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Mdulo: Genomas, Expresso e Epigentica

Data: 17-10-2015 (14h 16h)

amaiaesilva@gmail.com
212946804/6769
mestradobiologia.molecularsaude
FB Biologia Molecular Sade
Alimentao Saudvel

Diversidade gentica
- o conjunto completo das instrues genticas de qualquer organismo o seu genoma e
todos os genomas esto codificados nos cidos nucleicos quer DNA quer RNA
- tradicionalmente os organismos vivos so divididos em 2 grupos principais:
- procariotas = organismos unicelulares com uma estrutura celular relativamente
simples
- eucariotas = tm uma estrutura celular compartimentada com componentes ligados
por membranas intracelulares e podem ser uni ou pluricelulares

Procariotas vs Eucariotas
- da perspetiva gentica, a maior diferena entre procariotas e eucariotas
- os eucariotas tm uma membrana nuclear, que envolve o material gentico para
formar um ncleo, separando o DNA do outros contedos celulares
- nos procariotas, o material gentico est em contacto com os outros componentes da
clula, propriedade que tem grandes consequncias na forma como os genes so controlados

1-2.1
- outra diferena est relacionada como compactam o seu DNA:
- nos eucariotas, o DNA est associado a uma classe especial de protenas, as histonas,
para formar cromossoma firmemente compactados
- este complexo de DNA e histonas denominado cromatina, que a matria
dos cromossomas eucariotas
- as histonas limitam a acessibilidade de enzimas e outras protenas que copiam
e leem o DNA, mas permitem que o DNA caiba dentro do ncleo
- os genes esto localizados em mltiplas molculas de DNA linear
- em alguns eucariotas, alguns genes esto localizados em molculas de DNA
circular em alguns organelos (nomeadamente mitocndrias e cloroplastos)
- os genes dos procariotas so geralmente uma molcula nica de DNA circular, o
cromossoma da clula procariota
- os vrus no so nem procariotas nem eucariotas porque no possuem uma estrutura
celulares
- so estruturas simples compostas de um
revestimento proteico externo, que envolve o cido
nucleico (DNA ou RNA)
- no so formas primitivas de vida, uma vez
que eles s se podem reproduzir dentro da clula
hospedeira, o que significa que devem ter
evoludo depois das clulas terem evoludo, e no
antes
- no so um grupo evolutivamente distinto
mas esto mais relacionados com o seu
hospedeiro os genes de um vrus de plantas so
mais semelhantes aos de uma clula vegetal do
que aos de uma clula animal, o que sugere
que os vrus evoluram a partir dos seus
hospedeiros

Grandes quantidades de DNA compactadas na


clulas
- enormes quantidades de informao gentica esto compactadas num pequeno espao
dentro da clula
- o cromossoma da bactria E. coli, uma nica molcula de DNA tem aproximadamente
4,6 milhes pb
- se esticado, este DNA seria cerca de 1000 vezes mais comprido do que a clula onde
se encontra armazenado
- as clulas humanas contm mais de 6 mil milhes pb, que, se esticado, iria medir mais
de 2 m
- at o mais pequeno dos cromossomas humanos, se esticado, seria 14000 vezes mais
comprido do que o seu ncleo
- considera-se que a estrutura do DNA tem 3 nveis hierrquicos:
- a estrutura primria do DNA a sua sequncia de nucleotdeos
- a estrutura secundria a dupla hlice
- a estrutura terciria refere-se s voltas altamente ordenadas que permitem que o DNA
esteja num espao confinado da clula

Superenrolamento
- um tipo de estrutura terciria do DNA o superenrolamento, que ocorre quando a hlice de
DNA sujeita a uma toro, no sentido positivo ou negativo

1-2.2
- o superenrolamento depende das
topoisomerases, enzimas que adicionam ou
removem rotaes da hlice de DNA, por
quebra temporria da cadeia nucleotdica,
rodando as extremidades volta uma da
outra, e depois voltando a ligar as
extremidades assim esta enzimas podem
induzir ou aliviar o superenrolamento
- a maioria do DNA que se encontra nas
clulas sofre toro no sentido negativo, o
que traz 2 vantagens relativamente ao DNA
no superenrolado:
- o superenrolamento torna mais fcil
a separao das duas cadeias de DNA
durante a replicao e transcrio
- o DNA superenrolado pode ser
empacotado em espao mais pequenos do
que o DNA relaxado

O cromossoma bacteriano
- a maioria dos genomas bacterianos
consiste numa cadeia nica de DNA circular
- os cromossomas bacterianos circulares no
existem sob a forma de crculo aberto,
relaxado: os cerca de 3 a 4 milhes de pb de
DNA encontrados num genoma bacteriano
tpico seria demasiado grande para caber
dentro da clula bacteriana
- o DNA bacteriano no est ligado a
histonas como o DNA dos eucariotas, mas o
DNA bacteriano est complexado a uma
srie de protenas que ajudam a compact-
lo

Cromossomas eucariotas
- os cromossomas individuais dos
eucariotas contm enormes quantidades
de DNA

1-2.3
- cada cromossoma consiste numa nica cadeia de DNA muito longa para que todo este DNA
possa caber no ncleo, necessrio um tremendo processo de empacotamento e de
dobragem, que deve variar ao longo do ciclo de vida da clula
- o DNA eucariotas est fortemente ligado a protenas esta combinao de DNA e protenas
chamada cromatina:
- eucromatina = que sofre o processo de normal de condensao e descondensao
do ciclo celular
- heterocromatina = que permanece num estado altamente condensado durante o
ciclo celular, inclusivamente durante a interfase
- a eucromatina constitui a maioria do material cromossmico e onde ocorre a transcrio
- todos os cromossomas tm heterocromatina
nos centrmeros e nos telmeros; tambm
est presente noutros locais especficos de
alguns cromossomas, ao longo do cromossoma
X inativo nos mamferos fmeas e alongo da
maioria do cromossoma Y dos machos
- as protenas mais abundantes na cromatina
so as histonas
- pequenas protenas positivamente
carregadas com 5 classes principais: H1, H2A,
H2B, H3 e H4

- a cromatina tem uma estrutura altamente


complexa com vrios nveis de organizao

- quando a cromatina isolada do ncleo de uma clula e observada ao microscpio,


frequentemente parece-se com prola numa cadeia a cromatina no uma associao ao
acaso de protenas e DNA, tem uma estrutura repetida fundamental
- a repetio do ncleo protenas + DNA produzidas por digesto com enzimas nucleases o
nvel mais simples de cromatina, o nucleossoma, que consiste em DNA envolvido
aproximadamente 2 vezes volta de um octmero de 8 histonas (2 cpias de cada H2A, H2B,
H3 e H4) o DNA em contacto com o octmero de histonas tem entre 145 a 147 pb de
comprimento
- cada histona que pertence ao ncleo do nucleossoma tem uma cauda flexvel, que contem
cerca de 11 a 37 pb que se estende para fora do nucleossoma

1-2.4
- os aa positivamente carregados das caudas
das histonas interagem com as cargas negativas dos
fosfatos no DNA, mantendo DNA e histona
firmemente associados
- as caudas de um nucleossoma podem
tambm interagir com os nucleossomas vizinhos, o
que facilita a compactao dos prprios
nucleossomas
- o 5 tipo de histona, H1, no faz parte do ncleo
mas desempenha um papel importante na estrutura
do nucleossoma a H1 liga-se a 20-22 pb de DNA
onde o DNA se junta e parte do octmero e ajuda a
manter o DNA no lugar, atuando como um grampo
volta do octmero
- no conjunto, nucleossoma e a sua histona H1
associado formam o cromatossoma, o nvel seguinte
de organizao da cromatina
- cada cromatossoma contm cerca de 167 pb
- os cromatossomas esto localizados a intervalos
regulares ao longo da molcula de DNA e esto
separados uns dos outro por DNA de ligao, que
varia no comprimentos de acordo com o tipo de
clula
- quando a cromatina est sob a forma condensada,
os nucleossomas adjacentes no esto separados
por um espao igual ao comprimento do DNA de
ligao os nucleossoma dobram-se sobre si
mesmos para forma uma estrutura densa,
fortemente compactada, formando uma fibra com
um dimetro de cerca de 30 nm

Centrmeros e telmeros
- centrmeros = regies de constrio do
cromossoma, uma por cromossoma, qual se ligam
as fibras do fuso cromtico, necessrio para o
movimento adequado do cromossoma durante a
mitose e meiose
- telmeros = so as terminaes naturais de um
cromossoma; cada telmero serve de tampa que
estabiliza o cromossomas
- as sequncias telomricas consistem normalmente
de unidades repetidas de uma srie de adeninas ou
timinas seguidas de vrias guaninas, adotando a
forma 5'-(A ou T)mGn-3', onde m varia de 1 a 4 e n
igual a 2 ou mais

1-2.5
Genomas

-os primeiros genomas a serem sequenciados


foram os genomas de pequenos vrus
(bacterifago consiste de 49000 pb)
- o genoma do primeiro organismo vivo foi de Haemophilus influenza tem um genoma
pequeno de 1,8m pb
- a primeira sequncia completa de um eucariota foi de S. cerviae, seguida de E. coli, C.
elegans, D. melanogaster e A. thaliana

1-2.6
- a verso final da sequncia do genoma humano foi registada em 2004
- apesar dos fantsticos avanos da sequenciao nucleotdica, o nmero atual de gene
codificadores de protenas no genoma humano permanece incerto: estima-se existam cerca de
24000 genes codificadores de protenas
- a complexidade entre organismos no pode ser explicado pelo nmero de genes codificadores
de protenas, mas pode-se listar algumas possibilidades a considerar:
- um gene pode codificar uma srie de protenas relacionadas como resultado do
splicing alternativo
- determinadas molculas de RNA podero ter uma funo reguladora dos gene
(microRNAs)
- tem-se focado ultimamente que as protenas trabalham juntas em complexas redes,
em vez de serem atores individuais
- a aparente diferena na complexidade entre os diferentes grupos de organismos
multicelulares no tanto uma questo de quantidade de informao gentica no genoma do
organismo mas sim a forma como essa informao posta a uso.

Genmica comparativa

Genoma dos procariotas


- a maioria dos procariotas tem uma molcula de DNA nica circular, mas h excees: Vibrio
cholorea (bactria que causa a clera) tem 2 cromossoma circulares, e Borrelia burgdorferi tem
um grande cromossoma linear e 21 cromossoma mais pequenos
- a quantidade de DNA total varia de 490885 pb a 9105828 pb

1-2.7
- E. coli, a bactria mais vastamente usada para estudos genticos, tem um genoma
tipicamente de 4,6m pb
- entre os procariotas, o n de genes varia de 1000 a 2000, mas algumas espcies podem ter
6700 e outras 480
- interessantemente, a
densidade de genes bastante
constante atravs das espcies
com uma mdia de um gene
por 1000 pb
- os procariotas com genomas
maiores tero mais genes, em
contraste com os eucariotas
para os quais existe pouca
associao entre tamanho do
genoma e n de genes

- dos genes identificados para


os procariotas, s acerca de
50% se pode atribuir uma funo
- quase dos genes no tem semelhana sequencial com genes conhecidos de outras
bactrias
o n de genes que codificam funes biolgicas como a transcrio e a traduo tendem a ser
semelhantes entre as espcies, mesmo quando os seus genomas diferem em tamanho
- esta semelhana sugere que estas funes so codificadas por um conjunto bsico de
genes que no varia entre espcies
- em contraste, o n de genes que participam na biossntese, energia metablica, transporte e
funes reguladoras variam bastante entre espcies e tendem a ser maiores em espcies com
genoma maior
- o contedo G+C varia muito, de 26 a 69% - o que afeta a frequncia de determinados aa nas
protenas produzidas pela diferentes espcies bacterianas

Genomas dos eucariotas


- genomas de vrios eucariotas j sequenciados, nomeadamente fungos e protistas, insetos,
plantas e vertebrados
- o genoma dos organismos eucariotas so maiores do que o dos procariotas, e em geral, os
eucariotas multicelulares tm mais DNA do que os unicelulares, como as leveduras

1-2.8
- no h relao entre tamanho do genoma e complexidade do organismos
- o verme Caenorhabditis elegans estruturalmente mais complexo do que a planta
Arabidopsis thaliana mas tem consideravelmente menos DNA
- os genomas eucariotas contm em geral mais genes do que os procariotas (mas algumas
bactrias tm mais genes do que as leveduras unicelulares)
- os genomas de organismo multicelulares tm mais genes do que os dos unicelulares
- no existe correlao entre entre tamanho do genoma e n de genes nos eucariotas
- o n de genes tambm no tem relao bvia com a complexidade fenotpica
- os humanos tm mais genes do que os invertebrados mas s o dobro do que as
moscas da fruta e apenas um pouco mais do que a planta A. thaliana
- o nemtode C. elegans tem mais genes do que D. melanogaster mas menos
complexo
- os ratos tm quase tantos genes como os humanos
- o genoma dos eucariotas tem mltiplas cpias de muitos genes, indicando que a duplicao
de genes tem sido um processo importante na evoluo do genoma

O genoma humano
- tipicamente um genoma de mamferos
- tem cerca de 3,2m de pb de comprimento, mas
apenas cerca de 25% do DNA transcrito em RNA,
e menos de 2% codifica protenas
- os genes ativos esto frequentemente separados
por vastas regies de DNA no codificante
- um gene humano tem em mdia 27000 pb de
comprimento, com cerca de 9 exes (um gene
excecional tem 234 exes)
- os intres so muito mais compridos e esto em
maior quantidade do que noutros genomas
- o genoma humano no codifica substancialmente
mais domnios protecos, mas os domnios so
combinados de mais formas para produzir um proteoma relativamente mais diverso

- um nico gene codifica frequentemente mltiplas


protenas atravs do splicing alternativo
- em mdia, cada gene codifica 2 ou 3 mRNAs
diferentes, o que significa que o genoma humano,
com aproximadamente 24000, pode codificar
72000 protenas ou mais

1-2.9
- a densidade dos genes varia entre os cromossoma humanos
- os cromossomas 17, 19 e 22 tm as maiores densidade
- os cromossomas X, Y, 4, 13 e 18 tm as densidade mais baixas
- algumas protenas codificadas pelos genes humanos no so encontradas em mais nenhum
outro animal

1-2.10