipo de projeo das imagens 2D a serem visualizadas,

alm do modo normal, o InVesalius dispe de seis tipos de projees que
podem serem acessadas da seguinte forma: Possicione o cursor do mouse
sobre a imagem e clique com o boto direito para abrir um menu de contexto
sobre ela. Quando o menu se abrir, selecione a entrada tipo de projeo e,
em seguida, clique sobre a opo de pseudocor desejada, como mostra a
figura 4.29.

Figura 4.29: Menu de Tipo de projeo

4.8.1

Normal

O modo normal a visualizao padro, ou seja, sem nenhum tipo de projeo, da maneira em que a imagem foi adquirida ou customizada previamente
seja com brilho e contraste ou pseudocor. Exemplificamos na figura 4.30.

Figura 4.30: Projeo normal

42

4.8.2

MaxIP

MaxIP tambm conhecido como MIP (Maximum Intensity Projection), o

mtodo seleciona somente os voxels que possuem intensidade mxima entre
os visitados como mostra a figura 4.31. De acordo com a quantidade ou
"profundidade"do MaxIP cada voxel visitado em ordem de sobreposio,
por exemplo, para selecionar MaxIP do pixel (0, 0) composto por 3 fatias
necessrio visitar o pixel (0, 0) das fatias (1, 2, 3) e selecionar o maior valor.

Figura 4.31: Projeo MaxIP ou MIP

Como mostra a figura 4.32, a quantidade de imagens que ir compor o
MaxIP setada no inferior da imagem de cada orientao.

Figura 4.32: Seleo da quantidade de imagens que compe o MaxIP ou MIP

4.8.3

MinIP

Ao contrrio do MaxIP, o MinIP (Minimun Intensity Projection) seleciona

somente os voxels que possuem internsidade minima entre os visitados, apresentamos na figura 4.33 um exemplo. A seleo da quantidade de imagens
que ir compor a projeo feita no inferior da imagem de cada orientao
como mostra a figura 4.32.

43

Figura 4.33: Projeo MinIP

4.8.4

MeanIP

A tcnica MeanIP (Mean Intensity Projection) que mostrada na figura 4.34

compe a projeo realizando a mdia dos voxels visitados. Os voxels so
visitados da mesma forma dos mtodos MaxIP e MinIP. Tambm possvel
definir quantas imagens iro compor a projeo no inferior da imagem de
cada orientao como mostrada na figura 4.32.

Figura 4.34: Projeo MeanIP

44

4.8.5

MIDA

A tcnica MIDA (Maximum Intensity Difference Accumulation) projeta uma

imagem levando em considerao somente os voxels que possuem valores mximos locais. A partir de cada pixel da tela simulado um raio em direo ao
volume, cada voxel interceptado por cada um destes raios chegando at o
final do volume, cada um desses voxels visitados tem o seu valor acumulado,
mas so levados em considerao somente se o valor for maior que os valores j visitados anteriormente. A exemplo do MaxIP, possvel selecionar
quantas imagens sero utilizadas para acumular os valores. Apresentamos
na figura 4.35 um exemplo de projeo MIDA.

Figura 4.35: Projeo MIDA

Como mostra a figura 4.36, possvel inverter a ordem que os voxels so
visitados, bastando selecionar a opo Ordem invertida no canto inferior
da tela.

45

Figura 4.36: Projeo MIDA em ordem invertida

4.8.6

Contorno MaxIP

Compe a projeo 2D do conjunto de imagens que contm o volume usando a

tcnica Contour MaxIP. A tcnica consiste em visualizar contornos presentes
na projeo gerada com a tcnica MaxIP(4.8.2). Um exemplo apresentado
na figura 4.37.

Figura 4.37: Projeo de Contorno MaxIP

4.8.7

Contorno MIDA

Compe a projeo 2D do conjunto de imagens que contm o volume usando

a tcnica Contour MIDA. A tcnica consiste em visualizar contornos presentes na projeo gerada com a tcnica MIDA(4.8.5). A exemplo do MIDA
46

 possvel inverter a ordem que o volume visitado. Exemplificamos na

figura 4.38.

Figura 4.38: Projeo de Contorno MIDA

47

Captulo 5
Segmentao
Para selecionar um determinado tipo de tecido da imagem, utilizado o
recurso de segmentao, disponvel no InVesalius.

5.1

Limiar (Threshold )

Limiar uma tcnica de segmentao de imagens que permite selecionar da

imagem somente os pixels cuja intensidade est dentro de um limiar definido
pelo usurio. O limiar definido por dois nmeros, limiares inicial e final,
tambm conhecidos como thresholds mnimo e mximo. Como referncia
para a definio, utilizada a escala de Hounsfield (tabela 1.1).
A segmentao acionada no painel situado no lado esquerdo da interface
do InVesalius, no item 2. Selecione a regio de interesse (figura 5.1).

Figura 5.1: Seleo de regio de interesse

Antes de iniciar a segmentao, necessrio configurar uma mscara. A
48

mscara uma imagem com a regio selecionada colorida e sobreposta

imagem original. Veja a figura (5.2)

Figura 5.2: Mscara (regies em amarelo)

Para alterar o limiar, pode-se utilizar a barra que representa os nveis de
cinza na imagem (figura 5.3). possvel alterar o limiar inicial usando o
controle deslizante esquerdo da barra. De forma semelhante, o limiar final
pode ser alterado por meio do controle direito. possvel, ainda, digitar
diretamente os valores desejados nas respectivas caixas de texto nas extremidades da barra. Com a alterao dos valores, automaticamente a mscara
ser atualizada, pintando somente os pixels com intensidade dentro da faixa
determinada.

Figura 5.3: Seleo dos pixels com intensidade entre 226 e 3021 (Osso)
Tambm existem valores pr-definidos de limiar de acordo com alguns
tipos de tecido, como mostra a figura 5.4. Basta selecionar o tecido desejado
e a mscara ser atualizada automaticamente.

Figura 5.4: Caixa de seleo de valores pr-definidos de limiar

A tabela 5.1 mostra a faixa de nveis de cinza de acordo com o tipo de
tecido ou material.
49

Tabela 5.1: Limiares pr-definidos para alguns materiais

Material
Esmalte (Adulto)
Esmalte (Criana)
Osso
Osso Compacto (Adulto)
Osso Compacto (Criana)
Osso Esponjoso (Adulto)
Osso Esponjoso (Criana)
Personalizado
Tecido Epitelial (Adulto)
Tecido Epitelial (Criana)
Tecido Gorduroso (Adulto)
Tecido Gorduroso (Criana)
Tecido Muscular (Adulto)
Tecido Muscular (Criana)
Tecidos Moles

Limiar inicial Limiar final

1553
2850
2042
3021
226
3021
662
1988
586
2198
148
661
156
585
Def. Usurio Def. Usurio
-718
-177
-766
-202
-205
-51
-212
-72
-5
135
-25
139
-700
225

A tabela 5.1 mais indicada para tomgrafos mdicos. Nos tomgrafos

odontolgicos, comumente as faixas de nveis de cinza so maiores e no
regulares. Assim, necessrio utilizar a barra de limiar (figura 5.3) para
ajust-las.
Caso se deseje criar uma nova mscara, basta clicar no cone do atalho
presente no painel, dentro do item 2. Selecione a regio de interesse.
Veja a figura 5.5.

Figura 5.5: Atalho para criar nova mscara

Clicando-se nesse atalho, uma nova janela ser apresentada (figura 5.6).
Selecione a faixa de limiar desejada e clique em OK.

50

Figura 5.6: Criar uma nova mscara

Com uma mscara de segmentao configurada, possvel gerar a superfcie 3D correspondente s imagens em estudo. A superfcie ser composta
por uma malha de tringulos. O prximo captulo trar maiores detalhes
sobre esse tipo de superfcie.
Para iniciar a gerao, clique no boto Gerar superfcie (figura 5.7).
Caso j exista uma superfcie gerada previamente, pode-se substitu-la pela
nova. Para isso, basta selecionar, antes da gerao, a opo Sobrescrever
anterior.

Figura 5.7: Boto Gerar superfcie

Aps alguns instantes, a superfcie ser exibida na janela de visualizao
3D do InVesalius (figura 5.8).

Figura 5.8: Superfcie 3D

51

5.2

Segmentao manual (Edio de imagens)

H situaes em que a segmentao por limiar no eficiente, pois ela

aplicada ao conjunto todo das imagens. Para aplicar a segmentao a imagens
isoladas, pode-se usar a segmentao manual. Com ela, possvel adicionar
ou apagar uma determinada regio da imagem que foi segmentada por limiar.
No entanto, a segmentao manual requer maior conhecimento de anatomia
por parte do usurio. Para utiliz-la, necessrio clicar em Edio Manual
(figura 5.9) para abrir o painel de edio.

Figura 5.9: Ferramentas avanadas de edio

O painel de edio aparece como mostra a figura 5.10.

Figura 5.10: Painel de edio

H dois tipos de pincel disponveis para desenho: um em forma de crculo
e outro em forma de quadrado. Para escolher um pincel, clique no tringulo
da lista de seleo para abri-la e, a seguir, clique sobre o tipo escolhido. O
pincel selecionado aparece no painel como mostra a figura 5.11.

Figura 5.11: Tipo de pincel

52

Tambm possvel alterar o dimetro do pincel, conforme mostra a figura

5.12.

Figura 5.12: Seleo do dimetro do pincel

necessrio selecionar o tipo de operao que ser realizada pelo pincel.
As opes so as seguintes:
Desenhar, para pintar uma regio que no foi selecionada;
Apagar, para remover uma regio que foi selecionada;
Limiar, para remover uma regio que est fora do limiar e foi selecionada,
ou pintar uma regio que est dentro do limiar e no foi selecionada.
A figura 5.13 ilustra a lista de operaes do pincel:

Figura 5.13: Seleo do tipo de operao do pincel

A figura 5.14 mostra um caso em que algumas imagens contm rudos
causados pela presena de prtese dentria de amlgama no paciente. Observe os "raios"saindo da regio da arcada dentria. Isso ocorre porque a
mscara de segmentao tambm seleciona parte dos rudos, pois eles esto
na mesma intensidade do limiar para osso.
A figura 5.15 ilustra como uma superfcie gerada a partir dessa segmentao.

53

Figura 5.14: Imagem com rudo segmentada com limiar

Figura 5.15: Superfcie gerada a partir de imagem com rudo

Em casos como este, utilizando o editor, com o pincel na opo Apagar,
mantenha o boto esquerdo do mouse pressionado enquanto o arrasta sobre
a regio que deseja remover (na mscara).
A figura 5.17 mostra a imagem da figura 5.14 aps edio.

54

Figura 5.16: Zoom da regio com rudo

Figura 5.17: Imagem com rudo removido

Figura 5.18: Superfcie criada a partir da imagem com rudo removido

Realizada a edio, basta gerar a superfcie a partir da imagem editada
(figura 5.18). Como houve edio, ao clicar em Criar superfcie, ser requerido se deseja gerar a superfcie a partir do mtodo binrio ou utilizando o mtodo de suavizao Context aware smoothing (figura 5.19)
55

para minimizar os "degraus"na superfcie. Demais detalhes sero discutidos

no captulo 6.

Figura 5.19: Mtodo de criao de superfcie

5.3

Watershed

A segmentao por watershed, necessita que o usurio indique atravs de

marcadores o que objeto e o que fundo. Esse mtodo de segmentao
interpreta a imagem como uma bacia hidrogrfica, sendo que os valores dos
nveis de cinza so as altitudes, formando vales e montanhas, os marcadores
de fundo e objeto so as fontes de gua. Essas fontes de gua, comeam
"encher"essa bacia hidrogrfica at se encontrarem, assim segmentando a
imagem em fundo e objeto. Para utiliz-la, necessrio clicar na opo
Watershed para abrir o painel de edio (figura 5.21).

Figura 5.20: Painel de segmentao por Watershed

Antes de iniciar a segmentao por Watershed, recomendvel limpar
toda a mscara utilizando a ferramenta de limpeza de mscara, conforme
56

Figura 5.21: Painel de segmentao por Watershed

mostrado na seo 5.5.
Para inserir marcadores de fundo e objeto, utilizada uma ferramenta
em forma de pincel, a exemplo da segmentao manual, existe a opo de
selecionar pincel retangular ou circular, tambm possvel alterar o tamanho
deles.
necessrio tambm selecionar o tipo de operao que ser realizada pelo
pincel. As opes so as seguintes:
Objeto, para inserir marcadores de objeto;
Fundo, para inserir marcadores de fundo (no objeto);
Apagar, para apagar marcadores de objeto ou fundo.
A opo "Sobrescrever mscara" utilizada quando deseja-se que a
mscara selecionada seja substituda pelo resultado da segmentao. J a
opo "Considerar brilho e contraste" utilizada para o algoritmo levar
em considerao a imagem que est sendo visualizada, assim possvel alterar
o brilho e contraste e obter resultados melhores de segmentao.
possvel configurar o mtodo de Watershed atravs do boto ao lado
esquerdo do painel (figura 5.22). Ao abrir essa opo mostrada a janela 5.23.
A opo mtodo permite alterar o algoritmo que utilizado na segmentao,
existe o Wartershed convencional e o Watershed baseado no mtodo de IFT
(Image Forest Transform), em alguns casos, como segmentao de crebro
ele apresenta melhor resultado.
A conectividade dos pixels que sero levados em considerao, pode ser
alterados, no caso 2D, possvel selecionar conectividade 4 e 8, j no caso
57

3D pode-se selecionar 6,18 ou 26. O valor "Sigma da gaussiana" alterado

para o mtodo suavizar mais ou menos a imagem ao aplicar a segmentao,
valores altos tendem a deixar a imagem mais suavizada e consequentemente
o algoritmo seleciona menos detalhes e rudos.

Figura 5.22: Boto para abrir a configurao do mtodo de Watershed

Figura 5.23: Opes de configurao do mtodo de Watershed

Existe a opo do mtodo ser executado para todo o volume (expandir
para outras fatias), para isso, aps ser inserido os marcadores de objeto e
de fundo, necessrio clicar no boto Expandir watershed para 3D,
localizado no painel. Na figura 5.24 exibido o resultado da segmentao
do crebro em uma fatia (2D), j na figura 5.25 mostrado a expanso para
todo o volume (3D).
Ainda na figura 5.24, podemos visualizar os marcadores de objeto em
verde claro, os marcadores de fundo em vermelho e a mscara em verde
transparente cobrindo a regio selecionada (resultado).

5.4

Operaes booleanas

Aps efetuar segmentaes, possvel realizar operaes booleanas entre as

mscaras. As operaes booleanas suportadas so:
Unio, realiza a unio de duas mscaras;
58

Figura 5.24: Watershed aplicado em uma fatia de um volume.

Figura 5.25: Segmentao do crebro com o mtodo de Watershed aplicado

em todo um volume (expandido em 3D).
Diferena, realiza a diferena entre a primeira mscara com a segunda;
Interseco, para apagar marcadores de objeto ou fundo.
Disjuno exclusiva, tambm conhecida como XOR, mantm as regies
de ambas as mscara que possuem diferena.
Para ativar essa ferramenta necessrio ir no menu Ferramentas, Operaes boolenas, como exibido na figura 5.26
59

Figura 5.26: Menu para ativar a ferramenta de operaes booleanas.

necessrio selecionar a primeira mscara, a operao a ser realizada e
a segunda mscara conforme mostra a figura 5.27. Em seguida necessrio
clicar no boto Ok.

Figura 5.27: Ferramenta de operaes booleanas.

Na figura 5.28, apresentamos um exemplo de utilizao da ferramenta.

5.5

Limpeza total da mscara

Pode-se efetuar a limpeza total da mscara (figura 5.29), isso recomendado

antes de iniciar a insero de marcadores de Watershed. A ferramenta est
localizada no menu, Ferramentas, Mscara, Limpar mscara, tambm
possvel executa-la pressionando as teclas CTRL+SHIFT+A.

60

(a) Mscara A

(b) Mscara B

(c) Unio (A B)

(d) Diferena (A - B)

(e) Interseco (A B)

(f) Disjuno exclusiva (A

B)

Figura 5.28: Exemplo de operaes booleanas.

Figura 5.29: Limpeza de mscara

61

Captulo 6
Superfcie (Malha de Tringulos)
No InVesalius, a superfcie 3D gerada com base em um modelo segmentado
(obtido a partir da segmentao das imagens). O mtodo utilizado para
gerar a superfcie o algoritmo marching cubes. Resumidamente, o algoritmo
transforma os voxels das imagens que foram "empilhadas"e segmentadas em
uma malha de polgonos simples - no caso, tringulos.
Os controles disponveis para a configurao de superfcies 3D no InVesalius encontram-se no painel esquerdo do software, dentro do item 3.
Configure a superfcie 3D, opo Propriedades da superfcie.

Figura 6.1: Configurao de uma superfcie 3D

62

6.1

Criando superfcies

possvel criar uma nova superfcie com base em uma mscara de segmentao j existente. Para isso, no painel esquerdo, dentro do item 3. Configure
a superfcie 3D, clique no atalho ilustrado na figura 6.2.

Figura 6.2: Atalho para criar uma superfcie

Ao se clicar nesse atalho, uma janela se abre para permitir a configurao
da superfcie a ser criada (figura 6.3). Alm de ser possvel determinar a
qualidade da superfcie a gerar, h opes tambm para o preenchimento de
buracos existentes e para a seleo da maior regio da superfcie.

Figura 6.3: Janela para criao de superfcie

A seleo da maior regio pode ser usada, por exemplo, para remover do
modelo o suporte ou a mesa do tomgrafo. A figura 6.4 ilustra um caso com
as duas opes selecionadas: "Preencher buracos"e "Manter maior regio".

63

(a) Frente

(b) Baixo

Figura 6.4: Superfcie com regio maior selecionada e com buracos preenchidos

(a) Frente

(b) Baixo

Figura 6.5: Superfcie sem a seleo da maior regio e com buracos abertos
J a figura 6.5 mostra o mesmo caso sem essas opes selecionadas.
Observa-se o suporte do tomgrafo e a superfcie aberta.
O item Mtodo de criao de superfcie tem as seguintes opes,
"Binrio", "Context aware smoothing" e "Padro, podemos visualizar
um exemplo de superfcie a partir dos 3 mtodos na figura 6.6.
O mtodo binrio, tem como partida a mscara que foi segmentada,
sendo a regio selecionada como 1 e o restante 0. Como existem somente 2
valores, as curvas na superfcie que o algoritmo gera so abruptas ou popularmente conhecida como "degraus".
No mtodo Context aware smoothing, inicialmente a superfcie gerada a partir do mtodo binrio, mas em seguida executado o algoritmo

64

"Context aware smoothing"para suavizar a superfcie resultante e evitar os

"degraus"na mesma. Neste passo requerido 4 valores, que sero apresentados a seguir.
O ngulo, nesse caso ser formado entre 2 normais de tringulos adjacentes, que caso esteja acima do valor definido no campo ngulo, o tringulo
elegido para ser o ponto de partida da suavizao, a faixa de valor de
0 at 1, sendo 0 e 90 respectivamente. A distncia mxima o raio a
partir dos tringulos elegidos no passo anterior, que ser utilizada como limite de suavizao. O peso mnimo o quanto de suavizao ser aplicado
nas reas que esto fora do raio determinado anteriormente. O nmero de
passos quantas vezes o algoritmo vai executar.
O mtodo padro ativo somente quando no existir edio manual na mscara, os pixeis da imagem original que esto sob a mscara
utilizado para a gerao de superfcie, como normalmente imagens de tomografia ou ressonncia possui vrios nveis de cinza, gerada uma superfcie
com curvas mais suaves.

(a) Binrio

(b) Context aware

(c) Padro

Figura 6.6: Superfcies geradas por diferentes mtodos

65

6.2

Transparncia

possvel visualizar uma superfcie com transparncia. Para isso, primeiro

selecione a superfcie por meio da lista de seleo, dentro do item 3. Configure a superfcie 3D, opo Propriedades da superfcie (figura 6.7).

Figura 6.7: Seleo de superfcie

Em seguida, para determinar o nvel de transparncia que a superfcie
selecionada receber, arraste o controle deslizante ilustrado na figura 6.8.
Quanto mais para a direita o controle, maior ser a transparncia aplicada.

Figura 6.8: Seleo de nvel de transparncia

A figura 6.9 ilustra a visualizao de duas superfcies: uma mais externa
(esverdeada) e outra mais interna (amarelada). A superfcie mais externa
aparece com a transparncia aumentada.

Figura 6.9: Superfcies com nvel alterado de transparncia

66

6.3

Cor

A cor de uma superfcie tambm pode ser alterada. Selecione a superfcie

(reveja a figura 6.7) e, em seguida, clique no boto ao lado da superfcie
selecionada. A figura 6.10 ilustra o boto, tambm localizado no item 3.
Configure a superfcie 3D, opo Propriedades da superfcie.

Figura 6.10: Boto para alterao de cor

Uma janela de seleo de cores se abre (figura 6.11). Selecione a cor
desejada e clique no boto OK.

Figura 6.11: Opes de cor

6.4

Separando regies desconexas

Para separar regies da superfcie que se encontram desconexas, necessrio

clicar na opo Ferramentas avanadas, dentro do item 3. Configure a
superfcie 3D. Veja a figura 6.12.

Figura 6.12: Atalho para ferramentas avanadas

67

Um menu com as opes disponveis ser exibido, como ilustra a figura

6.13.

Figura 6.13: Ferramentas avanadas

6.4.1

Separar maior superfcie

A opo Separar maior superfcie seleciona, automaticamente, somente

a regio desconexa que contm maior volume. Para realizar a operao,
basta clicar no atalho que a figura 6.14 ilustra. criada uma nova superfcie
resultante da operao.

Figura 6.14: Atalho para separao da maior regio desconexa

Como exemplo, a figura 6.15 mostra um caso antes da separao da maior
regio.

Figura 6.15: Superfcies desconexas

Na figura 6.16, observa-se a superfcie com a maior regio desconexa separada.

68

Figura 6.16: Maior regio separada

6.4.2

Selecionar as regies de interesse

Outra modalidade de seleo se d pela opo Selecionar as regies de

interesse.... Para ativ-la, o usurio deve clicar sobre o boto ilustrado na
figura 6.17. Em seguida, basta clicar sobre as regies desconexas da superfcie
que se pretende selecionar.

Figura 6.17: Atalho para seleo de regies de interesse

No exemplo da figura 6.18, foram selecionados o crnio e a parte direita
do suporte do tomgrafo.

Figura 6.18: Exemplo de regies de interesse selecionadas

69

6.4.3

Separar todas regies desconexas

possvel, tambm, separar automaticamente todas as regies desconexas.

Para isso, basta clicar no boto ilustrado pela figura 6.19, que representa a
opo Separar todas regies desconexas.

Figura 6.19: Atalho para separao de todas as regies desconexas

A figura 6.20 mostra um exemplo.

Figura 6.20: Exemplo de separao de todas as regies desconexas

70

Captulo 7
Medies
O InVesalius permite realizar medies lineares e angulares em 2D (planos
axial, coronal e sagital) e em 3D (superfcies). Tambm possvel fazer
medies volumtricas em superfcies.

7.1

Medio linear

Para realizar medies lineares, necessrio ativar o recurso clicando no

atalho correspondente localizado na barra de ferramentas (figura 7.1).

Figura 7.1: Atalho para ativar medio linear

Uma medio linear definida entre dois pontos. Com o recurso ativado,
clique uma vez sobre a imagem para estabelecer o ponto inicial. Em seguida,
posicione o ponteiro do mouse no ponto final e clique uma vez novamente.
A medio executada e o resultado exibido automaticamente sobre a
imagem ou superfcie.
A figura 7.2 mostra uma medida linear em 2D na orientao axial, e a
figura 7.3 mostra outra medida linear em 3D (superfcie).

71

Figura 7.2: Medida linear sobre imagem plana

Figura 7.3: Medida linear sobre superfcie

Nota: A medida linear dada em milmetros (mm).

7.2

Medio angular

Uma medio angular em 2D ou sobre uma superfcie (3D) pode ser realizada
clicando-se no atalho ilustrado na figura 7.4.

Figura 7.4: Atalho para medio angular

Para efetuar a medio angular, necessrio fornecer os trs pontos que
72

 Posicione o ponteiro do mouse e

descrevero o ngulo a ser medido, ABC.
clique uma vez com o boto esquerdo para determinar o primeiro ponto,
A. Para inserir o segundo ponto, B (o vrtice do ngulo ou o "centro do
transferidor"), posicione o ponteiro do mouse e clique uma vez novamente.
Repita as mesmas aes para determinar o terceiro ponto, C. A medio
executada e, automaticamente, a medida resultante exibida sobre a imagem
ou superfcie.
A figura 7.5 ilustra uma medida angular em uma imagem plana, e a figura
7.6 ilustra uma medida angular sobre uma superfcie.

Figura 7.5: Medida angular sobre imagem plana

Figura 7.6: Medida angular sobre superfcie

Nota: A medida angular dada em graus ( )

73

7.3

Medio volumtrica

As medies volumtricas so feitas automaticamente ao se criar uma nova

superfcie. Elas so exibidas na aba Superfcies 3D, no painel de gerenciamento de Dados, localizado no canto inferior esquerdo da tela, como ilustra
a figura 7.7.

Figura 7.7: Medidas volumtricas

Nota: A medida volumtrica dada em milmetros cbicos
(mm3 )

74

Captulo 8
Gerenciamento de dados
Nos captulos anteriores, mostrou-se como manipular superfcies, mscaras
para segmentao e medies. possvel exibir ou ocultar e criar ou remover
esses elementos pelo painel de gerenciamento de Dados, localizado no canto
inferior esquerdo da tela do InVesalius. O painel dividido em 3 abas: Mscaras, Superfcies 3D e Medies, conforme mostra a figura 8.1. Cada
uma das abas agrupa dados correspondentes aos elementos a que se referem.

Figura 8.1: Gerenciamento de dados

Dentro de cada aba, aparece um painel dividido em linhas e colunas. Em
cada linha, a primeira coluna determina a visualizao do elemento listado
naquela linha. Isto , o cone que representa um "olho"ativa ou desativa a
exibio das mscaras, superfcies ou medies. Caso um desses elementos
esteja em exibio, o cone da figura 8.2 correspondente a ele tambm estar
visvel.

75

Figura 8.2: cone indicativo da visibilidade de elementos

Algumas operaes so possveis sobre os dados. Por exemplo, para excluir um dado, necessrio primeiro selecionar seu nome, como mostra a
figura 8.3 e, em seguida, clicar no atalho que a figura 8.4 ilustra.

Figura 8.3: Dado selecionado

Figura 8.4: Excluir dado

Para criar uma nova mscara, superfcie ou medio, basta clicar no atalho ilustrado na figura 8.5, desde que a respectiva aba esteja aberta.

Figura 8.5: Novo dado

Para copiar um dado, basta selecion-lo e clicar no atalho que a figura
8.6 ilustra.

Figura 8.6: Copiar dado

76

8.1

Mscaras

Na coluna Nome, so exibidos a cor e o nome atribudos mscara. J a

coluna Limiar exibe o intervalo de valores utilizado para criar a mscara. A
figura 8.1 mostra um exemplo.

8.2

Superfcies 3D

Na coluna Nome, so exibidos a cor e o nome atribudos superfcie. A coluna Volume mostra o volume total da superfcie. Por fim, a coluna Transparncia indica o nvel de transparncia em uso para exibir a superfcie. A
figura 8.7 traz um exemplo.

Figura 8.7: Gerenciamento de superfcies

77

8.3

Medies

A aba Medies traz as seguintes informaes. A coluna Nome exibe a

cor e o nome atribudos medio. A coluna Local exibe onde a medio
foi feita (imagem axial, coronal, sagital ou 3D), e Tipo indica o tipo da
medida (linear ou angular). Por ltimo, a coluna Valor informa a medida
propriamente dita. Veja a figura 8.8.

Figura 8.8: Gerenciamento de medies

78

Captulo 9
Visualizao simultnea de
imagens e superfcie
A visualizao simultnea de imagens e superfcie pode ser acionada clicando
com o boto esquerdo do mouse sobre o atalho localizado no canto inferior
direito da tela do InVesalius. Veja a figura 9.1.

Figura 9.1: Atalho para visualizao simultnea

Este recurso permite habilitar ou desabilitar a exibio das imagens nas
diferentes orientaes (ou planos) na mesma janela de visualizao da superfcie 3D. Para isso, basta marcar ou desmarcar a opo correspondente no
menu indicado na figura 9.2.

Figura 9.2: Seleo das orientaes (planos) a exibir

Vale notar que uma orientao, quando selecionada, apresenta uma marca
na opo correspondente. Isso ilustrado na figura 9.3.

79

Figura 9.3: Orientaes selecionados para exibio

Se a superfcie j estiver sendo exibida, os planos das orientaes sero
apresentados como mostra a figura 9.4. Caso contrrio, somente os planos
sero exibidos (figura 9.5).

Figura 9.4: Superfcie e planos exibidos simultaneamente

80

Figura 9.5: Exibio de planos (sem superfcie)

Para desativar a exibio de um plano, basta desmarcar a opo correspondente no menu (figura 9.3).

81

Captulo 10
Visualizao volumtrica
Para a visualizao volumtrica dos modelos, o InVesalius dispe de uma
tcnica conhecida como Raycasting. Trata-se de uma tcnica que, resumidamente, consiste em simular, para cada pixel da tela, o traado de um raio de
luz em direo ao objeto. A cor do pixel ser baseada na cor e na transparncia de cada voxel interceptado pelo raio de luz.
No InVesalius, existem diversos padres pr-definidos (presets) para visualizar determinados tipos de tecidos ou diferentes tipos de exames (tomografia
com contraste, por exemplo).
Para acessar esse recurso, basta clicar no atalho ilustrado pela figura 10.1,
localizado no canto inferior direito da tela (ao lado da janela de exibio de
superfcies) e selecionar um dos padres disponveis.
Para desativar a visualizao volumtrica, clique novamente no atalho
indicado pela figura 10.1 e escolha a opo Desabilitado.

Figura 10.1: Atalho para visualizao volumtrica

10.1

Padres de visualizao

So diversos os padres de visualizao pr-definidos. Alguns exemplos so

ilustrados nas figuras seguintes.
82

Figura 10.2: Brilhante

Figura 10.3: Vias Areas II

83

Figura 10.4: Contraste Mdio

Figura 10.5: MIP

84

10.2

Personalizao de padro

Alguns padres podem ser personalizados (ou customizados). Veja a figura

10.6, que exibe um padro e alguns controles grficos de ajuste. Com eles,
possvel alterar a cor de uma dada estrutura e sua opacidade, determinando
como e se ela ser exibida.

Figura 10.6: Ajustes para o padro de visualizao Mole + Pele II

85

Caso se deseje ocultar uma estrutura, necessrio utilizar o controle

grfico de ajuste mantendo baixa a opacidade da regio correspondente. No
exemplo da figura 10.6, suponha que se pretende esconder a parte muscular,
que aparece em vermelho. Para isso, basta posicionar o ponteiro do mouse
sobre o ponto em vermelho e, com o boto esquerdo pressionado, arrastar o
ponto para baixo, a fim de diminuir a opacidade (o que equivale a aumentar
a transparncia). A figura 10.7 ilustra o resultado.
Nota: O valor Alpha indica a opacidade da cor, e o valor Value, a intensidade da cor no pixel.

Figura 10.7: Padro de visualizao Mole + Pele II alterado

86

 possvel remover ou adicionar pontos no controle grfico de ajuste. Para

a remoo, basta clicar com o boto direito do mouse sobre o ponto. Para
adicionar um novo ponto, clique com o boto esquerdo sobre a linha do
grfico. Pode-se tambm salvar o padro resultante, clicando no atalho que
a figura 10.8 ilustra.

Figura 10.8: Atalho para salvar padro

Ao salvar o padro, o InVesalius exibe uma janela como a da figura 10.9.
Digite um nome para o padro personalizado e clique em OK. O padro
salvo estar disponvel com os demais na prxima vez em que o software for
aberto.

Figura 10.9: Janela para nomear e salvar um padro

10.3

Personalizao de padro com Brilho e Contraste

possvel personalizar um padro sem utilizar o controle grfico de ajuste,

apresentado na seo anterior. Isso feito por meio do controle de brilho e
Contraste presente na barra de ferramentas. Para ativar o controle, clique
no atalho ilustrado pela figura 10.10.

Figura 10.10: Atalho para brilho e contraste

87

Com o controle ativado, arrastando o mouse com o boto esquerdo pressionado sobre a janela do volume, possvel alterar os valores de window
width e window level. O procedimento o mesmo aplicado para as fatias
2D, visto na seo 4.6. Arrastando o mouse na direo horizontal, alterase o valor de window level. Para a esquerda, diminui-se seu valor e, para
a direita, aumenta-se seu valor. Arrastando o mouse na direo vertical,
altera-se o valor de window width. Para baixo, diminui-se seu valor e, para
cima, aumenta-se seu valor.
Com a manipulao desses valores, conseguem-se diferentes resultados de
visualizao. Por exemplo, para adicionar tecido visualizao, arraste o
mouse diagonalmente, do canto inferior direito para o canto superior esquerdo
da janela de visualizao. Para remover tecido da visualizao, faa o contrrio, ou seja, arraste o mouse diagonalmente, do canto superior esquerdo
para o canto inferior direito. Veja a figura 10.11.

(a) Osso

(b) Msculo

Figura 10.11: Adio de tecido

88

(c) Pele

10.4

Corte

Em visualizao volumtrica, o corte utilizado para visualizar uma regio

interna do volume. O InVesalius dispe de uma ferramenta para corte com
base em um plano de referncia. Com um padro de visualizao selecionado,
clique em Ferramentas e, em seguida, em Plano para corte (figura 10.12).

Figura 10.12: Ativando plano para corte

Uma representao do plano para corte exibida junto ao volume. Para
realizar o corte, mantenha o boto esquerdo pressionado sobre o plano e
arraste o mouse. Para rotacionar o plano, mantenha o boto esquerdo
pressionado sobre a sua borda e movimente o mouse na direo desejada.
Veja um exemplo na figura 10.13.
Para desativar o recurso de corte, clique novamente em Ferramentas e
em Plano para corte (figura 10.12).

89

Figura 10.13: Imagem com plano de corte

90

Captulo 11
Exportando dados
Com o InVesalius, possvel exportar dados para outros softwares, em formatos de arquivo como OBJ, STL, entre outros.
O menu que contm as opes para exportao localiza-se no painel esquerdo do InVesalius, dentro do item 4. Exporte os dados. Caso o menu
no esteja visvel, d um clique duplo com o boto esquerdo do mouse sobre
o item para expandi-lo. A figura 11.1 mostra esse menu.

Figura 11.1: Menu para exportao de dados

11.1

Superfcie

Para exportar uma superfcie, necessrio selecion-la no menu de dados,

conforme mostra a figura 11.2.

91

Figura 11.2: Seleo de superfcie a exportar

Em seguida, clique sobre o cone que a figura 11.3 ilustra.

Figura 11.3: Atalho para exportar superfcie

Na janela exibida (figura 11.4), insira o nome do arquivo e selecione o
formato desejado para a exportao. Em seguida, clique em Save (Salvar).

Figura 11.4: Janela para exportar superfcie

Os tipos de arquivo que podem ser exportados esto listados na tabela
11.1:

92

Tabela 11.1: Formatos de arquivo que o InVesalius exporta

Formato
Inventor
Polygon File Format
Renderman
Stereolithography (formato binrio)
Stereolithography (formato ASCII)
VRML
VTK PolyData
Wavefront

11.2

Extenso
.iv
.ply
.rib
.stl
.stl
.vrml
.vtp
.obj

Imagem

possvel exportar imagens de qualquer das orientaes de exibio (axial,

coronal, sagital e 3D). Para isso, clique com o boto esquerdo do mouse
sobre o atalho exibido na figura 11.5 e selecione a sub-janela correspondente
imagem que deseja exportar.

Figura 11.5: Menu para exportar imagem

Na janela exibida (figura 11.6), selecione o formato do arquivo e clique
no boto Save (Salvar).

93

Figura 11.6: Janela para exportar imagem

94

Captulo 12
Customizao
Algumas opes de customizao esto disponveis para o usurio do InVesalius. Elas so apresentadas a seguir.

12.1

Menu de ferramentas

Para ocultar/exibir o menu lateral de ferramentas, clique sobre o boto que

a figura 12.1 ilustra.

Figura 12.1: Atalho para ocultar/exibir menu lateral de ferramentas

Com o menu ocultado, amplia-se a rea da janela do InVesalius disponvel
para a visualizao das imagens, conforme mostra a figura 12.2.

95

Figura 12.2: Menu lateral ocultado

12.2

Posicionamento automtico de volume/superfcie

Para acertar automaticamente a posio de visualizao de um volume ou

superfcie, pode-se clicar sobre o cone apresentado na figura 12.3 (localizado
no canto inferior direito da tela do InVesalius) e escolher uma das opes de
visualizao disponveis.

Figura 12.3: Opes de posio para visualizao

96

12.3

Cor de fundo da janela de volume/superfcie

Para alterar a cor de fundo da janela de volume/superfcie, clique no atalho

que a figura 12.4 mostra. O atalho tambm est localizado no canto inferior
direito da tela do InVesalius.

Figura 12.4: Atalho para cor de fundo da janela de volume/superfcie

Uma janela para seleo de cor se abre, como aparece na figura 12.5.
Aps isso, basta clicar sobre a cor desejada e, em seguida, clicar em OK.

Figura 12.5: Seleo de cor de fundo

A figura 12.6 mostra um exemplo dessa janela com a cor de fundo alterada.

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Figura 12.6: Cor de fundo alterada

12.4

Exibir/ocultar textos em janela 2D

Para exibir ou ocultar os textos que aparecem nas janelas de imagens 2D,
clique no atalho exibido na figura 12.7, localizado na barra de ferramentas.

Figura 12.7: Atalho para exibir ou ocultar texto

As figuras 12.8 e 12.9 ilustram, respectivamente, a exibio dos textos
habilitada e desabilitada.

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Figura 12.8: Exibio de texto habilitada

Figura 12.9: Exibio de texto desabilitada

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Autores do Manual
Paulo Henrique Junqueira Amorim
paulo.amorim@cti.gov.br
Thiago Franco de Moraes
thiago.moraes@cti.gov.br
Fbio de Souza Azevedo
fabio.azevedo@cti.gov.br
Jorge Vicente Lopes da Silva
jorge.silva@cti.gov.br

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